单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 1083 篇文献,本页显示第 201 - 220 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
201 2026-09-05
Machine learning-driven QSAR modeling combined with single cell transcriptomics identifies novel drug targets for lung cancer
2026-06-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 结合单细胞转录组学和机器学习QSAR建模,识别非小细胞肺癌的潜在药物靶点及先导化合物 将单细胞RNA测序与机器学习驱动的QSAR模型相结合,进行跨原发和转移灶的靶点发现及大规模虚拟筛选 识别出的靶点和化合物尚未经过实验验证,且基于计算预测,可能受到数据质量和模型泛化能力的影响 识别非小细胞肺癌原发和转移灶中共有的可成药靶点,并筛选有效的先导化合物以推进精准肿瘤学治疗 非小细胞肺癌原发肿瘤及其脑和骨转移组织 机器学习 肺癌 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) XGBoost, 随机森林 (等机器学习算法) 单细胞转录组表达数据和分子生物活性数据 非小细胞肺癌原发肿瘤及匹配的脑和骨转移样本(未提供具体数量) NA 单细胞RNA测序 NA NA
202 2026-09-05
SpatialCell AI achieves reference-free single-cell resolution from spot-based spatial transcriptomics through morphology-guided enhancement
2026-Jun-16, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 SpatialCell AI是一种无需训练和参考的形态学引导增强方法,可将基于点的空间转录组数据提升至单细胞分辨率,并在结直肠癌样本上验证了其性能 首个结合无训练操作、无参考表达整合和单细胞输出粒度的空间转录组框架 未提及 开发一种无需外部参考和模型训练的方法,将基于点的空间转录组数据转化为单细胞分辨率的表达信息 结直肠癌样本 计算机视觉 结直肠癌 空间转录组学 NA 空间转录组数据(Visium, Visium HD, Xenium) 一个匹配的结直肠癌样本 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium, 10x Visium HD, 10x Xenium Visium (55 μm), Visium HD (8 μm 和 16 μm), Xenium (单细胞金标准)
203 2026-09-05
Analysis and validation of abnormal signaling pathways and immune cell infiltration characteristics in digestive system cancers based on peroxisome-related genes
2026-Jun-15, Biology direct IF:5.7Q1
研究论文 本研究基于过氧化物酶体相关基因,分析并验证了消化系统癌症中异常信号通路和免疫细胞浸润特征,并探讨了过氧化物酶体在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用 首次系统构建并验证了基于过氧化物酶体相关基因的消化系统肿瘤预后特征,并结合多组学数据揭示了过氧化物酶体功能障碍通过脂质代谢重编程克服治疗耐药的新机制 研究主要依赖生物信息学分析和体外/体内实验验证,临床样本验证规模有限,且部分机制研究聚焦于肝癌和结直肠癌,其他消化系统肿瘤的普适性需进一步验证 探究过氧化物酶体在消化系统肿瘤中的作用,特别是其与预后、免疫微环境及治疗抵抗的关系,以寻找潜在治疗靶点 消化系统癌症,包括肝细胞癌、结肠腺癌、直肠腺癌、胰腺腺癌、胃腺癌、食管腺癌、食管鳞状细胞癌和胆管癌 机器学习 消化系统癌症 RNA-seq, 单细胞RNA测序, 脂质组学, 基因敲除实验 Cox回归模型, LASSO, 机器学习模型 基因组数据, 转录组数据, 单细胞转录组数据, 脂质组学数据, 临床数据 多个消化系统癌症队列数据,以及肝癌细胞系和原位大鼠模型 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
204 2026-09-05
First human decedent model of orthotopic multi-organ xenotransplantation: Whole liver and bilateral kidneys from a six-gene-edited pig
2026-Jun-12, Med (New York, N.Y.)
研究论文 本研究首次报道了将六基因编辑猪的全肝和双肾原位联合异种移植到53岁人类脑死亡受者体内,并监测了近5天的功能及免疫代谢反应 首次实现了猪到人类的原位全肝加双肾联合异种移植,并利用单细胞RNA测序、蛋白质组学和代谢组学等多组学手段分析早期免疫和代谢特征 研究仅基于一名脑死亡受者,观察时间有限,无法评估长期存活和并发症 评估六基因编辑猪的全肝和双肾原位异种移植到人类受者的可行性,并确定早期免疫和代谢特征以指导围手术期管理和临床转化 一名53岁人类脑死亡受者及六基因编辑猪的全肝和双肾移植物 基因编辑、异种移植 终末期器官衰竭 单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢组学 NA 基因表达数据、蛋白质丰度数据、代谢物数据、临床监测数据 1名人类decedent受体,两只猪(提供肝脏和肾脏) NA NA NA NA
205 2026-09-05
Sonodynamic Therapy Attenuates TLR4/NF-κB Signaling in Epicardial Adipose Tissue of Atrial Fibrillation: Insights From Animal Models, scRNA-seq, and Mendelian Randomization
2026-06-01, Journal of cardiovascular pharmacology IF:2.6Q2
研究论文 本研究探讨了声动力疗法通过调节心外膜脂肪组织炎症,减轻心房颤动模型中巨噬细胞介导的炎症反应,并评估其在房颤患者中的潜在临床应用 首次将声动力疗法应用于心房颤动治疗,结合动物模型、单细胞RNA测序和孟德尔随机化,揭示其通过靶向TLR4/NF-κB通路减轻心外膜脂肪组织炎症的机制,并发现CXCL8作为潜在治疗靶点 研究主要在兔模型中进行,临床相关性依赖于单细胞测序和孟德尔随机化,缺乏直接的临床试验验证;未提供声动力疗法具体参数及长期安全性数据 探究声动力疗法对心房颤动中巨噬细胞介导的心外膜脂肪组织炎症的缓解作用及其潜在临床意义 兔心房颤动模型及人源心外膜脂肪组织和右心耳样本 数字病理学 心血管疾病 RNA-seq,单细胞RNA测序,孟德尔随机化 动物模型(兔),未指定深度学习模型 转录组数据,单细胞表达数据,临床统计数据 兔模型(分组样本量未明确),人源样本(单细胞测序和右心耳组织) NA 单细胞RNA测序 NA 未指定具体平台或试剂盒
206 2026-09-04
Blood IL-6 is a critical trigger of depressive symptoms in a mouse model for human atopic dermatitis
2026-Jun-20, Translational psychiatry IF:5.8Q1
研究论文 研究揭示特应性皮炎中血液IL-6和可溶性IL-6Rα通过破坏血脑屏障和抑制海马神经发生触发抑郁症状 首次证明外周血IL-6和sIL-6Rα在特应性皮炎中介导抑郁行为,并确定其通过IL-6Rβ而非IL-6Rα发挥作用 使用小鼠模型,可能不能完全代表人类特应性皮炎相关抑郁的复杂性 探究特应性皮炎导致抑郁症状的潜在机制,特别是IL-6在中枢神经系统中的作用 NC/Tnd小鼠(自发性AD)、IL-6缺陷小鼠、培养的神经元祖细胞 神经科学、免疫学、基因组学 特应性皮炎、抑郁症 单细胞RNA测序 小鼠模型、中和抗体实验 转录组数据、行为学数据 详见正文 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 不清楚
207 2026-09-04
An LSCC-specific R-loop-related model predicts prognosis and neoadjuvant immunotherapy response and identifies EIF5A2-mediated tumor-immune crosstalk
2026-Jun-20, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1
研究论文 本研究构建了喉鳞状细胞癌特异性R-loop相关预后模型,并鉴定出EIF5A2为核心免疫调控基因,揭示了其在肿瘤-免疫相互作用中的作用 首次构建喉鳞状细胞癌特异性R-loop相关基因预后模型,并利用单细胞RNA测序数据识别核心基因EIF5A2,揭示其介导的肿瘤-免疫串扰机制 主要依赖公共数据库数据进行验证,缺乏前瞻性临床队列和体外功能实验验证 开发喉鳞状细胞癌的预后分层和免疫治疗预测生物标志物,并探索R-loop相关的肿瘤免疫调控机制 喉鳞状细胞癌患者,包括TCGA-LSCC队列、GSE25727、GSE27020、GSE210287和GSE290927数据集中的样本 基因组学、转录组学 喉鳞状细胞癌 转录组测序(RNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) LASSO-Cox回归模型 基因表达数据、单细胞转录组数据、临床数据 多个公共数据集,具体样本量未在摘要中明确 NA 批量RNA测序(bulk RNA-seq)、单细胞RNA测序 NA NA
208 2026-09-04
GenOT: generative optimal transport enables spatiotemporal interpolation and generation in cross-platform spatial transcriptomics
2026-Jun-19, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 提出了GenOT,一种结合多尺度图自监督对比学习与最优传输重心理论的生成框架,用于跨切片和跨平台的空间转录组时空插值 核心创新在于引入基于最优传输重心的插值算法,数学建模异质性样本间的空间分布差异,以重建时空基因表达动态 摘要中未提及明显局限 实现空间转录组学中跨平台和跨样本的时空数据插值与生成,以整合信息并重建发育轨迹 空间转录组数据,涵盖不同切片和平台的数据集 机器学习 NA 空间转录组学 生成框架(可能基于图神经网络和最优传输,未具体指定模型架构如CNN等) 空间基因表达数据 摘要中未明确提及样本数量 NA 空间转录组学 NA NA
209 2026-09-04
FSTL4 interaction with Gαi proteins activates the Akt-mTOR pathway to drive malignant phenotypes in non-small cell lung cancer
2026-06-17, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1
研究论文 本研究探讨了FSTL4在非小细胞肺癌中的临床相关性、细胞类型特异性定位及其通过激活Akt-mTOR通路驱动恶性表型的机制 首次揭示FSTL4与Gαi蛋白相互作用并通过Gαi1/3-Akt-mTOR级联促进NSCLC恶性表型,且对恶性细胞具有选择性依赖性 未明确提及研究局限性 确定FSTL4在NSCLC中的临床意义、细胞类型特异性定位及其机制作用,评估其作为预后生物标志物的潜力 非小细胞肺癌组织样本、肺腺癌细胞系、正常肺上皮细胞、原发性人NSCLC细胞及异种移植小鼠模型 癌症生物学 非小细胞肺癌 单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因敲除、基因敲低、过表达、蛋白质互作分析、免疫印迹、异种移植实验 不适用 临床组织数据、单细胞转录组、细胞实验数据 TCGA数据及局部切除组织样本,具体样本量未在摘要中提供 NA 单细胞RNA测序 NA NA
210 2026-09-04
Decoding regional keratinization in human oral mucosa through high-resolution spatial transcriptomics
2026-Jun-15, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过高分辨率空间转录组学构建人类口腔黏膜的图谱,揭示角化与非角化区域的特异性分子机制 首次使用10x Visium HD平台在人类口腔黏膜中实现高分辨率空间转录组分析,识别出驱动角化差异的基质-上皮相互作用 研究仅基于两名健康供者,样本量小,可能限制结果的普遍性 理解口腔黏膜区域特异性角化的空间和分子机制,为再生治疗提供基础 人类口腔黏膜中龈牙结合部的角化与非角化区域 空间转录组学 NA 空间转录组测序 聚类分析、伪时间轨迹推断、配体-受体网络分析 空间转录组数据 两名健康供者的龈牙结合部标本,产生2个角化区和2个非角化区 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium HD 10x Visium HD平台用于福尔马林固定石蜡包埋标本
211 2026-09-04
Multi-omics and experimental evidence in human chondrocytes identify caspase-8 as a non-apoptotic regulator of inflammatory, senescent, and fibrotic signaling in osteoarthritis
2026-06-06, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1
研究论文 通过多组学分析与实验验证,在人软骨细胞中鉴定caspase-8作为骨关节炎中非凋亡性的炎症、衰老和纤维化信号调节因子 首次系统揭示caspase-8在骨关节炎软骨细胞中作为非凋亡性调控枢纽,连接炎症-衰老与纤维化重塑,并结合多组学、功能实验和孟德尔随机化验证其治疗靶点潜力 摘要未明确提及研究的局限性,可能包括样本来源有限、动物模型与人类差异及因果推断的潜在混杂等,但文中未提供具体信息 研究caspase-8在骨关节炎发病机制中的作用及其作为疾病修饰治疗靶点的潜力 人类骨关节炎软骨细胞、衰老(晚期传代)软骨细胞、自然老化软骨、小鼠DMM模型软骨及软骨细胞亚群 基因组学、转录组学、蛋白质组学、生物信息学 骨关节炎 bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 空间转录组学, 定量蛋白质组学, siRNA敲低, 抑制剂处理, 蛋白质-蛋白质对接, 孟德尔随机化, SMR/HEIDI分析 NA 转录组数据(RNA-seq)、单细胞转录组、空间转录组、蛋白质组学数据、临床和遗传关联数据 多个公开数据集(GSE168505、GSE246425、GSE287861、GSE26475、GSE254844、GSE255460)及体外实验样本,具体数量不明 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
212 2026-09-04
Multiscale hyperbolic embedding reveals hierarchical structure in complex biological systems
2026-Jun-02, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1
研究论文 引入多尺度双曲嵌入算法MuH-MDS,用于揭示复杂生物系统中的层级结构,并提升图谱推断和谱系重建的准确性。 采用绝热优化策略,通过固定簇质心、迭代优化局部位置,计算加速十倍,可处理超过8万样本的数据集,并在保持局部细节与全局层级的同时提供度量保真。 摘要中未提及明显的局限性。 开发可扩展且度量保真的多尺度双曲嵌入方法,以支持大规模生物数据集的层级结构可视化与定量解释。 多种基准数据集,包括秀丽隐杆线虫胚胎发生的单细胞RNA测序数据。 机器学习 NA 单细胞RNA测序 多尺度双曲多维缩放(MuH-MDS) 单细胞RNA测序表达数据 超过80,000个样本(用于评估计算扩展性);具体样本组成未详述 NA 单细胞RNA测序 NA NA
213 2026-09-04
Proteome-wide genetic study identified therapeutic targets for early-onset and late-onset Alzheimer's disease
2026-Jun, International journal of surgery (London, England)
研究论文 通过蛋白质组范围的孟德尔随机化等方法,识别早发性和晚发性阿尔茨海默病的治疗靶点 首次系统比较早发性与晚发性阿尔茨海默病的蛋白质组遗传证据,并利用分子对接和动态模拟验证药物靶点 研究结果基于遗传预测,需要进一步的实验验证 识别早发性和晚发性阿尔茨海默病特异性的治疗靶点 早发性和晚发性阿尔茨海默病相关的循环蛋白质 遗传学 阿尔茨海默病 孟德尔随机化、共定位分析、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟 NA 蛋白质组数据和遗传数据 未提供具体样本量 NA 蛋白质组学、单细胞RNA测序 NA NA
214 2026-09-03
Mining single-cell transcriptomic data reveals distinct T-cell population in pediatric B-ALL and AML at diagnosis
2026-06-23, Blood advances IF:7.4Q1
研究论文 利用单细胞转录组数据,比较了儿童B-ALL和AML诊断时T细胞亚群的差异,并发现了一类富集于B-ALL的稀有T细胞亚群 首次综合分析了儿童B-ALL和AML的T细胞单细胞转录组,揭示了疾病特异性T细胞亚群,并识别出一种表达血红蛋白基因的稀有T细胞亚群,其与更好的预后相关 依赖现有数据集的整合,可能引入批次效应;样本来源多为诊断时的骨髓,未涵盖治疗过程中或外周血等其他组织的T细胞 刻画儿童B-ALL和AML中T细胞的转录和功能异质性,以指导基于T细胞的免疫治疗策略 儿童B-ALL和AML患者以及健康供体来源的T细胞 单细胞转录组学 儿童B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)和急性髓系白血病(AML) 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 89例B-ALL患者、26例AML患者和9例健康供体的骨髓样本,共分析47,610个T细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
215 2026-09-03
Development and validation of a four-gene prognostic signature derived from disulfidptosis- and cuproptosis-related genes in oral squamous cell carcinoma
2026-Jun-19, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 开发并验证了来自二硫下垂体和铜下垂体相关基因的四基因预后特征,用于口腔鳞状细胞癌患者的风险分层。 首次在口腔鳞状细胞癌中整合二硫下垂体和铜下垂体相关基因构建四基因预后特征,并结合单细胞RNA-seq揭示恶性细胞和成纤维细胞之间的肿瘤-间质相互作用。 未明确说明,可能包括样本量有限、回顾性研究设计以及需要前瞻性验证。 开发并验证一个由二硫下垂体和铜下垂体相关基因衍生的预后特征,以改善OSCC患者的风险分层和预后预测。 口腔鳞状细胞癌患者,包括TCGA训练集和GEO验证集的肿瘤样本,以及OSCC细胞系(CAL-27和SCC-9)。 数字病理学 口腔鳞状细胞癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, ELISA LASSO-Cox模型 基因表达数据(多种)、单细胞表达数据、临床数据、细胞系数据 TCGA训练队列268例,GEO验证队列GSE41613 97例、GSE65858 270例、GSE42743 55例,完整案例子队列212例,单细胞RNA-seq数据5902个细胞 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA 使用GEO和TCGA公共数据进行bulk RNA-seq分析;使用GSE103322单细胞数据进行单细胞RNA-seq分析
216 2026-09-03
A systematic scoping review of the molecular pathogenesis of digestive system cancers (2013-2025)
2026-Jun-19, Discover oncology IF:2.8Q2
综述 本系统综述综合分析了2013年至2025年间发表的57项研究,总结了消化系统癌症的分子发病机制,包括遗传、表观遗传和转录组改变,并指出了不同癌症类型研究的不均衡性 该综述首次对多种消化系统癌症的分子发病机制进行了系统综合,整合了遗传、表观遗传和转录组层面的发现,并特别关注了生殖系变异和新兴的单细胞及空间转录组学应用 研究覆盖的癌症类型间证据不均衡,对生殖系变异的探索仅限于结直肠癌、胰腺癌和部分肝癌 系统总结消化系统癌症的分子发病机制,提供一个跨癌症类型的综合概述 消化系统癌症,包括结直肠癌、胃癌、食管癌、胰腺癌、胆囊癌和壶腹癌等 分子生物学、基因组学 消化系统癌症 NGS NA 文本、基因组数据 57项研究 NA NA NA NA
217 2026-09-03
TYRP1 defines a proliferative melanoma cell subpopulation, driving malignant progression and therapy resistance via the GPNMB-Notch1-SOX10/MITF axis
2026-06-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本文通过单细胞RNA测序和功能实验,揭示了TYRP1阳性黑色素瘤细胞亚群通过GPNMB-Notch1-SOX10/MITF轴驱动肿瘤增殖和治疗抵抗的机制 首次将TYRP1定义为黑色素瘤高增殖亚群的标志物,并阐明其通过GPNMB-Notch1-SOX10/MITF正反馈环促进肿瘤进展的机制,同时发现该亚群对免疫检查点抑制剂和dabrafenib的不同敏感性 未明确提及局限性 表征TYRP1阳性黑色素瘤细胞亚群并阐明其在肿瘤增殖、信号调控和治疗反应中的作用 原发性和转移性黑色素瘤样本、患者来源类器官、TYRP1过表达黑色素瘤细胞系(A375, SK-MEL-28)及异种移植小鼠模型 数字病理学 黑色素瘤 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因表达谱分析、siRNA敲除、重组蛋白处理、通路抑制实验 NA 基因表达数据、图像(如类器官和小鼠成像数据) 原发性和转移性黑色素瘤单细胞RNA测序数据;患者来源类器官;TYRP1过表达细胞系(A375, SK-MEL-28);异种移植小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
218 2026-09-03
IL10 promotes surgical incision healing in sepsis by regulating PI16+ fibroblasts and CCL8+ macrophages
2026-Jun-17, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序等技术,探究了IL10通过调节PI16+成纤维细胞和CCL8+巨噬细胞促进脓毒症手术切口愈合的机制 首次揭示IL10在脓毒症伤口修复中对成纤维细胞和巨噬细胞动态的调控作用,并识别PI16和CCL8作为潜在治疗靶点 仅使用小鼠样本进行单细胞测序,人类样本仅用于组织学分析,可能限制结果向人类的直接转化 阐明IL10在脓毒症手术切口愈合中的作用及机制,为治疗提供潜在靶点 脓毒症和非脓毒症患者的切口周围皮肤标本,以及LPS诱导的脓毒症小鼠模型 数字病理学 脓毒症 单细胞RNA测序, 免疫荧光 NA 基因表达数据, 图像 人类皮肤标本(具体数量未说明),小鼠模型(具体数量未说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
219 2026-09-03
Systemic pre-conditioning favors effector over exhausted CD8 T-cell subsets following Sup2-IL33 armored CAR T-cell therapy
2026-Jun-03, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本研究评估了系统性预 conditioning 对联合表达 Sup2-IL33 装甲的 CAR T 细胞治疗 B16F10 黑色素瘤的影响,发现系统性预 conditioning 能增强肿瘤控制和生存期延长。 首次评估系统性预 conditioning 与 Sup2-IL33 细胞因子装甲联合使用对 CAR T 细胞疗法的影响,并揭示了其对效应细胞与耗竭细胞分化的调控机制。 研究仅在 B16F10 黑色素瘤小鼠模型中进行,未在人类或其他肿瘤模型中验证;且需进一步研究 CAR T 细胞持久性与内源性免疫反应的相互作用机制。 探究系统性预 conditioning 与 Sup2-IL33 装甲 CAR T 细胞联合治疗在实体瘤中的抗肿瘤效果及其机制。 B16F10 黑色素瘤小鼠模型中的 TRP1 特异性 CAR T 细胞(有或无 Sup2-IL33 装甲)。 免疫治疗 黑色素瘤 单细胞 RNA 测序、流式细胞术、发光成像 CAR T 细胞疗法 基因表达数据、流式细胞术数据、成像数据 免疫活性小鼠模型(数量未在摘要中明确) NA 单细胞 RNA 测序 NA NA
220 2026-09-02
Cell migration inducing protein alleviates adverse cardiac remodelling after ischaemia and reperfusion injury by controlling fibroblast activation
2026-06-26, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 本研究探讨了细胞迁移诱导蛋白(CEMIP)在心肌缺血再灌注损伤后通过调控成纤维细胞活化来减轻不良心脏重塑的作用 首次揭示CEMIP通过影响整合素介导的TGF-β激活和SMAD3信号通路,控制成纤维细胞向肌成纤维细胞转化,从而在心脏修复中发挥保护作用 研究仅使用小鼠模型,且未涉及CEMIP在人类心脏疾病中的作用验证 探究CEMIP在心肌梗死后心脏重塑中的功能及其潜在的治疗靶点价值 小鼠心脏成纤维细胞及心肌梗死模型 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未明确说明样本数量 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 用于梗死心脏的单细胞RNA测序
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