单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 28 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-07-26
Millepurpan from Astragali Radix binds condensin SMC2 to reverse microglial cell cycle arrest and metabolic reprogramming in neuroinflammation
2026-Sep-15, Bioorganic chemistry IF:4.5Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
2 2026-07-26
Advances in Helicobacter pylori-mediated oncogenic signaling pathways in gastric cancer: From pathological evolution to clinical application prospects (Review)
2026-Sep, Oncology letters IF:2.5Q3
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
3 2026-06-14
The RELA-FTH1 axis in senescent cancer-associated fibroblasts creates a stromal iron sink that drives ferroptosis resistance and therapy failure across solid malignant tumors
2026-Sep, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1
研究论文 揭示衰老癌症相关成纤维细胞通过RELA-FTH1轴形成基质铁池,促进铁死亡抵抗和实体恶性肿瘤治疗失败 首次阐明senCAFs通过RELA-FTH1轴建立基质铁池,通过螯合微环境铁离子保护肿瘤细胞免于铁死亡,且该机制在多种实体瘤中具有泛癌普适性 研究主要依赖细胞系和异种移植模型,缺乏患者来源样本的验证,且未深入探究senCAFs与免疫细胞间的相互作用 研究衰老癌症相关成纤维细胞如何通过铁代谢重编程驱动实体瘤治疗抵抗 31种实体恶性肿瘤中的senCAFs及邻近肿瘤细胞 数字病理学 肺癌、前列腺癌、心血管疾病、老年病等(泛实体瘤) 单细胞RNA测序、空间转录组学、条件培养基实验、Transwell共培养、铁橙探针检测、基因干扰(shRNA/siRNA)、药物抑制、皮下异种移植模型 LASSO/Cox回归模型 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、临床预后数据 6个单细胞RNA测序数据集(共431,513个细胞)及TCGA独立队列 10x Genomics, Illumina 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, Illumina NovaSeq 10x Chromium Single Cell 3'测序, 空间转录组学FFPE样本分析
4 2026-07-25
Single-cell transcriptomic analysis of endometrium pre-receptivity and receptivity stages in porcine
2026-Sep, Reproductive biology IF:2.5Q3
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
5 2026-07-15
A Porcine Model of Intervertebral Disc Injury Recapitulates Human Discogenic Pain Via Notochordal Cell Loss and Pain-Inducing Nucleus Pulposus Cell Emergence
2026-Sep, JOR spine IF:3.4Q1
研究论文 通过猪模型研究椎间盘损伤引发的椎间盘源性疼痛,并验证其与人类病理的关联 首次在猪模型中结合MRI、生物行为测试和多组学分析全面量化椎间盘源性疼痛,并发现脊索细胞向髓核细胞分化与疼痛机制相关 猪模型中脊索细胞持续存在与人类不同,可能影响疼痛模型的直接转化性 建立猪椎间盘损伤模型的疼痛量化方法并验证其与人类椎间盘源性疼痛的相关性 猪的椎间盘和背根神经节组织 NA 椎间盘源性疼痛 单细胞转录组学、轨迹分析、细胞间通讯分析 NA 多组学数据(转录组、单细胞转录组)、MRI图像、行为测试数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
6 2026-07-15
A systematic benchmark of bioinformatics methods for single-cell and spatial RNA-seq nanopore long reads data
2026-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1
研究论文 针对单细胞和空间长读RNA-seq数据,系统评估了十种生物信息学方法的性能 首次通过配对短读和纳米孔长读单细胞数据集,全面比较了条形码/UMI检测、解复用、基因表达谱分析和异构体检测等四个分析维度的工具性能 未提及长期稳定性评估或不同平台间通用性分析 评估和比较用于单细胞和空间长读转录组数据处理的生物信息学方法 十种现有最先进的生物信息学方法,包括条形码/UMI检测、解复用、基因表达分析和异构体检测工具 计算生物学 无特定疾病 纳米孔长读测序 NA RNA测序数据(包含短读和长读) 实验和模拟数据集,包含不同协议、测序深度和化学试剂条件下的样本 Oxford Nanopore Technologies 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 Nanopore 使用配对短读和纳米孔长读数据集,具体配置未详细说明
7 2026-07-13
Imbalanced neurogenesis and gliogenesis in the developing neocortex of mice lacking the proteoglycan Tsukushi
2026-Sep, Developmental biology IF:2.5Q2
研究论文 研究缺失蛋白聚糖Tsukushi的小鼠新皮层发育中神经发生与胶质发生的失衡 首次揭示了蛋白聚糖TSK在调控新皮层神经发生和胶质发生平衡中的作用,并发现其缺失会导致脑积水 未涉及TSK作用的具体分子机制及其在人类疾病中的相关性 探究蛋白聚糖Tsukushi在哺乳动物新皮层发育中调节神经发生与胶质发生的作用 新生小鼠新皮层组织 神经发育生物学 脑积水 单细胞转录组学, mRNA和蛋白质水平验证 NA 单细胞转录组数据 正常小鼠和TSK基因敲除小鼠的新皮层样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
8 2026-07-10
Vesicular QSOX1-MMP2 from inflammatory cancer-associated fibroblasts degrades the extracellular matrix to drive colorectal cancer pulmonary dissemination
2026-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1
研究论文 本研究揭示炎性癌相关成纤维细胞来源的细胞外囊泡携带QSOX1-MMP2复合物降解细胞外基质,驱动结直肠癌肺转移 首次发现炎性癌相关成纤维细胞来源的细胞外囊泡中QSOX1选择性富集,并能与MMP2结合促进其分泌和活性,从而重塑转移微环境 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床样本验证有限,且QSOX1抑制剂Ebselen的安全性需进一步评估 阐明结直肠癌肺转移中基质细胞介导的转移定植机制,并探索靶向QSOX1的治疗策略 结直肠癌肺转移小鼠模型中的炎性癌相关成纤维细胞及其分泌的细胞外囊泡 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 NA 基因表达数据, 蛋白质组数据 结直肠癌肺转移小鼠模型(具体数量未提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
9 2026-07-10
A multiperspective evaluation framework of spatial transcriptomics clustering methods
2026-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1
研究论文 提出一个多视角评估框架,用于系统评价空间转录组聚类方法 整合了前沿和传统的标签依赖与标签无关指标,提供统一灵活的评价策略,能够同时评估转录组和空间信息的整合效果 依赖合成数据集和现有数据集,可能无法涵盖所有实际应用场景,标签无关指标仍难以完全反映空间聚类方法的全部特征 开发统一框架以克服现有评估方法的局限性,实现空间转录组聚类方法的全方位、可重复评估 十一种深度学习空间域识别方法,在合成数据集和七种空间转录组技术所生成的十三个数据集上的表现 机器学习 NA 空间转录组学 深度学习 空间转录组数据 两个合成数据集和十三个来自七种空间转录组技术的数据集 NA 空间转录组学 NA NA
10 2026-07-08
Identification of novel diagnostic biomarkers and host-directed drug screening for Mycobacterium avium infection: A multi-omics and artificial intelligence study
2026-Sep, SLAS discovery : advancing life sciences R & D IF:2.7Q2
研究论文 结合多组学和人工智能识别鸟分枝杆菌感染的新型诊断标志物并进行宿主导向药物筛选 首次通过单细胞RNA测序与机器学习整合分析,揭示鸟分枝杆菌感染中髓系细胞重编程的MIF-APP轴机制,并基于113种机器学习算法筛选出高精度诊断模型及潜在免疫调节剂Wogonin 依赖外周血样本,未验证组织或不同亚群中的免疫特征;临床验证样本量和动物模型数据有限 解析鸟分枝杆菌感染中的宿主免疫重塑机制,特别是髓系异质性,并识别精准诊断标志物与治疗靶点 鸟分枝杆菌感染患者的外周血样本 机器学习 鸟分枝杆菌感染 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 分子对接 Stepglm+GBM 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
11 2026-07-08
Polystyrene microplastics drive chondrotoxicity in osteoarthritis through inducing ER stress and apoptosis via NFKB1 activation
2026-Sep, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association IF:3.9Q1
研究论文 本研究结合网络毒理学和转录组学分析,发现聚苯乙烯微塑料通过激活NFKB1诱导内质网应激和细胞凋亡,从而加剧骨关节炎的软骨毒性 首次揭示聚苯乙烯微塑料通过NFKB1驱动内质网应激和凋亡通路促进骨关节炎进展的分子机制,并利用机器学习鉴定了六个潜在的早期诊断生物标志物 研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序,缺乏体内动物模型验证,且NFKB1的上下游调控网络尚未完全阐明 阐明聚苯乙烯微塑料在骨关节炎发病机制中的作用及其分子通路 聚苯乙烯微塑料对软骨细胞的影响及骨关节炎相关分子机制 机器学习 骨关节炎 单细胞RNA测序、分子对接、动态模拟 机器学习模型、分子对接模型 转录组数据、单细胞RNA测序数据 未明确说明样本量,涉及网络毒理学分析和体外软骨细胞实验 NA 单细胞RNA测序 NA NA
12 2026-07-08
Integrated Multiomics Reveals Key Drivers and Immune Cell Phenotypes of Infrapopliteal Atherosclerosis and Calcification
2026-Sep, Annals of vascular surgery IF:1.4Q3
研究论文 整合多组学揭示膝下动脉粥样硬化和钙化的关键驱动因子及免疫细胞表型 首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA测序、空间转录组学和孟德尔随机化等多组学方法,鉴定出HLA-B是膝下动脉粥样硬化的关键致病基因,并识别出因果相关的免疫细胞表型 未提及具体局限性 识别驱动膝下动脉粥样硬化和钙化的关键基因和免疫细胞表型,开发靶向治疗策略 膝下动脉粥样硬化和钙化患者样本 机器学习 心血管疾病 bulk RNA-seq, scRNA-seq, ST, SMR, MR NA 转录组数据 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
13 2026-07-05
Single-cell RNA-seq reveals increased TNFRSF9+ senescent fibroblasts and enhanced crosstalk between TNFRSF9+ fibroblasts and neural cells in keloids
2026-Sep, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1
research paper 利用单细胞RNA测序揭示瘢痕疙瘩中TNFRSF9+衰老成纤维细胞增多及其与神经细胞交互增强 首次鉴定出TNFRSF9+衰老成纤维细胞亚群,并发现其与神经细胞的强交互作用在瘢痕疙瘩形成中的关键角色 未说明具体局限性 探究瘢痕疙瘩成纤维细胞异质性及其在病理过程中的作用机制 瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞及神经细胞 数字病理学 皮肤疾病(瘢痕疙瘩) 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CellChat细胞间通讯分析 NA 单细胞转录组数据 未在标题和摘要中说明样本量 NA 单细胞RNA测序 NA 未在标题和摘要中提供具体平台配置
14 2026-07-04
Circadian rhythm disruption aggravates periodontitis via orchestrating TREM2+ macrophage-mediated bone resorption
2026-Sep-15, Life sciences IF:5.2Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示昼夜节律紊乱通过TREM2+巨噬细胞介导的骨吸收加剧牙周炎的机制 首次发现TREM2+巨噬细胞亚群在昼夜节律紊乱条件下选择性扩增,并建立BMAL1-TREM2调控轴,揭示昼夜节律紊乱通过破坏该时间门控机制导致持续性TREM2过表达和骨吸收 研究主要基于小鼠模型,未在人体组织中验证该机制;CUT&Tag测序仅限于体外实验,体内直接证据不足 阐明昼夜节律紊乱如何感知并转化为局部炎症性骨丢失的分子机制 CRD加重牙周炎小鼠模型中的牙龈组织及巨噬细胞亚群 数字病理学 牙周炎 单细胞RNA测序、CUT&Tag测序 NA 单细胞转录组数据 CRD加重牙周炎小鼠模型中的牙龈组织样本(数量未明确) NA 单细胞RNA测序 NA NA
15 2026-07-04
METTL3 depletion mitigates hypoxic pulmonary arterial smooth muscle cell over-proliferation via YTHDF2-dependent regulation of FOXO1 mRNA N6-methyladenosine modification: a potential mechanism of hypoxic pulmonary hypertension
2026-Sep-15, Life sciences IF:5.2Q1
研究论文 本文探究了METTL3介导的m6A修饰在低氧性肺动脉高压中肺动脉平滑肌细胞过度增殖的作用及其分子机制 首次发现METTL3-YTHDF2-FOXO1轴通过调控FOXO1 mRNA的m6A甲基化修饰驱动低氧性肺动脉平滑肌细胞增殖,为肺动脉高压治疗提供新靶点 NA 阐明METTL3介导的m6A修饰在低氧性肺动脉高压中肺动脉平滑肌细胞过度增殖中的作用 人肺动脉高压组织、平滑肌特异性Mettl3敲除小鼠、低氧性肺动脉高压模型、人肺动脉平滑肌细胞 机器学习 肺动脉高压 单细胞RNA测序, MeRIP-qPCR, RIP-qPCR, 荧光素酶报告实验 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
16 2026-06-25
Single-cell profiling identifies an AIM2-dependent macrophage program amplifying T cell-mediated acute cardiac allograft rejection
2026-Sep-01, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序技术解析心脏移植排斥反应中巨噬细胞亚群特征,发现AIM2炎症小体通路在促进T细胞介导的急性排斥中起关键作用 首次在单细胞水平上鉴定心脏移植排斥中M1样巨噬细胞的AIM2依赖性程序,证明其通过增强共刺激活化和初始T细胞启动放大排斥反应,提出AIM2抑制剂作为心脏移植辅助疗法的潜在策略 NA 表征心脏移植急性排斥过程中巨噬细胞亚群特征及AIM2炎症小体在促炎巨噬细胞中的作用机制 小鼠心脏移植模型及人类心内膜心肌活检样本中的巨噬细胞 NA 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 小鼠心脏移植模型及人类心内膜心肌活检样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium平台进行单细胞RNA测序
17 2026-06-23
8-Chloroadenosine suppresses hepatocellular carcinoma progression via ADAR1/PPARγ axis-mediated lipid metabolism
2026-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1
研究论文 8-氯腺苷通过ADAR1/PPARγ轴调节脂质代谢抑制肝细胞癌进展 首次揭示ADAR1通过直接结合mRNA调控脂质代谢促进肝癌进展,并发现8-氯腺苷通过抑制ADAR1及后续PPARγ介导的脂质代谢过程抑制肝癌发生发展 现有关于肝癌脂质代谢分子调控网络的知识仍不完整 揭示ADAR1在肝癌进展中的作用及其通过脂质代谢调控的机制,并探索8-氯腺苷的治疗潜力 肝细胞癌 数字病理学 肝癌 多组学方法,包括单细胞测序数据库、临床样本分析和细胞模型 NA 转录组数据 使用公开单细胞测序数据库中的样本,具体数量未在摘要中提及 NA 单细胞RNA测序、转录组分析 NA 基于公开单细胞测序数据库的数据分析
18 2026-06-13
LC3B promotes bladder cancer cell proliferation via the Sp1-cyclin D1/p27 axis with pan-cancer clinical associations
2026-Sep, Cellular signalling IF:4.4Q2
研究论文 该研究揭示了LC3B通过Sp1-cyclin D1/p27轴促进膀胱癌细胞增殖的机制,并评估了其在多种癌症中的临床相关性 首次发现LC3B通过非经典自噬途径调控细胞周期,即通过增强Sp1介导的Cyclin D1转录并抑制p27表达,促进G1/S期转换,从而驱动膀胱癌细胞增殖 LC3B的非脂化依赖性功能机制尚未完全阐明,且泛癌分析主要基于转录组数据,缺乏蛋白水平的验证 阐明LC3B在膀胱癌中的表达模式、生物学功能和分子机制,并评估其在多种人类癌症中的临床相关性 膀胱癌上皮细胞以及T24T和J82膀胱癌细胞系 机器学习 膀胱癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 涉及膀胱癌T24T和J82细胞系,以及多种肿瘤类型的泛癌分析数据 NA 单细胞RNA测序 NA NA
19 2026-06-13
The BTN3A3-TOMM22 axis preserves mitochondrial homeostasis to facilitate HCC stemness and drug resistance
2026-Sep-01, Cancer letters IF:9.1Q1
研究论文 该研究利用整合组学和实验验证,发现BTN3A3通过与TOMM22相互作用维持线粒体稳态,促进肝癌干性和耐药性,并揭示了pan-BTN3单克隆抗体5E08的潜在治疗价值 首次揭示BTN3A3在肝癌中通过非免疫途径驱动线粒体重编程促进干性和耐药的新机制,并发现TOMM22是BTN3A3的新型相互作用蛋白 未明确说明研究局限性 探究线粒体功能与肝癌干性之间的分子机制,寻找新的治疗靶点 BTN3A3、TOMM22、肝细胞癌(HCC)细胞系、CD90/EpCAM癌症干细胞、原位异种移植模型、患者来源类器官(PDOs) 数字病理学 肝癌 批量转录组学、单细胞转录组学、质谱分析、免疫共沉淀、原位异种移植模型、患者来源类器官 NA 转录组数据、蛋白质相互作用数据 涉及HCC细胞系、原位异种移植模型和患者来源类器官 NA 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq NA NA
20 2026-06-13
Targeting dysregulated glycolysis in type 2 diabetic osteoporosis: Identification of a diagnostic gene signature and therapeutic validation of calcifediol
2026-Sep-01, Life sciences IF:5.2Q1
研究论文 结合生物信息学与实验验证,鉴定2型糖尿病骨质疏松(T2DOP)中与糖酵解失调相关的诊断基因特征,并验证骨化二醇的治疗效果 首次综合运用差异表达分析、WGCNA、113种机器学习算法和scRNA-seq,系统鉴定T2DOP糖酵解相关核心生物标志物,并通过分子对接和体内实验验证骨化二醇的治疗潜力 骨化二醇的临床价值需在后续研究中进一步验证 探究2型糖尿病骨质疏松中糖酵解相关基因的机制,并筛选潜在治疗药物 2型糖尿病骨质疏松患者及T2D小鼠模型 机器学习 2型糖尿病骨质疏松 生物信息学分析、scRNA-seq、分子对接 机器学习模型(113种算法) 基因表达数据、单细胞转录组数据 骨质疏松与2型糖尿病数据集的合并数据 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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