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当前共找到 987 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-09-19 |
Dissecting the Cell-Type-Specific Response to an Emerging Tobamovirus in Tomato Reveals Cultivar-Dependent Involvement of Brassinosteroid Signalling
2026-May, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70559
PMID:41562490
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序技术，分析了番茄棕色皱果病毒（ToBRFV）感染两种不同遗传背景番茄品种后，细胞类型特异性的响应差异，并揭示了油菜素内酯信号通路在抗性中的品种依赖性作用 | 首次在单细胞水平上解析了ToBRFV感染番茄后的细胞类型特异性响应，并发现了油菜素内酯信号通路在JP品种中介导抗性的新机制 | 研究仅涉及两个番茄品种，样本量有限，且未在田间自然感染条件下验证 | 探究植物病毒在不同细胞类型中的感染动态及宿主响应，特别是不同遗传背景（包括抗性基因）品种间的差异 | 番茄品种'金鹏一号'（JP）和'Rutgers'（RG）及其感染ToBRFV后的叶片细胞 | 单细胞转录组学 | 植物病毒病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个番茄品种的叶片组织，具体细胞数未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2026-09-16 |
A single-cell RNA sequencing dataset of cardiac aging in African Turquoise Killifish
2026-May-21, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-026-07449-z
PMID:42162007
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序构建了非洲绿松石鳉鱼年轻与年老心脏的转录组图谱，揭示了心脏衰老过程中细胞组成、基因表达、功能通路及细胞间通讯的变化 | 首次对非洲绿松石鳉鱼心脏衰老进行单细胞转录组研究，该物种是脊椎动物中寿命最短的，为心脏衰老的遗传学研究提供了高效实验模型 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 构建非洲绿松石鳉鱼心脏衰老的单细胞转录组图谱，研究心脏衰老过程中不同心脏细胞类型的变化 | 非洲绿松石鳉鱼（GRZ品系）年轻与年老个体的心脏组织 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻与年老GRZ品系非洲绿松石鳉鱼的心脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2026-09-16 |
Single-Cell Nanodroplet Processing Proteomics Pipeline for Analysis of Human-Derived Microglia
2026-May, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.70112
PMID:41742681
|
研究论文 | 本文建立了一种基于FACS分选、冷冻保存和纳升液滴处理的单细胞蛋白质组学流程，用于分析人脑皮层来源的小胶质细胞，平均每个细胞可鉴定1039个蛋白质 | 首次将纳升液滴处理技术与单细胞质谱蛋白质组学相结合，应用于人死后脑皮层来源的小胶质细胞分析，实现了人类小胶质细胞的单细胞蛋白质组学分析 | 该研究为初步验证性研究，样本量有限，仅对少量单细胞进行了分析，尚未实现大规模的小胶质细胞蛋白质组学亚型鉴定 | 开发单细胞蛋白质组学流程，探索人脑小胶质细胞在蛋白质水平上的异质性，为阿尔茨海默病和其他神经系统疾病的功能性靶点鉴定提供新方法 | 人死后脑皮层来源的小胶质细胞 | 蛋白质组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞质谱蛋白质组学、FACS分选、纳升液滴处理 | NA | 质谱数据 | 人脑皮层来源的单个小胶质细胞（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞蛋白质组学 | NA | 基于FACS辅助分离、冷冻保存和纳升液滴处理的单细胞质谱蛋白质组学工作流程 |
| 84 | 2026-09-16 |
Single-cell transcriptomics reveals that air-liquid interface culture promotes goblet cell differentiation and inhibits glycolysis in organoid cell monolayers
2026-05-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00251.2025
PMID:41830459
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序技术，比较了兔盲肠来源类器官单层在 immerse 和 ALI 培养条件下的细胞异质性及基因表达谱，并与体内兔盲肠上皮单细胞图谱进行对比 | 首次利用单细胞转录组学系统表征兔盲肠类器官单层在 ALI 培养下的细胞类型特异性基因表达，揭示 ALI 促进杯状细胞分化并抑制糖酵解，且首次在兔模型中关注 BEST4 细胞 | BEST4 细胞在 immerse 和 ALI 培养的类器官中均未能检出，表明当前培养条件无法完全重现体内所有上皮细胞亚型 | 探究 ALI 培养对肠道类器官单层细胞异质性和基因表达的影响，并评估其与体内上皮的相似性 | 兔盲肠来源的肠道类器官单层以及体内兔盲肠上皮 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2026-09-16 |
CTPS1 modulates mitophagy to propel diffuse large B-cell lymphoma via reshaping CEPT1-mediated phospholipid metabolism
2026-May, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2026.104132
PMID:41865720
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研究论文 | 本文研究了CTPS1在弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的作用及其潜在治疗价值，发现CTPS1通过上调CEPT1表达重塑甘油磷脂代谢，维持线粒体稳态并促进BNIP3介导的线粒体自噬，从而推动DLBCL进展 | 首次揭示了CTPS1在DLBCL中的关键作用，阐明了CTPS1通过增加CTP可用性上调CEPT1表达、重塑甘油磷脂代谢、促进BNIP3介导的线粒体自噬从而驱动DLBCL进展的新机制，并验证了高选择性CTPS1抑制剂R80的治疗潜力 | 摘要未明确提及研究局限性 | 探究CTPS1在弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的作用及其潜在治疗价值 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者样本及DLBCL细胞 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2026-09-14 |
Integration of Genome-Wide Association Studies With Single-Cell and Bulk Expression Quantitative Trait Locus to Identify Stroke Susceptibility Genes
2026-05-05, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.046208
PMID:42003665
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞与批量eQTL数据及全基因组关联研究，识别卒中的细胞类型特异性易感基因 | 首次将7种脑细胞类型的单细胞eQTL数据与5种卒中表型的GWAS数据进行整合分析，发现了批量组织eQTL无法检测的新型细胞类型特异性因果基因，并优先筛选出LIPA和LRCH1作为潜在治疗靶点 | LIPA和LRCH1作为治疗靶点可能存在不良反应，且研究主要基于遗传学关联分析，仍需进一步实验验证 | 通过整合单细胞eQTL与卒中亚型GWAS数据，识别细胞类型特异性的卒中易感基因并筛选潜在治疗靶点 | 5种卒中表型（卒中、缺血性卒中、心源性栓塞性卒中、大动脉卒中和小血管卒中）及7种脑细胞类型的eQTL数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq, eQTL分析, GWAS整合分析, 孟德尔随机化 | summary-data-based孟德尔随机化 | 文本, 基因表达数据 | 7种脑细胞类型eQTL数据，5种卒中表型GWAS数据，49种组织的GTEx eQTL数据，小鼠卒中样本RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2026-09-14 |
ENO2 drives tumor cell-induced M2 macrophage polarization to promote colorectal cancer liver metastasis
2026-May-05, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-026-02732-2
PMID:42082451
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研究论文 | 通过对配对的原发性结直肠肿瘤、癌旁组织和肝转移灶进行单细胞RNA测序，揭示了ENO2⁺癌细胞通过稳定MIF驱动M2巨噬细胞极化从而促进结直肠癌肝转移的机制 | 首次发现ENO2⁺癌细胞在结直肠癌肝转移患者中显著富集，并阐明了ENO2蛋白通过直接结合MIF、抑制CHIP介导的泛素化降解来稳定MIF，进而激活MIF信号通路促进M2巨噬细胞极化的全新机制，同时鉴定了pyrithioxin作为ENO2-MIF相互作用抑制剂可有效减轻肝转移负担 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 解析结直肠癌肝转移的潜在分子机制，寻找潜在治疗靶点 | 3例结直肠癌肝转移患者的配对原发结直肠肿瘤、癌旁组织和肝转移灶，以及3例非转移性结直肠癌患者的结直肠肿瘤和癌旁组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 6例结直肠癌患者（3例肝转移患者和3例非转移性患者）的配对肿瘤、癌旁组织及肝转移灶样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 88 | 2026-09-14 |
Pancancer Fine-Mapping of Mutational Intolerance Identifies CHEK1 as an Immunosuppressive Driver in Lung Adenocarcinoma
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202521265
PMID:41722056
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研究论文 | 该研究开发了miDriver计算框架，通过泛癌-正常组织突变对比在13种癌症的8096个肿瘤中鉴定出1020个突变不耐受基因，并揭示CHEK1作为肺腺癌免疫抑制驱动因子 | 首次系统性地利用泛癌-正常组织突变对比鉴定突变不耐受基因，开发了miDriver计算框架，并发现CHEK1通过p53磷酸化上调MIF表达和分泌，经MIF-CD74轴驱动M2型巨噬细胞极化，建立MIGs作为同时靶向肿瘤内在适应性和免疫抑制微环境的双重治疗靶点 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 通过泛癌分析鉴定突变不耐受基因，并探索其在癌症生存中的关键作用及作为治疗靶点的潜力 | 13种癌症类型的8096个肿瘤样本中的突变不耐受基因，重点关注CHEK1在肺腺癌中的作用 | 计算生物学 | 肺癌 | CRISPR筛选，单细胞转录组学，多重免疫荧光 | 计算框架 | 基因组突变数据，单细胞转录组数据，图像 | 8096个肿瘤样本（来自13种癌症类型） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 89 | 2026-09-10 |
Chemotherapy-induced reactive myelopoiesis promotes expansion of immunosuppressive neutrophil-like monocytes in mice and humans
2026-05-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.198360
PMID:41945895
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研究论文 | 本研究揭示了化疗诱导的反应性骨髓生成促进免疫抑制性中性粒细胞样单核细胞在小鼠和人类中的扩增 | 首次发现化疗药物环磷酰胺诱导的骨髓生成偏向产生具有T细胞抑制活性的中性粒细胞样单核细胞，并通过单细胞测序和ATAC-seq揭示其分子特征，且在人化疗患者中验证了该细胞亚群的存在 | 未明确说明，需原文补充 | 探究化疗诱导的骨髓生成促进免疫抑制性单核细胞扩增的机制及其临床相关性 | 接受含环磷酰胺化疗的淋巴瘤患者以及经环磷酰胺处理的小鼠 | 机器学习, 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质开放性数据 | 小鼠和人类患者（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 和 ATAC-seq 平台 |
| 90 | 2026-09-10 |
Multiplexed single-cell transcriptomics reveals diverse phenotypic outcomes for pathogenic SHP2 variants
2026-May-22, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aea9389
PMID:42172315
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研究论文 | 结合单细胞转录组学、蛋白质生物化学、结构分析和细胞生物学，解析致病性SHP2变异如何扰乱信号传导并产生多种表型结果。 | 揭示催化失活的SHP2突变在基因表达水平上不模拟基因敲除表型，不同机制的突变可趋同于相似表型，相同热点残基的不同突变可导致分化的细胞状态。 | 摘要中未提及具体局限性。 | 阐明致病性SHP2变异如何扰乱Ras/丝裂原活化蛋白激酶信号传导，并解释其与人类疾病的关联。 | 表达临床不同SHP2变异的细胞。 | 单细胞转录组学 | Noonan综合征及多种癌症 | 单细胞转录组测序、蛋白质生物化学、结构分析、细胞生物学 | NA | 单细胞基因表达数据、蛋白质结构数据、生化数据 | 表达多种SHP2变异的细胞系（具体数量未在摘要中给出） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 91 | 2026-09-10 |
Single-Cell Sequencing Reveals That CCL2+ Adipose-Derived Stem Cells Promote Diabetic Wound Healing Through the CCL2-ACKR1 Signaling Axis
2026-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202601311R
PMID:42033160
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示CCL2+脂肪干细胞亚群通过CCL2-ACKR1信号轴促进糖尿病创面愈合的机制 | 首次通过单细胞测序鉴定出富集于肥胖个体中具有高干性和独特代谢特征的CCL2+ ADSC亚群，并证明其外泌体通过CCL2-ACKR1轴激活PI3K/AKT/mTOR/HIF-1α通路促进血管生成和创面愈合 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中验证其临床有效性和安全性 | 阐明ADSC在糖尿病创面中的异质性及功能调控机制，并评估CCL2+ ADSC衍生外泌体作为无细胞治疗策略的效果 | CCL2+脂肪干细胞亚群及其衍生外泌体在糖尿病创面愈合中的作用 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序、外泌体分离与表征、体外细胞实验、小鼠模型 | NA | 基因表达数据、图像 | 小样本量：人类样本数量和具体信息未在摘要中说明；糖尿病小鼠模型数量未知 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 92 | 2026-09-10 |
Glomerular Endothelial Rarefaction Associated With Hypoxic Neutrophils Marks Renal Pathology Activity in Lupus Nephritis
2026-May-15, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70220
PMID:42138328
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和多重免疫荧光技术，探究狼疮性肾炎患者肾组织中缺氧和免疫介导损伤的特征，并与健康移植肾对照比较。 | 首次结合空间转录组学与多重免疫荧光技术，明确肾小球内皮稀疏与缺氧中性粒细胞相关，并表明尿液中性粒细胞货物可作为疾病活动性的液体活检标志物。 | 尚未提供明确的局限性信息。 | 研究狼疮性肾炎肾组织中缺氧与免疫介导损伤的机制及其与病理活动性的关联。 | 狼疮性肾炎患者和健康移植肾对照的肾活检组织，以及细胞系和原代中性粒细胞。 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 空间转录组学、多重循环免疫荧光、酶联免疫吸附测定 | NA | 基因表达、图像 | 健康对照来自肾移植，独立狼疮性肾炎队列；具体数量未提供。 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | 10x Visium空间转录组学分析 |
| 93 | 2026-09-10 |
CNS1-dependent regulatory T cells shape recovery from acute lung injury
2026-May-14, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkag119
PMID:42201839
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研究论文 | 该研究利用缺乏CNS1的小鼠模型，发现CNS1依赖性外周诱导调节性T细胞在急性肺损伤恢复中发挥关键作用，单细胞RNA测序揭示其未能完全激活支持抑制和修复功能的Treg转录程序。 | 首次阐明CNS1依赖性外周诱导Tregs在急性肺损伤恢复中的关键作用，并利用单细胞RNA测序揭示其转录机制。 | 研究主要基于小鼠模型，人类急性肺损伤中的相关机制有待进一步验证。 | 探讨CNS1依赖性外周诱导Tregs在急性肺损伤恢复中的作用及其机制。 | 缺乏CNS1的小鼠及流感诱导的急性肺损伤模型中的调节性T细胞。 | 免疫学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确（小鼠模型） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 94 | 2026-09-10 |
Single-cell and deep learning identify hypoxia-responsive lncRNAs predicting outcomes in colorectal cancer
2026-May-13, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01438-6
PMID:42129304
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研究论文 | 本研究通过单细胞和深度学习分析，识别出与结直肠癌预后相关的缺氧反应性长链非编码RNA分子标签（HRLPMS），并评估其治疗意义 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和多种机器学习/深度学习算法，构建了缺氧反应性lncRNA预后签名（HRLPMS），并揭示了其与肿瘤微环境、体细胞变异和药物敏感性的关联 | 未在文中明确提及局限性，可能包括样本量或验证范围有限 | 评估缺氧反应性lncRNA分子签名（HRLPMS）在结直肠癌中的预后价值及治疗意义 | 结直肠癌患者样本，包括批量转录组和蛋白质组数据、单细胞RNA测序、空间转录组学、治疗特异性临床队列及内部数据 | 数字病理学, 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Cox回归, 机器学习, 深度学习 | 基因表达数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 未明确给出具体样本数量，涉及多个队列 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 95 | 2026-09-10 |
Maternal opioid use and hepatitis C infection disrupt the placental immune landscape and structure
2026-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.199606
PMID:41842943
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术、组织学及空间和单细胞转录组学，探究了母亲阿片类药物使用障碍（OUD）对胎盘组织结构和免疫景观的影响，并进一步按母亲丙型肝炎病毒（HCV）感染状态进行分层分析。 | 首次利用空间和单细胞转录组学全面揭示OUD对胎盘组织免疫细胞和结构的影响，并结合HCV分层分析，揭示了OUD和HCV对胎盘血管发育及免疫调节的破坏作用。 | 研究样本量可能有限，且OUD与HCV的混合效应难以完全分离，需更多纵向研究验证。 | 探究母亲阿片类药物使用障碍对胎盘结构和免疫景观的破坏性影响，并评估HCV共感染的作用。 | 胎盘组织（包括滋养层细胞、内皮细胞、免疫细胞如蜕膜巨噬细胞和NK细胞） | 数字病理学 | 阿片类药物使用障碍和丙型肝炎感染 | 单细胞转录组测序、空间转录组学、流式细胞术、组织学 | NA | 图像、转录组数据 | 未明确说明样本量 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 96 | 2026-09-10 |
Focal adhesion proteins confer smooth muscle anoikis resistance and protection against aortic aneurysm and dissection
2026-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195291
PMID:41874580
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研究论文 | 本研究探讨了黏着斑蛋白在平滑肌细胞失巢凋亡抵抗及胸主动脉瘤和夹层保护中的作用 | 首次证明黏着斑蛋白的表达而非激酶活性在对抗胸主动脉瘤和夹层进展及平滑肌细胞失巢凋亡中起关键作用 | 摘要中未提及明确的局限性 | 确定平滑肌细胞黏着斑蛋白在胸主动脉瘤和夹层发病机制中的作用 | 人类胸主动脉瘤组织及平滑肌细胞特异性基因敲除小鼠 | 数字病理学 | 胸主动脉瘤和夹层 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 97 | 2026-09-10 |
Base editing and nanoparticle transfection of airway cell types essential for treatment of cystic fibrosis
2026-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.198563
PMID:42100873
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研究论文 | 本研究通过碱基编辑和纳米颗粒递送技术修正囊性纤维化气道上皮细胞中的CFTR剪接位点变异，实现功能恢复，为CF治疗提供新平台。 | 利用碱基编辑RNA和聚合物纳米颗粒非病毒递送系统，成功修正原代气道上皮细胞中常见的CFTR剪接位点变异3120+1G>A，并在单细胞水平展示CFTR表达增加及相关细胞类型变化。 | 未完全阐述体内递送效率和长期安全性，且对部分细胞亚型的编辑效果有限。 | 开发并验证一种可扩展的非病毒平台，用于纠正CFTR基因变异，以治疗对CFTR调节剂无反应的囊性纤维化患者。 | 原代囊性纤维化气道上皮细胞、永生化细胞及分化的气道上皮培养物。 | 基因编辑、纳米技术、细胞治疗 | 囊性纤维化 | 碱基编辑、单细胞RNA测序、纳米颗粒递送 | 碱基编辑器（腺嘌呤碱基编辑器或胞嘧啶碱基编辑器） | 单细胞基因表达数据、细胞培养数据 | 未明确具体样本数量，多个原代和永生化细胞系。 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序以分析CFTR表达。 |
| 98 | 2026-09-10 |
Computational identification of migrating T cells in spatial transcriptomics data
2026-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.192718
PMID:42100876
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研究论文 | 开发了一种计算工具ReMiTT，利用空间转录组数据追踪肿瘤组织中T细胞的迁移模式，并分析其相关特征。 | 首次提出计算方法来追踪体内肿瘤组织中的T细胞迁移，并识别潜在的迁移轨迹及相关基因和通路。 | 未提及具体限制。 | 研究肿瘤微环境中T细胞迁移模式及其与肿瘤免疫逃逸的关联。 | 多种肿瘤样本中的T细胞。 | 计算生物学 | 肿瘤 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | 多种肿瘤样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 99 | 2026-09-10 |
Local transcriptional covariation produces accurate estimates of cell phenotype
2026-05-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag135
PMID:41915021
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研究论文 | 介绍一种名为Sceodesic的新方法，利用基因共表达矩阵的黎曼流形结构，通过对数欧几里得度量从单细胞RNA测序数据中估计局部转录协变，以更准确地预测细胞表型 | 首次将微分几何中的对数欧几里得度量应用于单细胞基因共表达分析，以捕获细胞状态特异的局部协变模式，并将其组织为可解释的线性基因程序，优于传统全局方法 | 摘要中未明确提及局限性 | 从单细胞RNA测序数据中更准确地刻画细胞状态和表型 | 基因共表达模式、细胞状态、基因程序 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2026-09-10 |
QCatch: a framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2026-05-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag184
PMID:41987571
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研究论文 | 介绍QCatch，一个用于单细胞测序数据分析的质量控制评估和报告生成的Python命令行工具。 | QCatch专门为alevin-fry和simpleaf的输出设计，提供标准化的交互式HTML QC报告，并输出带有丰富注释的H5AD格式文件，便于下游分析集成。 | 摘要中未提及局限性，可能未涵盖所有单细胞数据处理场景。 | 开发一个标准化的QC报告工具，以提高单细胞测序数据分析的可靠性和可重复性。 | 单细胞测序数据，特别是由alevin-fry或simpleaf处理的结果。 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | alevin-fry, simpleaf | NA |