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当前共找到 987 篇文献,本页显示第 61 - 80 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-09-23
Alzheimer's Disease and circadian disruption sex-specifically contribute to a loss of bone maintenance in APP/PS1 model mice
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究探讨了阿尔茨海默病与昼夜节律紊乱如何性别特异性地影响APP/PS1模型小鼠的骨骼维持,通过μCT、拉曼光谱、三点弯曲和单细胞RNA测序等方法揭示了脑-骨轴的交互机制 首次揭示了阿尔茨海默病与昼夜节律紊乱协同作用对骨骼结构和骨髓祖细胞活性的性别特异性影响,并通过单细胞转录组将骨髓单核细胞的差异表达基因映射到单核细胞来源巨噬细胞的昼夜节律调控蛋白 研究基于APP/PS1转基因小鼠模型,结果向人类临床转化仍需进一步验证,且样本量有限 探索遗传和环境因素(阿尔茨海默病与昼夜节律紊乱)如何交互影响骨结构、骨髓祖细胞活性及单核细胞来源巨噬细胞 APP/PS1转基因小鼠模型的骨组织、骨髓祖细胞和单核细胞来源巨噬细胞 机器学习 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序, 显微计算机断层扫描, 拉曼光谱, 三点弯曲力学测试 NA 图像, 文本 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 NA NA
62 2026-09-23
Clonal embeddings allow exploratory analysis of lineage-resolved single-cell data
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章提出了一种名为clone2vec的机器学习方法,直接从细胞表达流形中学习克隆嵌入,用于谱系分辨单细胞数据的探索性分析 clone2vec直接从细胞表达流形中学习信息丰富的克隆嵌入,绕过离散细胞类型标签的依赖,在克隆仅由少量细胞代表时仍保持稳定,并将克隆变异总结为可解释的几何结构,支持探索分析、克隆-基因关联统计和跨数据集对齐 摘要中未明确提及该方法的局限性 开发一种可扩展的机器学习方法,解决克隆数据稀疏性和注释依赖性带来的分析挑战,实现谱系耦合单细胞RNA测序数据的探索性分析 高吞吐量谱系追踪与单细胞转录组学耦合的条形码数据集,涵盖胚胎发生、肿瘤发生、造血过程以及肿瘤微环境中的TCR测序数据 机器学习, 单细胞组学 肿瘤, 肺癌 单细胞RNA测序, 谱系追踪, TCR测序 clone2vec(基于机器学习的嵌入模型) 单细胞转录组数据, 克隆条形码数据, TCR序列数据 NA NA 单细胞RNA测序, 谱系追踪条形码测序, TCR测序 NA NA
63 2026-09-23
Cross-assay RNA modeling reveals cancer biomarkers
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究系统评估了整合四种转录组学平台(bulk RNA-seq、scRNA-seq、NanoString和微阵列)数据进行癌症预测建模的方法,并以高级别浆液性癌为模型系统 提出利用化疗前后配对样本的基因表达倍数变化来减少患者间和检测间变异,开发了跨平台协调策略,并构建了结合RNA-seq和NanoString的预测模型,在外部微阵列队列中验证了其有效性 各平台间存在系统性偏差,倍数变化方法不足以完全克服平台特异性偏差,微阵列和scRNA-seq数据仍显示系统偏差,需要更多样本来进一步验证 评估如何整合来自不同转录组学平台的数据以进行癌症预测建模,并开发跨平台数据协调策略 输卵管卵巢来源的高级别浆液性癌(HGSC)肿瘤样本 机器学习 卵巢癌 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, NanoString, 微阵列 NA 基因表达数据 NA Illumina, NanoString, Thermo Fisher bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 微阵列 NA NA
64 2026-09-23
Tumor glycosylation engages CD301b-mediated myeloid regulation in breast cancer
2026-May-05, Research square
研究论文 该研究揭示了肿瘤糖基化通过CD301b/CLEC10A介导的髓系免疫调控促进乳腺癌进展的机制 首次鉴定CD301b(人类同源物CLEC10A)为乳腺肿瘤微环境中髓系免疫调控的关键受体,并揭示了跨物种保守的髓系调控程序 研究主要基于小鼠三阴性乳腺癌模型,人类数据以转录组分析为主,缺乏直接的功能验证实验 探究肿瘤糖基化与C型凝集素受体CD301b/CLEC10A之间的相互作用及其对乳腺肿瘤免疫微环境的调控作用 小鼠三阴性乳腺癌模型及人类乳腺癌样本中的CD301b阳性免疫细胞和CLEC10A阳性髓系细胞 肿瘤免疫学 乳腺癌 单细胞RNA测序,转录组分析 NA 文本(转录组数据),图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
65 2026-09-23
Trajectory-guided dimensionality reduction for multi-sample single-cell RNA-seq data reveals biologically relevant sample-level heterogeneity
2026-05-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该文章提出了MUSTARD,一种基于轨迹引导的降维方法,专为多样本、多条件的单细胞RNA测序数据设计,能够同时捕获伪时间轨迹和样本间的基因表达变异模式 创新性地将伪时间信息整合到降维过程中,提供了一种无监督方法,能够同时捕获沿伪时间轨迹和跨多个样本的主要基因表达变异模式,从而发现具有生物学意义的样本异质性、内型及相关基因标志物和模块 文章未明确说明局限性 解决涉及多个生物样本的单细胞RNA测序数据降维的分析挑战,发现样本水平的生物学异质性 多样本、多条件的单细胞RNA测序数据,包括两个COVID-19数据集和一个结核病数据集 机器学习 COVID-19, 结核病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 两个COVID-19数据集和一个结核病数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
66 2026-09-23
Senolytic Treatment With Fisetin Reverses Age-Related Endothelial Dysfunction Partially Mediated by SASP Factor CXCL12
2026-May, Aging cell IF:8.0Q1
研究论文 该研究通过单细胞转录组学分析了年轻和年老小鼠主动脉内皮细胞,发现衰老内皮细胞中SASP因子(尤其是Cxcl12)表达升高,非瑟酮可逆转此变化并改善年龄相关内皮功能障碍。 首次在单细胞水平揭示衰老内皮细胞的SASP特征,并确定CXCL12是年龄相关内皮功能障碍的关键驱动因子,证明非瑟酮通过清除衰老细胞改善内皮功能。 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人体临床验证不足,非瑟酮的长期疗效和安全性未知。 探究衰老内皮细胞的分子变化、SASP因子的作用及其对年龄相关内皮功能障碍的影响,并评估非瑟酮的治疗效果。 年轻(6个月)和年老(27个月)雌雄小鼠的主动脉内皮细胞,以及培养的人主动脉内皮细胞 单细胞转录组学、心血管生物学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、血液样本数据 年轻和年老雌雄小鼠的主动脉样本(具体数量未明确) NA 单细胞RNA-seq NA NA
67 2026-09-23
A transcriptional patient map of systemic lupus erythematosus reveals disease-related multicellular immune programs conserved between blood and kidney
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过分析1167个样本(包括单细胞和批量血液转录组及空间分辨肾脏组织转录组)构建了系统性红斑狼疮的转录组患者图谱,揭示了血液和肾脏之间保守的疾病相关多细胞免疫程序 采用无监督方法从两个独立单细胞RNA测序队列中推断患者层面的转录组免疫程序,整合了单细胞、批量及空间转录组多分辨率数据,发现了四种保守的免疫程序,并将血液免疫程序映射到肾脏组织病理中,建立了系统性免疫程序与局部组织病理之间的联系 摘要中未明确提及研究局限性 构建系统性红斑狼疮的转录组患者图谱,解析疾病的临床和分子异质性,实现患者分层并揭示疾病相关的多细胞免疫程序 系统性红斑狼疮患者及健康对照者的外周血单核细胞和肾脏组织 数字病理学 系统性红斑狼疮 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 无监督学习方法 转录组数据, 图像 1167个样本(783例SLE患者,384例健康对照) NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学 NA NA
68 2026-09-23
Single-cell transcriptional landscape of muscle-derived stem/progenitor cells reveals hallmarks of aging and rejuvenation
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过单细胞转录组学和蛋白质组学全面分析了不同年龄段小鼠肌肉来源的干/祖细胞(MDSPCs),揭示了其沿成熟连续谱的异质性以及衰老和年轻化相关的分子特征 首次在单细胞水平上全面描绘了MDSPCs的转录连续谱,发现早期阶段MDSPCs表达与胚胎祖细胞身份相关的基因程序,表明其具有非经典的多能样状态,并阐明了衰老通过降低干性特征、增强分化程序和氧化应激来重塑该连续谱 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类中验证;单细胞转录组学和蛋白质组学可能遗漏低丰度转录本或翻译后修饰信息;未进行功能性的再生实验验证 解析MDSPCs的分子身份和发育状态,并揭示衰老和年轻化过程中其转录景观的变化 小鼠肌肉来源的干/祖细胞(MDSPCs) 机器学习 老年疾病 单细胞转录组学, 蛋白质组学 NA 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
69 2026-09-23
Differential peripheral immune dynamics underlie therapeutic response to chemotherapy and chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究整合系统级免疫状态建模与通路级机制推断,分析晚期三阴性乳腺癌患者外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据,揭示化疗与化学免疫治疗应答差异的外周免疫动态机制 首次将系统级免疫状态建模与通路级机制推断相结合,利用治疗臂、纵向采样和临床应答信息解析淋巴和髓系免疫程序,识别不同治疗和应答特异性的免疫状态,并将外周免疫程序投影到独立I-SPY2队列验证其泛化性 样本量相对有限,仅针对晚期TNBC患者,需要更大规模的前瞻性研究验证;外周免疫动态与肿瘤微环境的直接关联仍需进一步阐明;I-SPY2验证为投影分析而非直接实验验证 揭示三阴性乳腺癌中化疗与化学免疫治疗应答和耐药的外周免疫动态机制,建立外周免疫状态与治疗应答之间的联系 晚期三阴性乳腺癌患者的外周血单个核细胞 数字病理学 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 晚期TNBC患者的纵向外周血单个核细胞样本,具体数量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
70 2026-09-23
Single-Cell Characterization of Terminal States and State-Specific Transcriptional Regulatory Networks in Hepatocellular Carcinoma
2026-05, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
研究论文 该研究利用公开的单细胞RNA测序数据,建立了整合细胞命运动态与转录调控网络的框架,揭示了肝细胞癌的三种终末细胞状态及其特异性调控网络,并将增殖状态相关特征与不良临床预后相关联。 首次整合CellRank命运推断与SCENIC调控网络重建,系统刻画了肝细胞癌恶性细胞的终末状态及其状态特异性转录调控网络,并发现增殖状态来源的转录特征与患者总生存期较差相关。 研究基于公开单细胞RNA测序数据的再分析,缺乏实验验证;样本来源和数量受限于公共数据库;未进行前瞻性临床队列验证。 阐明肝细胞癌进展过程中肿瘤细胞状态沿命运轨迹的出现及其转录调控机制。 肝细胞癌恶性细胞。 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序 CellRank, SCENIC 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
71 2026-09-23
Post-Stroke Depression Is Associated With Shared Neurodevelopmental Risk and Circuit Disruption
2026-May, Brain and behavior IF:2.6Q3
研究论文 该研究整合跨疾病基因组学、发育空间转录组学和因果神经影像学,揭示了卒中后抑郁与共享的神经发育风险及神经环路破坏之间的关联。 首次将跨疾病基因组学、胚胎期空间转录组学(E16.5)和因果神经影像学(spDCM)整合,揭示了卒中后抑郁的发育-获得性统一病理生理机制,并识别出HDAC9/PITX2通路及AN-DMN环路作为潜在靶点。 样本量较小(16例PSD患者和14例匹配对照),空间转录组学映射基于胚胎小鼠脑而非人类脑组织,结论的临床推广需进一步验证。 探究卒中后抑郁的生物学基础,阐明其与神经发育风险及神经环路破坏之间的关系。 16例卒中后抑郁患者和14例匹配对照。 数字病理学、机器学习 卒中后抑郁、卒中、抑郁症 跨疾病基因组学、发育空间转录组学、静息态功能磁共振成像(fMRI)、独立成分分析(ICA)、功能网络连接(FNC)、谱动态因果建模(spDCM) MiXeR、condFDR、gsMap、ICA、FNC、spDCM 基因组数据、空间转录组数据、影像数据 16例卒中后抑郁患者和14例匹配对照,共30例 NA 空间转录组学、bulk RNA-seq NA NA
72 2026-09-23
COX2+/PDGFRα+ fibroblasts selectively localize near bile ducts and interact with immune cells in early liver fibrosis in mice
2026-May, Physiological reports IF:2.2Q3
研究论文 该研究通过对健康小鼠肝脏中PDGFRα阳性成纤维细胞进行单细胞RNA测序,并结合胆管结扎诱导的肝纤维化模型,揭示了COX2阳性PDGFRα阳性成纤维细胞亚群定位于胆管周围并与免疫细胞相互作用 首次在健康小鼠肝脏中鉴定出COX2高表达的PDGFRα阳性成纤维细胞亚群,发现其选择性定位于胆管周围,并可能通过COX2与免疫细胞优先相互作用,揭示了PDGFRα阳性成纤维细胞在肝纤维化早期反应中的异质性 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类肝脏纤维化中验证;样本仅来自健康小鼠肝脏,未涵盖不同纤维化阶段的动态变化;COX2阳性亚群的具体功能机制尚未通过体内功能实验充分验证 探究PDGFRα阳性成纤维细胞在肝纤维化早期的细胞异质性及其与免疫细胞的相互作用 健康小鼠肝脏中的PDGFRα阳性成纤维细胞及胆管结扎诱导的肝纤维化小鼠模型 单细胞组学 肝纤维化 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 来自健康小鼠肝脏的PDGFRα阳性成纤维细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
73 2026-09-23
Deciphering Angiogenic Drivers in Hepatocellular Carcinoma: From Prognostic Signature Construction to Genistein-Mediated Inhibition
2026-05, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
研究论文 该研究通过整合加权基因共表达网络分析、机器学习预后建模、单细胞RNA测序、空间转录组学和分子对接,鉴定肝细胞癌中血管生成相关驱动基因SCAF1,并发现染料木素可靶向SCAF1抑制血管生成 首次将SCAF1鉴定为肝细胞癌中血管生成相关的枢纽基因和预后生物标志物,并结合单细胞RNA测序、空间转录组学和分子对接揭示其促血管生成机制,同时发现染料木素作为靶向SCAF1的潜在治疗化合物 摘要中未提及明确的局限性,功能实验仅限于体外实验,缺乏体内动物模型验证,染料木素靶向SCAF1的具体分子机制仍需进一步阐明 decipher肝细胞癌中血管生成相关驱动基因,构建预后模型并探索靶向治疗策略 肝细胞癌组织及癌旁正常肝组织、肝细胞癌细胞系 机器学习 肝癌 加权基因共表达网络分析(WGCNA)、机器学习、单细胞RNA测序、空间转录组学、分子对接 机器学习预后模型 基因表达数据、图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
74 2026-09-21
Tumor-immune-neural circuit disrupts energy homeostasis in cancer cachexia
2026-May-11, Cancer cell IF:48.8Q1
研究论文 本文发现了一条以GDF15为核心的肿瘤-免疫-神经回路,该回路驱动癌症恶病质和厌食症,并揭示了巨噬细胞来源的GDF15通过中枢神经系统增强肿瘤微环境中的β-肾上腺素能信号,从而加剧恶病质 首次鉴定出一条未被表征的肿瘤-免疫-神经回路,以GDF15为中心,连接肿瘤信号、巨噬细胞来源的GDF15和神经通路,提出了肿瘤-免疫-神经三联体作为癌症恶病质的治疗靶点 摘要中未明确提及研究的局限性 探究癌症诱导的恶病质和厌食症的潜在机制,并寻找有效的治疗靶点 胰腺癌、肺癌和皮肤癌的基因工程小鼠模型,以及肿瘤微环境中的巨噬细胞和神经元 机器学习, 数字病理学 肺癌, 胰腺癌, 皮肤癌 单细胞RNA测序 NA 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
75 2026-09-21
Ectopic expression of MUC5B in the respiratory bronchiole initiates endoplasmic reticulum stress in the IPF lung
2026-05-01, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1
研究论文 本研究利用空间转录组学技术,在特发性肺纤维化(IPF)及对照肺组织中探究了MUC5B驱动肺纤维化的发病机制 首次利用CosMx空间转录组平台在IPF肺组织中揭示了MUC5B在呼吸性细支气管中的异位表达与内质网应激的关联,并发现了MUC5B风险变异与AT2细胞减少及异常基底样细胞增多之间的关系 研究样本量有限(15例IPF和13例对照),且主要依赖空间转录组数据,功能验证实验仅限于体外实验 利用空间转录组学进一步理解MUC5B驱动的肺纤维化发病机制 特发性肺纤维化(IPF)患者及未受累对照者的肺组织 空间转录组学 特发性肺纤维化 空间转录组学 半监督聚类 空间转录组数据、图像 15例IPF和13例对照肺组织样本,共捕获43个视野 NanoString 空间转录组学 CosMx CosMx®空间分子成像平台
76 2026-09-20
Pan-cancer spatial atlas of tertiary lymphoid structures
2026-05-28, Science (New York, N.Y.)
研究论文 该研究整合12种癌症类型的空间转录组数据,构建泛癌三级淋巴结构(TLS)空间图谱,解析TLS空间结构与成熟状态,并开发AI框架从HE染色图像预测TLS成熟状态及预后评分 构建了跨12种癌症类型的泛癌TLS空间图谱,揭示了TLS成熟伴随特定微环境细胞群重塑和距离依赖性肿瘤程序梯度,开发了可直接从HE染色图像预测TLS成熟状态的AI框架,并提出了成熟度感知的复合评分用于患者分层 摘要中未明确提及研究局限性 构建泛癌TLS空间图谱,表征TLS空间结构和成熟状态,开发可扩展的TLS成熟度预测工具及临床预后评分 12种癌症类型的肿瘤组织样本,涵盖TCGA队列及独立治疗队列 数字病理 泛癌 空间转录组学、超多重单细胞空间分析、HE染色 人工智能框架 图像、文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
77 2026-09-20
Siglec-15 binds mucin-domain glycoproteins with extended glycans and marks an osteoclast-like, matrix remodeling myeloid state in human tumors
2026-05-22, Glycobiology IF:3.4Q2
研究论文 本文研究了Siglec-15识别肿瘤细胞的分子基础及其在肿瘤相关髓系细胞中与破骨细胞样和基质重塑相关的转录和功能程序 揭示了Siglec-15结合的糖基决定因素和蛋白质支架,发现复合N-糖和延伸的粘蛋白型O-糖对Siglec-15结合至关重要,并将SIGLEC15表达与人类肿瘤中破骨细胞样和基质重塑髓系程序相关联 摘要中未明确说明研究的具体局限性 研究Siglec-15识别癌细胞的分子基础,并检查肿瘤相关髓系细胞群中与Siglec-15表达相关的转录和功能程序 胰腺癌细胞系AsPC-1、人类肿瘤相关髓系细胞、THP-1共培养模型 数字病理学 胰腺癌 免疫沉淀-质谱联用、单细胞RNA测序 NA 文本、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
78 2026-09-19
Dual orexin receptor antagonism with lemborexant enhances microglial clearance of β-amyloid in mice
2026-05-22, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1
研究论文 本研究比较了FDA批准的双重食欲素受体拮抗剂lemborexant与抗组胺睡眠药物doxepin对PSAPP小鼠淀粉样蛋白病理和小胶质细胞反应的影响 首次证明lemborexant通过增强小胶质细胞吞噬功能减轻淀粉样蛋白病理,且不引起广泛炎症反应,而doxepin无此效果 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证;样本量未明确说明;长期安全性未知 探究双重食欲素受体拮抗剂lemborexant对阿尔茨海默病淀粉样蛋白病理和小胶质细胞功能的影响 PSAPP小鼠(阿尔茨海默病模型) 神经科学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序、免疫组织化学、共聚焦显微镜、EEG/EMG多导睡眠监测、压电监测 NA 图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
79 2026-09-19
Serial Spatial Transcriptomes Reveal Regulatory Transitions in Maize Leaf Development
2026-May, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1
研究论文 该研究优化了10x Genomics Visium空间转录组学方案并开发计算流程,重建了玉米幼苗茎尖分生组织和连续发育叶片的二维与三维基因表达图谱 优化了从切片制备到数据处理的完整空间转录组学实验流程,实现了植物茎尖分生组织及连续发育阶段叶片的三维基因表达图谱重建,并揭示了从未分化干细胞到功能分化叶结构的动态调控转变 摘要中未明确提及该研究的局限性 解析玉米叶片从茎尖分生组织起始到功能分化的发育过程中基因表达级联调控事件,弥补单细胞转录组缺乏时空信息的不足 玉米幼苗的茎尖分生组织及连续发育阶段的叶片 空间转录组学 NA 空间转录组学 NA 空间转录组数据、图像 NA 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Genomics Visium空间转录组学系统
80 2026-09-19
Mass Spectrometry Imaging Combined With Single-Cell Transcriptional Profiling Reveals the Multidimensional Spatial Distributions and Biosynthetic Pathways of Medicinal Components in Andrographis paniculata
2026-May, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1
研究论文 该研究首次在穿心莲中结合质谱成像与单细胞RNA测序技术,揭示了穿心莲内酯类成分在不同组织及细胞类型中的精细空间分布及其生物合成途径 首次在穿心莲中建立质谱成像与单细胞RNA测序整合系统,实现药用成分多维空间分布与生物合成途径的联合解析,发现ApCPS2在光合叶肉细胞亚群中具有显著的细胞类型特异性表达 摘要中未提及该研究的具体局限性 探究药用植物穿心莲中活性成分的多维空间分布特征及其生物合成途径,为植物代谢物的精细合成与分布研究提供新策略 穿心莲(Andrographis paniculata)的叶片和茎组织 空间转录组学、单细胞转录组学 NA 质谱成像、单细胞RNA测序、LC-QQQ-MS/MS NA 质谱成像数据、单细胞转录组数据 摘要中未明确说明具体样本数量 NA 质谱成像、单细胞RNA-seq NA NA
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