单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 814 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
221	2026-08-12	An Integrated Multi-Omics and Causal Inference Study Identifies a DNA Repair-Related Prognostic Biomarker in Gastric Cancer 2026-Jul-30, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673490992260707001109 PMID:42576585	研究论文	整合多组学分析和因果推断方法，鉴定胃癌中DNA修复相关的预后生物标志物，并探讨其生物学意义。	首次将多组学分析与孟德尔随机化因果推断相结合，系统鉴定DNA修复相关基因在胃癌中的预后价值，并揭示BRCA1-NAD(P)H轴在DNA修复与代谢调控中的潜在联系。	研究主要基于公共数据库和有限的临床样本验证，BRCA1的独立预后价值未得到直接证实，因果关系需进一步实验验证。	通过整合多组学分析和因果推断，识别胃癌中DNA修复通路相关的预后生物标志物，并阐明其分子机制。	胃癌细胞系和临床样本。	机器学习, 数字病理学	胃癌	WGCNA、Lasso+plsRglm、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot	Lasso, plsRglm	基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、临床样本数据	公共数据集（未具体说明样本数量）、细胞系和临床样本（数量未明确）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
222	2026-08-12	Osteoblast-Derived HIF-1α Drives Compartment-Specific H-Type Angiogenesis in Knee Osteoarthritis via VEGFA Signaling 2026-Jul-29, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673501087260720094335 PMID:42576559	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序与单细胞RNA测序数据，结合体外共培养实验，揭示了成骨细胞来源的HIF-1α通过VEGFA信号驱动膝骨关节炎内侧软骨下骨中区域特异性H型血管生成。	首次阐明成骨细胞HIF-1α通过VEGFA旁分泌信号轴特异性调控内侧软骨下骨血管重塑，并提出成骨细胞-内皮细胞轴作为治疗靶点。	样本量有限，且主要依赖公共数据库和体外实验，缺乏体内验证。	探讨成骨细胞来源的HIF-1α是否通过VEGFA信号驱动膝骨关节炎内侧软骨下骨的病理性H型血管生成。	膝骨关节炎患者的内侧软骨下骨样本及成骨细胞和内皮细胞。	数字病理学	骨关节炎	批量RNA-seq、单细胞RNA-seq	CNN	基因表达数据	未报告具体样本量	NA	批量RNA-seq、单细胞RNA-seq	NA	NA
223	2026-08-12	Integrating Large-Scale Bulk and Single-Cell RNA Sequencing with Machine Learning: Unveiling the Cytokine Landscape of Glioblastoma and Constructing a Prognostic Feature Model 2026-Jul-28, Current cancer drug targets IF:2.3Q3 DOI:10.2174/0115680096458777260720110043 PMID:42576525	研究论文	本研究结合大规模批量与单细胞RNA测序及机器学习，揭示了胶质母细胞瘤的细胞因子景观并构建了预后特征模型	首次基于细胞因子相关基因特征，结合多种机器学习技术和大规模生物信息学特征，构建了高可重复性和患者特异性的预后预测模型，优于现有模型	摘要中未明确提及局限性，但可能包括数据集的异质性、模型验证仅限于特定队列等	构建基于细胞因子特征的胶质母细胞瘤预后预测模型，并识别可能对免疫治疗有反应的患者亚群	胶质母细胞瘤患者样本及相关数据集（如GSE163120、TCGA-GBM等）	机器学习	胶质母细胞瘤	RNA-seq	多种机器学习算法组合（包括117种组合）	基因表达数据（批量和单细胞RNA测序）	多个数据集，包括GSE163120、TCGA-GBM、CGGA-693、CGGA-325、GSE16011、Rembrandt数据集和GTEx	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
224	2026-08-12	COPZ2 and KDELR3 are Linked to Stromal Inflammation and Metabolic Reprogramming in Osteoarthritis 2026-Jul-28, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673500151260713110527 PMID:42576527	研究论文	本研究通过整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，识别出骨关节炎滑膜中与基质炎症和代谢重编程相关的COPZ2和KDELR3关键基因	首次将高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）应用于活化成纤维细胞，结合多种机器学习算法识别出COPZ2和KDELR3作为骨关节炎的关键枢纽基因，并通过分子对接预测了潜在药物靶点	研究基于公共数据库的数据，缺乏体外或体内实验验证，分子对接结果仅为计算预测，需进一步实验确认	确定骨关节炎中致病性成纤维细胞活化的分子特征，并识别潜在的治疗靶点	骨关节炎患者的滑膜组织样本，包括成纤维细胞亚群	机器学习	骨关节炎	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	LASSO回归, SVM-RFE, hdWGCNA	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用公共数据库中的批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	NA	批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
225	2026-08-12	Construction and Validation of a Ubiquitination-Related Gene Signature Based on WGCNA and Single-cell RNA Sequencing in Bladder Cancer 2026-Jul-28, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673470246260702000813 PMID:42576531	研究论文	通过整合WGCNA和单细胞RNA测序，构建并验证了膀胱癌中与泛素化相关的六基因预后签名	首次将WGCNA与单细胞RNA测序相结合，专门针对膀胱癌中单细胞泛素化活性相关基因进行预后签名开发	需要前瞻性和实验性验证	开发膀胱癌的预后基因签名，探索其作为潜在治疗靶点的价值	膀胱癌患者样本	机器学习	膀胱癌	WGCNA, 单细胞RNA测序	Cox比例风险模型, LASSO	基因表达数据	训练组和验证组患者（具体数量未提供）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
226	2026-08-12	Mouse MFGE8high Skeletal Stem Cells Drive Osteogenesis via Matrix Mechanics 2026-Jul-24, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345261466239 PMID:42499209	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示小鼠下颌骨中MFGE8高表达骨骼干细胞的成骨能力及基质力学调控机制	发现MFGE8高表达骨骼干细胞群体，并阐明其通过调节细胞外基质力学特性及整合素-FAK信号通路增强成骨能力的新机制	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证，且对MFGE8调控基质力学的具体分子细节尚不完全清楚	阐明下颌骨不同区域骨骼干细胞的内在程序，以解释成骨能力差异并改善颌骨再生	小鼠下颌骨来源的骨骼干细胞	单细胞转录组学	颌骨缺损	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠下颌骨细胞（具体数量未提供）	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台
227	2026-08-12	Spatial transcriptomics reveals mechanism of autoimmunity driven by internalised autoantibodies 2026-Jul-23, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2026.06.028 PMID:42493309	研究论文	通过空间转录组学揭示内化自身抗体驱动自身免疫病的机制	首次利用空间转录组学将自身抗体内化与细胞损伤和炎症反应联系起来，并跨疾病验证该机制的普遍性	未明确提及，但可能限于样本类型和疾病模型的代表性	阐明自身抗体内化在自身免疫病发病机制中的作用及其跨疾病、细胞类型和组织的普遍性	自身免疫病患者的肌肉活检样本、皮肤样本及原代人类细胞	空间转录组学	皮肌炎、硬化性肌炎、混合性结缔组织病、重叠综合征、系统性硬化症	bulk RNA测序、空间转录组学、免疫荧光、电穿孔	NA	转录组数据、图像数据	814份肌肉活检样本（含41份外部验证样本）	NA	bulk RNA-seq、空间转录组学	NA	NA
228	2026-08-12	Inhaled S-nitrosoglutathione in asthma: Airway SCoR2 expression and determinants of human bronchodilator response 2026-Jul-22, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2026.06.025 PMID:42486444	研究论文	研究了吸入式S-亚硝基谷胱甘肽对哮喘患者的气道SCoR2表达及支气管扩张反应的影响	首次探讨吸入GSNO在哮喘患者中的疗效，并结合空间转录组学分析GSNO代谢基因表达与支气管扩张反应的相关性	未提及具体限制	评估吸入GSNO在人类哮喘中的效果及其代谢机制，探讨其作为个性化治疗的可能性	哮喘患者	数字病理学	哮喘	空间转录组学	NA	转录组数据	未提及具体样本数量	NA	空间转录组学	NA	NA
229	2026-08-12	BASELINE: a CRISPR base editing platform for mammalian-scale single-cell lineage tracing 2026-Jul-17, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkag769 PMID:42549577	研究论文	介绍BASELINE平台，利用碱基编辑进行哺乳动物规模单细胞谱系追踪，并展示其在胰腺癌模型中的高信息记录能力	利用Cas12a腺嘌呤碱基编辑器不可逆编辑核苷酸，结合50个合成靶点构建谱系树，实现超4300位点信息记录，比现有技术提高50倍	尚需验证在更复杂或大规模系统中的适用性，特别是细胞工程困难的小型分布式系统	开发高分辨率单细胞谱系追踪技术，以理解细胞命运受谱系和环境的影响	胰腺癌模型中的细胞	基因组学	胰腺癌	碱基编辑、单细胞测序	NA	单细胞测序数据	胰腺癌模型中的细胞样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
230	2026-08-12	Sinomenine alleviates ulcerative colitis by targeting FXR to regulate arachidonic acid metabolism and Th17/Treg homeostasis 2026-Jul-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2026.178976 PMID:42269904	研究论文	本研究揭示了青藤碱通过靶向FXR调节花生四烯酸代谢和Th17/Treg稳态来缓解溃疡性结肠炎的作用机制	首次鉴定FXR为青藤碱治疗溃疡性结肠炎的核心靶点，并结合分子对接、细胞热位移实验和单细胞RNA测序阐明其调控脂代谢和免疫平衡的新机制	研究主要基于小鼠模型，缺乏临床验证；未完全阐明FXR调控Th17/Treg稳态的具体下游信号通路	探究青藤碱缓解溃疡性结肠炎的分子靶点及其作用机制	DSS诱导的结肠炎小鼠模型及结肠组织样本	数字病理学, 生物信息学	溃疡性结肠炎	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 网络药理学, 分子对接, 细胞热位移分析	机器学习算法, WGCNA	基因表达数据, 单细胞转录组数据, 分子结构数据	DSS诱导的结肠炎小鼠模型，具体样本量未提及	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
231	2026-08-12	Role of Abca7-related microglial responses in linking type 2 diabetes mellitus to Alzheimer's disease progression: Evidence from single-cell transcriptomic analysis and experimental validation in animal and cell models 2026-Jul-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2026.179152 PMID:42463036	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和动物及细胞模型实验验证，探讨Abca7相关的小胶质细胞反应在2型糖尿病与阿尔茨海默病进展关联中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示Abca7作为连接T2DM和AD病理的关键基因，并在体内外模型中验证其调节小胶质细胞过度激活的机制	未充分阐明Abca7在人类患者中的具体作用，且动物模型和细胞系可能与人类病理存在差异，机制验证部分依赖NF-κB信号通路和氧化应激抑制的间接证据	探究Abca7在小胶质细胞反应中连接T2DM和AD的潜在机制	db/db小鼠和db/m小鼠海马组织、Aβ1-42诱导的AD小鼠模型、BV2小胶质细胞	数字病理学、单细胞转录组学	阿尔茨海默病、2型糖尿病	单细胞RNA测序、行为学测试、蛋白质印迹、免疫荧光	小鼠模型、小胶质细胞系	单细胞基因表达数据、动物行为数据、蛋白表达图像	涉及db/db和db/m小鼠各若干只、AD小鼠模型、BV2细胞系	未提及	单细胞RNA测序	未提及	未提及
232	2026-08-12	Cerebrospinal fluid metabolites and brain imaging in epilepsy subtypes: Mendelian randomization and multi-omics analysis 2026-Jul-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2026.179095 PMID:42361880	研究论文	利用孟德尔随机化和多组学分析，探讨脑脊液代谢物、神经影像表型与癫痫亚型之间的因果关联，以识别候选基因和潜在治疗靶点	整合脑脊液代谢物、神经影像和基因表达等多组学数据，通过孟德尔随机化建立因果关系，并利用单细胞RNA测序定位关键基因到特定细胞类型，揭示细胞特异性病理机制	依赖公开的基因组关联研究数据，可能受样本选择和人群异质性影响，且孟德尔随机化假设的严格性可能限制结果的稳健性	探索脑脊液代谢物和神经影像表型与癫痫亚型的因果关系，并优先排序候选基因和潜在治疗靶点	癫痫患者，特别是局灶性癫痫，及其相关脑脊液代谢物、神经影像表型和基因表达数据	机器学习	癫痫	孟德尔随机化、多组学分析、单细胞RNA测序	NA	基因组关联研究数据、基因表达数据、神经影像数据、单细胞RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
233	2026-08-12	Reprogramming macrophages to treat liver diseases 2026-Jul-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001160 PMID:39716928	综述	本文综述了肝脏疾病中巨噬细胞的多种激活程序及靶向治疗潜力，重点讨论了通过重编程巨噬细胞以恢复肝脏稳态的纳米治疗策略	利用最新的单细胞和空间转录组学研究揭示肝脏巨噬细胞的巨大异质性和多功能角色，并探讨了纳米级治疗工具用于巨噬细胞靶向干预的精准医学潜力	循环中可溶性标志物分析仅提供肝脏巨噬细胞亚群复杂性的部分信息，且综述未涵盖临床应用的详细数据	综述肝脏疾病（慢性炎症、肝硬化和肝细胞癌）中巨噬细胞相关治疗靶点及纳米治疗干预方法	肝脏巨噬细胞，包括常驻库普弗细胞和单核细胞来源的巨噬细胞	生物信息学	肝脏疾病	单细胞测序、空间转录组学	NA	基因组数据、空间转录组数据	NA	10x Genomics	单细胞RNA测序、空间转录组学	10x Chromium、10x Visium	10x Chromium Single Cell 3'、10x Visium
234	2026-08-12	EphrinB2 Regulates DPSC Pericyte-like Functions via the Focal Adhesion Pathway 2026-07, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251385554 PMID:41560563	研究论文	本研究探讨了EphrinB2通过黏着斑通路调节牙髓干细胞（DPSCs）的周细胞样功能及其与内皮细胞的相互作用	首次揭示了EphrinB2通过Src/FAK/paxillin信号通路调控DPSCs的周细胞功能，并利用单细胞RNA测序和3D纤维蛋白珠实验验证了其对血管形成的促进作用	未在体内模型中验证EphrinB2对血管形成和牙髓再生的实际效果，且具体分子机制尚需进一步深入研究	阐明EphrinB2信号在DPSCs周细胞功能中的作用及其对血管形成的调控机制	健康人牙髓干细胞（DPSCs）和人脑血管周细胞，以及人脐静脉内皮细胞（ECs）	数字病理学	不适用	单细胞RNA测序，bulk RNA-seq，免疫荧光染色，慢病毒转染，3D纤维蛋白珠实验	不适用	基因表达数据，图像	健康人牙髓样本（数量未明确）	不适用	单细胞RNA测序，bulk RNA-seq	不适用	不适用
235	2026-08-12	EssentCell: Discovering Essential Evolutionary Relations in Noisy Single-Cell Data 2026 Jul-Aug, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3691222 PMID:42096398	研究论文	提出EssentCell算法，基于整数线性规划在噪声单细胞测序数据中发现所有最优系统发育树中必需的进化关系	首次关注单细胞测序数据中所有最优系统发育树共有的必需关系，并通过限制假阳性率参数化最小翻转问题，提出高效算法	未在本文中明确讨论算法在大规模数据集上的计算复杂性和扩展性限制	在噪声单细胞测序数据中，通过整数线性规划高效确定所有最优系统发育树中必需的进化关系	单细胞测序数据矩阵，表示细胞和突变关系	机器学习	NA	单细胞测序	整数线性规划	二进制矩阵数据	多个数据集，具体样本数量未在标题和摘要中说明	NA	单细胞测序	NA	NA
236	2026-08-12	AdPrST:An Adversarial Graph Deep Learning Pre-Clustering Framework for Deciphering Spatiotemporal Structures in Spatially Resolved Transcriptomics 2026 Jul-Aug, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3697726 PMID:42202195	研究论文	提出了一种基于对抗图深度学习的预聚类框架AdPrST，用于解析空间解析转录组学中的时空结构，包括空间域识别、轨迹推断和伪时空图构建	采用对抗自监督对比学习，结合Wasserstein距离GAN和对比学习，通过双视图图结构和点积注意力机制，实现空间域识别的准确性提升	未提及	准确解析复杂组织中的时空结构，以推进空间转录组学研究	空间解析转录组学数据中的基因表达和空间位置	深度学习	NA	空间转录组学	GAN	基因表达数据	多个数据集	NA	空间转录组学	NA	NA
237	2026-08-12	scGDCF: Graphical Deep Clustering With Fused Common Information for Single-Cell RNA-Seq Data 2026 Jul-Aug, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3698076 PMID:42224333	研究论文	提出了一种名为scGDCF的图深度聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，通过融合特征和拓扑结构信息，有效识别细胞类型	创新性地引入稀疏特征表示方法，利用对抗损失函数处理数据稀疏性；设计互信息提取算子以深度挖掘和融合特征与拓扑结构信息的共同信息；提出双自适应注意力机制，在全局和局部层面调整不同邻节点和信息源的贡献	未明确提及局限性	解决单细胞RNA测序数据聚类中特征与拓扑结构信息融合不足及数据稀疏问题，提升聚类性能	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	RNA-seq	深度聚类模型（图神经网络）	基因表达数据	七个真实数据集和两个模拟数据集	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
238	2026-08-12	Recipient-derived macrophages mediate acute cardiac allograft rejection via GSDMD-induced pyroptosis mechanism 2026-07, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70729 PMID:42403008	研究论文	本研究探讨了受体来源的巨噬细胞通过GSDMD介导的细胞焦亡促进心脏移植急性排斥反应，并验证了靶向GSDMD可延长移植物存活时间	首次证明受体来源的M1型巨噬细胞中的GSDMD依赖性焦亡驱动心脏移植急性排斥，并阐明TNFα/IL6激活NF-κB和STAT3上调GSDMD的分子机制	摘要未提及具体局限性	确定巨噬细胞GSDMD依赖性焦亡是否驱动心脏移植急性排斥反应，以及靶向GSDMD是否改善移植物存活	心脏移植模型中的巨噬细胞和CD8+T细胞	免疫学	心脏移植排斥	免疫印迹, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫组织化学	NA	基因表达数据, 图像	全球及巨噬细胞特异性GSDMD缺陷小鼠模型，具体数量未在摘要中说明	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞测序
239	2026-08-12	DiffuST: A Latent Diffusion Model for Spatial Transcriptomics Denoising 2026 Jul-Aug, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3690748 PMID:42085414	研究论文	开发了一种名为DiffuST的潜在扩散模型，用于空间转录组数据的去噪	DiffuST创新性地结合图自动编码器和预训练模型提取多尺度特征，并利用潜在扩散模型将不同尺度特征映射到同一空间进行去噪	未提及具体局限性	旨在提高空间转录组数据的信噪比，增强下游分析能力，并揭示生物学见解	空间转录组数据及匹配的病理图像	机器学习和数字病理学	不适用	空间转录组测序	潜在扩散模型、图自动编码器	基因表达数据和病理图像	多个空间转录组数据集	不适用	空间转录组学	不适用	不适用
240	2026-08-12	scALGSL: Active Learning and Graph Structure Learning for Cell Type Annotation From Single-Cell RNA-Seq Data 2026 Jul-Aug, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3693722 PMID:42133522	研究论文	提出了一种结合主动学习与图结构学习的单细胞RNA测序数据细胞类型注释框架scALGSL	创新性地融合了图引导的主动学习机制、可学习的图结构优化模块和基于预训练模型的细胞状态辅助通路，共同解决标签稀缺、图拓扑次优和细胞状态信息缺失三大挑战	未在文中明确提及局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性，以促进肿瘤微环境分析和精准医学应用	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	癌症	单细胞RNA测序	图神经网络、主动学习、预训练模型	单细胞转录组数据	癌症数据集（具体样本数量未在文中提供）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA