单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-08	Mature tertiary lymphoid structures linked to HPV status and anti-PD-1 based chemoimmunotherapy response in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2528109 PMID:40621740	研究论文	该研究探讨了成熟三级淋巴结构（TLSs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中对HPV状态和抗PD-1化疗免疫治疗反应的关联	首次揭示了TLS成熟度与HPV状态及抗PD-1化疗免疫治疗反应的相关性，并通过单细胞和空间转录组学分析了TLS的组成差异	研究主要基于TCGA-HNSC转录组数据和病理切片，可能受限于样本量和数据来源的多样性	探究TLSs在HNSCC中对化疗免疫治疗反应的影响及其与HPV状态的关系	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、多光谱免疫组化、流式细胞术、ELISA	NA	转录组数据、病理切片图像	TCGA-HNSC数据集中的样本
2	2025-07-08	Decoding the crossroads of aging and cancer through single-cell analysis: Implications for precision oncology 2025-Sep-01, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35456 PMID:40268523	综述	本文探讨了单细胞分析在理解衰老与癌症之间复杂关系中的应用及其对精准肿瘤学的意义	整合单细胞技术与空间转录组学、分子探针和人工智能等先进工具，揭示衰老在肿瘤微环境中的异质性及其对治疗的影响	未提及具体实验数据或样本量的限制	阐明衰老如何影响癌症的发生、进展和治疗抵抗，并探索衰老相关通路在精准肿瘤学中的潜在应用	衰老与癌症的相互作用，特别是衰老细胞在肿瘤微环境中的角色	精准医学	癌症	单细胞分析、空间转录组学、分子探针、人工智能	NA	单细胞数据	NA
3	2025-07-08	Sirtuin 2 regulates NOD-like receptor protein 3/nuclear factor kappa B axis to promote cartilage repair in osteoarthritis 2025-Sep, Journal of cell communication and signaling IF:3.6Q3 DOI:10.1002/ccs3.70031 PMID:40620356	研究论文	本研究探讨了Sirtuin 2（SIRT2）如何通过调节NLRP3/NF-κB信号轴促进骨关节炎（OA）中的软骨修复	揭示了SIRT2通过去乙酰化NF-κB p65抑制NLRP3激活的新机制，并证实其在OA软骨修复中的保护作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	阐明SIRT2在OA中调节NLRP3/NF-κB信号轴的作用机制	OA小鼠模型和软骨细胞培养物	骨关节疾病研究	骨关节炎	单细胞RNA测序、Western blotting、实时PCR、共免疫沉淀、染色质免疫沉淀	OA小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，使用OA小鼠模型和体外培养的软骨细胞
4	2025-07-08	Single-Cell RNA Sequencing Highlights a Contribution of Human Amniotic Mesenchymal Stem Cells-Derived Exosomes to Androgenetic Alopecia 2025-Jul-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500853R PMID:40622121	研究论文	本研究探讨了人羊膜间充质干细胞来源的外泌体（hAMSC-exo）对雄激素性脱发（AGA）的治疗作用及其分子机制	首次在单细胞水平揭示了hAMSC-exo通过Wnt/β-catenin信号通路缓解DHT诱导的毛乳头细胞（DPC）损伤，并促进毛囊再生的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索hAMSC-exo对AGA的治疗潜力及其作用机制	雄激素性脱发（AGA）小鼠模型	干细胞治疗	雄激素性脱发	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
5	2025-07-08	Monocyte-derived macrophages-synovial fibroblasts crosstalk unravels oncostatin signaling network as a driver of synovitis in osteoarthritis 2025-Jul-07, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43299 PMID:40621694	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性及其与基质细胞的相互作用，特别是OSM/OSMR信号网络在滑膜炎中的作用	首次系统地描述了骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性、来源及其与基质细胞的通讯机制，特别是发现了OSM/OSMR信号网络在巨噬细胞-成纤维细胞互作中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本（4例OA患者），需要在更大规模的人类队列中进行验证	探究骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性、来源及其与基质细胞的相互作用机制	胶原酶诱导的骨关节炎小鼠模型和4例OA患者的CD14+巨噬细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、遗传命运图谱、成像质谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	胶原酶诱导的骨关节炎小鼠模型和4例OA患者
6	2025-07-08	Magnifying Glass on Sinonasal NUT Carcinoma Heterogeneity via Spatial Transcriptomics 2025-Jul-07, Head & neck DOI:10.1002/hed.28231 PMID:40621801	研究论文	通过空间转录组学技术探索鼻腔鼻窦NUT癌的肿瘤异质性	首次利用空间转录组学技术揭示NUT癌的肿瘤异质性及其与组织学特征的关系	样本量较小（仅3例），且行为相关性仅为推测性	研究NUT癌的肿瘤异质性及其潜在治疗意义	鼻腔鼻窦NUT癌的肿瘤组织	数字病理	鼻腔鼻窦癌	10X Genomics Visium空间基因表达分析	图神经网络	空间转录组数据	3例福尔马林固定石蜡包埋组织样本
7	2025-07-08	CD8a + GZMK + T Cells Inhibit Osteoclastogenesis in Postmenopausal Osteoporosis via the p38-MAPK Pathway 2025-Jul-07, Calcified tissue international IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s00223-025-01402-9 PMID:40622431	研究论文	本研究探讨了骨髓T细胞在绝经后骨质疏松症（PMOP）中的异质性和功能，发现CD8a + GZMK + T细胞通过p38-MAPK通路抑制破骨细胞生成	首次鉴定并表征了CD8a + GZMK + T细胞亚群，揭示了其通过分泌GzmK抑制破骨细胞生成的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究PMOP中骨髓T细胞的异质性及其在骨质疏松病理过程中的作用	绝经后骨质疏松症小鼠的骨髓T细胞	细胞生物学	骨质疏松症	单细胞转录组测序、流式细胞术、TRAP染色、免疫荧光染色、qPCR、RNA测序、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	小鼠股骨骨髓样本
8	2025-07-08	Molecular Mechanisms of Perivascular Macrophages in Alzheimer's Disease: Insights from Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization 2025-Jul-07, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-025-01590-w PMID:40622473	研究论文	本研究通过单细胞测序和孟德尔随机化分析探讨了血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病中的分子机制	结合单细胞测序和孟德尔随机化分析，鉴定了四个与阿尔茨海默病风险显著相关的关键基因，并揭示了PVMs在免疫调节和代谢途径中的作用	研究样本来源有限，仅基于GSE264648和eQTLGen数据库的数据	探讨血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病中的分子机制	血管周围巨噬细胞(PVMs)和阿尔茨海默病患者	生物医学	阿尔茨海默病	单细胞测序, 孟德尔随机化(MR)分析	NA	单细胞测序数据, eQTL数据	基于GSE264648和eQTLGen数据库的数据
9	2025-07-08	Single-nucleus rna sequencing identifies universal camk1d upregulation and dysregulated c-ltmr subtypes as key drivers of paclitaxel-induced neuropathy 2025-Jul-07, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10065-z PMID:40622640	研究论文	通过单核RNA测序技术研究紫杉醇诱导的神经病理性疼痛的分子机制	首次使用单核RNA测序技术揭示紫杉醇诱导的神经病理性疼痛中C_LTMR亚型的转录组变化及Camk1d的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	探索紫杉醇诱导的神经病理性疼痛的分子机制	小鼠背根神经节(DRG)细胞	神经科学	神经病理性疼痛	单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	RNA测序数据	紫杉醇处理的小鼠背根神经节细胞
10	2025-07-08	Single-cell transcriptome atlas reveals mitophagy dynamics in acute chemical injury model and the role of MSCs transplantation 2025-Jul-06, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04491-3 PMID:40619426	研究论文	本研究通过单细胞转录组图谱揭示了急性化学损伤模型中线粒体自噬的动态变化及间充质干细胞移植的作用	首次在单细胞水平上揭示了急性肝衰竭中线粒体自噬的细胞特异性变化及MSCs治疗的调控机制	研究仅基于小鼠模型，未在人体中验证	探究间充质干细胞治疗急性肝衰竭的分子机制	健康小鼠、急性肝衰竭小鼠及hUC-MSC移植小鼠的肝组织	数字病理学	肝衰竭	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	健康小鼠、ALF小鼠及hUC-MSC移植小鼠的肝组织样本
11	2025-07-08	Systematic assessment of microenvironment-dependent transcriptional patterns and intercellular communication 2025-Jul-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03677-5 PMID:40619422	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST），系统评估空间微环境如何影响基因表达和细胞间通讯	首次系统性地结合scRNA-seq和ST技术，评估空间微环境对基因表达和细胞间通讯的影响	使用scRNA-seq数据捕获微环境特异性分子相互作用存在局限性，即使利用了空间信息	揭示空间微环境对细胞基因表达和细胞间通讯的影响	乳腺癌、大脑皮层和心脏数据集中的细胞	空间转录组学	乳腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	多个乳腺癌、大脑皮层和心脏数据集
12	2025-07-08	Deciphering the tumor immune microenvironment: single-cell and spatial transcriptomic insights into cervical cancer fibroblasts 2025-Jul-05, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03432-5 PMID:40616092	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了宫颈癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤免疫微环境中的作用	整合单细胞RNA测序、空间转录组学和解卷积分析，首次系统鉴定了宫颈癌中六种不同的成纤维细胞亚型，并发现C0 MYH11+成纤维细胞通过MDK-SDC1信号轴在肿瘤-成纤维细胞互作中起关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞的异质性及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用	宫颈癌组织样本和体外培养的癌细胞与成纤维细胞	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 解卷积分析, FACS, 多重免疫荧光	预后模型	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 免疫组化数据	未明确提及样本数量，但包括人类宫颈癌组织样本和体外培养细胞
13	2025-07-08	Targeting PFKFB3 to restore glucose metabolism in acute pancreatitis via nanovesicle delivery 2025-Jul-05, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01261-y PMID:40618046	研究论文	本研究探讨了PFKFB3在急性胰腺炎(AP)中调节葡萄糖代谢的作用，并评估了通过纳米囊泡递送抑制PFKFB3以缓解代谢功能障碍的潜力	首次将PFKFB3确定为治疗急性胰腺炎中葡萄糖代谢障碍的关键靶点，并创新性地采用纳米囊泡递送技术进行干预	研究主要基于体外和体内模型，尚未进行临床验证	探索急性胰腺炎中葡萄糖代谢紊乱的分子机制并开发新型治疗方法	急性胰腺炎(AP)及其相关的葡萄糖代谢紊乱	代谢疾病治疗	急性胰腺炎	scRNA-seq, bulk RNA测序, 纳米囊泡递送技术	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了GEO数据库中的scRNA-seq和bulk RNA测序数据以及体内外AP模型
14	2025-07-08	Identification of inflammation-related biomarkers and therapeutic targets for neurogenic bladder fibrosis via multi-omics analysis 2025-Jul-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110721 PMID:40618693	研究论文	通过多组学分析识别炎症相关生物标志物和治疗神经源性膀胱纤维化的潜在药物	首次通过单细胞和批量RNA测序结合机器学习方法，识别出HIF-1α、IL-1β、CD40和IL10RA作为神经源性膀胱纤维化的诊断生物标志物，并发现MEK抑制剂PD-0325901作为潜在治疗药物	研究主要基于大鼠模型，需要在人类患者中进行进一步验证	识别神经源性膀胱纤维化的诊断生物标志物并探索潜在治疗药物	神经源性膀胱纤维化	生物医学	神经源性膀胱	单细胞RNA测序、批量RNA测序、WGCNA、机器学习、分子对接模拟	机器学习	RNA测序数据	NB大鼠模型和NB患者样本
15	2025-07-08	Molecular mechanism and biological pathway of high-expressed RAD51 in regulating cell adhesion and potentially affecting oral squamous cell carcinoma 2025-Jul-04, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03085-y PMID:40613957	研究论文	本研究探讨了RAD51在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中通过调节细胞粘附相关机制促进癌症进展的分子机制和生物学通路	首次全面验证了RAD51在OSCC中的多平台表达模式及其在细胞粘附中的功能作用，并揭示了其与药物敏感性的关联	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究RAD51在OSCC中的表达模式及其通过调节细胞粘附影响癌症进展的分子机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)组织和细胞	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq, 微阵列, 免疫组化(IHC), 单细胞测序(scRNA-seq), CRISPR基因敲除	NA	基因表达数据, 单细胞数据, 组织样本	1,006例OSCC样本(RNA-seq和微阵列), 162例OSCC组织(IHC), 9,693个恶性上皮细胞(scRNA-seq)
16	2025-07-08	Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61184-4 PMID:40615364	研究论文	通过单细胞和单核RNA测序技术，研究dup15q综合征在自闭症谱系障碍中的分子变化	揭示了dup15q综合征在胎儿期器官样体发育和青少年-成年期尸检脑样本中的细胞类型特异性分子变化，并发现了与特发性自闭症共享的转录负担模式	研究依赖于患者来源的iPSCs和尸检脑样本，可能存在样本来源的限制	研究dup15q综合征在自闭症谱系障碍中的分子机制	dup15q患者来源的iPSCs皮质器官样体和尸检脑样本	分子生物学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据	dup15q患者来源的iPSCs皮质器官样体和尸检脑样本
17	2025-07-08	Reduced somatosensory innervation alters the skeletal transcriptome at a single cell level in a mouse model of type 2 diabetes 2025-Jul-04, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00436-x PMID:40615376	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病小鼠模型中感觉神经减少对骨骼转录组的单细胞水平影响	首次结合单细胞RNA测序和体外实验，揭示了糖尿病骨骼病变中神经-骨骼信号传导的改变	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究糖尿病周围神经病变(DPN)对骨骼代谢的影响机制	高脂饮食喂养的2型糖尿病小鼠模型	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	小鼠疾病模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但包含骨骼组织和感觉神经细胞的单细胞测序数据
18	2025-07-08	Divide-and-conquer strategy with engineered ossification center organoids for rapid bone healing through developmental cell recruitment 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61619-y PMID:40615395	研究论文	本研究设计了一种类似骨化中心的类器官（OCO），通过分而治之的策略促进大尺寸骨缺损的快速愈合	创新性地开发了由MSCs负载3D打印生成的内核骨形态发生和神经营养球体与外层促血管生成神经营养相组成的OCO，实现了快速骨桥接和连续骨化小骨形成	研究未明确探讨OCO在长期体内的稳定性和潜在副作用	开发一种新型骨修复方法，促进大尺寸骨缺损的快速愈合	骨缺损修复	组织工程	骨缺损	3D打印、单细胞RNA测序、机器学习	机器学习	基因表达数据	NA
19	2025-07-08	DOLPHIN advances single-cell transcriptomics beyond gene level by leveraging exon and junction reads 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61580-w PMID:40615408	research paper	本文介绍了一种名为DOLPHIN的深度学习方法，该方法通过整合外显子水平和连接读取数据，将基因表示为图结构，以提高单细胞转录组学的分析能力	DOLPHIN利用外显子水平和连接读取数据，通过变分图自编码器处理基因图结构，从而在细胞聚类、生物标志物发现和选择性剪接检测方面表现出优越性能，并能检测基因水平分析中常被掩盖的外显子水平的细微转录组差异	NA	提高单细胞转录组学的分析能力，特别是在细胞异质性、亚群识别和选择性剪接检测方面	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	变分图自编码器	单细胞转录组数据	NA
20	2025-07-08	Multi-omics and experimental validation reveal mechanism of compound mylabris capsules in treating diffuse large B-cell lymphoma 2025-Jul-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-09767-5 PMID:40615583	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证揭示了复方斑蝥胶囊（CMC）在治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的作用机制	首次通过多组学分析和实验验证揭示了CMC（主要是豆甾醇）通过调控CDK1和CDK2等靶点在DLBCL中的抗肿瘤作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	阐明复方斑蝥胶囊在DLBCL治疗中的作用机制	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）	生物医学	淋巴瘤	多组学分析（包括差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析）、单细胞RNA测序、分子对接和动力学模拟	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自GEO和TCGA的DLBCL相关数据集