单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 90 篇文献，本页显示第 81 - 90 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-03-10 |
Multi-omics reveals that CTHRC1 secreted by cancer-associated fibroblasts promotes EMT by ITGA5/PI3K/AKT signaling pathway in HNSCC
2026-Jun, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112409
PMID:41651176
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了癌症相关成纤维细胞分泌的CTHRC1通过ITGA5/PI3K/AKT信号通路促进头颈鳞状细胞癌的上皮-间质转化和血管生成 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学，鉴定出CTHRC1+ CAFs亚群在HNSCC肿瘤微环境中的空间分布和功能，并阐明其通过ITGA5/PI3K/AKT轴促进肿瘤进展的具体分子机制 | 未明确提及研究的局限性 | 阐明癌症相关成纤维细胞在头颈鳞状细胞癌进展中的关键功能分子及其作用机制 | 头颈鳞状细胞癌的肿瘤微环境，特别是癌症相关成纤维细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，体外和体内功能实验 | NA | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据，TCGA和GEO队列的转录组数据 | 基于TCGA和多个GEO队列，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 82 | 2026-03-10 |
Platycodin D3 protects against sepsis-associated acute lung injury through direct inhibition of the PKM2-NLRP3 axis
2026-Jun, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112443
PMID:41748044
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，发现桔梗皂苷D3通过直接靶向PKM2抑制NLRP3炎症小体激活，从而减轻脓毒症相关急性肺损伤 | 首次将桔梗皂苷D3鉴定为直接结合并稳定PKM2的天然产物，通过靶向PKM2-NLRP3轴治疗脓毒症相关急性肺损伤 | 研究主要基于LPS诱导的小鼠模型和RAW264.7巨噬细胞，临床转化潜力需进一步验证 | 探索靶向PKM2-NLRP3轴治疗脓毒症相关急性肺损伤的新治疗策略 | 脓毒症相关急性肺损伤患者样本、LPS诱导的小鼠模型、RAW264.7巨噬细胞 | 生物信息学与分子药理学 | 脓毒症相关急性肺损伤 | 差异表达谱分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、单细胞RNA测序、分子对接、微尺度热泳、表面等离子体共振、细胞热位移分析、Seahorse代谢分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞RNA测序数据、代谢数据 | 脓毒症相关急性肺损伤患者样本、LPS诱导的小鼠模型、RAW264.7巨噬细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2026-03-09 |
Automatic cell type identification methods for single-cell RNA sequencing based on coordinate convolutional neural network
2026-Jun, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文提出了一种基于坐标卷积神经网络的单细胞RNA测序数据自动细胞类型识别方法BP-Coord，通过整合坐标信息提升模型的空间感知能力 | 提出BP-Coord方法，通过引入坐标信息作为额外通道和双三次插值上采样层，解决了CNN在单细胞RNA测序数据中因平移不变性导致的细胞类型误分类问题 | NA | 开发一种高效准确的单细胞RNA测序数据自动细胞类型识别方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | CNN | 基因表达数据 | 五个公共单细胞RNA测序基准数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 84 | 2026-03-09 |
MYB: A potential therapeutic target in triple-negative breast cancer based on the PI3K/AKT signaling pathway
2026-Jun, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示PI3K/AKT信号通路在三阴性乳腺癌与非三阴性乳腺癌预后差异中的关键作用，并识别MYB基因为潜在治疗靶点 | 首次通过整合多组学数据（包括单细胞RNA测序和空间转录组学）结合机器学习特征选择，系统阐明PI3K/AKT通路在TNBC预后差异中的核心机制，并发现传统中药桃红四物汤活性成分与MYB的强结合潜力 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证；分子对接结果需体外/体内实验确认；样本来源和批次效应可能影响结果泛化性 | 探究PI3K/AKT信号通路是否导致三阴性乳腺癌与非三阴性乳腺癌的预后差异，并寻找潜在治疗靶点 | 三阴性乳腺癌与非三阴性乳腺癌患者的转录组数据及MYB基因 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组测序，单细胞RNA测序，空间转录组学，分子对接 | 机器学习特征选择算法 | 转录组数据，单细胞数据，空间转录组数据 | 从GEO数据库下载的原始转录组数据集（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 85 | 2026-03-09 |
R-loop-driven molecular subtypes reveal prognostic and immunogenomic features in uterine corpus endometrial carcinoma
2026-Jun, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了R-loop活性在子宫体子宫内膜癌中的预后意义，并识别出CSDE1作为关键预测基因，其通过SPP1通路与免疫细胞相互作用，影响肿瘤进展和免疫抑制 | 首次将R-loop活性与UCEC的分子亚型、预后及免疫基因组特征关联，并发现CSDE1在成纤维细胞中的特异性表达及其通过SPP1通路介导的免疫抑制机制 | 研究主要基于公共数据库数据，缺乏大规模独立队列验证；功能实验仅限于CSDE1，其他R-loop基因的作用未深入探讨 | 阐明R-loop在子宫体子宫内膜癌中的预后价值和生物学机制，探索CSDE1作为潜在治疗靶点 | 子宫体子宫内膜癌患者样本及相关转录组、临床、突变和空间数据 | 生物信息学 | 子宫内膜癌 | 转录组分析、单细胞转录组学、空间转录组学、拷贝数变异分析、体细胞突变比较 | 预后模型 | 转录组数据、临床数据、突变数据、空间数据 | 来自TCGA及公共数据库的UCEC样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 86 | 2026-02-15 |
Metabolic-immune interactions in gastric cancer T cells: A single-cell atlas for prognostic biomarker identification
2026-Jun, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1002/qub2.70027
PMID:41675596
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量测序数据，系统表征了胃癌肿瘤微环境中的代谢异质性，并识别出与T细胞分化相关的预后生物标志物 | 首次在单细胞水平系统描绘胃癌代谢-免疫相互作用图谱，并构建了一个基于6个T细胞分化特征的新型风险评分模型，该模型在预测预后方面优于传统临床病理因素 | 研究主要基于公共数据集进行回顾性分析，需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证 | 揭示胃癌肿瘤微环境中代谢与免疫的相互作用，并开发用于预后分层和免疫治疗靶点识别的生物标志物 | 胃癌组织、恶性上皮细胞、T细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列、免疫组织化学 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据、微阵列数据、临床生存数据 | 23例胃癌组织的35,633个细胞（单细胞数据），以及来自UCSC Xena的批量RNA-seq数据和两个独立微阵列队列（GSE26899, GSE62254） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2026-02-05 |
An AI-assisted designed supramolecularly engineered nanoplatform reverses pigmentation by triggering an ineffective compensatory melanin production program
2026-Jun, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2026.01.027
PMID:41625493
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研究论文 | 本研究利用AI辅助计算筛选和超分子工程策略，构建了一种用于治疗皮肤色素沉着过度的双组装纳米系统，并揭示了其通过触发无效的代偿性黑色素生成程序来逆转色素沉着的机制 | 采用AI辅助计算模型筛选分子伴侣，结合分层超分子工程策略构建稳定的混合纳米平台，并首次通过单细胞转录组学揭示了药物通过加速黑素体降解引发无效转录激活的“功能抑制”新机制 | 未明确说明动物模型的具体类型和数量，临床前研究阶段尚未涉及人体试验 | 开发用于治疗皮肤色素沉着过度的新型纳米药物递送系统，并阐明其作用机制 | 黑色素细胞、皮肤免疫微环境 | 机器学习 | 皮肤色素沉着过度 | 单细胞转录组学、AI辅助计算筛选 | AI辅助计算筛选模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-02-05 |
Apolipoprotein E knockout attenuates vascular graft fibrosis by reducing profibrotic macrophage formation through low-density lipoprotein receptor related protein 1
2026-Jun, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2026.01.029
PMID:41625498
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研究论文 | 本研究揭示了载脂蛋白E（APOE）通过低密度脂蛋白受体相关蛋白1（LRP1）促进促纤维化巨噬细胞形成，进而通过分泌胰岛素样生长因子-1（IGF-1）介导血管移植物纤维化的机制 | 首次发现APOE在血管移植物纤维化中的关键作用，并阐明其通过LRP1调控促纤维化巨噬细胞形成及IGF-1分泌的新机制 | 研究主要基于动物模型，尚未在人体血管移植物中进行验证；AAV介导的APOE敲低治疗的长期安全性和有效性需进一步评估 | 探究血管移植物纤维化的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 小鼠主动脉移植物模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2025-12-26 |
Insights from RNA sequencing techniques revealing the molecular mechanisms associated with diabetic retinopathy
2026-Jun, Journal of diabetes and metabolic disorders
IF:1.8Q4
DOI:10.1007/s40200-025-01796-1
PMID:41445706
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综述 | 本文综述了RNA测序技术（包括bulk RNA-Seq和单细胞RNA测序）在揭示糖尿病视网膜病变分子机制中的应用 | 整合bulk RNA-Seq和scRNA-Seq研究，提出了从血管中心视角向生态系统中心视角的范式转变，并揭示了物种特异性转录模式和保守通路 | NA | 探讨RNA测序技术在理解糖尿病视网膜病变分子机制和识别潜在治疗靶点中的应用 | 糖尿病视网膜病变的分子机制、基因表达模式、细胞相互作用及潜在生物标志物 | 自然语言处理 | 糖尿病视网膜病变 | RNA测序（RNA-Seq），包括bulk RNA-Seq和单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA测序数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2025-12-23 |
Pathway to precision: machine learning and bioinformatics in diabetes gene expression studies
2026-Jun, Journal of diabetes and metabolic disorders
IF:1.8Q4
DOI:10.1007/s40200-025-01814-2
PMID:41424950
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综述 | 本文综述了2020年至2024年间糖尿病基因表达研究中机器学习与生物信息学的应用现状与进展 | 系统性地将现有研究归纳为六个类别，并量化分析了最常用的数据采集技术、生物信息学方法和机器学习技术，同时指出了RNA-seq和单细胞RNA-seq等新技术在糖尿病研究中的应用不足 | 纳入文献仅限于2020-2024年发表的开放获取英文文章，可能遗漏更早或非英文的重要研究；且为综述性文章，未进行原始数据分析 | 总结糖尿病研究中生物信息学、基因表达分析和机器学习的最新进展，以促进糖尿病精准医疗的发展 | 糖尿病相关的基因表达数据、生物标志物及研究方法 | 生物信息学 | 糖尿病 | 微阵列、RNA-seq、单细胞RNA-seq | LASSO, PCA | 基因表达数据 | 基于96篇文献的综述 | NA | NA | NA | NA |