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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-07-23 |
TimeVault turns vault particles into molecular memory of transcriptional states: how to decode the cellular black box
2026-Dec, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
DOI:10.1080/15384101.2026.2639760
PMID:41789510
|
研究论文 | TimeVault通过改造穹窿体颗粒在活细胞内稳定储存内源转录组,实现转录状态的时间记忆,重构细胞分子历史 | 首次将穹窿体颗粒改造为细胞内分子记忆装置,突破传统转录组学仅能提供瞬时快照的局限,实现转录状态的长期存储和回顾性重建 | 未提及具体技术限制,可能需验证对多种细胞类型的普适性和长期存储的稳定性 | 开发细胞内转录组存档技术,连接瞬时基因表达与长期表型结果,揭示因果机制 | 细胞应激反应模型和癌症模型中的细胞转录状态历史 | 分子生物学 | 癌症 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量,涉及细胞应激模型和癌症模型 | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2026-07-17 |
Integrating bulk and single-cell transcriptomic data to construct a risk model for histidine metabolism-related epithelial cell features in lung adenocarcinoma, predicting prognosis and immune landscape
2026-Dec-31, RNA biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/15476286.2026.2662721
PMID:42003422
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研究论文 | 整合批量与单细胞转录组数据,构建与组氨酸代谢相关的肺腺癌上皮细胞特征风险模型,用于预测预后和免疫景观 | 首次结合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,鉴定组氨酸代谢相关的上皮细胞特异性基因,构建预后风险模型,并揭示上皮细胞是调控肺腺癌组氨酸代谢的关键细胞群 | 未明确指出局限性 | 阐明组氨酸代谢在肺腺癌发病机制中的作用,并构建预后风险模型 | 肺腺癌患者的批量与单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO回归, Cox回归 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-07-10 |
Integrated multi-omics analysis identifies prognostic risk genes and constructs a predictive signature in diffuse large B-cell lymphoma
2026-Dec-31, Hematology (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1080/16078454.2026.2700818
PMID:42420780
|
研究论文 | 通过整合多组学分析识别弥漫性大B细胞淋巴瘤的预后风险基因并构建预测模型 | 首次结合eQTL-MR分析、单细胞RNA测序和免疫浸润分析,系统鉴定出15个与DLBCL发病和预后相关的风险基因并构建预测模型 | 未说明具体局限性 | 探索弥漫性大B细胞淋巴瘤的潜在致病基因并构建预后预测模型 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者 | 计算机视觉 | 淋巴瘤 | eQTL-MR分析, 单细胞RNA测序, GO/KEGG富集分析, 免疫浸润分析, 药物敏感性分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-07-10 |
POU2F2 as a dual oncogenic and immunomodulatory driver in kidney renal clear cell carcinoma
2026-Dec, Cell adhesion & migration
IF:3.3Q3
DOI:10.1080/19336918.2026.2700062
PMID:42421306
|
研究论文 | 探讨POU2F2在肾透明细胞癌中的致癌和免疫调节作用 | 首次揭示POU2F2在肾透明细胞癌中兼具致癌和免疫调节双重功能,特别是通过影响巨噬细胞极化来调控肿瘤微环境 | 研究主要基于体外实验,缺乏体内动物模型验证;样本量未提及 | 研究转录因子POU2F2在肾透明细胞癌发生发展及肿瘤微环境免疫调节中的作用 | 肾透明细胞癌细胞系及肿瘤样本 | 自然语言处理 | 肾透明细胞癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、共培养实验 | NA | 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-07-10 |
Mitochondria-related pathogenic genes in acute and chronic kidney disease: a Mendelian randomization study
2026-Dec, Renal failure
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/0886022X.2026.2698274
PMID:42421394
|
研究论文 | 利用基于汇总数据的孟德尔随机化方法探究线粒体相关基因与急性肾损伤和慢性肾病的潜在关联 | 首次通过SMR方法结合多组学数据(DNA甲基化、基因表达、蛋白表达)系统评估线粒体相关基因与AKI和CKD的因果关系 | 未明确说明,可能包括样本来源局限(主要为美国退伍军人)和效应量较小(如CKD保护基因OR 0.95) | 利用SMR方法识别与急性肾损伤(AKI)和慢性肾病(CKD)相关的线粒体致病基因 | 线粒体相关基因(来自MitoCarta3.0数据库)及其多组学定量性状位点(mQTL、eQTL、pQTL) | 机器学习 | 肾脏疾病(急性肾损伤、慢性肾病) | NA | NA | 基因表达、甲基化、蛋白表达数据 | 美国百万退伍军人项目(发现数据集)和英国生物样本库(验证数据集)的汇总统计数据 | NA | NA | NA | NA |
| 6 | 2026-07-10 |
Immune regulatory mechanisms and potential microbiota-associated targets in Kawasaki disease: an integrative multi-omics and network pharmacology study
2026-Dec, Artificial cells, nanomedicine, and biotechnology
DOI:10.1080/21691401.2026.2700919
PMID:42422999
|
研究论文 | 该研究采用整合多组学策略,系统调查川崎病中肠道微生物群-代谢物相互作用,并识别关键分子靶点 | 首次整合多组学分析、网络药理学和孟德尔随机化,揭示肠道微生物群-代谢物-SELP轴作为川崎病潜在治疗靶点 | 研究仍处于初步阶段,未明确提及具体限制信息 | 探索川崎病中肠道微生物群在免疫调节和炎症反应中的作用机制,并确定潜在干预靶点 | 川崎病患者的肠道微生物群、代谢物及免疫细胞相互作用 | 机器学习 | 川崎病 | 多组学分析、网络药理学、孟德尔随机化、单细胞转录组学、分子对接 | 机器学习模型 | 基因表达数据、微生物组数据、代谢组数据 | 未在标题和摘要中说明 | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2026-07-08 |
Integrative single-cell and spatial transcriptomic approaches to decipher the tumor microenvironment and therapeutic resistance in pancreatic cancer
2026-Dec-31, Cancer biology & therapy
IF:4.4Q2
DOI:10.1080/15384047.2026.2699508
PMID:42411636
|
综述 | 综述单细胞RNA测序和空间转录组学在解析胰腺导管腺癌肿瘤微环境及治疗耐药中的应用 | 首次系统总结了scRNA-seq与ST技术整合在揭示胰腺癌异质性、基质-免疫相互作用及治疗耐药机制中的独特优势 | 未提及具体技术整合的挑战或方法局限性 | 探讨单细胞和空间转录组学整合方法如何促进胰腺癌的生物标志物发现和治疗策略开发 | 胰腺导管腺癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium FFPE |
| 8 | 2026-07-06 |
Multi-omics profiling identifies CDK1 as a key mediator of mitosis through the PTN pathway in bladder cancer
2026-Dec, Future science OA
IF:2.4Q3
DOI:10.1080/20565623.2026.2696931
PMID:42401786
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析鉴定CDK1通过PTN通路在膀胱癌中调节有丝分裂的关键作用 | 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组学揭示CDK1在膀胱癌上皮细胞中通过PTN通路驱动有丝分裂的调控轴,并筛选出潜在小分子抑制剂Dinaciclib | 未在体内模型进一步验证CDK1抑制剂的功能;样本量有限,可能影响临床相关性推断 | 表征CDK1在膀胱癌中的表达,阐明其在细胞间信号传导和有丝分裂中的作用,并鉴定靶向CDK1的小分子抑制剂 | 膀胱癌组织样本、上皮细胞、CDK1基因和蛋白 | 生物信息学, 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学, 分子对接, 分子动力学模拟 | NA | 基因表达数据, 组织病理图像 | 多个数据库的RNA测序数据及组织微阵列样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 9 | 2026-07-02 |
Reprogramming macrophage mechanosensation via TRPV4 modulating mechano-immunotherapy controls fibrotic encapsulation of biomaterial implants
2026-Dec, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2026.06.020
PMID:42381969
|
研究论文 | 通过药理手段干扰巨噬细胞机械感应,控制生物材料植入物周围的纤维化封装,提出“机械免疫疗法”新概念 | 首次提出通过药物干扰巨噬细胞机械感应(机械免疫疗法)控制生物材料植入物纤维化,并发现治疗效果依赖于高机械感应输入而非单纯药物浓度 | 仅基于模型小分子RN-1734在体外和动物模型中的验证,尚未在人类或更复杂生理环境中验证 | 探索通过药理调控巨噬细胞机械感应来控制植入物周围纤维化的可行性和机制 | J774.a2巨噬细胞、GelMA水凝胶、电纺支架、小鼠植入模型 | 数字病理学 | 纤维化疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 组织-植入物界面的空间转录组分析 |
| 10 | 2026-06-26 |
Progressive suppression of regulated cell death defines terminal macrophage states in liver cirrhosis
2026-Dec, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2026.2690717
PMID:42345211
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序数据,揭示肝硬化中巨噬细胞通过逐步抑制调节性细胞死亡程序向终末状态转变的机制 | 首次在人类肝硬化进程中系统描绘巨噬细胞调节性细胞死亡程序的功能动态,并鉴定出具有代谢-免疫双重特征的疾病相关过渡亚群及六基因诊断特征 | 未说明 | 探究调节性细胞死亡程序如何塑造人类肝脏肝硬化进程中巨噬细胞的功能转变 | 31例成人肝脏样本中224,529个细胞的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肝硬化 | 单细胞RNA测序、双免疫荧光 | NA | 基因表达数据 | 31例成人肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2026-06-23 |
Spatial transcriptomics unveils immune cellular ecosystems associated with patient survival in diffuse large B-cell lymphoma
2026-Dec-31, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2026.2660418
PMID:42010788
|
研究论文 | 通过空间转录组学揭示弥漫大B细胞淋巴瘤中与患者生存相关的免疫细胞生态系统 | 首次在DLBCL中识别出六种基于空间组织的细胞生态系统(Cell-Eco),揭示了免疫细胞丰度相似但功能状态和临床关联相反的生态系统,强调空间背景和局部相互作用对免疫功能的影响,而非仅细胞类型频率 | 初步研究规模较小,需更大样本验证;蛋白水平验证仅针对关键细胞特征 | 阐明DLBCL肿瘤微环境中恶性细胞与免疫细胞的空间组织及其对免疫功能和临床结局的影响 | 弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)原发组织切片 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 超过1000例DLBCL病例(来自大型独立队列) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 12 | 2026-06-15 |
CXCL13-expressing CD4+ T cells coordinate the lymphocytes triad to promote the anti-tumor immunity in NSCLC
2026-Dec-31, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2026.2684116
PMID:42265935
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和多重免疫组化染色,研究CXCL13+CD4+ T细胞在非小细胞肺癌中协调淋巴细胞三联体以促进抗肿瘤免疫 | 首次揭示CXCL13+CD4 T细胞通过CXCL13-CXCR5信号招募CXCR5+ B细胞,与CD8+ T细胞形成功能性淋巴细胞三联体,增强抗肿瘤免疫并预示良好预后 | NA | 探究CD4+ T细胞如何协调其他细胞促进CD8+ T细胞活性,特别是在非小细胞肺癌中的抗肿瘤免疫机制 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤组织样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组化染色 | NA | 图像, 文本 | NA | 10x Genomics, NA | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 13 | 2026-06-15 |
CD4 + cell depletion accelerates dendritic cell migration and enhances resident dendritic cell proliferation in tumor-draining lymph nodes
2026-Dec-31, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2026.2682054
PMID:42272179
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研究论文 | 本研究利用KikGR/Fucci小鼠模型,探索了CD4细胞耗竭对肿瘤引流淋巴结中树突状细胞迁移和驻留细胞增殖的影响 | 建立了一种同时检测细胞运动和细胞周期阶段的新方法,并首次揭示了CD4细胞耗竭如何重塑树突状细胞的迁移、激活和驻留树突状细胞更新 | 未明确提及实验样本量或潜在的临床转化限制 | 理解CD4细胞耗竭对抗原呈递的器官间动力学和树突状细胞定性变化的影响 | 树突状细胞(包括迁移型和淋巴结驻留型),CD4细胞,CD8 T细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | NA | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-06-11 |
A 4-guanidinobutanoic acid-SLC36A1 axis drives a microbiota‒host feedback loop to regulate intestinal homeostasis
2026-Dec-31, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2026.2639216
PMID:41782409
|
研究论文 | 本研究揭示了肠道微生物代谢物4-胍基丁酸通过SLC36A1轴驱动微生物-宿主反馈回路,调控肠道稳态 | 首次发现4-胍基丁酸作为关键调节因子,通过SLC36A1与Hedgehog信号通路增强肠道干细胞功能和杯状细胞分化,形成微生物-宿主反馈循环,并揭示其在溃疡性结肠炎中的诊断和治疗潜力 | NA(摘要未提供明确局限性信息) | 探究肠道微生物代谢物4-胍基丁酸在调节肠道稳态中的作用机制 | 肠道干细胞、杯状细胞、肠道屏障功能 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序、非靶向代谢组学、类器官共培养、小鼠模型 | NA | 基因表达数据、代谢组学数据 | NA(未明确样本数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-06-10 |
The shared mechanisms and potential diagnostic markers for IgA nephropathy and celiac disease
2026-Dec-31, Autoimmunity
IF:3.3Q3
DOI:10.1080/08916934.2026.2635179
PMID:41714845
|
研究论文 | 整合转录组数据,识别IgA肾病与乳糜泻的共同分子机制及潜在诊断标志物 | 首次通过整合转录组学数据并联合机器学习方法,鉴定出ITGB2、CD74和KLK1作为两种疾病的共享生物标志物,并构建了组合诊断模型(AUC>0.9) | 研究基于公开数据集,缺乏独立临床样本的外部验证,且未探讨标志物在两种疾病中的因果作用 | 探究IgA肾病与乳糜泻共病的共享分子机制及潜在诊断标志物 | IgA肾病和乳糜泻患者的转录组数据及单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | IgA肾病, 乳糜泻 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析, 机器学习 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 多个独立队列的转录组数据集(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-06-10 |
Monocytes acquire a tumor-associated IL1B program upon encountering patient-derived colon cancer organoids
2026-Dec-31, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2026.2633012
PMID:41723598
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研究论文 | 通过单核细胞与患者来源的结肠癌类器官共培养,模拟并分析了单核细胞在结直肠癌微环境中获得肿瘤相关IL1B程序的过程 | 首次利用患者来源的类器官与单核细胞共培养体系,模拟肿瘤细胞与髓系细胞的相互作用,揭示单核细胞获得IL1B程序不依赖肿瘤突变谱或分子亚型 | 共培养体系可能无法完全复刻体内肿瘤微环境的复杂性,且主要关注单核细胞表型变化,缺乏对长期免疫功能的评估 | 探索结直肠癌中单核细胞与肿瘤细胞相互作用的机制及髓系细胞表型异质性的形成线索 | 原发性人单核细胞与微卫星稳定型结直肠癌患者来源的类器官 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 微卫星稳定型结直肠癌患者来源的类器官及健康供体单核细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 平台 |
| 17 | 2026-06-10 |
Aberrant epithelial differentiation may contribute to endometrial polyp formation: insights from single-cell analysis
2026-Dec, Systems biology in reproductive medicine
IF:2.1Q3
DOI:10.1080/19396368.2026.2628916
PMID:41712676
|
研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序分析,揭示子宫内膜息肉中异常上皮分化可能促进息肉形成 | 首次在单细胞水平结合拟时间分析,发现在子宫内膜息肉中存在中期转录停滞和中间上皮状态富集,提示异常上皮成熟与息肉形成相关 | 单细胞RNA测序仅限于增殖期样本,可能限制研究结果的普适性 | 探索子宫内膜息肉与邻近内膜在转录组水平上的差异,特别是单细胞水平的上皮分化机制 | 12名接受宫腔镜息肉切除术女性的配对子宫内膜息肉和邻近内膜样本 | 单细胞组学 | 子宫内膜息肉 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 12名患者,分增殖期(9例)和分泌期(3例) | Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序,Illumina NovaSeq用于批量RNA测序 |
| 18 | 2026-06-08 |
Age-associated differences in XBB.1.5 trivalent booster vaccine-induced adaptive responses revealed by single-cell RNA sequencing
2026-Dec, Emerging microbes & infections
IF:8.4Q1
DOI:10.1080/22221751.2026.2627067
PMID:41631690
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示XBB.1.5三价加强疫苗诱导的适应性反应中与年龄相关的差异 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统比较老年人和年轻人在接种XBB.1.5三价重组蛋白加强疫苗后免疫反应的年龄相关差异,揭示了B细胞和T细胞转录轨迹的年龄特异性变化 | 需要进一步的纵向和功能研究来阐明这些观察结果的机制基础和临床意义 | 表征老年人对更新版COVID-19加强疫苗免疫反应的年龄相关差异 | 22名年轻个体(<38岁)和20名老年个体(≥73岁),均曾接种过2-3剂灭活COVID-19疫苗 | 机器学习 | 新型冠状病毒肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 42名个体(22名年轻和20名老年)的外周血单核细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 19 | 2026-06-07 |
Neoplastic CD3⁺ B cells remodel the DLBCL tumor microenvironment via single-cell and spatial transcriptomics
2026-Dec-31, Cancer biology & therapy
IF:4.4Q2
DOI:10.1080/15384047.2026.2684140
PMID:42247321
|
research paper | 通过整合单细胞、单核和空间转录组学数据,构建弥漫性大B细胞淋巴瘤的高分辨率多组学图谱,发现了一群表达CD3的恶性B细胞亚群 | 首次识别出弥漫性大B细胞淋巴瘤中表达CD3的恶性B细胞亚群,并揭示其由BCLAF1、CHURC1、FLI1、NFATC2和ELF2等关键调控基因驱动的遗传回路,以及其在肿瘤微环境重塑和临床预后中的重要作用 | 未明确提及研究局限性 | 构建弥漫性大B细胞淋巴瘤的高分辨率多组学图谱,并探索肿瘤微环境中的细胞异质性和分子机制 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的肿瘤样本 | machine learning | diffuse large B-cell lymphoma | single-cell RNA-seq, single-nucleus RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | gene expression data | 未明确提及样本数量 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3' 和 10x Visium 空间转录组学平台 |
| 20 | 2026-06-07 |
Ubiquitination-anchored signature defines neuroendocrine prostate cancer: hub genes and single-cell ecosystem insights from integrated bioinformatics analysis of public transcriptomic datasets
2026-Dec-31, The aging male : the official journal of the International Society for the Study of the Aging Male
DOI:10.1080/13685538.2026.2680719
PMID:42249833
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研究论文 | 通过整合公共转录组数据集,结合生信分析定义泛素化标记基因特征,并揭示其在神经内分泌前列腺癌中的核心基因及单细胞生态系统 | 首次将泛素化失调与神经内分泌前列腺癌谱系可塑性关联,通过整合 bulk 和单细胞转录组数据定义以泛素化为中心的诊断和治疗相关特征及肿瘤微环境回路 | 结果依赖于公共数据集,需在前瞻性收集的临床队列中进行外部验证,缺乏蛋白水平评估 | 定义神经内分泌前列腺癌中的泛素化相关基因特征,并探索其在诊断和治疗中的潜在价值 | 神经内分泌前列腺癌与前列腺腺癌的转录组数据 | 生物信息学 | 神经内分泌前列腺癌 | RNA-seq, scRNA-seq | 共表达网络、蛋白互作网络 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | GEO发现队列49个组织样本;单细胞数据集25,325个细胞 | NA | bulk RNA-seq, scRNA-seq | NA | NA |