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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 661 | 2026-06-21 |
CIPHER: An end-to-end framework for designing optimized aggregated spatial transcriptomics experiments
2026-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014362
PMID:42241464
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研究论文 | CIPHER是一个端到端框架,用于设计优化的聚合空间转录组学实验 | 联合优化实验编码矩阵和下游细胞嵌入,并将成像检测的物理限制直接整合到损失函数中 | 基于模拟数据和小鼠脑参考数据验证,对组织异质性和噪声的鲁棒性仍有待进一步验证 | 设计优化的聚合空间转录组学实验框架 | 聚合空间转录组学实验中的特征设计与解码准确性 | 机器学习和数字病理学 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | 神经网络 | 序列数据 | 小鼠脑scRNA-seq参考数据(大规模) | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 662 | 2026-06-21 |
StPedf: Cell trajectory inference of spatial transcriptomics via spatial proximity embedding and spatial density-adaptive fusion
2026-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014346
PMID:42247447
|
研究论文 | 提出一种基于空间邻近嵌入和空间密度自适应融合的细胞轨迹推断方法StPedf,用于从空间转录组数据重建细胞发育轨迹 | 核心创新在于使用带掩码机制的神经网络捕捉高维基因与空间位置的复杂非线性交互,并基于空间密度动态自适应调整嵌入和邻域信息权重,从而实现空间引导的轨迹推断 | 现有方法难以统一建模高维基因表达与空间坐标之间的复杂非线性交互 | 开发一种能够利用空间信息准确推断细胞发育动态轨迹的方法 | 空间转录组数据中细胞的基因表达和空间位置信息 | 机器学学习 | NA | 空间转录组学 | 神经网络 | 基因表达数据、空间坐标数据 | 五个不同结构模拟数据集及三个真实数据集(墨西哥钝口螈端脑再生、原发肿瘤、人背外侧前额叶皮层) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 663 | 2026-06-21 |
RNA Metabolism Genes as Prognostic Biomarkers and Therapeutic Targets in Colorectal Cancer Based on the Analysis of Single-Cell and Bulk-RNA Sequencing Data
2026-06, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71236
PMID:42271539
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,鉴定与结直肠癌进展相关的RNA代谢基因,并评估其临床意义 | 首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据构建基于PCBP3和NGRN的两基因预后模型,并揭示其在结直肠癌中的免疫调控机制 | 仅使用HCT116细胞系进行功能验证,缺乏原代细胞和体内实验支持 | 鉴定结直肠癌中RNA代谢相关基因的生物标志物和治疗靶点 | 结直肠癌患者的单细胞和bulk RNA测序数据 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | 预后模型 | 基因表达数据 | 多个独立验证队列 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 664 | 2026-06-21 |
Immune Landscape and Tumour Heterogeneity in Ovarian Cancer: Insights From Single-Cell RNA Sequencing
2026-Jun, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71235
PMID:42277572
|
综述 | 利用单细胞RNA测序揭示卵巢癌的免疫景观与肿瘤异质性 | 通过scRNA-seq技术高分辨率解析肿瘤微环境中免疫细胞的多样性和功能状态,为个性化免疫治疗提供新平台 | 未提及具体实验验证或临床转化中的挑战 | 研究卵巢癌中免疫细胞浸润的异质性及其对治疗反应的影响 | 卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞(包括树突状细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、自然杀伤细胞和T淋巴细胞等) | 数字病理学 | 卵巢癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 665 | 2026-06-20 |
Enzyme-converted O kidneys allow ABO-incompatible transplantation without hyperacute rejection in a human decedent model
2026-Jun, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-025-01513-6
PMID:41044341
|
研究论文 | 通过酶转化O型血肾脏实现ABO血型不相容移植而不引发超急性排斥反应的人体模型研究 | 首次在人体模型上采用供体中心脱敏方案,通过低温灌注将A型肾脏转化为酶转化O型肾脏,成功避免超急性排斥反应,并提出长期耐受的潜力 | 移植后第3天开始出现抗体介导的损伤和补体沉积,伴随A抗原再生,提示需要进一步研究以延长耐受期 | 探索供体中心器官工程策略,以扩大ABO血型不相容肾移植的应用范围 | A型血肾脏和O型血脑死亡受体 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | 一个酶转化O型肾脏移植给一名高抗A抗体滴度的O型脑死亡受体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 666 | 2026-06-19 |
Spatial transcriptomics identifies distinct domains regulating yield-component traits of the wheat ear
2026-Jun-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aed1407
PMID:42308303
|
研究论文 | 利用空间转录组学分析小麦花序发育过程中的转录景观,鉴定出两个空间上不同的区域调控小穗结构与产量相关性状 | 首次运用空间转录组学技术研究小麦花序的转录图谱,揭示了两个调控小穗结构的空间不同区域及其基因表达特征 | 未明确说明局限性,但可能包括样本数量有限或实验条件限制 | 探究小麦花序发育过程中基因如何相互作用调控花序形态及支持结构的发育 | 发育中的小麦花序 | 数字病理学、机器学习 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 未明确说明 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 667 | 2026-06-19 |
CXCL12 upregulates PD-L1 expression and promotes M2 polarisation of tumour-associated macrophages to confer anti-PD-1 resistance in gastric cancer
2026-Jun-18, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association
IF:6.0Q1
DOI:10.1007/s10120-026-01769-0
PMID:42310180
|
研究论文 | 探究 CXCL12 通过上调 PD-L1 表达和促进肿瘤相关巨噬细胞 M2 极化导致胃癌抗 PD-1 耐药的机制 | 首次发现 CXCL12 作为胃癌抗 PD-1 耐药新基因,揭示 CXCL12/CXCR4/PI3K/AKT/HIF-1α 轴通过双重途径促进耐药 | NA | 阐明 CXCL12 在胃癌抗 PD-1 耐药中的作用及机制 | 抗 PD-1 耐药胃癌小鼠模型、人及小鼠胃癌细胞系 | machine learning | 胃癌 | 单细胞转录组测序、分子对接、药物亲和力响应靶标稳定性实验、RT-qPCR、ELISA、免疫荧光、蛋白质印迹 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 668 | 2026-06-19 |
Integrated Bioinformatics and Explainable Machine Learning Analyses Reveal Mesenchymal Stem Cell Exosome-Related Biomarkers for Diabetic Retinopathy
2026-Jun-18, Journal of ocular pharmacology and therapeutics : the official journal of the Association for Ocular Pharmacology and Therapeutics
IF:1.9Q3
DOI:10.1177/10807683261460674
PMID:42311145
|
研究论文 | 通过整合生物信息学和可解释机器学习分析,发现间充质干细胞外泌体相关的糖尿病视网膜病变生物标志物 | 首次结合Mfuzz聚类、可解释机器学习(LASSO和随机森林)与单细胞RNA测序,从间充质干细胞外泌体相关基因中识别出YBX1和PSMA7作为糖尿病视网膜病变的核心生物标志物,并基于此构建了诊断预测模型 | 诊断模型的AUC仅超过0.7,临床效用和治疗相关性仍需进一步研究验证 | 识别与间充质干细胞外泌体相关的糖尿病视网膜病变潜在生物标志物 | 糖尿病视网膜病变小鼠模型的视网膜组织 | 机器学习 | 糖尿病视网膜病变 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 蛋白质印迹法 | LASSO回归, 随机森林 | 转录组数据, 蛋白质数据, 单细胞RNA测序数据 | 糖尿病视网膜病变小鼠模型样本(数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 669 | 2026-06-19 |
Deciphering the metabolic landscape of MYCN non-amplified neuroblastoma through integrated multiomics
2026-Jun-18, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.70595
PMID:42311143
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序、蛋白质组学和代谢组学,系统解析了MYCN非扩增型神经母细胞瘤的代谢特征,特别是脂质代谢重编程在高危疾病进展中的关键作用 | 首次对MYCN非扩增型神经母细胞瘤进行多组学整合代谢特征分析,结合单细胞RNA测序、蛋白质组学和代谢组学,并利用随机森林分类器和双向正交偏最小二乘法筛选生物标志物,揭示了脂质代谢重编程在高危疾病进展中的核心作用 | 样本量较小(仅22例神经母细胞瘤样本),可能限制结果的普遍性;缺乏功能验证实验来确认鉴定到的关键分子(如RPL9和POLR2G)和代谢物的因果关系 | 阐明MYCN非扩增型神经母细胞瘤的代谢景观,揭示脂质代谢重编程在其发病机制中的重要作用,并识别潜在的治疗靶点 | 22例神经母细胞瘤样本(包括MYCN扩增组和MYCN非扩增组) | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 代谢组学, 多组学整合分析 | 随机森林分类器 | 单细胞转录组, 蛋白质组, 代谢组 | 22例神经母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 代谢组学 | NA | NA |
| 670 | 2026-06-19 |
Slit2/Robo Signaling Restores Diabetic Erectile Function via Neurovascular Remodeling
2026-Jun-18, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.70288
PMID:42312595
|
研究论文 | 本文研究了Slit2/Robo信号通路在糖尿病性勃起功能障碍中通过神经血管重塑恢复勃起功能的作用 | 首次揭示了Slit2/Robo信号通路在糖尿病性勃起功能障碍中的调控作用,并通过AAV递送Slit2实现了同步的神经血管再生和功能恢复 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证,且AAV递送的安全性和长期效果需要进一步评估 | 探索Slit2/Robo信号通路在糖尿病性勃起功能障碍中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 糖尿病小鼠的阴茎海绵体组织 | 数字病理学 | 糖尿病相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 胚胎到出生后阶段的生殖结节样本以及糖尿病和对照小鼠的阴茎海绵体组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 671 | 2026-06-19 |
Comprehensive multi-omic profiling of desmoplastic small round cell tumors identifies targetable pathways with therapeutic opportunities
2026-Jun-18, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-25-1134
PMID:42312950
|
研究论文 | 对促纤维增生性小圆细胞肿瘤进行综合多组学分析,确定具有治疗机会的可靶向通路 | 首次对DSRCT患者肿瘤样本进行综合多组学分析,结合单细胞和整体RNA测序、蛋白质分析、免疫功能检测和同源重组缺陷功能性检测,揭示了患者特异性脆弱点和可靶向的生物学特征 | 样本量较小,仅来自5名患者的9个肿瘤活检样本 | 深入表征DSRCT肿瘤特征,发现可靶向通路以指导精准治疗策略 | 促纤维增生性小圆细胞肿瘤(DSRCT) | 机器学习 | 肉瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质谱, 免疫组化, 功能性HRD检测 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 蛋白质数据 | 5名患者的9个肿瘤活检样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq, 整体RNA-seq | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序, Illumina NovaSeq整体RNA-seq |
| 672 | 2026-06-19 |
Single-cell Technologies in Atherosclerosis: Uncovering Cellular Heterogeneity, Mechanisms, and Therapeutic Opportunities
2026-Jun-18, Current atherosclerosis reports
IF:5.7Q1
DOI:10.1007/s11883-026-01432-0
PMID:42313358
|
综述 | 综述单细胞分析技术在动脉粥样硬化研究中的应用,揭示细胞异质性和疾病机制 | 整合单细胞转录组、表观基因组、蛋白质组和空间数据,发现新的巨噬细胞和血管平滑肌细胞表型、内皮功能障碍特征及寡克隆T细胞群体 | 未提及具体局限性 | 探讨单细胞技术如何阐明动脉粥样硬化的细胞和分子复杂性,推动生物标志物发现和精准治疗 | 动脉粥样硬化斑块中的免疫细胞和血管细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据、表观基因组数据、蛋白质组数据、空间数据 | 人及实验动物模型 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 673 | 2026-06-19 |
Common γ-chain cytokines induce an epigenomically plastic precursor-like KIT+ ILC2 state linked to immune disease susceptibility
2026-Jun-17, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2026.05.029
PMID:42309230
|
研究论文 | 本研究结合多组学分析揭示了KIT+ ILC2细胞维持一种前体样表观基因组状态,该状态与免疫疾病易感性相关联,并发现常见γ链细胞因子通过STAT5信号诱导和维持这种状态 | 首次定义KIT+ ILC2为一种发育未成熟的前体样状态,阐明其表观基因组可塑性机制及与免疫疾病遗传风险变异的关联 | 未提及 | 阐述KIT+ ILC2增强可塑性的分子基础,并鉴定诱导该表型的信号及其与免疫疾病易感性的关联 | 人类原发性KIT+和KITneg ILC2细胞以及多能ILC前体细胞 | 机器学习 | 哮喘, 银屑病, 自身免疫病 | RNA-seq, ATAC-seq | NA | 转录组数据, 表观基因组数据, 单细胞数据 | 人类原发性细胞样本(包括KIT+和KITneg ILC2及ILCP) | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 批量RNA测序, 批量ATAC测序 | NA | NA |
| 674 | 2026-06-19 |
Comparative Analysis of Classical and Emerging Experimental Animal Models of Liver Injury: A Comprehensive Review
2026-Jun-17, Journal of applied toxicology : JAT
IF:2.7Q3
DOI:10.1002/jat.70268
PMID:42309521
|
综述 | 对18种不同实验动物肝损伤模型进行并排比较分析,并整合新兴技术以指导模型选择 | 首次构建了涵盖经典肝毒素模型、饮食模型和新兴系统(如人源化小鼠、类器官)的并排比较框架,提出了基于决策树的模型选择框架,并将单细胞测序等组学技术系统整合入传统模型比较 | 缺乏对模型翻译有效性(特别是针对iDILI、NASH和HILI)的深入基准评估,且未提供实验验证数据 | 填补肝损伤动物模型领域中关于综合比较框架、翻译有效性基准、决策指南和新兴技术整合的四项关键空白 | 18种不同肝损伤动物模型及人源化小鼠、CRISPR筛选、类器官等新兴工具 | 机器学习 | 肝损伤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学、CRISPR筛选 | 决策树 | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 675 | 2026-06-19 |
Flexible and scalable inference of spatially varying correlation in spatial transcriptomics with spCorr
2026-Jun-17, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281559.125
PMID:42309667
|
研究论文 | 提出spCorr框架,用于灵活可扩展地推断空间转录组中的空间变化相关性 | 首次提出灵活可扩展的回归框架spCorr,用于检测基因对之间的空间变化相关性(SVC),提供可解释的斑点级别基因相关性估计 | 现有工具在分析空间变化相关性方面仍有限 | 研究空间转录组中基因间相关性随空间位置的变化 | 基因对的空间变化相关性 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 回归模型 | 空间转录组数据 | 模拟数据和真实数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 676 | 2026-06-19 |
Exhausted CD8⁺ T cells promote ovarian cancer immunosuppression via CCL3-Driven M2 macrophage polarization
2026-Jun-17, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08772-4
PMID:42309997
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示耗竭性CD8⁺T细胞通过CCL3-CCR1轴驱动M2型巨噬细胞极化,促进高级别浆液性卵巢癌免疫抑制 | 首次发现耗竭性CD8⁺T细胞通过CCL3-CCR1配体-受体轴与M2型巨噬细胞相互作用,形成新的免疫调控轴,为逆转HGSOC免疫冷肿瘤微环境提供新靶点 | 样本量较小(仅8例患者和1例正常组织),未涉及体内模型验证,CCL3治疗潜力需进一步在动物模型中确认 | 探究高级别浆液性卵巢癌免疫微环境特征及免疫抑制机制 | 高级别浆液性卵巢癌肿瘤组织和正常卵巢组织中的免疫细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8例未接受治疗的HGSOC患者肿瘤组织和1例正常卵巢组织,共84,065个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'试剂盒 |
| 677 | 2026-06-19 |
Fibroblast adipogenesis restricts hemangioma growth through a PPARγ/Hippo-YAP/TAZ axis that promotes endothelial apoptosis and cell cycle arrest
2026-Jun-17, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-026-03176-x
PMID:42310011
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析,发现成纤维细胞向脂肪细胞分化通过PPARγ/Hippo-YAP/TAZ轴抑制血管瘤内皮细胞增殖并促进其凋亡,揭示了肿瘤微环境调控血管瘤进展的新机制 | 首次揭示成纤维细胞脂肪分化通过PPARγ/Hippo-YAP/TAZ信号轴调控血管瘤内皮细胞行为的微环境调控机制 | NA | 探究成纤维细胞表型重塑如何影响血管瘤内皮细胞功能 | 婴儿血管瘤组织中的成纤维细胞和内皮细胞 | 机器学习 | 血管瘤 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 678 | 2026-06-19 |
Redox-regulated in situ-forming hydrogel informed by single-cell transcriptomics for functional restoration of injured vocal folds
2026-Jun-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74477-z
PMID:42310014
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学指导开发原位形成氧化还原调节水凝胶,用于恢复受损声带功能 | 结合单细胞RNA测序分析受损声带,揭示上皮细胞氧化应激上调,据此设计原位形成且可调控氧化还原的水凝胶,实现快速物理屏蔽和微环境调节,促进上皮细胞保护和功能恢复 | 摘要未明确提及局限性,可能包括长期效果验证不足或临床转化挑战 | 开发基于单细胞转录组学指导的原位形成水凝胶,用于功能修复受损声带 | 受损人类声带(体外和体内模型) | 机器学习 | 声带损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 受损人类声带样本(具体数量未说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序用于分析受损声带组织 |
| 679 | 2026-06-19 |
Glucocorticoid-induced Leucine Zipper (GILZ) is a novel secreted protein by intestinal L-cells and is dysregulated during active ulcerative colitis
2026-Jun-17, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-026-03204-w
PMID:42310308
|
研究论文 | 研究发现糖皮质激素诱导的亮氨酸拉链蛋白(GILZ)是肠道L细胞的一种新型分泌蛋白,在活动性溃疡性结肠炎中表达失调 | 首次发现GILZ是肠道L细胞(分泌GLP-1)的新型分泌产物,并证明其具有抗炎特性,为溃疡性结肠炎治疗提供新靶点 | 主要基于体外细胞系实验和公开单细胞RNA测序数据,缺乏体内功能验证和更大样本量的临床验证 | 鉴定表达GILZ的肠内分泌细胞亚型,解析其分泌功能在人类溃疡性结肠炎炎症中的变化及作用 | 肠内分泌细胞中的L细胞和肠嗜铬细胞、结肠黏膜活检组织、NCI-H716 L细胞系和Caco2上皮细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序,共聚焦免疫荧光,组织学分析 | NA | 公开单细胞RNA测序数据集, 组织切片图像 | 健康个体、活动性UC和静止期UC患者的结肠黏膜活检组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 680 | 2026-06-19 |
Aging disrupts spatiotemporal coordination in the cycling murine ovary
2026-Jun-17, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-026-01140-z
PMID:42310395
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研究论文 | 利用Slide-seq空间转录组学方法分析小鼠卵巢在生殖周期和衰老过程中的多细胞动态变化,揭示衰老如何破坏卵巢功能所需的时空协调 | 首次在近单细胞分辨率下系统描绘生殖周期和衰老过程中卵巢多细胞生态位的时空动态变化,开发了新的分割流程分析了358个卵母细胞、668个卵泡和236个黄体的多细胞动力学 | 未在标题和摘要中明确提及局限性 | 探究衰老如何破坏卵巢在生殖周期中卵泡发育、排卵和组织再生的时空协调 | 22只小鼠卵巢,涵盖生殖周期各阶段和不同年龄,采集610,620个空间点形成69个空间图谱 | 空间转录组学 | 生殖衰老 | Slide-seq空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 22只小鼠卵巢,610,620个空间点,69个空间图谱,358个卵母细胞,668个卵泡,236个黄体 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Slide-seq | Slide-seq近细胞空间转录组学方法 |