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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 941 | 2026-04-14 |
SpNeigh: spatial neighborhood and differential expression analysis for high-resolution spatial transcriptomics
2026-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqag039
PMID:41972009
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研究论文 | 本文介绍了SpNeigh,一个用于高分辨率空间转录组学空间邻域分析和差异表达建模的R包 | SpNeigh通过边界检测、空间邻域提取、距离加权和基于梯度的统计测试,明确建模局部组织环境,如边界、邻域或梯度 | NA | 开发一个灵活且可解释的框架,用于解析复杂组织中的空间基因表达动态 | 小鼠大脑、人类乳腺癌和人类肝脏组织 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 基于样条的回归模型 | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | NA |
| 942 | 2026-04-13 |
IGHG1+ malignant epithelial Cell-myCAF crosstalk via MIF-CD74/APP-CD74 drives early brain metastasis in NSCLC: Delineated via primary tumor-brain metastasis single-cell and spatial transcriptomics
2026-Jun-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218451
PMID:41881335
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研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学技术,揭示了非小细胞肺癌早期脑转移的机制,并识别了CD74作为潜在治疗靶点 | 首次通过整合单核RNA测序和空间转录组学,揭示了IGHG1+恶性上皮细胞与肌成纤维样癌症相关成纤维细胞通过MIF-CD74/APP-CD74轴相互作用,驱动非小细胞肺癌早期脑转移的新机制 | 研究为回顾性分析,样本量相对有限(53例患者),且体外和体内验证仍需进一步扩展 | 探究非小细胞肺癌早期脑转移的机制,开发预测模型并识别潜在治疗靶点 | 53例非小细胞肺癌患者的石蜡样本,包括正常肺组织、原发肿瘤(有/无脑转移)、脑转移灶和正常脑组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单核RNA测序, 空间转录组学, GeoMx DSP, CosMx SMI | Augur, 伪时间分析, 空间通讯分析, ROC分析 | 转录组数据, 空间表达数据 | 53例非小细胞肺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 943 | 2026-04-11 |
Multi-omics analysis reveals AR as a potential prognostic factor and immune-related therapeutic target in gastric cancer
2026-Jun, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2026.102537
PMID:41890218
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研究论文 | 本研究通过多组学分析,揭示了雄激素受体(AR)在胃癌中的预后价值和作为免疫相关治疗靶点的潜力 | 首次系统分析了AR在多种癌症类型中的肿瘤免疫微环境作用及其对预后和免疫治疗反应的预测价值,特别是在胃癌中作为不良预后风险因素的新发现 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源和数量可能影响结果的普适性 | 探究AR在肿瘤免疫微环境中的作用及其作为预后标志物和免疫治疗靶点的潜力 | 多种癌症类型,重点关注胃癌 | 生物信息学 | 胃癌 | 多组学分析,单细胞测序 | NA | 基因组学,转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 944 | 2026-04-11 |
ACOT8-mediated palmitate accumulation promotes M1 macrophage polarization in renal ischemia-reperfusion injury via activation of the cGAS-STING pathway
2026-Jun-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116558
PMID:41905213
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研究论文 | 本研究揭示了ACOT8通过调控棕榈酸积累,激活cGAS-STING通路,从而促进巨噬细胞M1极化,加剧肾缺血再灌注损伤的分子机制 | 整合多组学数据与多层次实验验证,首次发现ACOT8在肾缺血再灌注损伤中通过调控脂质代谢(特别是棕榈酸)影响巨噬细胞极化的新机制,并利用肾脏特异性AAV9载体进行基因敲低验证其治疗潜力 | 研究主要在动物模型和细胞实验中进行,其临床转化效果和长期安全性有待进一步验证;ACOT8调控脂质代谢的具体上游信号通路尚未完全阐明 | 探究ACOT8在肾缺血再灌注损伤中的作用及分子机制,并评估其作为治疗靶点的潜力 | 肾缺血再灌注损伤模型小鼠、肾小管上皮细胞、巨噬细胞 | NA | 急性肾损伤/肾缺血再灌注损伤 | 多组学数据分析(pQTL孟德尔随机化、转录组学)、机器学习算法(LASSO、SVM-RFE)、单细胞RNA测序、脂质组学、体内外实验验证 | LASSO, SVM-RFE | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、脂质组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 945 | 2026-04-11 |
Neutrophil aconitate decarboxylase 1/itaconate axis suppresses extracellular traps via alkylating GSDMD and alleviates murine liver injury
2026-Jun-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116578
PMID:41915992
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研究论文 | 本文研究了中性粒细胞中ACOD1/itaconate轴通过烷基化GSDMD抑制NETs形成,从而减轻小鼠肝损伤的机制 | 首次揭示了ACOD1/itaconate轴通过烷基化GSDMD的Cys192残基来抑制NETs形成,为肝病治疗提供了新思路 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探索ACOD1与NETs在肝损伤中的关系及其作用机制 | 小鼠中性粒细胞及肝损伤模型 | 单细胞组学 | 肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 946 | 2026-03-28 |
Cell-type-specific genetic associations in Lewy body dementia identified using single-cell eQTL-based Mendelian randomization
2026-Jun, Archives of gerontology and geriatrics
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.archger.2026.106205
PMID:41855783
|
研究论文 | 本研究利用单细胞eQTL进行孟德尔随机化分析,识别了路易体痴呆中细胞类型特异的遗传关联 | 首次将单细胞转录组范围的孟德尔随机化与脑细胞类型特异性eQTL结合,揭示了ANKRD65在兴奋性神经元中表达与路易体痴呆风险的关联 | 研究主要基于遗传推断,需要进一步实验验证功能机制;样本分层可能影响统计效力 | 探索遗传变异通过细胞类型特异性机制影响路易体痴呆易感性的关联 | 路易体痴呆患者及对照人群的脑组织样本 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组测序,孟德尔随机化,贝叶斯共定位分析 | 逆方差加权模型 | 遗传与转录组数据 | 基于APOE ε4携带状态分层的独立路易体痴呆队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 947 | 2026-03-20 |
CSPG4+ extracellular vesicles carry fibronectin and interleukin-11 and reflect radiographic severity in knee osteoarthritis
2026-Jun, Osteoarthritis and cartilage open
DOI:10.1016/j.ocarto.2026.100769
PMID:41852774
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研究论文 | 本研究评估了血浆中CSPG4+细胞外囊泡作为膝骨关节炎严重程度的新型生物标志物,并揭示了其在关节组织中的定位及携带的致病性蛋白 | 首次将血浆CSPG4+细胞外囊泡频率与膝骨关节炎的影像学严重程度相关联,并发现其在滑液中富含纤维连接蛋白和白介素-11 | 研究未发现CSPG4+细胞外囊泡与症状性骨关节炎严重程度的相关性,且样本量相对有限 | 评估CSPG4+血浆细胞外囊泡作为膝骨关节炎严重程度的新型生物标志物 | 膝骨关节炎患者 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据、影像数据 | 204名骨关节炎患者(包括51名发现队列、92名验证队列和61名滑液样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 948 | 2026-03-14 |
FOXN1 immunodeficiency detected by TREC-based newborn screening - A challenge of management?
2026-Jun, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2026.107142
PMID:41610918
|
研究论文 | 本文通过TREC新生儿筛查发现FOXN1免疫缺陷,并详细描述了三位携带四种新FOXN1突变新生儿的临床病程,强调管理挑战 | 首次报道四种新的FOXN1突变,并利用高分辨率单细胞RNA测序结合流式细胞术进行综合免疫表征,揭示B细胞群体异常 | 样本量小(仅三位新生儿),基因型-表型相关性不完全,临床管理策略仍需验证 | 探讨非SCID FOXN1免疫缺陷的临床管理挑战,通过免疫表征理解疾病异质性 | 三位携带FOXN1突变的新生儿 | 数字病理学 | 免疫缺陷病 | TREC新生儿筛查,流式细胞术免疫表型分析,高分辨率单细胞RNA测序 | NA | 基因测序数据,流式细胞数据,单细胞RNA测序数据 | 三位新生儿(P1、P2、P3) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 949 | 2026-03-13 |
Machine learning reveals sex-biased platelet-associated molecular signatures in systemic lupus erythematosus
2026-Jun, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2026.107136
PMID:41506349
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研究论文 | 本研究利用机器学习方法揭示了系统性红斑狼疮中性别偏倚的血小板相关分子特征 | 首次通过整合多个转录组数据集和机器学习算法,系统性识别了SLE中性别特异性的候选基因,特别是发现了血小板糖蛋白VI(GP6)在男性SLE患者中的差异表达及其与PTCRA的关联 | 研究基于公共数据库的转录组数据,可能受样本异质性和批次效应影响;未进行实验验证;样本量相对有限 | 探究系统性红斑狼疮中性别差异的分子基础,特别是血小板相关基因的表达模式 | 338名个体(175名正常对照和163名SLE患者)的转录组数据 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 转录组学分析、差异基因表达分析、机器学习算法、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习算法(未指定具体模型) | 转录组数据 | 338个样本(来自6个SLE研究) | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析 | NA | NA |
| 950 | 2026-03-10 |
Platycodin D3 protects against sepsis-associated acute lung injury through direct inhibition of the PKM2-NLRP3 axis
2026-Jun, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112443
PMID:41748044
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和实验验证,发现桔梗皂苷D3通过直接靶向PKM2抑制NLRP3炎症小体激活,从而减轻脓毒症相关急性肺损伤 | 首次将桔梗皂苷D3鉴定为直接结合并稳定PKM2的天然产物,通过靶向PKM2-NLRP3轴治疗脓毒症相关急性肺损伤 | 研究主要基于LPS诱导的小鼠模型和RAW264.7巨噬细胞,临床转化潜力需进一步验证 | 探索靶向PKM2-NLRP3轴治疗脓毒症相关急性肺损伤的新治疗策略 | 脓毒症相关急性肺损伤患者样本、LPS诱导的小鼠模型、RAW264.7巨噬细胞 | 生物信息学与分子药理学 | 脓毒症相关急性肺损伤 | 差异表达谱分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、单细胞RNA测序、分子对接、微尺度热泳、表面等离子体共振、细胞热位移分析、Seahorse代谢分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞RNA测序数据、代谢数据 | 脓毒症相关急性肺损伤患者样本、LPS诱导的小鼠模型、RAW264.7巨噬细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 951 | 2026-03-09 |
R-loop-driven molecular subtypes reveal prognostic and immunogenomic features in uterine corpus endometrial carcinoma
2026-Jun, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了R-loop活性在子宫体子宫内膜癌中的预后意义,并识别出CSDE1作为关键预测基因,其通过SPP1通路与免疫细胞相互作用,影响肿瘤进展和免疫抑制 | 首次将R-loop活性与UCEC的分子亚型、预后及免疫基因组特征关联,并发现CSDE1在成纤维细胞中的特异性表达及其通过SPP1通路介导的免疫抑制机制 | 研究主要基于公共数据库数据,缺乏大规模独立队列验证;功能实验仅限于CSDE1,其他R-loop基因的作用未深入探讨 | 阐明R-loop在子宫体子宫内膜癌中的预后价值和生物学机制,探索CSDE1作为潜在治疗靶点 | 子宫体子宫内膜癌患者样本及相关转录组、临床、突变和空间数据 | 生物信息学 | 子宫内膜癌 | 转录组分析、单细胞转录组学、空间转录组学、拷贝数变异分析、体细胞突变比较 | 预后模型 | 转录组数据、临床数据、突变数据、空间数据 | 来自TCGA及公共数据库的UCEC样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 952 | 2026-02-15 |
Metabolic-immune interactions in gastric cancer T cells: A single-cell atlas for prognostic biomarker identification
2026-Jun, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1002/qub2.70027
PMID:41675596
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量测序数据,系统表征了胃癌肿瘤微环境中的代谢异质性,并识别出与T细胞分化相关的预后生物标志物 | 首次在单细胞水平系统描绘胃癌代谢-免疫相互作用图谱,并构建了一个基于6个T细胞分化特征的新型风险评分模型,该模型在预测预后方面优于传统临床病理因素 | 研究主要基于公共数据集进行回顾性分析,需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证 | 揭示胃癌肿瘤微环境中代谢与免疫的相互作用,并开发用于预后分层和免疫治疗靶点识别的生物标志物 | 胃癌组织、恶性上皮细胞、T细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列、免疫组织化学 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据、微阵列数据、临床生存数据 | 23例胃癌组织的35,633个细胞(单细胞数据),以及来自UCSC Xena的批量RNA-seq数据和两个独立微阵列队列(GSE26899, GSE62254) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 953 | 2026-02-05 |
An AI-assisted designed supramolecularly engineered nanoplatform reverses pigmentation by triggering an ineffective compensatory melanin production program
2026-Jun, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2026.01.027
PMID:41625493
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研究论文 | 本研究利用AI辅助计算筛选和超分子工程策略,构建了一种用于治疗皮肤色素沉着过度的双组装纳米系统,并揭示了其通过触发无效的代偿性黑色素生成程序来逆转色素沉着的机制 | 采用AI辅助计算模型筛选分子伴侣,结合分层超分子工程策略构建稳定的混合纳米平台,并首次通过单细胞转录组学揭示了药物通过加速黑素体降解引发无效转录激活的“功能抑制”新机制 | 未明确说明动物模型的具体类型和数量,临床前研究阶段尚未涉及人体试验 | 开发用于治疗皮肤色素沉着过度的新型纳米药物递送系统,并阐明其作用机制 | 黑色素细胞、皮肤免疫微环境 | 机器学习 | 皮肤色素沉着过度 | 单细胞转录组学、AI辅助计算筛选 | AI辅助计算筛选模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 954 | 2026-02-05 |
Apolipoprotein E knockout attenuates vascular graft fibrosis by reducing profibrotic macrophage formation through low-density lipoprotein receptor related protein 1
2026-Jun, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2026.01.029
PMID:41625498
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研究论文 | 本研究揭示了载脂蛋白E(APOE)通过低密度脂蛋白受体相关蛋白1(LRP1)促进促纤维化巨噬细胞形成,进而通过分泌胰岛素样生长因子-1(IGF-1)介导血管移植物纤维化的机制 | 首次发现APOE在血管移植物纤维化中的关键作用,并阐明其通过LRP1调控促纤维化巨噬细胞形成及IGF-1分泌的新机制 | 研究主要基于动物模型,尚未在人体血管移植物中进行验证;AAV介导的APOE敲低治疗的长期安全性和有效性需进一步评估 | 探究血管移植物纤维化的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 小鼠主动脉移植物模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 955 | 2025-12-26 |
Insights from RNA sequencing techniques revealing the molecular mechanisms associated with diabetic retinopathy
2026-Jun, Journal of diabetes and metabolic disorders
IF:1.8Q4
DOI:10.1007/s40200-025-01796-1
PMID:41445706
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综述 | 本文综述了RNA测序技术(包括bulk RNA-Seq和单细胞RNA测序)在揭示糖尿病视网膜病变分子机制中的应用 | 整合bulk RNA-Seq和scRNA-Seq研究,提出了从血管中心视角向生态系统中心视角的范式转变,并揭示了物种特异性转录模式和保守通路 | NA | 探讨RNA测序技术在理解糖尿病视网膜病变分子机制和识别潜在治疗靶点中的应用 | 糖尿病视网膜病变的分子机制、基因表达模式、细胞相互作用及潜在生物标志物 | 自然语言处理 | 糖尿病视网膜病变 | RNA测序(RNA-Seq),包括bulk RNA-Seq和单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 956 | 2025-12-23 |
Pathway to precision: machine learning and bioinformatics in diabetes gene expression studies
2026-Jun, Journal of diabetes and metabolic disorders
IF:1.8Q4
DOI:10.1007/s40200-025-01814-2
PMID:41424950
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综述 | 本文综述了2020年至2024年间糖尿病基因表达研究中机器学习与生物信息学的应用现状与进展 | 系统性地将现有研究归纳为六个类别,并量化分析了最常用的数据采集技术、生物信息学方法和机器学习技术,同时指出了RNA-seq和单细胞RNA-seq等新技术在糖尿病研究中的应用不足 | 纳入文献仅限于2020-2024年发表的开放获取英文文章,可能遗漏更早或非英文的重要研究;且为综述性文章,未进行原始数据分析 | 总结糖尿病研究中生物信息学、基因表达分析和机器学习的最新进展,以促进糖尿病精准医疗的发展 | 糖尿病相关的基因表达数据、生物标志物及研究方法 | 生物信息学 | 糖尿病 | 微阵列、RNA-seq、单细胞RNA-seq | LASSO, PCA | 基因表达数据 | 基于96篇文献的综述 | NA | NA | NA | NA |