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当前共找到 1083 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-24 |
Single-cell transcriptomics reveals MAFB-driven macrophage reprogramming and immune divergence in recurrent glioblastoma
2026-Jun-29, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-026-16321-7
PMID:42374253
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研究论文 | 该研究通过整合大规模单细胞转录组数据集，揭示了复发性胶质母细胞瘤中由MAFB驱动的CXCL3⁺肿瘤相关巨噬细胞重编程及免疫微环境差异 | 首次鉴定出复发性胶质母细胞瘤中独特的CXCL3⁺肿瘤相关巨噬细胞亚群，并确定MAFB为该巨噬细胞状态的核心转录调控因子，同时通过体内实验验证了MAFB敲除可抑制颅内肿瘤生长并延长生存期 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究复发性胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞的激活状态和转录程序，揭示肿瘤复发的免疫微环境机制 | 胶质母细胞瘤患者样本及患者来源的GBM细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组测序, 免疫组织化学, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 图像 | 大规模单细胞转录组数据集（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-09-24 |
Compound models and Pearson residuals for single-cell RNA-seq data without UMIs
2026-Jun-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04161-4
PMID:42365288
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研究论文 | 该文章提出了一种复合模型和Pearson残差方法，用于标准化无UMI的scRNA-seq数据，通过将扩增步骤建模为复合分布来捕捉过度离散和零膨胀模式 | 首次将Pearson残差方法扩展到非UMI数据，通过复合分布建模扩增步骤，并发现多种测序协议的扩增分布可用破碎幂律描述 | 文章未明确提及限制 | 扩展Pearson残差方法到无UMI的scRNA-seq数据，以进行有效的基因选择和嵌入 | Smart-seq2数据集和其他非UMI scRNA-seq数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 复合模型（负二项分布和扩增分布） | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3 | 2026-09-24 |
Decoding the association between platinum resistance and HPV status in cervical cancer using organoid models
2026-Jun-26, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-026-02665-w
PMID:42363253
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研究论文 | 该研究通过建立宫颈癌类器官模型，结合药物敏感性测试和单细胞RNA测序，揭示了非HPV16高危型HPV感染与铂类耐药之间的关联及其分子机制 | 首次利用宫颈癌类器官模型系统性地揭示了非HPV16高危型HPV感染与铂类耐药之间的关联，并通过单细胞RNA测序鉴定了铂类耐药类器官中DNA修复增强、PI3K/AKT通路激活和凋亡信号抑制等分子特征，提出PI3K/AKT抑制剂BYL719可作为铂类耐药宫颈癌的潜在治疗辅助药物 | 未在摘要中明确说明研究局限性 | 探究HPV感染状态与宫颈癌铂类耐药之间的关联，并利用类器官模型研究其潜在分子机制 | 宫颈癌患者的肿瘤组织及由此建立的宫颈癌类器官 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序、药物敏感性测试、类器官培养 | NA | 基因表达数据、图像 | 37个宫颈癌类器官（CCOs），其中27个用于表征和药物敏感性测试 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-09-24 |
Transcriptional heterogeneity predicts and enables clonal selection in ageing haematopoiesis
2026-Jun-25, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-10046174/v1
PMID:42396490
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研究论文 | 该研究结合可遗传谱系追踪与单细胞RNA测序，在异时和同时移植模型中追踪造血干细胞克隆的转录状态与长期功能输出，揭示衰老相关的克隆选择机制 | 提出克隆层面的转录异质性（而非平均转录状态）是预测衰老相关克隆选择的关键因素，并开发了计算框架scCloneVar来量化克隆分辨率的转录异质性并识别差异变异基因（DVG） | 研究主要基于小鼠造血干细胞移植模型，人类HSC数据仅用于保守性分析，尚未在人类体内验证转录异质性对克隆选择的预测能力 | 探究姐妹细胞间的转录变异性（而非转录状态本身）是否是预测衰老相关克隆选择的属性，以造血干细胞为测试案例 | 小鼠造血干细胞（HSC）克隆及人类HSC | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序, 可遗传谱系追踪 | scCloneVar计算框架 | 单细胞转录组数据, 谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-09-24 |
Circuit organization and transcriptomic heterogeneity of sympathetic circuits innervating cranial structures
2026-Jun-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117446
PMID:42241285
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研究论文 | 该研究结合神经元示踪、单细胞和空间转录组学，解析了支配颅部结构的交感神经环路的电路组织和转录组异质性 | 结合神经元示踪与单细胞及空间转录组学，首次揭示了颈上神经节（SCG）神经元的电路组织规则：每个SCG神经元仅支配单一效应器官，投射类型（P型）形成两个主要区室但彼此混杂，成熟转录组类型（T型）出生后出现且呈头尾偏倚，T型与P型并非严格一一对应，表明交感颅部效应器受多种转录组SCG类型的组合调控 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 阐明支配颅部组织的交感神经环路的电路组织和细胞异质性 | 颈上神经节（SCG）神经元及其支配的颅部效应器官 | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 神经元示踪, 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2026-09-24 |
Spatial transcriptomics reveals coordinated ventricular patterning and maturation in the developing human heart
2026-Jun-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74476-0
PMID:42336864
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研究论文 | 该研究构建了发育中人类心脏的时空转录组图谱，揭示了心室图式形成和成熟的协调机制。 | 首次对发育中的人类心脏进行时空转录组分析，覆盖8-15个受孕后周数的30个切片，将每个空间点视为多细胞单元，解析了解剖学上连贯的区域和特化亚群，并通过轨迹推断揭示了从心内膜到心外膜的连续转录梯度。 | 未明确提及 | 揭示人类心脏如何建立空间组织结构以及区域程序如何整合以协调发育。 | 发育中的人类心脏组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 30个切片，覆盖8-15个受孕后周数 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2026-09-24 |
Sequential and coordinated control of human plasma cell differentiation by IRF4 and BLIMP1 utilizing a discriminating ISRE/EICE motif lexicon
2026-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.15.732353
PMID:42367882
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研究论文 | 该研究利用CRISPR/Cas9扰动和单细胞RNA测序，揭示了IRF4和BLIMP1通过识别不同的ISRE/EICE基序词汇协同调控人类浆细胞分化的机制 | 发现了ISRE/EICE基序中非保守核苷酸可区分IRF4和BLIMP1的结合，揭示了基序词汇依赖的IRF4-BLIMP1相互作用模式，即IRF4先独立发挥作用然后与BLIMP1协同 | 研究主要基于体外分步分化系统，可能无法完全反映体内浆细胞分化的复杂微环境调控 | 解析IRF4和BLIMP1在人类浆细胞分化过程中如何分配和协调其基因组活动 | 人类初始B细胞及浆细胞前体细胞 | 机器学习 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序, 多组学分析, CUT&RUN, DNA结合实验 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-09-24 |
Correcting spatial transcriptomics data affected by a prevalent transcript leakage problem across platforms, species, and tissues
2026-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.13.732076
PMID:42367830
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研究论文 | 该文章揭示了空间转录组学数据中普遍存在的转录本泄漏问题，并提出了一种基于贝叶斯模型的无参考校正方法DeLeakage来清理数据 | 首次发现并系统证明了空间转录组学数据中跨平台、物种和组织的普遍转录本泄漏问题，并提出了一种无参考的贝叶斯模型DeLeakage进行有效校正 | 摘要中未明确提及 | 解决空间转录组学数据中的转录本泄漏问题，提高数据质量和下游分析的准确性 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 基于成像的空间转录组学, 基于测序的空间转录组学 | NA | NA |
| 9 | 2026-09-24 |
Dissecting and directing pathology foundation models
2026-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.12.731496
PMID:42367854
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研究论文 | 该文章提出了PICASSO框架，利用稀疏自编码器将病理基础模型的嵌入分解为人类可解释的视觉概念，构建了首个泛癌组织形态学概念图谱，实现了基础模型的可解释性与可控性 | 首次构建了跨32种癌症类型、超过1.2亿组织切片的泛癌组织形态学概念图谱；利用稀疏自编码器将病理基础模型嵌入分解为人类可解释的视觉概念；发现了EGFR突变肺腺癌中此前未被识别的鞋钉样上皮形态学生物标志物；将形态学概念与空间转录组学关联，揭示形态模式与基因表达程序的联系；实现了对技术伪影相关概念的抑制以及反事实嵌入的生成 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 使病理基础模型变得可解释和可控，将病理基础模型转化为机制洞察和科学发现的平台 | 病理基础模型的嵌入表示、32种癌症类型的组织切片、肺腺癌EGFR突变相关形态学特征 | 数字病理学 | 肺癌 | NA | 基础模型, 稀疏自编码器 | 图像 | 超过1.2亿个组织切片，涵盖32种癌症类型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2026-09-24 |
A dish-to-biobank framework links β-cell nutrient-stress programs to genetic and dietary risk for Type 2 Diabetes
2026-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.12.731989
PMID:42367913
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研究论文 | 该研究建立了一个从培养皿到生物样本库的框架，将受控的β细胞扰动与群体规模的疾病遗传学联系起来，并应用于2型糖尿病研究 | 开发了一个从培养皿到生物样本库的框架，通过循环血浆蛋白质组将受控的β细胞扰动与群体规模的疾病遗传学联系起来；发现糖脂毒性是引发SC-β细胞转录反应最强的条件，且糖脂毒性上调基因独特地富集了T2D遗传力、单基因糖尿病基因和罕见变异负荷信号；利用血浆蛋白质组作为可及的人群规模读出，对45,956名UK Biobank参与者进行评分，定义了可遗传的应激特征 | 研究主要基于UK Biobank白人英国参与者，可能限制结论在其他种族和人群中的普适性；血浆蛋白质组作为读出可能无法完全捕捉β细胞内的分子变化 | 探究遗传易感性和慢性代谢应激是否汇聚于人类群体中共享的分子程序，并建立一个将受控细胞扰动与人群规模人类疾病遗传学联系起来的通用框架 | 人类干细胞衍生的胰岛细胞（SC-β细胞）、UK Biobank中的45,956名白人英国参与者 | 机器学习, 数字病理学 | 2型糖尿病 | scRNA-seq, CRISPR敲除, 血浆蛋白质组学 | NA | 图像, 文本 | 45,956名UK Biobank白人英国参与者，以及人类干细胞衍生的胰岛细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 血浆蛋白质组学 | NA | NA |
| 11 | 2026-09-24 |
Adiposity-Associated Monocyte Costimulatory Programming in Rheumatoid Arthritis Identified by Single-Cell Transcriptomics
2026-Jun-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.06.09.26355275
PMID:42326774
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学分析了31名供者（16名RA患者和15名非RA对照）的循环单核细胞，发现肥胖与RA中单核细胞T细胞共刺激通路的富集增加相关 | 首次在单细胞水平上揭示肥胖与RA中单核细胞共刺激编程之间的关联，发现BMI升高与RA患者单核细胞T细胞共刺激通路富集增加相关，而在非RA对照中不存在此关联 | 样本量相对较小（31名供者），未明确说明单核细胞亚群的具体功能验证实验，且为观察性关联研究，无法确定因果关系 | 探究肥胖是否增强RA中单核细胞的共刺激编程，从而促进适应性免疫激活 | 31名供者的纯化循环单核细胞（16名符合2010 ACR/EULAR分类标准的RA患者和15名非RA对照），共约135,599个单核细胞 | 单细胞转录组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 31名供者（16名RA患者和15名非RA对照），约135,599个单核细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics Flex | 10x Genomics Flex平台进行单细胞RNA测序 |
| 12 | 2026-09-24 |
Single-cell transcriptomics reveals differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and 2D-cultured trophoblast stem cells
2026-Jun-10, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10460-0
PMID:42270938
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组测序揭示了早孕期胎盘绒毛膜板与基底板细胞滋养层细胞之间的差异，并将其与二维培养的滋养层干细胞进行比较 | 首次在单细胞水平上比较了早孕期胎盘基底板和绒毛膜板的细胞滋养层细胞，并揭示了滋养层干细胞最接近ITGA5+近端柱滋养层细胞，偏向EVT谱系 | 研究主要基于体外培养的滋养层干细胞系，可能无法完全反映体内滋养层细胞的真实状态；样本量相对有限 | 探究早孕期胎盘不同区域细胞滋养层细胞的转录多样性，并比较其与滋养层干细胞的差异 | 早孕期（6-8周和12-14周）胎盘绒毛组织中的细胞滋养层细胞以及体外培养的滋养层干细胞系 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 早期（6-8周）和晚期（12-14周）早孕期胎盘样本，3个滋养层干细胞系，6个不同滋养层干细胞系用于流式验证 | 10x Genomics, NanoString | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, GeoMx | NA |
| 13 | 2026-09-24 |
Identification of Estrogen-Related Biomarkers in Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease Through Machine Learning and Single-Cell Analysis
2026-Jun-10, Clinical and translational gastroenterology
IF:3.0Q2
DOI:10.14309/ctg.0000000000001059
PMID:42269031
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研究论文 | 该研究通过整合生物信息学、机器学习和单细胞RNA测序分析，识别了代谢功能障碍相关脂肪性肝病中与雌激素相关的生物标志物IGFBP2和P4HA1，并探讨了其与免疫浸润和分子亚型的关系 | 首次结合多队列转录组数据、机器学习算法和单细胞RNA测序，系统识别了MASLD中雌激素相关的诊断生物标志物IGFBP2和P4HA1，并揭示了其与免疫微环境和分子亚型的关联，构建了ceRNA调控网络 | 研究主要基于公共转录组数据的生物信息学分析，缺乏大规模组织水平和蛋白质水平的实验验证，外周血中生物标志物的可检测性仅为初步探索 | 识别代谢功能障碍相关脂肪性肝病中与雌激素相关的生物标志物，并探索其在疾病风险分层和治疗中的潜在应用 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病患者与对照者的肝脏转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 机器学习 | LASSO回归, XGBoost | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 6个公共转录组数据集（5个训练集，1个验证集）和1个人类肝脏单细胞RNA测序数据集 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-09-24 |
Deep learning based individualized cross-platform molecular subtype classification of B-lineage acute lymphoblastic leukemia
2026-Jun-10, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01556-1
PMID:42265190
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研究论文 | 开发了一个基于深度学习的跨平台B-ALL分子亚型分类框架BALL6，并提供了网页工具 | 利用排序转换后的基因表达值训练循环神经网络，并引入基于排序的数据增强框架，实现对缺失值的鲁棒性和跨平台应用 | 摘要中未提及 | 实现B细胞急性淋巴细胞白血病分子亚型的跨平台分类 | B细胞急性淋巴细胞白血病患者样本 | 机器学习, 数字病理学 | 白血病 | 深度学习, 基因表达分析, 单细胞RNA测序 | 循环神经网络 | 基因表达数据, 图像（如果网页工具包含图像？但根据摘要，可能是表达数据） | 摘要中未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2026-09-24 |
P-STAT3-dependent SPP1 transcription in cholangiocytes drives hepatic stellate cells activation in congenital hepatic fibrosis
2026-Jun-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10476-6
PMID:42265280
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了先天性肝纤维化中胆管细胞通过p-STAT3依赖的SPP1转录激活肝星状细胞，从而驱动肝纤维化的机制 | 首次发现PKHD1缺陷导致胆管细胞中SPP1上调，并通过SPP1-integrin α8β1轴与肝星状细胞通讯；证实p-STAT3是SPP1的直接转录激活因子；利用AAV8介导的胆管细胞特异性Spp1敲低可减轻肝纤维化 | 研究主要基于单个CHF患者样本和Pkhd1敲除小鼠模型，样本量较小；未在更多患者队列中验证SPP1-p-STAT3轴的普遍性；AAV8靶向治疗的安全性和有效性需进一步评估 | 探究先天性肝纤维化中胆管细胞与肝星状细胞之间的细胞间通讯机制，并寻找潜在治疗靶点 | 携带复合杂合PKHD1突变的先天性肝纤维化患者及CRISPR-Cas9生成的Pkhd1敲除小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 先天性肝纤维化 | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因编辑, 免疫共沉淀, 荧光素酶报告基因检测, 共培养实验, AAV8介导的基因敲低 | Pkhd1敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 图像, 文本 | 1例先天性肝纤维化患者和Pkhd1敲除小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 16 | 2026-09-24 |
A transient epithelial plasticity state defines the developmental window for uterine gland specification
2026-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.03.729801
PMID:42282591
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研究论文 | 整合单细胞和空间转录组学与类器官培养、谱系追踪及遗传和激素扰动模型，定义产后子宫上皮分化和腺体命运特化的机制 | 识别了一个发育受限的上皮可塑性状态，该状态先于腔上皮和腺上皮谱系分离，并揭示了ESR1获得、视黄酸信号和FOXA2依赖性腺体分化共同限制这一瞬时状态 | 摘要未明确说明研究的局限性 | 阐明调控产后子宫上皮分化和腺体命运特化的上皮细胞状态和信号相互作用机制 | 产后子宫上皮细胞、子宫腺体发育过程 | 单细胞转录组学、空间转录组学、发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序、空间转录组学、类器官培养、谱系追踪、遗传和激素扰动 | NA | 转录组数据、空间转录组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 17 | 2026-09-24 |
Galectin and Myc enable cochlear progenitor expansion in vitro and in vivo
2026-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.03.729765
PMID:42282633
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学分析小鼠耳蜗大上皮嵴细胞来源的类器官，发现半乳糖凝集素-1和Myc是类器官生长的必要且充分条件，Myc过表达可延长再生能力时间窗口，体内实验证实半乳糖凝集素-1上调驱动细胞增殖 | 首次揭示半乳糖凝集素-1和Myc在耳蜗祖细胞扩增中的必要且充分作用，并证明Myc过表达可在听力发生后延长再生能力时间窗口，建立了重新激活成熟耳蜗细胞增殖潜能的模型 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类耳蜗细胞中验证；半乳糖凝集素-1和Myc的具体下游信号通路机制未完全阐明；体内实验仅涉及器官Corti消融模型，未评估其他损伤类型 | 探究新生儿耳蜗上皮再生能力的分子机制，寻找能够扩增耳蜗祖细胞并重新激活成熟耳蜗细胞增殖潜能的关键因子 | 小鼠耳蜗大上皮嵴细胞、新生儿及产后耳蜗上皮细胞、耳蜗类器官 | 单细胞转录组学、再生医学 | 听力损失、耳聋 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-09-24 |
Autoantibodies Drive Fcγ Receptor-Dependent Colon Inflammation During Immune Checkpoint Blockade
2026-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.03.729692
PMID:42282671
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研究论文 | 本研究表明内源性自身抗体可通过Fcγ受体依赖途径促进免疫检查点抑制剂相关结肠炎，并揭示了涉及的炎症细胞网络 | 首次证明内源性自身抗体通过Fcγ受体依赖途径驱动ICI相关结肠炎，并利用单细胞RNA测序鉴定了IgG调控的炎症网络，包括IFNγ产生的ILC1、Th1和细胞毒性T细胞、IL-1β+ M1巨噬细胞、浆细胞/浆母细胞以及IL-22产生的ILC3-LTi细胞，同时通过患者血清自身抗体分析发现CCR5和CXCR4为候选免疫相关靶点 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究免疫检查点抑制剂治疗中自身抗体驱动结肠炎的机制，特别是Fcγ受体依赖途径的作用 | 接受派姆单抗、纳武单抗或伊匹单抗治疗的黑色素瘤患者（伴或不伴严重结肠炎）的IgG，以及野生型或人源化FcγR小鼠 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-09-24 |
Atlas-Level Single-Cell and Spatial Transcriptomics Data Integration via PRIME
2026-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.20.726698
PMID:42239079
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研究论文 | 该文章提出了PRIME（基于投影的流形嵌入鲁棒整合）框架，通过集成随机投影共识锚定、图拉普拉斯校正和可选的时空邻域正则化，实现图谱级别的单细胞RNA测序和空间转录组学数据整合 | 1. 提出集成整合框架PRIME，结合随机投影共识锚定、图拉普拉斯校正和可选的空间邻域正则化；2. 通过多次随机投影的共识投票机制，仅保留重复匹配的细胞对，减少投影特异性扭曲导致的假锚点；3. 将表达锚定图与坐标衍生的空间邻域图耦合在统一的图拉普拉斯目标函数中，具有闭式解，可同时实现跨批次对齐和局部空间一致性；4. 能够处理数百万细胞规模的图谱级整合，同时保留细微生物学变异 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决图谱级别单细胞RNA测序和空间转录组学数据整合中存在的异质性和层次嵌套批次效应问题，在保持细微生物学变异的同时实现稳健的计算整合 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据，包括人类造血数据集（8个供体，约33,000个细胞）、背外侧前额叶皮层空间转录组学切片、包含超过100万细胞的扰动图谱 | 机器学习, 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间坐标数据 | 人类造血数据集8个供体约33,000个细胞；扰动图谱超过100万细胞；多个背外侧前额叶皮层空间转录组学切片 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 20 | 2026-09-24 |
Transcriptomic characters of cochlear vascular cells with pericyte-driven angiogenetic activity
2026-06-04, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-026-10060-w
PMID:42240743
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序技术，对成年小鼠耳蜗的内皮细胞和周细胞进行了转录组分析，揭示了耳蜗血管系统的分子特征，并发现周细胞具有驱动血管新生的潜力 | 首次定义了耳蜗血管系统的分子特征，发现了两种周细胞亚型（Type 1和Type 2），并首次证明周细胞在出芽过程中可表现出尖端相关的表型可塑性，且NG2/PECAM-1在出芽前沿存在重叠 | 研究基于小鼠模型，结果是否适用于人类耳蜗尚需验证；体外外植体模型可能无法完全反映体内复杂的血管微环境 | 探索耳蜗血管系统的遗传和分子特征，特别是内皮细胞和周细胞在血管新生中的作用 | 成年小鼠耳蜗中的内皮细胞和周细胞 | 单细胞转录组学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |