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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-06-02 |
Alveolar macrophage subtypes express cholesterol and inflammation genes in cystic fibrosis
2026-07, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202503482
PMID:42061984
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析囊性纤维化患者与健康对照者的肺泡巨噬细胞亚型,发现表达胆固醇和炎症相关基因的巨噬细胞亚型 | 首次在囊性纤维化肺中通过单细胞RNA测序无偏聚类识别出12种肺泡巨噬细胞亚型,并发现CDKN1A和LDLR表达上调与胆固醇代谢及炎症相关的联系 | 巨噬细胞与其他免疫细胞在囊性纤维化中的相互作用机制尚不完全清楚 | 识别和比较囊性纤维化与健康人群气腔巨噬细胞和单核细胞的细胞组成 | 囊性纤维化患者和健康对照者的肺泡巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞转录组学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 囊性纤维化患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 通过支气管镜获取支气管肺泡灌洗液进行单细胞RNA测序 |
| 2 | 2026-06-02 |
Integration of single-cell regulon atlas and bulk RNA-seq for individualized prognostic prediction in stomach adenocarcinoma
2026-Jun-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.116100
PMID:42221812
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研究论文 | 利用单细胞调控子图谱和批量RNA-seq数据,开发基于23个调控子的胃腺癌预后签名,用于个性化预后预测 | 首次整合单细胞RNA-seq数据与批量RNA-seq,从恶性上皮细胞中识别出23个调控子并构建机器学习预后签名,该签名在多个独立数据集中优于现有预后模型 | 研究主要基于公共数据集,缺乏临床样本验证;调控子签名的生物学机制需进一步实验验证 | 开发基于转录调控子的胃腺癌预后签名,提高风险分层和预后预测准确性 | 胃腺癌患者的肿瘤组织和正常组织样本 | 机器学习 | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 机器学习模型(具体类型未说明,可能包含集成学习等) | 基因表达数据 | 多阶段单细胞RNA-seq数据及多个独立批量RNA-seq数据集,样本数量未具体说明 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-06-02 |
SiteCELL enables on-site PBMCs purification and cryopreservation for immune single-cell profiling of underrepresented ancestries
2026-Jun-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115961
PMID:42221817
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研究论文 | SiteCELL方法能够在采集现场从全血中纯化和冷冻保存外周血单核细胞,适用于偏远地区,实现免疫功能单细胞分析,覆盖代表性不足的祖先群体 | 开发了一种无需电力、仅需最少实验室设备即可在现场进行PBMCs纯化和冷冻保存的方法,解决了在偏远和农村环境中难以实施单细胞测序的问题 | NA | 开发一种便于在偏远地区采集和处理外周血单核细胞的方法,以纳入全球南方代表性不足的社区 | 外周血单核细胞(PBMCs) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 配对的纯化PBMCs样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-06-02 |
Comprehensive assessment of alternative splicing analysis methods for single-cell RNA-seq
2026-Jun-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.116090
PMID:42221827
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研究论文 | 系统评估六种代表性可变剪接分析方法在多个全长短读长单细胞RNA-seq数据集上的表现,重点分析它们在细胞聚类和差异剪接检测等生物学相关任务中的性能 | 首次对单细胞RNA-seq可变剪接分析方法进行系统基准测试,并识别出scQuint方法在不同数据集和任务中表现稳健,具有生物学意义 | 未提及具体局限性,可能包括依赖特定数据集类型或无法覆盖所有分析方法 | 评估单细胞RNA-seq可变剪接分析方法的性能,为方法选择提供指导 | 六种单细胞RNA-seq可变剪接分析方法(包括scQuint)以及多个全长短读长单细胞RNA-seq数据集 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 多个全长短读长单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-06-02 |
COX-2-Derived PGE2 Modulates IL-17 Production by γδ T Cells During Allergic Lung Inflammation
2026-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202600944RR
PMID:42223986
|
研究论文 | 研究了COX-2衍生的PGE2在过敏性肺部炎症中对γδT细胞产生IL-17的调节作用 | 首次揭示了COX-2衍生的前列腺素E2通过EP2/EP4受体增强γδT细胞产生IL-17A的机制 | 未在人体中验证该机制,且仅使用了OVA诱导的过敏性肺部炎症模型 | 探究COX-2衍生的前列腺素在过敏性肺部炎症中对γδT细胞产生IL-17的调节机制 | γδT细胞和COX-2基因敲除小鼠 | 数字病理学 | 过敏性呼吸道疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), qPCR | NA | 基因表达数据 | COX-2+/+和COX-2-/-小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'基因表达分析 |
| 6 | 2026-06-02 |
Efferocytosis-related biomarkers and immune infiltration in pancreatic ductal adenocarcinoma based on single-cell sequencing and machine learning: a comprehensive bioinformatics analysis and experimental validation
2026-06-11, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153751
PMID:41966742
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研究论文 | 结合单细胞测序和机器学习,筛选并验证胰腺导管腺癌中与胞葬作用相关的生物标志物及免疫浸润特征 | 首次通过单细胞转录组学揭示巨噬细胞胞葬作用在PDAC微环境中的异质性,并构建六基因预后模型(CD36、ITGAV、PANX1、PPARG、S100A4、THBS1),通过实验验证了THBS1的功能 | 未提及具体局限性 | 探究胰腺导管腺癌中胞葬作用相关基因的表达模式、功能及其在肿瘤微环境中的预测意义 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本及细胞系 | 机器学习, 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, RNA-seq, 实时定量PCR, 蛋白质印迹法 | Cox回归, LASSO回归, 机器学习 | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | TCGA-PDAC、GTEx和GEO数据集中的多个队列,具体样本量未明确 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-06-02 |
In silico virtual knockout identifies PXDNL as a fibroblast-specific driver of sarcopenia and GABA as a potential modulator
2026-06-11, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153738
PMID:41996735
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研究论文 | 整合虚拟基因敲除、多组学分析和单细胞RNA测序,确定PXDNL为肌少症的成纤维细胞特异性驱动因子,并验证GABA作为一种潜在的可再利用治疗药物 | 首次通过计算机虚拟基因敲除结合多组学数据(238个活检样本、5个GEO队列)鉴定出成纤维细胞特异性驱动因子PXDNL,并建立从计算到体外验证的完整框架 | 研究缺乏体内动物模型验证,且虚拟基因敲除和药物的潜在临床应用仍需进一步临床试验确认 | 揭示肌少症的因果机制并识别可转化的治疗靶点 | 肌少症患者和对照的肌肉组织活检样本以及CC或HMC细胞系 | 计算生物学 | 肌少症 | 虚拟基因敲除、多组学分析(WGCNA、差异表达分析)、单细胞RNA测序、分子对接、酶活性测定 | scTenifoldKnk、PLS-RGLM | 基因表达数据(bulk及单细胞RNA测序)、分子结构数据 | 238个活检样本(多组学)、12,847个细胞(单细胞RNA测序),共5个GEO队列 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2026-06-02 |
Tumor-stromal crosstalk and macrophage enrichment are associated with chemotherapy response in bladder cancer
2026-Jun, FEBS open bio
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/2211-5463.70179
PMID:41388608
|
研究论文 | 本研究利用功能性离体膀胱癌组织切片模型,结合空间转录组学分析,揭示了肿瘤-基质交互和巨噬细胞富集与膀胱癌化疗反应的相关性 | 首次使用功能性离体膀胱癌组织切片模型结合空间转录组学,揭示肿瘤-基质交互和巨噬细胞招募在膀胱癌化疗耐药中的新机制,并发现SPP1作为潜在的预测生物标志物 | 未提及具体局限性 | 探究肿瘤-基质交互和巨噬细胞招募在膀胱癌化疗耐药中的机制 | 肌层浸润性膀胱癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 64个样本的空间转录组数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9 | 2026-06-02 |
Microglial dynamics and ferroptosis induction in human iPSC-derived neuron-astrocyte-microglia tri-cultures
2026-Jun, FEBS open bio
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/2211-5463.70182
PMID:41532473
|
研究论文 | 利用人诱导多能干细胞来源的神经元-星形胶质细胞-小胶质细胞三元共培养模型,研究小胶质细胞的动态变化及铁死亡诱导 | 首次在人类iPSC来源的三元共培养系统中系统刻画小胶质细胞与神经元及星形胶质细胞的互作,并发现补体C3可作为评估胶质细胞互作影响的生物标志物;同时在该模型中验证了小胶质细胞铁死亡机制 | 未提及具体局限性 | 探究神经元-星形胶质细胞-小胶质细胞三元共培养系统中小胶质细胞的转录状态、细胞互作及铁死亡诱导机制 | 人诱导多能干细胞来源的神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 三元共培养模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-06-02 |
Immunomodulatory strategies and targeted delivery systems in atherosclerosis therapy
2026-Jun, Expert opinion on drug delivery
IF:5.0Q1
DOI:10.1080/17425247.2026.2636761
PMID:41729255
|
综述 | 本文综述了动脉粥样硬化的免疫调节策略和靶向递送系统 | 系统整合了从广泛免疫抑制向亚群特异性精准干预的转变,以及智能仿生纳米递送平台的发展,并提出了免疫代谢串扰和多组学引导的个性化系统等新兴前沿 | 纳米载体斑块穿透性不足、肝脏蓄积以及系统性免疫抑制风险等主要挑战尚未解决 | 总结动脉粥样硬化免疫病理机制和靶向纳米药物的研究进展,并展望未来发展方向 | 动脉粥样硬化免疫病理机制、免疫调节策略和靶向纳米递送系统 | 机器学习 | 心血管疾病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2026-06-02 |
A Tumor-Promoting Inflammatory SPP1+ Macrophage-IL6-CRP Axis Drives Immune Dysfunction in Bladder Cancer
2026-Jun-01, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-1774
PMID:41747249
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研究论文 | 揭示SPP1+巨噬细胞-IL6-CRP炎症轴在膀胱癌中驱动免疫功能障碍的机制 | 首次通过大规模单细胞RNA测序整合分析,明确系统性炎症(IL6/CRP)与肿瘤微环境中SPP1+巨噬细胞富集的关联,并验证该轴通过IL6信号抑制T细胞活性 | NA | 探究膀胱癌中系统性炎症标志物CRP/IL6与肿瘤微环境免疫抑制的关系及机制 | 尿路上皮膀胱癌患者的血浆及肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据, 血浆蛋白数据 | 多个免疫检查点阻断治疗队列的血浆样本及迄今最大规模膀胱癌单细胞图谱数据 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序, Illumina NovaSeq批量RNA测序 |
| 12 | 2026-06-02 |
Matrix Stiffness Directs Early Injury and Ketogenesis Programs to Prime Kidney Repair
2026-Jun-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000967
PMID:41563281
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研究论文 | 探索基质硬度在急性肾损伤后修复过程中的作用,鉴定Mfap2作为关键修复介质 | 首次发现Mfap2通过大型肿瘤抑制激酶1介导的非经典Hippo通路驱动机械代谢信号,揭示Mfap2-Esr2-Hmgcs2回路作为减轻AKI的可药物靶点 | 未明确提及 | 阐明细胞外基质在急性肾损伤修复中的机械调控机制,寻找潜在治疗靶点 | 急性肾损伤小鼠模型中的成纤维细胞、周细胞、肾小管细胞及细胞外基质 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 空间转录组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、组织工程 | NA | 蛋白质组数据、磷酸化蛋白质组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2026-06-02 |
Locus-Specific Human Endogenous Retrovirus ERVK18 Expression Indicates an Inflamed Microenvironment and Favorable Immunotherapy Outcome in Small Cell Lung Cancer
2026-Jun-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-3302
PMID:41784525
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研究论文 | 本研究揭示了位点特异性人内源性逆转录病毒ERVK18在小细胞肺癌中指示炎症微环境和良好免疫治疗结局 | 首次发现位点特异性ERVK18表达可作为小细胞肺癌免疫治疗的预后和预测生物标志物,区别于整个HERV-K亚家族的无预后价值 | 研究主要基于回顾性队列分析,需要前瞻性验证;ERVK18的作用机制尚未完全阐明 | 探索小细胞肺癌中HERV-K亚家族位点特异性表达与免疫微环境及免疫治疗结局的关系 | 小细胞肺癌患者的肿瘤组织样本和临床数据 | 机器学习 | 小细胞肺癌 | RNA-seq, IHC, 荧光原位杂交, 单细胞RNA测序, 多重IHC | NA | 图像 | IMpower133队列271例,PKUPH队列40例,组织微阵列48例 | Illumina, Akoya Biosciences, 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫组化 | Illumina NovaSeq, PhenoCycler-Fusion, 10x Chromium | IMpower133队列使用NovaSeq测序,单细胞分析使用10x Chromium平台,空间分析使用PhenoCycler-Fusion多重IHC系统 |
| 14 | 2026-06-02 |
Dynamic Reprogramming of PDGFRA-Expressing Stromal Cells Facilitates WNT-Driven Transformation by Promoting a Fetal-Like State in the Intestinal Epithelium
2026-Jun-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0101
PMID:41784677
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研究论文 | 本文揭示了PDGFRA表达基质细胞在WNT驱动的肿瘤发生过程中通过促进肠上皮胎儿样状态来动态重编程并促进肿瘤形成 | 首次揭示PDGFRA+成纤维细胞在WNT介导的肿瘤发生早期动态重编程并分泌配体促进肠黏膜胎儿样状态,以及TGFβ信号在此过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外类器官培养,缺乏人体组织直接验证;未阐明胎儿样状态向肿瘤转化的完整分子机制 | 探究PDGFRA表达基质细胞在WNT驱动的肠道肿瘤发生中的动态变化及其对上皮细胞的调控作用 | PDGFRA+成纤维细胞、WNT驱动的肠道肿瘤上皮细胞 | 数字病理学 | 肠道肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型组织样本及类器官培养样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于分析间充质细胞群 |
| 15 | 2026-06-02 |
CCL3+ Neutrophil Signature Predicts Response to Neoadjuvant Toripalimab plus Chemotherapy in Patients with Hypopharyngeal Squamous Cell Carcinoma: A Phase II Trial
2026-Jun-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-4096
PMID:41817286
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研究论文 | 通过II期临床试验,发现CCL3+中性粒细胞特征可预测下咽鳞状细胞癌患者对新辅助特瑞普利单抗联合化疗的反应 | 首次揭示CCL3+中性粒细胞亚群作为新辅助化学免疫治疗反应预测生物标志物的潜力,且其预测能力显著优于PD-L1 CPS评分 | 单中心、单臂设计,样本量有限,且生物标志物验证队列较小 | 寻找指导下咽鳞癌患者新辅助化学免疫治疗选择的生物标志物 | 可切除局部晚期下咽鳞状细胞癌患者 | 机器学习 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组化 | NA | 基因表达数据、临床病理数据 | 70例可评估患者(其中13例进行单细胞测序,60例进行验证分析) | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-06-02 |
A Single-Cell Analysis Reveals Macrophage Heterogeneity Driving Plaque Vulnerability in Coronary and Carotid Arteries
2026-Jun-01, Journal of atherosclerosis and thrombosis
IF:3.0Q2
DOI:10.5551/jat.65991
PMID:41850847
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示冠状动脉和颈动脉斑块中巨噬细胞异质性驱动易损性的机制 | 首次整合多个RNA速率推断方法(原始RNA速率、动态RNA速率、TFvelo和CellRank),发现冠状动脉和颈动脉斑块中共享的向IL1B+炎症巨噬细胞的分化轨迹,并揭示不同血管床中糖酵解途径的差异激活模式 | 研究基于已有数据集(GSE184073和GSE253903),样本量和数据集来源可能限制结果的普适性 | 比较急性冠脉综合征和慢性冠脉综合征,以及症状性和无症状性颈动脉疾病的巨噬细胞异质性,寻找疾病特异性治疗策略 | 冠状动脉粥样硬化斑块和颈动脉粥样硬化斑块中的髓系细胞(巨噬细胞) | 计算机视觉 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | RNA速率模型(原始、动态、TFvelo、CellRank) | 基因表达数据 | 两个公共数据集:GSE184073(冠状动脉疾病)和GSE253903(颈动脉疾病) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2026-06-02 |
Heterogeneity of memory B cells in human blood
2026-Jun-01, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxag006
PMID:41630420
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综述 | 探讨人类血液中记忆B细胞的异质性,并基于5种标记物提出新的B细胞群体分类框架 | 提出利用IgD、CD27、CD21、CD11c和CD45RB糖基化异构体这五种标记物区分人类血液中绝大多数B细胞群体的新分类框架 | 未提及具体局限性 | 阐述人类循环B细胞(尤其是记忆B细胞)的表型和功能异质性,并解决不同标记物识别重叠细胞类型造成的混淆问题 | 人类血液中的B细胞,特别是记忆B细胞 | 数字病理学 | 不适用 | 单细胞技术(高参数流式细胞术、单细胞测序) | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 |
| 18 | 2026-06-02 |
Epigenetically controlled endothelial promyelocytic leukemia drives liver inflammation and fibrosis
2026-Jun-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI196730
PMID:41842990
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研究论文 | 该论文发现表观遗传异常的内皮细胞在肝纤维化中通过PML/BRD4相分离机制驱动炎症和纤维化进程 | 首次阐明内皮细胞中PML/BRD4通过相分离形成凝聚体激活超级增强子,驱动促炎血管分泌信号,并在肝纤维化中关键调控炎症免疫细胞招募 | 研究主要基于小鼠模型,尚需在人类样本中验证其临床相关性,且未详细探讨其他细胞类型在纤维化中的潜在相互作用 | 揭示肝纤维化发生初始阶段驱动炎症免疫细胞招募的特定分子机制 | 肝窦内皮细胞及其PML/BRD4复合物在肝纤维化中的作用 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型:肝纤维化肝脏样本,具体样本量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 19 | 2026-06-02 |
Spermidine Mitigates Immune Cell Senescence and Boosts Vaccine Responses in Healthy Older Adults-A Pilot Study
2026-Jun, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70545
PMID:42169618
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研究论文 | 一项试点研究评估亚精胺对健康老年人免疫细胞衰老和疫苗应答的影响 | 首次在人体随机对照试验中证明亚精胺能逆转免疫衰老标志物并增强疫苗特异性B细胞和抗体反应 | 样本量较小(40人),且为试点研究,需更大规模试验验证 | 评估亚精胺对老年人疫苗诱导免疫应答的安全性和效果 | 65岁以上健康老年人,接种新冠疫苗第三剂后 | 机器学习 | 老年病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 40名65岁以上老年人 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 20 | 2026-06-02 |
The transcriptional atlas, intercellular communication, and metabolic reprogramming of the cartilage and synovium in osteoarthritis patients with diabetes mellitus : a multiomics study
2026-Jun-01, Bone & joint research
IF:4.7Q1
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研究论文 | 通过多组学分析揭示糖尿病如何加剧骨关节炎的细胞和分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序、批量RNA测序和代谢组学联合分析,构建了2型糖尿病骨关节炎患者软骨与滑膜的转录组图谱、细胞间通讯网络及代谢重编程特征 | 未提及具体局限性 | 阐明糖尿病加剧骨关节炎的细胞与分子机制 | 21例骨关节炎或2型糖尿病骨关节炎患者的膝关节软骨和滑膜组织 | 机器学习和数字病理学 | 骨关节炎,糖尿病 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,代谢组学分析 | NA | 转录组数据,代谢组数据 | 21例患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,代谢组学 | NA | NA |