单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 956 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-07-26 |
A nucleolar stress gene signature enables quantitative scoring across multi-omics contexts
2026-06-29, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10528-x
PMID:42373768
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2026-07-26 |
Human Umbilical Cord Mesenchymal Stem Cell-Derived Exosomes Attenuate Renal Fibrosis by Suppressing Fibroblast Activation via the INHBA/PI3K/AKT Pathway
2026-Jun-29, Pediatric discovery
DOI:10.1002/pdi3.70061
PMID:42500264
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3 | 2026-06-26 |
ScQCenrich enables multi-metric quality control for single-cell RNA sequencing
2026-06-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10382-x
PMID:42342867
|
research paper | 提出scQCenrich，一种用于单细胞RNA测序的多指标质量控制框架，整合规范指标与内含子比例、MALAT1富集、解离应激特征等，跨数据集验证减少过度过滤并保持细胞群体一致性 | 首次将内含子比例、MALAT1富集和解离应激特征整合到单细胞RNA测序的质量控制框架中，提供可解释的多指标QC决策，优于传统固定阈值和基于模型的比较方法 | 仅适用于细胞调用后的全细胞单细胞RNA测序数据，在高品质外周血单核细胞数据中表现保守，可能对某些特殊细胞类型或平台适用性需进一步验证 | 开发并验证一个多指标、可解释的质量控制框架，以改进单细胞RNA测序数据的质量控制决策 | 小鼠大脑、小鼠心脏和肺癌数据集，以及高品质外周血单核细胞数据 | machine learning | lung cancer | scRNA-seq | NA | 单细胞基因表达数据 | 小鼠大脑、小鼠心脏和肺癌数据集，以及高品质外周血单核细胞数据 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-07-25 |
Cell-type-specific architecture of the hypothalamus in a socially plastic vertebrate
2026-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.25.734636
PMID:42427733
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5 | 2026-07-25 |
Circulating T-follicular helper and type I regulatory T cells have overlapping phenotypes in P. falciparum malaria and are maintained by parasite exposure
2026-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.24.734380
PMID:42427645
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6 | 2026-07-25 |
Anti-amyloid immunotherapy drives APOE4 specific increases in glial reactivity, perivascular immune activation, and ARIA-like events
2026-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.26.734793
PMID:42427668
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2026-07-02 |
IntegrateRigor: annotation-free integration optimization for cell identity recovery reveals cancer-immune interface niches
2026-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.14.725078
PMID:42182279
|
研究论文 | 提出IntegrateRigor框架，无需注释即可优化单细胞与空间转录组数据整合，恢复细胞身份并揭示癌症-免疫界面微环境 | 首次提出数据驱动、无注释、方法无关的积分优化框架，通过基因稳定性评分与整合平衡指标自动选择基因与超参数，无需先验细胞身份注释 | 该方法依赖于批次间稳定性基因的选择，可能忽略某些批次特异性但有生物学意义的基因；对高度复杂或小样本数据集的表现需进一步验证 | 解决单细胞和空间转录组数据整合中过度整合与欠整合问题，实现可靠的细胞身份恢复 | 结直肠癌的单细胞与空间转录组数据集，以及涵盖多种批次间变异来源的多个公开数据集 | 机器学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序， 空间转录组学 | NA | 基因表达数据， 空间转录数据 | 结直肠癌数据集及多个公开数据集 | NA | 单细胞RNA测序， 空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-07-25 |
An Integrated muti-omics cell atlas of the human trabecular meshwork and ciliary body
2026-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.17.732980
PMID:42395492
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2026-06-18 |
CXCL8 producing macrophages shape gastric cancer outcomes
2026-Jun-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05452-9
PMID:42307886
|
研究论文 | 基于趋化因子构建预后模型并揭示CXCL8阳性巨噬细胞在胃癌肿瘤微环境中的作用 | 首次构建基于六种差异表达趋化因子的预后模型，并结合单细胞RNA测序鉴定CXCL8主要来源于巨噬细胞，揭示其通过SPP1信号通路促进肿瘤的机制 | 未明确说明数据来源的潜在偏倚及模型的临床验证范围 | 开发基于趋化因子的胃癌预后签名并阐明其细胞基础 | 胃癌患者转录组数据及单细胞RNA测序样本 | 机器学习 | 胃癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归 | 转录组数据,单细胞基因表达数据 | TCGA和GEO队列整合数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-07-25 |
Identification of Estrogen-Related Biomarkers in Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease Through Machine Learning and Single-Cell Analysis
2026-Jun-10, Clinical and translational gastroenterology
IF:3.0Q2
DOI:10.14309/ctg.0000000000001059
PMID:42269031
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2026-06-10 |
Development and validation of a cuproptosis-immune prognostic signature for risk stratification and personalized therapy in cutaneous melanoma
2026-Jun-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05396-0
PMID:42262432
|
研究论文 | 基于铜死亡与免疫相关基因构建皮肤黑色素瘤预后风险特征，用于风险分层和个性化治疗决策 | 首次将铜死亡与免疫相关基因联合分析，构建12基因预后模型，并通过单细胞RNA测序和功能实验验证XCL2基因抑制黑色素瘤细胞增殖、迁移和侵袭的作用 | 研究基于TCGA和GTEx数据库，缺乏独立外部验证队列；功能实验仅针对XCL2基因，其他模型基因的机制有待探索 | 开发并验证一种结合铜死亡与免疫相关基因的预后特征，用于皮肤黑色素瘤的风险分层和个性化治疗 | 皮肤黑色素瘤患者 | 机器学习 | 皮肤黑色素瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 铜死亡相关分析, 免疫相关分析 | Cox回归, LASSO回归, 列线图 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的皮肤黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-06-10 |
ArchVelo: archetypal velocity modeling for single-cell multi-omic trajectories
2026-Jun-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74000-4
PMID:42248920
|
研究论文 | ArchVelo是一个从配对单细胞染色质可及性和转录组数据推断细胞轨迹的计算框架 | 将染色质可及性表示为共享调控程序的“原型”（archetypes），模型调控对转录的动态影响 | 未提及 | 从静态单细胞数据推断细胞动态和基因调控轨迹 | 小鼠脑、人类造血、病毒感染的CD8 T细胞 | 机器学习 | 病毒感染 | 单细胞多组学 | 原型速度模型 | 单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和转录组（scRNA-seq）数据 | 小鼠脑、人类造血数据集及病毒感染的CD8 T细胞样本 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2026-06-06 |
Integrative genomic analysis of 21 orofacial diseases identifies shared genetic architecture with systemic diseases
2026-Jun-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73925-0
PMID:42243103
|
研究论文 | 通过对英国生物银行中21种口面部疾病的整合基因组分析，发现48个新基因座并优先筛选出160个推定致病基因，揭示了口面部疾病与全身疾病之间的遗传结构和因果关系 | 首次系统性地对21种口面部疾病进行全基因组、全转录组、罕见变异关联研究和孟德尔随机化的整合分析，发现了ALDH1A2基因同义变异通过影响翻译效率与牙周炎相关，并利用单细胞RNA测序揭示了牙周炎组织中视黄酸信号受损及Th17偏斜的免疫表型 | 未明确提及局限性，但可能包括因果关系验证的样本选择偏差或UK Biobank人群代表性不足等问题 | 探究口面部疾病与全身疾病的遗传结构和因果关系 | 21种口面部疾病（如牙周炎、龋齿、舍格伦综合征等）及全身疾病（如肺癌、脑卒中） | 机器学习 | 老年性疾病 | 全基因组关联分析、全转录组关联分析、罕见变异关联研究、孟德尔随机化、CRISPR-Cas9编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、遗传变异数据、单细胞表达数据 | 英国生物银行（UK Biobank）中21种口面部疾病患者及对照组数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-06-06 |
Inference of spatial chromatin accessibility via integration of spatial transcriptomics and single-cell multi-omics data
2026-Jun-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73948-7
PMID:42243114
|
研究论文 | 提出了一个统一的计算方法ISON，通过整合空间转录组学和单细胞多组学数据，推断空间染色质可及性 | ISON能够准确预测空间位点的染色质可及性图谱，并重建空间分辨的基因调控网络，且在时间和内存上具有可扩展性；其预测的染色质可及性可捕捉顺式和反式调控信息，并能估计位点水平的转录因子活性，区分同一家族内的转录因子，这是仅依靠染色质可及性数据的方法所不具备的特点 | 当前尚无商用试剂盒可同时进行空间多组学分析，阻碍了广泛数据生成 | 开发一种统一的计算方法，通过整合空间转录组学和单细胞多组学数据，实现空间多组学分析 | 空间转录组数据和单细胞多组学数据（基因表达和染色质可及性） | 计算生物学、机器学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞多组学、空间转录组学、计算建模 | 深度学习模型 | 基因表达数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | 阿尔茨海默病数据（样本数量未在摘要中明确） | 不适用 | 空间转录组学、单细胞多组学（单细胞RNA-seq与单细胞ATAC-seq联合分析） | 不适用 | 不适用 |
| 15 | 2026-06-18 |
Matrix Stiffness Directs Early Injury and Ketogenesis Programs to Prime Kidney Repair
2026-Jun-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000967
PMID:41563281
|
研究论文 | 研究基质硬度如何通过早期损伤和酮生成程序指导肾脏修复 | 发现Mfap2通过大肿瘤抑制激酶1介导的非经典Hippo通路驱动机械代谢信号，并揭示Mfap2-雌激素受体2-Hmgcs2回路可能成为减轻急性肾损伤的药物靶点 | 未在文中明确说明 | 探究细胞外基质在急性肾损伤修复中的机械调节机制 | 成纤维细胞、周细胞、肾小管细胞 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 空间转录组学、磷酸化蛋白质组学、数据非依赖采集全局蛋白质组学 | NA | 蛋白质组学数据、空间转录组学数据 | 遗传和药物诱导的急性肾损伤动物模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 16 | 2026-07-25 |
Patient-derived organoid-immune co-cultures integrated with multi-omics reveal immunotherapy resistance mechanisms in urothelial carcinoma
2026-Jun, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70130
PMID:42491341
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2026-07-23 |
Recent advances in multimodal approaches for investigating placental development and related diseases
2026-06-12, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2025.05.004
PMID:40374418
|
综述 | 该综述总结了多模态方法在胎盘发育及相关疾病研究中的最新进展 | 整合了先进影像、单细胞与空间组学及人工智能的多模态策略，并重点介绍中国研究团队开发的创新平台和临床工具 | 包括数据标准化、人工智能模型的可解释性以及伦理考量等挑战 | 综述多模态方法在胎盘发育和疾病研究中的应用，推动精准产科和个体化妊娠护理 | 胎盘发育及相关疾病（如子痫前期、胎儿生长受限、胎盘植入谱系障碍） | 计算机视觉 | 子痫前期, 胎儿生长受限, 胎盘植入谱系障碍 | 超声, MRI, 单细胞转录组学, 空间组学 | NA | 影像, 文本 | NA | NA | 单细胞转录组学, 空间组学 | NA | NA |
| 18 | 2026-07-23 |
Function of chemokines in embryo implantation
2026-06-12, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2025.07.092
PMID:40769846
|
综述 | 综述趋化因子在胚胎着床过程中的功能，包括调控免疫微环境重塑、滋养层侵袭和母胎免疫耐受 | 系统整合了趋化因子网络在胚胎着床关键过程中的作用，并强调了单细胞测序、微流控和人工智能等新技术在解码趋化因子介导的调控中的应用，为精准诊疗提供基础 | NA | 总结趋化因子在胚胎着床中的功能，揭示其在母胎免疫稳态维持中的核心作用，为生殖免疫学提供理论基础 | 胚胎着床过程中的趋化因子网络、免疫微环境、滋养层细胞、蜕膜基质细胞 | NA | 生殖疾病 | 单细胞测序、微流控、人工智能 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-07-18 |
Epigenetic Information Loss and Chronosenescence in Liver Aging: From Molecular Mechanisms to Therapeutic Interventions
2026-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202504570RR
PMID:42205070
|
综述 | 本文综述了肝脏衰老过程中表观遗传信息丢失和生物钟衰老（chronosenescence）的分子机制，并评估了潜在的治疗干预策略 | 建立了一个统一框架，将肝脏衰老视为调控信息和时间协调的紊乱，并整合了单细胞多组学、空间转录组学和CRISPR表观遗传编辑等新兴技术的最新进展 | 人类直接因果证据有限，多数再生策略仍处于临床前或早期转化阶段，临床应用需要严格验证安全性、持久性、递送、患者选择和长期结果 | 建立肝脏衰老的统一框架，识别可调控节点，并为转化治疗提供谨慎路线图 | 肝脏衰老的表观遗传和生物钟机制 | 数字病理学， 机器学习 | 肝脏疾病， 老年性疾病 | 单细胞多组学， 空间转录组学， CRISPR表观遗传编辑 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞多组学， 空间转录组学 | 10x Chromium， 10x Visium | 10x Chromium单细胞测序，10x Visium空间转录组 |
| 20 | 2026-07-18 |
Antibiotic-Loaded Polymethyl Methacrylate Cement Drives Fibroblast-Mediated Angiogenesis via LOXL2 to Accelerate Diabetic Foot Ulcer Healing
2026-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202600478R
PMID:42213591
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了抗生素负载聚甲基丙烯酸甲酯骨水泥通过LOXL2驱动成纤维细胞介导的血管生成，加速糖尿病足溃疡愈合的细胞机制 | 首次整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，揭示APC通过调控成纤维细胞异质性和LOXL2表达促进血管生成的新机制 | 未明确说明 | 阐明抗生素负载PMMA骨水泥促进糖尿病足溃疡愈合的细胞和分子机制 | 糖尿病足溃疡伤口组织 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序, 无标记定量蛋白质组学 | 不适用 | 基因表达数据, 蛋白质组数据 | 20,245个细胞 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |