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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 761 | 2026-05-08 |
Local transcriptional covariation produces accurate estimates of cell phenotype
2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag135
PMID:41915021
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研究论文 | 提出Sceodesic方法,利用黎曼流形结构从单细胞RNA测序数据中准确估计细胞表型 | 首次利用微分几何中的对数欧几里得度量分析基因共表达的局部协变模式,而非全局模式 | 未提及 | 从单细胞RNA测序数据中更准确地表征细胞表型 | 基因共表达矩阵及细胞状态特异性共表达模式 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 762 | 2026-05-08 |
Efficient pulmonary-targeted therapy and mechanistic insights of a novel glutathione dry powder inhaler in a model of radiation-induced lung injury
2026-May-03, Toxicology and applied pharmacology
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.taap.2026.117841
PMID:42086150
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研究论文 | 开发新型谷胱甘肽干粉吸入剂用于放射性肺损伤治疗并揭示其通过抗氧化和抗焦亡双重机制保护肺泡II型上皮细胞的分子机理 | 首次将谷胱甘肽制成干粉吸入剂实现肺部靶向递送,并利用单细胞RNA测序揭示其通过中断‘氧化应激-焦亡-炎症’恶性循环的双重治疗机制 | 研究基于小鼠模型,临床转化需验证;单细胞RNA测序分析仅提供相关性证据,缺乏直接因果验证 | 开发并验证一种新型谷胱甘肽干粉吸入剂对放射性肺损伤的治疗效果及其分子机制 | 放射性肺损伤小鼠模型及肺组织细胞(特别是肺泡II型上皮细胞) | 机器学习 | 放射性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型,具体样本数未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 763 | 2026-05-08 |
Role for Complement C5 in Eosinophilic Inflammation of Severe Asthma
2026-May, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16616
PMID:40524528
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研究论文 | 通过痰液蛋白质组学分析,研究补体C5在严重哮喘嗜酸性炎症中的作用 | 首次通过痰液蛋白质组学分析揭示补体C5在严重哮喘中直接加剧嗜酸性炎症的作用,并通过体外和体内实验验证了其机制 | 未提及具体限制,但可能包括样本量有限或动物模型与人类疾病的差异 | 探究补体系统,特别是补体C5,在严重哮喘中的作用 | 严重哮喘患者和健康对照的痰液样本,以及哮喘小鼠模型 | 机器学习 | 哮喘 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序、免疫荧光染色 | 加权相关网络分析(WGCNA) | 蛋白质表达谱、单细胞转录组数据 | 纳入健康对照和严重哮喘患者,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 764 | 2026-05-08 |
Acetylcholine From Solitary Chemosensory Cell, Not Neuron, Regulates Basal Cell Fate Driving Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps
2026-May, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70048
PMID:40951952
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研究论文 | 研究显示从孤立化学感觉细胞而非神经元释放的乙酰胆碱通过调节基底细胞命运驱动嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉的发展 | 首次揭示孤立化学感觉细胞来源的乙酰胆碱在嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉中通过毒蕈碱乙酰胆碱受体调控基底细胞增殖和分化异常,而非传统的副交感神经途径,并涉及YAP信号通路激活 | 仅基于组织样本和体外/体内模型验证,具体临床转化效果及长期安全性尚未在人类中充分评估 | 探讨孤立化学感觉细胞来源的乙酰胆碱在基底细胞命运决定中的作用机制 | 健康个体、嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者和非嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的组织样本 | 数字病理学 | 嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞测序 | NA | 组织样本 | 未具体说明样本数量,涉及健康个体、eCRSwNP患者和neCRSwNP患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 765 | 2026-05-08 |
Characterization of Human Group 9 Innate Lymphoid Cells in Response to Allergen Immunotherapy in Patients With Allergic Rhinitis
2026-May, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70202
PMID:41451507
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研究论文 | 揭示过敏性鼻炎患者中第9群先天淋巴样细胞(ILC9)的存在及其在变应原免疫治疗中的特征 | 首次报道了ILC9细胞亚群的存在,并阐明了其在过敏性鼻炎患者鼻黏膜和外周血中的高表达,以及对变应原免疫治疗的响应和调控机制 | 研究样本量有限,且仅关注了尘螨皮下免疫治疗(SCIT)一种免疫治疗方式,机制研究主要基于体外实验 | 探究过敏性鼻炎患者中ILC9细胞的存在、功能及其在变应原免疫治疗中的变化 | 过敏性鼻炎患者和接受皮下免疫治疗的患者 | 免疫学 | 过敏性鼻炎 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、qRT-PCR、siRNA敲低、免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据、基因表达数据 | 未明确列出具体样本数量 | Illumina, 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 766 | 2026-05-08 |
Ectopic expression of MUC5B in the respiratory bronchiole initiates endoplasmic reticulum stress in the IPF lung
2026-May-01, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2025-0261OC
PMID:41091081
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研究论文 | 利用空间转录组学技术,探究MUC5B异位表达在特发性肺纤维化(IPF)发病机制中的作用,特别是其如何在内质网应激中发挥作用 | 首次通过空间转录组学揭示MUC5B在呼吸性细支气管中的异位表达与内质网应激及远端分泌标志物的共定位关系 | 仅使用有限样本(15例IPF和13例对照),且机制验证仅通过体外实验 | 阐明MUC5B驱动肺纤维化的发病机制 | 特发性肺纤维化(IPF)患者和健康对照的肺组织样本 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学 | 半监督聚类 | 空间转录组数据 | 15例IPF患者和13例对照(含MUC5B启动子变异阳性与阴性) | NA | 空间转录组学 | CosMx | CosMx平台(43个视野,覆盖15例IPF和13例对照) |
| 767 | 2026-05-08 |
Co-morbid biomarkers for sarcopenic obesity associated with gut microbiota metabolites: From burden to treatment
2026-May, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014225
PMID:42081471
|
研究论文 | 通过整合差异表达基因、基因共表达网络分析和肠道菌群代谢物靶点,结合机器学习方法识别肌肉减少性肥胖的共病生物标志物,并在高脂饮食诱导的小鼠模型中进行验证 | 首次通过整合多组学数据(差异表达基因、基因共表达网络分析和肠道菌群代谢物靶点)结合多种机器学习方法(LASSO、XGBoost、SVM-REF、随机森林)识别肌肉减少性肥胖的共病生物标志物,并在单细胞测序和小鼠模型中验证 | 未明确说明局限性 | 识别肌肉减少性肥胖(SO)的共病生物标志物,并探讨其与肠道菌群代谢物的关联及潜在治疗化合物 | 中国中老年人(CHARLS数据库)和饮食诱导肥胖小鼠 | 机器学习 | 老年疾病 | 机器学习, 单细胞测序, 分子对接 | LASSO, XGBoost, SVM-REF, 随机森林 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 中国中老年人(2011年样本量未明确,2018年样本量未明确); 四个独立GEO队列 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 768 | 2026-05-08 |
Interleukin-7 receptor activation in interstitial macrophages promotes lung fibrosis through secreted phosphoprotein 1
2026-May-01, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2025-0254OC
PMID:41092115
|
研究论文 | 该文章揭示了间质巨噬细胞通过分泌磷酸蛋白1(SPP1)在肺纤维化中的关键作用,并阐明了白细胞介素-7受体(IL7R)信号调控这一过程的机制 | 首次鉴定出间质巨噬细胞是肺纤维化中SPP1的主要来源,并发现IL7R信号通过调控SPP1和Gpnmb表达促进纤维化,为靶向IL-7/巨噬细胞/SPP1轴治疗肺纤维化提供新思路 | 主要基于小鼠模型和公共数据集,缺乏人体临床验证;未深入探讨IL7R信号下游具体分子通路 | 明确SPP1产生型巨噬细胞在肺纤维化中的功能角色及其调控机制 | 博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型、特发性肺纤维化患者单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、多组学分析、基因敲入报告小鼠、条件性基因敲除小鼠 | NA | 单细胞转录组数据 | 包括博来霉素处理小鼠(至少7天时间点)、Spp1-EGFP敲入报告小鼠、Il7r fl/fl Csf1r-iCre条件敲除小鼠,以及人类特发性肺纤维化公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 769 | 2026-05-08 |
Single-cell spatiotemporal dissection of the human maternal-fetal interface
2026-May, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10316-x
PMID:41951740
|
研究论文 | 通过整合单核转录组、染色质可及性、空间转录组和多重蛋白成像,构建了人类母胎界面从早期到足月的综合时空图谱 | 以前所未有的时空分辨率,系统解析了正常妊娠期间母胎界面的细胞状态、空间微环境和转录程序,并开发了预测细胞滋养层侵袭性的机器学习模型 | 未明确提及 | 揭示人类母胎界面的细胞、分子和空间程序,构建全面参考图谱 | 人类母胎界面(胎盘和蜕膜)的母体和胎儿细胞 | 机器学习, 数字病理学 | 先兆子痫, 早产, 流产 | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学, CODEX多重蛋白成像 | 机器学习模型 | 图像, 文本, 基因表达数据 | 正常妊娠样本(从早期到足月) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium | 大规模配对单核转录组和染色质可及性分析,亚微米分辨率空间转录组学和CODEX多重蛋白成像 |
| 770 | 2026-05-08 |
A transcriptional patient map of systemic lupus erythematosus reveals disease-related multicellular immune programs conserved between blood and kidney
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.28.721379
PMID:42094356
|
研究论文 | 通过分析1,167份样本(包括单细胞和批量血液转录组以及空间分辨肾脏组织转录组),构建系统性红斑狼疮(SLE)的转录患者图谱,揭示血液和肾脏中保守的多细胞免疫程序 | 利用无监督方法从独立单细胞RNA测序队列中推断患者水平转录组免疫程序,整合多分辨率数据(单细胞、批量血液和空间肾脏组织)以捕捉SLE异质性,并首次将血液免疫程序映射到肾脏组织病理区域 | 未明确说明局限性,可能包括样本量有限、验证队列不足或程序泛化性尚未完全验证 | 系统性红斑狼疮患者分层,揭示疾病相关的多细胞免疫程序 | 系统性红斑狼疮患者和健康对照组的外周血单核细胞(PBMCs),以及狼疮肾炎患者的肾脏活检组织 | 转录组学、单细胞基因组学、空间转录组学 | 系统性红斑狼疮、狼疮肾炎 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组、批量转录组、空间转录组 | 1,167份样本(783份SLE样本,384份健康对照样本) | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | 10x 单细胞RNA测序平台、Illumina 测序平台 | 外周血单核细胞单细胞RNA测序、肾脏空间转录组分析(可能使用10x Visium) |
| 771 | 2026-05-08 |
Single-cell transcriptional landscape of muscle-derived stem/progenitor cells reveals hallmarks of aging and rejuvenation
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.28.721405
PMID:42094422
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研究论文 | 利用单细胞转录组学和蛋白质组学全面描绘了小鼠肌肉衍生干/祖细胞在不同年龄阶段的转录景观,揭示了其衰老与年轻化的特征 | 首次通过单细胞转录组和蛋白质组学揭示了肌肉衍生干/祖细胞的完整分子特征,发现其沿转录连续谱分化,具有类似胚胎祖细胞的非经典多能性状态,区别于卫星细胞和成肌细胞 | 未提及具体局限性 | 阐明肌肉衍生干/祖细胞的分子身份和发育状态,以及衰老对其影响 | 不同年龄阶段小鼠的肌肉衍生干/祖细胞 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞转录组测序、蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 | 不同年龄组小鼠的肌肉衍生干/祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
| 772 | 2026-05-08 |
Differential peripheral immune dynamics underlie therapeutic response to chemotherapy and chemo-immunotherapy in triple-negative breast cancer
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.28.721416
PMID:42094437
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研究论文 | 通过整合系统免疫状态建模和通路级机制推断,分析三阴性乳腺癌患者外周血单核细胞单细胞RNA测序数据,揭示化疗和化学免疫疗法治疗反应背后的外周免疫动力学差异 | 结合系统级免疫状态建模与通路级机制推断,纵向分析两种治疗方案下的免疫协调程序,并投影到独立I-SPY2数据集验证泛化性 | NA | 阐明三阴性乳腺癌患者对化疗和化学免疫疗法反应与耐药的外周免疫动力学机制 | 晚期三阴性乳腺癌患者外周血单核细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多时间点样本(具体数量未在摘要中提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 773 | 2026-05-08 |
Tailoring the Extent of Lymphadenectomy for Esophageal Squamous Cell Carcinoma: Insights From a Comparative Study of Neoadjuvant Chemo-Immunotherapy and Surgery Cohort
2026-May, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.70297
PMID:42095517
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研究论文 | 比较食管鳞癌患者接受新辅助化学免疫治疗与单纯手术队列中淋巴结清扫范围的最佳数量,发现淋巴结清扫数量与预后的关系取决于治疗方案 | 首次揭示在新辅助化学免疫治疗背景下,淋巴结清扫数量与预后呈非线性“金发姑娘”原则关系,而非单纯手术中的持续生存获益,并通过单细胞测序阐明肿瘤反应性细胞毒性T细胞在转移阴性淋巴结中的富集机制 | 未明确提及 | 探讨食管鳞癌患者在新辅助化学免疫治疗与单纯手术队列中,淋巴结清扫数量对预后的影响及其免疫机制 | 621例接受R0切除的食管鳞癌患者(单纯手术组451例,新辅助化学免疫治疗组170例) | 机器学学习 | 食管癌 | 单细胞RNA测序、T细胞受体测序 | Cox回归模型 | 临床数据、单细胞测序数据、TCR测序数据 | 621例患者(单纯手术组451例,新辅助化学免疫治疗组170例),以及配对肿瘤和淋巴结样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 774 | 2026-03-13 |
Molecular subtypes of vascular endothelial cell differentiation in keloid by single-cell sequencing
2026-May-05, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003971
PMID:41813334
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 775 | 2026-05-06 |
Induction alectinib or crizotinib for stage III NSCLC harboring ALK fusion: A study with 4-year follow-up
2026-May-05, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003798
PMID:41139663
|
研究论文 | 评估阿来替尼或克唑替尼诱导治疗ALK融合阳性III期非小细胞肺癌的短期和长期疗效,并伴有4年随访数据 | 首次系统性评估ALK-TKI诱导治疗在局部晚期NSCLC中的疗效,结合纵向单细胞RNA测序分析肿瘤微环境变化 | 样本量较小(40例),且为回顾性研究,可能存在选择偏倚 | 验证ALK靶向诱导治疗在III期肺癌中的疗效和安全性 | ALK融合阳性的IIIA-IIIB期非小细胞肺癌患者 | 医学影像分析 | 肺癌 | ALK-TKI诱导治疗、单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、纵向单细胞RNA测序数据 | 40例III期NSCLC患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 776 | 2026-05-06 |
Patient-derived surgical samples reveal the cellular and molecular signatures of glioblastoma infiltration in distinct radiological zones
2026-May-05, Brain pathology (Zurich, Switzerland)
DOI:10.1111/bpa.70106
PMID:42083511
|
研究论文 | 研究揭示胶质母细胞瘤在不同放射学区域浸润的细胞和分子特征 | 首次结合MRI分区与多区域活检,系统描述GBM周边区域的细胞景观与临床关联 | 基于MRI的nCE区域分类低估了水肿区域内的肿瘤浸润 | 定义GBM外周区域的细胞景观及其临床意义 | 45例胶质母细胞瘤患者的161份活检样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 免疫组化、单细胞RNA测序转录组分析 | NA | 图像、转录本数据 | 45例患者,161份活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 777 | 2026-05-06 |
Constitutive interferon epsilon expression shapes antiviral epithelial states in the female reproductive tract and intestine
2026-May-05, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00340-26
PMID:42084361
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研究论文 | 研究干扰素ε在雌性生殖道和肠道中组成型表达对抗病毒上皮状态的调控作用 | 首次揭示IFNε在雌性生殖道外(尤其是肠道)的功能,证明其作为组成型、空间限制性干扰素协调黏膜抗病毒防御的独特机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本仅限于原代细胞,缺乏体内功能验证;肠道中IFNε的具体调控机制尚未完全阐明 | 探究干扰素ε在不同黏膜表面(雌性生殖道和肠道)的细胞来源、表达规律及抗病毒功能 | 小鼠和人类原代雌性生殖道细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠(包括不同肠段和发情周期样本)及人类原代细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序平台 |
| 778 | 2026-05-06 |
Advances in sex-specific single-cell transcriptomic profiling in Parkinson's disease
2026-May-05, Journal of Parkinson's disease
DOI:10.1177/1877718X261436548
PMID:42084601
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综述 | 综述单细胞转录组学在帕金森病研究中的应用进展,重点关注性别特异性分子改变 | 系统总结了单细胞RNA测序技术揭示帕金森病中细胞异质性和性别特异性分子变化的创新发现 | 主要基于现有文献总结,未涵盖所有潜在性别差异研究,且技术方法仍在快速发展中 | 探讨单细胞转录组学如何深化对帕金森病病理机制的理解,并强调性别意识研究设计的重要性 | 帕金森病相关细胞类型,包括多巴胺能神经元、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 779 | 2026-05-06 |
Syrah: a pipeline to maximize spatial transcriptomics data output
2026-May-04, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkag107
PMID:42081452
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研究论文 | Syrah是一个用于最大化空间转录组学数据输出的分析流程,通过识别和纠正Slide-seqV2和Curio Seeker数据集中的条形码错误来显著提高可用读数 | 提出基于生化模型和条形码序列数据的错误校正方法,无需额外数据集或复杂计算,相比传统精确匹配方法可多恢复35%的读数 | 未提及 | 开发一种能够最大化空间转录组学数据输出的分析流程 | Slide-seqV2和Curio Seeker空间转录组数据集 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | Slide-seqV2, Curio Seeker | Slide-seqV2和Curio Seeker空间转录组平台 |
| 780 | 2026-05-06 |
Cell-o1: Training LLMs to Solve Single-Cell Reasoning Puzzles with Reinforcement Learning
2026-May-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag208
PMID:42082388
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研究论文 | 本文提出一个名为CellPuzzles的基准测试,将单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释重塑为批量级推理任务,并训练了7B参数的大语言模型Cell-o1,通过监督微调和强化学习实现最先进的批量级细胞类型注释性能 | 创新性地提出了批量级推理的细胞类型注释范式CellPuzzles,以及通过监督微调蒸馏推理轨迹和强化学习训练的Cell-o1模型,实现了跨多种组织、疾病和供体条件的高性能推理注释 | 未明确提及限制,但从上下文推断可能包括:模型依赖高质量推理轨迹数据、在极端复杂或少见细胞类型时的泛化能力可能受限、批量级精度提升但推理开销增加 | 提高大语言模型在单细胞RNA测序数据中批量级细胞类型注释的推理能力和准确性 | 来自不同组织、疾病和供体条件的单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释任务 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型 | 文本 | CellPuzzles基准测试涵盖多种组织、疾病和供体条件,具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |