单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-04	Integrating RNA-seq and scRNA-seq to explore the prognostic features and immune landscape of exosome-related genes in breast cancer metastasis 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2447917 PMID:39847423	research paper	通过整合RNA-seq和scRNA-seq数据，探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的预后特征和免疫景观	开发了一个基于外泌体相关基因的新型风险评分模型，并通过RNA-seq和scRNA-seq数据的综合分析验证了其预测准确性	模型的预测性能AUC值在0.602至0.654之间，仍有提升空间	探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的作用，并开发可靠的预后模型	乳腺癌（BRCA）样本	digital pathology	breast cancer	RNA-seq, scRNA-seq	Lasso-Cox regression	RNA-seq数据, scRNA-seq数据	TCGA数据库中的BRCA队列样本
2	2025-05-04	Revealing the role of natural killer cells in ankylosing spondylitis: identifying diagnostic biomarkers and therapeutic targets 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2457523 PMID:39853176	研究论文	本研究通过生物信息学方法和实验验证探讨了自然杀伤细胞（NK细胞）在强直性脊柱炎（AS）中的作用	揭示了NK细胞在AS发病机制中的潜在作用，并鉴定出与NK细胞相关的关键基因作为AS的诊断生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公共数据集，样本量可能有限，且实验验证部分仅进行了RT-PCR验证	探索NK细胞在AS发病机制中的作用，并寻找诊断生物标志物和治疗靶点	强直性脊柱炎（AS）患者和对照组的NK细胞	生物信息学	强直性脊柱炎	微阵列数据分析、scRNA-seq、WGCNA、RT-PCR	NA	基因表达数据	来自公共数据集GSE25101、GSE73754、GSE194315和Liu的研究的样本
3	2025-05-04	Systems biology of Haemonchus contortus - Advancing biotechnology for parasitic nematode control 2025 Jul-Aug, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108567 PMID:40127743	综述	本文综述了捻转血矛线虫分子生物学、遗传多样性及宿主-寄生虫相互作用的关键进展，并探讨了其在抗寄生虫药物研发中的应用	整合基因组学、转录组学和蛋白质组学技术，结合机器学习和AI驱动的蛋白质结构预测，探索抗寄生虫药物新靶点	未具体说明研究方法或实验设计的局限性	推动寄生虫线虫控制的生物技术发展	捻转血矛线虫及其与宿主的相互作用	寄生虫学	寄生虫感染	基因组学、转录组学、蛋白质组学、单细胞测序、空间转录组学	机器学习算法、AI驱动的蛋白质结构预测	组学数据	NA
4	2025-05-04	Unraveling diabetic kidney disease: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun, International urology and nephrology IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s11255-025-04362-z PMID:39799255	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究糖尿病肾病的发病机制和诊断方法	采用单细胞RNA测序技术分析糖尿病肾病患者的肾组织、血液和尿液中的基因表达，揭示组织功能、细胞相互作用和疾病进展	未提及具体样本量或实验设计的局限性	提高对糖尿病肾病（DKD）的理解，改善早期筛查和个性化管理	糖尿病肾病患者的肾组织、血液和尿液	digital pathology	diabetic kidney disease	scRNA-seq	NA	gene expression data	NA
5	2025-05-04	Role of aberrant activated fibro/adipogenic progenitors and suppressed ferroptosis in disused skeletal muscle atrophy and fatty infiltration 2025-May-03, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-025-02548-7 PMID:40316864	research paper	研究探讨了在废用性骨骼肌萎缩中异常激活的纤维/脂肪祖细胞（FAPs）及其抑制的铁死亡对肌肉脂肪浸润（MFI）的影响	首次在废用性骨骼肌萎缩中通过单细胞RNA测序发现FAPs的异常增殖及铁死亡抑制基因的高表达，并验证了铁死亡抑制对FAPs脂肪/纤维化能力的增强作用	研究初步探讨了铁死亡对FAPs脂肪分化的潜在影响，但具体分子机制仍需进一步研究	探究废用性骨骼肌萎缩中FAPs的异常激活及其与MFI的关系，以及铁死亡在此过程中的作用	废用性骨骼肌中的纤维/脂肪祖细胞（FAPs）	细胞生物学	骨骼肌萎缩	单细胞RNA测序，免疫荧光染色	NA	RNA测序数据，图像数据	NA
6	2025-05-04	A Bifunctional Antibody Targeting PD-1 and TGF-β Signaling Has Antitumor Activity in Combination with Radiotherapy and Attenuates Radiation-Induced Lung Injury 2025-May-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0903 PMID:39878763	研究论文	研究双功能抗体JS-201联合放疗的抗肿瘤效果及其对放射性肺损伤的缓解作用	首次研究双功能抗体JS-201（靶向PD-1和TGF-β信号）联合放疗的抗肿瘤效果及其对放射性肺损伤的缓解作用	研究仅限于动物模型，尚未进行临床试验	探索JS-201联合放疗在抗肿瘤和减轻放射性肺损伤方面的效果	肿瘤模型和放射性肺损伤模型	肿瘤免疫治疗	肺癌	转录组测序和单细胞测序	Lewis肺癌荧光素酶阳性模型	测序数据	多种肿瘤模型和放射性肺损伤模型
7	2025-05-04	Mosaic loss of Y chromosome and mortality after coronary angiography 2025-May-02, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf035 PMID:39935193	研究论文	研究Y染色体嵌合缺失（LOY）与接受冠状动脉造影男性患者心血管死亡率之间的关联	首次在人类研究中证实LOY与心血管死亡率显著相关，并揭示了LOY通过促纤维化和促炎症机制影响心血管健康的分子途径	研究仅针对接受冠状动脉造影的男性患者，结果可能不适用于其他人群	探究LOY与心血管疾病预后的关系	1698名接受冠状动脉造影的男性患者	心血管疾病研究	心血管疾病	全基因组甲基化分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、蛋白质表达数据	1698名男性患者
8	2025-05-04	Heterogeneous Responses to High-Dose Testosterone in Castration-Resistant Prostate Cancer Tumors with Mixed Rb-Proficient and Rb-Deficient Cells 2025-May-02, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0716 PMID:40116305	research paper	本研究探讨了高剂量睾酮（Hi-T）在治疗去势抵抗性前列腺癌（CRPC）中的作用，特别关注了Rb通路蛋白的影响	揭示了Rb通路蛋白在CRPC对Hi-T治疗反应中的异质性作用，并提出了通过抑制缺氧诱导因子-1α来恢复Rb缺陷细胞对Hi-T敏感性的新策略	研究主要基于患者来源的异种移植模型和细胞系，可能无法完全反映人类肿瘤的复杂性	探索高剂量睾酮治疗CRPC的分子机制，并寻找提高治疗效果的策略	CRPC患者来源的异种移植模型和RB1沉默的CRPC细胞系	肿瘤学	前列腺癌	单细胞RNA测序	患者来源的异种移植模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用了CRPC患者来源的异种移植模型和细胞系
9	2025-05-04	TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data 2025-May-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279955.124 PMID:40210438	research paper	开发了一种名为TFcomb的计算方法，利用单细胞多组学数据识别重编程转录因子及其组合	TFcomb通过将寻找重编程转录因子及其组合的任务建模为一个逆问题，并使用Tikhonov正则化保证解的泛化能力，设计了图注意力网络来增强基于单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据构建的基因调控网络	未明确提及	识别能够指导所需状态转变的重编程转录因子及其组合，为细胞工程和再生治疗提供潜力	人类胚胎干细胞和小鼠毛囊发育数据	计算生物学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	图注意力网络	单细胞多组学数据	未明确提及
10	2025-05-04	Inhibition of DKK-1 by WAY262611 Inhibits Osteosarcoma Metastasis 2025-May-02, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0744 PMID:39781890	research paper	该研究探讨了通过抑制DKK-1来阻止骨肉瘤转移的效果	首次展示了小分子抑制剂WAY262611在体外和体内对DKK-1的抑制作用及其对骨肉瘤转移的预防效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	探索DKK-1作为骨肉瘤治疗靶点的潜力	骨肉瘤细胞系和小鼠模型	癌症研究	骨肉瘤	单细胞RNA测序	小鼠原位植入/截肢模型	体外和体内实验数据	骨肉瘤细胞系和患者来源的异种移植模型
11	2025-05-04	A 3D Self-Assembly Platform Integrating Decellularized Matrix Recapitulates In Vivo Tumor Phenotypes and Heterogeneity 2025-May-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1954 PMID:39888317	research paper	开发了一种无水凝胶的自组装平台，用于建立富含细胞外基质（ECM）的3D 'MatriSpheres'，以解析癌细胞与ECM的相互作用	使用去细胞化的小肠黏膜下层ECM，蛋白组学上模拟了结直肠癌肿瘤ECM，相比传统配方如Matrigel更具创新性	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的普遍性	研究肿瘤微环境中细胞外基质（ECM）对肿瘤生物学的影响	小鼠和人类结直肠癌细胞	digital pathology	colorectal cancer	单细胞RNA测序	3D细胞培养模型	RNA测序数据、细胞形态数据	未明确提及具体样本数量
12	2025-05-04	Single-cell transcriptomic analysis reveals gut microbiota-immunotherapy synergy through modulating tumor microenvironment 2025-May-02, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02226-7 PMID:40312419	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肠道微生物群与免疫疗法通过调节肿瘤微环境的协同作用	在单细胞分辨率下揭示了肠道微生物群与免疫检查点抑制剂（ICI）协同作用的机制，提出了γδ T细胞-APC-CD8 T细胞轴的新模型	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	探究肠道微生物群如何调节免疫检查点抑制剂的疗效	小鼠模型中的肿瘤微环境及免疫细胞	免疫肿瘤学	肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
13	2025-05-04	Targeting HMGB2 acts as dual immunomodulator by bolstering CD8+ T cell function and inhibiting tumor growth in hepatocellular carcinoma 2025-May-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads8597 PMID:40315321	research paper	该研究揭示了HMGB2在肝细胞癌（HCC）中作为免疫耗竭相关分子的独特作用，并通过靶向HMGB2提出了一种潜在的治疗策略	首次发现HMGB2在CD8 T细胞和肿瘤细胞中的双重作用，并验证了单宁酸作为HMGB2特异性抑制剂与PD-1抗体联用的协同治疗效果	研究主要基于单细胞RNA测序和体外实验，缺乏大规模临床数据的验证	探索HMGB2在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用并开发新的免疫治疗策略	HMGB2蛋白、CD8 T细胞、肝细胞癌细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
14	2025-05-04	Single-cell transcriptomic analysis reveals alterations to cellular dynamics and paracrine signalling in radiation-induced muscle pathology 2025-May-02, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00115.2025 PMID:40316295	research paper	通过单细胞转录组分析揭示了辐射诱导肌肉病理中细胞动力学和旁分泌信号的变化	首次使用scRNA-seq技术在小鼠模型中详细描述了辐射治疗后肌肉细胞的动态变化和细胞间通讯	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全反映人类情况	探究辐射治疗导致肌肉萎缩和纤维化的潜在机制	辐射治疗后的小鼠肌肉组织	digital pathology	muscle pathology	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	小鼠模型在辐射后24小时和56天的样本
15	2025-05-04	FMO2+ cancer-associated fibroblasts sensitize anti-PD-1 therapy in patients with hepatocellular carcinoma 2025-May-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011648 PMID:40316306	研究论文	研究发现FMO2+癌症相关成纤维细胞（CAFs）能够通过促进三级淋巴结构形成和增加CD8+ T细胞及M1样巨噬细胞的浸润，提高肝细胞癌（HCC）患者对anti-PD-1治疗的敏感性	首次鉴定出FMO2+ CAF亚群，并揭示其通过CCL19-CCR7轴增强anti-PD-1治疗效果的机制	研究结果主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需进一步临床验证	探索肝细胞癌免疫治疗反应异质性的机制，并寻找提高anti-PD-1治疗效果的策略	肝细胞癌患者和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、飞行时间细胞术	小鼠原位肝细胞癌模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	不同anti-PD-1治疗反应的肝细胞癌患者样本和小鼠模型
16	2025-05-04	Combination of HDAC inhibition and cytokine enhances therapeutic HPV vaccine therapy 2025-May-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011074 PMID:40316302	research paper	评估HPV疫苗PDS0101与免疫细胞因子NHS-IL12及αPD-1或Entinostat联合治疗HPV16+癌症的疗效	首次将HPV疫苗PDS0101与NHS-IL12及Entinostat联合使用，显著提高了对αPD-1耐药性HPV16+癌症的抗肿瘤活性和生存率	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	开发针对HPV16相关恶性肿瘤的新型联合疗法	HPV16+ TC-1和mEER肿瘤小鼠模型	肿瘤免疫治疗	HPV相关恶性肿瘤	流式细胞术、多重免疫荧光、细胞因子评估、单细胞RNA测序与TCR富集	小鼠肿瘤模型	实验数据	HPV16+ TC-1和mEER肿瘤小鼠模型
17	2025-05-04	Harnessing agent-based frameworks in CellAgentChat to unravel cell-cell interactions from single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279771.124 PMID:40316422	research paper	介绍了一种基于代理的模型CellAgentChat，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中解析细胞间相互作用	提出了一种基于代理的模型(ABM)来模拟细胞间相互作用，能够捕捉个体细胞行为的细微差别，并支持动态可视化和规则修改	NA	解析细胞间相互作用(CCIs)的复杂动态	单细胞RNA测序和空间转录组数据	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	agent-based model (ABM)	single-cell and spatial transcriptomics data	validated across eight diverse single-cell datasets
18	2025-05-04	Single-cell profiling unveils a geroprotective role of Procyanidin C1 in hematopoietic immune system via senolytic and senomorphic effects 2025-May-02, npj aging IF:4.1Q2 DOI:10.1038/s41514-025-00222-3 PMID:40316527	研究论文	研究发现原花青素C1（PCC1）通过其抗衰老和模拟衰老的特性，对造血免疫系统具有保护作用，能够改善与衰老相关的免疫失调	首次揭示了PCC1在造血免疫系统中的抗衰老作用，并通过单细胞RNA测序和机器学习方法鉴定了衰老细胞及其代谢过程	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索PCC1在改善造血免疫系统衰老相关变化中的潜在治疗作用	小鼠的骨髓和脾脏组织中的造血干细胞（HSCs）和B细胞（BCs）	生物医学	老年病	单细胞RNA测序、机器学习、基因集富集分析	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠模型
19	2025-05-04	Identification of leukemia-enriched signature through the development of a comprehensive pediatric single-cell atlas 2025-May-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59362-5 PMID:40316535	研究论文	通过开发全面的儿科单细胞图谱，识别白血病富集特征	构建了包含超过540,000个细胞的儿科白血病单细胞图谱，并识别出9个白血病富集基因特征	研究主要基于单细胞转录组数据，可能未涵盖所有白血病亚型的分子特征	识别儿科白血病的特征性基因表达模式及其与临床结果的关系	儿科急性白血病（髓系、淋巴系、混合表型）和健康骨髓样本	数字病理学	白血病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	超过540,000个细胞，来自159个不同的儿科急性白血病和健康骨髓样本
20	2025-05-04	Identification of PANoptosis related biomarkers to predict hepatic ischemia‒reperfusion injury after liver transplantation 2025-May-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99264-6 PMID:40316717	研究论文	通过生物信息学分析揭示肝缺血再灌注损伤（HIRI）中PANoptosis相关的分子机制，并识别相关生物标志物	鉴定了6个与HIRI相关的PANoptosis相关基因（CEBPB、HSPA1A、HSPA1B、IRF1、SERPINE1和TNFAIP3），并构建了基于这些生物标志物的预测模型	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	研究肝移植后肝缺血再灌注损伤（HIRI）的分子机制和预测生物标志物	人类肝组织在HIRI前后的bulk和单细胞RNA测序数据	生物信息学	肝缺血再灌注损伤	bulk和单细胞RNA测序	机器学习方法	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量