单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 956 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2026-06-23 |
Spatially resolved T cell receptor tracking reveals γδT cell localization to tumor-rich regions in high-risk neuroblastoma: A Report from the Children's Oncology Group
2026-Jun-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.06.10.26354144
PMID:42326820
|
研究论文 | 通过空间转录组学和T细胞受体追踪，揭示高风险神经母细胞瘤中γδT细胞在肿瘤富集区域的定位 | 首次结合空间转录组学与TCR测序，在单细胞分辨率下揭示高风险神经母细胞瘤中T细胞受体克隆型的空间分布及其与肿瘤细胞的相互作用，特别是γδT细胞在肿瘤富集区域的独特分布模式 | 样本量较小（仅5例患者有配对治疗前后肿瘤样本），未提及功能验证或因果机制研究 | 探究高风险神经母细胞瘤中T细胞及其受体的空间组织如何影响克隆型特异性T细胞状态，以及γδT细胞在肿瘤免疫相互作用中的潜在角色 | 高风险神经母细胞瘤患者 | 空间转录组学, 免疫组库测序, 数字病理学 | 高风险神经母细胞瘤 | 空间转录组学, T细胞受体测序, 批量TCR测序 | NA | 转录组数据, T细胞受体序列数据 | 37例患者的外周血和肿瘤样本，其中5例有配对治疗前后肿瘤样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台 |
| 362 | 2026-06-23 |
A multi-omics map of diabetic nephropathy reveals c-Jun as a driver of tubular injury and metabolic stress
2026-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.09.731164
PMID:42327115
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研究论文 | 整合多组学数据绘制糖尿病肾病图谱，揭示c-Jun作为肾小管损伤和代谢应激的关键驱动因子 | 首次通过单细胞多重蛋白成像、空间转录组学、单核和单细胞RNA测序及染色质可及性分析的多模态整合，系统绘制人类糖尿病肾病的细胞类型、空间分布及免疫-纤维化相互作用图谱，并明确c-Jun在肾小管损伤和纤维化中的核心调控作用 | 未提及 | 阐明糖尿病肾病中驱动肾小管损伤和纤维化的分子机制 | 人类糖尿病肾病样本及糖尿病小鼠模型 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞多重蛋白成像, 空间转录组学, 单核RNA测序, 单细胞RNA测序, 染色质可及性分析 | NA | 图像, 文本 | 人类糖尿病肾病样本及糖尿病小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 363 | 2026-06-23 |
Biological Aging of the Cardiopulmonary System
2026-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.09.731192
PMID:42327130
|
研究论文 | 通过整合生理力学与单细胞转录组学，绘制小鼠成年生命周期的心肺老化图谱，并建立基于生理学的生物学老化评分体系 | 首次将肺动脉、右心室和肺的力学特性与单细胞转录组学整合，提出基于生理学的生物学老化评分替代实际年龄来锚定基因表达变化，揭示心肺老化的阶段依赖性及生物力学-代谢-免疫失耦联机制 | 研究对象仅限小鼠，结果在人类中的可转化性需进一步验证 | 量化心肺系统的生物学老化，并解析其潜在分子机制 | 成年小鼠的心肺系统，包括肺动脉、右心室和肺组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 主成分分析 | 转录组数据和生理力学数据 | 覆盖小鼠成年全生命周期的多个时间点样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于肺动脉单细胞转录组分析 |
| 364 | 2026-06-23 |
RAI1 safeguards fidelity and tempo of human neurodevelopmental gene expression
2026-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.11.731717
PMID:42327261
|
研究论文 | 通过基因编辑人类胚胎干细胞系，研究RAI1在人类神经发育基因表达保真度和节奏中的作用 | 首次通过实验揭示RAI1基因在人类神经发育中的功能，发现其作为抑制中胚层谱系程序和减缓神经发育基因表达节奏的新型“刹车” | 未详细说明实验样本量和潜在混杂因素 | 探究RAI1基因在人类神经发育基因调控中的角色 | 人类胚胎干细胞系及其分化的皮层神经元 | 机器学习 | Smith-Magenis综合征 | CRISPR基因编辑、RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 365 | 2026-06-23 |
Emulating the gingival-tooth interface during bacterial, fungal, and viral infection in a microphysiological model of the human oral cavity
2026-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.11.731421
PMID:42327339
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研究论文 | 本文提出了一个生物工程口腔微生理系统，包含血管化人类牙龈组织与牙齿类似物，用于模拟细菌、真菌和病毒感染时牙龈-牙齿界面的相互作用 | 首次构建包含血管化牙龈组织和牙齿类似物的口腔微生理系统，可同时模拟跨微生物界生物膜形成、真菌诱导的上皮-间质转化及SARS-CoV-2感染，并整合人类唾液流以模拟低唾液分泌对真菌感染致病性的影响 | NA | 建立体外口腔微生理模型用于研究宿主-微生物相互作用 | 人类牙龈组织与牙齿类似物 | 数字病理学 | 口腔感染 | 单细胞RNA测序、全局代谢组学分析 | NA | 图像 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 366 | 2026-06-23 |
Zero-shot reconstruction of mutant spatial transcriptomes
2026-Jun-12, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2026.101521
PMID:42328206
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研究论文 | 提出ZENomix零样本框架，无需训练数据即可预测突变体空间转录组 | 首次实现零样本学习预测突变体空间转录组，无需已有空间图谱作为训练数据 | 未提及具体局限性 | 开发无需训练数据的零样本方法预测突变体空间转录组 | 阿尔茨海默病模型小鼠、阿尔茨海默病人脑组织、Nodal信号缺陷突变体斑马鱼胚胎 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, 空间转录组学 | 零样本学习模型 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 多种突变体样本（阿尔茨海默病小鼠、人脑、斑马鱼胚胎） | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 367 | 2026-06-23 |
In silico virtual knockout identifies PXDNL as a fibroblast-specific driver of sarcopenia and GABA as a potential modulator
2026-Jun-11, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153738
PMID:41996735
|
研究论文 | 通过计算虚拟基因敲除结合多组学和单细胞RNA-seq，鉴定出PXDNL是肌肉减少症的成纤维细胞特异性驱动因子，并验证GABA作为潜在调节剂 | 首次整合虚拟基因敲除（scTenifoldKnk）与多组学分析，发现成纤维细胞特异性的PXDNL-ECM轴是肌肉减少症的因果机制，并利用药物重定位和分子对接确认GABA为可重用的治疗候选药物 | 未提及具体限制 | 鉴定肌肉减少症的成纤维细胞特异性驱动因子并发现可转化的治疗靶点 | 人类肌肉活检样本（238个活检、5个GEO队列、10个单细胞样本、12,847个细胞） | 机器学习 | 肌肉减少症 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 虚拟基因敲除, 分子对接, 酶活性测定 | WGCNA, scTenifoldKnk, 机器学习（plsRglm等113种算法） | 基因表达数据 | 238个活检样本（多组学）、10个单细胞RNA-seq样本（12,847个细胞） | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 368 | 2026-06-23 |
MipSScs: Artificial neural network-based data integration of 2D/3D single-cell spatial RNA sequence data from virus-infected human cerebral organoids
2026-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.08.727881
PMID:42327098
|
研究论文 | 本研究利用人工神经网络整合来自病毒感染人类大脑类器官的2D/3D单细胞空间RNA测序数据 | 首次使用多层感知机（MLP）整合2D和3D单细胞空间转录组数据，从病毒感染的类器官中识别与阿尔茨海默病相关的细胞类型和轨迹 | 未明确讨论数据整合方法在更大规模或不同病毒模型中的泛化能力及潜在偏差 | 探索通过人工智能整合2D/3D单细胞空间RNA数据以揭示病毒感染相关神经退行性疾病机制的可行性 | HSV-1感染的2D分离细胞和3D人类大脑类器官 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞非空间RNA测序，单细胞空间RNA测序 | 多层感知机（MLP） | 单细胞基因表达数据 | 人类胎儿大脑和成人死后大脑样本，以及HSV-1感染的2D和3D类器官样本 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 369 | 2026-06-23 |
Conserved Cell Type Signatures Across the Brainstem and Spinal Cord in the Mouse Central Nervous System
2026-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.09.728039
PMID:42327133
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研究论文 | 整合单核多组学测序和空间转录组学，绘制成年小鼠脑干和脊髓中保守的细胞类型特征图谱 | 首次在脑干和脊髓之间系统揭示保守的细胞类型核心特征，发现细胞类型和位置身份在很大程度上正交，并揭示不同神经元类别中区域影响的差异性 | NA | 研究中枢神经系统中细胞类型在脑干和脊髓之间的组织方式和保守特征 | 成年小鼠的脑干和脊髓组织 | 机器学习 | NA | 单核多组学测序（RNA+ATAC），空间转录组学 | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据，空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞多组学，空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium 单核多组学（RNA+ATAC），10x Visium 空间转录组 |
| 370 | 2026-06-23 |
STITCH links cellular morphology and gene expression in spatial transcriptomics
2026-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.07.730714
PMID:42327255
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研究论文 | 提出了STITCH方法，通过可解释的细胞形态表示揭示空间转录组中形态与基因表达的共变关系 | 首次在空间转录组学中应用基于Kendall形状流形的切线主成分分析（TPCA）表示细胞形态，实现了与大小无关的轮廓形状特征提取，优于深度学习方法 | 可能依赖特定成像平台的数据质量，且形态-转录组关联的生物学验证有待进一步实验确认 | 开发和验证一种可解释的数学方法，用于空间转录组数据中细胞形态与基因表达的相关性分析 | RNAi筛选中的细胞轮廓、Xenium数据集中的角质细胞、CosMx黑素瘤数据集中的成纤维细胞和恶性细胞 | 数字病理学 | 黑素瘤 | 空间转录组学 | 切线主成分分析（TPCA） | 图像 | 包含多个样本：一个Xenium数据集、一个CosMx黑素瘤数据集、两个黑素瘤队列 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium, CosMx | Xenium平台用于角质细胞分析，CosMx平台用于黑素瘤样本分析 |
| 371 | 2026-06-23 |
Spatial Transcriptomics reveals a T cell-mediated microglial activation axis of neurodegeneration following immune checkpoint inhibition
2026-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.10.730982
PMID:42327312
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研究论文 | 利用空间转录组学揭示免疫检查点抑制剂治疗后T细胞介导的小胶质细胞激活轴导致神经退行性变 | 首次利用MERFISH空间转录组学技术以单细胞分辨率揭示免疫检查点抑制剂引起脑功能障碍的细胞特异性分子机制和空间模式，并证明T细胞-小胶质细胞互作轴是驱动神经免疫稳态失调的关键机制 | 主要基于小鼠模型，人类数据仅来自尸检脑组织的免疫荧光分析，且未详细说明样本量和统计效力 | 阐明免疫检查点抑制剂治疗引发脑部免疫相关不良事件的空间模式和细胞特异性分子机制 | 同基因小鼠黑色素瘤模型的海马区以及接受免疫检查点抑制剂治疗患者的死后脑组织 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间单细胞基因表达数据、批量RNA测序数据 | 未明确说明样本量 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | 多路复用错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）技术 |
| 372 | 2026-06-23 |
Distinct fibroblast and perivascular senotypes define spatial niches that regulate fibrosis
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.08.730636
PMID:42327137
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学分析，发现纤维化相关衰老细胞包含功能上分化的衰老类型，它们被组织成不同的空间微环境，这些微环境通过调节细胞外基质产生、免疫信号和血管重塑来影响纤维化进程 | 首次揭示了纤维化中衰老细胞的功能异质性及其空间组织规律，鉴定出成纤维细胞和血管周围细胞两种功能不同的衰老类型，并证明血管周围衰老在血管重塑与纤维化结果之间起桥梁作用 | 研究主要基于小鼠模型，虽然通过公共数据集验证了人类纤维化疾病中的保守性，但直接的人类组织验证和功能实验仍需进一步开展 | 阐明纤维化相关衰老细胞的异质性及其空间分布对纤维化进程的调控机制 | 小鼠纤维化模型中的基质细胞、免疫细胞和血管细胞，以及公共数据集中的人类纤维化组织 | 数字病理学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 层次因子分解模型 | 基因表达数据，空间转录组数据 | 小鼠纤维化模型组织样本，以及多个公共人类纤维化数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序，10x Visium空间转录组学 |
| 373 | 2026-06-23 |
Perturbation of genes linked to common schizophrenia risk variants identifies cilia programs
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.09.731172
PMID:42327190
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研究论文 | 利用CRISPR液滴测序在小鼠新皮层中扰动与精神分裂症风险变异相关的基因，揭示纤毛转录程序作为共同下游机制 | 首次在体内系统表型分析精神分裂症常见风险变异的靶基因，通过整合单细胞组学与多重扰动实验，发现纤毛功能障碍是精神分裂症遗传风险因素的汇聚机制 | 研究仅在产后小鼠新皮层进行，未包含人类神经细胞模型；扰动的12个基因可能未覆盖所有功能性风险变异 | 阐明精神分裂症常见风险变异如何通过调控基因表达影响疾病发生的生物学通路 | 出生后小鼠新皮层中的神经细胞及胶质细胞 | 机器学习 | 精神分裂症 | CRISPR液滴测序（CROP-seq）、单细胞RNA测序 | 基因调控网络推断、因子分析 | 单细胞转录组数据 | 扰动12个精神分裂症风险基因，通过单细胞测序获得3,031个差异表达基因 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 374 | 2026-06-23 |
Wnt/β-catenin signaling regulates fibrotic atrophy of intra-articular adipose tissue in post-traumatic osteoarthritis
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.08.730865
PMID:42327266
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研究论文 | 本文通过2D组织形态计量学、空间转录组学和3D微计算机断层扫描，揭示了创伤后骨关节炎中关节内脂肪组织的纤维化萎缩由Wnt/β-catenin信号通路调控 | 首次综合运用多模态成像和空间转录组学技术，系统描绘PTOA中关节脂肪组织的时空、结构和转录重编程，并证明Wnt/β-catenin信号和力学载荷是抗脂肪生成和促纤维化的关键因素 | 未提及具体局限性 | 阐明创伤后骨关节炎中关节内脂肪组织重塑的机制，特别是Wnt/β-catenin信号通路的作用 | 小鼠创伤后骨关节炎模型中的关节内脂肪组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 空间转录组学, 2D组织形态计量学, 3D微计算机断层扫描 | NA | 图像, 转录组数据 | 小鼠模型样本，具体数量文中未提及 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 375 | 2026-06-23 |
Robust semi-supervised scRNA-seq integration from virtual adversarial learning
2026-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.07.730754
PMID:42327300
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 376 | 2026-06-23 |
C1qa□ muscularis macrophages maintain enteric synaptic homeostasis to regulate gastrointestinal motility
2026-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.03.729640
PMID:42327058
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研究论文 | 发现C1qa+肌肉巨噬细胞通过补体依赖的突触重塑机制维持肠道神经突触稳态并调节胃肠动力 | 首次揭示C1qa+肌肉巨噬细胞在肠道神经突触稳态中的调节作用，并证明其通过补体依赖的吞噬功能维持突触密度 | 未在人类样本中验证该机制；未探索C1qa缺失对其他肠道功能的影响 | 探究肌肉巨噬细胞是否通过C1qa调节肠道神经突触组织和胃肠动力 | 小鼠肠道肌肉巨噬细胞和肠道神经系统 | 神经免疫学 | 胃肠动力障碍 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、巨噬细胞特异性基因敲除模型、电生理学、高分辨率成像 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、电生理记录、成像数据 | 涉及小鼠模型（具体样本数量未在摘要中明确提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 377 | 2026-06-23 |
Novel mouse models for perianal fistulizing Crohn's disease reveal therapeutic value of interferon-γ antagonists
2026-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.04.730162
PMID:42327245
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研究论文 | 建立三种新型小鼠模型模拟人类肛周瘘管型克罗恩病，并验证干扰素-γ拮抗剂的治疗价值 | 首次建立三种临床相关的小鼠PFCD模型，揭示IFN-γ信号作为核心保守通路，并证明联合IFN-γ与TNF-α阻断的协同治疗效果优于抗TNF-α单药治疗 | 未提及具体局限性 | 建立临床相关的小鼠PFCD模型并评估IFN-γ作为新治疗靶点的潜力 | 三种小鼠模型（TNBS诱导的野生型小鼠、Il10-/-小鼠、TNFΔ69AU/+小鼠）及人源PFCD组织 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 转录组分析、流式细胞术、单细胞和空间转录组学 | NA | 图像、文本 | 三种小鼠模型各至少5周观察期；人源PFCD组织（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 378 | 2026-06-23 |
Disease-dependent airway epithelial responses to acute electronic cigarette aerosol exposure: a pilot single-cell analysis
2026-Jun-05, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfag068
PMID:42244142
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序分析急性能电子烟暴露对健康和哮喘供体气道上皮细胞的疾病依赖性反应 | 首次在单细胞水平揭示哮喘背景下急性能电子烟暴露的细胞类型特异性转录反应，包括炎症、应激和衰老相关通路的疾病依赖性差异 | 样本量较小（初步研究），且仅评估了单次短期暴露（30分钟），未考虑长期暴露或不同电子烟成分的影响 | 探究急性能电子烟暴露对哮喘和非哮喘个体气道上皮细胞的细胞类型特异性反应差异 | 来自健康和哮喘供体的原代人气道上皮细胞（在气液界面分化） | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康和哮喘供体的气道上皮细胞样本（具体数量未在摘要中明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 379 | 2026-06-23 |
The immunodynamics of pulmonary fibrosis
2026-Jun, Cytokine & growth factor reviews
IF:9.3Q1
DOI:10.1016/j.cytogfr.2026.04.001
PMID:41999680
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综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学揭示的肺纤维化免疫动力学，重新定义了免疫系统在肺纤维化中的核心驱动作用 | 提出免疫动力学框架，整合了特发性肺纤维化（IPF）和继发性纤维化间质性肺病（ILDs）的发病机制，并识别可干预的治疗窗口和患者分层策略 | 未提及具体局限性，需结合原文进一步分析 | 综合解析固有和适应性免疫细胞在肺纤维化疾病阶段的时空动态，评估免疫靶向治疗转化的成败 | 肺纤维化中的免疫细胞、上皮细胞和间质细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'基因表达, 10x Visium空间基因表达 |
| 380 | 2026-06-23 |
Single-cell transcriptomics reveals the ameliorative effect of gastrodin on cholestatic liver fibrosis
2026-Jun, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.158165
PMID:41999704
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示天麻素对胆汁淤积性肝纤维化的缓解作用及多细胞机制 | 首次利用单核RNA测序（snRNA-seq）整合分析天麻素在胆汁淤积性肝纤维化模型中的多细胞调控机制，发现新的肝星状细胞亚群（Serpina表达）并鉴定关键靶点（Sult2a1、Sult1e1、Serpina1a） | 未明确提及，可能包括依赖鼠模型、缺乏临床验证、机制验证不足等（需参考全文） | 探究天麻素对胆汁淤积性肝纤维化的治疗潜力及其分子机制 | DDC饮食模型和胆管结扎模型小鼠的肝脏组织 | 机器学习 | 肝纤维化 | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | DDC模型小鼠和BDL模型小鼠（具体数量未在摘要中提供） | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |