单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-24	Response of astrocytes and their interaction with surrounding brain cells after acute ischemia-reperfusion analyzed by single-cell transcriptome sequencing 2025-Jun-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111355 PMID:40286940	研究论文	通过单细胞转录组测序分析急性缺血再灌注后星形胶质细胞的反应及其与周围脑细胞的相互作用	揭示了星形胶质细胞在缺血再灌注后12小时的异质性，并鉴定了9个潜在的治疗靶点基因和6个特异性抵抗缺血再灌注损伤的基因	研究仅关注缺血再灌注后12小时的时间点，未涉及其他时间段的动态变化	揭示星形胶质细胞在缺血性中风中的抗损伤反应机制	小鼠星形胶质细胞及其与周围脑细胞的相互作用	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠星形胶质细胞
2	2025-05-24	The janus face of astrocytes in multiple sclerosis: Balancing protection and pathology 2025-Jun-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111356 PMID:40288545	review	本文综述了星形胶质细胞在多发性硬化症（MS）中的双重作用及其治疗潜力	揭示了人类星形胶质细胞状态的连续性，超越了传统的A1/A2二分法，并探讨了星形胶质细胞-小胶质细胞串扰和代谢重编程在MS病理中的关键作用	将小鼠A1/A2概念转化到人类MS研究中存在挑战，人类星形胶质细胞表现出异质性、依赖于区域微环境和疾病阶段的反应	探讨星形胶质细胞在MS中的双重作用及其作为治疗靶点的潜力	多发性硬化症（MS）中的星形胶质细胞	神经科学	多发性硬化症	单细胞转录组学、空间转录组学、空间多组学	NA	转录组数据	NA
3	2025-05-24	Single-cell analysis reveals fibroblast heterogeneity and myofibroblast conversion in ligamentum flavum hypertrophy 2025-Jun, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.001 PMID:39653186	研究论文	通过单细胞分析揭示韧带黄韧带肥大中的成纤维细胞异质性和肌成纤维细胞转化	识别了成纤维细胞向肌成纤维细胞的转分化过程，以及新的信号通路如GAS和GRN在黄韧带肥大中的作用	样本量较小，仅来自3名患者	研究黄韧带肥大中的细胞比例和信号通路	黄韧带组织	单细胞分析	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3名患者的黄韧带组织
4	2025-05-24	Transcriptional reprogramming triggered by neonatal UV radiation or Lkb1 loss prevents BRAFV600E-induced growth arrest in melanocytes 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03339-7 PMID:40057604	research paper	该研究探讨了新生儿UV辐射或Lkb1缺失如何通过转录重编程阻止BRAFV600E诱导的生长停滞，从而促进黑色素瘤的发展	揭示了新生儿UV辐射或Lkb1缺失通过转录重编程绕过BRAF诱导的生长停滞的新机制，并识别了与黑色素瘤发展和药物抵抗相关的基因	研究主要基于小鼠模型和有限的临床数据，人类黑色素瘤的复杂性可能未被完全涵盖	理解新生儿UVB引发的黑色素瘤中BRAF的作用及其与生长停滞的关系	黑色素细胞和黑色素瘤	癌症研究	黑色素瘤	基因组分析、单细胞转录组学	小鼠模型	基因组数据、转录组数据、临床数据	NA
5	2025-05-24	Single-cell multiome reveals root hair-specific responses to salt stress 2025-Jun, The New phytologist DOI:10.1111/nph.70160 PMID:40269556	research paper	研究利用单细胞测序技术揭示了非结球白菜根尖在盐胁迫下的转录和染色质可及性景观，发现盐胁迫影响根毛分化和铁转运	首次创建了非结球白菜根尖在正常和盐胁迫条件下的单细胞转录和染色质可及性图谱，揭示了盐胁迫对根毛分化和铁转运的影响	研究仅针对非结球白菜，可能不适用于其他植物物种	探究植物对盐胁迫的响应机制，为培育耐盐作物提供理论依据	非结球白菜（NHCC）的根尖组织	植物生物学	NA	单细胞测序	NA	单细胞转录组和染色质可及性数据	未明确说明样本数量，但涉及正常和盐胁迫条件下的非结球白菜根尖组织
6	2025-05-24	Characterization of ROMK cellular heterogeneity along the mouse kidney thick ascending limb 2025-Jun, Pflugers Archiv : European journal of physiology DOI:10.1007/s00424-025-03086-4 PMID:40358700	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重成像技术，揭示了小鼠肾脏厚升支中ROMK通道的细胞异质性	首次发现ROMK蛋白在厚升支细胞中的分布与分子不同的细胞类型一致，揭示了ROMK的功能异质性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	探究肾脏厚升支中ROMK通道的细胞异质性及其功能意义	小鼠肾脏厚升支细胞	肾脏生理学	NA	单细胞RNA测序、RNAscope原位杂交、迭代间接免疫荧光成像(4i多重成像)、机器学习	NA	RNA测序数据、图像数据	NA
7	2025-05-24	The immune system in cardiovascular diseases: from basic mechanisms to therapeutic implications 2025-May-23, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02220-z PMID:40404619	综述	本文综述了免疫系统在心血管疾病中的基本机制及其治疗意义	详细探讨了免疫系统在心血管疾病中的多级调控机制及免疫治疗的最新进展	NA	探讨免疫系统在心血管疾病中的作用及其治疗潜力	心血管疾病中的免疫系统调控机制	心血管疾病研究	心血管疾病	多组学分析（单细胞测序、空间转录组等）、免疫治疗技术（如CAR-T细胞疗法）	NA	NA	NA
8	2025-05-24	Viral tropism in plants, reproductive tissues, and seeds 2025-May-23, Archives of microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00203-025-04353-9 PMID:40404962	综述	本文综述了植物病毒趋向性的分子和细胞决定因素，包括病毒如何通过特定机制感染和复制于特定细胞类型、组织或宿主	探讨了病毒如何克服抗病毒屏障以在生殖器官、分生组织和种子中建立持久感染，并利用超分辨率显微镜、单细胞转录组学和蛋白质组学等新技术揭示病毒-宿主相互作用的新机制	NA	理解植物病毒趋向性的分子和细胞机制，以提高作物抗性和设计综合疾病管理策略，并探索植物病毒在靶向递送和生物技术应用中的潜力	植物病毒及其与宿主细胞的相互作用	植物病理学	植物病毒感染	超分辨率显微镜、单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	分子和细胞数据	NA
9	2025-05-24	Single-cell transcriptomic profiling of the whole colony of Botrylloides diegensis: Insights into tissue specialization and blastogenesis 2025-May-23, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204265 PMID:40406997	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对Botrylloides diegensis整个群体进行了转录组分析，揭示了细胞异质性和组织特异性标记	首次对整个B diegensis群体进行单细胞转录组测序，识别了29个主要细胞簇，并发现了胃上皮特定区域的独特标记基因	NA	解析B diegensis的细胞异质性、组织特化和芽殖过程	Botrylloides diegensis群体的所有细胞(包括个体、芽体和血管被膜)	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位杂交	NA	单细胞转录组数据	整个B diegensis群体(包含多种组织类型)
10	2025-05-24	Comprehensive single-cell RNA atlas of human laryngeal normal, preneoplastic and tumorigenic states 2025-May-23, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3679 PMID:40407728	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，构建了人类喉部正常、癌前和肿瘤状态的全面单细胞图谱	首次生成了声带息肉(VCP)和声带白斑(VCL)的单细胞图谱，并扩展了喉鳞状细胞癌(LSCC)的癌细胞图谱，揭示了VCL作为良恶性过渡病变的混合微环境特征	样本量相对有限(36例患者)，且仅基于手术组织样本，可能无法完全反映疾病发展的全过程	阐明声带白斑(VCL)向喉鳞状细胞癌(LSCC)进展的分子机制，为早期诊断和靶向治疗提供依据	36例诊断为声带息肉(VCP)、声带白斑(VCL)和喉鳞状细胞癌(LSCC)患者的手术组织标本	单细胞组学	喉癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	36例患者(318,907个细胞和12,679个空间转录组位点)
11	2025-05-24	Single-cell RNA sequencing and traditional RNA sequencing reveals the role of cancer-associated fibroblasts in head and neck squamous cell carcinomas cohort 2025-May-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02507-1 PMID:40407978	研究论文	通过单细胞RNA测序和传统RNA测序研究癌症相关成纤维细胞在头颈部鳞状细胞癌中的作用	构建了一个基于CAF的预后预测模型和列线图，强调了CAF在肿瘤微环境中的重要性及其作为治疗和预后生物标志物的潜力	研究基于TCGA HNSC队列，可能无法完全代表所有HNSC患者的情况	研究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的潜在作用	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、差异表达分析、Cox回归、LASSO回归、通路富集分析	LASSO回归、多变量Cox回归	RNA测序数据	TCGA HNSC队列中的患者样本
12	2025-05-24	GCNLA: Inferring Cell-Cell Interactions From Spatial Transcriptomics With Long Short-Term Memory and Graph Convolutional Networks 2025-May-22, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3572383 PMID:40402695	research paper	提出了一种基于图卷积网络和长短期记忆注意力模块的网络架构GCNLA，用于从空间转录组数据推断细胞间相互作用	GCNLA不仅学习细胞的空间结构，还捕获远端细胞间的相互作用信息，注意力模块进一步提取和增强与细胞间相互作用相关的特征	现有方法仅考虑邻近细胞的基因表达信息和空间位置信息，存在一定局限性	推断细胞间相互作用，理解细胞活动	细胞间相互作用	digital pathology	NA	空间转录组分析	GCN, LSTM	空间转录组数据	seqFISH和MERFISH数据集
13	2025-05-24	Blockade of CLEVER-1 restrains immune evasion and enhances anti-PD-1 immunotherapy in gastric cancer 2025-May-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011080 PMID:40404204	research paper	该研究探讨了CLEVER-1在胃癌中的临床意义及其在调节肿瘤免疫景观中的作用，并研究了CLEVER-1阻断在增强免疫治疗中的潜力	首次揭示了CLEVER-1在胃癌中的表达及其与免疫抑制和预后的关系，提出了CLEVER-1与PD-1联合阻断的新策略	研究仅基于两个独立的胃癌队列和单细胞RNA测序数据，样本量可能有限	探索CLEVER-1在胃癌中的临床意义及其在免疫治疗中的作用	胃癌患者和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胃癌	多重免疫荧光、流式细胞术、RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫荧光数据	两个独立的胃癌队列和单细胞RNA测序数据（GSE183904）
14	2025-05-24	Single-cell RNA sequencing of baseline PBMCs predicts ICI efficacy and irAE severity in patients with NSCLC 2025-May-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011636 PMID:40404203	研究论文	通过单细胞RNA测序分析NSCLC患者治疗前PBMCs，预测ICI疗效和irAE严重程度	首次利用治疗前PBMCs的单细胞RNA测序数据，同时预测ICI疗效和irAE严重程度，并发现PRF1和GZMB表达与良好预后及降低irAE严重程度密切相关	样本量较小（33例患者），需要更大规模研究验证	寻找预测NSCLC患者ICI治疗疗效和irAE风险的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, CBA, T-cell受体测序	NA	单细胞RNA测序数据	33例NSCLC患者的PBMCs样本
15	2025-05-24	Machine learning using scRNA-seq Combined with bulk-seq to identify lactylation-related hub genes in carotid arteriosclerosis 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00834-5 PMID:40404675	研究论文	本研究通过结合scRNA-seq和bulk-seq数据，识别了与颈动脉粥样硬化中乳酰化相关的关键基因，并构建了诊断模型	首次结合scRNA-seq和bulk-seq数据识别乳酰化相关基因，并构建诊断模型	研究样本来源单一，仅来自GEO数据库，未涉及其他独立验证队列	探索颈动脉粥样硬化斑块形成中的免疫景观及乳酰化相关基因的诊断标志物	颈动脉粥样硬化样本	机器学习	心血管疾病	scRNA-seq, bulk-seq	10种机器学习算法组合	转录组数据	来自GEO数据库的颈动脉粥样硬化样本
16	2025-05-24	Single-cell sequencing and transcriptomic data reveal that P65 activation significantly promotes microglia-mediated neuroinflammation after ischemic stroke 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00524-2 PMID:40404711	研究论文	该研究通过单细胞测序和转录组数据分析，揭示了P65激活在缺血性中风后小胶质细胞介导的神经炎症中的关键作用	识别了与脑缺血再灌注损伤相关的关键调控基因P65和两种小胶质细胞亚型Cx3cr1+和Cdk1+，并证实抑制P65磷酸化可有效减轻炎症反应	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在人类临床样本中验证	探究脑缺血再灌注损伤的病理生理机制，特别是小胶质细胞介导的神经炎症反应	MCAO小鼠模型和OGD/R处理的BV2细胞	神经科学	缺血性中风	单细胞测序、qPCR、Western blotting、免疫荧光染色	MCAO动物模型和OGD/R细胞模型	转录组数据	五个数据集(GSE227651, GSE104036, GSE116878, GSE249957, GSE22255)和实验模型
17	2025-05-24	Elucidating the tumor microenvironment interactions in breast, cervical, and ovarian cancer through single-cell RNA sequencing 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03017-4 PMID:40404741	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌中肿瘤微环境的关键细胞类型及其相互作用	识别了四种癌症相关成纤维细胞（CAF）亚型，并揭示了它们与肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在肿瘤进展中的关键作用	研究依赖于GEO数据库中的样本，可能受到数据来源的限制	阐明妇科肿瘤（乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌）中肿瘤微环境的细胞组成和相互作用	乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌的肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌, 宫颈癌, 卵巢癌	单细胞RNA测序	SingleR, CellChat	RNA测序数据	来自GEO数据库的妇科肿瘤样本
18	2025-05-24	Single cell analysis of diverse immune cell in pneumococcal meningitis 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02258-7 PMID:40404806	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺炎球菌性脑膜炎患者和健康个体的外周血单个核细胞，揭示了免疫细胞亚群的组成变化及其功能特征	首次在单细胞分辨率下详细描述了肺炎球菌性脑膜炎中的免疫细胞亚群变化及其功能特征，发现了中性粒细胞过度激活和适应性免疫反应相对抑制的新现象	样本量可能有限，且仅分析了外周血单个核细胞，未涉及中枢神经系统内的免疫反应	探究肺炎球菌性脑膜炎中免疫反应的细胞和分子特征	肺炎球菌性脑膜炎患者和健康个体的外周血单个核细胞	单细胞转录组学	肺炎球菌性脑膜炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	肺炎球菌性脑膜炎患者和健康个体的外周血单个核细胞（具体数量未明确说明）
19	2025-05-24	Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration 2025-May-22, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01955-w PMID:40404995	研究论文	该研究探讨了小胶质细胞激活如何通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进衰老相关的白质退化	揭示了小胶质细胞功能失调通过CXCL10-CXCR3轴招募有害CD8 T细胞导致白质退化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究衰老过程中小胶质细胞功能失调与白质退化的关系	衰老小鼠的白质组织和小胶质细胞	神经退行性疾病研究	神经退行性疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
20	2025-05-24	Cell simulation as cell segmentation 2025-May-22, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	本文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用ab initio细胞模拟方法，提出Proseg算法，显著提高了细胞边界的推断速度和形态学合理性	仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，可能需要更多平台验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	Proseg（概率分割算法）	转录组数据	来自肾细胞癌患者的样本数据