单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202607-202607] [清除筛选条件]
当前共找到 467 篇文献,本页显示第 121 - 140 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
121 2026-07-15
Iron-catalyzed oxidative stress reveals an exposome-related ferroptosis-resistant karyomegalic niche in BRCA1-linked renal carcinogenesis
2026-Jul-08, Redox biology IF:10.7Q1
研究论文 本研究整合Xenium单细胞空间转录组学、定量核形态测量、线粒体分析和人类癌症数据集,探讨铁驱动的BRCA1相关肾癌发生中的氧化应激与铁死亡抵抗性核大细胞生态位 首次揭示BRCA1单倍体不足导致核大细胞状态,并定义铁死亡抵抗性核大细胞生态位作为早期癌前病变,同时建立定量核形态学作为暴露组相关氧化应激适应的功能性读数 NA 阐明铁驱动的慢性氧化应激下早期癌症起始的细胞适应机制,特别是BRCA1相关肾癌发生中的核大细胞生态位 Brca1(L63X/+)大鼠模型及人类TCGA肾癌与BRCA1突变乳腺组织数据 数字病理学 肾癌 Xenium单细胞空间转录组学 NA 单细胞空间转录组数据 Brca1(L63X/+)大鼠模型及TCGA人类肾癌样本 10x Genomics 单细胞空间转录组学 Xenium 10x Xenium单细胞空间转录组学平台
122 2026-07-15
CXCL13-CXCR5 signaling in CD8+ T cell recruitment and lymphoid immune organization in clear cell renal cell carcinoma
2026-Jul-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 研究CXCL13-CXCR5信号轴在透明细胞肾细胞癌中对CD8+ T细胞招募和淋巴免疫组织的作用 首次揭示CXCL13-CXCR5轴在ccRCC中调控CD8 T细胞招募、分化及其与肿瘤干细胞样T细胞状态和免疫结构组织的关联,并证实其作为生物标志物和潜在治疗靶点的价值 使用高风险非转移性ccRCC样本,未探索转移性病例;小鼠模型可能无法完全模拟人类免疫微环境 阐明CXCL13-CXCR5信号轴在ccRCC免疫浸润和临床结局中的调控机制 高风险非转移性透明细胞肾细胞癌患者组织、血浆及匹配邻近肾脏标本 数字病理学 肾细胞癌 ELISA、定量PCR、迁移实验、多重免疫荧光、单细胞RNA测序、空间转录组学和同基因小鼠模型 NA 基因表达数据、组织图像 人类肿瘤、血浆及匹配邻近肾脏标本(具体数量未提供);同基因小鼠模型 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组学 10x Chromium、10x Visium 10x Chromium Single Cell 3'、10x Visium空间转录组学
123 2026-07-15
High-resolution mri guided whole mouse brain neuronal cell type atlas using deep learning
2026-Jul-07, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 通过整合高分辨率扩散磁共振成像和三维光片显微镜,利用深度学习生成全脑神经元细胞类型图谱 首次结合扩散磁共振成像与空间转录组学衍生的细胞类型,利用深度学习生成10微米各向同性分辨率的全脑神经元细胞类型图谱,克服了传统单细胞测序无法提供全脑各向同性分辨率的局限性 未明确说明限制,可能包括对扩散磁共振成像预测细胞类型能力的验证仍需进一步深入 开发多模态框架,通过整合高分辨率扩散磁共振成像和光片显微镜技术,创建全脑神经元细胞类型图谱 成年小鼠大脑 计算机视觉, 机器学习 神经退行性疾病 扩散磁共振成像, 光片显微镜, 空间转录组学, 深度学习 深度学习模型 图像 未在标题和摘要中明确提及样本数量 NA 扩散磁共振成像, 光片显微镜, 空间转录组学 NA NA
124 2026-07-15
Pilot spatial transcriptomics of dental pulpitis suggests immune-fibroblast profiling linked to reversibility
2026-Jul-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 利用空间转录组学技术分析牙髓炎样本,发现临床诊断与分子特征存在不一致性,并提出与可逆性相关的免疫-成纤维细胞特征 首次在牙髓炎中应用空间转录组学揭示临床诊断与组织分子状态的不一致性,并识别出与可逆性牙髓炎分子谱相关的候选免疫-成纤维细胞特征 样本量较小(n=4),研究性质为假设生成性,候选标志物需在更大队列中验证 探索健康牙髓及可逆/不可逆牙髓炎的空间转录组异质性,识别与可逆性分子谱相关的免疫-成纤维细胞特征 四份人牙髓组织样本(健康、可逆性牙髓炎、不可逆性牙髓炎) 空间转录组学 牙髓炎 空间转录组学 NA 空间转录组数据 4个人牙髓组织样本 10x Genomics 空间转录组学 Visium CytAssist V2 10x Visium CytAssist V2空间转录组平台
125 2026-07-15
scDifformer: diffusion-based post-training for virtual cell modeling across large-scale single-cell data
2026-Jul-03, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 提出scDifformer,一种基于扩散模型的后训练方法,用于大规模单细胞数据的虚拟细胞建模 将掩码语言模型预训练、扩散驱动后训练和下游微调三阶段设计结合,创新性地利用扩散模块增强Transformer模型对稀疏、噪声数据的去噪能力和跨研究泛化能力 未明确说明局限性 构建能准确建模单细胞动态、克服批次效应的虚拟细胞模型框架 大规模多模态单细胞数据中的细胞动力学及细胞类型 机器学习 NA 单细胞RNA测序 Transformer, 扩散模型, 图神经网络 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 来自七个组织和多个独立研究的数据集 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
126 2026-07-15
Addressing multiple facets of ligand-receptor network inference including single-cell proteomics
2026-Jul-03, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 扩展了SingleCellSignalR工具包,提供整合框架以提升配体-受体网络推理的准确性,并首次在单细胞分辨率下比较转录组与蛋白质组数据中的LRI推断 首次在单细胞分辨率下直接比较配体-受体相互作用在转录组与蛋白质组数据中的推断结果,整合多种评分策略和可调分析深度,并适用于患者来源异种移植瘤和批量RNA测序等数据 不同数据集和实验设计对工具性能有显著影响,可能限制通用LRI工具建立的难度 解决配体-受体相互作用推断工具在不同数据集间性能不一致的问题,提供更灵活和整合的分析框架 单细胞转录组与蛋白质组数据、患者来源小鼠异种移植瘤数据、批量RNA测序数据 生物信息学, 计算生物学 NA 单细胞RNA测序, 单细胞蛋白质组学, 批量RNA测序 NA 单细胞转录组数据, 单细胞蛋白质组数据, 批量RNA测序数据 两个单细胞转录组数据集、配对单细胞蛋白质组与转录组数据集、患者来源异种移植瘤样本、上游分选细胞群体的批量RNA测序数据 NA 单细胞RNA测序, 单细胞蛋白质组学 SingleCellSignalR Bioconductor包 NA
127 2026-07-15
SpaBiT: enhancing spatial transcriptomics resolution via bidirectional attention transformers
2026-Jul-02, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出SpaBiT框架,通过双向注意力机制增强空间转录组学的分辨率 利用双向交叉注意力模块,在组织学图像特征和基于图注意力网络的邻域感知表示之间进行精确信息交换,显式建模局部形态学与空间图拓扑之间的协同约束 现有方法在捕获组织学背景与空间拓扑之间的内在约束,或忽略斑点之间的复杂局部邻域关系方面存在局限 增强空间转录组学分辨率,生成高保真高密度基因表达图谱 空间转录组数据及其组织学图像 计算机视觉, 机器学习 NA 空间转录组学 双向注意力变换器, 图注意力网络 图像, 基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
128 2026-07-15
MCFST: spatial domain identification method based on multi-view graph convolutional network and graph fusion network
2026-Jul-02, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出MCFST框架,通过多视图图卷积网络和图融合网络识别空间域,提升空间转录组学数据分析的准确性和鲁棒性 提出融合多视图信息(基因表达、空间坐标和空间知情表达)的图神经网络框架MCFST,利用互信息最大化引导融合模块对齐多视图表示,有效处理视图间差异并准确捕捉潜在模式 未说明具体局限性,但基于摘要可推测方法依赖高质量空间转录组数据,对噪声和稀疏性敏感,且计算复杂度可能较高 开发一种鲁棒且高效的空间域识别方法,解决多视图异构数据融合中的表示不一致和相似关系失真问题 模拟和真实空间转录组数据集,包括两个不同稀疏性和噪声水平的模拟数据集以及三个真实空间转录组数据集 数字病理学 NA 空间转录组学 图神经网络(多视图图卷积网络和图融合网络) 空间转录组数据(基因表达、空间坐标和空间知情表达剖面) 两个模拟数据集(不同稀疏性和噪声水平)和三个真实空间转录组数据集 NA 空间转录组学 NA NA
129 2026-07-15
DiffBulk: Enhancing Spatial Transcriptomic Prediction With Diffusion-Based Training
2026-Jul, IEEE transactions on medical imaging IF:8.9Q1
研究论文 提出一种基于条件扩散模型的框架DiffBulk,利用H&E染色病理图像预测空间转录组基因表达 创新性地利用条件扩散模型学习富含基因表达信息的图像表征,并引入置换不变的开放嵌入基因编码器支持跨多样基因面板的统一训练 未在更广泛的数据集上验证泛化性,且计算成本可能较高 提升基于组织病理图像预测空间转录组基因表达的准确性和鲁棒性 H&E染色的组织病理图像与相应空间转录组数据 计算机视觉, 数字病理学 癌症 空间转录组学 条件扩散模型 图像, 基因表达数据 HEST数据集和CrunchDAO挑战赛的高质量Xenium空间转录组数据 10x Genomics 空间转录组学 10x Xenium Xenium空间转录组平台
130 2026-07-15
GLP-1 Receptors Are Enriched in the Lymphatic Endothelium and Their Pharmacological Activation With Semaglutide Improves the Pumping Capacity of Lymphatic Vessels
2026-07, Microcirculation (New York, N.Y. : 1994)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和荧光共聚焦显微镜发现GLP-1受体在淋巴管内皮中富集,并证明其激动剂司美格鲁肽可增强淋巴管的泵送功能 首次揭示GLP-1受体在淋巴管中的表达定位及其激动剂对淋巴泵功能的直接调控作用 GLP-1R介导的响应部分由一氧化氮及其与NaV通道的潜在相互作用促进,但其他信号机制仍需阐明 确定GLP-1受体在淋巴管中的表达并评估其激动剂对收缩功能的影响 野生型、饮食诱导肥胖和高胆固醇血症ApoE KO小鼠的孤立集合淋巴管 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序、荧光共聚焦显微镜、压力肌动描记术 NA 基因表达数据、图像数据 野生型、饮食诱导肥胖和高胆固醇血症ApoE KO小鼠的孤立淋巴管 NA 单细胞RNA测序 NA NA
131 2026-07-15
Single-cell RNA sequencing of terminal ileal biopsies identifies signatures of Crohn's disease pathogenesis
2026-Jul, Nature genetics IF:31.7Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析末端回肠活检样本,揭示了克罗恩病发病机制中的细胞和分子特征 构建了包含111名CD患者和232名健康对照、超过110万个细胞的大型scRNA-seq数据集IBDverse,发现干扰素驱动的上皮MHC I类分子上调在炎症消退后仍持续存在,并鉴定ITGA4巨噬细胞为关键炎症驱动因子 未明确提及,但可能包括样本来源单一、缺乏功能验证实验等 探索克罗恩病的分子异质性及其细胞和分子机制 克罗恩病患者和健康对照的末端回肠活检组织细胞 机器学习和数字病理学 克罗恩病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 111名CD患者和232名健康对照,共超过110万个细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序平台
132 2026-07-15
Independent clonal evolution in primary pigmented nodular adrenocortical disease: a single-patient multi-omics study
2026-Jul-01, European journal of endocrinology IF:5.3Q1
研究论文 对一名原发性色素性结节性肾上腺皮质病(PPNAD)患者的肾上腺组织进行多组学分析,揭示每个结节是由种系PRKAR1A突变启动的独立克隆病变,伴随不同的体细胞改变导致PKA通路持续激活,而Wnt/β-catenin通路激活与结节向产皮质醇腺瘤进展相关 首次通过单细胞多组学和空间转录组学揭示PPNAD中多个结节起源于独立克隆进化,并阐明了Wnt/β-catenin通路在结节向腺瘤转化中的关键作用 仅基于单一病例,样本量有限,结果可能不具普遍性,需要更多病例队列验证 阐明PPNAD病变异质性背后的单细胞机制 一名33岁女性PPNAD患者的肾上腺组织,包含多个色素结节和一个产皮质醇腺瘤 数字病理学, 机器学期 肾上腺疾病 多组学分析, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 基因组数据, 转录组数据, 空间基因表达数据 1名患者,多个结节和腺瘤样本 10x Genomics 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium FFPE
133 2026-07-15
Riemannian metric learning for alignment of spatial multiomics
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出一种基于黎曼度量学习的流形Gromov-Wasserstein框架,用于对齐空间多组学数据的不同模态 首次利用神经场学习模态特定的黎曼度量,并通过Gromov-Wasserstein最优传输对齐不同模态的黎曼距离,实现了无需超参数的空间多组学对齐 对神经场参数的选择可能敏感,且计算复杂度较高;仅在特定数据集上验证,泛化性需进一步测试 发展一种通用方法,用于对齐来自不同特征空间的空间多组学数据,以整合空间和特征信息 小鼠胚胎Stereo-Seq时空转录组数据、结直肠癌Xenium和Visium空间转录组数据、人类纹状体和肾癌的空间代谢组学-转录组学数据 计算机视觉 结直肠癌, 肾癌 空间转录组学, 空间代谢组学, 多组学 神经场, Gromov-Wasserstein最优传输 图像, 文本, 空间坐标 小鼠胚胎切片、结直肠癌和肾癌组织切片 10x Genomics, 华大基因 空间转录组学, 空间代谢组学 Xenium, Visium, Stereo-Seq 10x Genomics Xenium和Visium空间转录组平台,华大基因Stereo-Seq空间转录组平台
134 2026-07-15
Amaranth: enhanced single-cell transcript assembly via discriminative modelling of UMI reads and internal reads
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 开发了Amaranth,一种通过区分性建模UMI reads和内部reads来增强单细胞转录本组装的工具 首次区分性建模UMI reads和内部reads的不同生物学和统计特性,实现更准确的单细胞转录本组装 未提及明显局限性,但可能依赖Smart-seq3数据,泛化性有待验证 改进单细胞RNA测序中全长转录本的重建精度 人类HEK293T和小鼠成纤维细胞的Smart-seq3单细胞RNA测序数据 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 NA 测序reads 人类HEK293T和小鼠成纤维细胞 NA 单细胞RNA-seq Smart-seq3 Smart-seq3协议包含UMI-linked reads和内部reads
135 2026-07-15
LAML-Pro: joint maximum likelihood inference of cell genotypes and cell lineage trees
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出一种名为LAML-Pro的算法,该算法通过联合推断细胞基因型和细胞谱系树,提高了谱系追踪的准确性 首次提出基于概率混合型缺失观测模型的联合推断方法,能同时校正基因型错误并构建谱系树,显著降低成像型谱系追踪数据中的基因型错误率 研究未提及算法在非稀疏突变场景下的性能表现,且仅通过模拟数据和两种成像系统验证,缺乏更多实际实验数据的测试 开发一种能够同时推断细胞基因型和细胞谱系树的高效算法,以提升谱系追踪的准确性 使用动态谱系追踪技术的细胞,包括模拟数据和两种成像型谱系追踪系统采集的真实数据 机器学习 NA 谱系追踪 概率混合型缺失观测模型 基因编辑观测数据 数千个细胞 NA NA NA NA
136 2026-07-15
Diffusion-based representation integration for foundation models improves spatial transcriptomics analysis
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出DRIFT框架,通过扩散过程将空间上下文整合到基础模型的输入表示中,用于改进空间转录组学分析 首次利用热核扩散将空间邻域信息集成到单细胞基础模型嵌入中,弥合了空间转录组学数据与现有基础模型之间的差距 目前仅在五个基础模型和三项主流任务上进行评估,可能未覆盖所有空间转录组学应用场景 开发一种通用且可推广的框架,以提升现有基础模型在空间转录组学任务上的性能 空间转录组学数据及单细胞RNA测序基础模型 机器学习 NA 空间转录组学 基础模型(如scRNA-seq和ST基础模型) 空间转录组学和单细胞RNA测序数据 NA NA 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA NA
137 2026-07-15
Beneficial effects of the AT2 receptor agonist buloxibutid (C21) against acute alveolar epithelial cell inflammation during antiviral responses
2026-Jul, ERJ open research IF:4.3Q1
研究论文 研究AT2受体激动剂buloxibutid在抗病毒反应中对急性肺泡上皮细胞炎症的有益作用 首次在人类肺泡II型细胞中研究AT2受体表达及C21在病毒感染模型中的作用 仅使用了体外模型,缺乏体内实验验证 探究AT2受体激动剂buloxibutid在抗病毒反应中调节肺泡上皮细胞炎症的潜力 人类肺泡II型(ATII)细胞 计算病理学 呼吸系统病毒性肺炎 单细胞RNA测序、RNA测序 NA 基因表达数据、转录组数据 公开的单细胞RNA测序数据集,具体样本数未提及 Illumina 单细胞RNA测序 Illumina NovaSeq 公开的单细胞RNA测序数据集(具体细节未提供)
138 2026-07-15
HNF1B-related disease: developmental origins, molecular mechanisms, and multisystem clinical challenges
2026-Jul, Clinical kidney journal IF:3.9Q1
综述 综述了HNF1B相关疾病的发育起源、分子机制及多系统临床挑战 利用患者来源的iPSC模型和单细胞转录组学揭示早期发育通路和转录网络,以及通过器官样研究推动潜在治疗发现 当前治疗仍以支持性为主,且由于可变表达和与更常见疾病的表型重叠导致漏诊普遍 整合基因组学、发育生物学和靶向监测以改善HNF1B相关疾病的早期诊断和患者预后 HNF1B基因突变或缺失导致的MODY5患者及其多系统表现 机器学习 糖尿病 下一代测序, 拷贝数变异分析, 单细胞转录组学 NA 文本 NA Illumina 单细胞RNA测序 NA NA
139 2026-07-13
Single-cell profiling unveils an exhaustion trajectory of ZNF683hi tissue-resident alveolar CD8+ T cells in checkpoint inhibitor pneumonitis
2026-Jul-10, Med (New York, N.Y.)
研究论文 通过单细胞测序揭示免疫检查点抑制剂相关性肺炎中ZNF683高表达组织驻留肺泡CD8+ T细胞的耗竭轨迹 首次在单细胞层面阐明CIP与放射性肺炎的差异化T细胞分化机制,发现肺泡CD8+耗竭T细胞分别来源于组织驻留ZNF683高表达CD8+ T细胞和外周来源GZMK高表达CD8+ T细胞 样本量较小(发现队列19例,验证队列5例),可能影响结果的统计稳健性和泛化性 阐明免疫检查点抑制剂相关性肺炎(CIP)与放射性肺炎(RP)的分子机制差异,为肺癌患者ICI再挑战提供临床决策依据 接受免疫检查点抑制剂治疗的肺癌患者支气管肺泡灌洗液和外周血中的免疫细胞 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序 NA 单细胞转录组数据、单细胞TCR序列数据 发现队列7例CIP、6例RP、6例初治对照,验证队列5例接受ICI联合放疗的RP患者 10x Genomics 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序及单细胞TCR测序系统
140 2026-07-13
Single-cell analysis reveals impaired Müller glia-mediated intercellular communication and photoreceptor pathology in USH1C retinal organoids
2026-Jul-09, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析USH1C患者视网膜类器官,揭示Müller胶质细胞介导的细胞间通讯受损及感光细胞病理变化 首次利用患者来源的诱导多能干细胞生成USH1C视网膜类器官,结合单细胞测序揭示Müller胶质细胞中细胞粘附和Wnt信号通路改变在视网膜退化中的关键作用 NA 阐明USH1C基因突变导致视网膜退化的细胞和分子机制 两名USH1C患者的诱导多能干细胞来源的视网膜类器官 数字病理学 尤塞氏综合征1型 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 两个USH1C患者样本的健康和病变视网膜类器官 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序
回到顶部