单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1083 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2026-07-27 |
The Serpin Superfamily in Adipose Tissue Remodeling: Molecular Drivers of Immune-Metabolic Crosstalk and Insulin Sensitivity
2026-Jun-23, Biology
DOI:10.3390/biology15130989
PMID:42450537
|
综述 | 综述serpin超家族在脂肪组织重塑中作为免疫-代谢串扰和胰岛素敏感性分子驱动因子的作用 | 系统阐述serpin超家族在脂肪组织重塑中的结构功能多样性及其在免疫-代谢串扰中的调控作用，并提出蛋白酶-抗蛋白酶平衡是代谢健康的关键决定因素 | 未明确提及 | 整合serpin超家族在脂肪组织重塑中的当前知识，探讨其机制作用，推动相关生物标志物和治疗靶点的识别 | serpin超家族及其在脂肪组织重塑和免疫-代谢串扰中的机制 | 机器学习和计算生物学 | 肥胖及相关代谢疾病 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 402 | 2026-07-27 |
Single-Cell Omics Advances in Understanding Tissue Development and Complex Trait Formation in Sheep and Goats
2026-Jun-23, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani16131948
PMID:42450655
|
综述 | 综述单细胞组学技术在理解绵羊和山羊组织发育及复杂性状形成中的进展 | 系统总结了单细胞组学在绵羊和山羊多种组织中的应用，并提出了整合单细胞多组学、空间转录组学和群体遗传学的新策略，以细胞类型特异性和空间信息背景解析调控机制 | 多数研究依赖单细胞RNA测序，受限于基因组注释不完整、生产性状覆盖不足及与群体遗传学整合薄弱，限制了其在分子育种中的应用 | 总结单细胞组学在绵羊和山羊组织发育和性状形成中的进展，并讨论新兴整合策略以加速基因发现和精准育种 | 绵羊和山羊的皮肤、毛囊、生殖器官、代谢组织和脂肪组织 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞多组学、空间转录组学、CRISPR/Cas9 | NA | 文本、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序、单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 403 | 2026-07-27 |
Border-Associated Macrophages in CNS Health and Disease: A Comprehensive Review of Ontogeny, Heterogeneity, and Functional Plasticity at Neural Interfaces
2026-06-11, ASN neuro
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/17590914.2026.2687503
PMID:42397694
|
综述 | 系统综述中枢神经系统边界相关巨噬细胞的起源、异质性和功能可塑性及其在健康和疾病中的作用 | 首次全面整合BAM在脑膜、脉络丛和血管周围空间的区室特异性异质性，提出统一框架并揭示其从保护性稳态到致病性的双重角色转换机制 | 未明确讨论BAM研究的局限性，可能包括物种差异、技术限制和临床转化挑战 | 综合阐述BAM的起源、区室特异性异质性、转录程序及其在神经疾病中的功能角色 | 中枢神经系统边界相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 谱系追踪、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 文本、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 404 | 2026-07-27 |
Inflammatory genital strain of Chlamydia trachomatis elicits a Th17 immune response
2026-Jun-07, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkag177
PMID:42413199
|
研究论文 | 利用小鼠模型发现沙眼衣原体D型株选择性诱导Th17免疫反应，可能加剧生殖道炎症病理 | 首次揭示沙眼衣原体血清型特异性Th17极化机制，通过单细胞RNA测序鉴定Bhlhe40和Il1r1作为炎症表型的转录特征 | 未明确Th17细胞在人体中的直接病理作用；未探讨其他免疫细胞亚群的协同效应 | 阐明沙眼衣原体炎症型菌株D型如何通过Th17免疫反应引发组织病理损伤 | 沙眼衣原体D型和L2型血清型感染的小鼠生殖道模型 | 机器学习 | 肺炎衣原体相关疾病（生殖道炎症） | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠子宫CD4+T细胞（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序分析D型沙眼衣原体感染小鼠子宫CD4+T细胞 |
| 405 | 2026-07-26 |
Human Umbilical Cord Mesenchymal Stem Cell-Derived Exosomes Attenuate Renal Fibrosis by Suppressing Fibroblast Activation via the INHBA/PI3K/AKT Pathway
2026-Jun-29, Pediatric discovery
DOI:10.1002/pdi3.70061
PMID:42500264
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 406 | 2026-06-26 |
ScQCenrich enables multi-metric quality control for single-cell RNA sequencing
2026-06-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10382-x
PMID:42342867
|
research paper | 提出scQCenrich，一种用于单细胞RNA测序的多指标质量控制框架，整合规范指标与内含子比例、MALAT1富集、解离应激特征等，跨数据集验证减少过度过滤并保持细胞群体一致性 | 首次将内含子比例、MALAT1富集和解离应激特征整合到单细胞RNA测序的质量控制框架中，提供可解释的多指标QC决策，优于传统固定阈值和基于模型的比较方法 | 仅适用于细胞调用后的全细胞单细胞RNA测序数据，在高品质外周血单核细胞数据中表现保守，可能对某些特殊细胞类型或平台适用性需进一步验证 | 开发并验证一个多指标、可解释的质量控制框架，以改进单细胞RNA测序数据的质量控制决策 | 小鼠大脑、小鼠心脏和肺癌数据集，以及高品质外周血单核细胞数据 | machine learning | lung cancer | scRNA-seq | NA | 单细胞基因表达数据 | 小鼠大脑、小鼠心脏和肺癌数据集，以及高品质外周血单核细胞数据 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 407 | 2026-06-10 |
ArchVelo: archetypal velocity modeling for single-cell multi-omic trajectories
2026-Jun-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74000-4
PMID:42248920
|
研究论文 | ArchVelo是一个从配对单细胞染色质可及性和转录组数据推断细胞轨迹的计算框架 | 将染色质可及性表示为共享调控程序的“原型”（archetypes），模型调控对转录的动态影响 | 未提及 | 从静态单细胞数据推断细胞动态和基因调控轨迹 | 小鼠脑、人类造血、病毒感染的CD8 T细胞 | 机器学习 | 病毒感染 | 单细胞多组学 | 原型速度模型 | 单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和转录组（scRNA-seq）数据 | 小鼠脑、人类造血数据集及病毒感染的CD8 T细胞样本 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 408 | 2026-06-06 |
Inference of spatial chromatin accessibility via integration of spatial transcriptomics and single-cell multi-omics data
2026-Jun-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73948-7
PMID:42243114
|
研究论文 | 提出了一个统一的计算方法ISON，通过整合空间转录组学和单细胞多组学数据，推断空间染色质可及性 | ISON能够准确预测空间位点的染色质可及性图谱，并重建空间分辨的基因调控网络，且在时间和内存上具有可扩展性；其预测的染色质可及性可捕捉顺式和反式调控信息，并能估计位点水平的转录因子活性，区分同一家族内的转录因子，这是仅依靠染色质可及性数据的方法所不具备的特点 | 当前尚无商用试剂盒可同时进行空间多组学分析，阻碍了广泛数据生成 | 开发一种统一的计算方法，通过整合空间转录组学和单细胞多组学数据，实现空间多组学分析 | 空间转录组数据和单细胞多组学数据（基因表达和染色质可及性） | 计算生物学、机器学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞多组学、空间转录组学、计算建模 | 深度学习模型 | 基因表达数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | 阿尔茨海默病数据（样本数量未在摘要中明确） | 不适用 | 空间转录组学、单细胞多组学（单细胞RNA-seq与单细胞ATAC-seq联合分析） | 不适用 | 不适用 |
| 409 | 2026-07-25 |
Patient-derived organoid-immune co-cultures integrated with multi-omics reveal immunotherapy resistance mechanisms in urothelial carcinoma
2026-Jun, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70130
PMID:42491341
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 410 | 2026-07-23 |
Recent advances in multimodal approaches for investigating placental development and related diseases
2026-06-12, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2025.05.004
PMID:40374418
|
综述 | 该综述总结了多模态方法在胎盘发育及相关疾病研究中的最新进展 | 整合了先进影像、单细胞与空间组学及人工智能的多模态策略，并重点介绍中国研究团队开发的创新平台和临床工具 | 包括数据标准化、人工智能模型的可解释性以及伦理考量等挑战 | 综述多模态方法在胎盘发育和疾病研究中的应用，推动精准产科和个体化妊娠护理 | 胎盘发育及相关疾病（如子痫前期、胎儿生长受限、胎盘植入谱系障碍） | 计算机视觉 | 子痫前期, 胎儿生长受限, 胎盘植入谱系障碍 | 超声, MRI, 单细胞转录组学, 空间组学 | NA | 影像, 文本 | NA | NA | 单细胞转录组学, 空间组学 | NA | NA |
| 411 | 2026-07-23 |
Function of chemokines in embryo implantation
2026-06-12, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2025.07.092
PMID:40769846
|
综述 | 综述趋化因子在胚胎着床过程中的功能，包括调控免疫微环境重塑、滋养层侵袭和母胎免疫耐受 | 系统整合了趋化因子网络在胚胎着床关键过程中的作用，并强调了单细胞测序、微流控和人工智能等新技术在解码趋化因子介导的调控中的应用，为精准诊疗提供基础 | NA | 总结趋化因子在胚胎着床中的功能，揭示其在母胎免疫稳态维持中的核心作用，为生殖免疫学提供理论基础 | 胚胎着床过程中的趋化因子网络、免疫微环境、滋养层细胞、蜕膜基质细胞 | NA | 生殖疾病 | 单细胞测序、微流控、人工智能 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 412 | 2026-07-18 |
Epigenetic Information Loss and Chronosenescence in Liver Aging: From Molecular Mechanisms to Therapeutic Interventions
2026-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202504570RR
PMID:42205070
|
综述 | 本文综述了肝脏衰老过程中表观遗传信息丢失和生物钟衰老（chronosenescence）的分子机制，并评估了潜在的治疗干预策略 | 建立了一个统一框架，将肝脏衰老视为调控信息和时间协调的紊乱，并整合了单细胞多组学、空间转录组学和CRISPR表观遗传编辑等新兴技术的最新进展 | 人类直接因果证据有限，多数再生策略仍处于临床前或早期转化阶段，临床应用需要严格验证安全性、持久性、递送、患者选择和长期结果 | 建立肝脏衰老的统一框架，识别可调控节点，并为转化治疗提供谨慎路线图 | 肝脏衰老的表观遗传和生物钟机制 | 数字病理学， 机器学习 | 肝脏疾病， 老年性疾病 | 单细胞多组学， 空间转录组学， CRISPR表观遗传编辑 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞多组学， 空间转录组学 | 10x Chromium， 10x Visium | 10x Chromium单细胞测序，10x Visium空间转录组 |
| 413 | 2026-07-18 |
Antibiotic-Loaded Polymethyl Methacrylate Cement Drives Fibroblast-Mediated Angiogenesis via LOXL2 to Accelerate Diabetic Foot Ulcer Healing
2026-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202600478R
PMID:42213591
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了抗生素负载聚甲基丙烯酸甲酯骨水泥通过LOXL2驱动成纤维细胞介导的血管生成，加速糖尿病足溃疡愈合的细胞机制 | 首次整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，揭示APC通过调控成纤维细胞异质性和LOXL2表达促进血管生成的新机制 | 未明确说明 | 阐明抗生素负载PMMA骨水泥促进糖尿病足溃疡愈合的细胞和分子机制 | 糖尿病足溃疡伤口组织 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序, 无标记定量蛋白质组学 | 不适用 | 基因表达数据, 蛋白质组数据 | 20,245个细胞 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 414 | 2026-07-18 |
Implications of the Cuproptosis Protein SLC31A1 for the Immune Microenvironment and Temozolomide Sensitivity in Glioblastoma
2026-Jun, Anticancer research
IF:1.6Q4
DOI:10.21873/anticanres.18188
PMID:42203322
|
研究论文 | 探讨铜死亡相关蛋白SLC31A1在胶质母细胞瘤免疫微环境中的分布及其对替莫唑胺敏感性的影响 | 首次阐明铜死亡关键蛋白SLC31A1在胶质母细胞瘤免疫微环境中的分布特征及其与巨噬细胞浸润的关联，并验证铜死亡激动剂与替莫唑胺联合治疗的协同抗肿瘤效应 | 仅基于数据库分析和动物模型验证，缺乏大样本临床验证及分子机制的深入解析 | 研究铜死亡通路在胶质母细胞瘤免疫微环境的作用及对化疗敏感性的调控 | 胶质母细胞瘤肿瘤组织、细胞系及异种移植小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 转录组测序，单细胞测序，免疫组化，蛋白质印迹，定量荧光PCR，细胞增殖实验，划痕实验 | NA | 转录组数据，单细胞测序数据，图像，蛋白质表达数据 | 数据库来源的转录组和单细胞测序数据，临床肿瘤组织样本（具体数量未提及），细胞系及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序，转录组测序 | NA | NA |
| 415 | 2026-07-18 |
Elucidating disease pathogenesis using formalin-fixed paraffin-embedded samples: Integrating genomics, spatial transcriptomics, and histology - A focus on vascular anomalies
2026-Jun, Journal of oral biosciences
IF:2.6Q1
DOI:10.1016/j.job.2026.100779
PMID:42218013
|
review | 综述了利用福尔马林固定石蜡包埋样本整合基因组学、空间转录组学和组织学以阐明疾病机制的方法，重点关注血管异常 | 强调了将基于NGS的基因组突变分析与空间转录组学相结合，从FFPE样本中获取多层次分子和组织学信息，以推动精准诊断和个性化治疗 | FFPE样本核酸降解和实验室间变异尚未完全解决，缺乏标准化的统一工作流程 | 综述将NGS基因组突变分析与空间转录组学相结合，利用FFPE样本阐明多层次的疾病机制 | FFPE样本，特别是用于血管异常研究的样本 | 数字病理学 | 血管异常 | NGS, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 空间表达数据, 组织学图像 | NA | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 416 | 2026-07-15 |
C1ORF112 drives lung adenocarcinoma progression through e2f8-mediated transcriptional activation
2026-Jun-30, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-2026-1-0085
PMID:42444944
|
研究论文 | 本研究通过整合生物信息学与实验方法，系统揭示了C1ORF112在肺腺癌中通过E2F8介导的转录激活驱动肿瘤进展的机制 | 首次阐明C1ORF112在肺腺癌中的致癌功能及其由E2F8转录调控的分子机制，并利用单细胞RNA测序揭示其在肿瘤微环境中的细胞通讯模式 | 缺乏前瞻性临床验证和药物敏感性研究 | 系统研究C1ORF112在肺腺癌中的临床相关性、功能影响及转录调控机制 | 肺腺癌细胞及肿瘤组织 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | TCGA和GEO数据集中的肺腺癌样本 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | TCGA和GEO数据库中的RNA测序数据，包括单细胞RNA测序 |
| 417 | 2026-07-15 |
Identification of exhausted CD8+ T-cell signatures for prognosis in multiple myeloma by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing
2026-Jun-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1-2602
PMID:42445381
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别多发性骨髓瘤中耗竭CD8+ T细胞相关特征并建立预后模型 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序构建基于耗竭CD8+ T细胞基因的预后风险评分模型，并验证JUND和NFKBIA作为预后基因与免疫治疗反应的关联 | 研究依赖于公开数据集，样本量有限；模型预测能力需在更大临床队列中验证 | 探索多发性骨髓瘤中耗竭CD8+ T细胞相关特征及其预后机制 | 多发性骨髓瘤患者中的CD8+ T细胞及其耗竭相关基因 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | Cox比例风险模型、机器学习算法（如随机森林、支持向量机） | 基因表达数据 | NA（未明确具体样本数，仅提及下载公开数据集） | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 418 | 2026-07-15 |
Single-cell mitophagy patterns dictate intercellular crosstalk in the tumor microenvironment to promote osteosarcoma progression
2026-Jun-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2026-0735
PMID:42445385
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术系统分析了骨肉瘤肿瘤微环境中的线粒体自噬模式，揭示其通过影响细胞间通讯促进肿瘤进展的机制 | 首次在单细胞分辨率下系统刻画骨肉瘤肿瘤微环境中线粒体自噬的异质性模式，并阐明其对细胞间通讯和免疫抑制的调控作用 | NA | 系统表征骨肉瘤肿瘤微环境中的线粒体自噬模式，并探究其对细胞间通讯、肿瘤进展和患者预后的影响 | 骨肉瘤肿瘤微环境中的多种细胞类型，包括癌症相关成纤维细胞、巨噬细胞、CD8+ T细胞和内皮细胞 | 单细胞基因组学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 419 | 2026-07-15 |
A stromal-derived five-gene signature predicts gastric cancer recurrence through integrated bioinformatics and single-cell analysis
2026-Jun-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2026-0518
PMID:42445388
|
研究论文 | 通过整合生物信息学和单细胞分析，开发了一种基质来源的五基因特征，用于预测胃癌复发 | 首次利用集成批量转录组、机器学习和单细胞分析方法，开发并验证了基质来源的基因特征，该特征独立于肿瘤突变负荷，强调了基质-肿瘤相互作用在预后评估中的重要性 | 需要实验验证以确立因果关系，且泛癌分析显示该特征仅对四种癌症类型具有组织特异性预后价值，适用性有限 | 开发和验证一种基质来源的基因特征，用于预测胃癌复发，并表征其肿瘤微环境和细胞类型特异性 | 胃癌患者和泛癌队列，包括GSE62254数据集中的279名胃癌患者、TCGA-STAD中的419名患者，以及33种癌症类型的9,328名患者 | 生物信息学、机器学习 | 胃癌 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、机器学习算法 | 机器学习算法（具体未指定，但使用了六种） | 表达数据、单细胞RNA测序数据 | 训练组196名患者，验证组83名患者，外部验证419名患者，泛癌分析9,328名患者 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 420 | 2026-07-15 |
SDF4: a novel prognostic biomarker and therapeutic target in hepatocellular carcinoma revealed by integrated multi‑omics analysis
2026-Jun-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2026-0553
PMID:42445406
|
研究论文 | 通过整合多组学分析揭示SDF4在肝细胞癌中的预后生物标志物和治疗靶点作用 | 首次系统评估SDF4在肝细胞癌中的表达和预后价值，结合单细胞RNA测序、空间转录组学和分子对接等多种技术探究其机制 | 研究基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证和前瞻性临床研究 | 阐明SDF4在肝细胞癌中的表达和预后意义，探索其对肿瘤微环境的影响及与药物敏感性的关系 | 肝细胞癌组织和细胞 | 机器学习和数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫组化、分子对接 | 列线图、细胞轨迹分析、CellChat分析 | 基因表达数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 包含多个公共数据库的肝细胞癌样本和空间转录组样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |