单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 814 篇文献,本页显示第 21 - 40 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-09-23
Identifying condition-related cell-cell communication events using supervised tensor analysis
2026-Jul-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1
研究论文 该文章提出了STACCato,一种基于监督张量分析的工具,用于利用张量回归模型识别与生物条件相关的细胞间通讯事件 提出了基于张量的回归模型,能够对生物条件(如疾病状态或组织类型)与个体细胞间通讯事件之间的关系进行统计推断,同时校正混杂因素和细胞间通讯事件之间的固有依赖性 未明确提及 识别与生物条件相关的细胞间通讯事件,并解决现有方法在可解释性、混杂因素校正和依赖性建模方面的局限 狼疮单细胞RNA测序数据集和自闭症单核RNA测序数据集中的细胞间通讯事件 机器学习 狼疮,自闭症 scRNA-seq,snRNA-seq 张量回归模型 文本 NA NA single-cell RNA-seq,single-nucleus RNA-seq NA NA
22 2026-09-23
conMItion: an R package adjusting confounding factors for associations in multi-omics
2026-07-02, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该文章介绍了 conMItion R 包,用于在多组学数据中估计条件互信息并调整混杂因素,以识别癌症相关基因和调控网络 提出了 conMItion R 包,可灵活调整一个或两个混杂因素,并估计条件互信息及其统计显著性 未明确提及研究局限性 开发一个 R 包,用于在多组学关联分析中调整混杂因素,并估计条件互信息及其统计显著性 癌症多组学数据,包括膀胱癌和肺癌单细胞 RNA 测序数据 机器学习 膀胱癌, 肺癌 多组学分析, 单细胞RNA测序 NA 多组学数据, 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
23 2026-09-23
Multi-modality Graph Representation Learning for Malignant Cell Identification from scRNA-seq using DeepMalignant
2026-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该论文开发了DeepMalignant,一种无监督多模态图注意力自编码器,联合整合基因表达和拷贝数变异信息,用于从单细胞RNA测序数据中识别恶性肿瘤细胞 首次提出无监督多模态图注意力自编码器,联合整合基因表达和CNA信息进行恶性肿瘤细胞识别,并在多个平台和癌症类型上展现出优于现有方法的性能 摘要中未明确提及研究的局限性 开发一种精确、可泛化且稳健的方法,从单细胞RNA测序数据中区分恶性肿瘤细胞与正常细胞 五种数据集共26个样本,涵盖四种癌症类型(乳腺癌、结直肠癌、胰腺癌和卵巢癌),以及两个导管原位癌样本(DCIS2和DCIS1) 机器学习 乳腺癌、结直肠癌、胰腺癌、卵巢癌 单细胞RNA测序 图注意力自编码器 图像、文本 26个样本(涵盖四种癌症类型的五种数据集),以及2个导管原位癌样本(DCIS2和DCIS1) 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
24 2026-09-23
Scalable multi-group nonnegative spatial factorization for spatial genomics data with cell-type heterogeneity
2026-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该论文提出了一种可扩展的多组非负空间因子分解方法(smNSF),通过整合空间坐标和细胞类型标签的统一矩阵分解模型,实现细胞类型感知的空间基因表达模式分解 将空间坐标与细胞类型标签整合到统一的矩阵分解框架中,使用多组高斯过程(MGGP)作为先验以细胞类型特异性的方式捕捉复杂空间变异,同时通过非负约束增强可解释性,并开发了支持可扩展优化的变分推断框架 方法依赖于空间转录组数据中已知的细胞类型标签,在缺乏细胞类型注释的情况下可能受限 解决现有降维方法忽视空间信息或难以区分空间基因模式与细胞类型差异驱动的模式的问题,提高空间转录组数据的生物学可解释性 七个空间转录组数据集,涵盖多种技术和组织类型 空间转录组学 NA 空间转录组学 概率矩阵分解、多组高斯过程(MGGP)、变分推断 空间基因表达数据、图像 七个空间转录组数据集 NA 空间转录组学 NA NA
25 2026-09-23
PERK Is Dispensable for Smooth Muscle Cell Phenotype Switching in Atherosclerosis
2026-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
研究论文 该研究通过在成年高胆固醇血症小鼠中特异性敲除平滑肌细胞的Perk基因,并结合单细胞和空间转录组等技术,探究了PERK介导的未折叠蛋白反应在动脉粥样硬化平滑肌细胞表型转换和斑块稳定性中的作用 首次在成年动脉粥样硬化小鼠模型中特异性敲除平滑肌细胞Perk,并结合单细胞RNA测序、bulk RNA测序和Xenium空间转录组技术系统评估了UPR标志物在平滑肌细胞和人类颈动脉斑块中的表达,发现Perk UPR对平滑肌细胞表型转换和斑块稳定性并非必需 研究主要基于小鼠模型,人类样本分析为观察性关联研究,未进行因果验证;平滑肌细胞Perk敲除可能被其他UPR通路代偿;未评估其他UPR分支(如IRE1α、ATF6)的潜在作用 探究平滑肌细胞中PERK介导的未折叠蛋白反应在动脉粥样硬化斑块稳定性、平滑肌细胞表型转换和疾病进展中的作用 成年Ldlr-/-高胆固醇血症小鼠的平滑肌细胞谱系追踪细胞、原代小鼠平滑肌细胞以及人类颈动脉斑块样本 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、空间转录组学、基因敲除 NA 图像、文本 成年Ldlr-/-高胆固醇血症小鼠动脉粥样硬化斑块样本及人类颈动脉斑块样本,具体数量未在摘要中提及 10x Genomics 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、空间转录组学 10x Chromium、10x Xenium 10x Chromium用于单细胞RNA测序,10x Xenium用于空间转录组分析
26 2026-09-23
ENPP3 CAR T cells combined with CD206 modulation suppress adrenocortical carcinoma
2026-Jul-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 该研究利用肾上腺皮质癌(ACC)患者来源异种移植(PDX)模型识别免疫治疗靶点,发现ENPP3可作为CAR T细胞治疗靶点,并证明联合CD206+肿瘤相关巨噬细胞调节可克服肿瘤微环境免疫抑制,增强抗肿瘤效果。 首次将ENPP3鉴定为ACC的共享免疫治疗靶点,并开发ENPP3靶向CAR T细胞;提出联合CD206+ TAM调节以克服TME免疫抑制的新型组合策略。 ENPP3 CAR T细胞在PDX小鼠模型中单独疗效减弱;研究样本量有限(4/7 PDX表达ENPP3);尚未开展临床试验验证。 利用ACC PDX模型识别免疫治疗靶点并开发新型CAR T细胞策略。 肾上腺皮质癌(ACC)患者来源异种移植(PDX)模型及ACC患者的bulk和单细胞RNA测序数据。 digital pathology 肾上腺皮质癌 bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 流式细胞术, 表面蛋白质组学分析, CAR T细胞工程 CAR T细胞, PDX小鼠模型 文本, 图像 7例ACC PDX模型(其中4例表达ENPP3)及公开的ACC患者bulk和单细胞RNA测序数据 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
27 2026-09-23
Riemannian metric learning for alignment of spatial multiomics
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种名为Manifold Gromov-Wasserstein(MGW)的度量学习框架,用于对齐空间多组学数据,通过黎曼回拉度量和Gromov-Wasserstein最优传输实现跨模态空间对齐。 提出了MGW框架,利用空间多组学的乘积结构,通过神经场推断模态特定的黎曼回拉度量,并基于Gromov-Wasserstein最优传输对齐黎曼距离,实现了无需超参数的跨任意模态对齐,并具有正交变换和全局特征缩放的理论不变性。 摘要中未明确提及 limitations 解决空间多组学数据中不同模态(如转录组、表观组、蛋白质组、代谢组等)之间的空间对齐问题,特别是针对特征空间异质性的挑战。 小鼠胚胎的Stereo-Seq时空转录组、结直肠癌的Xenium和Visium空间转录组、人类纹状体和肾癌的空间代谢组-转录组数据。 空间多组学 结直肠癌, 肾癌 Stereo-Seq, Xenium, Visium, 空间代谢组学, 空间转录组学 神经场, Gromov-Wasserstein最优传输 空间多组学数据(图像和特征) NA NA 空间转录组学, 空间代谢组学 Stereo-Seq, Xenium, Visium NA
28 2026-09-23
Amaranth: enhanced single-cell transcript assembly via discriminative modelling of UMI reads and internal reads
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该论文开发了Amaranth,一种通过区分建模UMI reads和内部reads来增强单细胞转录本组装的新方法,并开发了Amaranth-meta整合跨细胞信息 首次区分建模UMI链接reads和内部reads,利用它们不同的生物学和统计特性(如链方向性、5'/3'覆盖偏差和基因组局部性)来实现更准确的组装,并开发了整合跨细胞信息的元组装方法 仅在Smart-seq3数据集上进行了基准测试,未在其他单细胞测序平台或协议上验证 解决单细胞RNA测序中从单个细胞准确重建全长转录本的核心挑战,实现单细胞转录组学的异构体水平分析 人类HEK293T细胞和小鼠成纤维细胞的Smart-seq3单细胞RNA测序数据 基因组学 NA 单细胞RNA测序 NA 测序reads 人类HEK293T细胞和小鼠成纤维细胞的Smart-seq3数据集,具体样本数量未明确提及 Illumina 单细胞RNA测序 Smart-seq3 Smart-seq3协议,结合UMI链接reads和内部reads
29 2026-09-23
LAML-Pro: joint maximum likelihood inference of cell genotypes and cell lineage trees
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该论文提出了一种名为LAML-Pro的算法,能够联合推断细胞基因型和细胞谱系树,以克服基因型错误对谱系树推断的影响 首次提出联合推断细胞基因型和细胞谱系树的算法,基于概率混合型缺失观测(PMMO)模型,同时建模基因组编辑和基因型观测过程,并利用PMMO模型下状态转移的稀疏性实现高效计算 未明确说明算法的具体局限性,但可能受限于所依赖的PMMO模型假设以及动态谱系追踪技术的特定数据特征 从单细胞测序或成像数据中准确推断细胞谱系树,通过联合推断细胞基因型和谱系树来纠正基因型错误,提高谱系树推断的准确性 动态谱系追踪技术产生的单细胞测序或成像数据,包括模拟数据和来自两个近期基于成像的谱系追踪系统的数据 机器学习 NA 单细胞测序, 成像 概率混合型缺失观测(PMMO)模型, 最大似然估计 图像, 文本 数千个细胞 NA NA NA NA
30 2026-09-23
Diffusion-based representation integration for foundation models improves spatial transcriptomics analysis
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出DRIFT框架,通过图扩散将空间上下文整合到基础模型的输入表示中,提升空间转录组数据分析性能 利用热核扩散在空间邻域上传播嵌入,将单细胞基础模型的转录组表征与空间转录组的局部邻域上下文结合,无需训练新的基础模型即可实现通用空间转录组分析 摘要中未明确提及局限性,但可能受限于所依赖的基础模型质量及空间图构建的准确性 弥补单细胞基础模型在空间转录组数据中缺乏空间信息利用的空白,实现跨任务通用的空间转录组分析 空间转录组数据及其衍生的空间图 空间转录组学,机器学习 NA 热核扩散,空间转录组学,单细胞RNA测序 基础模型 基因表达数据,空间图数据 NA NA single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics NA NA
31 2026-09-23
The autonomic nervous system-lung interface in experimental BPD: NPY modulates immune response, alveolar growth and vascular muscularizationin neonatal mice exposed to oxidative stress
2026-Jul-01, Respiratory research IF:4.7Q1
研究论文 本研究探讨了交感神经递质NPY在新生小鼠高氧性支气管肺发育不良模型中对免疫反应、肺泡生长和血管肌化的调控作用 首次揭示NPY在新生小鼠高氧性BPD模型中发挥双重作用:保护肺泡化同时促进免疫细胞招募和血管肌化,强调了自主神经系统-肺接口在肺成熟和损伤中的重要性 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类BPD中验证;未深入探讨NPY下游信号通路的具体分子机制 研究交感神经系统信号传导及NPY在高氧诱导的BPD模型中的作用 新生野生型小鼠和NPY基因敲除小鼠 NA 支气管肺发育不良 单细胞RNA测序,定量组织形态学分析 NA 基因表达数据,图像 新生野生型和NPY敲除小鼠在85%氧气或21%氧气中暴露至出生后14天(具体数量未提及) NA single-cell RNA-seq NA NA
32 2026-09-23
DiSPA: differential substructure-pathway attention for drug response prediction
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出DiSPA框架,通过差分子结构-通路注意力建模化学子结构与通路级基因表达之间的双向交互,用于药物反应预测 引入差分交叉注意力机制抑制虚假关联并增强上下文相关交互,实现化学子结构与通路级基因表达之间的双向建模,而非独立处理或仅在后期融合两种模态 差分注意力对预定义靶点相关通路的优先排序不构成机制验证,在外部数据集和跨数据集设置上的泛化仍需进一步验证,空间转录组学上的零样本应用缺乏真实标签验证 在精准医疗中实现准确的药物反应预测,捕捉特定化学子结构与细胞通路状态之间的交互关系 药物化学子结构与通路级基因表达数据 机器学习 癌症 NA 差分交叉注意力 化学结构、基因表达 NA NA NA NA NA
33 2026-09-23
Striping artifact removal in VisiumHD data through nuclear counts modeling
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该文提出一种基于细胞核分割的统计去条纹方法,利用负二项广义线性模型校正VisiumHD空间转录组数据中的条纹伪影 利用共配准H&E图像的细胞核分割信息,假设细胞核内转录本丰度恒定,以负二项分布建模bin计数,将均值分解为核特异性浓度与行列条纹因子的乘积,并在广义线性模型框架下联合拟合所有参数 方法依赖H&E图像的细胞核分割质量,且假设转录本丰度在细胞核内恒定,可能不适用于所有组织类型;仅在合成数据和四个公开VisiumHD切片上验证,缺乏更广泛的实验验证 去除VisiumHD空间转录组数据中的条纹伪影,同时更好地保留大规模全局计数结构中的生物学信号 VisiumHD空间转录组数据及其共配准的H&E图像 空间转录组学 NA 空间转录组学 广义线性模型、负二项分布模型 图像、计数矩阵 四张公开VisiumHD切片及合成数据 10x Genomics 空间转录组学 10x VisiumHD 2 µm × 2 µm分辨率空间转录组
34 2026-09-23
R4ST: a reference-guided graph-generative model for robust reconstruction of spatial transcriptomic profiles
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出R4ST,一个参考引导的图生成模型,利用scRNA-seq数据作为参考,通过图归纳和直推双学习通道来补全空间转录组数据中缺失的基因表达 首次采用参考引导的图生成模型,结合图归纳和直推双学习通道,充分利用空间局部和全局拓扑信息,实现从少量测量基因准确重建大规模基因表达谱 未明确说明 解决空间转录组技术中空间分辨率与转录组覆盖度之间的权衡问题,补全稀疏且不完整的基因表达谱 空间转录组数据和scRNA-seq参考数据 空间转录组学 不明确 空间转录组学 图生成模型 基因表达谱 多个不同平台的数据集 未明确说明 空间转录组学 未明确说明 未明确说明
35 2026-09-23
A dependency-aware deep generative model for inferring RNA velocity from spatial transcriptomics
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该文章提出了一种名为spaVelo的依赖感知深度生成模型,用于从空间转录组数据中推断RNA速率,以研究空间组织化的细胞状态转变 首次将空间依赖性显式地整合到RNA速率推断中,通过空间感知变分自编码器和空间调制转录缩放因子实现位点特异性和异质性动态建模 未明确提及 从空间转录组数据中推断RNA速率,以研究空间组织化的细胞状态转变和发育轨迹 空间转录组数据中的细胞或位点 机器学习,计算生物学,空间转录组学 NA 空间转录组学 变分自编码器(VAE),深度生成模型 空间转录组数据 多个模拟和真实数据集 NA 空间转录组学 NA NA
36 2026-09-23
A disentangled transformer-based transfer learning framework to predict patient drug response from tumor single-cell transcriptomics
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出了一种解耦的基于Transformer的迁移学习框架scTAPE,利用肿瘤单细胞转录组数据预测患者药物反应 首次在单细胞水平进行药物反应预测,采用解耦学习策略从匹配的bulk和单细胞表达谱中提取被混杂因素掩盖的内在药理信号,并通过预训练和微调范式实现跨域泛化 未明确提及 利用肿瘤单细胞转录组学预测患者药物反应,解决肿瘤内细胞异质性对治疗效果的制约 肿瘤单细胞转录组数据、细胞系数据、临床队列数据 机器学习 癌症 单细胞转录组学 Transformer 文本(表达谱数据) 细胞系数据集和两个独立临床队列 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
37 2026-09-23
Hematopoietic mosaic chromosomal alterations are pleiotropic drivers of inflammaging, multimorbidity, and mortality
2026-Jul-01, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 该研究在452,594名UK Biobank参与者中探讨了嵌合染色体改变(mCAs)作为克隆性造血的一种形式,对炎症衰老、多病共存和死亡率的驱动作用,并通过单细胞转录组学和小鼠模型验证了关键驱动基因 首次证明mCAs独立于CHIP驱动多病共存和死亡率;发现mCA-CHIP共现定义了一种协同升高死亡率的极高风险克隆状态;开发了细胞遗传带水平映射框架将大型mCAs解析为特定基因组位点和候选效应基因;通过功能验证优先确定了MYC(chr8增益)和S100A9(chr1增益)作为系统性炎症和多器官病理的关键驱动因子 摘要中未明确说明研究局限性 探究mCAs是否独立于CHIP促进疾病,以及其大规模基因组效应能否解析为可操作的靶点 452,594名UK Biobank参与者 机器学习, 数字病理学 多病共存, 衰老相关疾病, 心血管疾病 单细胞转录组学, 小鼠模型, 细胞遗传带水平映射 NA 基因组数据, 转录组数据, 图像 452,594名UK Biobank参与者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
38 2026-09-23
Aging increases ovarian cancer growth, metastasis, and immunosuppression that can be alleviated by inhibiting hedgehog signaling
2026-Jul-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究利用年轻与年老小鼠的原位同基因卵巢癌模型,结合空间转录组学,揭示衰老通过Hedgehog信号通路促进肿瘤生长、转移和免疫抑制,并证明抑制Hedgehog信号可缓解这些效应 首次在两种不同细胞来源(卵巢表面上皮和输卵管来源)的原位同基因模型中系统比较年轻与年老宿主的肿瘤进展差异;发现卵泡耗竭不能重现衰老效应,说明其机制超越激素下降;通过空间转录组学揭示衰老依赖的瘤内异质性及Hedgehog信号在CD45细胞中的富集;提出Hedgehog抑制作为绝经后或Hedgehog激活型卵巢癌的免疫调节策略 摘要中未明确提及研究局限性 探究衰老如何影响卵巢癌进展及免疫微环境,并评估抑制Hedgehog信号作为治疗策略的可行性 年轻与年老小鼠的原位同基因卵巢癌模型(卵巢表面上皮来源和输卵管来源),以及人类卵巢癌数据 数字病理学, 机器学习 卵巢癌 空间转录组学 NA 图像, 文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
39 2026-09-21
Long-read RNA-seq maps the isoform landscape of the trigeminal ganglion in an allergic rhinitis mouse model
2026-Jul-30, BMC genomics IF:3.5Q2
研究论文 该研究结合长读长和短读长RNA-seq技术,全面绘制了过敏性鼻炎小鼠模型中三叉神经节的全长转录组图谱 发现了25,988个高置信度全长异构体,其中29.02%为参考数据库中不存在的新异构体,并揭示了过敏性鼻炎中可变剪接在细胞类型特异性中的关键作用 长读长测序定量能力有限,需结合短读长测序进行互补分析 全面解析过敏性鼻炎小鼠模型中三叉神经节的转录组异构体图谱,探索感觉神经元改变与过敏性鼻炎之间的相互作用 过敏性鼻炎小鼠模型的三叉神经节 转录组学 过敏性鼻炎 长读长RNA-seq, 短读长RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA RNA序列数据 NA NA 长读长RNA-seq, 短读长RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
40 2026-09-21
Sensory nerve-derived signaling coordinates oropharyngeal structural organization that supports suckling and vocalization in neonatal mice
2026-Jul-14, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该研究通过单细胞和空间转录组学揭示三叉神经来源的GDF11信号通过颅神经嵴来源的肌束膜细胞和Akt-FoxO1-Thbs3通路调控软腭肌肉结构组织,从而支持新生儿小鼠的吸吮和发声功能 首次发现感觉神经来源的GDF11是软腭肌肉结构的关键调控因子,通过颅神经嵴来源的肌束膜细胞和Akt-FoxO1-Thbs3信号通路介导,建立肌肉结构完整性和双侧连续性;揭示了感觉神经来源的营养信号在口咽形态发生和功能中的不可或缺作用 摘要中未明确提及研究局限性 探究神经肌肉结构如何在发育过程中协调以支持口咽功能,以及感觉神经来源信号在口咽形态发生中的作用 新生儿小鼠的口咽区域,包括软腭、口咽肌肉组织和颅神经 空间转录组学, 单细胞转录组学 先天性口咽疾病 单细胞转录组测序, 空间转录组测序 NA 转录组数据, 图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
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