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当前共找到 529 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-10-25 |
An environmentally regulated dichotomy in cell lineages of the root
2026-Oct-21, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-11179-y
PMID:42907499
|
研究论文 | 该文通过单细胞RNA测序和空间转录组映射，揭示拟南芥根细胞谱系普遍呈现双分支拓扑结构，其中一支与环境响应相关，并受环境条件调控 | 发现根细胞谱系存在非单一发育轨迹的双分支拓扑，并揭示一层叠加于发育谱系之上、与环境响应（如ABA信号）相关且受水分条件调控的根细胞身份 | 研究仅基于拟南芥根，未涉及其他物种；主要依赖转录组层面观察，机制层面（如ABA如何调控该细胞状态）尚未深入解析 | 探究植物根细胞谱系的发育轨迹及其受环境条件调控的异质性 | 拟南芥根细胞（包括多种细胞类型及不同生态型、ABA缺陷/不敏感突变体） | 植物单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组映射 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 42 | 2026-10-25 |
UBL3 modification reduces nuclear POLE levels to potentiate antitumor immunity in aero-upper digestive squamous cell carcinomas
2026-Oct-20, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218905
PMID:42901436
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研究论文 | 本文揭示了UBL3通过共价修饰POLE降低其核内水平，触发DNA损伤并激活cGAS-STING通路，从而增强上呼吸消化道鳞状细胞癌抗肿瘤免疫及αPD-1疗效的机制 | 首次发现UBL3对POLE的翻译后修饰是一种新型PTM机制，可调控POLE亚细胞定位并影响免疫治疗响应，提出UBL3修饰作为增强免疫治疗疗效的潜在免疫调节策略 | UBL3修饰POLE调控免疫微环境的具体分子细节和下游效应尚需进一步阐明，临床队列样本量有限，需更大规模验证 | 探索POLE的翻译后修饰及其对上呼吸消化道鳞状细胞癌免疫检查点抑制剂治疗响应的影响机制 | 上呼吸消化道鳞状细胞癌（食管鳞状细胞癌ESCC和肺鳞状细胞癌LUSC）细胞及接受新辅助化疗联合αPD-1治疗的ESCC患者队列 | 肿瘤免疫学、分子生物学 | 食管鳞状细胞癌、肺鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、体内小鼠肿瘤模型实验、翻译后修饰分析 | NA | 文本、图像（scRNA-seq数据、实验数据） | 一个接受新辅助化疗联合αPD-1治疗的ESCC患者队列（具体数量未在摘要中说明）及小鼠肿瘤细胞模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 43 | 2026-10-25 |
Hypoxia-induced SATB homeobox 2 increases hypoxia-inducible factor-1-dependent tumorigenesis and drives bevacizumab resistance in lung adenocarcinoma
2026-Oct-19, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103069
PMID:42896440
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研究论文 | 该文揭示缺氧诱导的SATB2通过表观遗传机制增强HIF-1依赖性肿瘤发生并驱动肺腺癌贝伐珠单抗耐药 | 首次将SATB2鉴定为肺腺癌中此前未被认识的缺氧诱导表观遗传调控因子，阐明SATB2-p300-HIF-1α轴介导转录延伸和正反馈环路放大缺氧转录程序的新机制 | 研究主要基于细胞模型和小鼠肿瘤模型及空间转录组分析，尚缺乏大规模临床队列验证和早期临床试验数据支持 | 探究缺氧信号与肿瘤微环境重塑之间的表观遗传协调机制及其在肺腺癌进展和抗血管生成治疗耐药中的作用 | 肺腺癌细胞模型、小鼠肿瘤模型及肺腺癌患者组织样本 | 数字病理, 肿瘤生物学 | 肺癌 | 空间转录组学, 基于参考的细胞类型去卷积分析 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 44 | 2026-10-25 |
Loss of CRMP4 in astrocytes causes reduced scar formation and functional recovery of motor function after spinal cord injury
2026-Oct-19, Molecular and cellular neurosciences
DOI:10.1016/j.mcn.2026.104129
PMID:42896692
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研究论文 | 研究星形胶质细胞中CRMP4缺失对脊髓损伤后瘢痕形成和运动功能恢复的影响 | 首次发现星形胶质细胞中CRMP4是调节反应性星形胶质细胞动态和瘢痕结构的关键分子决定因素，并揭示其在脊髓损伤后限制轴突再生和功能恢复中的作用 | 主要基于小鼠模型，公共scRNA-seq数据集的样本量有限，CRMP4调控星形胶质细胞增殖的具体分子通路尚未完全阐明 | 探究星形胶质细胞中CRMP4在脊髓损伤后反应性星形胶质细胞增殖扩展、瘢痕形成及功能恢复中的作用机制 | 脊髓损伤小鼠模型中的反应性星形胶质细胞 | 神经科学、单细胞转录组学 | 脊髓损伤 | 条件性基因敲除、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、BMS运动评分 | NA | 基因表达数据、行为学评分数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2026-10-25 |
ELF1 exacerbates intervertebral disc degeneration by promoting ACSL4-dependent ferro-aging of nucleus pulposus cells through the IFITM3-PTPRO axis
2026-Oct-15, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2026.124736
PMID:42880403
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研究论文 | 本文研究了ELF1通过IFITM3-PTPRO轴促进ACSL4依赖的髓核细胞铁衰老，从而加剧椎间盘退变的机制 | 首次提出铁衰老是椎间盘退变的新机制，并揭示了ELF1-IFITM3-PTPRO-ACSL4调控网络 | 摘要中未明确说明研究局限性 | 探究铁衰老在椎间盘退变中的作用及其上游调控网络 | 人类髓核组织、椎间盘退变动物的髓核细胞 | 数字病理学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序、RNA测序、免疫共沉淀、双荧光素酶报告基因实验、染色质免疫沉淀 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2026-10-25 |
Pharmacological neutralization of the Rspo2/Wnt axis preserves subchondral bone plate and vascular niche integrity to attenuate cartilage degeneration in osteoarthritis
2026-Oct-15, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1016/j.trsl.2026.10.005
PMID:42880692
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研究论文 | 本研究探讨Rspo2作为骨膜下骨板相关血管壁龛不稳定性的介质，并评估其药理中和是否能减轻壁龛破坏并保持骨软骨完整性 | 首次揭示内皮来源的Rspo2通过旁分泌作用介导骨膜下骨板血管壁龛的不稳定性，并证明早期中和Rspo2可减轻骨重塑和软骨退变 | 研究主要基于小鼠ACLT+DMM模型和体外实验，人体临床标本分析有限，需进一步验证Rspo2-NAb在人体中的安全性和有效性 | 研究Rspo2在骨关节炎骨膜下骨板血管壁龛中的作用，并评估药理中和Rspo2对骨软骨完整性的保护效果 | 人类胫骨平台骨膜下骨标本、小鼠OA模型、内皮细胞、成骨细胞、破骨细胞、软骨细胞 | 骨关节炎研究 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、免疫组化、体外细胞实验 | NA | 单细胞转录组数据、图像、临床标本 | 人类胫骨平台骨膜下骨scRNA-seq数据集(GSE196678)及临床标本，多组小鼠在术后第30天和第60天进行评估 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 47 | 2026-10-25 |
Cell-type-specific damage scores reveal kidney and liver disease trajectories in single-cell and spatial transcriptomics
2026-Oct-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2026.101337
PMID:42624116
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研究论文 | 该文章提出了一个基于单细胞和空间转录组学的通用框架，通过细胞类型特异性损伤评分（足细胞损伤评分PDS和肝细胞损伤评分HDS）量化慢性肾病和MASLD/NASH中细胞的连续损伤轨迹 | 提出可泛化的单细胞与空间转录组学框架，用细胞类型特异性连续损伤评分替代离散细胞状态分析，揭示足细胞损伤与FSGS进展中昼夜节律基因表达紊乱的关联，并确定MASLD/NASH中肝细胞损伤阈值及衰老代谢功能障碍状态 | 摘要未明确说明损伤评分的跨平台标准化验证范围、样本量及潜在技术批次效应等具体局限 | 开发细胞类型特异性损伤评分以在单细胞和空间转录组水平映射退行性疾病的连续进展轨迹并识别阶段特异性治疗靶点 | 慢性肾病中的足细胞及代谢功能障碍相关脂肪性肝病中的肝细胞，涵盖小鼠和人类样本 | 数字病理学, 机器学习 | 慢性肾病, 代谢功能障碍相关脂肪性肝病, 非酒精性脂肪性肝炎, 局灶节段性肾小球硬化 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学, 组织学, 临床数据分析 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据, 组织学图像, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 48 | 2026-10-25 |
Hepatic HSD17B6 promotes lipid accumulation and M1 macrophage polarization via the 9-cis-retinoic acid and RXRα axis
2026-Oct-14, Free radical biology & medicine
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研究论文 | 本文揭示肝细胞中HSD17B6通过9-顺式视黄酸和RXRα轴促进脂质积累与M1巨噬细胞极化，从而推动MASH进展 | 首次在MASH发病机制中对HSD17B6进行功能表征，并阐明其通过9cRA-RXRα-CXCL10-CXCR3轴介导代谢与炎症交互作用的新机制 | 主要基于PDCD4缺失小鼠模型及体外细胞实验，人体数据以表达验证为主，缺乏临床干预或大规模人群验证 | 探究HSD17B6在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎发病中的作用及其分子机制 | PDCD4缺失小鼠肝脏、人MASH肝样本、小鼠MASH模型及肝细胞功能获得/缺失模型 | 代谢疾病研究、分子病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH） | 转录组分析、单细胞RNA测序、HPLC定量、siRNA沉默、药理学抑制 | NA | 文本（转录组数据）、图像（组织学）、数值（HPLC定量数据） | NA | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 49 | 2026-10-25 |
Treatment-refractory autoimmune glial fibrillary acidic protein astrocytopathy: Clinical features, predictive models, therapy
2026-Oct-14, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2026.107653
PMID:42874935
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研究论文 | 该研究比较了难治性与治疗反应性GFAP星形细胞病的临床特征，建立了预测模型，并通过被动转移小鼠模型和单细胞RNA测序探索了致病机制及B细胞靶向治疗的依据 | 首次系统刻画难治性GFAP星形细胞病的临床与免疫特征，采用Firth惩罚回归建立难治性预测模型，并结合被动转移小鼠模型与单细胞RNA测序揭示补体与炎症通路激活及星形胶质细胞促炎状态 | 样本量较小（难治组23例、反应组30例），为单中心回顾性研究，亚组分析进一步降低了统计效能，单细胞测序结果尚需功能实验验证 | 明确难治性GFAP星形细胞病的临床与免疫学特征，建立治疗难治性预测模型，并探索其致病机制及有效治疗策略 | GFAP星形细胞病患者（难治组23例、治疗反应组30例），以及被动转移小鼠模型 | 临床神经免疫学 | 自身免疫性GFAP星形细胞病 | 单细胞RNA测序、Firth惩罚逻辑回归、被动转移模型、免疫吸附/血浆置换 | Firth惩罚回归模型 | 临床数据、影像数据、文本、基因表达数据 | 53例患者（难治组23例、治疗反应组30例）及被动转移小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2026-10-25 |
Sexual dimorphism in epidermal stem cell dynamics
2026-Oct-14, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-11159-2
PMID:42875501
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研究论文 | 该研究通过活体时间-lapse成像和单细胞RNA测序，揭示了表皮干细胞动态中的性别二态性 | 发现了表皮细胞命运中的性别二态性，雌性小鼠表现出高度同步的细胞分裂、分化和脱层模式，加速伤口愈合；雄性激素促进干细胞分化和脱层 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类；未全面探讨其他激素或环境因素的影响 | 确定表皮基底细胞层的异质性和细胞命运模式，探究表皮稳态的维持机制 | 小鼠皮肤 Interfollicular 表皮中的 lineage-labelled 细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 活体时间-lapse成像, 转录组分析, 克隆分析 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 51 | 2026-10-25 |
Intestinal Organoid-Based Toxicity Study on Co-exposure to Food Contaminants Deoxynivalenol and Tenuazonic Acid
2026-Oct-14, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.6c07522
PMID:42916030
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研究论文 | 本研究利用肠道类器官模型研究脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）和替尼酸（TeA）联合暴露的肠道毒性及协同效应 | 首次使用肠道类器官模型揭示DON与TeA的协同肠道毒性，发现二者通过核糖体毒性和PPAR通路诱导脂质代谢紊乱，并利用单细胞转录组阐明细胞类型特异性损伤机制 | 摘要未明确说明研究局限性 | 探究新兴霉菌毒素TeA的肠道风险及其与DON的联合毒性作用机制 | 肠道类器官模型 | 毒理学 | 肠道毒性 | 单细胞转录组测序 | 肠道类器官模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 52 | 2026-10-25 |
Polystyrene Nanoplastics Disrupt Lateral Line Neuromasts and Impair Flow-Guided Behaviors in Zebrafish
2026-Oct-13, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.6c09166
PMID:42917214
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研究论文 | 本研究整合流体动力学行为学检测与细胞、超微结构、转录组及蛋白水平分析，探究了聚苯乙烯纳米塑料对斑马鱼侧线系统的影响 | 首次结合行为学、细胞学、超微结构、bulk与单细胞转录组及蛋白分析，系统揭示纳米塑料对鱼类机械感觉侧线系统的损伤作用及代谢-氧化还原失调机制 | 摘要中未明确说明所用纳米塑料的粒径、浓度及暴露时间等具体参数，且机制研究主要停留在关联层面，缺乏因果验证 | 探究聚苯乙烯纳米塑料对斑马鱼不同生命阶段侧线系统及流体引导行为的影响及潜在机制 | 斑马鱼（Danio rerio）成鱼与幼鱼 | 环境毒理学 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白水平分析, 细胞学与超微结构分析, 流体动力学行为学检测 | NA | 行为数据, 图像, 转录组数据, 蛋白质定量数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2026-10-25 |
Macrophage-derived TNF-α promotes vascular inflammation and cell crosstalk in human atherosclerotic plaques via TNFRSF1A
2026-Oct-10, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析人颈动脉和冠状动脉斑块，揭示巨噬细胞来源的TNF-α通过TNFRSF1A促进血管炎症和细胞串扰 | 揭示了动脉粥样硬化斑块中保守的空间架构和细胞亚型特征，首次系统阐明TNF-TNFRSF1A信号轴作为连接巨噬细胞、内皮细胞和平滑肌细胞的核心信号通路，并证明该机制在颈动脉和冠状动脉中保守 | 研究主要基于体外细胞实验验证，缺乏体内动物模型的功能验证；TNFRSF1A敲低实验仅在THP-1来源巨噬细胞中进行，未在更多原代细胞或体内环境中验证 | 阐明动脉粥样硬化斑块中关键炎症通路如何协调多细胞血管损伤，并验证该机制在不同血管床中是否保守 | 人颈动脉和冠状动脉粥样硬化斑块组织、THP-1巨噬细胞、内皮细胞和平滑肌细胞 | 空间转录组学、单细胞组学 | 心血管疾病、动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫荧光、CellChat细胞通讯分析 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、图像 | 人颈动脉和冠状动脉斑块样本（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 54 | 2026-10-25 |
Human adult and pediatric multimodal transcriptomic atlas of progression from pressure-loaded to failing right ventricle
2026-Oct-09, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-026-00885-5
PMID:42855501
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研究论文 | 该文构建了人类成人与儿童右心室压力负荷至衰竭的多模态转录组图谱，揭示了右心室衰竭的两阶段多谱系重塑分子程序 | 首次整合bulk、单核和Xenium空间转录组学，涵盖成人、儿童及小鼠肺动脉环扎队列，解析出34种细胞亚型及两阶段轨迹，并发现儿童右心室衰竭缺乏线粒体呼吸功能障碍 | bulk RNA测序对第二阶段变化分辨力有限，需依赖空间转录组；样本量相对有限；小鼠模型与人类存在种属差异 | 阐明右心室压力负荷至衰竭的病理生理机制与分子程序 | 人类成人及儿童右心室组织、小鼠肺动脉环扎模型 | 数字病理学, 空间转录组学, 单细胞组学 | 心力衰竭, 右心室衰竭, 心血管疾病 | bulk RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学, 线粒体呼吸测定 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据, 图像 | 成人bulk 142例、单核11例、Xenium空间9例，儿童14例，另含小鼠肺动脉环扎队列 | 10x Genomics | bulk RNA-seq, single-nucleus RNA-seq, spatial transcriptomics | 10x Chromium, 10x Xenium | 10x Chromium单核RNA测序, 10x Xenium空间转录组 |
| 55 | 2026-10-25 |
SPP1⁺ macrophage-derived WNT5A contributes to MMP11⁺ myCAF-mediated matrix remodeling and immunotherapy resistance in lung adenocarcinoma
2026-Oct-08, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-09069-y
PMID:42920190
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研究论文 | 该研究整合批量转录组、单细胞RNA测序和空间转录组数据，揭示SPP1⁺巨噬细胞来源的WNT5A促进MMP11⁺ myCAF介导的基质重塑和肺腺癌免疫治疗耐药 | 首次揭示SPP1⁺巨噬细胞通过分泌WNT5A激活MMP11⁺ myCAF的YAP/INHBA信号通路，促进基质重塑和胶原沉积，从而导致PD-1阻断免疫治疗耐药 | 摘要中未明确说明研究局限性，需进一步关注样本量、模型代表性及临床转化验证等方面 | 表征与肺腺癌进展和PD-1阻断不良响应相关的基质-免疫相互作用 | 肺腺癌患者组织样本、临床免疫治疗队列、MMP11过表达CAF和SPP1过表达巨噬细胞、小鼠肿瘤模型 | 数字病理学、肿瘤免疫学、单细胞组学 | 肺癌 | bulk转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫组化、WGCNA、细胞通讯分析、空间反卷积 | NA | 转录组数据、图像、文本 | NA | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2026-10-25 |
MTFP1 drives pancreatic cancer liver metastatic colonisation by regulating mitochondrial metabolism reprogramming
2026-Oct-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-336323
PMID:41663153
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研究论文 | 该研究揭示MTFP1通过调控线粒体代谢重编程驱动胰腺癌肝转移定植并重塑免疫抑制微环境 | 首次鉴定MTFP1为PDAC肝定植的关键驱动因子，发现其作为新型ATP合酶调节因子增强OXPHOS，并揭示ROS/PI3K/AKT/c-MYC/SLC1A5轴介导的谷氨酰胺竞争机制，同时鉴定KPT 9274（ATG-019）为MTFP1有效抑制剂 | 摘要中未明确说明研究局限性 | 鉴定重编程PDAC线粒体功能的关键驱动因子及其在PDAC肝定植过程中重塑免疫抑制肿瘤微环境的作用 | 胰腺导管腺癌（PDAC）细胞、PDAC类器官、小鼠模型、CD8+ T细胞 | 肿瘤生物学、代谢组学、单细胞组学 | 胰腺癌 | 全基因组CRISPR功能缺失筛选、单细胞RNA测序、空间代谢组学、代谢流分析、GST pull-down实验、虚拟筛选 | NA | 基因表达数据、代谢数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间代谢组学 | NA | NA |
| 57 | 2026-10-25 |
Stromal biomarker-based framework for identifying pMMR/MSS and dMMR/MSI colorectal cancers with poor outcomes and limited benefit from immunotherapy
2026-Oct-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-336804
PMID:41980760
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序、计算反卷积和蛋白水平评估等多组学方法，鉴定出表达CTHRC1的癌症相关成纤维细胞亚群，可作为结直肠癌患者分层和免疫治疗反应预测的生物标志物 | 首次系统鉴定CTHRC1(+) CAFs作为结直肠癌基质生物标志物，能够将pMMR/MSS和dMMR/MSI肿瘤进一步分层为免疫炎症型和免疫原性差的亚型，并揭示其与TGF-beta信号增强、不良预后及免疫检查点抑制剂耐药的关系 | 研究为回顾性分析，CTHRC1(+) CAF评估纳入常规病理流程尚需前瞻性验证 | 利用肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性，鉴定和评估候选生物标志物以支持患者分层并改善治疗反应预测 | 结直肠癌患者肿瘤样本及临床队列 | 数字病理 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 计算细胞反卷积, 蛋白水平评估, 体外和体内临床前模型 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质数据, 临床数据 | 超过3000例患者样本，涵盖多个队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 58 | 2026-10-25 |
A Protocol for Multivariate Data Visualization and Pseudotime Modeling for Analysis of Disease Trajectories Detected by Mass Spectrometry Imaging
2026-Oct-07, Journal of the American Society for Mass Spectrometry
IF:3.1Q1
DOI:10.1021/jasms.6c00183
PMID:42683911
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研究论文 | 介绍了一个名为SPOT的开源端到端分析流程，将单细胞和空间转录组学的统计方法应用于质谱成像数据的多变量数据可视化和拟时序建模，用于分析疾病轨迹 | 开发了SPOT工具包，首次将单细胞和空间转录组学的成熟统计方法（分类建模、降维、轨迹推断）整合并适配到质谱成像数据分析中，使用供应商中立的社区数据格式，在R和Python中实现，计算开销小 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 为质谱成像数据分析提供计算框架，实现空间分辨的疾病状态比较分析和疾病轨迹重建 | 导管原位癌（DCIS）病变原型衍生的基质蛋白质组谱 | 空间组学、质谱成像 | 乳腺癌 | 质谱成像（MSI） | NA | 质谱成像数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 质谱成像 | NA | NA |
| 59 | 2026-10-25 |
Native, Memory-Bounded Conversion of Mass Spectrometry Imaging Data into the SpatialData Ecosystem
2026-Oct-07, Journal of the American Society for Mass Spectrometry
IF:3.1Q1
DOI:10.1021/jasms.6c00169
PMID:42916767
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研究论文 | 本文介绍了一个开源Python库Thyra，可将质谱成像原始数据直接转换为SpatialData格式，实现内存受限的流式转换并与scverse生态兼容 | 采用两遍流式稀疏矩阵引擎，将光谱矩阵直接写入Zarr存储，峰值内存保持在200MB左右，支持100GB以上采集数据，实现3-4倍存储缩减和数量级的m/z范围查询延迟改善 | 摘要中未明确说明具体局限性，仅在银屑病患者皮肤活检数据上进行简要探索性分析 | 解决质谱成像数据与空间组学统一数据基础设施（OME-NGFF、Zarr、SpatialData）不兼容的问题，实现规模化多模态空间分子分析 | 质谱成像数据，包括小鼠脑MALDI数据集和银屑病患者皮肤活检样本 | 空间组学数据基础设施 | 银屑病 | 质谱成像（MSI），MALDI | NA | 质谱成像光谱数据、图像 | 小鼠脑MALDI数据集和一个银屑病患者皮肤活检样本 | NA | 质谱成像 | Thyra（开源Python库） | 支持原始厂商格式和imzML格式输入，输出为SpatialData/Zarr格式 |
| 60 | 2026-10-25 |
Porcine epidemic diarrhea virus infection promotes Peyer's patch immune induction and epithelial defense via single-cell transcriptional reprogramming
2026-Oct-06, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02643-25
PMID:42684955
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序技术，分析了猪流行性腹泻病毒感染后猪空肠上皮和派尔集合淋巴结两个解剖区域的细胞转录反应 | 首次在单细胞水平上同时研究PEDV感染后肠道上皮屏障和派尔集合淋巴结的免疫诱导反应，发现了一个190基因特征作为成熟肠上皮细胞对PEDV感染保守的抗病毒反应标志 | 摘要中未明确提及研究的具体局限性 | 更好地理解PEDV感染期间的宿主-病原体相互作用，以识别PEDV保护与易感性的标志物 | 猪空肠上皮细胞和派尔集合淋巴结中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 猪流行性腹泻 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |