单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 814 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-09-02 |
Comprehensive Spatial Transcriptomic Profiling of Cribriform, Intraductal, Atypical Intraductal Proliferation, and Ductal Adenocarcinoma of the Prostate
2026-Jul-17, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2026.106154
PMID:42468875
|
研究论文 | 利用空间转录组学分析前列腺癌中筛状腺癌、导管内癌、非典型导管内增生及导管腺癌的基因表达特征，揭示其转录组相似性与差异性。 | 首次对筛状腺癌、导管内癌、非典型导管内增生及导管腺癌进行全面的空间转录组分析，并识别出这些亚型之间的转录组相似性和独特差异。 | 样本量相对较小（17例前列腺切除术，18个核心样本），主要为高风险患者，且随访时间中位数为47个月，可能限制结果的普遍性。 | 评估前列腺癌中与不良预后相关的不同组织学亚型的空间转录组表达谱，以探索其生物学差异和潜在治疗靶点。 | 前列腺癌组织中的筛状腺癌、导管内癌、非典型导管内增生和导管腺癌。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | 不适用 | 基因表达数据 | 18个福尔马林固定石蜡包埋核心样本，来自17例前列腺切除术患者 | Bruker | 空间转录组学 | GeoMx数字空间分析仪 | GeoMx数字空间分析仪平台，采用组织微阵列，分析18676个信使RNA的表达 |
| 122 | 2026-09-02 |
Immunomodulatory role of megakaryocytes in the hematopoietic niche of myeloproliferative neoplasms
2026-07-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2025.288948
PMID:41568522
|
研究论文 | 本研究探讨了巨核细胞在骨髓增生性肿瘤造血微环境中的免疫调节作用，发现JAK2V617F突变和衰老协同重编程巨核细胞为炎症性免疫调节细胞，LINE-1激活可能是慢性骨髓炎症和MPN进展的驱动因素 | 首次揭示衰老巨核细胞中LINE-1逆转录转座子激活通过cGAS-STING通路驱动MPN微环境炎症，并在人类样本中验证ORF1p表达 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本量较小（13例患者，5例对照），且未深入探讨LINE-1激活的具体分子机制 | 阐明巨核细胞在MPN骨髓微环境中的免疫调节作用及其与衰老的相互作用 | JAK2V617F突变巨核细胞（小鼠模型及人类MPN骨髓样本） | 数字病理学 | 骨髓增生性肿瘤 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学 | 小鼠模型 | 基因表达数据，图像 | 13例MPN患者和5例骨科对照骨髓样本；小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 123 | 2026-09-02 |
Characterizing the Discordance between AT-Rich Interacting Domain 1A Protein and Genotype in Endometrioid-Type Endometrial Tumors
2026-Jul, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2026.04.010
PMID:42106147
|
研究论文 | 本研究探究子宫内膜样肿瘤中ARID1A蛋白表达与基因型不一致的现象及其对转录特征和预后的影响 | 首次系统评估子宫内膜癌中ARID1A蛋白表达与基因型的不一致性，发现蛋白丢失可独立于基因型发生，并可能通过蛋白酶体降解实现，且空间转录组学揭示基因型和蛋白表达共同塑造独特的转录特征 | 样本量相对较小，且研究主要聚焦于子宫内膜样肿瘤，可能限制结果的普遍性 | 阐明ARID1A蛋白表达与基因型在子宫内膜癌中的关联及其对转录特征和患者预后的影响 | 71例人类子宫内膜样肿瘤组织和16例用于空间转录组学分析的肿瘤样本，以及人类子宫内膜癌细胞模型 | 数字病理学, 机器学习 | 子宫内膜癌 | 空间转录组学, 免疫组化, 基因测序 | NA | 图像, 基因表达数据 | 71例人类子宫内膜样肿瘤组织；16例用于空间转录组学；TCGA队列中的子宫内膜样肿瘤样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 124 | 2026-08-31 |
A systematic evaluation of the sources of non-uniform coverage in RNA-Seq and limitations of current practices
2026-Jul-29, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.080852.125
PMID:42527318
|
research paper | 系统评估RNA-Seq中非均匀覆盖的来源，并指出现有实践的局限性 | 通过系统性评估多种潜在因素，证明没有任何单一因素能解释RNA-Seq覆盖非均匀性，并揭示覆盖与PCR的关联更依赖于分子丰度而非PCR循环数 | 未能找到显著改善覆盖均匀性的方法，且研究仅限于特定数据集和实验条件 | 阐明RNA-Seq中非均匀覆盖的成因，并评估常见实验方法对均匀性的影响 | RNA-Seq数据中的转录本覆盖非均匀性现象 | 生物信息学 | NA | RNA-Seq | NA | RNA测序数据 | 涉及多个数据集，包括已有数据集和新型生成的数据集，但具体样本数未在摘要中说明 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 125 | 2026-08-31 |
Graph-Based Multi-Omics Integration Reveals Prognostic Histone Modification Reader Genes and Candidate Drug Targets in Colorectal Cancer
2026-07-23, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17080848
PMID:42650041
|
研究论文 | 本文整合多组学数据与图注意力网络，筛选结直肠癌中与预后相关的组蛋白修饰阅读器基因，并构建了包含四个核心基因的预后特征及表观遗传免疫调控网络 | 首次将图注意力网络应用于多组学整合分析，系统筛选结直肠癌中预后相关的组蛋白修饰阅读器基因，并揭示其协同免疫网络及亚型异质性 | 研究基于回顾性公共数据集，缺乏前瞻性验证；分子对接等分析仅为计算预测，需实验验证 | 识别结直肠癌中具有预后价值的组蛋白修饰阅读器基因，并探索其作为免疫治疗靶点的潜力 | 结直肠癌肿瘤样本中的组蛋白修饰阅读器基因表达及免疫相关数据 | 机器学习、数字病理学 | 结直肠癌 | 多组学整合、单细胞RNA测序、分子对接、图注意力网络 | 图注意力网络 | 基因组、转录组、表观遗传、单细胞表达、蛋白质结构数据 | 多个公共数据集，包括结直肠癌患者样本（具体数量未在摘要中明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 126 | 2026-08-31 |
Beyond the ischemic brain: Expanding single-cell transcriptomics in stroke research to extracentral nervous system systems, biological contexts, and poststroke complications
2026 Jul-Sep, Brain circulation
IF:2.3Q3
DOI:10.4103/bc.bc_130_26
PMID:42667045
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 127 | 2026-08-27 |
Plasmodium falciparum leucine-rich repeat 5 disruption alters the transcription progression during asexual and sexual stage development
2026-Jul-28, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00186-26
PMID:42294623
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探究了恶性疟原虫LRR5蛋白缺失如何改变无性与有性发育阶段的转录进程，揭示LRR5在蛋白质稳态、宿主细胞重塑和发育时机调控中的关键作用 | 首次利用优化的单细胞RNA测序方法分析不受同步化培养影响的疟原虫，揭示了LRR5缺失导致转录组重编程，包括下调蛋白质折叠和输出通路、上调细胞质热休克蛋白，并提前激活配子体相关转录程序 | 研究基于体外培养的恶性疟原虫实验室株，可能无法完全反映体内感染的复杂性；LRR5缺失的分子机制及其与应激反应的直接联系仍需进一步验证 | 探究恶性疟原虫LRR5蛋白在应激反应和发育决策（如配子体生成）中的作用，以理解寄生虫如何协调无性复制与有性传播 | 恶性疟原虫野生型NF54株和LRR5缺失突变体（LRR5pB）的未同步化培养寄生虫 | 单细胞转录组学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据 | 野生型NF54和LRR5pB突变体各一个培养系，具体细胞数未在摘要中提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 优化的单细胞RNA测序方法，具体配置未详述 |
| 128 | 2026-08-27 |
Integrated Stress Response and Drug-Induced Acute Kidney Injury: Involvement of Activating ATF4-STAT1-GBP2 Signaling
2026-Jul-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000984
PMID:41563239
|
研究论文 | 本文研究了整合应激反应在药物诱导急性肾损伤中的作用，发现激活转录因子ATF4通过ATF4-STAT1-GBP2信号通路促进肾小管上皮细胞焦亡，从而加剧肾损伤。 | 首次揭示ATF4通过激活STAT1-GBP2信号通路调控肾小管上皮细胞焦亡的机制，并验证了药理抑制剂ERMT1和纳米生物介导的ATF4沉默可有效减轻肾损伤，为药物诱导急性肾损伤提供了新的治疗策略。 | 研究主要基于细胞和动物模型，临床验证相对有限；具体机制仍需进一步深入探究。 | 阐明药物诱导急性肾损伤中整合应激反应调控肾小管上皮细胞焦亡的机制，并评估潜在治疗干预的效果。 | 人源和鼠源的肾小管上皮细胞，以及药物诱导急性肾损伤的小鼠模型。 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序、RNA测序、免疫组化、免疫荧光、荧光素酶报告基因检测、免疫共沉淀、蛋白质印迹 | NA | 测序数据、图像 | 涉及人源和鼠源肾小管上皮细胞及药物诱导急性肾损伤小鼠模型，具体样本量未在摘要中说明。 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 129 | 2026-08-27 |
Single-Cell Resolution Drug Effects of Renin-Angiotensin-Aldosterone Blockade in ZSF1 Rat Diabetic Kidney Disease
2026-Jul-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000995
PMID:41563360
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学解析了依那普利在ZSF1大鼠糖尿病肾病中的细胞特异性药物效应，揭示了组织蛋白酶D和巨噬细胞相互作用机制 | 首次在单细胞分辨率下阐明依那普利在远端肾单位的作用靶点，并发现组织蛋白酶D作为其效应调节因子，以及TREM2+巨噬细胞与远端肾小管细胞的串扰机制 | 主要基于大鼠模型，人类样本仅用于基因特征验证，未进行功能实验验证 | 阐明依那普利在糖尿病肾病中的确切细胞靶点和分子作用机制 | ZSF1大鼠肾脏细胞和人类肾脏样本 | 单细胞转录组学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | ZSF1大鼠肾脏样本及人类肾脏样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组方案 |
| 130 | 2026-08-27 |
Beyond Weight: Systems Biology and Precision Medicine Redefine Obesity as a Multidimensional Disease
2026-07, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.70724
PMID:41944002
|
综述 | 本文通过系统生物学视角，整合分子、细胞、临床和环境信息，将肥胖重新定义为异质性、多维度疾病，并总结了相关研究进展和精准医疗策略。 | 突破传统以体重指数（BMI）为中心的分类模式，提出基于系统生物学的多维肥胖分型，强调细胞异质性和机制导向的精准干预。 | 作为综述，依赖于现有研究，可能未涵盖所有相关机制；且系统生物学方法在临床转化中仍面临数据整合和验证的挑战。 | 重新定义肥胖为多维疾病，推动从BMI分类向机制指导的预防和治疗转变。 | 肥胖相关的分子、细胞、临床和环境信息，包括脂肪组织、免疫代谢、免疫衰老及多系统损伤等。 | 系统生物学 | 肥胖 | 单细胞转录组学、代谢组学、表观基因组学、微生物组测序、计算建模 | 计算模型 | 分子数据（转录组、代谢组、表观基因组、微生物组）、临床数据 | 不适用（综述文章，未提及具体样本数量） | NA | 单细胞转录组学、代谢组学、表观基因组学、微生物组测序 | NA | NA |
| 131 | 2026-08-25 |
Phenotypic heterogeneity in the human gut microbiome revealed by subspecies-resolution single-cell transcriptomics
2026-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.30.741866
PMID:42619874
|
research paper | 开发了metaSPLiT单细胞RNA测序方法，并用于分析人类粪便微生物组，揭示了物种内功能异质性。 | 首次将单细胞RNA测序应用于复杂微生物组，通过split-pool ligation技术实现无仪器、可扩展的微生物单细胞转录组学，能在物种水平下解析功能亚群。 | 可能受限于方法的技术噪音和覆盖度，且研究仅基于健康人类粪便样本，未涵盖其他微生物组。 | 开发并应用单细胞RNA测序技术以揭示人类微生物组中物种内的功能异质性。 | 人类粪便微生物组中的细菌物种。 | 转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 70种细菌物种，21,598个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | metaSPLiT | metaSPLiT（基于split-pool ligation的微生物单细胞RNA测序，无仪器） |
| 132 | 2026-08-25 |
CellCover defines marker gene panels capturing developmental progression in neocortical neural stem cell identity
2026-Jul-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.107531
PMID:42517345
|
研究论文 | CellCover方法利用组合优化中的最小集合覆盖问题，通过二元表达数据识别标记基因组合，以捕获新皮质神经干细胞身份的发育进程 | 提出将标记基因面板选择视为最小集合覆盖问题的变体，能高效搜索候选面板空间，利用大量细胞数据，并对零膨胀具有鲁棒性，减少基因冗余并捕获不同于差异表达分析的细胞类型特异性信号 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种新的标记基因面板选择方法，以更好定义单细胞RNA测序图谱中的细胞类别，并追踪神经发育进程 | 新皮质神经干细胞、祖细胞和神经元，以及血细胞和脑细胞数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明，但涉及小鼠、灵长类和人类数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 133 | 2026-08-25 |
Single-cell multiomics connects 3D genome and transcriptome alterations in Alzheimer's disease
2026-Jul-23, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adz1652
PMID:42490473
|
研究论文 | 该研究应用GAGE-seq技术联合分析阿尔茨海默病（AD）患者和对照个体死后脑组织单细胞中的基因表达和3D染色质结构，揭示与细胞类型特异性失调相关的染色质重组，并结合空间转录组和染色质可及性数据以及深度学习框架Hicformer，阐明了3D基因组特征在预测疾病相关基因表达变化中的重要性 | 首次将GAGE-seq技术应用于AD研究，在单细胞水平联合分析3D基因组结构和转录组，并整合空间转录组和染色质可及性数据，提出深度学习框架Hicformer用于预测基因表达变化 | 研究样本仅限于死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的动态变化；3D基因组特征与基因表达的因果关系尚未完全明确 | 探究3D基因组组织在阿尔茨海默病分子病理中的作用，提供转录调控和3D基因组组织的多尺度视图 | 阿尔茨海默病患者和年龄匹配对照个体的死后脑组织单细胞 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | GAGE-seq、空间转录组学、染色质可及性测序 | 深度学习框架Hicformer | 单细胞基因表达和3D染色质结构数据、空间转录组数据、染色质可及性数据 | AD患者和年龄匹配对照个体的死后脑组织样本（具体数量未在摘要中提及） | NA | GAGE-seq、空间转录组学、染色质可及性测序 | NA | GAGE-seq（基因组结构和基因表达测序） |
| 134 | 2026-08-25 |
Decoding neoantigen-encoding tumor-specific transcripts unveils a shared target reservoir for immunotherapy in hepatocellular carcinoma
2026-Jul-21, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2026-015428
PMID:42481156
|
研究论文 | 本研究开发了一种计算流程，从肝细胞癌患者的RNA测序数据中识别新抗原编码的肿瘤特异性转录本（neoTSTs），并验证了其作为免疫治疗靶点的潜力 | 首次系统性地利用转录组衍生新抗原（neoTSTs）来弥补突变衍生新抗原（neoMuts）在肝细胞癌中的局限性，并揭示了其共享性、生成机制及免疫治疗潜力 | 研究主要基于计算预测和体外模型，临床验证尚需进一步开展 | 探索肝细胞癌中转录组衍生新抗原（neoTSTs）的特征、生成机制及其在免疫治疗中的应用潜力 | 肝细胞癌（HCC）患者肿瘤样本及其新抗原 | 机器学习和计算生物学 | 肝细胞癌 | RNA测序、蛋白质组学、免疫肽组学、HLA转基因模型、单细胞RNA测序 | 卷积神经网络（CNN）或相关预测模型（netMHCPan） | RNA测序数据、蛋白质组学数据、单细胞RNA测序数据 | 1,013例肝癌患者样本 | NA | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 135 | 2026-08-25 |
Is adenosine signalling entering the precision medicine era? From receptor pharmacology to patient stratification
2026-Jul-17, Purinergic signalling
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s11302-026-10175-1
PMID:42467297
|
评论 | 本文探讨腺苷信号传导从经典受体药理学向精准医学转变的现状与未来，强调通过生物标志物驱动患者分层来实现临床应用。 | 提出超越“一受体一疾病”传统范式，整合单细胞技术、空间转录组学等多组学手段识别疾病和患者特异的嘌呤能特征，推动精准医学策略。 | 本文为评论文章，未提供实验数据验证所提出的策略。 | 讨论腺苷信号传导进入精准医学时代的必要性和途径，强调患者分层的重要性。 | 腺苷信号传导系统及其在炎症、自身免疫、代谢和肿瘤等疾病中的作用。 | 生物信息学 | 炎症性疾病、自身免疫性疾病、代谢性疾病、肿瘤 | 单细胞技术、空间转录组学、代谢组学、人工智能 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 136 | 2026-08-25 |
Spatial transcriptomics in ovarian biology technologies: computational challenges, and biological insights
2026-Jul-03, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1093/reprod/xaag079
PMID:42391613
|
综述 | 本综述综合了当前空间转录组平台的技术概况，讨论了卵巢组织特有的计算挑战，并综述了卵巢发育、衰老、卵泡动力学和癌症方面的生物学发现，为生殖生物学中的平台选择和计算策略提供了实用框架。 | 系统比较了多种空间转录组平台，并聚焦于卵巢组织的独特计算挑战（如细胞分割、去卷积、质量控制等），提出了结合生物学目标和平台能力的选择框架。 | 没有单一平台适用于所有研究问题，且存在一些未解决的计算挑战。 | 为卵巢生物学研究提供空间转录组平台选择和计算分析的实用指南。 | 卵巢组织，包括卵巢发育、衰老、卵泡动力学和卵巢癌。 | 空间转录组学 | 卵巢癌 | 空间转录组测序（如Visium、Visium HD、Stereo-seq、GeoMx）和成像技术（如Xenium、MERSCOPE、CosMx） | NA | 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、空间蛋白组数据、染色质可及性数据 | 40项已发表的研究 | 10x Genomics, BGI, NanoString, Vizgen, Akoya | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Visium HD, BGI Stereo-seq, NanoString GeoMx, 10x Xenium, Vizgen MERSCOPE, Akoya CosMx | 包括基于测序的平台（Visium, Visium HD, Stereo-seq, GeoMx）和基于成像的平台（Xenium, MERSCOPE, CosMx） |
| 137 | 2026-08-25 |
HTLV-1-Derived Exosomes Drive Transcriptional Reprogramming of Monocytes Toward a Mixed M1/M2 Phenotype in HAM/TSP
2026-07-03, Pathogens (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/pathogens15070704
PMID:42515031
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术，探究HTLV-1感染细胞来源的外泌体对HAM/TSP患者外周血单个核细胞中单核细胞转录组的影响，发现其诱导单核细胞向混合M1/M2表型转变。 | 首次利用创新的Honeycomb单细胞测序技术研究HTLV-1感染细胞外泌体对HAM/TSP患者单核细胞的影响，揭示了外泌体在单核细胞免疫失调中的潜在作用。 | 摘要中未提及研究的局限性。 | 探究HTLV-1感染细胞来源的外泌体对HAM/TSP患者单核细胞转录重编程的影响及其在疾病进展中的作用。 | HAM/TSP患者的PBMCs，特别是单核细胞。 | 单细胞测序 | HTLV-1相关脊髓病/热带痉挛性截瘫（HAM/TSP） | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确提及样本数量，但涉及HAM/TSP患者的PBMCs。 | Honeycomb | 单细胞RNA测序 | Honeycomb技术 | 未提供具体平台配置细节。 |
| 138 | 2026-08-25 |
A comprehensive survey on graph neural networks for gene regulatory network inference
2026-Jul-03, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag443
PMID:42632029
|
综述 | 本文是关于图神经网络在基因调控网络推断中应用的首次全面综述，分析了16种最新方法 | 首次系统性地统一了图架构、学习范式和数据模式，并提供了共同的基准测试框架 | 存在可扩展性、可解释性和数据集局限性等挑战 | 指导生命科学家选择合适的计算模型，并帮助研究人员开发下一代基于图学习的基因调控网络推断技术 | 基因调控网络推断方法 | 机器学习 | NA | NA | 图神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 139 | 2026-08-23 |
Integrative drug repositioning identifies FDA-approved inhibitors of HSP90AA1 with therapeutic potential in colorectal cancer
2026-Jul-24, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2026.110262
PMID:42628382
|
研究论文 | 本文提出一种整合多组学数据的药物重定位框架，并首次应用于结直肠癌，识别出四种FDA批准的HSP90AA1抑制剂具有潜在治疗价值 | 首次将整合批量与单细胞数据、网络药理学、结构建模和验证的多组学药物重定位框架应用于结直肠癌，发现四种未与结直肠癌关联的FDA批准药物 | 未提及明显的局限性，但可能包括体外实验结果的临床转化不确定性 | 开发并验证一种多组学药物重定位框架，以发现结直肠癌的FDA批准药物候选 | 结直肠癌相关基因表达数据、FDA批准药物、HSP90AA1蛋白 | 机器学习和结构建模 | 结直肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接, 分子动力学模拟, 表面等离子体共振 | NA | 基因表达数据、药物结构数据、蛋白质结构数据 | TCGA-COADREAD（约600例）、GSE103512、GSE231559、GSE144735（具体样本数未明确） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 140 | 2026-08-23 |
Urinary Proteomics Identifies ADAMDEC1 as a Non-invasive Biomarker of Unstable Carotid Atherosclerotic Plaques
2026-Jul-17, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2026.101624
PMID:42468812
|
研究论文 | 本研究通过尿液蛋白质组学鉴定并验证了ADAMDEC1作为不稳定颈动脉粥样硬化斑块的非侵入性生物标志物，并探讨了其生物学相关性。 | 首次通过多阶段研究设计，结合尿液无创蛋白质组学与斑块组织、单细胞及体外实验，确定了ADAMDEC1作为不稳定颈动脉斑块的尿液标志物，为缺血性卒中的风险评估提供了新手段。 | 研究未详细说明潜在混杂因素的控制，且尿液标志物的临床广泛应用需进一步前瞻性验证。 | 识别并验证不稳定颈动脉粥样硬化斑块的非侵入性尿液生物标志物，并探索其生物学意义。 | 颈动脉粥样硬化斑块患者（稳定和不稳定斑块）及健康对照，涉及尿液、斑块组织和细胞样本。 | 蛋白质组学、生物标志物研究 | 颈动脉粥样硬化、缺血性卒中 | 非靶向尿液蛋白质组学（DIA质谱）、ELISA、单细胞RNA测序、免疫组化、Western blot、免疫荧光、体外巨噬细胞表型分析 | NA | 尿液蛋白质组数据、斑块组织蛋白质组和转录组数据、单细胞测序数据、免疫组化和免疫荧光图像 | 发现队列179例患者，验证队列225名个体（包括稳定或不稳定颈动脉斑块患者和健康对照） | NA | NA | NA | NA |