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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2026-08-17 |
Thymus-derived myeloid programs track microglial tolerance states across human cohorts
2026-Oct, Neurochemistry international
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.neuint.2026.106221
PMID:42413776
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研究论文 | 该研究通过将胸腺来源的骨髓程序(MES)投射到四个独立的人类小胶质细胞队列中,发现这些程序与小胶质细胞耐受状态的定位呈负相关,且这种关联具有组织特异性。 | 首次利用胸腺来源的转录程序作为跨队列量化小胶质细胞耐受状态的可转移基础,并发现其与耐受定位的负关联具有组织偏好性。 | 未发现糖皮质激素受体活性调节这种关联,且鸢尾素通路关联在多重检验校正后多不显著。 | 评估胸腺来源的骨髓程序是否可作为跨独立人类队列量化小胶质细胞耐受样定位的可转移基础。 | 四个独立的小胶质细胞队列,包括SEA-AD、Olah、Tuddenham和多发性硬化症队列,涉及超过100名供体。 | 机器学习, 数字病理学 | 多发性硬化症, 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 非负矩阵分解, 随机效应元分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 超过100名供体的四个独立队列 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 502 | 2026-08-14 |
Prognostic and diagnostic evaluation of HSPG2 gene expression in oral squamous cell carcinoma: A case-control study
2026-Oct, Archives of oral biology
IF:2.2Q2
|
研究论文 | 本研究评估了口腔鳞状细胞癌中HSPG2基因的表达,并利用外部数据集验证其临床相关性,发现其在组织和血浆中高表达,且与不良预后相关 | 首次在口腔鳞状细胞癌中结合qRT-PCR、TCGA和单细胞RNA-seq数据,全面评估HSPG2的表达及其诊断和预后价值,特别关注了非洲裔美国患者中的预后差异 | 样本量较小(25例患者和25例对照),且唾液样本中的HSPG2表达无显著差异,可能限制了其作为非侵入性生物标志物的应用 | 评估HSPG2在口腔鳞状细胞癌中的表达及其作为诊断和预后生物标志物的潜力 | 口腔鳞状细胞癌患者和健康对照的组织、血浆和唾液样本 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | qRT-PCR, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据, 临床数据 | 25例口腔鳞状细胞癌患者和25例匹配健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 503 | 2026-08-14 |
Dimethylglycine accelerate atherosclerosis by mediating macrophages ferroptosis via NRF2 pathway suppression
2026-Oct, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2026.156600
PMID:42361720
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研究论文 | 本研究通过病例对照研究、前瞻性队列研究及体内外实验,揭示二甲基甘氨酸通过抑制NRF2核转位介导巨噬细胞铁死亡,加速动脉粥样硬化进程 | 首次发现DMG通过结合NRF2蛋白的I559位点抑制其核转位和GPX4/xCT启动子富集,从而促进巨噬细胞铁死亡,加速动脉粥样硬化 | 未在更大规模人群中验证DMG与MACE的关联,且未探讨DMG对其他细胞类型或信号通路的影响 | 阐明DMG在动脉粥样硬化进展中对巨噬细胞的具体作用及分子机制 | 冠心病患者、ApoE敲除小鼠、THP-1巨噬细胞 | 数字病理学 | 冠心病 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、分子对接、定点突变 | NA | 基因表达、蛋白质、临床数据 | 冠心病患者(具体数量未提供)、ApoE敲除小鼠、THP-1细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 504 | 2026-08-14 |
Occlusal abnormalities and temporomandibular joint osteoarthritis: A narrative review of cross-scale mechanical-metabolic-immune mechanisms
2026-Oct, Archives of oral biology
IF:2.2Q2
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综述 | 本文综合近期多尺度证据,提出咬合异常在颞下颌关节骨关节炎发病机制中作用的统一机械-代谢-免疫框架。 | 提出一个统一的机械-代谢-免疫框架,整合了从分子(如Piezo1、整合素)到细胞(如巨噬细胞)再到组织器官(颞下颌关节)的多尺度机制,并强调性别差异在疾病发生中的潜在作用。 | 缺乏颞下颌关节特异性的验证,尤其是性别相关免疫调节机制在TMJ中的直接证据不足。 | 阐明咬合异常通过机械转导、代谢重编程和免疫重塑促进颞下颌关节骨关节炎的机制。 | 颞下颌关节骨关节炎相关的临床、影像、动物、细胞、组学和机制研究。 | 生物医学 | 颞下颌关节骨关节炎 | 文献综述、单细胞转录组学、谱系追踪 | NA | 文献数据、单细胞转录组数据 | 不适用(综述性文章) | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | NA |
| 505 | 2026-08-14 |
Taraxerol targets the HIF1A-NEK6 axis to block TDE-mediated M2 macrophage polarization and inhibits NSCLC progression
2026-Oct, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2026.156603
PMID:42372476
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和网络药理学等方法,揭示了Taraxerol通过靶向HIF1A-NEK6轴抑制肿瘤源性外泌体介导的M2巨噬细胞极化,从而抑制非小细胞肺癌进展的分子机制 | 首次阐明Taraxerol通过调控HIF1A-NEK6轴影响肿瘤微环境中M2巨噬细胞极化的机制,并利用单细胞RNA测序和分子动力学模拟等方法提供了多层次的证据 | 研究主要基于体外细胞实验和异种移植模型,缺乏临床样本验证,且未详细探讨HIF1A-NEK6轴在其他免疫细胞中的潜在作用 | 阐明Taraxerol在非小细胞肺癌中通过调控肿瘤微环境(特别是M2巨噬细胞极化)发挥抗肿瘤作用的分子机制 | 非小细胞肺癌细胞系A549/H1299、巨噬细胞、肿瘤源性外泌体、异种移植肿瘤模型 | 网络药理学、单细胞测序、分子生物学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟、CCK-8、EdU、流式细胞术、Transwell、异种移植、透射电子显微镜、纳米颗粒追踪分析、Western blot、qRT-PCR、染色质免疫沉淀、双荧光素酶报告基因 | NA | 单细胞基因表达数据、分子对接和动力学数据、细胞表型数据、肿瘤图像 | 涉及A549/H1299细胞系、巨噬细胞、肿瘤组织异种移植模型,具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 506 | 2026-08-13 |
COX7A2L drives lung adenocarcinoma progression and radioresistance via PI3K/AKT signaling
2026-Oct-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2026.124607
PMID:42508754
|
研究论文 | 本研究探讨了线粒体相关蛋白COX7A2L在肺腺癌进展和放射抗性中的作用,通过多组学分析和功能实验揭示其通过PI3K/AKT信号通路促进肿瘤恶性表型并增强DNA损伤修复。 | 首次将COX7A2L与肺腺癌放射抗性联系起来,并结合多组学(bulk、单细胞、空间转录组)及功能实验阐明其分子机制。 | 未明确COX7A2L调控ROS和PI3K/AKT的具体分子机制,且临床样本验证可能有限。 | 阐明COX7A2L在肺腺癌进展和放射抗性中的作用及其机制,并评估其作为放疗增敏治疗靶点的潜力。 | 肺腺癌细胞、COX7A2L敲低和过表达模型、肺腺癌组织样本 | 癌症研究、分子生物学 | 肺腺癌 | 多组学分析、基因敲低/过表达、细胞功能实验、体内模型、药理学抑制 | 基因敲低/过表达细胞模型、异种移植瘤模型 | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据、细胞表型数据 | 未明确具体样本量 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 507 | 2026-08-11 |
M1 polarization accelerated bone aging through inflammatory signaling transduction regulated by cells crosstalk
2026-Oct-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.117114
PMID:42419146
|
研究论文 | 本研究探讨了衰老过程中骨免疫交叉对话的机制,发现M1巨噬细胞极化加速骨老化,并提出TREM2-DAP12-SYK信号通路作为治疗老年性骨质疏松的新靶点 | 首次在老年骨中发现M1巨噬细胞增多,并通过单细胞测序筛选出TREM2、TYROBP、SYK和PIK3CD四个共同差异表达基因,揭示TREM2-DAP12-SYK轴调控M1极化在骨老化中的作用 | 研究主要基于小鼠模型和临床样本的关联性分析,缺乏对信号通路的深入分子机制验证,且单细胞数据来源为公共数据库(GSE145477),可能存在样本异质性 | 阐明衰老过程中骨免疫细胞间相互作用的变化机制,并寻找老年性骨质疏松的潜在治疗靶点 | 老年骨组织、巨噬细胞、骨髓间充质干细胞及共培养系统 | 免疫学、细胞生物学 | 老年性骨质疏松 | 单细胞测序、转录组分析、共培养实验、条件培养基实验、药理学激活 | NA | 基因表达数据、临床数据、实验数据 | 临床样本为老年人群,动物样本为老年小鼠,具体数量未在摘要中提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用公共数据集GSE145477进行单细胞测序数据分析 |
| 508 | 2026-08-11 |
Targeting Grx1 by hyperoside regulates Ncf4 post-translational modification to enhance mitophagy and accelerate diabetic wound healing
2026-Oct-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.117074
PMID:42361530
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研究论文 | 本研究旨在探讨金丝桃苷通过调节Grx1对Ncf4的翻译后修饰以增强线粒体自噬,从而加速糖尿病伤口愈合的疗效及其分子机制 | 首次发现金丝桃苷通过靶向Grx1/Ncf4/Bnip3l轴,将Ncf4的翻译后修饰从磷酸化转变为谷胱甘肽化,抑制NOX2激活并增强Bnip3l介导的线粒体自噬,逆转巨噬细胞功能障碍,从而促进糖尿病伤口愈合 | 研究主要基于2型糖尿病小鼠模型,未涉及人类样本验证;且未深入探讨金丝桃苷在不同糖尿病阶段或不同伤口类型中的效果差异 | 评估金丝桃苷对糖尿病伤口愈合的促进作用,并阐明其分子机制 | 2型糖尿病小鼠伤口模型及高糖刺激的骨髓来源巨噬细胞 | 分子生物学、蛋白质组学、单细胞转录组学 | 糖尿病伤口 | DIA定量蛋白质组学、单细胞RNA测序、分子动力学模拟、CETSA/DARTS、免疫共沉淀、Grx1功能获得/丧失实验 | 小鼠模型、细胞模型 | 蛋白质组学数据、单细胞转录组数据、分子动力学模拟数据 | 未明确说明样本数量,但涉及2型糖尿病小鼠模型和高糖刺激的巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | NA | NA |
| 509 | 2026-08-11 |
ANXA2+/TNR- glioblastoma subpopulation drives tumor progression through via Src-STAT3 axis and neutrophil remodeling
2026-Oct-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.117075
PMID:42372585
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序等手段鉴定ANXA2+/TNR-胶质母细胞瘤亚群,揭示其通过Src-STAT3轴和中性粒细胞重塑驱动肿瘤进展的机制 | 首次鉴定ANXA2+/TNR-胶质母细胞瘤亚群,并阐明其通过Src-STAT3信号轴和诱导中性粒细胞N2极化促进肿瘤干性和免疫逃逸的新机制 | 研究主要基于体外实验和异种移植模型,需进一步在临床样本中验证其相关性和治疗潜力 | 探究胶质母细胞瘤中ANXA2+/TNR-亚群的功能作用及其驱动肿瘤进展的机制 | 胶质母细胞瘤细胞亚群ANXA2+/TNR-及其与中性粒细胞的相互作用 | 癌症生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、功能实验、转录组分析、药理学抑制、异种移植模型 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据、功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 510 | 2026-08-09 |
Multi-omics analyses reveal BPA accelerates glioma progression via cell cycle dysregulation
2026-Oct-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2026.128624
PMID:42331244
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证,揭示双酚A通过细胞周期失调加速胶质瘤进展的机制 | 首次整合多组学分析与实验验证,阐明环境污染物BPA通过细胞周期相关蛋白相互作用促进胶质瘤进展的新机制 | 未明确提及研究局限性 | 探究BPA对胶质瘤恶性程度的影响及其潜在机制 | 双酚A(BPA)及其对胶质瘤细胞的作用 | 机器学习 | 胶质瘤 | 多组学分析、单细胞RNA测序、分子对接 | 机器学习模型 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质结构数据 | 未明确样本数量,但使用了GEO数据集和scRNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 511 | 2026-08-09 |
Unveiling the role of spatial transcriptomics in the analysis of the tumor immune microenvironment (Review)
2026-Oct, International journal of molecular medicine
IF:5.7Q1
DOI:10.3892/ijmm.2026.5940
PMID:42535370
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综述 | 本文系统阐述空间转录组学在解析肿瘤免疫微环境中的作用与应用,包括绘制关键细胞亚群的空间分布与功能状态,并讨论其临床转化潜力与技术挑战 | 系统总结空间转录组学在不同肿瘤进展阶段(癌前病变、局部晚期、远处转移)中的应用进展,并强调机器学习与空间转录组学的深度融合为精准医学和早期干预奠定基础 | 空间转录组学在临床应用中仍面临关键的技术挑战,但具体挑战未在摘要中详述 | 系统阐述空间转录组学在解析肿瘤免疫微环境中的作用,以及其临床转化潜力和技术挑战 | 肿瘤免疫微环境中的关键细胞亚群,包括不同肿瘤进展阶段(癌前病变、局部晚期、远处转移)的组织微环境生态位 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 512 | 2026-08-08 |
Comprehensive analysis of the association between perfluorooctanoic acid exposure and osteosarcoma progression
2026-Oct, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association
IF:3.9Q1
DOI:10.1016/j.fct.2026.116274
PMID:42462996
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研究论文 | 本文综合网络毒理学、机器学习、免疫浸润分析、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟和体外实验,探讨全氟辛酸暴露与骨肉瘤进展之间的关联机制 | 首次整合多种生物信息学方法和实验验证,揭示PFOA通过代谢重编程和免疫失调促进骨肉瘤进展的新机制,并识别出代谢相关基因轴 | 研究主要基于计算预测和体外实验,缺乏体内实验验证;样本量和临床数据有限 | 阐明长期PFOA暴露对骨肉瘤进展的影响及其分子机制 | PFOA暴露相关的骨肉瘤细胞及共享靶基因 | 机器学习 | 骨肉瘤 | RNA-seq(单细胞) | 机器学习模型(未明确指定) | 基因表达数据、分子结构数据 | 细胞实验样本,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 513 | 2026-08-08 |
Integrative single-cell transcriptomics and Mendelian randomization prioritize FN1 and DCN in intervertebral disc degeneration
2026-Oct, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association
IF:3.9Q1
DOI:10.1016/j.fct.2026.116275
PMID:42476215
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研究论文 | 本研究整合单细胞转录组学和孟德尔随机化分析,优先考虑椎间盘退变中的FN1和DCN,并通过功能实验初步验证 | 结合单细胞RNA测序和基于蛋白质数量性状位点的孟德尔随机化分析,识别细胞外基质相关候选基因,并通过功能实验初步验证其在椎间盘退变中的作用 | FN1的孟德尔随机化估计在重新计算后不显著,DCN的关联仅名义上显著且不同估计方法间一致性不足;功能实验仅初步验证,未建立因果机制 | 理解椎间盘退变的细胞异质性,并评估循环细胞外基质蛋白与疾病易感性的关联 | 人类椎间盘组织(健康与退变)和原代髓核细胞 | 单细胞转录组学、孟德尔随机化 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序、孟德尔随机化、siRNA敲降 | NA | 单细胞转录组数据、遗传变异数据、基因表达数据 | 公开单细胞RNA测序数据集(健康与退变椎间盘)及原代髓核细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 514 | 2026-08-02 |
Multi-omics profiling identifies ACP2 as a lysosome-associated biomarker linked to immune dynamics and clinical outcomes in glioma
2026-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 通过多组学分析,该研究鉴定了ACP2作为胶质瘤中与溶酶体相关的生物标志物,其与免疫动态和临床结果相关 | 首次系统性地研究了ACP2在胶质瘤中的作用,并利用多组学整合分析揭示了其作为溶酶体相关生物标志物在免疫动态和临床预后中的重要性 | 研究主要基于公开数据集和计算分析,缺乏实验验证,且样本量和临床异质性可能影响结果的普适性 | 探讨ACP2在胶质瘤中的转录、临床、功能和细胞相关性,评估其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 胶质瘤患者样本及相关细胞群体,包括恶性胶质瘤细胞和髓系细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 分子对接 | 机器学习模型 | 转录组数据, 单细胞测序数据, 药物基因组学数据 | 多个独立队列,包括TCGA和CGGA数据集,具体样本数量未在摘要中提及 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 515 | 2026-08-02 |
Identification and verification of immunogenic cell death-related signatures derived from bone metastasis of prostate cancer based on multi-omics and machine learning algorithms
2026-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习算法,构建并验证了基于免疫原性细胞死亡相关基因的前列腺癌骨转移预后模型(ICDCS),并评估其预测免疫治疗反应的能力。 | 首次将免疫原性细胞死亡(ICD)相关基因与前列腺癌骨转移预后结合,并利用98种机器学习算法组合筛选最优模型,同时整合单细胞转录组和批量转录组数据,提高了模型的准确性和可靠性。 | 研究主要基于公开数据集和体外实验验证,缺乏体内实验和前瞻性临床验证;且样本量有限,可能影响模型的泛化能力。 | 阐明ICD在前列腺癌骨转移中的预后意义,并开发ICD相关特征(ICDCS)模型,以改善风险分层和治疗决策。 | 前列腺癌(特别是骨转移)患者的相关基因表达数据及临床信息。 | 机器学习 | 前列腺癌 | 多组学整合(包括单细胞转录组学、批量转录组学)、机器学习算法 | 弹性网络(Enet,α=0.3) | 基因表达数据(单细胞和批量转录组数据) | 训练队列和两个独立验证集,具体样本量未在摘要中提及。 | 未在摘要中明确提及,可能涉及Illumina等常见测序平台。 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序 | 未明确提及具体产品,可能包括10x Genomics Chromium(单细胞)和Illumina测序平台(批量)。 | 未明确提及具体配置细节。 |
| 516 | 2026-08-02 |
The inflammatory-antigen presenting macrophage polarization defect contributes to sepsis-induced cardiomyopathy by downregulating the TGF-β pathway
2026-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 通过分析小鼠scRNA-seq和bulk RNA-seq数据,鉴定出在脓毒症诱导的心肌病中发挥关键促炎作用的SkilMac2巨噬细胞亚群,其极化缺陷通过下调TGF-β通路导致心肌损伤 | 首次鉴定出M1型SkilMac2巨噬细胞亚群在脓毒症诱导心肌病中的促炎作用,并揭示其通过下调TGF-β信号通路导致极化缺陷的新机制 | 研究主要基于公开数据集和生物信息学分析,缺乏实验验证;且样本量有限,需进一步功能实验证实 | 阐明脓毒症诱导心肌病的发病机制,特别是巨噬细胞亚群在其中的作用 | 小鼠巨噬细胞亚群(SkilMac2) | 生物信息学 | 脓毒症诱导心肌病 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, 伪时间轨迹分析, 细胞通讯分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠scRNA-seq数据集GSE190856和三个bulk RNA-seq数据集(GSE267388, GSE171546, GSE229925) | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 517 | 2026-08-02 |
Comprehensive analysis of monocyte palmitoylation-related genes IFITM3 and CCL3-CCR5 axis in crohn's disease progression: Insights from mendelian randomization, multi-omics integration, machine learning, and SHAP methodology
2026-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究综合运用孟德尔随机化、多组学整合、机器学习和SHAP方法,全面分析单核细胞棕榈酰化相关基因IFITM3和CCL3-CCR5轴在克罗恩病进展中的作用,并构建诊断模型。 | 首次结合孟德尔随机化、多组学、机器学习和SHAP分析,系统探讨IFITM3和CCL3-CCR5轴在克罗恩病中的因果作用,并验证了包含7个核心基因的随机森林模型在多个外部队列中的高预测性能。 | 研究依赖计算推断,缺乏实验和前瞻性验证,需后续功能实验和临床验证以确认IFITM3和CCL3-CCR5轴的生物学作用和临床适用性。 | 探索IFITM3及相关蛋白在克罗恩病中的因果作用,识别潜在诊断标志物和治疗靶点。 | 克罗恩病患者和健康对照的基因表达、蛋白质定量和单细胞转录组数据。 | 机器学习 | 克罗恩病 | 孟德尔随机化、多组学整合、单细胞转录组、机器学习 | 随机森林 | 基因表达数据、蛋白质定量数据、单细胞转录组数据 | 训练队列和三个外部验证队列(GSE75214, GSE16879, GSE24287) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 518 | 2026-08-02 |
A systematic review of algorithmic challenges in noise modelling for multimodal single-cell
2026-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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系统综述 | 本文系统评估了多模态单细胞数据中技术噪声建模的算法方法,涵盖RNA-ATAC、RNA-蛋白和空间转录组整合,共纳入24篇相关文章 | 首次系统综述多模态单细胞技术噪声建模策略,未见于先前综述,并基于PRISMA 2020指南进行严格筛选 | 算法性能改进可能未充分反映在生物真实条件下的表现,如罕见细胞群和组成性批次效应 | 评估显式建模或减轻多模态单细胞数据中技术噪声的算法方法 | 2018至2026年间发表的24篇关于多模态单细胞数据集(RNA-ATAC、RNA-蛋白质和空间转录组)的算法文章 | 机器学习 | NA | 多模态单细胞测序 | 概率生成模型、变分自编码器、混合深度学习架构(结合变分推断与注意力或Transformer组件) | 多模态单细胞数据(RNA-ATAC、RNA-蛋白质和空间转录组) | 24篇文章 | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 519 | 2026-08-02 |
A SUZ12-marked epithelial dedifferentiation state with immune co-expression in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究通过多组学整合分析揭示了胰腺导管腺癌中SUZ12标记的上皮去分化状态及其与免疫共表达的关系 | 首次系统性地将SUZ12与胰腺癌免疫表型联系起来,通过整合bulk转录组、单细胞、空间转录组等多层次数据发现SUZ12高表达上皮细胞的去分化特征和PRC2-MHC-I共表达现象 | 孟德尔随机化分析因工具变量不足而功效低下,共定位分析证据有限,缺乏直接的机制验证 | 探究PRC2核心亚基SUZ12在胰腺导管腺癌免疫表型中的作用 | 胰腺导管腺癌组织样本、上皮细胞、小鼠空间转录组样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | bulk转录组、单细胞RNA测序、空间转录组、孟德尔随机化、共定位分析、CRISPR依赖性分析、组织微阵列免疫荧光、siRNA敲低 | 分类器(三基因) | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 | 137,976个细胞(单细胞),5980个点(空间转录组),三个队列的bulk转录组数据 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 520 | 2026-08-02 |
Integrative transcriptomics, machine learning, and molecular docking derive a DAM-like macrophage signature for risk stratification and therapeutic nomination in glioblastoma
2026-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 通过整合转录组学、机器学习和分子对接,该研究在胶质母细胞瘤中鉴定出DAM样巨噬细胞特征,用于风险分层和候选治疗药物提名 | 创新性地结合单细胞RNA测序与批量转录组学、机器学习特征选择和分子对接,识别出与治疗耐药相关的DAM样巨噬细胞亚群及其核心基质重塑特征,并通过药效基因组学分析提名了潜在治疗药物 | 该研究为纯计算分析,所有发现需通过进一步的实验验证;可能受限于数据集的异质性和模型泛化能力 | 在胶质母细胞瘤中鉴定DAM样巨噬细胞亚群及其相关预后和治疗靶点特征,构建预测模型并提名候选药物 | 胶质母细胞瘤中的肿瘤相关巨噬细胞亚群,特别是DAM样巨噬细胞,以及其基因表达特征 | 基因组学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 批量转录组学, 机器学习, 分子对接 | LASSO回归, 列线图模型 | 基因表达数据(转录组), 临床数据 | 多个公开数据集(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |