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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 641 | 2026-05-15 |
Tumor-immune-neural circuit disrupts energy homeostasis in cancer cachexia
2026-May-11, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2026.01.014
PMID:41687610
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研究论文 | 本文揭示了一种由肿瘤-免疫-神经回路驱动的癌症恶病质和厌食症的机制,核心因子为生长分化因子15(GDF15) | 首次发现肿瘤、巨噬细胞和神经通路之间的非细胞自主性前馈回路导致能量稳态失衡,并验证了靶向GDF15、CSF1R或RET的治疗潜力 | 未明确GDF15在中枢神经系统的具体受体及下游β-肾上腺素信号放大恶病质的确切分子路径 | 阐明癌症恶病质和厌食症的潜在机制,并探索新的治疗靶点 | 小鼠胰腺癌、肺癌和皮肤癌模型中的肿瘤-免疫-神经相互作用 | 机器学习 | 癌症恶病质 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 采用基因工程小鼠模型,涉及胰腺癌、肺癌和皮肤癌模型,具体样本量未详述 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 642 | 2026-05-15 |
Endocrine therapy reprogramming of breast cancer facilitates metastatic escape via upregulation of P-Rex1/Rac1 signalling
2026-05-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70683-x
PMID:42115169
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研究论文 | 本研究揭示内分泌治疗通过上调P-Rex1/Rac1信号通路促进乳腺癌转移逃逸的机制 | 首次发现内分泌治疗可重编程乳腺癌细胞,通过上调P-Rex1/Rac1信号轴促进晚期复发转移,并提出该通路作为潜在治疗靶点 | NA | 探究内分泌治疗后乳腺癌晚期复发的分子机制 | 雌激素受体阳性乳腺癌细胞及患者样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、活体成像 | NA | 基因表达数据、影像数据 | 临床队列样本及患者来源异种移植模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 转录组测序 |
| 643 | 2026-05-15 |
A D-dimer and ADAMTS8 based multi-marker score for the diagnosis of acute aortic dissection
2026-05-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-51121-w
PMID:42098242
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学筛选和血浆蛋白验证,开发了一种基于D-二聚体和ADAMTS8的多标志物评分,用于急性主动脉夹层的诊断 | 首次利用空间转录组学技术筛选急性主动脉夹层相关基因,并构建了整合D-二聚体、ADAMTS8、身高、收缩压和年龄的多标志物诊断评分,实现了高灵敏度和特异性 | 样本量相对有限,独立验证集的代表性可能不足,评分在真实临床环境中的普适性需进一步验证 | 探索用于优化急性主动脉夹层诊断的生物标志物 | 急性主动脉夹层患者及对照人群的血浆样本和主动脉组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、血浆蛋白水平数据 | 302名参与者(173例急性主动脉夹层病例,129例对照) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 644 | 2026-05-15 |
Dynamic responses of cancer-associated fibroblasts to therapy in primary liver cancer
2026-May-05, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218566
PMID:42097494
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综述 | 该综述全面总结了原发性肝癌中肿瘤相关成纤维细胞(CAF)的异质性、功能多样性及治疗反应中的动态变化 | 从空间分布和治疗响应角度系统整合CAF亚型在肝细胞癌和肝内胆管癌中的标记物与功能,并动态描绘化疗和免疫治疗下CAF亚型的变化及其对预后的影响 | CAF亚型鉴定缺乏统一标记物,且治疗诱导的可塑性机制尚不明确 | 概述原发性肝癌中CAF亚型在治疗(化疗、免疫治疗)中的动态响应及其对治疗结局的影响 | 原发性肝癌(肝细胞癌和肝内胆管癌)中的肿瘤相关成纤维细胞(CAF) | 生物信息学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间多组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium 单细胞3'测序、10x Visium空间转录组学 |
| 645 | 2026-05-15 |
Nested co-expression network analysis identifies compact gene clusters in a black box
2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag167
PMID:41934621
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研究论文 | 提出Nested-WGCNA算法,用于识别粗粒度和细粒度基因模块,并在免疫治疗响应数据中揭示预测和预后生物标志物 | 通过两阶段无监督网络分析算法,首次实现了在转录组数据中同时识别广域和嵌套的基因模块,能够捕捉到传统方法遗漏的、对应于特化细胞类型亚过程的紧凑基因集 | NA | 开发一种能够同时识别广域和嵌套基因模块的数字分析方法,以揭示生物系统中的功能异质性 | 基因共表达网络及免疫治疗响应数据集 | 机器学习 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | Nested-WGCNA | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, scRNA-seq | NA | NA |
| 646 | 2026-05-15 |
Belimumab modulates type I interferon signalling in the treatment of systemic lupus erythematosus
2026-05, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/03t59o
PMID:41328601
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研究论文 | 贝利木单抗通过调节I型干扰素信号通路治疗系统性红斑狼疮的免疫图谱变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示贝利木单抗对SLE患者免疫图谱的调控机制,特别是对IFN刺激基因活性和特定免疫细胞亚群的抑制作用 | 样本量较小(仅6名患者),且对照组仅接受常规治疗,可能存在混杂因素影响结果解释 | 研究贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者免疫细胞图谱的影响及其作用机制 | 6名活动性系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学, 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6名患者(3名接受贝利木单抗联合常规治疗,3名仅接受常规治疗) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 647 | 2026-05-15 |
GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2026-May, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202600006
PMID:41947710
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research paper | 提出一种名为GatorST的对比元学习框架,用于空间转录组数据分析,通过整合局部邻域和全局组织上下文生成空间信息表示 | 将图建模与元学习策略相结合,通过双跳子图捕捉细粒度空间上下文,并利用聚类产生伪标签进行弱监督学习,采用情景训练方法增强模型泛化能力 | 未提及具体局限性,但从方法描述看可能依赖邻域图构建的准确性,且伪标签质量可能影响弱监督学习效果 | 开发一种能够有效整合局部和全局空间信息,稳健生成空间转录组数据表示的通用框架 | 空间转录组数据中的基因表达谱及其空间背景信息 | machine learning | NA | 空间转录组学 | 对比学习,元学习,图神经网络 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 648 | 2026-05-15 |
A single-cell atlas of Toxoplasma sexual development in the feline intestinal tract
2026-May, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-026-02294-7
PMID:42020723
|
研究论文 | 对弓形虫在猫肠道内进行有性发育的单细胞图谱分析 | 首次通过单细胞转录组学解析弓形虫在猫肠道中的有性发育基因调控网络,并鉴定出AP2X6为大配子体发育的调控因子 | 数据主要来源于猫肠道样本,可能无法完全反映体外培养条件下的发育过程 | 探究弓形虫在猫肠道中的有性发育基因调控网络 | 从猫肠道中分离的弓形虫细胞 | 数字病理学 | 弓形虫病 | 单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9 Perturb-seq | NA | 基因表达数据 | 2次实验中采集15,068个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 649 | 2026-05-15 |
Unravelling bacterial complexity at high resolution with single-cell transcriptomics
2026-May, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-026-02333-3
PMID:42067624
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综述 | 综述细菌单细胞转录组学的高分辨率研究方法及其在理解细菌异质性、生理、代谢、抗生素耐药、致病性和微生物群落相互作用中的应用 | 系统梳理了细菌单细胞RNA测序的最新进展,包括开发的方法和从应用中获得的见解,强调该领域如何革新对细菌生理学、感染生物学和微生物群落相互作用的认知 | 讨论了技术上和计算上的挑战、标准化的必要性及实现方式 | 总结细菌单细胞RNA测序的最新进展和应用,展望未来发展 | 细菌单细胞转录组学研究 | 机器学习 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 650 | 2026-05-15 |
PEDF Prevents Corneal Endothelial Dysfunction of Fuchs Endothelial Corneal Dystrophy
2026-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.5.2
PMID:42080792
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研究论文 | 探索色素上皮衍生因子对Fuchs内皮角膜营养不良角膜内皮的保护作用 | 首次发现PEDF能通过抑制p53、TGF-β和Hippo信号通路预防FECD角膜内皮功能障碍 | 仅限于小鼠模型和体外细胞实验,缺乏人体临床试验数据 | 研究PEDF对FECD角膜内皮的保护机制 | FECD患者房水、人角膜内皮细胞、UVA诱导的FECD小鼠模型 | 机器学习 | Fuchs内皮角膜营养不良 | 酶联免疫吸附测定、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、RNA测序、定量PCR、自动化简单Western分析 | NA | 图像、文本、数值 | FECD患者房水样本、培养的人角膜内皮细胞、UVA诱导的FECD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | NA |
| 651 | 2026-05-15 |
Suboptimal Responses to Anti-VEGF in Retinal Neurovascular Diseases: Linking Aging and Alternative Angioinflammatory Pathways
2026-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.5.4
PMID:42080790
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研究论文 | 采用系统生物学框架揭示视网膜神经血管疾病中抗VEGF治疗反应不佳的机制,关注衰老与替代性血管生成炎症通路 | 整合多组学数据集、网络机器学习与疾病特异性通路映射,识别了EGFR、HSP90AA1、SIRT1和STAT3作为中心耐药枢纽,并发现21条保守核心信号级联 | 结果需在疾病相关模型中进行验证 | 阐明抗VEGF治疗失败和疾病进展的共同机制 | 糖尿病视网膜病变、年龄相关性黄斑变性、视网膜色素变性、青光眼及衰老相关的眼部疾病 | 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序 | 网络机器学习 | 多组学数据 | 14个核心基因 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | AMD-RPE簇单细胞RNA测序 |
| 652 | 2026-05-15 |
MXRA5 is identified and validated as a key gene related to epithelial-mesenchymal transition in rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes
2026-05, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/dt5mf6
PMID:41105461
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研究论文 | 通过单细胞分析及机器学习方法识别并验证MXRA5为类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞中与上皮-间质转化相关的关键基因 | 首次结合单细胞分析及五种机器学习算法(XGBoost、Boruta、随机森林、LASSO、SVM-RFE)筛选出RA滑膜细胞中与EMT相关的关键基因MXRA5,并通过功能实验验证其作用 | 未提及具体局限性信息 | 利用单细胞分析及机器学习方法识别RA滑膜细胞中与EMT相关的重要基因并进行功能验证 | 类风湿关节炎患者的滑膜细胞,特别是成纤维样滑膜细胞 | 机器学习 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | XGBoost,Boruta,随机森林,LASSO,SVM-RFE | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 653 | 2026-05-15 |
Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus infection of the male reproductive tract induces pathology and inflammation
2026-May, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-026-02298-3
PMID:41882300
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研究论文 | 研究发现严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)感染雄性生殖道,导致病理变化和炎症反应 | 首次揭示SFTSV对雄性生殖器官的广泛趋向性,发现病毒引起睾丸间质细胞凋亡、焦亡和炎症,破坏睾酮生成,并鉴定出CCR2和SPP1巨噬细胞表达的S100A4蛋白是附睾过度炎症和纤维化的关键驱动因子 | 未提及具体局限性 | 探究SFTSV是否感染雄性生殖道及其对生殖健康的影响 | 小鼠模型及感染患者(男性) | 数字病理学 | 发热伴血小板减少综合征 | single-cell RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠和感染患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chrome单细胞基因表达分析 |
| 654 | 2026-05-12 |
Dynamics of severity-associated immune remodeling by granulocytes and macrophages in acute lung injury
2026-May-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115816
PMID:42111184
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 655 | 2026-05-12 |
iS2C2: a cointelligent platform for mechanistic discovery of disease cellular crosstalk
2026-May-11, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-026-02691-8
PMID:42108258
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研究论文 | iS2C2是一个结合数学算法与大语言模型的协同智能平台,用于从单细胞和空间转录组数据中自动生成疾病细胞互作的生物学假设 | 首次将严格数学计算算法与大语言模型上下文推理能力协同整合,实现了从多模态组学数据到生物学假设的完全自动化解读,无需人工专家干预 | 对大规模组学数据的直接解读能力受限,依赖算法与LLM的整合来提取可解释的生物学意义 | 建立全自动且可解释的生物学发现平台,用于揭示疾病微环境中细胞间信号通路的机制 | 阿尔茨海默病和癌症数据集中的细胞间通讯 | 机器学习 | 阿尔茨海默病, 癌症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 大语言模型(LLM) | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 656 | 2026-05-12 |
Combining Spatial Multi-Omics Data to Decipher Spatial Domains and Elucidate Cell Heterogeneity Based on Self-Supervised Graph Learning
2026-May-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.75533
PMID:42109219
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研究论文 | 提出SOTMGF,一种自监督多视图图融合框架,用于整合空间多组学数据以识别空间域和分析细胞异质性 | 首次在统一框架中联合分析空间转录组学和空间蛋白质组学数据,通过自训练和图表征迭代优化,并计算生成空间ATAC-seq数据以重建空间伪表达并识别暗基因/蛋白 | NA | 改进空间多组学数据整合方法,提升空间域识别和数据去噪能力,促进分子调控机制和治疗靶点发现 | 空间多组学数据(空间转录组学、空间蛋白质组学、空间ATAC-seq) | 机器学习 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学、空间ATAC-seq | 图神经网络、自监督学习 | 多模态空间数据(分子表达、空间位置、微环境、分子关联) | NA | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学、空间ATAC-seq | NA | NA |
| 657 | 2026-05-12 |
Correction to: Spatial transcriptomics in the human adult ovary: insights into key signalling pathways during follicular atresia
2026-May-11, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deag080
PMID:42112982
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 658 | 2026-05-12 |
Molecular mechanisms linking cadmium chloride exposure to ankylosing spondylitis: an integrative network-based study
2026-May-11, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05394-7
PMID:42113191
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研究论文 | 采用网络毒理学框架,整合多机器学习和单细胞转录组分析,揭示氯化镉暴露与强直性脊柱炎之间的分子机制 | 首次通过网络毒理学结合多种机器学习算法(LASSO、SVM、随机森林和XGBoost)鉴定氯化镉暴露与强直性脊柱炎的核心共靶基因,并利用孟德尔随机化和单细胞RNA-seq虚拟敲除验证ETFA的因果作用 | 研究基于公开数据库和计算分析,缺乏大规模的队列验证和深入的体内实验验证 | 阐明氯化镉慢性暴露通过免疫调控异常参与强直性脊柱炎发病的分子机制 | 氯化镉暴露相关的毒理学靶点与强直性脊柱炎患者差异表达基因的交集基因 | 机器学习 | 强直性脊柱炎 | NGS, RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO, SVM, 随机森林, XGBoost | 基因表达数据 | GSE73754数据集(AS相关DEGs)、GSE194315数据集(单细胞RNA-seq) | NA | NA | NA | NA |
| 659 | 2026-05-12 |
Identification of ATF3 as a Potential Key Biomarker for Hypertensive Nephropathy via Single-Cell Transcriptome Sequencing
2026-May-11, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-026-02515-5
PMID:42113322
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序鉴定ATF3作为高血压肾病的关键生物标志物 | 首次利用单细胞RNA测序整合分析,鉴定出ATF3作为高血压肾病的潜在关键生物标志物,并揭示其通过FOSB调控氧化应激信号通路的机制 | 未在更大规模临床样本中验证ATF3的诊断价值,且机制研究主要基于体内外模型,需进一步在人体中验证 | 寻找高血压肾病的早期诊断生物标志物并阐明其分子病理机制 | 高血压肾病患者及健康对照的肾组织样本 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | 高血压肾病患者和健康对照的肾组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 660 | 2026-05-12 |
STAID: A Self-Refining Deep Learning Framework for Spatial Cell-Type Deconvolution with Biologically Informed Modeling
2026-May-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.75607
PMID:42107049
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研究论文 | 提出STAID框架,通过迭代伪点优化与图信号处理,实现空间转录组数据中细胞类型组成的精确去卷积 | 将伪点生成与深度学习训练结合形成自强化循环,并利用图信号处理捕捉基因间高阶关系,显著提升空间细胞类型去卷积准确性 | 未明确说明局限性(但作为新方法可能依赖参考数据质量和计算资源需求较高) | 开发空间转录组数据中高分辨率细胞类型去卷积方法 | 空间转录组数据中的组织切片和细胞类型组成 | 机器学习, 数字病理学 | 乳腺癌, 克罗恩病 | 空间转录组学 | 深度学习框架(含图信号处理组件) | 空间转录组数据 | 包含乳腺癌临床切片、人类胚胎肢体数据集和克罗恩病样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |