单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 987 篇文献,本页显示第 101 - 120 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
101 2026-09-10
Reconstructing cell-cell interaction network in single-cell spatial transcriptomics via directed heterogeneous graph autoencoder
2026-05-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出一种基于有向异构图自编码器的方法DualCellChat,用于从单细胞空间转录组数据中重建细胞间相互作用网络 利用有向异构图自编码器,能够固有地建模细胞相互作用的方向性,超越了现有依赖于对称解码器或无向图架构的深度学习方法 未提及明确的局限性 从单细胞空间转录组数据中重建完整且准确的细胞间相互作用网络,并进行下游分析以推断参与细胞相互作用的标记基因和显著的配体-受体对 单细胞空间转录组数据中的细胞及其相互作用关系 机器学习和生物信息学 NA 单细胞空间转录组学 有向异构图自编码器 单细胞空间转录组数据 五个来自四种不同技术的单细胞空间数据集 NA 空间转录组学 NA NA
102 2026-09-10
GR2ST: spatial transcriptomics prediction based on graph-enhanced multimodal contrastive learning
2026-05-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出GR2ST,一种基于图增强多模态对比学习的深度学习方法,用于从组织学图像预测空间转录组。 设计动态阈值功能图和半径约束空间图的双分支图架构,并通过多模态对比学习对齐图像与基因表达,结合细胞类型引导的多分支回归头和上下文感知权重网络实现自适应基因表达生成。 摘要中未提及明确限制。 开发一种能够有效整合组织学图像和空间转录组数据,预测空间转录组的深度学习方法。 皮肤鳞状细胞癌和两个人类乳腺癌队列的空间转录组数据集。 数字病理学 皮肤鳞状细胞癌, 乳腺癌 空间转录组学 图神经网络、多模态对比学习 图像与基因表达数据 3个空间转录组数据集,包括皮肤鳞状细胞癌和两个人类乳腺癌队列(具体数量未提供) NA 空间转录组学 NA NA
103 2026-09-10
Cell-o1 : training LLMs to solve single-cell reasoning puzzles with reinforcement learning
2026-05-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出Cell-o1模型,通过监督微调和强化学习训练大型语言模型解决单细胞RNA测序数据中的批量级细胞类型注释推理任务 首次将细胞类型注释重构为批量级推理任务,引入CellPuzzles基准测试,并采用强化学习训练7B参数的语言模型,显著超越现有基线 文章摘要中未明确提及局限性,可能包括对特定数据集或条件的依赖,以及模型在更广泛场景下的泛化能力有待进一步验证 提升大型语言模型在单细胞RNA测序数据细胞类型注释任务中的推理能力和准确性,通过批量级上下文推理实现更合理的注释 单细胞RNA测序数据中的批量级细胞类型注释任务 自然语言处理 不适用 单细胞RNA测序 大型语言模型(LLM) 文本和单细胞表达数据 不适用(未指定样本数量) 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
104 2026-09-10
REACTOR: REgulon Activity analysis and Comparison Tool for single-cell transcriptOmics Research
2026-05-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 介绍REACTOR,一种用于检测单细胞RNA测序数据中转录调控因子及其靶基因(调控子)差异活性的计算工具 引入稳健的统计检验来检测不同条件(如疾病与对照,含多个重复)之间的调控子差异活性,扩展了现有调控子分析框架 未在摘要中明确说明限制 开发一个工具以识别条件特异性和细胞类型特异性的调控子,用于单细胞转录组研究 转录调控因子及其靶基因(调控子)在单细胞RNA测序数据中的活性 计算生物学 COVID-19 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 公开的COVID-19数据集(未指明样本数) NA 单细胞RNA测序 NA NA
105 2026-09-10
Lifestyle shapes preclinical social and microglial deficits in an Alzheimer's disease mouse model
2026-May, Molecular psychiatry IF:9.6Q1
研究论文 本研究使用新型富集范式连续追踪App敲入小鼠至7月龄,探究阿尔茨海默病临床前期阶段中生活方式如何影响社会行为和微胶质细胞缺陷。 采用了全新的富集生活范式,在最小斑块负担和记忆未受损的情况下,早期发现社会行为缺陷与微胶质细胞免疫监视受损,首次揭示生活因素在临床前期通过神经可塑性、行为轨迹、社会性和免疫性多域互作影响早期病理。 该模型为还原性敲入模型,可能不能完全模拟人类AD复杂性;研究至7月龄,未覆盖更晚期阶段;未直接干预生活方式以验证因果关系。 阐明阿尔茨海默病临床前期阶段中生活方式因素对社会行为、神经可塑性和微胶质细胞免疫功能的影响及其早期病理关联。 App敲入小鼠和海马微胶质细胞。 神经科学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序、血浆蛋白谱分析 CA 转录组数据和蛋白质数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
106 2026-09-09
A phenotype-to-mechanism framework links phenome-wide comorbidity architecture to molecular mechanisms and therapeutic discovery in complex diseases
2026-May-17, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 提出了PiMInfer框架,利用真实世界临床数据与知识图谱,将复杂疾病临床异质性解析为表型相关分子模块,加速治疗靶点发现。 创新性地将大规模临床表型数据与知识图谱结合,建立“表型到机制”的桥梁,不依赖丰富组学数据即可识别疾病分子模块。 未明确提及具体局限性,但可能受限于样本数量、模型验证范围及临床数据的完整性。 解决复杂疾病临床异质性及分子机制未知、缺乏分子数据的问题,开发可扩展的框架来加速治疗靶点发现。 以化脓性汗腺炎(HS)为研究对象,一种自身免疫性皮肤病。 生物信息学 化脓性汗腺炎 知识图谱分析、单细胞RNA测序 网络预测模型 临床表型数据、基因表达数据、单细胞转录组数据 未明确提及具体样本量,涉及人类患者病变皮肤外植体用于测试。 NA 单细胞RNA测序 NA 用于患者病变皮肤的单细胞RNA测序分析
107 2026-09-07
The Emerging Role of Ly6G⁺Nur77⁺ Lung Macrophages in Type-2 Allergic Inflammation: A Comprehensive Review on Asthma Pathogenesis
2026-05-07, Current allergy and asthma reports IF:5.4Q1
综述 本文综述了Ly6G⁺Nur77⁺肺巨噬细胞在过敏性气道炎症和哮喘发病机制中的新兴作用,并探讨其作为新型治疗靶点的潜力。 揭示了表达粒细胞标志物Ly6G的巨噬细胞亚群,通过PAR2感知过敏原并促进树突状细胞迁移,具有双重调控作用,为重症和激素抵抗性哮喘提供内型特异性治疗新思路。 主要基于动物模型和有限的临床数据,Ly6G⁺Nur77⁺巨噬细胞在人体中的精确功能和治疗可行性仍需进一步验证。 阐述Ly6G⁺Nur77⁺肺巨噬细胞在哮喘发病中的功能及其作为治疗靶点的前景。 Ly6G⁺Nur77⁺肺巨噬细胞 免疫学 哮喘 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未报告具体样本量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
108 2026-09-07
Plasma ceramide mediates the association of peripheral T cells with Alzheimer's disease
2026-05, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 本研究结合单细胞RNA测序、流式细胞术和孟德尔随机化,发现CD4效应记忆T细胞和CD8中央记忆T细胞在阿尔茨海默病中扩增,并揭示血浆神经酰胺介导了CD4 EM T细胞与AD风险之间的关联 首次整合单细胞转录组、流式细胞术和孟德尔随机化方法,系统阐明外周T细胞亚群在AD进展中的动态变化及其与代谢途径的相互作用,并发现血浆神经酰胺作为中介因子连接CD4 EM T细胞与AD风险 样本量相对有限,且细胞亚群功能验证主要基于APP/PS1小鼠模型,可能不完全代表人类AD病理过程 确定外周T细胞亚群对AD风险的因果贡献,并探究血液代谢物是否介导这一关联 AD患者外周血T细胞亚群(CD4 EM和CD8 CM)及血浆代谢物(神经酰胺) 神经免疫学、生物信息学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序、流式细胞术、过继转移实验、孟德尔随机化 孟德尔随机化模型 单细胞转录组数据、流式细胞术数据、遗传变异和血液代谢物数据 未明确说明具体数量,涉及AD患者样本及APP/PS1小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
109 2026-09-07
Spatial Multiomics Reveal Insights Into ADC Efficacy
2026-05, European journal of immunology IF:4.5Q2
综述 本文综述了空间多组学技术在揭示抗体药物偶联物(ADC)疗效中的作用,特别是在转移性尿路上皮癌中的应用,并提出了结合机器学习的整合分析框架 首次提出将空间转录组学和蛋白质组学与机器学习/深度学习相结合的综合框架,用于预测ADC的疗效和毒性,并指导下一代ADC设计 未提及具体局限性 探讨空间多组学技术如何用于解码ADC的作用机制和耐药性,并提出整合框架以改善患者分层和治疗设计 抗体药物偶联物(ADC)及其在实体肿瘤(尤其是转移性尿路上皮癌)中的应用 数字病理学 尿路上皮癌 空间转录组学、空间蛋白质组学、多重蛋白质成像 机器学习或深度学习模型(未具体指定) 空间组学数据(RNA和蛋白质表达,带空间坐标) 不适用(综述文章) NA 空间转录组学、空间蛋白质组学 NA NA
110 2026-09-07
Mapping of Neutrophils in Cancers: Insights From Spatial Omics Technologies
2026-05, European journal of immunology IF:4.5Q2
综述 本文综述了空间组学技术在癌症中中性粒细胞研究中的应用,重点关注空间转录组学如何通过保留组织空间背景来弥补单细胞RNA测序的不足,并探讨了技术进展、不同癌症中的中性粒细胞检测、研究挑战以及多组学整合的前景。 强调空间组学技术特别适用于肿瘤中性粒细胞的研究,提出整合空间转录组学与多组学方法可促进对肿瘤中性粒细胞生物学理解和精准生物标志物发现。 未明确讨论具体局限性,但综述中可能提及不同癌症类型间中性粒细胞研究的异质性和挑战。 总结空间组学技术进展,探讨其在肿瘤中性粒细胞研究中的应用,并提供优化研究策略的建议。 肿瘤中性粒细胞及其在肿瘤微环境中的调控机制 空间转录组学 多种癌症(具体类型未指定) 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 基因表达数据,空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
111 2026-09-07
High-dimensional Spatial Immune Profiling Highlights Microglia-Like Cells in Human Dorsal Root Ganglia
2026-05, European journal of immunology IF:4.5Q2
研究论文 该研究使用高复用成像质谱流式技术绘制了人类背根神经节中免疫细胞的空间图谱,并强调了微胶质样细胞的存在及其分布特征 首次在人类组织中以空间分辨和蛋白质水平对背根神经节中的髓系细胞进行深度表征,识别出表达微胶质标志物的Iba1细胞亚群 研究仅限于描述性分析,未进行功能验证或机制探讨 对人类背根神经节中的髓系细胞进行高维空间免疫图谱分析,表征微胶质样细胞及其空间分布 人类背根神经节组织中的髓系细胞(Iba1阳性细胞) 数字病理学 慢性疼痛及周围神经病变 成像质谱流式(IMC) 无(使用无监督聚类FlowSOM) 图像 超过6000个Iba1细胞(来自人类DRG组织) Fluidigm 成像质谱流式 IMC(成像质谱流式系统) 41标记抗体面板,使用Fluidigm IMC系统进行亚细胞分辨率成像
112 2026-09-05
Multiomic study of cutaneous T-cell lymphoma reveals single-cell clonal evolution in progression and therapy resistance
2026-May-21, Blood IF:21.0Q1
研究论文 通过多组学分析揭示皮肤T细胞淋巴瘤的克隆演化及其在疾病进展和治疗抵抗中的机制 首次在多患者队列中结合全外显子组、全基因组、表观基因组、bulk和单细胞RNA测序及单细胞TCR测序,以单细胞分辨率追踪CTCL进展中的克隆演化 未提供关于该多组学方法的局限性信息 定义CTCL在个体患者中进展的分子机制,识别临床有用的生物标志物和治疗靶点 来自34名CTCL患者的99个临床注释的连续皮肤、外周血和淋巴结样本 基因组学, 单细胞生物学 皮肤T细胞淋巴瘤 外显子组测序, 全基因组测序, 表观基因组测序, bulk RNA测序, 单细胞TCR测序, 单细胞RNA测序, CUT&RUN NA 基因组, 转录组, 表观组, 单细胞水平数据 34例患者的99个样本 NA 单细胞RNA测序, 全基因组测序, 外显子组测序, 表观基因组测序 NA NA
113 2026-09-05
Guidelines for evaluating endothelial function in vascular tissue
2026-05-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
综述 本文提供了评估血管组织中内皮功能的指南,整合了传统功能检测与现代分子方法,旨在建立最佳实践以增强研究严谨性和可重复性 由领域内领先专家达成共识,首次整合传统功能检测与现代分子方法以建立评估内皮功能的全面指南 未提及具体局限性 建立评估血管组织内皮功能的最佳实践指南,促进方法学一致性并鼓励创新,以增强对内皮生物学的理解 血管组织中的内皮细胞 生物医学 心血管疾病 bulk和单细胞转录组学、蛋白质组学、先进成像技术 NA 数据、图像 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
114 2026-09-05
Random Projection Methods Outperform Principal Component Analysis for Dimensionality Reduction in Single Cell RNA-Seq
2026 May-Jun, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2
研究论文 本研究系统比较了主成分分析(PCA)与多种随机投影(RP)方法在单细胞RNA测序数据降维中的性能,并引入了一种自适应稀疏随机投影算法 提出一种匹配稀疏随机投影算法,可根据输入数据稀疏模式自适应调整投影矩阵密度 未明确说明局限性 评估PCA和RP方法在单细胞RNA测序降维中的计算可扩展性和下游分析有效性,为选择合适的降维策略提供指导 多个公开可用的单细胞RNA测序数据集,包括标记和未标记场景 机器学习 NA 单细胞RNA测序 PCA、SVD、随机SVD、稀疏随机投影、高斯随机投影、匹配稀疏随机投影、层次聚类、球形K均值 单细胞RNA测序数据 多个公开数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
115 2026-09-04
Intestinal epithelial PIEZO1 regulates macrophage-to-myofibroblast transition via epithelial-derived TGF-α signaling in Crohn's disease
2026-05-28, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1
研究论文 本研究探讨了克罗恩病中肠道上皮细胞PIEZO1通过上皮来源的TGF-α信号调控巨噬细胞向肌成纤维细胞转化(MMT)的作用,表明其促进肠道纤维化。 首次揭示上皮细胞PIEZO1通过TGF-α介导的信号通路调节MMT,进而影响CD相关肠纤维化,并机械性阐明涉及PKA/NF-κB P65通路。 未提供明确的局限性信息,但可能包括样本量有限或动物模型与人类病理差异。 阐明肠道上皮细胞PIEZO1是否及如何通过MMT调控CD中的肠纤维化。 克罗恩病患者肠道组织样本、小鼠DSS诱导的慢性结肠炎相关纤维化模型、肠道上皮细胞及巨噬细胞培养。 数字病理学 克罗恩病 蛋白质印迹法、实时PCR、Masson三色染色、免疫荧光、免疫共沉淀、单细胞RNA测序、ELISA NA 图像、基因表达、蛋白质数据 未明确患者或小鼠样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
116 2026-09-04
Durvalumab plus HAIC-FOLFOX followed by maintenance durvalumab for hepatocellular carcinoma with major portal invasion: phase 2 DurHope study
2026-May-18, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 一项单臂二期研究,评估度伐利尤单抗联合肝动脉灌注化疗(HAIC-FOLFOX)并维持度伐利尤单抗治疗伴有门静脉主干浸润(Vp3/4)的肝细胞癌患者的疗效和安全性 首次针对Vp4门静脉癌栓的肝细胞癌患者,评估度伐利尤单抗联合HAIC-FOLFOX作为一线治疗的疗效,并通过单核RNA测序等探索性分析发现潜在的疗效预测生物标志物 单臂设计、样本量小(30例),缺乏对照组,且生物标志物分析为事后探索性研究,需要进一步验证 评估度伐利尤单抗联合HAIC-FOLFOX作为一线治疗在伴有Vp3/4门静脉癌栓的肝细胞癌患者中的疗效和安全性,并探索潜在的生物标志物 伴有Vp3/4门静脉癌栓的肝细胞癌患者 机器学习 肝细胞癌 单核RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫组化 NA 基因表达数据, 图像 30例患者 10x Genomics 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 10x Chromium 用于肿瘤组织单核RNA测序和外周血单细胞RNA测序
117 2026-09-03
TNBC Spatial Transcriptomic Analysis across Clinical States Reveals Subtype-Specific Networks and Immunosuppressive Niches
2026-05-01, Cancer research communications IF:2.0Q3
研究论文 使用GeoMx空间转录组学分析非转移性原发肿瘤、转移性原发肿瘤和淋巴结转移,揭示三阴性乳腺癌在不同临床状态下的转录组和免疫空间变化 提出了免疫空间分子亚型(ISMS)框架,整合分子亚型、免疫浸润和空间结构,以捕捉三阴性乳腺癌的异质性和疾病进展中的免疫空间可塑性 未在摘要中明确提及限制 描述乳腺癌进展过程中不同临床状态的转录组和免疫空间变化,并开发新型分类框架 三阴性乳腺癌的非转移性原发肿瘤、转移性原发肿瘤和淋巴结转移样本 空间转录组学 三阴性乳腺癌 空间转录组学 NA 空间转录组数据 未明确样本数量,涉及多种临床状态的肿瘤样本 NanoString 空间转录组学 GeoMx GeoMx空间转录组学平台
118 2026-09-02
Human umbilical cord mesenchymal stem cell-derived small extracellular vesicles accelerate diabetic wound healing by reprogramming fibroblast subpopulations and delivering pro-regenerative cargos
2026-05, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1
研究论文 本研究探讨了人脐带间充质干细胞来源的小细胞外囊泡通过重编程成纤维细胞亚群和递送促再生因子加速糖尿病伤口愈合的机制 首次利用单细胞转录组测序和邻近条码分析技术,揭示hUC-MSC-sEVs通过重编程Trps1+成纤维细胞亚群和递送ITGB1富集的sEV亚群实现双重促再生机制 研究主要基于小鼠模型,且未涉及长期安全性评估 阐明hUC-MSC-sEVs加速糖尿病伤口愈合的分子和细胞机制 人脐带间充质干细胞来源的小细胞外囊泡及糖尿病小鼠皮肤组织 数字病理学 糖尿病 单细胞RNA测序、 bulk RNA测序、邻近条码分析、免疫荧光 NA 单细胞转录组数据、基因表达数据、组织图像 未明确说明样本数量 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'转录组测序
119 2026-09-01
Keratin 15 Regulates Cell Proliferation in Outer Enamel Epithelium
2026-05, Journal of dental research IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序发现Krt15是外釉上皮的特异性标记基因,并揭示其在牙齿发育中调节细胞增殖的作用 首次通过单细胞RNA测序鉴定出外釉上皮的特异性标记基因Krt15,并阐明其通过抑制p38 MAPK通路控制牙齿发育中的细胞增殖 研究基于小鼠模型和体外细胞系,可能不完全代表人类牙齿发育过程;功能验证仅依赖体外器官培养和细胞系实验 揭示牙齿发育过程中外釉上皮的基因表达谱及其功能作用 小鼠牙胚中的外釉上皮细胞及牙上皮细胞系CLDE 单细胞转录组学 不适用 单细胞RNA测序 不适用 单细胞基因表达数据 出生后第7天的小鼠切牙和胚胎第14天的小鼠第一磨牙牙胚(具体数量未说明) 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
120 2026-08-31
From Molecular Visualization to Spatial Landscapes: Engineering the Next Generation of In Situ Hybridization
2026-05-29, Genes IF:2.8Q2
综述 本文综述了原位杂交技术从低通量组织学染色方法发展为现代高灵敏、高特异、多重检测及图像型空间转录组学核心技术的演变过程 系统梳理了现代ISH方法的分子与工程原理,涵盖杂交链式反应、分支DNA扩增、SABER-FISH、滚环扩增法、seqFISH、MERFISH、RAEFISH及商业实现,并讨论其实际应用中的权衡与标准化努力 未全面综述基于测序的空间捕获平台,仅比较以阐明空间分辨率、转录组覆盖度、组织面积等权衡 阐述ISH技术从靶向分子可视化扩展到原位检测和空间分辨转录组分析的广泛方法学框架 RNA分子在完整细胞和组织中的检测及空间分布 空间转录组学 癌症、神经科学、发育生物学等 原位杂交(ISH)、杂交链式反应、分支DNA扩增、滚环扩增、seqFISH、MERFISH、RAEFISH NA 图像 NA NA 图像型空间转录组学 NA NA
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