本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2026-05-19 |
A CSF disease-associated macrophage signature defines progressive multiple sclerosis
2026-May-13, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03861-9
PMID:42129775
|
研究论文 | 本研究结合流式细胞术和单细胞转录组学,揭示了进行性多发性硬化症患者脑脊液中CD14+单核细胞增多,这些细胞呈现边界相关巨噬细胞样特征并与疾病进展相关 | 首次在脑脊液中定义与进行性多发性硬化症相关的疾病相关巨噬细胞特征,并发现这些细胞与神经退行性病变中发现的疾病相关小胶质细胞/巨噬细胞共享部分特性 | 研究为回顾性与前瞻性结合设计,样本量相对有限,且未探讨脑脊液细胞变化的因果关系 | 探究进行性多发性硬化症患者脑脊液中的细胞变化及其作为生物标志物的潜力 | 多发性硬化症患者(包括复发-缓解型和进行性型)及非炎症性对照的脑脊液细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 流式细胞术、单细胞转录组学、ELISA | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、ELISA数据 | 回顾性流式细胞术:299例(169例RRMS,56例PMS,74例对照);前瞻性单细胞转录组学:35人(11例对照,12例RRMS,12例PMS);额外阿尔茨海默病对照数据来自公开数据集 | NA | 单细胞RNA-seq、流式细胞术 | NA | NA |
| 722 | 2026-05-19 |
A Spatial Atlas of Muscle-Invasive Bladder Cancer Reveals Lineage-Specific Vulnerabilities and Immune Architecture
2026-May-13, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-26-0099
PMID:42126225
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学、批量RNA和全外显子测序数据,构建了肌层浸润性膀胱癌的空间图谱,揭示了肿瘤内部的管腔-基底轴、谱系特异性脆弱性和免疫结构 | 首次通过空间转录组学揭示MIBC肿瘤内连续有序的管腔-基底轴及其与染色体不稳定性、转录可塑性和治疗敏感性的关联 | 未提及,可能包括样本量限制和空间转录组技术的分辨率局限性 | 构建肌层浸润性膀胱癌的空间图谱,以理解其谱系状态、免疫结构和治疗脆弱性 | 22个肌层浸润性膀胱癌肿瘤样本 | 计算病理学 | 膀胱癌 | 空间转录组学、批量RNA测序、全外显子测序 | NA | 空间基因表达数据、RNA测序数据、全外显子测序数据 | 22个肿瘤样本(空间转录组学),超过3000个肿瘤样本(泛队列分析) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 723 | 2026-05-19 |
Maternal immune activation perturbs the brain epitranscriptome
2026-May-12, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2026.106804
PMID:42128069
|
研究论文 | 本研究揭示了母体免疫激活如何扰动大脑表观转录组,并鉴定出脱甲基酶FTO可作为改善MIA后代行为表型的治疗靶点 | 首次通过空间转录组学和直接RNA测序技术,系统地描述了发育中小鼠大脑中表观转录组调控因子的细胞类型和脑区特异性分布,并阐明了MIA如何改变大脑表观转录组图谱 | 未明确提及研究限制 | 阐明母体免疫激活导致的RNA代谢紊乱的精确机制,并寻找潜在治疗靶点 | 母体免疫激活小鼠模型及其后代 | 机器学习, 数字病理学 | 神经发育障碍 | 空间转录组学, 直接RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 直接RNA测序数据 | 使用MIA小鼠模型及其后代,具体样本量未说明 | NA | 空间转录组学, 直接RNA测序 | NA | NA |
| 724 | 2026-05-19 |
Single-cell transcriptomics identifies NF-κB/STAT3-associated neutrophil inflammatory reprogramming in rheumatoid arthritis synovium
2026-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2026.111231
PMID:41831621
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析类风湿性关节炎滑膜中的中性粒细胞异质性及其炎症重编程机制 | 首次在单细胞水平揭示RA滑膜中性粒细胞的NF-κB/STAT3轴驱动的炎症重编程,并鉴定C1和C3炎症表型以及M3/M4功能模块 | 验证仅基于bulk RNA-seq队列(n=19),缺乏功能实验的直接验证 | 阐明类风湿性关节炎滑膜中中性粒细胞的异质性和炎症重编程机制 | 8名RA患者滑膜组织的66,539个细胞,包括中性粒细胞和其他基质细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 8名RA患者(66,539个细胞)和19名独立队列的bulk RNA-seq样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 725 | 2026-05-08 |
Abi3S212F Alzheimer's disease variant alters plaque structure and disrupts microglia
2026-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.71452
PMID:42092345
|
研究论文 | 本研究通过构建Abi3S212F小鼠模型,发现该阿尔茨海默病风险变体会改变淀粉样斑块结构并导致小胶质细胞功能障碍 | 首次在体内揭示ABI3S209F/Abi3S212F变体通过破坏细胞骨架动力学导致小胶质细胞功能障碍和死亡,并证明这种损伤发生在斑块形成之前 | 未提及具体局限性 | 阐明ABI3S209F(Abi3S212F)阿尔茨海默病风险变体对小胶质细胞功能和淀粉样病理的影响机制 | Abi3S212F基因敲入小鼠与两种人源化β-淀粉样蛋白(Aβ)模型杂交的后代 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学, 单细胞分析, 共聚焦成像 | NA | 图像, 转录组数据 | 不同年龄段的小鼠样本(具体数量未说明) | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 空间转录组学使用10x Visium平台,单细胞分析使用10x Chromium平台 |
| 726 | 2026-05-19 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals APOE genotype-dependent sex differences in Alzheimer's disease
2026-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.71463
PMID:42108391
|
研究论文 | 单细胞转录组分析揭示APOE基因型依赖性性别差异在阿尔茨海默病中的作用 | 首次在单细胞水平全面研究性别与APOE基因型之间的相互作用 | 未提供具体局限性信息 | 探索阿尔茨海默病中性别和APOE相关差异的单细胞转录组学变化 | 阿尔茨海默病患者的脑细胞类型(54种高分辨率细胞类型) | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 727 | 2026-05-19 |
Integrin β3 Promotes Retinal Neovascularization via Endoplasmic Reticulum Stress-Mediated Endothelial Cell Senescence
2026-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.5.40
PMID:42149032
|
研究论文 | 本研究探索整合素β3通过内质网应激介导的内皮细胞衰老促进视网膜新生血管形成的机制 | 首次揭示整合素β3通过PERK/eIF2α/ATF4通路激活内质网应激,驱动内皮细胞衰老,进而促进视网膜新生血管形成 | 主要基于体外细胞实验和动物模型,缺乏临床样本验证 | 阐明整合素β3驱动视网膜新生血管形成的分子机制 | 视网膜血管内皮细胞,特别是氧诱导视网膜病变模型中的内皮细胞亚群 | 机器学习 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 氧诱导视网膜病变小鼠模型及人视网膜微血管内皮细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 728 | 2026-05-18 |
Whole genome methylation profiling of menstrual stem cells identifies novel biomarkers for endometriosis
2026-May-16, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-026-01641-3
PMID:42143138
|
研究论文 | 通过月经干细胞全基因组甲基化测序,鉴定了子宫内膜异位症的新型生物标志物,并评估其诊断性能 | 首次利用月经血来源干细胞的DNA甲基化谱作为非侵入性诊断工具,结合机器学习模型实现高准确率分类,并整合单细胞RNA测序数据验证生物学相关性 | 样本量较小(42例),未提及外部独立验证队列,缺乏纵向随访数据验证早期诊断潜力 | 开发子宫内膜异位症的非侵入性诊断生物标志物,揭示疾病发病机制的表观遗传学基础 | 子宫内膜异位症患者和健康对照女性的月经血来源干细胞 | 机器学习 | 子宫内膜异位症 | 全基因组甲基化测序,单细胞RNA测序 | 机器学习模型(具体类型未指定) | 甲基化序列数据,单细胞RNA表达数据 | 42例女性(19例子宫内膜异位症,23例对照) | Illumina | 全基因组甲基化测序,单细胞RNA测序 | Illumina测序平台(具体产品未指明),单细胞RNA测序平台(未指明) | NA |
| 729 | 2026-05-18 |
A multi-omics dissection of INHBA+ CAF-mediated epithelial-mesenchymal transition and immune suppression in colorectal cancer
2026-May-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08232-9
PMID:42143353
|
研究论文 | 通过对结直肠癌组织的单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了INHBA+癌症相关成纤维细胞在促进上皮-间充质转化和免疫抑制中的空间功能分工 | 首次通过高分辨率Xenium原位转录组学结合单细胞测序,揭示了两种空间隔离的INHBA+ CAF亚群(肌成纤维细胞CAF和炎症CAF)在结直肠癌中分别驱动EMT和免疫抑制的分工机制 | 未在摘要中明确说明局限性 | 阐明结直肠癌中特定CAF亚群的空间功能异质性及其在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用 | 结直肠癌组织样本中的癌症相关成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, Xenium原位转录组学, 空间转录组学, 免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 组织图像 | 结直肠癌组织样本(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Xenium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序, 10x Xenium 原位分析平台用于高分辨率空间转录组学 |
| 730 | 2026-05-18 |
Inhibition of macrophage migration inhibitory factor attenuates bleomycin-induced murine pulmonary fibrosis via the MAPK pathway
2026-May-16, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-026-03722-2
PMID:42143357
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和体内外实验,研究巨噬细胞迁移抑制因子(MIF)通过CD74依赖的MAPK通路促进肺纤维化的分子机制 | 首次利用单细胞RNA测序揭示MIF-CD74是肺纤维化中巨噬细胞-成纤维细胞的主要通讯轴,并阐明MAPK通路是下游关键信号机制 | 未提及 | 探究MIF是否通过CD74受体激活特定下游通路,调控成纤维细胞增殖和基质产生,驱动肺纤维化 | 特发性肺纤维化患者、C57BL/6J小鼠、Mif基因敲除小鼠、巨噬细胞-成纤维细胞共培养体系 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、ELISA、qRT-PCR、Western blotting | NA | 基因表达数据 | 特发性肺纤维化患者血清样本和小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 731 | 2026-05-18 |
The impact of hypoxia and glycolysis on liver fibrosis
2026-May-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08147-5
PMID:42143369
|
研究论文 | 系统分析缺氧、糖酵解和乳酰化相关基因在肝纤维化中的作用,并探索潜在诊断标志物和药物重利用策略 | 首次系统鉴定了HGLRGs在肝纤维化中的差异表达,并整合单细胞转录组学验证,同时筛选出FDA批准药物作为潜在靶向治疗剂 | 未提及具体局限性,可能包括样本来源有限、缺乏体外或体内验证实验 | 阐明缺氧、糖酵解和乳酰化相关基因在肝纤维化进展中的功能及诊断价值 | 肝纤维化样本的转录组数据及单细胞转录组数据 | 机器学习 | 肝纤维化 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 732 | 2026-05-18 |
Targeting CXCR6 suppresses granuloma formation and pulmonary fibrosis through inhibiting Th17 responses in sarcoidosis
2026-May-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116845
PMID:42143504
|
研究论文 | 本研究证实靶向CXCR6可抑制结节病中Th17反应,从而减少肉芽肿形成和肺纤维化 | 首次在结节病中揭示CXCR6+ CD4+ T细胞通过Th17/Th17.1表型驱动肉芽肿形成,并验证抗CXCR6单克隆抗体通过抑制mTORC1信号通路减轻肺纤维化的治疗潜力 | 未明确说明,但可从实验仅在小鼠模型中进行推断,缺乏人体临床试验验证 | 探究CXCR6在结节病发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 结节病患者病变组织样本及痤疮丙酸杆菌诱导的结节病样模型小鼠 | 数字病理学 | 结节病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 结节病患者病变组织及模型小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 使用10x Chromium平台进行单细胞RNA测序分析 |
| 733 | 2026-05-18 |
In vivo CRISPR screens identify CBX4 as an epigenetic regulator for cancer immunotherapy
2026-May-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI200564
PMID:41915438
|
研究论文 | 通过体内CRISPR筛选发现CBX4作为表观遗传调控因子在癌症免疫治疗中发挥作用 | 首次通过体内CRISPR筛选发现CBX4是免疫肿瘤微环境的关键负调控因子,并揭示其通过表观遗传沉默逆转录转座子调控免疫应答的机制 | 研究主要在动物模型中进行,对人类患者的直接适用性需进一步验证 | 探究表观遗传失调如何影响免疫逃逸和免疫检查点阻断治疗抵抗 | 小鼠肿瘤模型、接受新辅助抗PD-1治疗的肝癌患者 | 机器学习 | 肝癌 | CRISPR/Cas9筛选,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肿瘤模型及肝癌患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序及空间转录组学分析 |
| 734 | 2026-05-18 |
Functional targeting of PTTG1 in pericytes restores vascular integrity in diabetic retina
2026-May-15, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aea0542
PMID:42139353
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和功能研究,发现PTTG1基因在糖尿病视网膜病变周细胞中高表达,敲低该基因可恢复血管完整性 | 首次识别出PTTG1高表达的周细胞亚群在糖尿病视网膜中富集,并证实其作为代谢稳态调节因子可成为糖尿病微血管并发症的治疗靶点 | 摘要未提及研究局限性 | 探究糖尿病视网膜病变中周细胞功能障碍的分子机制及潜在治疗靶点 | 糖尿病与非糖尿病小鼠视网膜中的周细胞 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9、小干扰RNA、代谢组学、转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据、代谢组数据 | 37982个细胞(来自糖尿病和非糖尿病小鼠视网膜) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 735 | 2026-05-18 |
Stable maintenance of MERVL-positive embryonic stem cells reveals sustained transcriptional programs and enhancer remodeling
2026-May-15, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2026.113166
PMID:42142582
|
研究论文 | 该研究展示了MERVL阳性胚胎干细胞的可稳定维持,揭示了持续的转录程序与增强子重塑 | 首次在体外实现MERVL阳性胚胎干细胞的稳定维持,揭示了其与常规胚胎干细胞不同的持续转录活性及增强子重塑机制 | 信息不足,无法确定 | 探究MERVL阳性胚胎干细胞的稳定维持机制及其转录与表观遗传特征 | 小鼠胚胎干细胞及其MERVL阳性亚群 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 表观基因组分析 | 机器学习模型 | 图像, 文本, 视频 | 涉及多个胚胎干细胞系(包括Red和Mosaic品系) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 736 | 2026-05-18 |
Cross-Platform Comparative Spatial Transcriptomics in High-Grade Serous Carcinoma
2026-May-15, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2026.106134
PMID:42142589
|
研究论文 | 本研究直接比较GeoMx Digital Spatial Profiler与Visium Spatial Gene Expression两种空间转录组学平台在高浆液性癌中的转录组谱可重复性和生物学相关分子特征 | 首次在同一FFPE队列中直接比较两种空间转录组学平台的转录谱,并利用AI定义的与临床结局相关的肿瘤区域进行跨平台验证 | NA | 评估不同空间转录组学平台在高级别浆液性癌中转录组谱的再现性和生物学相关性 | 高级别浆液性癌(HGSC)FFPE样本中AI定义的肿瘤区域 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 16例FFPE HGSC样本 | NanoString Technologies, 10x Genomics | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler, Visium Spatial Gene Expression | GeoMx Digital Spatial Profiler与Visium Spatial Gene Expression用于FFPE HGSC样本的AI定义肿瘤区域分析 |
| 737 | 2026-05-18 |
Inhibition of RGS1 ameliorates obesity-associated macrophage dysfunction and metaflammation through restoration of PINK1/Parkin-mediated mitophagy
2026-May-13, Molecular and cellular endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1016/j.mce.2026.112829
PMID:42134621
|
研究论文 | 抑制RGS1通过恢复PINK1/Parkin介导的线粒体自噬改善肥胖相关巨噬细胞功能障碍和代谢性炎症 | 首次揭示RGS1在肥胖条件下脂肪组织巨噬细胞中显著上调,并阐明其通过抑制PINK1/Parkin介导的线粒体自噬驱动巨噬细胞功能紊乱和代谢性炎症 | 文章未明确提及局限性 | 研究RGS1在肥胖相关巨噬细胞功能障碍和代谢性炎症中的作用机制 | 脂肪组织巨噬细胞(ATM)、RAW264.7细胞、骨髓来源巨噬细胞(BMDM)、高脂饮食诱导的肥胖小鼠 | 机器学习、数字病理 | 肥胖相关代谢性炎症 | 单细胞RNA测序、转录组分析、免疫组化、免疫荧光、Western blot、qPCR、透射电镜、TMRE染色、活性氧检测、ATP检测、氧化磷酸化分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、图像(组织切片、电镜图像) | 整合公共人类和小鼠单细胞RNA测序数据;体内实验使用高脂饮食喂养的肥胖小鼠;体外实验使用RAW264.7细胞和BMDM | NA | 单细胞RNA测序、bulk转录组分析 | NA | NA |
| 738 | 2026-05-18 |
Age- and tissue-dependent diversity of human plasmacytoid dendritic cells uncovers a cycling subset dominant in early life and cancer
2026-May-12, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2026.04.003
PMID:42061412
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类浆细胞样树突状细胞(pDC)在不同年龄和组织中的转录状态,发现了一个在早期生命和癌症中占主导的循环亚群 | 首次揭示了pDC在发育阶段和组织背景下的转录异质性,鉴定出以前未描述的循环pDC亚群,该亚群在胎儿和婴儿淋巴组织中丰富,随着年龄增长减少,但在骨髓中终身保留,并与母细胞性浆细胞样树突状细胞肿瘤相关 | 研究样本主要来自胎儿、婴儿和儿童,成人样本仅包括骨髓,缺乏全面的成人组织比较 | 探索发育阶段和组织背景如何塑造人类pDC的转录状态 | 来自血液、胸腺、淋巴结和扁桃体的pDC,跨越胎儿、婴儿和儿童阶段,以及成人的骨髓 | 单细胞转录组学 | 母细胞性浆细胞样树突状细胞肿瘤 | RNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 多个样本,涵盖血液、胸腺、淋巴结、扁桃体和骨髓,来自胎儿、婴儿、儿童和成人 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 739 | 2026-05-18 |
Logistic regression for estimating functional effects with spatial transcriptomics
2026-May-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag466
PMID:42137981
|
研究论文 | 提出一种名为WSP(扭曲S型泊松过程混合效应)模型,用于在空间转录组学数据中进行假设检验,评估因素对基因空间分布功能参数的影响 | 首个无需复杂预处理即可直接检验空间转录组学中基因空间分布功能参数影响因素的统计工具,采用基于似然的回归方法,减少人工预处理误差 | 该方法仅适用于已对齐到感兴趣轴的数据,对空间坐标的插值依赖可能引入偏差 | 开发一种实用且统计严谨的框架,用于量化和检验转录组数据中空间变异的影响因素 | 小鼠体感皮层的MERFISH数据和小鼠肝小叶的批量测序数据(含外推空间坐标) | 机器学习 | 不适用 | 空间转录组学 | 扭曲S型泊松过程混合效应模型 | 基因表达数据(空间坐标) | 未明确样本数量,涉及小鼠体感皮层MERFISH数据和小鼠肝小叶数据 | NA | 空间转录组学, MERFISH | NA | MERFISH技术用于小鼠体感皮层数据 |
| 740 | 2026-05-18 |
scMarkerGene: an interpretable neural network framework for cell-type-specific marker gene discovery
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag223
PMID:42139163
|
研究论文 | 提出scMarkerGene,一个可解释的神经网络框架,用于从单细胞转录组数据中发现细胞类型特异性标记基因 | 构建贡献分数矩阵将神经网络预测转化为基因级别的重要性信号,并通过下游特异性过滤稳健捕获细胞类型区分特征 | 依赖高质量的单细胞转录组数据,可能对极低表达基因的识别存在局限 | 开发一种高效、准确且可解释的方法来识别细胞类型特异性标记基因 | 单细胞转录组数据中的基因表达模式和细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 可解释神经网络 | 基因表达数据 | 跨多个物种的scRNA-seq数据集、空间转录组数据和离散伪时间数据 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |