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当前共找到 1083 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-09-23 |
Perturbation of genes linked to common schizophrenia risk variants identifies cilia programs
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.09.731172
PMID:42327190
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研究论文 | 该研究在小鼠新皮质中利用CRISPR droplet测序（CROP-seq）扰动12个与精神分裂症风险变异相关的基因，并结合单细胞RNA测序，发现纤毛转录程序是汇聚的下游机制 | 首次对精神分裂症常见变异架构的功能后果进行表征，并揭示纤毛功能障碍是汇聚的下游机制 | 研究基于小鼠模型，可能无法完全反映人类精神分裂症的复杂性；仅扰动了12个风险基因 | 探究精神分裂症风险变异通过哪些靶基因、生物学通路和细胞类型发挥作用 | 出生后小鼠新皮质 | 机器学习 | 精神分裂症 | CROP-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 12个精神分裂症风险基因的扰动实验 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2026-09-23 |
Wnt/β-catenin signaling regulates fibrotic atrophy of intra-articular adipose tissue in post-traumatic osteoarthritis
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.08.730865
PMID:42327266
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研究论文 | 该研究利用二维组织形态计量学、空间转录组学和三维锇酸增强微计算机断层扫描技术，全面分析了创伤后骨关节炎小鼠模型中关节内脂肪组织的时空、结构和转录重塑，揭示了Wnt/β-catenin信号通路和异常机械负荷在驱动关节内脂肪组织纤维化萎缩中的关键作用 | 首次综合运用空间转录组学和三维成像技术系统描绘了创伤后骨关节炎中关节内脂肪组织的动态重塑过程；发现了关节脂肪组织具有区别于皮下白色脂肪组织的独特转录特征；证明了Wnt/β-catenin信号通路的慢性激活足以独立于关节损伤而驱动脂肪组织向纤维化表型转变 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类骨关节炎样本中验证；Wnt/β-catenin信号通路与其他信号通路的交互作用尚未完全阐明；三维成像和空间转录组学的样本量可能有限 | 全面定义创伤后骨关节炎中关节内脂肪组织的时空、结构和转录重塑，并阐明驱动关节脂肪纤维化萎缩的分子机制 | 创伤后骨关节炎小鼠模型中的关节内脂肪组织、滑膜关节脂肪垫及关节来源的基质细胞 | 空间转录组学, 数字病理学 | 骨关节炎 | 空间转录组学, 二维组织形态计量学, 三维锇酸增强微计算机断层扫描 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 83 | 2026-09-23 |
Optineurin restrains IL-17-associated neuroinflammation in trigeminal ganglia to preserve sensory function after ocular HSV-1 infection
2026-Jun-07, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkag161
PMID:42400459
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研究论文 | 利用小鼠眼部HSV-1感染模型，发现OPTN通过抑制三叉神经节中IL-17相关神经炎症来保护感觉功能 | 首次将OPTN鉴定为神经免疫检查点，通过单细胞RNA测序揭示OPTN缺失导致三叉神经节中趋化因子/NF-κB和Th17/IL-17信号通路富集，并证明OPTN缺陷可作为HSV相关神经营养性角膜炎的可操作实验模型 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证OPTN与神经营养性角膜炎的关联 | 探究宿主程序如何决定HSV-1感染后三叉神经节是恢复还是退化，以及建立忠实再现NK样神经免疫病理的实验模型 | 小鼠眼部HSV-1感染模型中的三叉神经节、角膜和引流淋巴结 | 数字病理学 | 神经营养性角膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞RNA测序 |
| 84 | 2026-09-23 |
scRNA-seq and genomics analyses reveal key mechanisms of inverted papilloma-associated sinonasal squamous cell carcinoma malignant transformation
2026-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.01.729345
PMID:42415849
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研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序、多重空间蛋白质组学、全外显子组测序和功能实验，揭示了鼻腔鼻窦内翻性乳头瘤（IP）向IP相关鼻腔鼻窦鳞状细胞癌（IP-SNSCC）恶性转化的关键分子和免疫机制 | 首次整合单细胞RNA测序、多重空间蛋白质组学、全外显子组测序和功能实验定义IP-SNSCC恶性转化机制；发现呼吸道上皮基底细胞为推定起源细胞；揭示CXCL14通过IDO通路依赖机制直接诱导免疫抑制性髓系表型并抑制T细胞IFNγ产生，定义了此前未被认识的CXCL14-IDO机制 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 定义IP向IP-SNSCC恶性转化的分子和免疫驱动机制 | 鼻腔鼻窦内翻性乳头瘤（IP）和IP相关鼻腔鼻窦鳞状细胞癌（IP-SNSCC）患者队列 | 单细胞组学 | 鼻腔鼻窦鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序， 多重空间蛋白质组学， 全外显子组测序， 功能实验 | NA | 单细胞转录组数据， 空间蛋白质组数据， 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序， 空间蛋白质组学， 全外显子组测序 | NA | NA |
| 85 | 2026-09-23 |
Sex-dependent mechanisms of temporomandibular joint osteoarthritis
2026-Jun, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziag063
PMID:42110970
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研究论文 | 本研究通过烧伤-滑膜切除术小鼠模型诱导颞下颌关节骨关节炎，结合单细胞RNA测序和组织学分析，揭示了雌性小鼠表现出更严重的软骨和软骨下骨异常，并发现了性别依赖的分子机制 | 首次使用烧伤-滑膜切除术小鼠模型研究颞下颌关节骨关节炎的性别差异，通过单细胞RNA测序揭示了雌性小鼠炎症反应增强和形态发生通路下调的分子机制 | 缺乏相关临床前模型限制了研究的转化应用，样本量有限，需要进一步验证 | 理解性别差异影响颞下颌关节骨关节炎发病机制的分子基础 | 烧伤-滑膜切除术小鼠模型的颞下颌关节骨关节炎 | 单细胞转录组学 | 颞下颌关节骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、组织学图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2026-09-23 |
Predicting gene-specific regulation with transcriptomic and epigenetic single-cell data
2026-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag299
PMID:42143610
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研究论文 | 本文提出了一种名为MetaFR的新方法，通过高效的回归树从scATAC-seq数据中的开放染色质变异学习基因特异性模型，以预测scRNA-seq中的基因表达 | MetaFR能够在单细胞或元细胞水平上学习准确的表达预测模型，且元细胞模型在大多数基因上优于单细胞模型，与现有方法SCARlink相比，在运行时间和预测性能上具有优势 | 摘要中未提及 | 利用转录组和表观遗传单细胞数据预测基因特异性调控 | 单细胞ATAC-seq和RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | single-cell ATAC-seq, single-cell RNA-seq | 回归树 | 单细胞转录组和表观遗传数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 87 | 2026-09-23 |
Multi-omics reveals a novel Cxcr4+ subpopulation of alveolar macrophages and therapeutic effect of AMD3100 in mice with advanced silicosis
2026-06, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70705
PMID:42204838
|
研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序与空间转录组学，揭示了晚期矽肺小鼠中Cxcr4+肺泡巨噬细胞新亚群及AMD3100的治疗效果 | 首次发现了Cxcr4+肺泡巨噬细胞新亚群，揭示了Cxcr4+巨噬细胞与Cxcl12+成纤维细胞之间的空间共定位模式和正反馈环路机制，并证明了AMD3100靶向Cxcl12/Cxcr4轴治疗晚期矽肺的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人类临床样本中验证，AMD3100的治疗效果和安全性仍需进一步临床试验评估 | 探究矽肺进展中巨噬细胞异质性和功能特化，以及AMD3100靶向Cxcr4对晚期矽肺的治疗作用及机制 | 矽肺小鼠模型的肺组织、MH-S肺泡巨噬细胞系 | 数字病理学 | 矽肺 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Robust Cell Type Decomposition算法 | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 88 | 2026-09-23 |
Integrated multi-omics strategies for identifying novel therapies in psoriasis
2026-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag347
PMID:42209436
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研究论文 | 该文章通过整合蛋白质组范围孟德尔随机化、表达验证、遗传易感性分析、差异基因表达、共定位、通路富集和蛋白质-蛋白质相互作用分析，系统识别银屑病的新型治疗靶点 | 整合多组学策略系统优先排序了29个高置信度银屑病治疗靶点，其中包括13个新候选靶点（RARRES2、ASF1A、CTF1、DBI、B3GNT2、CD8A、TIMD4、CRTAM、SGSH、XCL2、DAPK2、A2ML1和FAP），并揭示了多个靶点在多种分析层面的支持以及药物重定位潜力 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 系统优先排序银屑病的治疗靶点，为银屑病药物开发提供坚实基础 | 银屑病相关的蛋白质靶点、基因表达数据、遗传易感性数据以及已批准的抗银屑病药物 | 多组学、机器学习 | 银屑病 | 蛋白质组范围孟德尔随机化、批量RNA测序、单细胞RNA测序、共定位分析、通路富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析 | NA | 文本、图像 | NA | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-09-23 |
Single-Cell RNA-Seq Combined With Bulk RNA-Seq Revealed the Involvement of Pancreatic Cancer Tissue-Resident Macrophages in Tumour Progression and the Immunotherapy Response
2026-06, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71212
PMID:42210511
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研究论文 | 整合单细胞RNA测序与批量RNA测序数据，表征胰腺癌中巨噬细胞异质性，发现组织驻留巨噬细胞亚群参与肿瘤进展和免疫治疗反应 | 整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，鉴定出特定组织驻留巨噬细胞亚群（TRM cluster 4），建立TAM评分系统，发现TRM_C4评分可预测胰腺癌患者生存及免疫治疗反应 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 表征胰腺癌中巨噬细胞异质性及其在肿瘤进展和免疫治疗反应中的功能影响 | 胰腺癌肿瘤微环境中的巨噬细胞，特别是组织驻留巨噬细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | 文本（基因表达数据），图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2026-09-23 |
Abnormal Stress Reduced miR-330 Supplementation Alleviates Osteoarthritis Progression by Suppressing Osteochondral Catabolism
2026-Jun, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70553
PMID:42212804
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研究论文 | 本研究揭示了miR-330在异常机械应力下表达降低，并通过抑制骨软骨分解代谢保护骨关节炎的作用 | 首次发现miR-330是一种机械响应性的骨关节炎保护性微小RNA，并证明其通过抑制CTGF、FGFR1、EPOR及炎症因子来调节软骨细胞和破骨细胞分解代谢，且关节内补充miR-330具有治疗骨关节炎的潜力 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究调节机械响应的关键因子及其在骨关节炎进展中的作用 | 96例颞下颌关节紊乱患者的滑液、骨关节炎临床标本及动物模型中的软骨和软骨下骨组织、软骨细胞和破骨细胞 | 骨关节炎研究 | 骨关节炎 | NA | NA | 文本 | 96例颞下颌关节紊乱患者的滑液样本，以及骨关节炎临床标本和动物模型 | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2026-09-23 |
Genomics-informed approach identifies which cell types regulate the metabolome
2026-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag330
PMID:42213079
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研究论文 | 该研究通过整合大规模的代谢物数量性状位点数据集与单细胞RNA测序资源，识别出调控全身代谢物水平的细胞类型 | 首次将TOPMed和UK Biobank等大规模代谢物QTL数据集与Tabula Sapiens单细胞RNA测序资源进行整合，揭示了肝细胞是大多数代谢物的主要调控细胞类型，并通过多基因方法发现了β细胞与苯丙酸等代谢物的新关联，挑战了该代谢物由微生物组调控的传统认知 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 识别调控全身代谢物水平的细胞类型，阐明代谢的细胞类型特异性调控机制 | 全身代谢物及其调控细胞类型，包括肝细胞、β细胞等 | 机器学习 | NA | 代谢物数量性状位点分析，单细胞RNA测序 | NA | 文本，图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 92 | 2026-09-23 |
Glutathione peroxidase 3 preserves hepatocyte mitochondrial quality control to enhance macrophage pro-regenerative phenotype during liver regeneration
2026-06, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70695
PMID:42216503
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研究论文 | 该研究揭示了肝细胞中谷胱甘肽过氧化物酶3（GPX3）通过抑制VDAC1寡聚化来维持线粒体质量和钙稳态，进而调控巨噬细胞促再生表型并促进肝再生的机制 | 首次发现GPX3通过其A2结构域（残基75-150）直接结合VDAC1并抑制其寡聚化，从而恢复线粒体钙稳态和维持线粒体质量控制；揭示了GPX3缺失促进mtDNA释放并激活巨噬细胞中cGAS-STING通路的新机制；证明GPX3过表达在部分肝切除和肝脏缺血再灌注损伤模型中均能增强肝再生 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证GPX3的疗效和安全性；GPX3-VDAC1相互作用的详细分子机制仍需进一步解析 | 探究肝细胞中GPX3在肝再生过程中的作用及其调控线粒体功能和巨噬细胞表型的分子机制 | 70%部分肝切除（PH）小鼠模型、肝细胞特异性GPX3敲除小鼠、肝脏缺血再灌注损伤模型 | 机器学习 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序、免疫组化染色、免疫沉淀-质谱联用、MitoCarta3.0分析 | NA | 图像、文本 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2026-09-23 |
Engineered Pericyte-Targeted Extracellular Vesicles Protect Against Hypoperfusion-Induced Cognitive Impairment and Vascular Demyelination
2026-Jun, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70319
PMID:42226579
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研究论文 | 该研究开发了一种生物正交方法，利用环状NGR肽修饰细胞外囊泡，实现对脑周细胞的选择性靶向，并在慢性脑低灌注小鼠模型中验证其保护认知功能、维持周细胞功能及减轻脱髓鞘的作用 | 首次采用生物正交策略将cNGR肽功能化修饰于细胞外囊泡表面，实现对CD13表达脑周细胞的选择性靶向递送，并系统阐明其在血管性认知障碍早期干预中的多维度保护机制 | 研究仅在小鼠BCAS模型中验证，尚未在非人灵长类或临床样本中评估；cNGR-EVs的长期安全性、大规模制备工艺及给药方案仍需进一步优化 | 开发靶向周细胞的工程化细胞外囊泡，评估其对慢性脑低灌注诱导的认知障碍和血管性脱髓鞘的保护作用及机制 | 慢性脑低灌注小鼠模型（双侧颈总动脉狭窄，BCAS）及体外培养的CD13阳性脑周细胞 | 神经科学、纳米医学、药物递送 | 血管性认知障碍、脑小血管病 | 单细胞RNA测序、细胞外囊泡工程化修饰、生物正交化学 | NA | 单细胞转录组数据、图像、行为学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 94 | 2026-09-23 |
Multi-omics insights for deciphering prognosis-related T cell subsets in hepatocellular carcinoma
2026-06, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70708
PMID:42226614
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研究论文 | 通过质谱流式、bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学等多组学手段，解析肝细胞癌预后相关的T细胞亚群及其分子互作 | 鉴定了CD4+CD8+双阳性T（DPT）细胞作为肝细胞癌不良预后的关键生物标志物，并揭示了内皮来源的HBEGF-DPT轴促进肿瘤的微环境机制 | 摘要未明确说明研究局限性 | 描绘肝细胞癌预后相关的免疫景观，鉴定与预后相关的T细胞亚群及其分子互作机制 | 肝细胞癌患者肿瘤组织样本及同基因小鼠模型 | 数字病理学 | 肝癌 | 质谱流式、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、qPCR | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA测序 | NA | NA |
| 95 | 2026-09-23 |
Network methods for diagonal integration of unpaired single-cell multiomics data: a review
2026-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag353
PMID:42234838
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综述 | 本文系统综述了从未配对单细胞数据构建机制性蛋白质基因组网络的全流程计算方法，涵盖单模态网络推断、跨模态整合架构以及基准测试范式 | 聚焦于对角线整合这一被现有综述忽视的挑战，即转录组与蛋白质组在缺乏共享锚点的不同细胞中分别测量的整合问题，并提出了未来发展的三大方向 | 本文为综述文章，不提供新软件；对角线整合领域本身缺乏配对的真实标签，基准评估困难 | 综述从未配对单细胞多组学数据进行对角线整合的网络方法 | 未配对单细胞转录组与蛋白质组数据（基于质谱的单细胞蛋白质组学scMS与单细胞转录组） | 机器学习 | NA | 单细胞质谱蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 概率图模型, 生成模型, 基础模型 | 文本 | NA | NA | 单细胞蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 96 | 2026-09-23 |
Single-Cell Analysis Identifies LYPD6B as a Tumor-Intrinsic Candidate Associated With Immunotherapy Nonresponse in Breast Cancer
2026-Jun, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.70311
PMID:42231559
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研究论文 | 该研究整合三个公共单细胞RNA测序数据集，分析接受PD-(L)1治疗的乳腺癌患者中应答者与非应答者肿瘤微环境及肿瘤内在免疫逃逸的差异，并鉴定出LYPD6B作为免疫治疗无应答相关的候选基因 | 首次通过整合单细胞RNA测序数据鉴定LYPD6B为乳腺癌中与免疫治疗无应答相关的肿瘤内在候选基因，并揭示其通过抑制抗原加工呈递和IFNα/β信号通路介导免疫逃逸，同时发现venetoclax可靶向LYPD6B | 研究主要基于公共数据集的回顾性分析，功能验证以体外实验为主，缺乏体内动物模型和前瞻性临床试验验证 | 探究乳腺癌患者中免疫检查点阻断应答者与非应答者之间肿瘤微环境和肿瘤内在免疫逃逸的差异，并寻找与PD-(L)1治疗无应答相关的关键基因 | 接受PD-(L)1治疗的乳腺癌患者（51例，327022个细胞）的配对治疗前后样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学 | NA | 图像，文本 | 51例乳腺癌患者的327022个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 97 | 2026-09-23 |
Comprehensive Integrated Single-Cell and Spatial Transcriptomics Unveil the Dynamic Landscape of Betel Nut-Associated Oral Mucosal Carcinogenesis and Its Tumor Microenvironment
2026-Jun, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70796
PMID:42253932
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研究论文 | 该研究结合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了槟榔相关口腔黏膜癌变过程中肿瘤微环境的动态变化和细胞异质性，并识别出LAMC2 EpiC6恶性上皮亚群作为关键侵袭性亚群 | 首次综合运用单细胞RNA测序和空间转录组学全面解析槟榔相关口腔鳞状细胞癌的肿瘤微环境动态，发现抗原呈递型癌相关成纤维细胞在侵袭前沿空间富集并驱动上皮可塑性，鉴定出LAMC2 EpiC6恶性上皮亚群富集EMT、血管生成和转移相关通路，并通过槟榔碱体外实验验证了LAMC2在OSCC中的功能作用 | 样本量较小（仅6例OSCC患者），缺乏更大规模的队列验证，未进行体内动物实验验证LAMC2 EpiC6亚群的功能，槟榔碱体外实验仅使用细胞系未能完全模拟体内复杂的肿瘤微环境 | 全面解析槟榔诱导口腔黏膜癌变过程中肿瘤微环境的动态变化和细胞异质性，揭示槟榔相关口腔鳞状细胞癌的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 6例口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤组织及癌旁组织，以及OSCC细胞系和槟榔碱处理实验 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化, 细胞迁移和侵袭实验 | NA | 图像, 文本 | 6例口腔鳞状细胞癌患者的组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台和10x Visium空间转录组学平台 |
| 98 | 2026-09-23 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomics Uncover Immune Dynamics and Cellular Heterogeneity in Benign Prostatic Hyperplasia and Prostate Cancer Transition
2026-Jun, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70760
PMID:42253945
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，分析了正常组织、良性前列腺增生（BPH）和前列腺癌（PCa）组织之间的潜在关联，揭示了从增生到恶性的连续转化图谱以及免疫微环境的动态变化 | 首次通过单细胞和空间转录组学联合分析，构建了从正常前列腺、BPH到PCa的管腔上皮细胞连续转化图谱，揭示了持续免疫抑制微环境以及T细胞激活迟缓和功能耗竭、巨噬细胞M2极化等免疫动态变化，并建立了分类和预后模型 | 摘要中未明确提及研究局限性，但可能受样本量限制，且单细胞和空间转录组学技术的成本和分析复杂度可能影响结果的普适性 | 重新评估BPH与PCa在肿瘤风险、恶性进展和免疫状态方面的相关性，以改善PCa的早期诊断和治疗 | 正常前列腺组织、良性前列腺增生（BPH）组织和前列腺癌（PCa）组织 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 99 | 2026-09-23 |
Identification of diagnostic biomarkers for neonatal necrotizing enterocolitis via machine learning screening and single-cell virtual gene knockout validation
2026-Jun, Journal of cell communication and signaling
IF:3.6Q3
DOI:10.1002/ccs3.70081
PMID:42256531
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研究论文 | 该研究整合五个GEO数据集，系统评估113种机器学习组合，鉴定出新生儿坏死性小肠结肠炎的三个诊断生物标志物（SLC26A3、CCL20、CXCL5），并通过单细胞RNA测序、虚拟基因敲除和动物实验进行验证，揭示铁死亡可能是NEC发病机制的汇聚点。 | 首次整合113种机器学习算法组合筛选NEC诊断标志物，结合单细胞虚拟基因敲除（scTenifoldKnk）和Geneformer组合扰动分析，揭示三个标志物之间的亚加性相互作用，并发现铁死亡作为多节点汇聚点。 | 样本量相对较小（36例NEC和34例对照），且实验验证仅限于小鼠模型和细胞系，缺乏临床转化验证。 | 鉴定新生儿坏死性小肠结肠炎的早期诊断生物标志物，并探索其分子机制和潜在治疗靶点。 | 新生儿坏死性小肠结肠炎患者、小鼠NEC模型和肠道上皮细胞系。 | 机器学习 | 新生儿坏死性小肠结肠炎 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR | 随机森林、XGBoost、Geneformer | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 36例NEC病例和34例对照的五个GEO数据集，11,308个肠道单细胞 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 100 | 2026-09-23 |
A masked generative graph representation learning framework empowering precise spatial domain identification
2026-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag333
PMID:42178226
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研究论文 | 该文章提出了GSG，一种基于掩码机制的生成式自监督图表示学习框架，用于空间转录组数据的空间域识别 | 利用掩码机制进行生成式自监督表示学习，有效缓解空间转录组数据的稀疏性问题，提升基因表达与空间信息的利用效率 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决空间转录组数据稀疏导致嵌入表示不佳、下游分析困难的问题，实现精准的空间域识别 | 空间转录组数据，包括多个基准数据集以及内部人类胎儿心脏数据集 | 空间转录组学、机器学习 | 先天性心脏病 | 空间转录组学 | 图神经网络、生成式自监督学习框架 | 基因表达矩阵与空间位置信息 | 多个基准数据集及一个内部人类胎儿心脏数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |