单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-08	The secretomes of bovine mammary epithelial cell subpopulations differentially modulate macrophage function 2025-Dec, The veterinary quarterly DOI:10.1080/01652176.2025.2463338 PMID:39921381	研究论文	研究牛乳腺上皮细胞亚群分泌组对巨噬细胞功能的不同调节作用	首次发现不表达CD73的牛MDEC亚群分泌组能显著增强巨噬细胞的吞噬作用和ROS积累	研究仅针对体外培养的巨噬细胞，未进行体内实验验证	优化牛MDEC分泌组作为乳腺炎治疗方案的生成	牛乳腺上皮细胞亚群分泌组和巨噬细胞	细胞生物学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、荧光激活细胞分选(FACS)	NA	基因表达数据、细胞功能数据	NA
2	2025-05-08	Reading of human acute immune dynamics in omicron SARS-CoV-2 breakthrough infection 2025-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2025.2494705 PMID:40231451	研究论文	本研究通过纵向前瞻性队列研究，探讨了人类对奥密克戎SARS-CoV-2突破性感染的急性免疫动态反应	揭示了突破性感染与初次感染在免疫反应动态上的差异，特别是在细胞因子反应和免疫细胞动态方面	样本量较小（13名参与者），可能限制结果的普遍性	理解人类对SARS-CoV-2突破性感染的免疫反应动态	奥密克戎SARS-CoV-2突破性感染患者	免疫学	COVID-19	转录组测序、单细胞测序、TCR测序、BCR测序、Olink蛋白质组学、抗原-抗体结合实验	NA	血液样本、转录组数据、蛋白质组数据	13名参与者
3	2025-05-08	Identification of CXCL13 as a Promising Biomarker for Immune Checkpoint Blockade Therapy and PARP Inhibitor Therapy in Ovarian Cancer 2025-Jun, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01207-5 PMID:38856873	research paper	该研究识别了CXCL13作为卵巢癌免疫检查点阻断疗法和PARP抑制剂疗法的潜在生物标志物	发现CXCL13在HRD肿瘤中显著上调，并作为反映HRD状态的生物标志物，为卵巢癌ICB治疗提供了新的预后生物标志物视角	研究依赖于公共数据库和独立队列的验证，可能需要更多实验数据进一步确认CXCL13的临床应用价值	探索卵巢癌中免疫检查点阻断疗法和PARP抑制剂疗法的生物标志物	卵巢癌患者	digital pathology	ovarian cancer	基因组测序、免疫组化、单细胞测序	NA	基因组数据、临床数据、单细胞测序数据	来自TCGA、ICGC、GEO等公共数据库的数据，以及独立验证队列
4	2025-05-08	A Case-Driven Multi-Omics Analysis for Longitudinal Ibrutinib Response Evaluation of Patients With Chronic Lymphocytic Leukemia 2025-Jun, European journal of haematology IF:2.3Q2 DOI:10.1111/ejh.14397 PMID:39988467	研究论文	通过多组学方法评估慢性淋巴细胞白血病患者对伊布替尼的纵向反应	利用单细胞转录组学等多组学方法，首次全面评估了伊布替尼治疗期间CLL患者的分子和临床动态变化	研究样本量较小（仅2名患者），可能限制结果的普遍性	探索伊布替尼治疗慢性淋巴细胞白血病时克隆惰性的分子机制	接受伊布替尼单药治疗的慢性淋巴细胞白血病患者	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	单细胞转录组学、多组学分析	NA	DNA和RNA水平的多组学数据	2名患者的血液样本
5	2025-05-08	Phosphodiesterase 5 inactivation in vascular smooth muscle cells aggravates aortic aneurysm and dissection 2025-Jun, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6411 PMID:40145405	研究论文	本研究探讨了血管平滑肌细胞中磷酸二酯酶5A（PDE5A）的失活如何加剧主动脉瘤和夹层（AAD）的发病机制	揭示了PDE5A在血管平滑肌细胞中的特异性作用及其通过cGMP/PKG信号通路调节主动脉平滑肌松弛的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	阐明PDE5A在主动脉瘤和夹层发病中的具体作用机制	人类和小鼠的主动脉组织及血管平滑肌细胞	血管病理学	主动脉瘤和夹层	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、免疫荧光、免疫组织化学染色	PDE5A基因敲除和过表达小鼠模型	基因表达数据、组织病理学图像	人类和小鼠的主动脉组织样本
6	2025-05-08	Single-cell dynamics of breakthrough toxicities after anakinra prophylaxis for axicabtagene ciloleucel in lymphoma 2025-May-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015161 PMID:39928957	研究论文	研究探讨了使用anakinra预防性治疗在淋巴瘤患者接受CAR-T细胞疗法时对细胞因子释放综合征（CRS）和神经毒性（NT）的影响	首次在预防性使用anakinra的背景下，通过单细胞RNA测序技术揭示了突破性CRS和NT的分子免疫信号机制，特别是IFN-γ通路的关键作用	每日一次的anakinra预防性治疗在大多数患者中不足以预防需要住院治疗的毒性反应	探索预防CAR-T细胞疗法相关毒性的策略，以实现门诊治疗和管理	接受axicabtagene ciloleucel治疗的大细胞淋巴瘤患者	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及接受CAR-T治疗的患者
7	2025-05-08	Nuclear IL-1α Triggers Pyroptosis in Porcine Intramuscular Preadipocytes 2025-May-07, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c00112 PMID:40275457	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了核IL-1α在猪肌肉内脂肪前体细胞中触发细胞焦亡的新机制	首次发现核IL-1α通过IRF2-NOCT-ROS途径调控猪肌肉内脂肪前体细胞的焦亡过程	研究仅针对猪模型，人类或其他物种的适用性尚不明确	探究核IL-1α在脂肪生成分化中的功能及其对猪肉品质的影响	猪肌肉内脂肪前体细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
8	2025-05-08	Single-Cell Transcriptome Reveals the Cellular Response to PEG-Induced Stress in Wheat Leaves 2025-May-07, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c12749 PMID:40287963	研究论文	通过单细胞转录组分析小麦叶片在PEG诱导胁迫下的细胞响应机制	首次构建小麦叶片细胞图谱，揭示不同类型细胞在干旱响应中的异质性及调控网络	研究仅基于PEG模拟的干旱胁迫，未涉及真实田间干旱条件	探究小麦在干旱胁迫下的细胞水平响应机制	抗旱和非抗旱小麦幼苗叶片细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量（抗旱/非抗旱小麦幼苗）
9	2025-05-08	Impaired ketogenesis in Leydig Cells drives testicular aging 2025-May-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59591-8 PMID:40328805	研究论文	该研究揭示了睾丸衰老过程中Leydig细胞酮生成受损的关键作用及其机制	首次发现酮生成缺陷是睾丸衰老的关键因素，并阐明了β-羟基丁酸通过Foxo3a通路延缓Leydig细胞衰老的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类睾丸衰老的类似机制仍需验证	探究睾丸衰老的分子机制并寻找潜在治疗靶点	年轻和老年小鼠的Leydig细胞	生殖生物学	老年性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠衰老模型	基因表达数据、代谢物浓度数据	年轻和老年小鼠睾丸组织及Leydig细胞
10	2025-05-08	Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal Unique Subpopulations of Infiltrating Macrophages and Dendritic Cells Following AKI 2025-May-07, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00059.2025 PMID:40331777	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了急性肾损伤后浸润巨噬细胞和树突状细胞的独特亚群	结合scRNAseq、空间转录组学和CITE测序技术，首次揭示了缺血性急性肾损伤中KIMs和KDCs的时空和转录特征	研究仅关注缺血性急性肾损伤，未涉及其他类型的肾损伤	研究急性肾损伤中浸润巨噬细胞和树突状细胞的动态变化及其在肾脏疾病中的作用	肾脏浸润巨噬细胞（KIMs）和肾脏树突状细胞（KDCs）	数字病理学	急性肾损伤	scRNAseq, 空间转录组学, CITE测序	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
11	2025-05-08	ABCC3 Is a Differential Marker of CYP11B2-Negative Zona Glomerulosa Cells in Human Adrenal Cortex 2025-May-07, Endocrine pathology IF:11.3Q1 DOI:10.1007/s12022-025-09862-3 PMID:40332623	research paper	该研究探讨了ABCC3在人肾上腺皮质中的表达和功能，特别是在原发性醛固酮增多症背景下，与CYP11B2的关系	发现ABCC3作为CYP11B2阴性ZG细胞的新标记物，为区分正常肾上腺分区和醛固酮生成病变提供了新的组织病理学工具	研究主要关注ABCC3在特定肾上腺病变中的表达模式，未涉及其在其他疾病或组织中的潜在作用	研究ABCC3在人肾上腺皮质中的表达和功能，特别是在原发性醛固酮增多症中的作用	人肾上腺皮质细胞、醛固酮生成腺瘤(APAs)、皮质醇生成腺瘤和非功能性腺瘤	分子生物学	原发性醛固酮增多症	空间转录组学、免疫荧光共定位	NA	mRNA/蛋白质表达数据	多种肾上腺腺瘤样本（APAs、皮质醇生成腺瘤、非功能性腺瘤）及相邻肾上腺皮质组织
12	2025-05-08	Single-cell analysis reveals the implication of vascular endothelial cell-intrinsic ANGPT2 in human intracranial aneurysm 2025-May-06, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae186 PMID:39187926	research paper	通过单细胞RNA测序揭示血管内皮细胞内在的ANGPT2在人颅内动脉瘤中的意义	首次通过单细胞RNA测序全面分析颅内动脉瘤的细胞组成和血管内皮细胞的转录组变化，并发现ANGPT2在动脉瘤形成中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探索颅内动脉瘤的发病机制和潜在治疗靶点	人颅内动脉瘤和对照动脉组织	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq	zebrafish model	RNA sequencing data	43,462个细胞的转录组数据
13	2025-05-08	Calbindin 2 as a Novel Biomarker and Therapeutic Target for Abdominal Aortic Aneurysm: Integrative Analysis of Human Proteomes and Genetics 2025-May-06, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.039195 PMID:40314374	研究论文	本研究通过整合人类蛋白质组和遗传学数据，发现CALB2作为腹主动脉瘤（AAA）的新型生物标志物和治疗靶点	首次将CALB2确定为AAA的因果效应蛋白，并通过多组学分析和实验验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，需要在人类临床试验中进一步验证	寻找AAA的新型生物标志物和治疗靶点以改善疾病管理	腹主动脉瘤（AAA）患者和小鼠模型	生物医学研究	腹主动脉瘤	蛋白质组范围孟德尔随机化、遗传相关性分析、共定位分析、RNA测序（bulk和单细胞/单核）、空间转录组学	载脂蛋白E缺陷小鼠模型	蛋白质组数据、遗传数据、转录组数据	未明确说明人类样本量，使用载脂蛋白E缺陷小鼠进行实验验证
14	2025-05-08	Induced B cell receptor diversity predicts PD-1 blockade immunotherapy response 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2501269122 PMID:40314973	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、高清晰度空间转录组学和空间免疫受体分析，探讨了B细胞受体多样性在预测PD-1阻断免疫治疗反应中的作用	发现PD-1抑制成功反应的特征是治疗开始后B细胞受体克隆多样性的诱导，并验证了这种多样性作为临床反应预测因子的普遍性	研究样本主要来自局部晚期或转移性基底细胞癌患者，其他癌症类型的验证样本相对较少	探索PD-1阻断免疫治疗反应的机制，并寻找预测治疗反应的生物标志物	局部晚期或转移性基底细胞癌、胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者	数字病理学	基底细胞癌、胶质母细胞瘤、黑色素瘤、头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、高清晰度空间转录组学、空间免疫受体分析	机器学习模型	RNA测序数据	局部晚期或转移性基底细胞癌患者队列，以及更大的胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者队列
15	2025-05-08	Characterization of the Recombination Activity in the Pituitary and Ovary of Prop1-iCre Knockin Mice 2025-May-06, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00049.2025 PMID:40327412	research paper	本研究描述了Prop1-iCre敲入小鼠在垂体内分泌细胞和卵巢颗粒细胞中的重组活性	通过CRISPR/Cas9系统引入IRES-Cre盒，实现了Prop1和Cre重组酶的双顺反子表达，并验证了其在垂体内分泌细胞中的特异性重组活性	Prop1-iCre小鼠在卵巢颗粒细胞中也表现出重组活性，这可能影响数据解释	研究Prop1-iCre敲入小鼠的重组活性，为垂体生物学研究提供工具	Prop1-iCre敲入小鼠的垂体内分泌细胞和卵巢颗粒细胞	分子生物学	NA	CRISPR/Cas9系统，单细胞RNA测序	Prop1-iCre敲入小鼠模型	基因表达数据	Prop1-iCre小鼠及其与Rosa-tdTomato报告小鼠的杂交后代
16	2025-05-08	scACCorDiON: A clustering approach for explainable patient level cell-cell communication graph analysis 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf288 PMID:40327499	研究论文	提出了一种名为scACCorDiON的聚类方法，用于分析患者水平的细胞间通讯图	使用最优传输算法探索马尔可夫链上的节点距离，作为有向加权图之间的基础度量，优于使用无向图的竞争方法	未明确提及具体局限性	开发一种能够分析大规模患者队列中单细胞数据样本特异性细胞间通讯事件的计算方法	胰腺腺癌患者的单细胞RNAseq数据集	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	最优传输算法	单细胞RNAseq数据	未明确提及具体样本数量
17	2025-05-08	Proximal Tubule Cells Contribute to the Thin Descending Limb of the Loop of Henle during Mouse Kidney Development 2025-May-06, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000721 PMID:40327839	研究论文	本研究通过整合小鼠肾脏发育的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle环细降支形成中的作用	首次发现近端小管细胞可贡献于Henle环细降支的形成，并揭示了转录因子Hnf4a在此过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究Henle环细降支细胞的发育起源	小鼠肾脏发育过程中的细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	整合多个非突变发育小鼠肾脏数据集
18	2025-05-08	Oncostatin-M: a novel leukocyte-derived factor facilitating the ovulatory process in the human ovary 2025-May-06, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf076 PMID:40327872	研究论文	研究白细胞衍生的Oncostatin-M (OSM)在人类优势卵泡排卵过程中的调控作用	首次揭示白细胞衍生的OSM通过激活关键信号通路调控人类排卵前颗粒细胞的功能，影响类固醇生成、前列腺素合成和组织重塑	研究使用体外培养的人类颗粒/黄体细胞(hGLCs)，可能无法完全模拟体内排卵动态，且结果仅适用于人类样本，需要在其他哺乳动物物种中验证	探究白细胞衍生的OSM在人类排卵过程中的调控机制	人类优势卵泡和体外受精(IVF)患者的卵泡抽吸物	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量PCR(qPCR)、免疫组化、Western blotting、RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据	自然周期女性优势卵泡(n=19)和IVF患者卵泡抽吸物(n=12)
19	2025-05-08	Integrative bioinformatics and machine learning identify key crosstalk genes and immune interactions in head and neck cancer and Hodgkin lymphoma 2025-May-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99017-5 PMID:40328901	research paper	该研究通过整合生物信息学和机器学习技术，揭示了头颈鳞状细胞癌（HNSCC）和霍奇金淋巴瘤（HL）之间的分子交流机制，并鉴定了关键的生物标志物和潜在治疗靶点	首次系统地探索了HNSCC和HL之间的分子交流，并利用机器学习方法鉴定了关键的生物标志物和潜在治疗药物	研究主要依赖于公开的RNA测序数据集，缺乏实验验证	阐明HNSCC和HL之间的共享分子机制，鉴定潜在的诊断生物标志物和治疗靶点	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）和霍奇金淋巴瘤（HL）	生物信息学	头颈癌和霍奇金淋巴瘤	RNA测序、WGCNA、PPI网络分析、scRNA-seq	LASSO回归、随机森林、SVM-RFE	RNA测序数据	NA
20	2025-05-08	Immune-epithelial-stromal networks define the cellular ecosystem of the small intestine in celiac disease 2025-May-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02146-2 PMID:40328997	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了乳糜泻（CD）患者小肠中免疫-上皮-基质网络的细胞生态系统	首次在CD中展示了上皮细胞向祖细胞状态的转变、干扰素驱动的转录反应以及分泌和肠内分泌细胞群的扰动，并发现了治疗后的持续免疫-上皮'疤痕'	样本量相对较小（35名参与者进行单细胞转录组学，20名进行空间转录组学），且仅针对乳糜泻患者	揭示乳糜泻中小肠损伤的免疫-上皮-基质相互作用机制	乳糜泻患者的肠道活检样本	单细胞转录组学	乳糜泻	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	86,442个免疫、实质和上皮细胞（35名参与者），空间转录组学（20名参与者）