单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-09 |
Multi-Omics Atlas-Assisted Discovery of Transcription Factors for Selective T Cell State Programming
2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.03.522354
PMID:36711632
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研究论文 | 本研究通过构建多组学图谱系统鉴定调控CD8⁺ T细胞不同状态的转录因子，并发现选择性编程T细胞状态的关键调控因子 | 整合转录组和表观基因组数据构建T细胞状态图谱，结合CRISPR筛选和单细胞RNA测序技术发现新的T细胞状态特异性转录因子 | 研究主要聚焦于CD8⁺ T细胞，研究结果在其他T细胞亚群中的适用性需要进一步验证 | 系统定义驱动CD8⁺ T细胞不同分化状态的转录因子，为精准免疫治疗提供理论基础 | CD8⁺ T细胞的九个不同分化状态，特别是终末耗竭T细胞和组织驻留记忆T细胞 | 免疫学、计算生物学 | 癌症、病毒感染 | 单细胞RNA测序、CRISPR筛选、多组学整合分析 | 转录因子活性推断、网络分析 | 转录组数据、表观遗传数据 | 九个CD8⁺ T细胞状态 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2025-10-09 |
A Comprehensive Immune Cell Atlas of Cystic Kidney Disease Reveals the Involvement of Adaptive Immune Cells in Injury-Mediated Cyst Progression in Mice
2022-04, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2021030278
PMID:35110364
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研究论文 | 通过构建小鼠囊性肾病单细胞图谱，揭示适应性免疫细胞在损伤介导的囊肿进展中的关键作用 | 首次系统绘制囊性肾病免疫细胞图谱，发现适应性免疫细胞在损伤加速型囊肿进展中的特异性作用机制 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证；样本数量相对有限 | 探究免疫细胞在囊性肾病进展中的作用机制 | 成年诱导性条件性Ift88基因敲除小鼠（纤毛突变小鼠） | 单细胞生物学 | 囊性肾病 | 单细胞RNA测序 | NicheNet | 单细胞转录组数据 | 79,355个细胞，来自对照组和纤毛突变小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-08 |
The transcription factor LHX2 mediates and enhances oncogenic BMP signaling in medulloblastoma
2025-Oct, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-025-01488-6
PMID:40148468
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子LHX2在髓母细胞瘤中介导并增强致癌性BMP信号通路的分子机制 | 首次发现LHX2通过转录诱导BMP I型受体ACVR1表达，形成BMP信号的正反馈环路，并证实其在肿瘤干细胞特性和化疗耐药中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化价值需进一步验证 | 探索BMP信号通路在髓母细胞瘤中的作用机制 | 髓母细胞瘤患者来源的肿瘤样本和细胞模型 | 癌症生物学 | 髓母细胞瘤 | 空间转录组学、转录组分析、免疫组织化学、细胞移植 | 小鼠异种移植模型 | 基因表达数据、蛋白质定位数据 | 多个髓母细胞瘤亚组的患者来源肿瘤样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-08 |
Dual states of murine Bmi1-expressing intestinal stem cells drive epithelial development utilizing non-canonical Wnt signaling
2025-Aug-18, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.03.014
PMID:40262610
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研究论文 | 本研究揭示了小鼠肠道发育早期Bmi1表达干细胞通过非经典Wnt信号调控上皮发育的动态过程 | 首次发现Bmi1细胞在Lgr5+肠道干细胞出现前的发育早期作为功能干细胞存在，并揭示其通过非经典Wnt信号调控增殖状态转变 | 研究仅限于小鼠模型，人类肠道发育的相似性尚未验证 | 阐明肠道发育过程中干细胞亚型的动态调控机制 | 小鼠肠道干细胞（Bmi1+和Lgr5+ ISCs） | 发育生物学 | NA | 谱系追踪，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，细胞谱系数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-08 |
AI-Driven Analysis Unveils Functional Dynamics of Müller Cells in Retinal Autoimmune Inflammation
2025-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.28.640907
PMID:40093069
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研究论文 | 通过AI驱动的单细胞RNA测序分析揭示视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能动态 | 首次使用AI辅助工具SCassist系统分析Müller细胞亚群功能，发现活化Müller细胞表达免疫检查点分子调控Th1细胞活性的新机制 | 研究基于Aire-/-小鼠模型，结果在人类视网膜中的适用性需要进一步验证 | 探究视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能特性和与T细胞的相互作用 | Aire-/-小鼠视网膜中的Müller细胞和T细胞 | 单细胞转录组学 | 视网膜自身免疫炎症 | 单细胞RNA测序 | AI辅助分析工作流 | 单细胞转录组数据 | Aire-/-小鼠视网膜scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-08 |
Mucosal tissue NK cells tune their function between optimal anti-pathogen activity and tissue protection
2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.04.647286
PMID:40291684
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研究论文 | 本研究揭示了阴道黏膜组织中NK细胞在抗病原体反应和组织保护之间的功能平衡机制 | 首次系统表征阴道黏膜NK细胞具有独特的效应和组织保护双重功能，并发现其能在稳态下保持功能静息状态而对炎症信号产生强烈反应 | 研究主要基于小鼠模型，人类组织样本的验证仍需进一步扩展 | 探究黏膜组织NK细胞在病原体防御和组织保护之间的平衡机制 | 人类阴道组织和小鼠模型的NK细胞 | 免疫学 | HSV-2病毒感染 | 单细胞RNA测序,高参数流式细胞术 | 小鼠感染模型 | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 人类阴道组织和实验小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-10-08 |
Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue
2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.641951
PMID:40161724
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研究论文 | 开发了一种名为RAEFISH的新型空间转录组学技术，可在完整组织中实现全基因组覆盖和单分子空间分辨率 | 首次实现无需测序的全基因组空间转录组分析，同时保持单分子空间分辨率，突破了现有技术在转录组覆盖度或空间分辨率上的限制 | 技术仍处于开发阶段，需要在更多生物医学场景中验证其广泛应用性 | 开发高覆盖度、高分辨率的空间转录组学技术 | 人类和小鼠的完整组织切片及培养细胞 | 空间转录组学 | NA | RAEFISH（反向挂锁扩增子编码荧光原位杂交） | NA | 图像数据 | 人类23,000种转录本和小鼠22,000种转录本 | NA | 图像空间转录组学 | RAEFISH | 基于图像的空间转录组技术，可检测蛋白质编码转录组和长链非编码RNA |
| 8 | 2025-10-08 |
Machine learning predictions from unpredictable chaos
2025-Mar-19, ArXiv
PMID:40166748
|
研究论文 | 本文提出了一种名为混沌学习的新型多尺度拓扑范式，能够从混沌系统中实现准确预测 | 首次引入混沌学习概念，通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入混沌动力系统，实现了对混沌系统的定量预测 | 仅使用了28个数据集和两种混沌动力系统进行概念验证，需要更多样化的数据集和系统验证 | 探索混沌系统的可预测性并建立拓扑、混沌与学习之间的桥梁 | 脑电波、蛋白质数据集、单细胞RNA测序数据和图像数据 | 机器学习 | NA | 多尺度拓扑拉普拉斯算子 | 混沌学习模型 | 脑电波、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据 | 28个数据集（10个脑电波、4个蛋白质数据集、13个单细胞RNA测序数据集、1个图像数据集） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-08 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data
2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636138
PMID:39974940
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研究论文 | 介绍了一个用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征的快速准确工具scBSP | 利用稀疏矩阵运算显著提高计算效率，能够处理数百万细胞的二维和三维数据，是目前处理此类高分辨率稀疏空间组学数据的最快工具 | NA | 开发高效识别空间组学数据中空间可变特征的计算方法 | 空间组学数据中的空间可变基因和空间可变峰 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | 稀疏矩阵运算 | 空间组学数据 | 181,367个位点的19,950个基因数据 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium空间转录组平台 |
| 10 | 2025-10-08 |
Causal differential expression analysis under unmeasured confounders with causarray
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635593
PMID:39975097
|
研究论文 | 提出causarray框架，用于在存在未测量混杂因素的情况下进行因果差异表达分析 | 开发了双重稳健的因果推断框架，整合广义混杂调整方法和半参数推断，能有效分离处理效应与混杂因素 | NA | 解决观察性基因组数据中因果关系识别的挑战 | 阵列基因组数据，包括批量细胞和单细胞水平的数据 | 生物信息学 | 自闭症, 阿尔茨海默病 | 单细胞测序, CRISPR技术, Perturb-seq | 机器学习, 半参数推断 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-08 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 本研究通过单细胞核RNA测序和空间转录组学分析，发现白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病进展中的关键驱动作用 | 首次在ACM中鉴定出炎症-纤维化空间生态位，并证明靶向IL-1β可改善疾病表型 | 动物模型结果需在人类患者中进一步验证 | 探究致心律失常性心肌病的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | ACM患者心肌样本和Desmoglein-2基因突变小鼠模型 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | ACM患者和对照供体的心肌样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 12 | 2025-10-08 |
Dynamic cell fate plasticity and tissue integration drive functional synovial joint regeneration
2024-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.12.628180
PMID:39713398
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研究论文 | 本研究通过建立成年斑马鱼单侧全关节切除模型，揭示了关节组织再生的细胞来源和分子机制 | 首次在成年脊椎动物中实现功能性滑膜关节的完全再生，并鉴定出神经嵴来源的多能细胞群体作为再生细胞来源 | 研究仅限于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性尚需验证 | 探索刺激天然滑膜关节组织再生的机制 | 成年斑马鱼的滑膜关节 | 发育生物学 | 关节疾病 | 单细胞RNA测序, 克隆谱系追踪, 显微CT, 组织学分析, 活体成像 | NA | 基因表达数据, 影像数据, 组织学数据 | 成年斑马鱼关节切除模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2025-10-08 |
The pericardium forms as a distinct structure during heart formation
2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613484
PMID:39345600
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研究论文 | 本研究通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学揭示了心包膜在斑马鱼心脏形成过程中的独立发育起源 | 首次发现心包膜起源于侧板中胚层中独立于经典心区的特定前部间皮祖细胞，并揭示了其与心肌细胞谱系分离的发育过程 | 研究主要基于斑马鱼模型，哺乳动物中的验证仍需进一步研究 | 探究心包膜的发育起源及其在心脏形态发生中的作用 | 斑马鱼胚胎、哺乳动物模型、新生大鼠 | 发育生物学 | 小儿扩张型心肌病 | 活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学、原子力显微镜 | 机器学习辅助细胞追踪 | 图像、转录组数据 | 斑马鱼胚胎和新生大鼠组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-08 |
TRPC3 suppression ameliorates synaptic dysfunctions and memory deficits in Alzheimer's disease
2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.16.611061
PMID:39345364
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研究论文 | 本研究通过抑制TRPC3通道改善阿尔茨海默病中的突触功能障碍和记忆缺陷 | 首次发现TRPC3在AD兴奋性神经元中特异性上调，并鉴定出有效抑制剂JW-65，揭示其通过调节钙稳态发挥神经保护作用的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验验证 | 探索TRPC3通道在阿尔茨海默病发病机制中的作用及治疗潜力 | AD患者脑组织、AD小鼠模型、大鼠海马神经元 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、生物信息学分析、功能筛选、RNA测序 | NA | 基因表达数据、电生理数据、行为学数据 | AD患者队列、急性和慢性AD小鼠模型、培养的大鼠海马神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-10-08 |
HIV-1 control in vivo is related to the number but not the fraction of infected cells with viral unspliced RNA
2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2405210121
PMID:39190360
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序方法比较HIV控制者与非控制者外周血单个核细胞中携带未剪接HIV RNA的感染细胞比例 | 首次使用灵敏定量的单细胞测序方法直接验证HIV控制者病毒控制机制，发现病毒控制与感染细胞总数而非未剪接RNA表达比例相关 | 研究样本仅限外周血单个核细胞，未涉及其他组织部位；机制分析主要基于相关性而非因果验证 | 探究HIV控制者病毒控制的关键机制，特别是未剪接HIV RNA在感染细胞中的表达特征 | HIV控制者和非控制者的外周血单个核细胞 | 传染病学 | HIV/AIDS | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | HIV控制者和非控制者的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-10-08 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable genes from spatial transcriptomic data
2024-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.06.592851
PMID:38765956
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研究论文 | 开发了一个快速准确识别空间转录组数据中空间可变基因的工具scBSP | 通过稀疏矩阵运算显著提高计算效率，能在10秒内处理包含19,950个基因和181,367个spots的高清空间转录组数据 | NA | 解决空间转录组数据分析中的计算挑战，快速识别空间可变基因 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | 稀疏矩阵运算 | 空间转录组数据 | 最多可达数百万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-08 |
Disentangling associations between complex traits and cell types with seismic
2024-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.04.592534
PMID:38765980
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研究论文 | 开发了一种名为seismic的新框架，用于整合单细胞RNA测序与全基因组关联研究，以揭示复杂性状与细胞类型之间的关联 | 提出了一种新的特异性评分来表征细胞类型，能够系统、可扩展且可解释地识别疾病-细胞类型关联 | NA | 揭示复杂性状和疾病的细胞类型特异性生物学过程 | 28种复杂性状和超过1,000种不同粒度级别的细胞类型表征 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究 | seismic框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-10-07 |
scSTD: A Swin Transformer-Based Diffusion Model for Recovering scRNA-Seq Data
2025-Oct, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3570265
PMID:40366848
|
研究论文 | 提出一种基于Swin Transformer和扩散模型的单细胞RNA测序数据恢复方法scSTD | 首次将Swin Transformer架构与潜在扩散模型相结合用于scRNA-seq数据恢复 | 未明确说明方法在特定细胞类型或实验条件下的性能限制 | 解决单细胞RNA测序数据中的dropout事件和技术噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Swin Transformer, 扩散模型, 自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-10-07 |
Human airway epithelial B-cell activating factor is reduced in early life but is virally induced via JAK/STAT
2025-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034
PMID:40409377
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研究论文 | 本研究揭示了人类气道上皮细胞通过JAK/STAT信号通路调控B细胞活化因子产生，影响早期生命阶段气道B细胞发育和抗病毒免疫应答的机制 | 首次发现婴儿气道上皮细胞BAFF产生减少但可通过病毒刺激激活，并阐明其通过I型和III型干扰素及JAK/STAT信号通路诱导的分子机制 | 研究主要关注儿科人群，缺乏成人对照；机制研究主要在体外进行，需要更多体内验证 | 探究人类气道B细胞发育动态及其与气道上皮细胞的相互作用，特别是在早期生命阶段和病毒感染条件下的变化 | 儿科患者的气道B细胞和气道上皮细胞 | 免疫学 | 呼吸道病毒感染 | 单细胞RNA测序，PCR确认，体外刺激实验 | NA | 基因表达数据，细胞培养数据 | 不同儿科年龄组的气道样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-07 |
Transcriptomic profiling of vitiligo patients shows polar immune dysregulation in involved and uninvolved skin
2025-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.002
PMID:40513622
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研究论文 | 通过转录组分析揭示白癜风患者皮损和非皮损区域存在极化的免疫失调现象 | 首次全面揭示白癜风不仅皮损区域存在TH1/干扰素驱动的免疫异常，非皮损区域也表现出明显的TH2和TH17/22相关标志物上调 | 样本量相对有限（15例白癜风样本和14例健康对照），需要更大规模研究验证 | 获取白癜风皮损和非皮损区域的整体皮肤转录组特征 | 白癜风患者的皮损和非皮损皮肤活检样本 | 转录组学 | 白癜风 | RNA测序, 实时PCR, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据, 基因表达数据 | 15例白癜风皮损和非皮损样本，14例匹配健康对照 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |