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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2026-06-23 |
Amivantamab induces immune-mediated cytotoxicity in mesothelioma via EGFR and MET engagement
2026-Jun-20, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2026.103993
PMID:42323111
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研究论文 | 评估双特异性抗体amivantamab在间皮瘤中介导EGFR和MET结合所引发的免疫介导细胞毒性 | 首次系统评估EGFR和MET在恶性间皮瘤中的共表达情况,并揭示amivantamab通过自然杀伤细胞介导的抗体依赖性细胞毒性作用机制,展示了在患者源性异种移植模型中的体内抗肿瘤活性 | 研究基于临床前模型,缺乏临床试验数据,且免疫缺陷小鼠模型中的人NK细胞重建可能不完全反映人体免疫系统复杂性 | 评估amivantamab靶向EGFR和MET的双特异性抗体在间皮瘤中的临床前活性 | 弥漫性胸膜间皮瘤患者队列、间皮瘤细胞系、患者源性异种移植模型、外周血单核细胞和自然杀伤细胞 | 数字病理学 | 间皮瘤 | 转录组分析、单细胞RNA测序、免疫组化、生化分析、体外共培养系统 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、组织样本图像 | 多个患者队列的转录组和单细胞RNA测序数据,以及多种间皮瘤细胞系和多个PDX模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 342 | 2026-06-23 |
Ferritin-mediated iron homeostasis regulates fibroblast activation and shapes post-infarction cardiac remodeling
2026-Jun-20, The Journal of nutritional biochemistry
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jnutbio.2026.110451
PMID:42323100
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研究论文 | 通过跨物种转录组学、空间转录组学、单细胞RNA测序和功能研究,揭示铁蛋白介导的铁稳态调控成纤维细胞活化并影响心肌梗死后心脏重塑的机制 | 首次发现铁蛋白重链(Fth1)在心肌梗死后增殖期梗死区域表达上调,并定位至巨噬细胞和成纤维细胞;证明铁螯合剂2,2'-联吡啶在增殖期而非急性炎症期治疗能有效减轻病理纤维化并改善心功能 | 未提及明显局限性 | 探究心肌梗死后铁代谢重塑在非心肌细胞(尤其是成纤维细胞)活化中的作用机制 | 心肌梗死后的小鼠和新生大鼠心脏组织及成纤维细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq | NA | 图像 | 跨物种转录组学、空间转录组学和单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 343 | 2026-06-23 |
Divergent 3D genome architecture of male germ cells across vertebrates
2026-Jun-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74695-5
PMID:42323313
|
研究论文 | 该研究整合了流式细胞分选、原位染色体构象捕获和单细胞RNA测序技术,探究了真兽类、有袋类和爬行类等脊椎动物雄性生殖细胞的三维基因组结构进化 | 首次揭示约3.5亿年前分化的脊椎动物谱系中生殖细胞特定的染色质折叠模式,并发现了有袋类X染色体逃逸减数分裂性染色体失活检查点的区域 | 仅涵盖真兽类、有袋类和爬行类三个谱系,未涉及更广泛的脊椎动物类群 | 理解脊椎动物中三维基因组组织的进化可塑性及其通过生殖系的传递机制 | 真兽类、有袋类和爬行类雄性生殖细胞 | 基因组学 | NA | 流式细胞分选、原位Hi-C、单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 三类脊椎动物的生殖细胞样本 | Illumina | 单细胞RNA测序, 原位Hi-C | Illumina NovaSeq | 使用流式细胞分选纯化生殖细胞后,进行原位Hi-C文库构建和单细胞RNA测序 |
| 344 | 2026-06-23 |
Coordinated transcriptional shifts in microglia and oligodendrocytes from neurodevelopment to inflammaging
2026-Jun-20, npj aging
IF:4.1Q2
DOI:10.1038/s41514-026-00432-3
PMID:42323387
|
研究论文 | 分析小胶质细胞和少突胶质细胞从神经发育到炎症衰老过程中的协调转录变化 | 首次揭示小胶质细胞和少突胶质细胞在生命周期中经历平行的转录转变,而非独立演化 | 未说明具体局限性 | 探究不同胶质细胞谱系是否在生命周期中发生协调的转录变化 | 小鼠小胶质细胞和少突胶质细胞 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从小鼠胚胎发生到24个月龄的细胞图谱数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 345 | 2026-06-23 |
MLK3 promotes atherosclerosis by regulating ferroptosis in macrophages
2026-Jun-20, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-026-02292-9
PMID:42323431
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研究论文 | 本研究揭示了MLK3通过JNK/p53信号通路调控巨噬细胞铁死亡从而促进动脉粥样硬化发展的机制 | 首次发现MLK3作为关键铁死亡相关基因在动脉粥样硬化中的作用,并阐明其通过JNK/p53信号通路调控巨噬细胞铁死亡的具体机制 | 未提供明显的局限性信息 | 阐明MLK3在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞铁死亡的具体机制 | 动脉粥样硬化小鼠模型及巨噬细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的批量及单细胞RNA-seq数据集;动物模型:动脉粥样硬化小鼠;临床血浆样本:动脉粥样硬化患者 | Illumina | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 346 | 2026-06-23 |
Identifying druggable proteins of the association of chronotype on breast cancer using Mendelian randomization
2026-Jun-20, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-026-01731-2
PMID:42323475
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研究论文 | 采用孟德尔随机化方法鉴定睡眠时间类型与乳腺癌关联中的可药用蛋白 | 通过两步孟德尔随机化结合共定位和单细胞RNA测序,首次系统识别介导晨型时间类型与乳腺癌风险关联的循环蛋白,并提名五个潜在治疗靶点 | 未提及 | 探究晨型时间类型降低乳腺癌风险的生物学机制,识别介导此关联的循环蛋白 | 欧洲血统人群中的自我报告晨型时间类型,血浆蛋白,乳腺癌及亚型 | 机器学习 | 乳腺癌 | NA | NA | 基因组关联研究数据和单细胞RNA测序数据 | 晨型时间类型数据:372,765例病例和278,530例对照;血浆蛋白数据:35,559名冰岛个体;乳腺癌结果数据:133,384例病例和113,789例对照(BCAC)及20,586例病例和201,494例对照(FinnGen) | NA | NA | NA | NA |
| 347 | 2026-06-23 |
EMD-HVG: a normalization-independent method for highly variable gene selection based on Earth mover's distance
2026-Jun-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-026-06527-8
PMID:42323546
|
研究论文 | 提出一种基于推土机距离的无归一化高变基因选择方法EMD-HVG,用于单细胞RNA测序和空间转录组学分析 | 提出一种无归一化、非参数的高变基因识别框架,通过混合分布建模基因表达模式,避免传统方法对归一化和预设分布假设的依赖 | 未明确提及局限性 | 开发一种不依赖归一化和参数假设的稳健高变基因识别方法,以提高单细胞和空间转录组学数据分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据中的高变基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 混合分布模型 | 基因表达数据 | 模拟数据集和真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 348 | 2026-06-23 |
An LSCC-specific R-loop-related model predicts prognosis and neoadjuvant immunotherapy response and identifies EIF5A2-mediated tumor-immune crosstalk
2026-Jun-20, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-026-04456-7
PMID:42323596
|
研究论文 | 构建了一个喉鳞状细胞癌特异性R-loop相关预后模型,并识别核心免疫调控基因EIF5A2 | 首次建立了喉鳞状细胞癌特异性R-loop相关基因模型,该模型可用于预后分层和新辅助免疫治疗反应预测,并揭示了EIF5A2在肿瘤-免疫互作中的核心作用 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步的前瞻性队列验证模型的临床适用性 | 开发一个基于R-loop相关基因的预后和免疫治疗反应预测模型,并探讨其在喉鳞状细胞癌中肿瘤-免疫互作中的作用机制 | 喉鳞状细胞癌患者肿瘤组织样本及相应临床、免疫治疗数据 | 机器学习 | 喉鳞状细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | TCGA-LSCC队列及多个外部验证队列(GSE25727、GSE27020、GSE210287、GSE290927) | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 349 | 2026-06-23 |
Esr1-dependent signaling and transcriptional maturation in the medial preoptic area of the hypothalamus shape the development of mating behavior during adolescence
2026-Jun-19, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.106347
PMID:42318880
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序和原位杂交技术,研究了青春期小鼠下丘脑内侧视前区Esr1依赖性信号和转录成熟对交配行为发育的影响 | 首次揭示雌激素受体1在青春期内侧视前区GABA能神经元转录成熟中的关键作用,以及其性别特异性基因调控网络 | NA | 探究青春期小鼠内侧视前区转录动态及其对交配行为发育的影响 | 青春期雄性及雌性小鼠的内侧视前区 | 机器学习和数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序,原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据,原位杂交图像 | 雌雄小鼠,涵盖整个青春期发育阶段 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 350 | 2026-06-23 |
Challenging the control through a single-cell perspective on normal adjacent tissue in colorectal cancer
2026-Jun-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115671
PMID:42325264
|
研究论文 | 通过单细胞视角挑战结直肠癌中正常邻近组织作为对照的常规做法 | 首次系统揭示结直肠癌正常邻近组织在细胞组成和基因表达上与健康组织的显著差异,并发现其中存在肿瘤相关拷贝数变异,开发了逆转肿瘤相关基因表达模式的药理学策略 | 未明确说明研究局限,推测可能包括样本量有限或缺乏验证队列 | 探究结直肠癌正常邻近组织(NAT)的细胞组成和分子特征,评估其作为标准对照的可靠性 | 结直肠癌组织、对应的正常邻近组织(NAT)和健康结直肠活检样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 包含结直肠癌组织、NAT和健康结直肠活检样本的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 351 | 2026-06-23 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals the T lymphocyte microenvironment and identifies HOPX as a hub gene in membranous nephropathy
2026-Jun-17, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2026.150273
PMID:42309401
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示膜性肾病中T淋巴细胞微环境并鉴定HOPX为关键基因 | 首次利用单细胞RNA测序结合多种机器学习算法,鉴定HOPX作为膜性肾病的核心枢纽基因,并阐明淋巴细胞功能障碍在疾病进展中的关键作用 | 未提及具体局限性 | 探究膜性肾病中免疫细胞亚群和关键免疫反应基因,特别是T淋巴细胞微环境的异质性 | 膜性肾病患者及健康对照者的外周血样本和公共数据库数据 | 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | CNN, LSTM, GAN | 图像, 文本, 视频 | 53例膜性肾病患者和健康对照者的临床血样 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 352 | 2026-06-23 |
Assessing the use of foundation model embeddings to improve drug response predictions using scRNA-Seq expression data
2026-Jun-17, Bioorganic & medicinal chemistry
IF:3.3Q1
DOI:10.1016/j.bmc.2026.118732
PMID:42322669
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研究论文 | 评估使用基础模型嵌入结合单细胞RNA-Seq表达数据以改善癌症药物反应预测 | 首次系统评估单细胞RNA-Seq基础模型嵌入(如scGPT-癌症模型)对深度学习模型DeepCDR在癌症药物反应预测中的改进效果,发现插值预测显著提升 | 药物外推预测效果差(即使结构相似药物),表明需要更大数据集或更早数据融合;细胞系外推改进效果小且不稳定 | 评估基础模型嵌入整合到DeepCDR后能否提升癌症药物反应预测性能 | 癌症细胞系的单细胞RNA-Seq表达数据与药物结构数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型(DeepCDR)、基础模型(scGPT-癌症模型) | 基因表达数据 | 未明确提及 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 353 | 2026-06-23 |
Viral load-driven systemic immune exhaustion is an enabler of antibody breadth in HIV infection
2026-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.05.730519
PMID:42327147
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序、单细胞蛋白质组学及血浆中和试验,研究HIV感染中抗体广度与病毒载量驱动的系统性免疫耗竭的关系 | 揭示了早期感染中病毒载量驱动的免疫激活与后期免疫耗竭如何促进HIV抗体广度的出现,提出抗体广度反映病毒控制失败而非成功抗病毒应答的新观点 | 未提及具体局限性 | 确定HIV感染中影响抗体广度的系统免疫相关因素 | 肯尼亚队列中未接受治疗的HIV感染女性 | 机器学习 | HIV感染 | 单细胞RNA测序,单细胞蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据,血浆中和数据 | 肯尼亚纵向队列中的未治疗HIV感染女性,具体样本量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,单细胞蛋白质组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 354 | 2026-06-23 |
Single-cell and spatial analyses reveal endothelial-macrophage inflammatory crosstalk in dry age-related macular degeneration
2026-Jun-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08393-7
PMID:42304501
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研究论文 | 通过单细胞和空间分析揭示干性年龄相关性黄斑变性中内皮细胞与巨噬细胞的炎症交互作用 | 首次系统性描述干性AMD中RPE-脉络膜区域的免疫重塑,并鉴定出内皮细胞通过TNFSF10-TNFRSF10B-NF-κB通路调控巨噬细胞激活的新机制 | 未提及具体局限性 | 探究干性年龄相关性黄斑变性中细胞交互作用和巨噬细胞激活的调控机制 | 光氧化损伤小鼠模型和人干性AMD样本 | 机器学习 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 光氧化损伤小鼠模型和人干性AMD样本,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 355 | 2026-06-23 |
Deciphering transcriptome alterations in bone marrow immune cells at single-cell resolution under denosumab treatment
2026-Jun-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116663
PMID:41997054
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research paper | 利用单细胞RNA测序技术揭示了地诺单抗治疗下骨髓免疫细胞转录组变化,包括Mmp8hi mNeu中性粒细胞扩增和淋巴细胞组成改变 | 首次在单细胞分辨率下系统分析地诺单抗对骨髓骨免疫微环境的转录组影响,发现Mmp8hi mNeu中性粒细胞亚群通过THBS1-CD36信号通路与巨噬细胞互作并调节其极化,为理解地诺单抗的免疫调节作用提供新见解 | 研究基于小鼠模型,未在人类样本中验证;仅关注短期治疗效应(4周),长期影响未知 | 评估抗RANKL抗体治疗对骨髓骨免疫微环境的影响 | 成年雌性小鼠的骨髓免疫细胞 | machine learning | osteoporosis | scRNA-seq | NA | gene expression data | 10只小鼠(治疗组和对照组各5只)的骨髓细胞 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' v3 chemistry |
| 356 | 2026-06-23 |
Transcriptomics and single cell sequencing revealed the important role of PPAR signaling pathway in zebrafish liver fibrosis induced by thioacetamide
2026-Jun-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2026.128145
PMID:41997351
|
研究论文 | 通过转录组和单细胞测序揭示PPAR信号通路在硫代乙酰胺诱导的斑马鱼肝纤维化中的重要作用 | 首次通过斑马鱼模型结合转录组和单细胞测序技术系统揭示PPAR信号通路在硫代乙酰胺诱导肝纤维化中的调控机制 | 未提及具体局限性 | 探究硫代乙酰胺诱导斑马鱼肝纤维化的分子机制,特别是PPAR信号通路的作用 | 硫代乙酰胺暴露的斑马鱼肝脏组织及细胞 | NA | 肝纤维化 | 转录组测序, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 斑马鱼肝脏组织样本(具体数量未提及) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 357 | 2026-06-23 |
Somatic variant detection in normal tissues from single-cell sequencing data
2026-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.10.731451
PMID:42327286
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研究论文 | 本文评估了从单细胞测序数据中检测正常组织体细胞变异的可行性,利用细胞系混合样本比较了Monopogen和SComatic等工具的性能 | 首次系统评估在正常组织中利用单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据检测罕见体细胞变异的可行性,并展示了Monopogen在低细胞频率下的高准确性 | 主要基于细胞系混合样本,未涉及真实正常组织;单细胞数据基因组覆盖度低于批量测序,可能遗漏某些变异 | 评估通过广泛使用的单细胞测序数据(snRNA-seq和snATAC-seq)在正常组织中可靠检测体细胞突变的可行性 | 由SMaHT联盟制备的六种HapMap样本的细胞系混合样本 | 数字病理学、机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、PacBio长读长全基因组测序 | Monopogen、SComatic | 序列数据 | 六种细胞系混合样本,包含约12k个snRNA-seq细胞和11k个snATAC-seq细胞 | 10x Genomics、PacBio | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、全基因组测序 | 10x Chromium 5'、PacBio Sequel | 10x Genomics 5' snRNA-seq(平均每细胞36k读数)和snATAC-seq(每细胞14k中位高质量片段);PacBio长读长全基因组测序(109×覆盖度) |
| 358 | 2026-06-23 |
The Logic of Thalamic Inputs onto the Molecular Taxonomy of Cortical Neurons Reveals a Visual Hierarchy
2026-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.12.731929
PMID:42327034
|
研究论文 | 结合顺行跨突触示踪剂和空间转录组学,揭示了丘脑输入如何投射到小鼠视觉皮层神经元的分子分类上,并构建了视觉层次结构 | 首次揭示了跨突触示踪与空间转录组学结合方法,发现了由细胞类型组成和GABA能/谷氨酸能神经元比例定义的上下行丘脑输入“签名”,并基于此建立了独立于皮层区域分子和细胞相似性的视觉层次框架 | 未提及局限性 | 探究丘脑输入如何映射到皮层神经元的分子分类上,并揭示视觉皮层层次结构 | 小鼠视觉皮层神经元的分子和空间身份 | 数字病理学 | 无特定疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台 |
| 359 | 2026-06-23 |
An intraocular oxygenated emulsion suppresses retinal fibrosis by inhibiting hypoxia-driven bioenergetic shifts and mesenchymal transformation
2026-Jun-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9888803/v1
PMID:42326539
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示缺氧在视网膜纤维化中的关键驱动作用,并验证眼部注射过饱和氧气乳液可抑制纤维化 | 首次通过单细胞RNA测序证实缺氧是视网膜纤维化的核心驱动因素,并开发了一种眼内注射过饱和氧气乳液的治疗新策略 | 仅限于动物模型和离体细胞实验,未在人体中进行临床试验验证 | 研究缺氧在视网膜纤维化(增殖性玻璃体视网膜病变)中的作用机制及潜在治疗方法 | 人PVR纤维化膜及开放眼球损伤动物模型 | 数字病理学 | 增殖性玻璃体视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类PVR纤维化膜组织样本(具体数量未提及)及动物模型(开放眼球损伤) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 360 | 2026-06-23 |
Genome-wide association and multi-omics functional screens reveal the genetic architecture of foveal development
2026-Jun-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.06.11.26355452
PMID:42326794
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研究论文 | 通过全基因组关联研究和多组学功能筛选揭示中央凹发育的遗传结构 | 首次对中央凹发育不全进行全基因组关联研究,并利用斑马鱼模型建立首个脊椎动物疾病模型,结合多组学数据揭示效应基因表达的时间波和Müller胶质细胞的关键作用 | 研究中未提及具体局限性 | 阐明中央凹发育的遗传程序和机制 | 中央凹发育不全相关的遗传变异和效应基因 | 机器学习 | 先天性眼病 | 全基因组关联研究,多组学分析,CRISPR敲除,单细胞和空间转录组学 | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |