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当前共找到 529 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-10-24 |
A gut microbiota-metabolite-host gene score for subtyping and predicting the treatment response in rheumatoid arthritis: integrative analysis with in silico knockout validation
2026-Oct-20, Bioresources and bioprocessing
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s40643-026-01149-7
PMID:42900335
|
研究论文 | 该文整合多个转录组数据集，构建基于肠道菌群-代谢物-宿主基因调控轴的GMS评分，用于类风湿关节炎的分子分型与生物制剂疗效预测，并通过scRNA-seq、in silico敲除和分子对接进行验证 | 首次构建基于肠道菌群-代谢物-宿主基因调控轴的GMS评分，可量化该轴对RA分层和治疗反应的影响，并鉴定FOS/JUN为核心执行基因 | 研究主要基于计算建模和公共数据集整合分析，缺乏大规模前瞻性临床队列验证，体外和体内实验验证有限 | 构建可量化肠道菌群-代谢物-宿主基因调控轴影响的整合生物标志物，用于RA分子分型及治疗反应预测 | 类风湿关节炎患者及RA转录组数据集 | 机器学习, 转录组学, 微生物组学 | 类风湿关节炎 | 转录组分析, 单细胞RNA测序, in silico基因敲除分析, 分子对接, CIBERSORT免疫浸润分析 | PCA, CIBERSORT, scTenifoldKnk, 分子对接 | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2026-10-24 |
Revisiting Ehrlich carcinoma in the era of precision oncology: bridging classical models with modern systems biology
2026-Oct-20, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-026-03452-x
PMID:42900436
|
综述 | 本文综述了Ehrlich癌（EC）及其腹水型（EAC）作为经典实验肿瘤模型的特点，指出其研究局限，并提出结合RISC调控网络及多组学等现代系统生物学方法提升其转化价值的思路 | 提出将RISC为中心的转录后调控网络与CRISPR、空间转录组学、代谢谱分析等新兴技术相结合，重新定位EC/EAC在精准肿瘤学时代的研究价值 | EC/EAC研究多局限于转录水平和单一信号通路，缺乏多组学、单细胞与空间分析、功能基因组学、免疫检查点分析及系统层面整合研究，RISC作用研究不足 | 重新审视Ehrlich癌模型的价值，探讨如何将其与现代农业系统生物学方法结合以研究肿瘤进展和治疗反应 | Ehrlich癌（EC）及Ehrlich腹水癌（EAC）模型 | 肿瘤生物学、系统生物学 | 癌症（Ehrlich癌/腹水癌） | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 103 | 2026-10-24 |
CYP1B1 is a potential target of kaempferol in renal fibrosis: a multi‑omics and single‑cell transcriptomics study
2026-Oct-20, Bioresources and bioprocessing
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s40643-026-01135-z
PMID:42900454
|
研究论文 | 本研究结合多组学和单细胞转录组学，探讨山奈酚改善肾纤维化的分子靶点与机制，重点关注CYP1B1 | 首次整合转录组分析、WGCNA、多算法机器学习、单细胞转录组学、SHAP分析、CIBERSORT免疫浸润评估、scTenifoldKnk虚拟基因敲除和分子对接，系统识别山奈酚干预肾纤维化的核心靶点CYP1B1，并模拟其功能缺失对成纤维细胞活化和ECM沉积的影响 | 研究结果仅为假设生成性，缺乏实验验证；仅基于计算预测，未进行体内外功能实验确认CYP1B1靶点作用 | 探索山奈酚改善肾纤维化的分子靶点和机制，重点阐明CYP1B1的作用 | 肾纤维化相关的转录组数据和单细胞转录组数据 | 多组学与单细胞转录组学 | 肾纤维化 | 转录组分析、WGCNA、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接 | LASSO、SVM-RFE、随机森林、SHAP、CIBERSORT、scTenifoldKnk | 转录组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq、single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2026-10-24 |
Longitudinal proteomics integrated with multi‑omics reveal molecular drivers of responses to neoadjuvant chemotherapy in rectal cancer
2026-Oct-20, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2026.109699
PMID:42901338
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研究论文 | 该研究对156例局部晚期直肠癌患者进行纵向4D-DIA蛋白质组学分析，并结合bulk RNA测序、单细胞转录组学和功能验证，揭示新辅助化疗应答的分子驱动因素 | 首次对直肠癌新辅助化疗进行纵向4D-DIA蛋白质组学分析并整合多组学数据；发现RAC2作为应答预测标志物具有强预测性能（训练AUC=0.867，测试AUC=0.857）；揭示RAC2-high肿瘤在治疗过程中与应答者具有一致的通路动态变化；通过单细胞分析揭示RAC2介导的肿瘤-免疫细胞通讯机制 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 揭示局部晚期直肠癌新辅助化疗应答的分子决定因素，鉴定预测标志物和潜在治疗靶点 | 156例局部晚期直肠癌患者（包括31例配对治疗前后标本）的治疗前和治疗后肿瘤标本 | 数字病理学、肿瘤多组学 | 直肠癌 | 4D-DIA蛋白质组学、bulk RNA测序、单细胞转录组学、功能验证（体外和体内实验） | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞转录组数据 | 156例患者的治疗前后肿瘤标本，其中31例为配对治疗前后标本 | NA | 4D-DIA蛋白质组学、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2026-10-24 |
The evolution of immunotherapy resistance in mismatch repair-deficient colorectal cancer: A spatiotemporal perspective
2026-Oct-20, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2026.105657
PMID:42901333
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综述 | 从时空演化视角综述错配修复缺陷结直肠癌免疫治疗耐药性的发展轨迹并提出克服耐药的组合治疗策略 | 提出将耐药性视为从早期免疫逃逸、适应性免疫抑制到晚期转移性空间异质性耐药的动态时空演化轨迹的工作假说，并系统评估针对各阶段耐药信号的组合治疗策略 | 作为综述文章，未提供原始实验数据验证所提出的耐药演化假说，缺乏临床验证 | 探讨错配修复缺陷结直肠癌免疫检查点抑制剂耐药的演化机制及克服策略 | 错配修复缺陷结直肠癌患者及肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 106 | 2026-10-24 |
Epithelial NF-κB shapes protective Treg cell responses to restrain intestinal inflammation
2026-10-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-78796-z
PMID:42901926
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研究论文 | 该文结合溃疡性结肠炎患者结肠活检与小鼠模型，利用单细胞RNA测序和分泌组分析，揭示上皮NF-κB通过招募Treg细胞形成保护性轴以限制肠道炎症 | 发现上皮细胞NF-κB驱动的促炎分泌组 paradoxically 对炎症消退至关重要，并鉴定出CCL22依赖的Treg细胞招募及GDPD3、CCR4相关的耐受性促修复状态 | 摘要未明确说明样本量、单细胞测序平台及具体验证实验细节 | 阐明肠道上皮如何塑造其免疫微环境以及上皮NF-κB在结肠炎消退中的作用机制 | 溃疡性结肠炎患者的结肠活检组织及可组织范围可视化NF-κB活性小鼠模型 | 单细胞组学、免疫学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序、分泌组分析 | NA | 文本、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 107 | 2026-10-24 |
The Characteristics of Tumor Microenvironment by the Single Cell Profile in Endometrial Cancer of no Specific Molecular Profile (NSMP) Subtype
2026-Oct-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.78332
PMID:42902496
|
研究论文 | 该研究整合单细胞核RNA测序、空间转录组学和多重心免疫组化，揭示NSMP亚型子宫内膜癌的肿瘤微环境特征及复发机制 | 发现SPP1+肿瘤相关巨噬细胞亚群可能通过SPP1-CD44轴促进CD4+ T细胞应激并维持上皮细胞干性，从而促进肿瘤细胞增殖和迁移 | 摘要未明确说明研究样本量及体外实验的具体验证程度 | 阐明NSMP亚型子宫内膜癌的肿瘤微环境特征及复发机制 | NSMP亚型子宫内膜癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞核RNA测序, 空间转录组学, 多重心免疫组化 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 108 | 2026-10-24 |
Astrocytic Ketogenesis Protects Central Nervous System Injury via CPT1A Stabilization and Epigenetic Regulation
2026-Oct-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.78393
PMID:42902976
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研究论文 | 该文通过单细胞和空间转录组学揭示脊髓损伤后星形胶质细胞的脂质和酮体代谢重编程，并阐明β-OHB通过CPT1A Kbhb修饰和H3K9bhb表观遗传调控促进修复的机制 | 首次发现中枢神经系统损伤后星形胶质细胞发生酮体代谢重编程；揭示β-OHB通过P300介导的CPT1A赖氨酸β-羟基丁酰化抑制其自噬降解；提出酮体生成-H3K9bhb表观遗传重塑的正反馈环路；证实生酮饮食在多种CNS损伤模型中促进组织修复 | 研究主要基于动物模型和观察性临床数据，缺乏大规模随机对照临床试验验证生酮饮食的疗效；具体分子机制细节及长期安全性仍需进一步研究 | 探究中枢神经系统损伤后反应性星形胶质细胞的代谢特征及其调控机制，并评估生酮饮食作为治疗策略的潜力 | 脊髓损伤模型小鼠及脊髓损伤患者 | 空间转录组学, 单细胞转录组学, 代谢与表观遗传学 | 中枢神经系统损伤, 脊髓损伤 | 单细胞转录组测序, 空间转录组测序, 赖氨酸β-羟基丁酰化修饰检测 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 109 | 2026-10-24 |
Whole-Genome Sequencing and Single-Cell Transcriptomics Identify Human Leukocyte Antigen Loci and a COG5 Variant in Aortic Dissection
2026-Oct-20, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.126.050327
PMID:42857991
|
研究论文 | 该研究通过全基因组测序和单细胞转录组学，在中国人群中识别与主动脉夹层相关的HLA位点和COG5变异 | 首次在中国 sporadic 主动脉夹层患者中结合全基因组测序和单细胞转录组学，发现免疫相关HLA位点和COG5低频错义变异，并揭示成纤维细胞、血管平滑肌细胞和巨噬细胞间的增强相互作用 | 摘要未明确提及研究局限性，但可能包括样本量有限、仅针对中国人群、需要进一步功能验证等 | 探究散发性主动脉夹层的遗传基础，识别新的风险位点和候选基因 | 151例散发性Stanford B型主动脉夹层患者和965名健康对照（中国人群），以及4个外部全基因组关联数据集 | 基因组学、单细胞转录组学、心血管遗传学 | 主动脉夹层 | 全基因组测序、单细胞转录组学、表观基因组分析、跨 ancestry 荟萃分析 | NA | 基因组数据、单细胞转录组数据、表观基因组数据 | 151例患者和965名对照，共1116个样本；另整合4个外部GWAS数据集 | NA | 全基因组测序、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 110 | 2026-10-24 |
Modulation of avian iridescence via melanogenesis
2026-Oct-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2614444123
PMID:42886708
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研究论文 | 该研究整合基因组学、细胞生物学和光学方法，揭示了鸟类虹彩颜色形成的分子基础，发现黑色素生成通路基因突变可调控羽毛光子纳米结构的多样几何特征 | 首次整合基因组学、单细胞转录组学和光学手段系统揭示鸟类虹彩纳米结构的分子组装机制；利用驯化孔雀的突变和野生鸟类自然颜色变异；发现黑色素生成基因的单核苷酸突变即可导致非虹彩向虹彩的转变；证明虹彩的纳米级有序性具有发育可塑性 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究鸟类虹彩颜色形成的分子机制，特别是组装羽毛光子纳米结构的分子基础 | 驯化印度孔雀和两种野生鸟类（具有不对称羽毛的物种） | 基因组学, 单细胞转录组学, 光学 | NA | 基因组学, 单细胞转录组学, 光学方法 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据, 光学数据 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 111 | 2026-10-24 |
The TCF-1-E-protein axis preserves stem-like Th17 identity and prevents autoimmune pathology
2026-Oct-20, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.118170
PMID:42905519
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研究论文 | 该研究揭示了TCF-1与E蛋白形成的相互反馈环路维持Th17细胞的干性身份并防止其向致病性细胞转化 | 发现了TCF-1和E蛋白之间的相互反馈环路构成自我强化的转录电路，并证明TCF-1下调是Th17致病性转化的早期事件 | 研究主要基于小鼠实验性自身免疫性脑脊髓炎模型，尚未在人类自身免疫疾病中得到验证 | 探究成熟Th17细胞中维持TCF-1表达的机制以及调控Th17细胞状态转换的转录架构 | Th17细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞转录组学、命运图谱追踪、基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 112 | 2026-10-24 |
Alpha-ketoglutarate ameliorates systemic sclerosis-associated fibrosis by restoring endothelial function
2026-Oct-17, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2026.109686
PMID:42892459
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研究论文 | 该研究发现α-酮戊二酸（α-KG）在系统性硬化症（SSc）纤维化模型中通过保护内皮功能、抑制TGF-β/Smad信号通路发挥抗纤维化作用 | 首次通过整合单细胞RNA测序和bulk转录组反卷积分析，意外发现内皮细胞而非成纤维细胞是α-KG在纤维化肺中的主要靶细胞；揭示了α-KG通过恢复内皮功能和抑制经典促纤维化信号发挥广谱抗纤维化作用 | 研究主要基于博来霉素诱导的小鼠模型和体外HUVEC实验，缺乏临床试验数据验证α-KG在SSc患者中的疗效和安全性 | 探究α-KG对系统性硬化症相关纤维化的治疗作用及其分子机制 | 博来霉素诱导的皮肤和肺纤维化小鼠模型、TGF-β刺激的成纤维细胞、人脐静脉内皮细胞（HUVECs） | 数字病理学，机器学习 | 系统性硬化症，肺纤维化，皮肤纤维化，自身免疫性疾病 | 靶向代谢组学，单细胞RNA测序，bulk转录组测序，转录组反卷积分析 | NA | 代谢组数据，基因表达数据（转录组），图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2026-10-24 |
A single-cell atlas of diabetes-associated remodeling in the human corneal limbus
2026-Oct-16, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2026.10.003
PMID:42880494
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序构建了糖尿病患者角膜缘组织的高分辨率转录组图谱，揭示了糖尿病相关的细胞类型、转录状态、细胞轨迹和细胞间通讯的变化 | 首次在单细胞水平上构建了糖尿病相关的人角膜缘微环境改变的高分辨率转录组图谱，识别了可能参与糖尿病角膜稳态和再生能力受损的分子通路和细胞群体 | 样本量较小（仅6例供体），仅通过免疫荧光验证了部分转录组发现，未进行功能实验验证 | 生成人糖尿病角膜缘组织的高分辨率单细胞转录组图谱，以增进对糖尿病相关细胞类型和组成、转录状态、细胞轨迹及细胞间通讯变化的概念性理解 | 人角膜缘上皮组织，来自6例年龄匹配的供体（3例非糖尿病供体和3例糖尿病供体） | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据、图像 | 6例人角膜缘上皮组织样本（3例非糖尿病，3例糖尿病） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 114 | 2026-10-24 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling of Human Blood Vessel Organoids Exposed to 6‑Chloronicotinic Acid
2026-Oct-16, Environment & health (Washington, D.C.)
DOI:10.1021/envhealth.6c00026
PMID:42903721
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研究论文 | 该研究利用人源血管类器官模型和单细胞转录组技术，探究6-氯烟酸暴露对血管发育的毒性影响 | 首次在人源三维血管类器官模型中，以单细胞分辨率系统揭示6-氯烟酸对血管发育的毒性效应，发现细胞亚群稳态失衡及血管祖细胞分化轨迹改变 | 形态学上20天培养期间未见显著生长变化，且小鼠急性暴露实验仅为印证性观察，机制层面仍需进一步验证 | 探究氯吡啶基新烟碱类代谢物6-氯烟酸对血管发育的潜在毒性风险 | 人源血管类器官（hBVO）及急性暴露小鼠的主动脉弓和腹主动脉 | 单细胞转录组学、发育毒理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | 人源血管类器官培养20天及急性暴露小鼠主动脉组织，具体样本数未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2026-10-24 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal a DLL4-associated tip-like endothelial niche linked to neoadjuvant chemotherapy non-response in muscle-invasive bladder cancer
2026-Oct-14, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103067
PMID:42874537
|
研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk转录组数据、计算分析和体外实验，揭示了与肌层浸润性膀胱癌新辅助化疗无响应相关的DLL4相关尖端样内皮生态位及其DLL4-NOTCH3信号机制 | 首次鉴定出与化疗无响应相关的TipEC_2尖端样内皮亚群，并揭示DLL4为该内皮状态的关键特征，提出DLL4-NOTCH3信号作为血管重塑与治疗耐药之间的潜在分子桥梁 | 研究主要基于转录组关联分析和体外实验验证，缺乏体内动物模型验证；DLL4-NOTCH3信号在化疗耐药中的因果作用仍需进一步功能实验证实 | 表征与膀胱癌化疗响应相关的内皮细胞状态和细胞间通讯程序，探索化疗无响应的血管机制 | 肌层浸润性膀胱癌患者的肿瘤组织及内皮细胞，以及顺铂耐药膀胱癌细胞系 | 数字病理, 单细胞组学, 空间转录组学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA-seq, 配体-受体分析, 体外实验 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, bulk转录组数据, 图像 | NA | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 116 | 2026-10-24 |
Machine learning and multi-omics analyses reveal CLDN1 as a candidate marker associated with colorectal cancer invasion and nutlin-3a (-) response
2026-Oct-13, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103078
PMID:42868715
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研究论文 | 该研究整合转录组学、机器学习、单细胞RNA测序、空间转录组学和体外实验，揭示CLDN1作为结直肠癌侵袭及Nutlin-3a(-)反应的候选标志物 | 结合多组学分析与机器学习算法筛选结直肠癌候选标志物，并利用单细胞和空间转录组学刻画CLDN1的细胞来源、伪时间动态和空间分布，同时通过体外实验验证其与侵袭表型和Nutlin-3a(-)反应的关系 | 需要进一步独立的前瞻性验证来确定其临床诊断、预后和治疗反应相关性 | 优先筛选结直肠癌相关候选标志物并表征其潜在生物学和临床相关性 | 结直肠癌患者样本及结直肠癌细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 转录组学, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习, 免疫组化, Western blotting, Transwell, MTT | 机器学习算法（四种特征选择算法）, NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据, 图像, 文本 | GSE44861、GSE44076、TCGA-COAD队列、GSE231559单细胞数据及空间转录组数据（具体样本量未在摘要中说明） | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 117 | 2026-10-24 |
Disease-associated myeloid states in cardiac remodeling: A new era of cardiac inflammation research enabled by computational biology
2026-Oct-10, The journal of physiological sciences : JPS
DOI:10.1016/j.jphyss.2026.100107
PMID:42874136
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学和计算方法揭示的心脏重塑过程中疾病相关髓系细胞状态（特别是巨噬细胞和中性粒细胞）的异质性，并重点介绍了新发现的GARP表达髓系（GEM）细胞在促进不良重塑中的作用。 | 系统总结了计算生物学驱动下心脏髓系细胞异质性研究的新进展，并首次将GARP表达髓系（GEM）细胞作为一种新鉴定的促不良重塑髓系状态进行重点阐述。 | 作为综述文章，未提供原始实验数据；对疾病相关髓系状态的功能验证和临床转化仍需进一步研究。 | 总结心脏重塑中疾病相关巨噬细胞和中性粒细胞状态的最新研究进展，探讨髓系细胞状态如何产生并在多细胞组织环境中发挥作用。 | 心脏重塑过程中的髓系细胞，包括巨噬细胞、中性粒细胞及GARP表达髓系（GEM）细胞。 | 计算生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2026-10-24 |
Integrative multi-omics analysis identifies LIPA as a prognostic hub and ferroptosis regulator in lung adenocarcinoma
2026-Oct, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-026-05741-5
PMID:42762413
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研究论文 | 该文通过整合多组学分析与实验验证，识别了肺腺癌中脂质代谢相关基因的失调，构建了五基因预后特征，并揭示了LIPA作为预后枢纽和铁死亡调节因子的作用 | 首次将LIPA与脂质代谢、铁死亡和免疫调节联系起来，发现LIPA在单核细胞和巨噬细胞中的差异表达，并通过虚拟筛选发现Castanospermine作为LIPA激活剂 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 识别肺腺癌中基于代谢重编程的生物标志物和治疗靶点 | 肺腺癌患者样本和肿瘤微环境中的细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 多组学分析，单细胞转录组学，空间转录组学，LASSO回归，虚拟筛选 | LASSO回归 | 图像，文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 119 | 2026-10-24 |
MSC C1: A Potential Hub Linking Stromal Plasticity, Immune Regulation, and Patient Survival in Lung Adenocarcinoma
2026-Oct, Chemical biology & drug design
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/cbdd.70414
PMID:42897747
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序解析肺腺癌骨转移患者的基质微环境，识别出具有高干性的MSC C1亚群，并构建预后风险评分模型 | 首次在骨转移肺腺癌中鉴定出位于分化轨迹分叉点的高干性MSC C1亚群，揭示其连接基质可塑性、免疫调节与患者生存的枢纽作用，并结合LASSO-Cox回归构建预后模型 | 体外实验仅验证LDHA敲低对A549细胞增殖和迁移的影响，缺乏对MSC C1亚群功能的深入体内验证，预后模型需更大规模队列验证 | 解析肺腺癌骨转移患者的基质景观，构建基于基质亚群的预后风险评分模型 | 肺腺癌骨转移患者的单细胞RNA测序数据及独立批量RNA测序队列 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | LASSO-Cox回归, CytoTRACE, CellChat, 拟时序分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 120 | 2026-10-24 |
CardamomOT: A mechanistic optimal transport-based framework for gene regulatory network inference, trajectory reconstruction and generative modeling
2026-Oct, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014838
PMID:42837408
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研究论文 | 提出CardamomOT，一个基于机制最优传输的框架，从scRNA-seq时间序列数据中联合重建基因调控网络、未观测蛋白轨迹，并作为生成模型预测细胞对扰动的响应 | 在机制最优传输框架中同时重建GRN和未观测蛋白轨迹，利用精确时间标签和文献中的蛋白动力学速率先验，大幅减少超参数数量，并将机制GRN推断、轨迹重建和真实数据模拟统一到一个框架中 | 摘要中未明确说明局限性 | 解决从实验数据推断调控细胞分化与重编程等过程的基因调控网络时，无法直接在单细胞水平测量蛋白动态、进而难以建立调控因子活性与靶标响应之间因果关系的问题 | scRNA-seq时间序列数据及其中隐含的基因表达与蛋白动态 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 机制模型, 最优传输 | 文本/基因表达计数数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |