单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202606-202606] [清除筛选条件]
当前共找到 1083 篇文献,本页显示第 321 - 340 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
321 2026-08-14
S100A14 promotes colorectal cancer progression and anti-PD-1 resistance via UPF1-mediated activation of the non-canonical NF-κB signaling
2026-Jun-25, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和组织芯片分析,确定S100A14为结直肠癌免疫治疗抵抗的致癌驱动因子,并揭示其通过UPF1介导的非经典NF-κB信号通路促进肿瘤进展和抗PD-1耐药。 首次明确S100A14在结直肠癌中的致癌作用及其对免疫治疗响应的影响,发现S100A14通过结合UPF1并促进其泛素化降解,激活非经典NF-κB信号,且恢复UPF1表达可逆转恶性表型和免疫逃逸。 未在人类临床试验中验证S100A14-UPF1轴作为治疗靶点的可行性,且研究主要基于体外和同基因小鼠模型,缺乏患者来源的体内验证。 阐明S100A14在结直肠癌进展和抗PD-1免疫治疗耐药中的功能及分子机制,并探索潜在治疗靶点。 结直肠癌细胞系、同基因小鼠模型、组织芯片和单细胞RNA测序数据。 肿瘤免疫学 结直肠癌 单细胞RNA测序、组织芯片分析、免疫共沉淀、泛素化检测、共培养实验、同基因小鼠模型。 NA 单细胞转录组数据、组织芯片图像、细胞和动物实验数据。 未明确,但包括细胞系、小鼠模型和患者组织样本。 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序系统
322 2026-08-14
ProbeST: a custom probe design pipeline for dual host-pathogen Spatial Transcriptomics
2026-Jun-25, BMC genomics IF:3.5Q2
研究论文 本文介绍ProbeST,一个用于双宿主-病原体空间转录组学的定制探针设计流程,并在沙门氏菌感染的类肠上皮单层上验证了其可行性 提出开源的计算流程ProbeST,可针对任意生物体设计定制探针,突破了商业探针仅限于人类和小鼠的限制,并成功用于宿主-病原体互作研究 探针特异性高但灵敏度低于mCherry成像,且验证仅针对FFPE样本 开发并验证针对非模式生物和宿主-病原体互作研究的定制空间转录组探针设计方法 沙门氏菌感染的小鼠类肠上皮单层(FFPE样本) 生物信息学 感染性疾病 空间转录组学 不适用 空间转录组数据 未明确样本数量 不适用 空间转录组学 不适用 未明确平台配置
323 2026-08-14
Aortic Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals ApoE-Isoform-Specific Influences on Vascular Disease
2026-Jun-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究利用人源化APOE基因替换小鼠和单细胞RNA测序技术,分析了apoE异构体(E2、E3、E4)对主动脉细胞类型和血管疾病的影响,揭示了apoE2和apoE4促进动脉粥样硬化的不同机制。 首次采用单细胞转录组分析技术,在人类基因替换小鼠中解析apoE异构体对主动脉细胞亚群的差异性影响,揭示apoE2和apoE4通过不同机制(高脂血症和炎症)促进动脉粥样硬化。 研究基于小鼠模型,可能不完全代表人类疾病;未直接评估apoE异构体在人类血管细胞中的效应。 阐明apoE2和apoE4与动脉粥样硬化风险增加相关的具体分子机制。 人类APOE基因替换小鼠(apoE2、apoE3、apoE4)的主动脉组织。 单细胞转录组学 动脉粥样硬化 单细胞RNA测序 聚类分析 基因表达数据 小鼠主动脉样本(具体数量未提及) 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
324 2026-08-14
Activated Macrophages Promote TNF-α-Associated Tumor Cell Necroptosis in Pituitary Apoplexy Through the PIEZO1-NFATC2/REL Axis
2026-Jun-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序和组织学验证,研究垂体卒中相关微环境中巨噬细胞的机械敏感信号(PIEZO1-NFATC2/REL轴)如何促进TNF-α相关的肿瘤细胞坏死性凋亡。 首次将巨噬细胞的机械敏感信号通路(PIEZO1)与垂体卒中的炎症放大和组织损伤联系起来,揭示了新的病理机制。 研究主要基于体外实验和临床样本的关联分析,缺乏体内模型的直接验证。 探究垂体神经内分泌肿瘤中,巨噬细胞机械敏感信号是否促进炎症放大和组织损伤,并分析其与临床严重程度的相关性。 人垂体神经内分泌肿瘤(PitNET)样本,包括卒中和非卒中类型,以及相关巨噬细胞。 数字病理学 垂体卒中 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、组织学验证、临床分层、体外功能实验 NA 单细胞转录组数据、组织图像、临床数据 垂体腺瘤样本(卒中和非卒中),具体数量未明确;体外实验使用AtT-20和GH3细胞系。 NA 单细胞RNA测序 NA NA
325 2026-08-14
Stepwise Protocol for Alternative Splicing Analysis in Single-Cell SMART-Seq2 RNA-Seq Data
2026-Jun-20, Bio-protocol IF:1.0Q3
研究方案 提出一个逐步协议,用于分析儿童高级别胶质瘤(pHGGs)中具有H3.3K27M突变的单细胞SMART-Seq2 RNA测序数据中的可变剪接(AS)。 该协议结合了基因表达聚类和突变检测来识别肿瘤群体,并使用MARVEL包结合自定义脚本实现了PSI值计算、可变AS事件识别、降维、聚类、差异AS分析和剪接模式可视化。 该协议专门针对SMART-Seq2数据,可能不适用于其他类型的单细胞测序数据,且依赖于低通量的全长RNA-seq方法。 建立标准化的单细胞分辨率下分析AS的工作流,以研究肿瘤细胞中的剪接异质性。 儿童高级别胶质瘤(pHGGs)细胞,携带H3.3K27M突变。 生物信息学, 转录组学 儿童高级别胶质瘤 单细胞RNA测序(scRNA-seq,SMART-Seq2) MARVEL包(基于R的统计模型) 单细胞RNA测序数据 未在摘要中提供具体样本数量 NA 单细胞RNA-seq(全长) SMART-Seq2 SMART-Seq2单细胞全长转录组测序
326 2026-07-08
Assessing Transduction Efficiency And Cell Targeting By Cell-penetrating Peptides In The Mouse Lung
2026-06-16, Journal of visualized experiments : JoVE
研究论文 提出一种综合工作流程,用于评估细胞穿透肽在小鼠肺部的转导效率和细胞靶向性 首次整合互补读数(FACS分选、单细胞RNA测序、流式细胞术和共聚焦成像)来验证CPP在体内细胞类型水平的选择性 仅针对肺泡上皮II型细胞和单一CPP(cR11A)进行了测试,未评估其他细胞类型或器官的适用性 评估细胞穿透肽在体内的细胞类型特异性和转导效率 小鼠肺泡上皮II型细胞 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 小鼠肺组织样本,具体数目未提及 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 用于单细胞RNA测序的10x Chromium平台
327 2026-08-14
DDR1 Modulates Cytoskeletal Remodeling and Podosome Formation in Renal Fibroblasts
2026-Jun-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究探讨了DDR1在肾成纤维细胞中如何调节细胞骨架重塑和足体形成,以及其与基质力学之间的双向关系。 首次揭示DDR1在肾成纤维细胞中通过抑制应力纤维组装和促进足体形成,调节基质降解与收缩重塑程序之间的平衡,并发现DDR1表达与基质刚度存在双向调控关系。 研究主要基于体外实验和小鼠模型,未在人类样本中验证,且DDR1的上下游信号通路尚未完全阐明。 阐明DDR1在肾成纤维细胞激活过程中对细胞骨架组织和胶原重塑的调控作用及其机制。 小鼠肾成纤维细胞和单侧输尿管梗阻(UUO)小鼠肾脏组织。 数字病理学 肾脏纤维化 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未明确在标题和摘要中提供具体样本数量。 NA 单细胞RNA测序 NA NA
328 2026-08-14
Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies an OLFM4-Associated Gastric Cancer Cell State with Palmitoylation-Related Signatures and Altered Metabolic Activities
2026-Jun-15, Biomolecules IF:4.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和批量转录组分析,识别出胃腺癌中与OLFM4相关的细胞状态,该状态具有棕榈酰化相关特征和改变的能量代谢活动 首次识别出OLFM4相关的胃癌细胞亚型,并揭示其与棕榈酰化和代谢重编程的关联,同时构建了基于该亚型相关基因的预后风险模型 未明确提及研究的局限性 表征胃腺癌中的恶性上皮亚型,并探索OLFM4相关细胞状态在代谢异质性和预后中的潜在作用 胃腺癌患者的肿瘤细胞和胃癌细胞系 机器学习和转录组学 胃癌 单细胞RNA测序、批量RNA测序、功能实验(重组蛋白处理、siRNA敲低) 预后风险模型 转录组数据 未明确提及患者样本数量 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
329 2026-08-14
Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals Dual Antitumor and Adaptive Resistance Mechanisms of a Novel HSP90 Inhibitor, SP11, in T-Cell Acute Lymphoblastic Leukemic Cells and DLA Mouse Model
2026-Jun-12, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析评估新型HSP90抑制剂SP11在T细胞急性淋巴细胞白血病中的抗肿瘤效果及适应性耐药机制 首次利用单细胞转录组技术揭示新型HSP90抑制剂SP11的双重抗肿瘤机制和适应性耐药转录状态,并提出BCL2抑制剂联合治疗策略 未提供明确的局限信息 评估SP11在T-ALL中的治疗潜力,并揭示其抗肿瘤和耐药机制 T细胞急性淋巴细胞白血病细胞系和DLA小鼠模型 单细胞转录组学 T细胞急性淋巴细胞白血病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确提及样本数量,涉及MOLT4细胞系和DLA小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
330 2026-08-14
IL-1β/EPAS1-Associated Ferroptotic Stress Impairs Skeletal Stem/Progenitor Cell Function in Inflammation-Associated Fracture Nonunion
2026-Jun-09, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序数据,揭示了IL-1β/EPAS1相关的铁死亡应激损害骨骼干/祖细胞功能,导致炎症相关骨折不愈合的机制 首次将铁死亡与炎症相关骨折不愈合中的骨骼干/祖细胞功能障碍联系起来,并鉴定IL-1β/EPAS1信号轴作为关键调控通路,通过孟德尔随机化提供遗传证据 部分验证基于小鼠模型,人体证据主要依赖遗传关联而非直接功能实验 阐明炎症相关骨折不愈合中骨骼干/祖细胞功能受损的细胞内在机制,并探索潜在治疗靶点 小鼠骨膜、正常骨折愈合和炎症相关骨折不愈合模型中的骨骼干/祖细胞 机器学习 骨折不愈合 单细胞RNA测序 轨迹推断、转录因子网络分析、细胞间通讯建模 单细胞转录组数据 公开和内部小鼠单细胞RNA测序数据集,含多个模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
331 2026-08-14
Combined Analysis of Bulk and Single-Cell Transcriptomic Data Reveals Dormancy-Associated Genes in Colorectal Cancer
2026-Jun-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 整合批量与单细胞转录组数据分析结直肠癌休眠相关基因 通过批量转录组通路评分与单细胞RNA测序的联合分析,首次识别出23个结直肠癌休眠相关基因,并发现其通过代谢过程调控休眠,同时评估了这些基因的预后价值及潜在治疗药物 未提及具体限制,但可能涉及样本量或验证范围有限 阐明结直肠癌休眠的分子机制,识别相关基因并评估其预后价值 结直肠癌的上皮细胞、癌症干细胞和免疫细胞 转录组学、机器学习和数字病理学 结直肠癌 批量转录组分析、单细胞RNA测序 机器学习模型 转录组数据(批量与单细胞) 两个独立CRC队列(GSE41258和GSE41568)及TCGA结肠直肠癌数据集 NA 批量RNA测序、单细胞RNA测序 NA NA
332 2026-08-14
Integrated Bulk and Single-Cell Transcriptomic Analysis Followed by Clinical Validation Reveal Programmed Cell Death-Related Shared Molecular Signatures in OA and MDD
2026-Jun-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究通过整合批量与单细胞转录组分析及临床验证,揭示骨关节炎和重度抑郁症中程序性细胞死亡相关的共享分子特征 首次在OA和MDD中联合分析PCD相关基因,利用多种机器学习方法及单细胞RNA测序定位关键基因,并经独立临床队列验证 由于使用独立的疾病特异性数据集而非真正的共病发现队列,结果仅为候选标志物,需功能验证,且样本量有限 探索OA与MDD共病中程序性细胞死亡相关共享分子特征及其潜在机制 骨关节炎滑膜组织和重度抑郁症外周血及脑组织转录组数据及临床样本 生物信息学、基因组学 骨关节炎、重度抑郁症 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、qRT-PCR、Western blot LASSO、SVM-RFE、随机森林、WGCNA 转录组表达数据、单细胞表达数据、临床样本数据 包含6个训练集、7个验证集、2个单细胞RNA-seq数据集及一个独立临床队列 NA 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq NA NA
333 2026-08-14
Syringin disrupts the DLAT/MYC axis to dampen TAM polarization and suppress hepatocellular carcinoma progression
2026-Jun, Acta pharmaceutica Sinica. B
研究论文 本研究筛选出天然化合物紫丁香苷,通过破坏DLAT/MYC轴抑制肿瘤相关巨噬细胞的M2极化,从而抑制肝细胞癌进展。 首次发现紫丁香苷直接靶向DLAT并破坏DLAT/MYC轴,通过抑制MYC乙酰化促进其泛素化降解,从而调控巨噬细胞极化;同时建立了单细胞RNA测序和ABPP技术联合应用的新范式。 未提供明确的局限性说明。 探索能够抑制肝细胞癌进展的天然化合物,并阐明其分子机制,以期为HCC治疗提供新的辅助策略。 肝细胞癌肿瘤相关巨噬细胞和肝细胞癌进展相关机制。 分子生物学、癌症研究 肝细胞癌 单细胞RNA测序,基于亲和力的蛋白质分析(ABPP) NA 基因表达数据,蛋白质相互作用数据 小鼠模型和患者来源的异种移植模型 10x Genomics, Illumina 单细胞RNA测序, 质谱分析 10x Chromium, Illumina NovaSeq 10x Chromium单细胞RNA测序,Illumina NovaSeq测序
334 2026-08-13
Accurate trajectory inference in time-series spatial transcriptomics with structurally-constrained optimal transport
2026-Jun-29, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 提出一种基于结构约束最优传输的时间序列空间转录组轨迹推断方法,以保持组织结构的连续性和生物学一致性 首次将结构约束引入最优传输框架,用于时间序列空间转录组数据的轨迹推断,以保持生物学结构单元(如卵巢滤泡、肾小管和肾小球)在时间上的完整性 论文摘要未提及局限性 开发更准确的时间序列空间转录组轨迹推断方法,以维持生物学结构单元的完整性 时间序列空间转录组数据中的生物学结构单元(如卵巢滤泡、肾小管和肾小球) 空间转录组学 NA 空间转录组测序(ST) 最优传输(Optimal Transport) 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
335 2026-08-13
Bispecific antibody engineered extracellular vesicles redirect T cells to prevent postoperative epidural fibrosis
2026-Jun-27, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 开发了双特异性抗体工程化细胞外囊泡,通过重定向T细胞消除FAP⁺成纤维细胞,以预防术后硬膜外纤维化 首次利用双特异性抗体修饰的细胞外囊泡靶向消除FAP⁺成纤维细胞,实现术后硬膜外纤维化的免疫治疗 仅在临床前模型中验证,未进行人体临床试验,且系统性毒性仅在测试条件下评估 开发靶向FAP⁺成纤维细胞的双特异性抗体工程化细胞外囊泡,以预防术后硬膜外纤维化 术后硬膜外纤维化中的FAP⁺成纤维细胞和T细胞 数字病理学 硬膜外纤维化 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 患者椎板切除术后手术部位样本及临床前模型样本,具体数量未提及 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序
336 2026-08-13
NAD+ modulates mitochondrial vulnerability in MERTK-associated models of retinitis pigmentosa
2026-Jun-27, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序、透射电子显微镜和酶联免疫吸附试验发现视网膜色素变性大鼠模型中感光细胞和视网膜色素上皮细胞存在线粒体异常,并证实NAD+代谢降低增加疾病易感性,口服NMN通过甘油醛-3-磷酸脱氢酶-线粒体通路发挥保护作用 首次揭示线粒体功能障碍可能是视网膜色素变性的驱动因素,并发现NAD+前体NMN通过特定分子通路发挥治疗作用 未明确说明研究的局限性 探究线粒体功能障碍在视网膜色素变性发病机制中的作用,并评估NMN的治疗潜力 视网膜色素变性大鼠模型和MERTK相关的人原代RPE细胞模型 生物信息学 视网膜色素变性 单细胞RNA测序、透射电子显微镜、酶联免疫吸附试验、电视网膜图、免疫荧光、眼底摄影、siRNA靶向、腺相关病毒应用 NA 基因表达数据、图像数据 NA NA NA NA NA
337 2026-08-13
PASSpedia: A Polyadenylation Site Database Across Different Species at Single-cell Resolution
2026-06-26, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 本文介绍了PASSpedia数据库,该数据库基于升级的SCAPTURE v2流程,从1330个单细胞RNA-seq数据集中识别多腺苷酸化位点,覆盖七个物种,并提供了单细胞分辨率的PAS比较分析平台 升级了深度学习PAS分析流程SCAPTURE至v2版本,并构建了首个跨物种的单细胞分辨率多腺苷酸化位点数据库PASSpedia,揭示了不同物种间PAS使用偏好的差异 未明确提及局限性 构建跨物种的单细胞分辨率多腺苷酸化位点数据库,并比较不同物种的PAS使用偏好 七个物种的1330个基于3'标签的单细胞RNA-seq数据集,以及匹配的人类组织长读长测序数据 生物信息学 NA RNA-seq(3'标签单细胞RNA-seq)、长读长测序 深度学习模型(SCAPTURE v2,具体架构未说明) 单细胞RNA-seq数据、长读长测序数据 1330个单细胞RNA-seq数据集,覆盖七个物种;验证数据来自匹配的人类组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
338 2026-08-13
Reanalysis of Public Transcriptomes Reveals Shared Immune Signatures Between Major Depressive Disorder And Dermatomyositis With Single-Cell Context
2026-06-26, Journal of visualized experiments : JoVE
研究论文 本研究通过整合生物信息学重分析公共GEO数据集,并结合单细胞背景,识别重度抑郁症与皮肌炎之间共有的转录组信号,重点关注免疫相关机制 首次将重度抑郁症与皮肌炎的转录组数据整合分析,并利用单细胞RNA测序数据来背景化共享免疫信号,揭示特定CD8+ T细胞亚群的细胞间通讯模式 共享信号的验证仅基于公共数据集,缺乏真实共病队列的验证;单细胞背景化仅涉及有限数据,且MIF轴等发现需要进一步确证 识别重度抑郁症与皮肌炎之间共有的转录组信号,并表征其免疫相关细胞背景,以探索共病机制 重度抑郁症和皮肌炎患者的转录组数据,以及单细胞RNA测序数据中的免疫细胞 生物信息学 重度抑郁症, 皮肌炎 转录组分析, 单细胞RNA测序 机器学习模型 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 未提供具体样本数量 NA 单细胞RNA测序, 转录组分析 NA NA
339 2026-08-13
BASP1 promotes breast cancer progression and shapes an immunosuppressive microenvironment by recruiting MDSCs and suppressing T cell function
2026-Jun-23, Human cell IF:3.4Q3
研究论文 研究BASP1促进乳腺癌进展并塑造免疫抑制微环境,通过招募MDSCs和抑制T细胞功能 首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq识别髓系来源抑制细胞相关基因,并揭示BASP1在乳腺癌中作为促肿瘤基因和免疫调节分子的双重作用 仅限于4T1小鼠模型和特定数据集,未在人类患者中纵向验证BASP1的预后价值 识别MDSC相关基因并探索其在乳腺癌中的预后和免疫调节作用,以开发更有效的治疗策略 乳腺癌组织和细胞系(4T1、TCGA-BC队列、GSE176078数据集) 自然语言处理, 机器学习 乳腺癌 RNA-seq, 单细胞RNA测序, 免疫组化, 功能实验(如细胞增殖和迁移) NA 基因组数据, 图像数据, 文本数据 TCGA-BC队列(样本数量未指定)及GSE176078数据集(样本数量未指定),4T1小鼠模型 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
340 2026-08-13
Dysregulated NF-κB dynamics impair proteostasis and drive premature differentiation in aging B cell development
2026-Jun-15, Cell press blue
研究论文 本研究揭示NF-κB动态调控失调损害蛋白质稳态并驱动衰老B细胞发育中的过早分化,导致B淋巴细胞减少 首次将NF-κB动态调控识别为健康淋巴细胞生成的标志,并阐明其失调通过加速前B细胞分化导致B淋巴细胞减少的机制 未明确提及,但可能包括实验模型限制及临床相关性验证不足 探究衰老和炎症如何影响B细胞发育,并揭示NF-κB动态调控在其中的作用机制 衰老B淋巴细胞减少小鼠模型中的B系祖细胞 免疫学 年龄相关免疫缺陷 单细胞转录组学 NA 单细胞转录组数据 未具体说明样本数量,涉及衰老和对照小鼠的B细胞群体 NA 单细胞RNA测序 NA NA
回到顶部