单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 814 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
501	2026-07-27	The Lomb-Scargle periodogram-based differentially expressed gene detection along pseudotime 2026-Jul-03, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkag682 PMID:42460448	研究论文	基于Lomb-Scargle周期图的拟时序差异表达基因检测方法	提出scLS框架，利用频率域方法分析单细胞RNA-seq数据中的拟时序差异表达，无需显式回归模型或分支分配，能检测瞬态或复杂拟时序相关模式	论文未明确讨论计算复杂度或对大规模数据集的扩展性限制	开发一种计算高效的差异表达基因筛选方法，用于单细胞RNA-seq轨迹推断的下游分析	单细胞RNA-seq数据中的伪时间相关差异表达基因和条件依赖性差异表达轨迹	机器学习, 自然语言处理	NA	单细胞RNA测序	Lomb-Scargle周期图	基因表达数据	模拟数据集和真实数据集	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
502	2026-07-27	RAG: a regularized adaptive graph-based method for rare-cell identification from single-cell expression data 2026-Jul-03, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbag379 PMID:42467986	研究论文	提出了一种基于正则化自适应图的RAG方法，用于从单细胞表达数据中识别稀有细胞	通过从欧几里得-余弦混合相异性估计细胞特异性半径来构建正则化自适应图，从而更好分离稀有细胞	NA	提高稀有细胞识别的准确性，以推动疾病机制和发育程序的研究	稀有细胞	机器学习	结直肠癌	单细胞RNA测序	自适应图模型	基因表达数据	10个真实单细胞RNA测序数据集及结直肠肿瘤组织样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
503	2026-07-27	Decoding apoptosis, ferroptosis, and inflammatory cell death in adenomyosis at single-cell resolution 2026-Jul-03, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbag386 PMID:42467989	研究论文	提出基于图谱的通路活性评分方法GraphPAS，从单细胞RNA测序数据中推断凋亡、铁死亡和炎症性细胞死亡在子宫腺肌症中的通路活性	GraphPAS是一种分层图学习框架，能够从单细胞RNA测序数据中恢复连贯的通路级结构，相比现有方法（如AUCell和scapGNN），在调整兰德指数、归一化互信息和轮廓宽度上表现更优，且对噪声具有更强鲁棒性	未明确提及局限性	开发一种新的通路活性评分方法，以克服单细胞RNA测序数据稀疏性和技术噪声带来的挑战，并应用于子宫腺肌症中细胞死亡机制的研究	子宫腺肌症组织样本的巨噬细胞	机器学习	子宫腺肌症	单细胞RNA测序	图学习框架	基因表达数据	未明确提及样本数量	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
504	2026-07-27	CTMAP: an adversarial cross-modal learning framework for accurate and robust cell-type annotation in single-cell resolution spatial transcriptomics 2026-Jul-03, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbag391 PMID:42476546	研究论文	提出CTMAP，一种基于对抗性跨模态学习的框架，用于单细胞分辨率空间转录组学中准确且稳健的细胞类型注释	采用对抗性学习策略对齐scRNA-seq参考数据与scST数据特征，在共享隐空间中使用参考数据的细胞类型质心进行注释	未提及具体局限性	解决单细胞分辨率空间转录组学中细胞类型注释准确性低、对罕见细胞群敏感度不足及跨平台泛化能力弱的问题	六组真实scST数据集及其对应的scRNA-seq参考数据集	计算机视觉，自然语言处理，机器学习	NA	空间转录组学，单细胞RNA测序	深度学习，对抗性神经网络	基因表达数据	六组真实scST数据集和对应的scRNA-seq参考数据集	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	NA
505	2026-07-27	Annotation-free phenotype prediction using knowledge-augmented clustering from single-cell RNA sequencing data 2026-Jul-03, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbag395 PMID:42476548	研究论文	提出scCap框架，利用知识增强聚类实现无注释表型预测，在单细胞RNA测序数据上取得较好效果	通过知识增强聚类与预训练单细胞基础模型嵌入空间相结合，避免了对预定义细胞类型注释的依赖，提升了模型泛化能力和预测准确性	未在更多样化的数据集或临床样本中进行验证，对数据质量或批次效应可能仍存在敏感性	开发无需注释的鲁棒表型预测方法，提升单细胞RNA测序数据的可解释性和泛化能力	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群和疾病相关表型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	多层多实例学习框架（包含双级注意力机制）	单细胞基因表达数据	三个公开scRNA-seq数据集	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
506	2026-07-27	REG4 serves as a prognostic biomarker for pancreatic cancer with long-standing diabetes mellitus by modulating chemoresistance 2026-Jul-02, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2026.102888 PMID:42398462	研究论文	该研究整合单细胞RNA测序分析、临床血清生物标志物检测和功能验证，发现REG4可作为长期糖尿病胰腺癌患者的预后生物标志物，通过调节化疗耐药发挥作用	首次揭示REG4在长期糖尿病胰腺癌患者中特异性表达，并作为糖尿病持续时间依赖的预后和预测生物标志物，通过WNT/β-catenin信号通路调控化疗耐药	需要在前瞻性更大规模队列中验证，且糖尿病持续时间与肿瘤生物学关联的具体机制尚未完全阐明	研究糖尿病持续时间对胰腺导管腺癌化疗耐药的影响及REG4作为潜在生物标志物的价值	胰腺导管腺癌患者（包括糖尿病和非糖尿病亚组）、胰腺癌细胞系、患者来源类器官	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、临床血清生物标志物检测、类器官培养	NA	单细胞转录组数据、临床血清样本数据	独立胰腺癌队列血清样本（具体数量未在摘要提及）	NA	单细胞RNA测序	NA	公共单细胞RNA测序数据集（具体平台未详述）
507	2026-07-27	Targeting p21-High Senescent Kupffer Cells Nanotherapeutically Potentiates Antitumor Immunity in Advanced Hepatocellular Carcinoma with Portal Vein Tumor Thrombus 2026-Jul-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.76384 PMID:42389919	研究论文	通过靶向p21高表达的衰老库普弗细胞，开发仿生纳米递送系统，增强晚期肝细胞癌伴门静脉癌栓的抗肿瘤免疫	首次发现p21高表达的衰老库普弗细胞在肝细胞癌伴门静脉癌栓肿瘤微环境中富集，并开发基于衰老库普弗细胞来源外泌体的仿生纳米递送系统靶向清除这些细胞	研究主要在动物模型中进行，需进一步验证在人体中的安全性和有效性	开发靶向衰老库普弗细胞的纳米治疗策略，增强肝细胞癌伴门静脉癌栓的抗肿瘤免疫	肝细胞癌伴门静脉癌栓患者和小鼠模型中的衰老库普弗细胞	机器学习	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	动物模型样本（具体数量未详述）	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3端测序
508	2026-07-27	Single-cell and machine learning-based neural regulation signature for prognosis prediction and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2026-Jul-02, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2026.102879 PMID:42391672	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习，开发了一种基于神经调节特征的预后预测和免疫治疗反应评估模型	首次利用单细胞RNA测序和机器学习相结合的方法，识别出CRABP2阳性上皮细胞作为神经调节富集的干细胞样恶性亚群，并构建了优化的预后签名模型NR.Sig	未明确提及局限性，但基于摘要，可能包括样本来源的偏倚或外部验证的不足	开发基于神经调节特征的稳健机器学习签名，以精确评估肺腺癌预后并指导个性化免疫治疗	神经调节相关的细胞表型及预后签名基因	机器学习	肺癌	单细胞RNA测序、机器学习	随机生存森林	单细胞RNA测序数据、转录组数据	整合了三个LUAD单细胞RNA测序队列和十个转录组队列（含免疫治疗记录）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
509	2026-07-27	Integrated multi-omics and single-cell analysis of galectins and immune associations in triple-negative breast cancer 2026-Jul-02, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2026.102887 PMID:42391674	研究论文	通过整合多组学和单细胞分析，系统研究了半乳糖凝集素在三阴性乳腺癌中的表达、预后意义及其与肿瘤微环境和治疗反应的关系	首次在三阴性乳腺癌中从单细胞和整体水平系统解析了半乳糖凝集素家族成员在肿瘤微环境中的细胞类型特异性表达模式及其与免疫检查点、免疫浸润和治疗反应的关系	NA	阐明半乳糖凝集素在三阴性乳腺癌中作为候选生物标志物和治疗靶点的临床和转化意义	三阴性乳腺癌患者（FUSCC队列465例，TCGA队列161例，以及26例初治患者的单细胞RNA测序数据）	机器学习	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 多组学分析	NA	转录组数据, 基因组数据, 单细胞数据	626例患者（FUSCC 465例，TCGA 161例）和26例患者的单细胞样本	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	NA
510	2026-07-27	Smad2 Preserves Corneal Stromal Homeostasis by Restraining Profibrotic Smad3/YAP/TEAD2 Transcriptional Program 2026-Jul-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells15131202 PMID:42439676	研究论文	该研究揭示了Smad2通过抑制Smad3/YAP/TEAD2转录程序来维持角膜基质稳态，并发现YAP/TEAD抑制剂维替泊芬可有效治疗角膜纤维化	首次明确区分Smad2和Smad3在角膜纤维化中的不同作用，发现Smad2缺失导致Smad3-YAP-TEAD2三聚体复合物形成并驱动纤维化，提出靶向YAP/TEAD的治疗策略	研究主要基于Wnt1-Cre小鼠模型，未在其他角膜损伤模型中验证；Smad2在人类角膜中的具体作用尚需进一步研究	阐明Smad2在维持角膜基质稳态和防止纤维化中的关键作用及其与Smad3的差异	Wnt1-Cre小鼠（神经嵴细胞特异性Smad2敲除）的角膜组织	数字病理学	角膜纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Wnt1-Cre小鼠角膜样本（具体数量未在摘要中说明）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
511	2026-07-27	Spatial Transcriptomics of Immune Cell Distribution in Non-Small Cell Lung Cancer Identifies Tertiary Lymphoid Structures and Its Density and Area Fraction Were Associated with Neoadjuvant Therapy Response 2026-Jul-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers18132141 PMID:42449683	研究论文	通过空间转录组学分析非小细胞肺癌中免疫细胞分布，鉴定三级淋巴结构及其密度和面积与新辅助治疗反应的关系	首次利用空间转录组学揭示非小细胞肺癌中三级淋巴结构的空间免疫细胞分布异质性，并发现成熟三级淋巴结构密度和面积比例与新辅助治疗反应显著相关	样本量较小（仅2例样本用于空间转录组学，66例患者用于关联分析），且样本类型仅限于肺鳞癌和肺腺癌，可能限制结果的普遍性	研究非小细胞肺癌中三级淋巴结构的空间分布特征及其与新辅助免疫治疗联合化疗疗效的关系	非小细胞肺癌患者肿瘤样本，包括肺鳞癌和肺腺癌	数字病理学	肺癌	空间转录组学、多重免疫组化、免疫组织化学染色	NA	图像、空间转录组数据	2例样本用于空间转录组分析，66例患者用于三级淋巴结构密度和面积评估	10x Genomics	空间转录组学	10x Visium	10x Visium空间转录组学平台，用于FFPE组织样本
512	2026-07-27	Single-Cell RNA-Seq of Pituitary and Ovary Identifies Regulators of Reproduction in Yellow Catfish (Pelteobagrus fulvidraco) 2026-Jul-02, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani16132044 PMID:42450751	研究论文	对产卵前黄颡鱼的脑垂体和卵巢进行单细胞RNA测序，解析生殖细胞类型和调控网络	首次通过单细胞RNA测序构建黄颡鱼脑垂体和卵巢的高分辨率细胞图谱，发现性腺激素和类固醇信号在颗粒细胞和膜细胞中的功能分区，以及前列腺素和褪黑素旁分泌通路在卵母细胞成熟中的作用	未提及研究限制	阐明黄颡鱼生殖腺发育和卵母细胞成熟的细胞景观和调控通路	黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）的脑垂体和卵巢	单细胞转录组学	不适用	scRNA-seq	不适用	单细胞RNA测序数据	4条雌鱼（体重43.8±3.2克，体长14.1±0.7厘米）和4条雄鱼（体重78.2±11.2克，体长18.9±1.1厘米）的脑垂体	不适用	单细胞RNA测序	不适用	不适用
513	2026-07-27	Diversity, Equality, and Inclusion in the naïve T Cell Receptor Repertoire 2026-Jul, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.70138 PMID:42385225	综述	本文通过多样性、平等性和包容性的视角，审视人类初始T细胞受体库的基本特性	将多样性、平等性和包容性概念引入初始TCR库研究，挑战了克隆删除作为免疫耐受核心的传统观点，并提出群体感应等替代耐受机制的重要作用	对驱动克隆型大小异质性的机制理解不足，且关于阴性胸腺选择导致功能性空位的实验证据有限	阐明初始TCR库的特性及其对适应性免疫应答的影响	人类初始T细胞受体库	机器学习	NA	单细胞测序	NA	测序数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	大规模单细胞测序
514	2026-07-27	Spatiomolecular mapping reveals anatomical organization of heterogeneous cell types in the human nucleus accumbens 2026-Jul-01, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2026.06.002 PMID:42385698	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学，绘制了人类伏隔核的时空分子图谱，揭示了不同细胞类型的解剖组织	首次将单细胞转录组与空间转录组结合，描绘人类伏隔核的时空分子图谱，并发现D1岛等新空间域及连续基因表达梯度	仅使用死后组织样本，可能无法完全反映活体状态；样本量未明确提及	阐明人类伏隔核中不同细胞类型的空间组织及其在神经精神疾病中的作用	人类伏隔核的死后组织样本	数字病理学	神经精神病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	转录组数据	NA	10x Genomics	单细胞RNA测序，空间转录组学	10x Chromium，10x Visium	10x Chromium单细胞3'端测序，10x Visium空间转录组学
515	2026-07-27	Systemic immune profiling in hepatocellular carcinoma: navigating etiological heterogeneity and selection bias 2026-Jul-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2026-015777 PMID:42386346	评论	对Nishio等人关于晚期肝细胞癌联合免疫疗法循环免疫生物标志物的研究进行方法论评论，指出病因异质性、选择偏差和生物学适用性三个关键问题	提出了单细胞RNA测序（CITE-seq）在肝细胞癌免疫标志物研究中需考虑的病因异质性、选择偏差和数据组成性伪影等关键方法论问题	仅基于现有研究进行评论，未开展原始数据验证；对CellChat模型在外周循环高流量环境中的生物学适用性提出质疑	评估单细胞RNA测序（CITE-seq）在识别肝细胞癌免疫治疗生物标志物时的临床有效性及方法学局限性	循环免疫细胞亚群（单细胞RNA测序数据）	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（CITE-seq），CellChat	CellChat（配体-受体相互作用模型）	单细胞转录组数据	NA（未提供具体样本量）	10x Genomics	单细胞RNA测序（CITE-seq）	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'（CITE-seq）
516	2026-07-27	Multi-omics profiling reveals systemic rejuvenation of the aged kidney through senolytic therapy 2026-Jul-01, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-026-00490-x PMID:42386771	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了衰老肾脏在塞诺利治疗下的系统性年轻化机制	首次系统评估了达沙替尼和槲皮素联合疗法在自然衰老小鼠中的长期效应，并利用多组学方法揭示其在多个层面的抗衰老机制，包括逆转转录组衰老特征、重塑细胞间通讯网络	研究主要基于小鼠模型，其发现向人类转化的有效性尚需验证	探究塞诺利治疗对自然衰老肾脏的长期效应及其多层次系统性机制	自然衰老小鼠的肾脏组织	机器学习	肾脏衰老	蛋白质组学、单细胞转录组学、多组学分析	NA	蛋白质组学数据、单细胞转录组数据	自然衰老小鼠的肾脏样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
517	2026-07-27	Integrative Multi-Omics Analysis Reveals the Tumor-Suppressive and Immunoregulatory Roles of SEMA5B in Prostate Cancer 2026 Jul-Aug, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.70133 PMID:42399103	研究论文	通过多组学整合分析揭示SEMA5B在前列腺癌中的抑癌和免疫调节作用	首次揭示SEMA5B由雄激素受体转录调控，并在前列腺癌中扮演抑癌角色，且与免疫炎症微环境及线粒体氧化代谢相关	未提及具体局限性	探究SEMA5B在前列腺癌中的功能及其作为肿瘤抑制因子和免疫治疗靶点的潜力	SEMA5B基因及前列腺癌细胞系	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组测序, 空间转录组测序, 批量RNA测序, 基因敲低, 染色质免疫沉淀	NA	转录组数据	单细胞转录组数据集、空间转录组样本、前列腺癌细胞系及异种移植模型	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq	NA	NA
518	2026-07-27	Single-Cell Transcriptomics and Development of Gametocyte-Specific Molecular Markers for Avian Malaria Parasites 2026-Jul, Molecular ecology resources IF:5.5Q1 DOI:10.1111/1755-0998.70157 PMID:42409029	研究论文	利用单细胞转录组学开发鸟疟原虫配子体特异性分子标记	首次开发出能区分禽疟原虫无性期、雄性和雌性配子体的分子标记，并证明其敏感性优于显微镜检查	缺乏体外培养系统，且研究仅针对单一疟原虫物种的两个细胞色素b谱系	开发量化与性别鉴定禽疟原虫可传播阶段（配子体）的分子工具	禽疟原虫Plasmodium relictum的无性期、雄性和雌性配子体	单细胞转录组学	禽疟疾	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	两个细胞色素b谱系（pSGS1和pDELURB4）的寄生虫样本	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	用于单细胞RNA测序的10x Chromium平台
519	2026-07-27	Olfml3 Regulates Microglial Inflammation and Neuronal Injury in Obstructive Sleep Apnea via Cybb-Mediated TLR4/NF-κB Pathway 2026-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1002/cns.71006 PMID:42418294	研究论文	探究Olfml3在阻塞性睡眠呼吸暂停中通过Cybb介导的TLR4/NF-κB通路调节小胶质细胞炎症和神经元损伤的作用机制	首次揭示Olfml3在小胶质细胞中间歇性缺氧诱导的神经炎症中的负调控作用，并阐明其通过Cybb/TLR4/NF-κB轴发挥神经保护作用	未提及具体局限性，如样本量、临床转化难度等	阐明Olfml3在阻塞性睡眠呼吸暂停相关神经炎症中的作用及其分子机制	间歇性缺氧诱导的OSA小鼠模型及小胶质细胞	机器学习和数字病理学	阻塞性睡眠呼吸暂停	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR、western blot、流式细胞术、ELISA、ROS检测、免疫组化、免疫荧光、水迷宫实验	NA	单细胞转录组数据、基因表达数据、蛋白表达数据、细胞功能数据	小鼠模型：IH诱导OSA小鼠与对照组；细胞模型：IH处理的小胶质细胞；具体样本量未明确	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA
520	2026-07-27	Lecanemab treatment improves B cell subpopulation immune homeostasis in patients with Alzheimer's disease 2026-Jul, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.71655 PMID:42418504	研究论文	评估Lecanemab对阿尔茨海默病患者外周免疫的影响，发现其能改善B细胞亚群的免疫稳态	首次揭示了Lecanemab通过调节B细胞亚群比例和功能来恢复外周免疫稳态的免疫调节机制	未提及具体局限性	探究Lecanemab对阿尔茨海默病患者外周免疫系统的影响	阿尔茨海默病患者	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、抗体阵列分析	NA	血清、外周血单核细胞	健康对照和患者在基线、治疗后3个月和6个月的样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA