单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 991 篇文献,本页显示第 121 - 140 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
121 2026-07-02
10 × Genomics Flex Gene Expression is a powerful tool for single-cell transcriptomics of xenografts models
2026-May-08, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 10x Genomics Flex基因表达方案是一种基于探针的方法,用于分析固定或冷冻样本,简化单细胞RNA测序前的样本处理,并展示了在异种移植模型中通过混合探针同时分析人类和小鼠细胞的能力 首次证明10x Genomics Flex方案可以通过混合人类和小鼠探针组,在单一反应中对异种移植样本进行单细胞转录组分析,无需流式分选即可获得干净的物种特异性计数矩阵 探针仅适用于人类和小鼠,且需要去除交叉反应信号以获得清晰的物种特异性数据 评估10x Genomics Flex基因表达方案在异种移植模型单细胞转录组学中的应用潜力 含有混合人类和小鼠细胞的异种移植样本 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 基因表达数据 异种移植样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Flex基因表达方案 10x Genomics Flex基因表达方案,使用人类和小鼠探针组进行混合反应
122 2026-07-02
Integrated bulk and single-cell transcriptomic analyses identify transcriptome-defined groups and EGFR-associated microenvironmental programs in glioma
2026-May-08, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 综合批量与单细胞转录组分析,识别胶质瘤中转录组定义的分组及EGFR相关微环境程序 首次整合批量RNA测序与单细胞RNA测序数据,系统表征EGFR高/低表达恶性细胞状态及其与肿瘤微环境的交互模式 原始数据来源有限(仅两个公共数据集),验证仅依赖细胞系,缺乏临床样本和体内模型支持 阐明胶质瘤分子异质性与EGFR相关恶性细胞程序的机制 胶质瘤细胞系(LN229, U251)和正常星形胶质细胞(NHA) 自然语言处理 胶质瘤 批量RNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR NA 文本 包括GSE35169(批量RNA-seq)和GSE131928(单细胞RNA-seq)数据集,以及2种胶质瘤细胞系和1种正常星形胶质细胞 NA 批量RNA测序,单细胞RNA测序 NA NA
123 2026-07-02
Transcriptional heterogeneity of tumor-associated high endothelial venules defines inflammatory and stress-metabolic states with distinct prognostic associations
2026-May-08, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 整合11种癌症类型的单细胞RNA测序数据,构建肿瘤相关高内皮微静脉(TA-HEV)图谱,发现其分为炎症和应激代谢两种功能状态,且具有不同的预后关联 首次在泛癌水平揭示TA-HEV的转录异质性,并定义两种功能状态(炎症性和应激代谢性),提出其临床意义的差异性框架 基于公开数据集整合,可能存在批次效应;未进行功能验证实验;炎症性TA-HEV的预后关联依赖于癌症环境 解析肿瘤相关高内皮微静脉的转录异质性及其功能状态对临床预后的影响 11种癌症类型中的肿瘤相关高内皮微静脉(TA-HEV) 单细胞转录组学 多种癌症(泛癌分析) 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 11种癌症类型的公开单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
124 2026-07-02
Single-cell and machine learning-integrated bulk RNA-seq analysis reveals TKT as an oxidative stress-associated diagnostic biomarker in acute myocardial infarction
2026-May-07, Human genomics IF:3.8Q2
研究论文 通过单细胞和机器学习整合批量RNA-seq分析,揭示TKT作为急性心肌梗死氧化应激相关诊断生物标志物 首次在单细胞水平系统评估氧化应激相关基因在急性心肌梗死中的动态表达谱和功能意义,并整合多队列批量RNA-seq数据构建综合评估;采用六种机器学习算法共同筛选并验证TKT作为稳健诊断标志物 未详细说明样本量和独立验证队列的具体规模;TKT的功能机制仍需进一步实验验证 识别急性心肌梗死中氧化应激相关的诊断生物标志物 急性心肌梗死患者心肌组织和外周免疫细胞 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序,批量RNA测序,Western Blot LASSO,随机森林,Boruta,贝叶斯建模,LVQ,Treebag 基因表达数据 未明确说明,提及训练队列和独立验证队列 Illumina(推测,基于批量RNA-seq常见平台) 单细胞RNA测序,批量RNA测序 未明确说明 未明确说明
125 2026-07-02
TENT5A Maintains MYC mRNA Stability to Enhance Osteosarcoma Stemness
2026-May-04, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 本研究揭示了TENT5A通过维持MYC mRNA稳定性增强骨肉瘤干细胞特性的机制 首次发现TENT5A作为非经典RNA结合多聚腺苷酸聚合酶,通过延长MYC mRNA的poly(A)尾并稳定其转录本,从而增强MYC驱动的干细胞特性和化疗抵抗性 主要基于临床前模型,尚需在更大样本的临床试验中验证TENT5A抑制剂的疗效 阐明骨肉瘤中MYC持续激活的转录后调控机制 骨肉瘤细胞系、原位异种移植模型、患者来源类器官 数字病理学 骨肉瘤 多组学分析, 单细胞转录组测序, RNA-seq, 多聚腺苷酸测序 图像, 文本 多个骨肉瘤细胞系, 原位异种移植模型, 患者来源类器官 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'基因表达分析
126 2026-07-02
MICALL2 promotes angiogenesis of colorectal cancer by regulating the EGFR/PI3K/AKT/KLF5/VEGFA axis
2026-May, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和WGCNA分析发现MICALL2在结直肠癌上皮细胞中高表达并通过EGFR/PI3K/AKT/KLF5/VEGFA轴促进血管生成 首次揭示MICALL2通过抑制EGFR溶酶体降解稳定EGFR并激活PI3K/AKT通路进而上调KLF5和VEGFA表达促进结直肠癌血管生成的新机制 未提及具体局限性内容 探索结直肠癌血管生成的新机制和潜在治疗靶点 结直肠癌细胞及人脐静脉内皮细胞 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 结直肠癌样本(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
127 2026-07-02
Kitasamycin overcomes ferroptosis and immunotherapy resistance by targeting the HUWE1-NCOA4-FTH1 axis
2026-May, Autophagy IF:14.6Q1
研究论文 研究发现大环内酯类抗生素北里霉素通过靶向HUWE1-NCOA4-FTH1轴增强铁死亡和免疫治疗疗效 首次揭示抗生素北里霉素通过竞争性结合HUWE1抑制其E3泛素连接酶活性,稳定NCOA4并激活铁蛋白自噬通路,从而增强铁死亡和免疫治疗敏感性 临床样本中仅通过相关性分析验证了NCOA4低表达HUWE1高表达特征与免疫治疗预后的关联,缺乏前瞻性干预试验验证 探索抗生素在免疫治疗中调节铁死亡作用的机制,为需要抗生素治疗的癌症患者寻找增强免疫治疗效果的联合策略 北里霉素对铁死亡和免疫治疗抵抗的影响及其分子机制 癌症免疫治疗 黑色素瘤 单细胞转录组测序、流式细胞术、多重免疫组化 NA 单细胞转录组数据、流式细胞术数据、多重免疫组化图像 多种黑色素瘤模型:B16F10皮下肿瘤模型、BRAF-PTEN驱动自发肿瘤模型、人源外周血单个核细胞人源化小鼠模型 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'基因表达分析
128 2026-07-02
Multidimensional Characterization of Tumor-Immune Architecture Reveals Clinically Relevant Classic Hodgkin Lymphoma Subtypes
2026-May-01, Cancer discovery IF:29.7Q1
研究论文 采用多模态方法对经典霍奇金淋巴瘤进行多维表征,揭示了四种与临床相关的分子亚型 首次通过整合恶性细胞测序、空间转录组学和成像质谱流式技术对cHL进行系统性多维度分析,并基于肿瘤免疫架构识别出具有不同临床特征和空间组织的四种分子亚型 未提及具体局限性 通过多维分子和空间分析揭示经典霍奇金淋巴瘤的疾病异质性和临床相关亚型 经典霍奇金淋巴瘤(cHL)肿瘤样本 数字病理学 经典霍奇金淋巴瘤 测序,空间转录组学,成像质谱流式 NA 图像,基因表达数据,空间转录组数据 未提及具体样本数量 NA 空间转录组学 NA NA
129 2026-07-01
Liquiritigenin targets transferrin receptor to potentiate ferroptosis sensitivity in colorectal cancer cells
2026-May, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1
研究论文 通过高通量筛选发现甘草中的活性成分甘草苷元(LIQ)能够通过靶向转铁蛋白受体(TFRC)增强结直肠癌细胞的铁死亡敏感性 首次揭示甘草苷元作为铁死亡增敏剂的作用,并阐明其通过抑制β-TrCP介导的泛素化降解来稳定TFRC蛋白,从而促进铁积累和脂质过氧化 未提及明显的局限性,但结果基于体外和体内模型,临床转化尚需进一步验证 系统鉴定能够增敏结直肠癌细胞铁死亡的自然化合物并阐明其分子机制 结直肠癌细胞(包括体外细胞模型、皮下异种移植瘤模型和人器官oid模型) 机器学习 结直肠癌 高通量筛选、单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 图像(如C11-BODIPY荧光成像)、文本(分析结果) 包含高质量天然化合物库的筛选(未指定具体数量) NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 使用了公开的单细胞RNA测序数据(未指定平台)
130 2026-06-30
Single-cell analysis of Plasmodium falciparum transcripts after drug perturbation identifies feedback regulation as well as increased transmission potential
2026-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞RNA测序分析疟原虫在药物处理后的转录谱,揭示了药物扰动后的反馈调控及传播潜力增加 首次利用大规模单细胞RNA测序技术解析疟原虫对不同药物处理的异质性转录响应,并发现青蒿素处理可诱导配子体相关基因表达富集,暗示传播潜力增强 未明确说明样本量及重复实验验证,单细胞数据与同步化群体数据的比较可能存在批次效应 评估疟原虫在抗疟药物处理后的单细胞转录响应,并探索利用单细胞转录谱进行药物分类的潜力 恶性疟原虫感染的未同步化红细胞 机器学习 疟疾 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 数十万个单个感染红细胞 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA NA
131 2026-06-30
Distinct senescent β-cell senotypes differentially drive islet aging and dysfunction
2026-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞分辨率的空间蛋白质组学和转录组学以及多重单细胞RNA测序,研究了人类胰腺中衰老β细胞的不同衰老表型及其对胰岛老化和功能障碍的影响 首次在单细胞水平上鉴定了人类胰腺中两种功能不同的衰老细胞亚群,分别由CDKN1A和CDKN2A表达区分,揭示了适应性衰老与适应不良性衰老程序的差异 摘要未提及具体局限性,但可能包括样本量有限或功能验证的深度不足 阐明人类内分泌胰腺中细胞衰老的异质性及其在正常老化和2型糖尿病中的角色 26名捐赠者(年龄20-80岁)的完整胰腺和14名捐赠者(年龄34-69岁)的分散胰岛 数字病理学 2型糖尿病 单细胞RNA测序、空间蛋白质组学、转录组学 NA 基因表达数据、蛋白质表达数据 26个胰腺样本(年龄20-80岁)和14个胰岛样本(年龄34-69岁) NA 单细胞RNA测序 NA NA
132 2026-06-30
Supporting-like cells constitute an alternative steroidogenic lineage conserved in amniotes
2026-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 揭示支持样细胞在羊膜动物中构成一种保守的替代类固醇生成谱系 首次发现支持样细胞(SLCs)在哺乳动物胚胎发育期间可作为主要的类固醇生成细胞谱系,挑战了传统认为间质谱系是性激素唯一来源的观点 未明确提及,但可能局限于特定物种(如兔子)和发育阶段,需更多物种验证 研究支持样细胞在羊膜动物性腺发育中的类固醇生成功能及其进化保守性 兔子胚胎性腺及其他羊膜动物(非哺乳类)的类固醇生成细胞 自然语言处理 NA 单细胞转录组学、类固醇组学、器官成像 NA 单细胞转录组数据、类固醇组学数据、图像数据 兔子胚胎性腺样本(具体数量未明确) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
133 2026-06-30
Integrating single-cell analysis and digital pathology for risk stratification in pancreatic cancer
2026-05-26, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2
研究论文 整合单细胞分析和数字病理学用于胰腺癌风险分层 提出了一种整合单细胞RNA测序衍生的转移特征与常规H&E病理图像的基因型-表型工作流程,实现了从基因到表型的风险分层 需要更大规模的独立验证研究和机制实验才能进行临床转化 探索是否可以从H&E图像中提取反映胰腺癌转移相关生物学特征的风险信号,并整合单细胞RNA测序数据实现风险分层 胰腺导管腺癌(PDAC)的原发和转移肿瘤组织 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序, H&E染色, 转录组分析 LASSO回归, 双流病理组学管道 图像, 转录组数据, 临床病理数据 TCGA队列、6个独立GEO亚组、外部CPTAC子集 NA 单细胞RNA测序 NA 使用了GSE154778数据集的单细胞RNA测序数据
134 2026-06-30
Intermittent parathyroid hormone employs autonomous and non-autonomous mechanisms to drive osteogenesis from Ebf3-expressing skeletal progenitor cells
2026-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 间歇性甲状旁腺激素通过内在和外在机制驱动Ebf3表达骨骼祖细胞的成骨分化 揭示了间歇性甲状旁腺激素通过同时激活细胞内在转录重编程和外源性微环境重塑的双重机制,协调骨骼祖细胞命运决定 未明确提及局限性 阐明系统激素信号如何协调成体组织干细胞命运决定的机制 Cxcl12丰富网状细胞(表达Ebf3的多能间充质祖细胞) 机器学习 骨质疏松症 单细胞转录组测序 NA 单细胞转录组数据 小鼠模型及绝经后女性患者样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
135 2026-06-30
Recent advances in omics and genetic tools in schistosome research and control
2026-May-25, International journal for parasitology IF:3.7Q1
综述 文章总结了组学技术和遗传工具在血吸虫研究和防控中的最新进展,涵盖基因组学、转录组学、蛋白质组学以及CRISPR/Cas9等基因编辑技术,并讨论其在诊断、治疗和可持续控制中的应用前景 系统整合了多组学平台(如单细胞转录组学、非编码RNA组学)与功能遗传工具在血吸虫生物学研究中的协同应用,并展望了人工智能与临床转化的结合潜力 未明确提及具体技术局限性或数据整合中的挑战,可能对多组学数据融合的算法瓶颈或临床转化障碍讨论不足 回顾组学和遗传工具在血吸虫研究中的进展,并探讨其对改善诊断、治疗和可持续控制的意义 血吸虫(寄生虫)及其宿主-寄生虫相互作用 数字病理学 血吸虫病 基因组学、单细胞转录组学、非编码RNA组学、蛋白质组学、RNA干扰、CRISPR/Cas9基因编辑 NA 文本 NA NA NA NA NA
136 2026-06-30
PerturbPlan: An analytical framework for designing Perturb-seq experiments
2026-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍了一个名为PerturbPlan的交互式网页应用程序,用于设计单细胞CRISPR筛选实验,基于新的解析公式大幅提升计算效率 首次提出一个解析公式来估计检测扰动-表达关联的统计功效,相比模拟方法运行时间减少高达七个数量级,并开发了首个交互式工具PerturbPlan 仅支持两种类型的单细胞CRISPR筛选(Perturb-seq和靶向Perturb-seq),未涵盖其他变异形式 开发一个高效、交互式的工具,帮助研究人员设计具有统计功效且成本可控的单细胞CRISPR筛选实验 Perturb-seq和靶向Perturb-seq(TAP-seq)实验设计 机器学习 NA CRISPR筛选、单细胞RNA测序 解析公式 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
137 2026-06-30
TDP-43 Acetylation at the Neuroimmune Interface: A Hypothesis-Driven Framework for Peripheral Inflammatory Stratotypes in ALS
2026-May-22, Neurochemical research IF:3.7Q2
综述 本文提出TDP-43乙酰化在肌萎缩侧索硬化症(ALS)中连接运动神经元退行性变与系统性免疫调控的假设框架,通过整合单细胞转录组、蛋白质组免疫分析和临床炎症表型数据,探讨位点特异性乙酰化TDP-43与外周炎症特征的相关性 将TDP-43从神经病理标志物重新定义为免疫活性哨兵,提出基于乙酰化状态的外周炎症分层模型,并识别出两种具有临床可操作性的内型 基于现有数据集的整合分析,缺乏直接的实验验证;乙酰化位点特异性与临床表型的因果关系尚未确立 探讨TDP-43乙酰化是否与外周炎症特征相关,并建立ALS的免疫分层框架以指导靶向治疗 TDP-43乙酰化状态、单核细胞表型、细胞因子模块及血脑屏障功能障碍 自然语言处理 神经系统疾病 单细胞转录组学、蛋白质组免疫分析 文本 单细胞RNA测序
138 2026-06-30
Single-cell atlas reveals the key role of pro-inflammatory IREB2⁺ microglia subsets in the microenvironment of Alzheimer's disease
2026-May-20, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序分析揭示阿尔茨海默病中IREB2阳性小胶质细胞亚群在神经炎症微环境中的关键作用 首次识别出IREB2阳性小胶质细胞亚群(IREB2⁺ MC C1)在阿尔茨海默病中显著扩增,并证明IREB2通过NF-κB通路同时驱动小胶质细胞活化和神经元炎症反应,提出IREB2作为双靶点治疗策略的可能性 主要基于公共数据库的单细胞数据分析和细胞实验验证,缺乏体内动物模型和临床样本的验证;SH-SY5Y细胞系作为神经元模型的局限性 研究铁反应元件结合蛋白2(IREB2)在阿尔茨海默病相关神经炎症中的作用机制 阿尔茨海默病脑组织单细胞RNA测序数据和小胶质细胞亚群 digital pathology 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 基因表达数据 从公开数据集中获取的阿尔茨海默病脑组织样本 NA single-cell RNA-seq NA NA
139 2026-06-30
DeSpotX: Identifiability-Based Decontamination for Spatial Transcriptomics
2026-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出DeSpotX,一种基于锚定基因识别性的深度生成模型,用于对空间转录组数据进行去污染处理 首次利用锚定基因(不在特定细胞簇中天然表达的基因)约束污染分解,使其具有可识别性,并结合空间信息通过聚类掩膜距离加权平均估计局部污染,以及通过学习扩散先验防止低表达信号过度校正 NA 解决空间转录组学中转录本污染邻近细胞导致的分解模糊性问题,实现准确的污染去除 空间转录组数据中的基因表达污染 数字病理学 NA 空间转录组学 深度生成模型 基因表达数据 五个数据集和四个ST平台上的模拟实验,以及小鼠大脑和乳腺癌组织真实数据 NA 空间转录组学 NA NA
140 2026-06-30
SLA2 is Associated With Immune evasion and Exhaustion of CD8+ T Cells in Gastric Cancer
2026-05, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
研究论文 探究 SLA2 在胃癌中通过诱导 CD8+ T 细胞耗竭参与免疫逃逸的机制 首次揭示 SLA2 在胃癌组织中高表达,并通过抑制 CD8+ T 细胞增殖、上调耗竭标志物、减少效应细胞因子分泌及损伤细胞毒性功能,导致 T 细胞耗竭和免疫逃逸 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证及更广泛的临床样本确认 阐明 SLA2 在胃癌肿瘤微环境中对 CD8+ T 细胞功能的影响及其介导免疫逃逸的分子机制 胃癌组织样本及 CD8+ T 细胞 数字病理学 胃癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 具体样本数量未在摘要中提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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