单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 814 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2026-08-01 |
CCR5 drives glucose metabolic reprogramming to control microglial synaptic pruning via histone lactylation in a mouse model of depression
2026-Jul-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117749
PMID:42531126
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和慢性社交挫败应激小鼠模型，揭示了CCR5通过组蛋白乳酸化驱动小胶质细胞代谢重编程，从而控制突触修剪并影响抑郁样行为 | 首次发现CCR5通过结合VHL稳定HIF-1α，促进小胶质细胞有氧糖酵解，导致乳酸积累并驱动组蛋白H4K12乳酸化，进而调控补体基因表达和突触修剪，揭示了一条免疫-代谢-转录调控轴 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本仅用于初步验证CCL5-CCR5轴上调，其机制在人类中的直接证据有限 | 探究抑郁症中小胶质细胞激活的触发因素及其下游信号通路 | 人类血液样本和慢性社交挫败应激小鼠模型中的小胶质细胞 | 机器学习 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序、基因组广泛分析、糖酵解抑制和乳酸补充实验 | NA | 基因表达数据、表观基因组数据 | 人类血液样本（具体数量未提及）；小鼠模型（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 322 | 2026-08-01 |
Single-cell transcriptomic integrated with machine learning reveals human retinal cell-specific biomarkers in diabetic retinopathy
2026-Jul-28, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddag069
PMID:42531047
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学和机器学习方法，揭示糖尿病视网膜病变中人类视网膜细胞特异性生物标志物 | 构建了首个中国糖尿病患者视网膜的单细胞转录组图谱，并集成机器学习框架（L1正则化逻辑回归、递归特征消除和稳定性选择）来优先筛选细胞类型特异性候选标志物 | 未在摘要中明确提及局限性 | 表征糖尿病和糖尿病视网膜病变中视网膜细胞类型的转录变化，并识别与疾病相关的候选生物标志物 | 来自13名中国捐献者20只眼睛的297121个高质量视网膜细胞，包括非糖尿病对照、无视网膜病变的糖尿病和糖尿病视网膜病变样本 | 单细胞转录组学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | L1正则化逻辑回归、递归特征消除、稳定性选择 | 单细胞转录组数据 | 297121个细胞，来自20只眼睛、13名捐献者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 323 | 2026-08-01 |
Pasta, a Versatile Transcriptomic Clock, Maps the Chemical and Genetic Determinants of Aging and Rejuvenation
2026-Jul-27, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76740
PMID:42505084
|
研究论文 | 开发了名为Pasta的通用转录组时钟，用于绘制衰老和年轻化的化学及遗传决定因素 | 引入新颖的“年龄偏移”学习框架，构建了跨组织、跨数据类型（如bulk和单细胞RNA-Seq及微阵列数据）稳健适用的转录组衰老时钟 | 未在摘要中明确提及 | 开发和验证一种广泛适用且易于获取的转录组衰老时钟，以追踪生物年龄并识别衰老调节化合物和遗传干扰 | 人类多种组织和细胞类型，包括癌细胞系和人类细胞 | 机器学习 | 年龄相关疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 微阵列 | 转录组衰老时钟（可能使用回归模型） | 转录组数据 | 超过三百万个转录组（来自Connectivity Map L1000数据集） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 324 | 2026-08-01 |
Evaluation of chromatin accessibility in cultured fetal hypothalamic neuroprogenitors following maternal protein restriction in rats
2026-Jul-27, Cells & development
IF:2.1Q3
DOI:10.1016/j.cdev.2026.204100
PMID:42508643
|
研究论文 | 本研究通过ATAC-seq技术评估母体蛋白质限制对大鼠胎儿下丘脑神经祖细胞染色质可及性的影响，并整合RNA-seq和单细胞数据探索其调控机制 | 首次在胎儿下丘脑神经祖细胞中揭示母体蛋白质限制导致的染色质可及性变化，并整合多组学数据关联特定细胞亚群 | 除少数基因外，染色质可及性差异与邻近基因表达变化关联不显著，提示其他调控机制可能参与 | 探究母体蛋白质限制对胎儿下丘脑神经祖细胞染色质可及性的影响及其对神经发育和代谢编程的潜在机制 | 妊娠第17天大鼠胎儿的下丘脑神经祖细胞 | 表观遗传学 | 神经代谢疾病 | ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因组序列数据 | 母体蛋白质限制组和对照组的大鼠胎儿下丘脑神经祖细胞样本 | NA | ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 325 | 2026-08-01 |
Cohesin haploinsufficiency and inv(16) cooperate to reinforce Fli1 gene transcriptional programs during acute myeloid leukemia initiation and maintenance
2026-Jul-27, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-026-03070-6
PMID:42509256
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型发现，粘合素亚基Smc3的单倍剂量不足与inv(16)协同作用，通过增强Fli1基因转录程序促进急性髓系白血病的发生和维持 | 首次揭示粘合素单倍剂量不足与inv(16)在AML中协同增强疾病恶性程度，并识别Fli1为粘合素突变AML的潜在治疗靶点 | 研究基于小鼠模型，需在人类样本中进一步验证；未深入探讨粘合素缺失影响Fli1表达的具体分子机制 | 探究粘合素突变与inv(16)在急性髓系白血病发生和维持中的协同作用及其机制 | inv(16)小鼠模型、Smc3单倍剂量不足小鼠、造血干细胞和祖细胞、白血病细胞 | 癌症生物学、基因组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序、染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 小鼠模型，具体数量未在摘要中提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于单细胞RNA测序，具体配置未详述 |
| 326 | 2026-08-01 |
Mucosal BCG vaccination reprograms lung interstitial macrophages and enhances antimicrobial defense in mice
2026-Jul-26, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2026.100391
PMID:42503329
|
研究论文 | 本研究探讨了黏膜BCG疫苗接种如何重编程小鼠肺间质巨噬细胞并增强抗微生物防御能力 | 首次揭示疫苗给药途径决定肺巨噬细胞亚群的重编程，且黏膜（气管内）BCG疫苗优先重编程间质巨噬细胞，形成与CD4 T细胞的空间免疫枢纽，并增强对结核分枝杆菌和铜绿假单胞菌的保护 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本；未详细探讨间质巨噬细胞重编程的长期持久性及潜在副作用 | 阐明BCG疫苗接种后肺巨噬细胞亚群（尤其是间质巨噬细胞）的重编程机制，并评估不同给药途径对疫苗效力的影响 | 小鼠肺巨噬细胞（肺泡巨噬细胞和间质巨噬细胞） | 免疫学 | 结核病 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 未明确具体样本量，涉及小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序，10x Visium空间转录组学 |
| 327 | 2026-08-01 |
Xist-mediated B cell modulation: Implications for immune dysregulation in T1DM
2026-Jul-23, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2026.168376
PMID:42492838
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和分子实验，探讨了长链非编码RNA Xist在1型糖尿病中调控B细胞免疫应答的机制 | 首次揭示Xist通过HDAC3介导的表观遗传途径调节B细胞活化和抗原呈递，促进CD8+ T细胞激活及胰岛炎症，为T1DM的免疫调控提供新靶点 | 研究主要基于NOD小鼠模型，其结论在人类T1DM中的适用性尚需验证；未涉及其他免疫细胞类型的全面互作分析 | 研究Xist在T1DM进展中如何调控胰岛B细胞免疫微环境，并评估其作为治疗靶点的潜力 | 非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的胰岛免疫细胞，特别是B细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序、RNA pull-down、RNA免疫沉淀、ChIP-qPCR、慢病毒干预 | NOD小鼠模型、体外共培养系统 | 单细胞转录组数据、表观遗传修饰数据 | 未明确样本量，涉及NOD小鼠胰岛组织及体外细胞共培养 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 328 | 2026-08-01 |
Senescent cell heterogeneity in brain aging and neurodegenerative disease
2026-Jul-21, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2026.06.020
PMID:42480535
|
综述 | 本文综述了脑衰老和神经退行性疾病中衰老细胞的异质性，探讨其来源、分子特征、功能结果及影响因素，并展望空间组学和多模态分析的应用 | 将衰老从静态命运重新定义为受环境线索影响的动态轨迹，并整合单细胞转录组学和空间组学技术来研究脑细胞衰老的异质性 | 未提供具体实验数据，可能缺乏对衰老细胞异质性机制的深入验证 | 阐述脑细胞衰老异质性的关键枢纽，并强调多模态分子分析与功能研究结合的必要性 | 脑衰老和神经退行性疾病中的衰老细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞转录组学,空间组学 | NA | NA |
| 329 | 2026-08-01 |
Research Progress on Preparation, Transformation and Application of Protoplasts Derived from Medicinal Plants
2026-Jul-21, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants15142227
PMID:42514594
|
review | 本文综述了药用植物原生质体制备、转化及应用的最新进展，重点探讨影响制备的因素及其在基因功能验证、基因编辑和单细胞测序等领域的应用价值 | 系统总结了药用植物原生质体制备的多因素优化策略，并强调了其在基因编辑和单细胞测序中的新型应用，为药用植物研究提供了综合参考 | 未提及具体的技术挑战或研究空白，可能缺乏对实际操作细节的深入讨论 | 为药用植物的遗传改良、种质资源育种及活性物质调控提供指导，推动植物科学研究 | 药用植物来源的原生质体 | 植物科学 | NA | 原生质体制备与转化技术 | NA | 文献资料 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 330 | 2026-08-01 |
Single-cell transcriptome analysis in ovarian steroid cell tumors-not otherwise specified
2026-Jul-17, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-026-02137-3
PMID:42469914
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示卵巢类固醇细胞肿瘤非特指型的细胞异质性和分子机制 | 首次构建卵巢SCT-NOS的单细胞转录组图谱，识别出七个细胞类型，包括四个表达角蛋白19的类固醇生成细胞亚型，并揭示了肿瘤微环境中的主要免疫细胞类型 | 仅基于单一病例，研究结果可能难以推广到更广泛的SCT-NOS患者群体 | 阐明卵巢SCT-NOS的病理生理机制，提供细胞异质性见解，以增强对该疾病的理解并促进进一步研究 | 一名41岁高雄激素血症女性患者，经组织病理学确认为卵巢SCT-NOS | 单细胞转录组学 | 卵巢类固醇细胞肿瘤非特指型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例卵巢SCT-NOS肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 331 | 2026-08-01 |
A Rho GTPase-related gene signature predicts prognosis and reveals an immunosuppressive microenvironment in lung adenocarcinoma: an integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data
2026-Jul-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-62707-9
PMID:42469385
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，构建并验证了一个基于Rho GTP酶相关基因的肺腺癌预后模型，并揭示了免疫抑制性微环境 | 首次构建了基于四个Rho GTP酶相关基因（CCT6A、PLK1、DSG2、PCDH7）的肺腺癌预后模型，并结合单细胞RNA测序分析揭示了这些基因在细胞发育轨迹中的动态表达 | 研究基于公共数据库的数据，缺乏实验验证，且预后模型的临床适用性需要进一步验证 | 构建并验证一个基于Rho GTP酶相关基因的肺腺癌预后模型，并探索其生物学意义 | 肺腺癌患者 | 基因组学 | 肺腺癌 | RNA测序 | Cox回归模型和LASSO分析 | 转录组和单细胞RNA测序数据 | 5,420个差异表达基因，233个候选基因，4个预后基因 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 332 | 2026-08-01 |
Air-Liquid interface midbrain organoids model the pathological features of Parkinson's disease
2026-Jul-17, Neuroscience
IF:2.9Q2
|
研究论文 | 本文介绍了一种空气-液体界面切片培养系统，用于延长中脑类器官的培养时间，实现小胶质细胞整合、改善神经元活力和功能成熟，并模拟帕金森病的病理特征 | 提出空气-液体界面切片培养系统，解决了传统中脑类器官缺乏小胶质细胞和成熟过程中出现坏死核心的问题，实现了更一致的神经祖细胞整合和功能性神经网络活动 | 摘要中未提及局限性 | 开发一种更生理相关的中脑类器官模型，用于研究帕金森病的细胞机制和支持未来治疗策略 | 人诱导多能干细胞来源的中脑类器官 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序、3D微电极阵列记录 | 类器官 | 基因表达数据、电生理数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 333 | 2026-08-01 |
A Multicenter Integrative Cohort Characterizing the Genetic, Clinical, and Transcriptomic Features of ACP5 Deficiency
2026-Jul-16, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70279
PMID:42459138
|
研究论文 | 本研究系统评估了ACP5缺乏症（SPENCDI）的遗传景观、临床特征、治疗和转录组学，发现新的致病变异并揭示单核细胞在炎症中的关键作用 | 首次整合多中心队列并识别五个新的ACP5致病性变异，同时结合批量与单细胞RNA测序揭示IFN信号通路在SPENCDI中的上调及单核细胞-自然杀伤细胞间增强的IFNγ信号交互 | 样本量相对较小，且缺少对JAK抑制剂长期疗效的评估 | 全面描述ACP5缺乏症的遗传、临床和转录组学特征，为诊断和治疗提供新见解 | 来自埃及和中国的17名ACP5缺乏症患者 | 基因组学 | 免疫缺陷病 | 全外显子测序、批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组、转录组、临床数据 | 17名患者 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 334 | 2026-08-01 |
Downregulated HIPK2 Expression in T Cells Is Associated with Occult Hepatitis B Virus Infection
2026-Jul-12, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14071523
PMID:42514028
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，发现T细胞中HIPK2表达下调与隐匿性乙型肝炎病毒感染相关 | 首次揭示隐匿性乙型肝炎病毒感染中T细胞HIPK2表达的转录组特征，并初步探讨其作为生物标志物的潜力 | 样本量较小，且仅基于外周血单个细胞转录组分析，HIPK2的临床生物标志物价值需进一步验证 | 探索隐匿性乙型肝炎病毒感染者免疫细胞的转录组特征，寻找可靠的生物标志物 | 出生于1987-1993年并接种乙肝疫苗的个体外周血免疫细胞，分为OBI、ICHC和健康对照组 | 转录组学 | 隐匿性乙型肝炎病毒感染 | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 15名受试者 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 335 | 2026-08-01 |
KNOX1 Transcription Factors in Plants with a Special Focus on Horticultural Crops: A Review
2026-Jul-09, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants15142127
PMID:42514495
|
综述 | 本文综述了KNOX1转录因子在园艺作物中的功能，涵盖结构保守性、进化动态及调控网络，并提出应用瓶颈和未来研究方向 | 重点强调了KNOX1在葫芦科下位子房发育、番茄叶绿体模式和马铃薯块茎形态发生中的最新突破，并提出了四个优先研究策略，包括单细胞和空间转录组图谱构建、组织特异性CRISPR编辑、跨物种进化发育比较和田间试验 | 关键瓶颈包括调控网络碎片化、多年生木本植物转化困难、分类覆盖不均以及缺乏多环境田间验证 | 综合KNOX1在园艺作物中的功能，并确定加速其分子设计育种的优先战略 | 园艺作物中的KNOX1转录因子及其在植物结构、叶片形态、花发育、果实形成、贮藏器官和逆境抗性中的作用 | 分子生物学, 植物科学 | NA | 单细胞转录组, 空间转录组, CRISPR/Cas9编辑 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞转录组, 空间转录组 | NA | NA |
| 336 | 2026-08-01 |
From Food Contaminant to Therapeutic Target: Identification of KCNE2 and 5-Azacytidine for Gastric Cancer via Multi-Omics, Machine Learning, and In Vitro Validation
2026-Jul-09, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph19071060
PMID:42515741
|
研究论文 | 本研究利用多组学、机器学习和体外验证，从食品污染物苯并[a]芘的角度，识别出KCNE2和5-氮杂胞苷作为胃癌的治疗靶点和重定位药物 | 创新性地将食品污染物苯并[a]芘作为网络毒理学查询，整合多组学、机器学习（随机森林、LASSO、SVM-RFE）和实验验证，发现KCNE2作为保护因子及5-氮杂胞苷作为潜在治疗药物 | 研究主要基于计算预测和体外实验，缺乏体内模型和临床样本验证，且单细胞转录组分析为描述性 | 利用苯并[a]芘作为查询，通过整合策略识别胃癌的治疗靶点和重定位药物 | 胃癌相关基因、苯并[a]芘相关靶点、KCNE2、SULF1、TIMP1、DNMT1、DNMT3A | 机器学习 | 胃癌 | 多组学, 机器学习, 分子对接, 动力学模拟, 单细胞转录组学 | 随机森林, LASSO, SVM-RFE, 逻辑回归 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质结构数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 甲基化测序 | NA | NA |
| 337 | 2026-08-01 |
Vaccine Therapy for the Management of Penile Cancer: Evidence, Opportunities and Challenges
2026-Jul-06, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines14070597
PMID:42506634
|
综述 | 本综述探讨了阴茎癌疫苗治疗的原理、现有证据、机遇与挑战，重点讨论了HPV衍生抗原、新生抗原及多种疫苗平台，并展望了未来个性化疫苗开发方向 | 强调了将治疗性疫苗与免疫检查点阻断等免疫调节方法结合的策略，并提及空间转录组学、单细胞RNA测序、人工智能辅助抗原预测和纳米技术递送系统等新技术在个性化疫苗开发中的应用潜力 | 治疗性癌症疫苗在阴茎鳞状细胞癌中作为单一疗法尚未显示一致的临床疗效，仍处于研究阶段 | 总结阴茎癌疫苗开发的原理、现有平台和未来方向，评估其作为免疫治疗策略的潜力和挑战 | 阴茎鳞状细胞癌及其疫苗治疗策略 | 数字病理学 | 阴茎癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 338 | 2026-08-01 |
Imaging-anchored multiomics in cardiovascular disease: integrating cardiac imaging, bulk, single-cell, and spatial transcriptomics
2026-Jul-03, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag365
PMID:42525854
|
综述 | 本文综述了心血管疾病中成像锚定的多组学方法，整合心脏成像、批量、单细胞和空间转录组学，探讨联合表示和多模态融合策略 | 提出成像锚定的多组学视角，将超声心动图、CMR和CT定义的心脏空间表型与转录组和空间分子状态整合，并系统比较多模态融合策略，包括放射基因组学、空间对齐和基于图像的基因表达预测 | 成本、可扩展性和组织可用性是心血管翻译的主要障碍，且验证要求、限制和失败模式尚未完全解决 | 探索将心脏成像与批量、单细胞和空间转录组学整合的联合表示方法，以促进心血管疾病的综合理解 | 人类心肌和动脉粥样硬化斑块 | 多组学、医学影像 | 心血管疾病 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 | 基础模型（多模态医学基础模型） | 成像数据（超声心动图、CMR、CT）、转录组数据（批量、单细胞、空间） | NA | NA | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 339 | 2026-08-01 |
PromptSTG: prototype-guided prompting for few-shot spatial transcriptomics annotation
2026-Jul-03, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag401
PMID:42525855
|
研究论文 | 提出PromptSTG，一种基于图的原型引导少样本学习框架，用于单细胞分辨率空间转录组数据的细胞类型注释 | 结合空间信息和转录组特征建模生物学上连贯的细胞邻域，并通过原型引导提示实现从少量标记细胞到大量未标记细胞的精确标签传播 | 未提及 | 解决空间转录组数据中细胞类型注释在标签稀缺和注释成本高时的准确性问题，特别是在肿瘤微环境等复杂组织中 | 基于图的空间转录组数据，细胞类型注释，包括罕见细胞群（如未成熟少突胶质细胞和室管膜细胞） | 机器学习 | 肿瘤 | 空间转录组测序 | 少样本学习框架、图模型 | 空间转录组数据 | 跨越多个空间转录组平台和组织类型的广泛基准数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 340 | 2026-08-01 |
scHashFormer: a hash-driven graph transformer for scalable scRNA-seq clustering
2026-Jul-03, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag402
PMID:42525856
|
研究论文 | 提出了一种基于哈希驱动的图变换器scHashFormer，用于可扩展的单细胞RNA测序聚类分析 | 引入了新颖的哈希编码器，具有可学习的哈希窗口大小，并通过自监督学习训练，使相似的细胞获得相同的哈希码，从而构建令牌序列，避免了传统基于相似性的邻居选择方法的高计算开销和对度量质量的敏感性 | 未明确讨论方法的局限性 | 开发一种高效且可扩展的单细胞RNA测序聚类方法，提高聚类效果和下游分析性能 | 多个单细胞RNA测序数据集中的细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 单细胞RNA测序表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |