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当前共找到 814 篇文献,本页显示第 261 - 280 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
261 2026-08-09
Integrating Bulk and Single-Cell RNA Sequencing to Identify Prognostic Genes Associated with Adaptive Immunity and the Tumor Microenvironment in Cholangiocarcinoma for Risk Model Construction
2026-Jul, Immunobiology IF:2.5Q3
研究论文 通过整合批量与单细胞RNA测序数据,识别与胆管癌适应性和肿瘤微环境相关的预后基因,并构建风险模型 本研究首次将适应性免疫反应相关基因与肿瘤微环境组成相结合,用于胆管癌的预后分层,并揭示了免疫细胞中心机制和瘤内微生物群的影响 所有数据均来自公开资源,可能引入批次效应或异质性;风险模型的临床适用性需进一步验证 探讨适应性免疫反应如何影响胆管癌的肿瘤微环境和预后,并构建预后风险模型 胆管癌患者的肿瘤与正常组织样本,以及肿瘤微环境中的免疫细胞(如巨噬细胞) 生物信息学、基因组学 胆管癌 批量RNA测序、单细胞RNA测序 Cox回归风险模型、列线图(Nomogram) 转录组数据(基因表达数据) 公开数据集中的胆管癌患者样本(具体数量未在标题和摘要中提供) NA 批量RNA测序、单细胞RNA测序 NA NA
262 2026-08-09
Longitudinal Evolution and Cellular Plasticity in Meningioma: Insights From Single-Cell Transcriptomics
2026-Jul, Brain tumor research and treatment
综述 本文综述了脑膜瘤纵向演化、细胞可塑性、分子亚型转变及微环境重塑的最新证据,并基于单细胞转录组学探讨复发机制 整合了纵向单核RNA测序数据,揭示复发脑膜瘤中增殖、DNA修复和细胞外基质程序的富集,以及多向转录轨迹而非简单线性进展 所提出的基因-巨噬细胞相互作用证据主要基于相关性分析,且可能受原发与复发采样间治疗干预的影响 总结复发脑膜瘤纵向演化和细胞可塑性的研究进展,明确关键局限和未来研究方向 脑膜瘤,包括原发和复发性肿瘤样本 基因组学, 单细胞转录组学 脑膜瘤 单核RNA测序, 甲基化测序, 转录组测序 NA 基因表达数据, 甲基化数据 未明确,综述提及匹配的原发和复发样本 NA 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 NA NA
263 2026-08-09
Multi-Omics Analysis Reveals Abnormal Metabolism of Lysophosphatidylinositol in Nasal Polyp
2026-Jul, Allergy, asthma & immunology research
研究论文 通过多组学分析揭示鼻息肉中溶血磷脂酰肌醇的异常代谢 首次整合脂质组学和单细胞转录组学,发现LPI代谢轴与嗜酸性粒细胞激活相关,为CRSwNP的发病机制和内分型提供新见解 样本量相对较小,且未进行功能验证实验 探讨慢性鼻窦炎伴鼻息肉组织中脂质代谢的特征 鼻息肉患者和健康对照者的鼻黏膜组织 多组学、脂质组学、单细胞转录组学 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 脂质组学、单细胞转录组学、免疫荧光染色、Western blot NA 质谱数据、单细胞转录组数据、图像 32例鼻息肉患者和20例健康对照者的鼻黏膜组织 NA 脂质组学、单细胞RNA测序 NA NA
264 2026-08-08
Impaired NADH-linked mitochondrial respiration disrupts ventral midbrain neuronal programs in POLG disease
2026-Jul-31, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究使用患者来源的中脑类器官和单细胞RNA测序,探讨POLG突变如何改变线粒体和神经元程序,并评估烟酰胺核苷治疗的效果 首次在亚型分辨率下揭示POLG突变对中脑多巴胺能神经元和腹侧中脑神经元的转录影响,并发现NR治疗可部分恢复线粒体和突触相关转录程序 基于类器官模型,可能无法完全反映体内复杂环境;未涉及蛋白质水平验证 阐明POLG相关线粒体疾病中细胞类型特异性机制,并探索NAD+代谢调节的治疗潜力 患者来源的中脑类器官中的多巴胺能神经元亚群(尤其是DA2神经元)和腹侧中脑神经元 神经科学 POLG相关线粒体疾病 单细胞RNA测序 类器官模型 单细胞转录组数据 患者来源的POLG中脑类器官(具体数量未在标题和摘要中提供) NA 单细胞RNA测序 NA NA
265 2026-08-08
Neuroglobin expression and function: lessons from single cell transcriptome data and a mouse knock-out model
2026-Jul-30, Neuroscience IF:2.9Q2
研究论文 本研究通过单细胞转录组数据和新生成的小鼠敲除模型,探讨了神经球蛋白的表达模式及其功能。 首次利用LacZ报告基因敲除小鼠模型结合公共单细胞RNA-Seq数据,揭示了神经球蛋白在脑内主要表达于下丘脑肽能神经元,并发现其在非神经组织的肌成纤维细胞中表达。 敲除小鼠在无应激条件下无明显表型,且未进行行为学或胁迫实验以验证神经球蛋白与情绪行为的关联。 明确神经球蛋白的表达细胞类型和位点,并测试其在体内的功能假说。 小鼠模型(Ngb-KO和对照)及多个组织的单细胞转录组数据。 基因表达和神经科学 NA 单细胞RNA-Seq、bulk RNA-Seq、基因敲除 NA 转录组数据(单细胞和bulk) 二十种小鼠组织的单细胞数据,以及下丘脑bulk RNA-Seq数据(具体样本量未在摘要中提及) NA 单细胞RNA-Seq、bulk RNA-Seq NA NA
266 2026-08-08
Interaction between p-AMPK and RIPK3 reveals a mechanism by which AdipoAI suppresses necroptosis to attenuate periodontitis
2026-Jul-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究揭示了AdipoAI通过p-AMPK与RIPK3相互作用抑制牙龈成纤维细胞坏死性凋亡从而减轻牙周炎的机制 首次揭示AdipoAI通过p-AMPK介导的RIPK3调控抑制GF坏死性凋亡的新机制 未明确提及 探究牙周炎中坏死性凋亡的分子机制及AdipoAI的治疗潜力 人牙周组织、牙龈成纤维细胞(hGFs)、小鼠实验性牙周炎模型 机器学习 牙周炎 单细胞RNA测序、分子对接、免疫共沉淀、免疫荧光、Western blotting、流式细胞术、透射电子显微镜 NA 单细胞测序数据、图像、实验数据 人牙周组织样本,小鼠模型,hGFs细胞样本(具体数量未提供) NA 单细胞RNA-seq NA NA
267 2026-08-08
Integrated analysis of scRNA-seq and TCR-seq on T cells in aneurysmal subarachnoid hemorrhage: A descriptive, hypothesis-generating case study
2026-Jul-24, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 对2名动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者的脑脊液和外周血中T细胞进行单细胞RNA测序和T细胞受体测序的综合分析,构建高分辨率单细胞图谱并生成研究假设 首次对动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者脑脊液和外周血中的T细胞进行整合的scRNA-seq和TCR-seq分析,揭示了局部和全身T细胞反应差异 仅基于2名患者,样本量极小且无独立队列验证,结果无法推广至所有SAH患者;属于描述性、假设生成性研究,未探讨因果机制 描述动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者脑脊液和外周血中T细胞的转录组和TCR谱,生成未来机制研究的假设 2名男性动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者发病后第7天的脑脊液和外周血中的T细胞,以及8名健康个体的公共脑脊液scRNA-seq数据 单细胞组学 动脉瘤性蛛网膜下腔出血 单细胞RNA测序、T细胞受体测序 NA 单细胞转录组数据、TCR序列数据 2名患者(6058个T细胞用于scRNA-seq,5008个T细胞用于TCR-seq)和8名健康个体公共数据 NA 单细胞RNA测序、TCR测序 NA NA
268 2026-08-08
Integrating single-cell and bulk transcriptomic perturbation resources reveals complementary therapeutic spaces for drug repurposing
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
research paper 开发了CDRPipe这一统一框架,整合单细胞和批量转录组扰动资源以进行药物重定位,扩展了治疗覆盖范围并识别出高置信度的候选药物 首次将大规模单细胞RNA测序数据生成的伪批量扰动特征与微阵列扰动数据(CMap)进行整合,用于药物重定位,并揭示了不同技术来源的互补性 药物库组成和临床注释覆盖率的差异可能影响性能比较;恢复的药物重叠率低可能部分反映技术差异而非生物学信号;研究仍需进一步验证预测候选药物的有效性 利用整合的转录组扰动数据提高药物重定位的稳健性和可解释性 药物扰动特征、疾病特征及已知药物-疾病关联 机器学习和计算生物学 自身免疫病和子宫内膜异位症 转录组学数据整合和预测 无特定模型,主要采用基于秩的连通性评分和零模型 微阵列和单细胞RNA测序转录组数据 包含1968个CMap微阵列实验和56782个Tahoe-100M单细胞实验以及233个疾病特征 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
269 2026-08-08
Computational analysis in spatial transcriptomics: methods and perspectives
2026-Jul-03, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文综述了空间转录组学数据计算分析方法的现状,涵盖数据存储、预处理、分辨率增强及下游分析等关键方面 系统性地梳理了空间转录组计算分析的全流程方法,并特别关注高分辨率空间转录组平台相关的计算方法的未来方向 未提及具体局限性 为研究人员应用空间转录组数据分析策略提供清晰、结构化的指导 空间转录组学数据及其计算方法 生物信息学 不适用 空间转录组学 不适用 空间转录组数据 不适用 不适用 空间转录组学 不适用 不适用
270 2026-08-08
Molecular pathology of intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas: current understanding and perspectives on malignant progression
2026-07, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1
综述 本文综述了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤的分子病理学,重点探讨其恶性进展机制 综合了近年单细胞测序、空间转录组学等先进技术对IPMN病理生理的新认识 未提及具体局限性 总结IPMN发生发展的分子和细胞景观,特别强调驱动恶性进展的机制 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN) 分子病理学 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤 下一代测序、质谱分析、单细胞测序、空间转录组学 基因工程小鼠模型 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、微生物组数据 不适用 不适用 单细胞RNA测序、空间转录组学 不适用 不适用
271 2026-08-03
Decoding Cardiac Development and Maturation at Single-Cell and Spatial Transcriptomic Resolution
2026-Jul-31, Circulation research IF:16.5Q1
综述 本文综述了单细胞和空间转录组学在心脏发育和成熟研究中的关键发现与局限性,并讨论了整合方法和先进计算工具如何重新定义心脏发生的分子和空间逻辑。 强调了空间转录组学作为单细胞分析的补充,能够保留组织架构并揭示基因表达在解剖背景下的组织方式,并提出了整合方法以重建心脏形成的空间分辨轨迹。 尚未解决的关键问题包括罕见祖细胞群的定位与功能,以及心肌细胞成熟和再生能力丧失的机制。 综述单细胞和空间转录组学研究心脏发育和成熟的最新进展,并探讨整合分析与计算工具如何推动心脏发生的理解。 心脏发育和成熟过程中的细胞类型、祖细胞群、心肌细胞以及基因调控网络。 单细胞转录组学、空间转录组学、心脏发育生物学 NA 单细胞转录组学、空间转录组学 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
272 2026-08-03
Chronic paternal exposure to low-dose OBS reprograms progeny's intestinal cholesterol metabolism and increases IBD susceptibility
2026-Jul-29, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
研究论文 该研究利用小鼠模型发现父亲慢性低剂量接触OBS会通过诱导精子中Clock基因启动子高甲基化,下调后代结肠CLOCK-ABCA1轴,损害胆固醇外流,增加后代对DSS诱导结肠炎的易感性,并在临床队列中验证了该通路与IBD发病的关联 首次揭示了新型PFAS替代品OBS的父系跨代遗传毒性,通过多组学整合分析确定了表观遗传修饰(Clock启动子高甲基化)作为因果机制,并在临床样本中验证了CLOCK-ABCA1通路在IBD中的作用 摘要未明确提及研究局限性 阐明父亲慢性低剂量OBS暴露对后代肠道胆固醇代谢和IBD易感性的跨代影响及其表观遗传机制 小鼠模型(父代及后代)、临床队列样本(用于验证结肠组织) 表观遗传学、毒理学、肠道生物学 炎症性肠病(IBD) DNA甲基化测序、转录组测序、宏基因组测序、ChIP-seq、代谢组学、单细胞转录组学、多色免疫组化 NA 多组学数据(DNA甲基化、转录组、宏基因组、ChIP-seq、代谢组)、单细胞转录组、组织图像 摘要未提供具体样本量 10x Genomics 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 10x Chromium 单细胞转录组测序(具体配置未提及)
273 2026-08-03
The TFDP2-PDK3 axis drives glucose metabolic reprogramming to promote radioresistance in nasopharyngeal carcinoma
2026-Jul-28, Radiotherapy and oncology : journal of the European Society for Therapeutic Radiology and Oncology IF:4.9Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和预建立的放射抗性细胞模型,揭示了TFDP2-PDK3轴通过驱动葡萄糖代谢重编程促进鼻咽癌放射抗性的机制。 首次阐明TFDP2通过激活PDK3转录,将代谢从氧化磷酸化重编程为糖酵解,从而促进鼻咽癌放射抗性,并提出了潜在的治疗靶点。 未在摘要中明确提及研究的局限性。 探究鼻咽癌放射抗性的分子机制,并寻找改善放疗效果的治疗靶点。 鼻咽癌肿瘤细胞及放射抗性细胞模型。 机器学习, 数字病理学 鼻咽癌 单细胞RNA测序, mRNA测序, 转录组测序, 染色质免疫沉淀-qPCR, 双荧光素酶报告基因检测 NA 测序数据(单细胞RNA-seq, mRNA-seq), 组织样本数据 8例局部鼻咽癌样本 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
274 2026-08-03
Allograft Inflammatory Factor-1 regulates immune activation states and is required for effective pathogen-specific T cell immunity during infection
2026-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过条件性敲除小鼠模型,探究了同种异体移植物炎症因子-1(AIF1)在感染中对免疫激活状态的调控作用及其对病原体特异性T细胞免疫的必要性 首次利用造血细胞特异性敲除AIF1的小鼠模型,结合单细胞RNA测序和功能实验,揭示了AIF1通过调节Tgfbr1表达和TGFβ信号通路来促进固有和适应性免疫反应的新机制 研究主要基于小鼠模型,未在人类样本中验证;单细胞RNA测序仅描绘了转录组变化,未涵盖表观遗传或蛋白质水平分析 阐明AIF1在生理性免疫应答中的因果作用,特别是其对感染期间T细胞免疫和炎症反应的调控机制 AIF1条件性敲除小鼠及其野生型对照,感染单核细胞增生李斯特菌的模型 免疫学 感染性疾病 单细胞RNA测序 条件性基因敲除小鼠模型 单细胞转录组数据 使用AIF1-cKO小鼠和对照小鼠,具体样本数量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
275 2026-08-03
An automated platform for spatial functional modeling and fingerprint analysis of tissue molecular landscapes
2026-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出SFinx框架,用于空间转录组数据的空间功能建模和指纹分析 引入空间指纹概念和空间函数数据分析方法,统一建模通路活性及其相互作用 摘要未明确提及局限性 开发统一框架以建模组织内空间变化的通路相互作用和表型关联 小鼠狼疮肾炎组织的空间转录组数据集 空间转录组学 狼疮肾炎 空间转录组学 广义加性模型 空间转录组数据 多个肾脏切片 NA 空间转录组学 NA NA
276 2026-08-03
FusedFCR: A Fused Forward Continuation-Ratio model for marker selection along cell-fate trajectories
2026-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出FusedFCR模型,一种融合前向续比模型,用于沿细胞命运轨迹进行标记基因选择 结合lasso惩罚和融合惩罚,实现过渡特异性基因选择,同时提供锚定到观察阶段的连续伪时间投影 未在摘要中明确提及局限性 开发一种能够识别与阶段间变化相关的标记基因的模型,并改善伪时间轨迹分析 小鼠胰腺β细胞分化和人类绒毛外滋养细胞分化过程中的细胞 机器学习 NA 单细胞RNA测序 正则化前向续比模型 基因表达数据 小鼠胰腺β细胞分化七个时间点,人类绒毛外滋养细胞分化四个时间点 NA 单细胞RNA-seq NA NA
277 2026-08-03
Statistical Inconsistency of Error-correction Objectives for Perfect Phylogenies
2026-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该论文证明了在完美系统发育模型中,基于纠错目标的统计推断方法在所有正误差率下都是不一致的,并通过模拟显示在实际单细胞测序误差率下,错误树被优先选择的情况频繁发生 首次通过构造性证明揭示了纠错目标在完美系统发育中的统计不一致性,并指出这种不一致性源于树拓扑结构对观测突变模式解释误差能力的差异,与同塑性或不完全谱系排序等已知因素不同 研究主要依赖于模拟和理论证明,未在真实数据集上进行广泛验证,且假设误差独立发生,可能未涵盖复杂的误差模式 评估基于最小化误差修正的完美系统发育推断方法在统计上的可靠性,并分析其不一致性的产生机制及实际影响 二进制完美系统发育模型,包括各种树拓扑结构和不同的误差率设置 机器学习 NA NA NA 模拟数据 模拟生成多种树拓扑和误差率组合,具体样本量未明确 NA NA NA NA
278 2026-08-03
Polypharmacologic Disruption of the Proliferative-to-Mesenchymal Fate Branch Point Reverses EndMT and Pulmonary Hypertension
2026-Jul-23, Research square
研究论文 报告小分子TK22通过双重抑制细胞周期和间充质激酶节点,逆转内皮-间充质转化(EndMT)和肺动脉高压 提出通过协调抑制细胞周期和间充质激酶节点,在增殖-间充质命运分支点实现药理学控制,获得细胞状态选择性 未在摘要中提及具体局限性 探究内皮-间充质转化(EndMT)在肺动脉高压中的调控机制及可药性,并评估TK22的疗效 原发性小鼠肺内皮细胞和Su5416/缺氧大鼠肺动脉高压模型 机器学习和数字病理学 肺动脉高压 单细胞RNA测序 轨迹推断(PHATE、Monocle3)和核密度估计 单细胞转录组数据 未在摘要中明确样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
279 2026-08-03
A multimodal interrogation of Broca's area in the pediatric and adult human brain
2026-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过联合单核基因表达与染色质可及性分析及空间转录组学,对儿童和成人布罗卡区及相邻运动皮层进行多模态解析,揭示细胞和分子架构及其发育轨迹 首次在单核分辨率下联合基因表达、染色质可及性和空间转录组分析布罗卡区,识别区域和阶段特异性细胞特征,并发现胶质细胞和中间神经元亚型在细胞构筑特化中的突出作用,以及钙粘蛋白基因对区域特异性细胞通讯的早期编码 摘要未提供明确的局限性信息 揭示布罗卡区在儿童和成人脑中的神经发育基础,提供详细的分子和细胞层面的解析 布罗卡区和邻近运动皮层组织样本,来自不同祖源(欧洲和非洲)及发育阶段(婴儿期、儿童期、青少年期和成年期)的个体 神经科学、空间转录组学、单细胞多组学 神经发育障碍、神经精神疾病(如自闭症谱系障碍和注意力缺陷多动障碍) 单核多组学(基因表达与染色质可及性)、空间转录组学 NA 单核基因表达数据、染色质可及性数据、空间转录组图像数据 未明确提及具体样本数量,涉及多个个体和发育阶段 10x Genomics 单核多组学、空间转录组学 10x Chromium Single Cell Multiome、Xenium 10x Chromium 单细胞多组学(基因表达与染色质可及性)、Xenium 高多重空间转录组学
280 2026-08-03
scLEMBAS: Context-Aware Modeling of Signaling Pathway Activity at Single-Cell Resolution
2026-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出scLEMBAS,一种上下文感知的灰色盒神经网络,以单细胞分辨率建模信号通路活性,同时保持机制基础。 通过将先验知识网络编码为循环神经网络,并引入对抗性方法实现单细胞反事实推理,在保留可解释性的同时增强预测能力 未提及明显的局限性 构建能够预测单细胞扰动响应并解析信号通路活性的计算模型 单细胞RNA-seq数据中的信号通路活性及扰动响应 机器学习 NA scRNA-seq 循环神经网络(RNN) 基因表达数据 两个scRNA-seq数据集,涵盖单扰动和多扰动设置 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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