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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2026-07-27 |
Quantitative calibration of a spatial QSP model identifies fibroblast impact on HCC immunotherapy
2026-Jul-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2525799123
PMID:42446991
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研究论文 | 通过将定量系统药理学与基于智能体的建模结合,开发空间QSP模型,并利用近似贝叶斯计算-序贯蒙特卡洛方法校准,揭示成纤维细胞在肝细胞癌免疫治疗中的空间作用 | 首次在空间QSP模型中机械性整合成纤维细胞模块,并开发结合空间分子数据的校准流程,实现在单细胞分辨率下匹配肿瘤结构 | 模型参数化仍具挑战,且校准依赖特定数据集,泛化性有待验证 | 通过空间建模量化成纤维细胞对肝细胞癌免疫治疗反应的影响,并发现治疗前生物标志物 | 肝细胞癌肿瘤组织及成纤维细胞,采用空间转录组和免疫检查点抑制剂联合酪氨酸激酶抑制剂治疗的独立队列 | 计算机视觉, 机器学习 | 肝细胞癌 | 空间转录组测序 | 基于智能体的建模,近似贝叶斯计算-序贯蒙特卡洛 | 空间分子数据,图像 | 独立队列的肿瘤组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 402 | 2026-07-27 |
Single-cell RNA sequencing of circulating tumour cells in colorectal cancer
2026-Jul-21, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-026-12427-0
PMID:42479224
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术研究结直肠癌循环肿瘤细胞的异质性 | 首次在结直肠癌中通过单细胞转录组学识别出上皮型、间质型和混合型循环肿瘤细胞亚群,并揭示混合型CTC的独特转录特征 | 样本量较小(仅4例患者),且仅在1例患者中检测到所有亚群,需更大规模研究验证 | 探索结直肠癌中循环肿瘤细胞的转录组异质性 | 结直肠癌患者的循环肿瘤细胞 | 单细胞转录组 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4例未接受治疗的结直肠癌患者(AJCC I-IV期)的外周血单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 403 | 2026-07-27 |
Spatial multi-omics identifies early synaptic pruning and context-specific dopaminergic vulnerability in synucleinopathies
2026-Jul-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74961-6
PMID:42481480
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研究论文 | 结合空间转录组学、空间蛋白质组学和α-突触核蛋白种子扩增检测,分析帕金森病及路易体病相关脑组织的突触修剪和多巴胺能神经元脆弱性 | 首次通过空间多组学联合分析揭示路易体病早期补体C1QC上调与抑制性突触丢失,并发现αSyn播种活性与多巴胺能神经元丢失的疾病背景依赖性关系 | 数据来源为死后脑组织,可能受死后变化影响;样本量未明确提及 | 阐明突触核蛋白病中多巴胺能神经元退化前的早期分子事件及疾病背景特异性机制 | 死后中脑组织样本,包括对照组、偶发路易体病、帕金森病、阿尔茨海默病及合并路易体病理的阿尔茨海默病 | 数字病理学 | 帕金森病、路易体病、阿尔茨海默病 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、α-突触核蛋白种子扩增检测 | NA | 空间转录组数据、空间蛋白质组数据、αSyn播种活性数据 | 多组死后中脑组织样本(具体数目未明确) | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 404 | 2026-07-27 |
γδ T cells show distinct responses to CMV after stem cell transplantation
2026-Jul-20, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-026-02703-8
PMID:42472991
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研究论文 | 結合纵向单细胞RNA测序与TCR测序,追踪干细胞移植后CMV感染患者γδ和αβ T细胞克隆的动态变化 | 首次以克隆分辨率追踪非Vγ9Vδ2 γδ T细胞在CMV再激活后的患者特异性扩张、细胞毒性效应表型获得及功能可塑性 | 未提及具体局限性 | 阐明干细胞移植后CMV再激活对T细胞克隆及功能动态的影响 | 接受异基因造血干细胞移植且有或无CMV再激活的患者 | 自然语言处理 | 病毒感染相关疾病 | 单细胞RNA测序、TCR测序 | NA | 基因表达及TCR序列数据 | 多个时间点(移植后5个时间点)的细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium平台进行单细胞RNA测序及TCR测序 |
| 405 | 2026-07-27 |
SPSB1 Promotes Subcutaneous Adipose Hyperplasia in Facial Port-Wine Stains by Controlling HDAC1 Degradation and Stability Through Two Distinct Proteolytic Pathways
2026-Jul-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76699
PMID:42474080
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研究论文 | SPSB1通过两种不同的蛋白水解途径控制HDAC1的降解和稳定性,从而促进面部葡萄酒色斑的皮下脂肪增生 | 首次利用单细胞RNA测序技术鉴定出在肥厚性PWS中高表达SPSB1的脂肪干细胞和祖细胞亚群,并揭示了SPSB1通过双重泛素化途径(K48和K29)靶向HDAC1降解的分子机制,以及SPSB1-HDAC1正反馈调控环 | 未提及具体限制 | 探究面部葡萄酒色斑并发皮下脂肪增生的细胞和分子机制 | 面部脂肪组织中的脂肪干细胞和祖细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病(葡萄酒色斑) | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA(未明确样本数量) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'基因表达分析 |
| 406 | 2026-07-27 |
Enhancing Super-Resolution Spatial Transcriptomics Data by Transfer Learning
2026-Jul-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76601
PMID:42474135
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研究论文 | 提出SpotZoomer框架,通过迁移学习和生成域自适应将高清空间转录组数据作为教师信号,提升低分辨率空间转录组数据的超分辨率重建效果 | 突破传统图像引导超分辨率的局限,通过迁移学习从公共高清ST数据中学习内在空间表达先验,实现不依赖形态学特征的分子级超分辨率重建 | 依赖于可用的高清参考数据,当高清先验信息不可用时无法替代参考无关方法 | 开发一种可扩展的数据驱动策略,将标准空间转录组数据升级到亚细胞分辨率 | 空间转录组数据的超分辨率重建方法 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学 | 生成对抗网络 | 空间转录组数据 | 19个数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组学平台 |
| 407 | 2026-07-27 |
Single-cell transcriptomics reveals how Shenfu Qiangxin pill ameliorates HFpEF by modulating cardiac cellular heterogeneity
2026-Jul-20, Chinese medicine
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s13020-026-01456-3
PMID:42477757
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示参附强心丸通过调节心脏细胞异质性改善射血分数保留型心力衰竭的作用机制 | 首次在单细胞水平阐明参附强心丸通过协调调控多个致病性心脏细胞亚群(免疫细胞、成纤维细胞、内皮细胞等)来改善HFpEF的网络机制,建立了传统医学整体理念与现代生物学的联系 | NA | 探究参附强心丸对射血分数保留型心力衰竭的治疗作用及其机制 | 参附强心丸治疗下的HFpEF小鼠模型心脏细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠心脏组织样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 408 | 2026-07-27 |
Adoptive transfer of VSIG4+ macrophages interrupts the CCL2-CCR2 inflammatory amplification loop to mitigate acetaminophen-induced acute liver injury in murine and human organoid models
2026-Jul-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08631-y
PMID:42477763
|
研究论文 | 通过对VSIG4+巨噬细胞的过继转移研究,发现其能通过阻断CCL2-CCR2炎症放大环路来减轻对乙酰氨基酚诱导的急性肝损伤,并在小鼠和人肝脏类器官模型中验证 | 首次识别VSIG4+单核来源巨噬细胞(MoMFs)为急性肝损伤的治疗性亚群,并证明其优于未经选择的骨髓来源巨噬细胞(BMDM) | 未提及具体局限性 | 探索VSIG4+巨噬细胞在急性肝损伤中的治疗潜力及其机制 | VSIG4+巨噬细胞(尤其是单核来源巨噬细胞) | 机器学习 | 急性肝损伤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠肝脏组织样本及临床急性肝损伤组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 409 | 2026-07-27 |
Autoreactive B cells in systemic lupus erythematosus: insights from integrative multi-omics analyses
2026-Jul-18, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-026-00432-6
PMID:42469904
|
综述 | 综述多组学分析在系统性红斑狼疮自身反应性B细胞研究中的应用,揭示其起源、分化和组织定位 | 整合单细胞RNA测序、B细胞受体测序及空间转录组学等多模态数据,揭示非典型B细胞(ABCs)的自身反应性特征及微环境对治疗耐药的影响 | 未提及具体研究限制,但通常依赖于预设细胞亚群和已知标记物,可能引入偏差 | 阐明系统性红斑狼疮中自身反应性B细胞的发病机制,探讨多组学分析在精准医学中的应用潜力 | 系统性红斑狼疮患者中的自身反应性B细胞,包括非典型B细胞(ABCs)和骨髓及受累器官中的B细胞 | 机器学习 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, B细胞受体测序, 空间转录组学, 表观基因组学 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 410 | 2026-07-27 |
Integrated Transcriptomic, In Silico, and In Vitro Characterization of lncRNA ENST00000615487.1 Reveals Epithelial-Specific Expression, Differential Subcellular Distribution Between Normal and Colorectal Cancer Cells, and Potential Regulatory Functions
2026-Jul-17, Non-coding RNA
IF:3.6Q2
DOI:10.3390/ncrna12040024
PMID:42496243
|
研究论文 | 整合转录组学、计算模拟和体外实验表征lncRNA ENST00000615487.1在结直肠癌中的表达、定位和潜在调控功能 | 首次系统鉴定ENST00000615487.1在结直肠癌中的上皮特异性表达模式,并发现其在正常和癌细胞间存在差异亚细胞分布,提示从核转录调控向细胞质转录后调控的功能转变 | 未提供具体局限性信息 | 研究lncRNA ENST00000615487.1在结直肠癌中的表达模式、细胞和亚细胞定位及潜在功能 | ENST00000615487.1转录本 | 数字病理学, 机器学习 | 结直肠癌 | PCR, qRT-PCR, 单细胞RNA测序, 计算分析 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 10种肿瘤类型的表达数据(UCSC Xena),单细胞RNA测序数据集GSE161277,正常、肿瘤和成纤维结肠细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Illumina NovaSeq(推测用于单细胞RNA测序数据) | NA |
| 411 | 2026-07-27 |
Efficient chemical reprogramming of human T cells into functional megakaryocytes and platelets
2026-Jul-17, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aeb3177
PMID:42455952
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研究论文 | 通过化学重编程将人T细胞高效转化为功能性巨核细胞和血小板 | 建立了一种从人脐血CD3 T细胞通过五种小分子混合物(含重编程增强剂AZD4205)高效诱导生成巨核细胞的新方法,并利用单细胞RNA测序揭示了诱导巨核细胞的异质性和功能亚群 | 未在论文标题和摘要中明确说明限制 | 开发一种实用且便捷的化学重编程方法,以生产临床相关的巨核细胞和血小板 | 人脐血来源的CD3 T细胞 | 机器学习 | NA | 化学重编程、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人脐血CD3 T细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 412 | 2026-07-27 |
Multi-Omics Profiling of High-Grade Serous Ovarian Cancer Reveals an Inflammation-Related Lipid Metabolism Subtype Associated With Platinum Resistance
2026-Jul-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76482
PMID:42466711
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研究论文 | 通过多组学分析揭示高级别浆液性卵巢癌中与铂耐药相关的炎症相关脂质代谢亚型 | 首次整合蛋白质组学和代谢组学分析,定义炎症相关脂质代谢亚型与铂耐药的关系,并发现花生四烯酸代谢途径和COX-2的关键作用 | 未明确说明,可能包括样本量有限或机制验证不足 | 阐明肿瘤代谢重编程与铂耐药之间的机制联系 | 97例原发性高级别浆液性卵巢癌肿瘤样本 | 机器学习 | 卵巢癌 | 蛋白质组学、代谢组学、单细胞转录组学、多重免疫荧光 | 无监督聚类 | 蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据、多重免疫荧光图像 | 97例原发性高级别浆液性卵巢癌肿瘤 | NA | NA | NA | NA |
| 413 | 2026-07-27 |
Disruption of macrophage migration inhibitory factor signaling induces major tumor-associated macrophage phenotypes in human M2 macrophages
2026-Jul-17, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-026-00515-3
PMID:42467313
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研究论文 | 本研究揭示了人类M2型巨噬细胞中巨噬细胞迁移抑制因子信号中断如何诱导主要肿瘤相关巨噬细胞表型 | 发现MIF信号中断通过p53和非预期核受体NR4A1激活诱导衰老样状态,模拟多种癌症中的IL-1β+和IL4I1+ TAM亚群,并阐明ACSL4在细胞存活和炎症调控中的关键作用以及CDK4/6抑制剂abemaciclib的脱靶效应 | 未明确提及 | 阐明肿瘤相关巨噬细胞分化机制及潜在治疗靶点 | 人类M2型巨噬细胞及肿瘤相关巨噬细胞表型 | 机器学习和数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA序列分析 | NA | NA |
| 414 | 2026-07-27 |
SOX5 Orchestrates Malignant Evolution via Promoter-Centric Chromatin Remodeling in MYC-Driven B-Cell Lymphoma
2026-Jul-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76656
PMID:42467924
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research paper | 揭示SOX5在MYC驱动的B细胞淋巴瘤中通过启动子为中心的染色质重塑协调恶性演变的机制 | 首次发现SOX5作为早期表观遗传修饰因子,通过启动子近端占据和可及性收缩调控MYC驱动的B细胞淋巴瘤的恶性演变 | 尚未明确SOX5在人类B细胞淋巴瘤中的临床相关性及治疗靶点的具体转化路径 | 探索SOX5在MYC驱动的B细胞淋巴瘤早期恶性演变中的作用机制 | CRISPR/Cas9工程化Myc B细胞淋巴瘤嵌合小鼠的淋巴结细胞 | machine learning | B细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组学、CRISPRa、CRISPR敲除、多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | CRISPR/Cas9工程化Myc B细胞淋巴瘤嵌合小鼠的淋巴结样本 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 415 | 2026-07-27 |
Single-Cell Dissection of Therapy-Induced Remodeling Uncovers a Fibroblast-Driven Immunosuppressive Niche and Targetable Vulnerabilities in Lethal Prostate Cancer
2026-Jul-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202521088
PMID:42468515
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research paper | 通过单细胞RNA测序揭示了雄激素剥夺疗法诱导的前列腺癌肿瘤微环境重塑中成纤维细胞驱动的免疫抑制微环境及可靶向脆弱性 | 首次在纵向活检样本中描绘了治疗诱导的基质细胞谱系分叉,发现DPT成纤维细胞通过C3-ITGAX/ITGB2补体信号轴调控巨噬细胞免疫抑制,并鉴定了TSPAN1和NRXN1作为去势抵抗性前列腺癌和神经内分泌可塑性的功能效应因子 | 未明确说明,但样本量可能较小(纵向活检)且机制验证主要基于体外和体内模型 | 阐明前列腺癌治疗抵抗中肿瘤生态系统适应性的机制,并识别可靶向脆弱性 | 前列腺癌患者的纵向活检样本及恶性上皮细胞、基质成纤维细胞、巨噬细胞和CD8 T细胞等肿瘤微环境组分 | machine learning, digital pathology | prostate cancer | single-cell RNA sequencing, multi-omics analysis, spatial mapping, co-culture experiments | NA | single-cell transcriptomic, genomic, spatial | 纵向活检样本(具体数量未说明) | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 416 | 2026-07-27 |
Embryonic and postnatal macrophages are necessary for proper tooth development and homeostasis
2026-07-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-75576-7
PMID:42469240
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研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞在牙齿发育和稳态维持中的关键作用 | 首次发现巨噬细胞在牙齿发育和模式形成中的必要性,超越了其在先天免疫中的传统功能 | 需要进一步研究精确的细胞和分子机制 | 探究巨噬细胞在牙齿发育和稳态维持中的作用 | 小鼠牙齿组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用Wnt1/Csf1和Csf1R敲除小鼠模型及野生型成年小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 417 | 2026-07-27 |
Mutation-specific dynamics of dedifferentiation trajectories and tumor-stromal interactions in thyroid cancer
2026-Jul-16, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-026-02699-2
PMID:42458477
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研究论文 | 整合单核RNA-seq、空间转录组学和批量RNA-seq数据,揭示了BRAF和RAS驱动突变在甲状腺癌去分化过程中特异性的肿瘤-基质动态相互作用 | 首次描绘了BRAF和RAS驱动突变特异性甲状腺癌去分化轨迹,并阐明了突变特异性癌相关成纤维细胞(CAF)与上皮细胞之间的配体-受体相互作用 | 未明确说明 | 探究BRAF和RAS驱动突变如何塑造甲状腺癌去分化过程中的上皮可塑性和肿瘤微环境重塑 | BRAF和RAS驱动突变的甲状腺肿瘤样本 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单核RNA-seq,空间转录组学,批量RNA-seq | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 多种甲状腺肿瘤样本,但具体数量未提及 | 10x Genomics,Illumina | 单核RNA-seq,空间转录组学,批量RNA-seq | 10x Chromium,Illumina NovaSeq | 10x Chromium单核RNA-seq,Illumina NovaSeq批量RNA-seq,空间转录组学平台未详述 |
| 418 | 2026-07-27 |
Identification of a novel isoform of Slc26a4 by single-cell RNA-sequencing of pendrin-expressing cells in the cochlea
2026-Jul-16, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-026-02858-x
PMID:42461329
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序技术鉴定耳蜗中表达pendrin的细胞中Slc26a4的新型异构体 | 通过短读长和长读长单细胞RNA测序,首次发现Slc26a4的短异构体,并研究其在内耳和肾脏中的表达、相互作用及功能 | 研究主要基于小鼠模型,可能无法完全反映人类SLC26A4基因表达的复杂性 | 鉴定Slc26a4的新型异构体并探索其与SLC26A4相关听力损失的基因型-表型关联 | 小鼠耳蜗中表达pendrin的细胞 | 数字病理学 | 遗传性听力损失 | 短读长和长读长单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠耳蜗中表达pendrin的细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 419 | 2026-07-27 |
Specificity-driven cell-gene graph learning identifies rare cell states in single-cell and spatial transcriptomic data
2026-Jul-16, Advanced biotechnology
DOI:10.1007/s44307-026-00121-y
PMID:42461443
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研究论文 | 提出scFormer框架,通过特异性驱动的细胞-基因异构图学习,识别单细胞和空间转录组数据中的稀有细胞状态 | 构建Z-score引导的细胞-基因异构图,利用高特异性标记基因作为信息桥梁,将稀有细胞特征直接嵌入图拓扑结构,而非从全局邻居推断 | 未明确说明局限性 | 实现灵敏且稳健的稀有细胞发现,同时减轻多数据集中的批次效应 | 单细胞和空间转录组数据中的稀有细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 异构图Transformer | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 125个模拟数据集和18个真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 420 | 2026-07-27 |
Multiomic profiling links L1 retrotransposition to genomic instability and ecDNA in bladder cancer
2026-07-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-75399-6
PMID:42463649
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研究论文 | 对48名膀胱癌患者进行多组学整合分析,揭示L1逆转录转座与基因组不稳定性及ecDNA的关联 | 首次在多组学层面系统证明L1逆转录转座在膀胱癌中早期活跃,并直接关联到下游基因组重排、染色体不稳定性和额外染色体DNA的形成 | 样本量较小(48名患者),可能限制发现的普适性 | 探究膀胱癌进展背后的分子机制 | 膀胱癌患者的肿瘤样本及cfDNA | 多组学 | 膀胱癌 | cfDNA测序、长读长肿瘤DNA测序、RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因组、表观基因组、转录组、空间转录组数据 | 48名膀胱癌患者 | NA | NA | NA | NA |