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当前共找到 66 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-09-24
Integrating cross-omics research through FAIR Digital Objects with DataPLANT
2026-Dec-01, Journal of integrative bioinformatics IF:1.5Q3
研究论文 本文展示如何利用注释研究上下文(ARC)框架管理大麦单细胞RNA测序与空间转录组学数据,并通过本体注释和CWL工作流提高数据的FAIR性和可重复性 将ARC框架应用于植物单细胞和空间转录组学数据管理,结合ISA表和本体注释实现机器可读的元数据,并将分析流程封装为CWL脚本以确保可重复性和可重用性 使用CWL封装分析脚本需要一定的技术知识,构成了一定的入门门槛 通过FAIR数字对象整合跨组学研究,实现植物科学中单细胞和空间转录组学数据的互操作性和可重复性 大麦单细胞RNA测序数据集及空间转录组学数据 数字病理学 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 图像,文本 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序,空间转录组学 10x Chromium,10x Visium NA
2 2026-09-21
Tubulointerstitial inflammation in glomerular diseases: mechanistic pathways, prognostic value, and translational therapeutic targets
2026-Dec, Renal failure IF:3.0Q1
综述 本文系统综述了肾小球疾病中肾小管间质炎症的致病机制、预后价值及转化治疗靶点,并提出从肾小球中心框架向肾小球-间质系统视角转变的概念 提出从肾小球中心框架向肾小球-间质系统视角的概念转变,强调标准化量化、整合建模和外部验证作为精准医学方法的前提,并整合AI增强数字病理学、空间转录组学、无创生物标志物和影像学等新兴进展 不同疾病和人群间TII的独立预后意义不一致,方法学差异(分母定义、评分系统、协变量调整)导致结果差异,肾小球中心治疗在部分患者中未能阻止疾病进展 系统综合肾小球疾病中肾小管间质炎症的致病机制、预后相关性和转化局限性,倡导标准化量化和整合建模以推进精准肾病学 肾小球疾病中的肾小管间质炎症及其与肾小球损伤、间质纤维化和肾功能下降的关系 数字病理学 肾脏疾病 NA NA 文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
3 2026-09-21
Differential pathogenesis and antiviral treatment outcomes of MPXV clade Ib and clade IIb in a BALB/c mouse model
2026-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1
研究论文 该研究建立了MPXV clade Ib鼻腔感染的BALB/c小鼠模型,并与clade IIb比较了致病性和抗病毒治疗效果 首次建立MPXV clade Ib感染的BALB/c小鼠模型,并通过单细胞转录组和细胞因子分析揭示了clade特异性的肺部免疫细胞景观差异 未在摘要中明确说明研究局限性 比较MPXV clade Ib和clade IIb的致病性差异并评估抗病毒治疗效果 BALB/c小鼠模型及MPXV clade Ib和clade IIb病毒 数字病理学 猴痘 单细胞转录组测序 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
4 2026-09-16
A multi-modal profiling workflow of transcriptomics and biomineralization demonstrated on a tooth-on-chip model
2026-Dec, MethodsX IF:1.6Q2
研究论文 本文提出了一种适用于纤维蛋白水凝胶牙齿芯片模型的多模态分析工作流程,整合了整体RNA提取、细胞分选、空间转录组学和光谱/超微结构成像五种方法,用于表征牙上皮-间充质相互作用的转录程序和矿化形成 首次将五种成熟分析方法适配到纤维蛋白水凝胶牙齿芯片构建体上,建立了多模态分析工作流程,实现了对牙齿芯片共培养系统的转录组分析和生物矿化表征,并发现了纤维蛋白溶解与下游细胞分选之间的平台级不兼容性 空间转录组学所需的固定策略虽保留了组织形态但牺牲了RNA质量;拉曼光谱结合透射电镜虽能评估磷酸钙沉积但确认成熟羟基磷灰石仍需进一步验证;纤维蛋白溶解与下游分选存在平台级不兼容性 建立一种实用的多模态分析框架,用于基准测试纤维蛋白基牙齿芯片及相关器官芯片共培养系统中的分析读数 纤维蛋白水凝胶基牙齿芯片构建体中的牙上皮-间充质共培养系统 数字病理学 NA bulk RNA-seq, 空间转录组学, 磁激活细胞分选, 拉曼光谱, 透射电子显微镜 NA RNA序列数据, 图像 NA NA bulk RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
5 2026-09-16
From planktonic to biofilm states: single-cell transcriptomics reveals metabolic reprogramming and cellular heterogeneity in Acinetobacter baumannii
2026-Dec, Biofilm IF:5.9Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,追踪鲍曼不动杆菌从浮游状态到生物膜状态的动态形成过程,揭示了生物膜发育过程中的代谢重编程和细胞异质性 首次在单细胞分辨率下全面描绘鲍曼不动杆菌生物膜形成的转录景观,识别了从浮游状态到生物膜状态转变的关键分支点(Node 2),并揭示了各亚群特异性的代谢特征 研究仅基于转录组层面的分析,所揭示的潜在治疗靶点仍需通过靶向突变和功能实验进一步验证 在单细胞分辨率下阐明鲍曼不动杆菌生物膜形成的转录景观,探索潜在的治疗靶点 鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)生物膜形成过程中的不同状态亚群 机器学习 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 文本 浮游状态(AB_0h)、12小时混合群体(M_12h)和48小时成熟生物膜(BF_48h)样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
6 2026-09-09
Integrative multi-omics reveals a fibroblast-centered, ZFHX3-prioritized regulatory framework linking sick sinus syndrome and atrial fibrillation
2026-Dec, Cellular signalling IF:4.4Q2
研究论文 整合多组学揭示病态窦房结综合征与心房颤动共病的遗传调控机制,以成纤维细胞为中心、ZFHX3为关键节点 首次通过整合GWAS、eQTL/sQTL、单细胞转录组、空间转录组和表观基因组数据,从组织、细胞和基因多尺度解析SSS与AF的共享遗传结构,并识别出以成纤维细胞为中心的调控网络 未明确指出 定义SSS与AF共病背后的共享遗传及多尺度机制 病态窦房结综合征和心房颤动患者的心脏组织、心房附睾成纤维细胞及相关遗传位点 遗传学、多组学整合分析 心血管疾病(病态窦房结综合征与心房颤动) GWAS、eQTL/sQTL、单细胞转录组、空间转录组、表观基因组、共定位分析、共表达网络分析 NA 基因表达数据、剪接数量性状位点、单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据、表观基因组数据 GWAS汇总统计、GTEx表达数据、心房单细胞及空间转录组数据(具体样本量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA-seq、空间转录组、表观基因组学 NA NA
7 2026-09-05
Bacteroides cellulosilyticus-derived 2-hydroxyphenylacetic acid rectifies hepatic lipid homeostasis in MASLD by targeting the PPARγ-CD36 axis
2026-Dec-31, Gut microbes IF:12.2Q1
研究论文 本研究通过人类队列、宏基因组和代谢组学分析,发现纤维素降解拟杆菌及其代谢物2-羟基苯乙酸通过靶向PPARγ-CD36轴调节肝脏脂质稳态,缓解代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD) 首次揭示纤维素降解拟杆菌及其代谢物2HPAA通过双重调控CD36表达和棕榈酰化,靶向PPARγ-CD36轴来缓解MASLD的机制,为肠道微生物-宿主互作调控肝脏疾病提供了新视角 未提及 阐明肠道微生物及其代谢物在MASLD发生发展中的作用机制 MASLD患者及肠道微生物纤维素降解拟杆菌及其代谢物2-羟基苯乙酸 微生物组学、代谢组学 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 宏基因组测序、代谢组学分析、单细胞测序、脂质组学分析 NA 宏基因组数据、代谢组数据、单细胞测序数据、脂质组数据 人类队列样本(具体数量未提及) NA NA NA NA
8 2026-09-05
Single-cell RNA sequencing uncovers an immunosuppressive program in PDAC mast cells: tumour-driven activation, proliferation, and association with Treg recruitment
2026-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了胰腺导管腺癌中肥大细胞的免疫抑制功能,发现其通过与调节性T细胞的MIF-CD74/CXCR4信号轴相互作用,促进免疫抑制微环境 首次通过多数据集整合分析,阐明PDAC中肥大细胞的异质性及其与Tregs的相互作用机制,提出靶向MC-Treg轴的新型免疫治疗策略 基于公共数据集的生信分析及体外共培养实验,需体内实验进一步验证 探索胰腺导管腺癌中肥大细胞的功能异质性及其免疫调节机制 胰腺导管腺癌组织中的肥大细胞亚群及调节性T细胞 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫荧光 NA 基因表达数据、组织图像 多个PDAC单细胞RNA测序数据集(具体样本数未报告) NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
9 2026-09-04
Androgen-associated remodeling of pulmonary NK cells and sex-biased susceptibility in lupus-associated diffuse alveolar hemorrhage
2026-Dec-31, Autoimmunity IF:3.3Q3
研究论文 本研究通过单细胞转录组学和流式细胞术,探究狼疮相关弥漫性肺泡出血中肺自然杀伤细胞的雄激素相关重塑及性别偏倚易感性 首次揭示雄激素信号通过恢复肺NK细胞主导地位减轻DAH严重性,并提出NK细胞稳态维持作为潜在治疗策略 NK细胞耗竭仅显示出血加重趋势(p=0.084),雄激素治疗机制未完全阐明 表征DAH期间肺ILC重塑,评估雄激素信号对NK细胞稳态和疾病严重性的调节作用 系统性红斑狼疮相关弥漫性肺泡出血小鼠模型及健康人与小鼠的肺NK细胞 免疫学 系统性红斑狼疮、弥漫性肺泡出血 单细胞转录组学、流式细胞术 NA 单细胞转录组数据 C57BL/6J和Rag1缺失小鼠的肺组织及健康人与小鼠的肺样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'端转录组分析
10 2026-09-04
Single-cell transcriptome revealed the aberrant keratinocytes activation in antigen presentation in atopic dermatitis
2026-12, Annals of medicine IF:4.9Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞转录组数据,揭示了特应性皮炎中角质形成细胞在抗原呈递方面的异常激活及其与免疫细胞的相互作用。 首次强调了角质形成细胞在特应性皮炎慢性炎症中的持续抗原加工和呈递激活,并指出卵清蛋白诱导的小鼠模型可能无法完全模拟人类慢性AD的机制。 未提及明显局限性。 探索特应性皮炎中角质形成细胞在抗原呈递中的异常激活及其对慢性炎症的驱动作用。 健康对照、慢性活动性AD患者、自发愈合AD患者、卵清蛋白诱导的AD小鼠模型的皮肤组织。 单细胞转录组学 特应性皮炎 单细胞转录组测序 NA 单细胞转录组数据 包含健康对照、慢性活动性AD、自发愈合AD和AD小鼠模型的皮肤样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
11 2026-09-04
Single-cell RNA sequencing analysis of bone cancer pain model induced by Lewis lung cancer cells in male mice
2026-12, Annals of medicine IF:4.9Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序分析刘易斯肺癌细胞诱导的雄性小鼠骨癌痛模型中L2-L4脊髓的细胞组成和分子特征。 首次对骨癌痛模型小鼠的脊髓进行单细胞转录组分析,揭示细胞比例变化及疼痛相关信号通路的改变。 未提及,但可能包括样本量小或仅限小鼠模型。 揭示骨癌痛引起的脊髓细胞和分子变化,以促进新治疗方法的开发。 雄性小鼠的L2-L4脊髓组织。 单细胞测序 骨癌痛 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未提及具体数量,涉及雄性小鼠。 NA 单细胞RNA测序 NA NA
12 2026-09-04
Integrated bioinformatics analysis reveals cross-talking hub genes and therapeutic agents between sepsis and acute myocardial infarction
2026-12, Annals of medicine IF:4.9Q1
研究论文 通过整合生物信息学分析,识别脓毒症与急性心肌梗死之间的交叉枢纽基因及潜在治疗药物 首次通过整合差异表达基因分析和加权基因共表达网络分析,系统识别脓毒症与急性心肌梗死共有的核心基因,并利用分子对接技术发现槲皮素作为潜在靶向治疗药物 未提及具体局限性 系统识别脓毒症与急性心肌梗死共有的核心基因,并探索其作为治疗靶点和药物候选的潜力 脓毒症患者血液样本及急性心肌梗死数据集(来自GEO数据库) 生物信息学 脓毒症、急性心肌梗死 RNA测序、差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络、分子对接、qPCR验证 MCC/Degree算法 基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据 未明确提及样本数量 NA RNA-seq NA NA
13 2026-09-04
Progressive suppression of regulated cell death defines terminal macrophage states in liver cirrhosis
2026-12, Annals of medicine IF:4.9Q1
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序数据,揭示了肝硬变中巨噬细胞经历调控性细胞死亡的渐进性抑制,定义了终末状态,并识别出诊断性基因特征。 首次在人类肝硬变中揭示调控性细胞死亡程序(自噬、坏死性凋亡、凋亡和免疫原性细胞死亡)的渐进性抑制定义巨噬细胞的终末功能状态,并整合大规模单细胞数据与空间分析,提出六基因诊断特征。 本研究基于公共和自有数据集,验证仅限于批量RNA测序和免疫荧光,未进行功能实验或前瞻性临床验证,可能限制结论的普适性和因果推断。 探究人类肝硬变中巨噬细胞状态转变及其调控性细胞死亡程序的功能作用,并寻找诊断和治疗靶点。 人类肝脏巨噬细胞亚群及其在肝硬变中的分化轨迹。 数字病理学 肝硬变 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、双重免疫荧光、空间分析 NA 单细胞基因表达数据、批量RNA测序数据、组织图像 31例成人肝脏样本,共224,529个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
14 2026-09-03
Integrated multi-omics analyses identify an RAS-SLC11A2-associated molecular framework linking iron metabolism with PCOS-related cardiometabolic risk
2026-Dec-31, Clinical and experimental hypertension (New York, N.Y. : 1993)
研究论文 整合多组学分析识别出RAS-SLC11A2分子框架,将铁代谢与多囊卵巢综合征(PCOS)相关的心脏代谢风险联系起来 首次揭示RAS-SLC11A2轴在PCOS合并心脏代谢疾病中的共同分子机制,并提出龙胆苦苷作为潜在治疗药物 研究主要基于计算分析和体外实验,缺乏体内动物模型和临床试验验证 探讨肾素-血管紧张素系统与铁代谢轴在PCOS相关心脏代谢风险中的作用机制及治疗潜力 PCOS、高血压、非酒精性脂肪肝和2型糖尿病相关分子途径和细胞类型 多组学整合分析、机器学习 多囊卵巢综合征、心血管疾病、代谢性疾病 转录组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、机器学习、分子对接、细胞功能实验 机器学习模型(具体类型未提及) 转录组数据、单细胞RNA数据、遗传关联数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
15 2026-09-03
PPRC1 is a prognostic biomarker and key regulator of mitochondrial oxidative phosphorylation in multiple myeloma
2026-12, Annals of medicine IF:4.9Q1
研究论文 本研究旨在探讨多发性骨髓瘤中PPRC1的临床和生物学意义,发现其作为预后生物标志物和线粒体氧化磷酸化的关键调节因子 首次揭示PPRC1在多发性骨髓瘤中作为独立预后因素,并通过功能实验证实其通过维持线粒体氧化磷酸化促进肿瘤生存,提出其作为潜在治疗靶点 研究主要基于公共数据库和本地队列,功能实验局限于体外细胞系,缺乏体内模型验证 评估PPRC1在多发性骨髓瘤中的预后价值及其对肿瘤代谢和生存的影响 多发性骨髓瘤患者样本和细胞系 数字病理学 多发性骨髓瘤 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, siRNA敲低 Cox回归模型, 列线图 基因表达数据, 临床数据, 单细胞数据 未明确样本数量,包含公共数据库和本地队列 NA 转录组测序, 单细胞转录组测序 NA NA
16 2026-09-02
A 4-guanidinobutanoic acid-SLC36A1 axis drives a microbiota‒host feedback loop to regulate intestinal homeostasis
2026-12-31, Gut microbes IF:12.2Q1
研究论文 本研究鉴定出由肠道菌群产生的4-胍基丁酸(4-GBA)通过SLC36A1-Hedgehog信号轴增强肠道干细胞功能和杯状细胞分化,促进黏液依赖性生态位扩张,形成微生物-宿主正反馈回路,调控肠道稳态,并在溃疡性结肠炎中具有诊断和治疗潜力 首次发现4-GBA-SLC36A1轴作为微生物-宿主反馈回路的关键调控机制,揭示了微生物代谢物通过上调质子偶联氨基酸转运体SLC36A1激活Hedgehog信号通路,从而驱动上皮重编程并影响微生物生态,为溃疡性结肠炎提供新的诊断标志物和治疗靶点 摘要未提及研究的局限性信息 探究肠道菌群来源代谢物4-GBA在调节肠道黏膜屏障和肠道稳态中的作用及其机制 肠道干细胞、杯状细胞、肠道菌群(如产4-GBA的细菌)、小鼠模型、人类溃疡性结肠炎样本 数字病理学 溃疡性结肠炎 非靶向代谢组学、单细胞RNA测序、类器官共培养 NA 测序数据、代谢组数据、类器官图像 小鼠模型和人类样本(具体数量未说明) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
17 2026-09-02
ScRNA-seq analysis reveals the effects of nitrite stress on the endocrine system of the eyestalk in Litopenaeus vannamei
2026-Dec, Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术分析凡纳滨对虾在亚硝酸盐胁迫下眼柄细胞的异质性,揭示了神经内分泌系统的分子调控机制 首次在单细胞水平揭示亚硝酸盐胁迫对凡纳滨对虾眼柄神经内分泌系统的影响,鉴定了六种主要细胞亚群及其特异性响应 未明确说明研究的局限性 探讨亚硝酸盐胁迫下凡纳滨对虾眼柄的分子调控机制,为水产养殖环境管理提供理论基础 凡纳滨对虾的眼柄细胞 单细胞转录组学 水产动物应激性疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 18,394个高质量细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
18 2026-08-25
TimeVault turns vault particles into molecular memory of transcriptional states: how to decode the cellular black box
2026-12, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
研究论文 TimeVault通过改造穹窿体核糖核蛋白颗粒,在活细胞内储存内源性转录组,实现转录状态的时间记忆和回顾性重建。 首次利用穹窿体颗粒作为分子记忆装置,实现活细胞内的转录组存档,从而在非破坏性条件下连接过去的转录状态与细胞命运。 摘要未提及,但可能包括对mRNA的捕获效率和长期稳定性,以及在复杂组织中的适用性。 开发一种细胞内转录组记忆工具,以揭示转录程序与细胞长期行为之间的因果关系。 活细胞中的转录组记录,包括应激反应和癌症模型中的持久细胞。 分子生物学 癌症 RNA-seq(用于验证) NA 基因表达数据 未明确 NA RNA-seq NA NA
19 2026-08-25
Exploratory multi-omics links CCL2/TIMP1 axis to immunosuppressive TME in glioblastoma
2026-12, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
研究论文 通过多组学整合分析,研究胶质母细胞瘤中CCL2/TIMP1轴与免疫抑制肿瘤微环境的关联 整合了差异表达分析、WGCNA、单细胞RNA-seq、空间转录组学和虚拟基因敲除模拟等多组学方法,首次识别CCL2/TIMP1轴作为驱动胶质母细胞瘤极端侵袭性的关键枢纽 研究基于计算和回顾性队列,存在固有的局限性,需要在独立队列中进行验证 探索胶质母细胞瘤中最具侵袭性肿瘤的分子特征,特别是免疫抑制微环境的驱动因素 TCGA-GBM患者,按1年总生存期阈值分为高风险和低风险组 多组学、生物信息学 胶质母细胞瘤 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 WGCNA 转录组数据、单细胞表达数据、空间转录组数据 TCGA-GBM队列(具体样本数未在标题和摘要中注明) NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
20 2026-08-25
Identification of PGF+ endothelial cells associated with plaque instability in carotid atherosclerosis by scRNA-seq and RNA-seq analysis
2026-12, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
研究论文 通过单细胞RNA测序和批量RNA测序的综合分析,识别与颈动脉粥样硬化斑块不稳定性相关的PGF+内皮细胞亚群 首次通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据,识别出与颈动脉斑块不稳定性相关的三个促炎性内皮细胞亚群,并发现PGF在这些细胞中高表达,为动脉粥样硬化的发病机制提供了新见解 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证,缺乏临床样本的功能验证,且未深入探讨PGF+内皮细胞导致斑块不稳定的具体分子机制 揭示动脉粥样硬化斑块中内皮细胞的异质性,并识别与斑块不稳定性相关的关键内皮细胞亚群及其功能特征 颈动脉粥样硬化斑块中的内皮细胞,以及ApoE-/-小鼠模型中的动脉粥样硬化病变 数字病理学 动脉粥样硬化 单细胞RNA测序、批量RNA测序、基因集变异分析、KEGG通路富集分析 聚类分析模型 基因表达数据(scRNA-seq和RNA-seq数据) 未明确说明,但包括人类颈动脉斑块样本和ApoE-/-小鼠模型(数量未在摘要中提及) NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
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