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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2026-06-02 |
Integrating bulk and single-cell sequencing reveals cellular heterogeneity between lung adenocarcinoma in smokers and never-smokers
2026-May-21, Journal of biomedical research
IF:2.2Q3
DOI:10.7555/JBR.39.20250160
PMID:40878768
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研究论文 | 整合单细胞和批量测序揭示吸烟与非吸烟肺腺癌患者的细胞异质性 | 首次通过整合单细胞RNA测序和批量测序数据,系统揭示了吸烟与非吸烟肺腺癌患者在细胞亚群、肿瘤微环境和免疫逃逸机制上的差异,并识别出潜在免疫治疗靶点 | NA | 探究吸烟与非吸烟肺腺癌患者的细胞异质性及其在肿瘤发展和免疫治疗中的差异 | 吸烟与非吸烟肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 422 | 2026-06-02 |
Scalable genotyping in fixed transcriptomes resolves clonal heterogeneity via single-cell sequencing
2026-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.11.717967
PMID:41993258
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研究论文 | 提出GIFT技术,用于在固定转录组中同时检测大量靶向遗传变异和全转录组图谱,实现单细胞水平的克隆异质性分析 | 创新性地设计了一种基于相邻ssDNA探针的间隙填充反应,通过条码化天然转录序列实现高特异性靶向突变检测,并可在福尔马林固定石蜡包埋组织中进行克隆谱系追踪 | 未提及具体局限性 | 开发一种可扩展的基因分型方法,用于在单细胞水平同时解析转录状态和体细胞突变,以研究克隆异质性 | 来自35名骨髓增殖性肿瘤(MPN)供体的超过70万个人类细胞 | 单细胞基因组学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA测序、靶向突变检测 | NA | 单细胞转录组数据、突变数据 | 超过70万个来自35名MPN供体的细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 423 | 2026-06-02 |
Myeloid compartment reprogramming through nanoparticle-delivered resiquimod blocks paracrine growth support and activates phagocytosis to slow tumor progression in endogenous mouse medulloblastoma and diffuse midline glioma models
2026-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.07.714454
PMID:41993485
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研究论文 | 通过纳米颗粒递送的瑞西奎莫德(ResiPOx)重新编程髓系区室,阻断旁分泌生长支持并激活吞噬作用,从而在小鼠髓母细胞瘤和弥漫性中线胶质瘤模型中减缓肿瘤进展 | 首次利用脑渗透性聚噁唑啉纳米颗粒制剂ResiPOx靶向TAMs的TLR7/8受体,逆转其促肿瘤表型,并在非人灵长类中验证了转化潜力 | NA | 研究通过刺激TAMs病原体受体以逆转肿瘤支持性表型的潜力,评估ResiPOx的抗肿瘤疗效和免疫重塑机制 | 肿瘤相关髓系细胞(TAMs)、小鼠髓母细胞瘤和弥漫性中线胶质瘤模型、恒河猴 | 机器学习 | 髓母细胞瘤, 弥漫性中线胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠髓母细胞瘤和弥漫性中线胶质瘤模型样本、恒河猴脑组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于scRNA-seq分析 |
| 424 | 2026-06-02 |
A diagnostic plasma omics-biomarker for Alzheimer's disease informed by microglial single-cell transcriptomics: A pilot study
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.30.721959
PMID:42146366
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研究论文 | 基于小胶质细胞单细胞转录组学数据开发阿尔茨海默病血浆组学生物标志物的初步研究 | 利用单细胞核RNA测序数据中的小胶质细胞基因表达,通过多种统计方法筛选基因面板,并结合图基映射方法将基因面板从脑组织转录组转移到血液单核细胞转录组,创新性地建立了从早期阶段诊断阿尔茨海默病的血浆组学生物标志物框架 | 300基因面板在预测认知正常患者时准确性较低(53%),且整体AUC值仅为0.7,表明诊断性能仍有提升空间 | 开发基于组学信息的血液诊断生物标志物,用于阿尔茨海默病的早期诊断 | 小胶质细胞(来自单细胞核RNA测序数据)和血液单核细胞(来自活体受试者) | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞核RNA测序,RNA测序 | 图基映射方法,最优传输统计 | 转录组数据 | NA(摘要未明确样本数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 425 | 2026-06-02 |
T-cell distribution in the dorsal root ganglion across species, sex, and age
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.30.722027
PMID:42146464
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研究论文 | 通过比较生物学方法,研究T细胞在哺乳动物背根神经节中的分布,涵盖人类、非人灵长类、猪和啮齿类,并分析性别和年龄的影响 | 首次系统比较多个物种间背根神经节T细胞的分布差异,并揭示人类绝经前女性T细胞增多现象及Trm表型 | 未深入探讨DRG驻留T细胞的功能机制及物种差异的进化原因 | 阐明不同物种、性别和年龄下背根神经节T细胞的分布特征及其进化意义 | 人类、非人灵长类、猪、大鼠和小鼠的背根神经节组织 | 数字病理学 | 神经病理性疼痛 | 空间转录组学、免疫荧光 | NA | 空间转录组数据、免疫荧光图像 | 人类样本包括不同性别和年龄组,非人灵长类、猪、大鼠和小鼠各物种样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台用于人类DRG组织分析 |
| 426 | 2026-06-02 |
Cross-assay RNA modeling reveals cancer biomarkers
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.30.722009
PMID:42146664
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研究论文 | 跨平台RNA数据分析揭示了癌症生物标志物 | 系统评估了四种转录组学平台(bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、NanoString和微阵列)的整合方法,提出了结合RNA-seq和NanoString的预测模型,并验证了外部微阵列队列 | 微阵列和单细胞RNA-seq数据存在系统性偏差,仅靠基因表达倍数变化无法完全消除平台特异性偏差 | 研究如何整合不同转录组学平台的数据以改进癌症预测建模 | 高级别浆液性癌(HGSC)肿瘤样本 | 机器学习 | 卵巢癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, NanoString, 微阵列 | 预测模型(未具体说明,如CNN等) | 基因表达数据(RNA) | 包含匹配新辅助化疗前后样本的HGSC患者队列 | Illumina, NanoString Technologies | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, NanoString, 微阵列 | Illumina NovaSeq, NanoString nCounter | 研究使用RNA-seq和NanoString平台对HGSC肿瘤样本进行联合分析 |
| 427 | 2026-06-02 |
Sinonasal biphasic seromucinous adenocarcinomas: a report of two morphologically distinct cases with multimodal omics characterization
2026-May-04, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-026-04562-7
PMID:42080922
|
研究论文 | 报告两例形态不同的双相型鼻窦浆液黏液腺癌,并通过多组学分析揭示其分子异质性 | 首次对双相型鼻窦腺癌进行多模态组学表征(包括空间转录组学),揭示肿瘤内和肿瘤间的转录组异质性 | 仅报告两例病例,样本量有限,无法全面代表该类肿瘤的遗传多样性 | 阐明双相型鼻窦浆液黏液腺癌的分子特征和生物学复杂性 | 两例双相型鼻窦腺癌(嗜酸性细胞型和基底样细胞型) | 数字病理学 | 鼻窦腺癌 | 空间转录组学, 多组学分析(如HRAS/AKT1突变检测和FGFR2::SORB3融合检测) | 不适用 | 转录组数据, 基因突变数据 | 2例患者肿瘤样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 空间转录组学平台用于分析肿瘤样本的转录组异质性 |
| 428 | 2026-06-02 |
Integration of Single-Cell and Spatial Transcriptomics With Experimental Validation Uncovers Macrophage Diversity and Spatial Landscape in Carotid Atherosclerosis
2026-05, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70105
PMID:42052790
|
研究论文 | 整合单细胞和空间转录组学与实验验证,揭示巨噬细胞多样性和空间景观在颈动脉粥样硬化中的作用 | 首次整合单细胞RNA测序、体外模型和空间转录组学,系统揭示颈动脉粥样硬化中巨噬细胞亚群的功能特征、分化轨迹及空间信号通路网络 | 未提及 | 研究颈动脉粥样硬化中巨噬细胞亚群的功能特征和调控机制 | 颈动脉粥样硬化组织中的巨噬细胞 | 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习, 数字病理学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, 空间转录组学, 体外模型 | NA | 单细胞转录组, 空间转录组, 体外实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 429 | 2026-06-02 |
Single-Cell Dissection of Malignant Cell Heterogeneity Reveals Functional Programs and Clinically Relevant Subtypes in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2026-05, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70104
PMID:42068156
|
研究论文 | 通过整合58例头颈部鳞状细胞癌患者的单细胞RNA测序数据,揭示恶性细胞异质性、功能程序及临床相关亚型 | 首次系统性解析HNSCC恶性细胞异质性,鉴定12个恶性细胞亚群及其分化状态、发育轨迹和空间定位,并通过hdWGCNA和NMF识别共表达基因模块和元程序,定义三种具有不同临床预后的分子亚型(MS-1/2/3),开发了能预测预后和免疫治疗反应的25基因恶性细胞评分(MCScore) | 基于公共数据整合,缺乏独立外部验证队列;单细胞数据可能遗漏稀有细胞亚群;细胞间相互作用分析基于配体-受体预测,需实验验证 | 解析HNSCC恶性细胞异质性,构建临床相关分子亚型,开发预后和免疫治疗预测标志物 | 58例HNSCC患者的181,003个恶性细胞 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | hdWGCNA, NMF | 单细胞转录组数据, bulk RNA-seq数据 | 58例HNSCC患者(181,003个细胞) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 430 | 2026-06-02 |
Single-cell RNAseq identifies persistent epithelial and immune dysfunction in PwCF by mitigating inter-individual sampling heterogeneity
2026-May, Journal of cystic fibrosis : official journal of the European Cystic Fibrosis Society
IF:5.4Q1
DOI:10.1016/j.jcf.2026.01.009
PMID:41807181
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析囊性纤维化患者鼻腔上皮的细胞类型特异性基因表达和免疫功能障碍 | 通过单细胞转录组学揭示囊性纤维化患者鼻腔上皮的细胞类型特异性差异表达基因,并发现伴侣蛋白表达下调在低CFTR表达细胞类型中的调节作用 | 样本量较小,仅9名患者和7名健康志愿者,且未涉及下气道直接比较 | 探究囊性纤维化患者鼻腔上皮组织的细胞类型异质性及其在疾病中的影响 | 囊性纤维化患者和健康志愿者的鼻腔刮取样本 | 单细胞转录组学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、批量RNA测序数据 | 9名囊性纤维化患者和7名健康志愿者的鼻腔刮取样本,其中5名患者和5名健康志愿者有配对批量RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 431 | 2026-05-31 |
A gene signature derived from leukemia associated macrophages provides a compelling risk stratification for human AML patients
2026-May-29, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-026-00944-w
PMID:42210435
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研究论文 | 本研究基于FGFR1驱动的小鼠白血病模型,鉴定出白血病相关巨噬细胞(LAMs)的32个基因特征,并将其应用于人类AML患者的风险分层 | 首次利用单细胞RNA测序分析白血病相关巨噬细胞,开发出32基因特征评分系统,并将其整合到现有的欧洲白血病网风险分组标准中,为AML风险分层提供了独立的预后价值 | 未提及 | 开发一个基于白血病相关巨噬细胞基因特征的评分系统,用于急性髓系白血病患者的风险分层 | FGFR1驱动的小鼠白血病模型和838名新诊断的AML患者(接受CALGB/Alliance治疗方案) | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 838名新诊断的AML患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 432 | 2026-05-31 |
Mesenchymal Stromal Cell-Mediated Intercellular Communication: Mapping the Interactome for Skeletal Muscle Homeostasis and Regeneration
2026-May-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507444
PMID:42210793
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研究论文 | 构建间充质基质细胞在骨骼肌稳态和再生过程中的相互作用图谱 | 采用系统生物学方法整合单细胞RNA测序图谱与先进计算分析,构建了全面的FAP相互作用组 | 未提及具体局限性 | 解析FAP在骨骼肌稳态和再生中的调控信号网络 | 骨骼肌中的纤维脂肪生成祖细胞(FAPs) | machine learning | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 433 | 2026-05-31 |
Single-cell analyses of tissue regeneration in two true jellyfish
2026-May-29, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msag128
PMID:42212572
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析两种真水母(亚洲月水母和火焰海蜇)在截肢后的钟状体组织重塑/再生过程,揭示了12个细胞类群及其标记基因和信号通路 | 首次通过单细胞RNA测序技术在两种真水母中系统描绘细胞类型图谱,鉴定出保守的转录因子和Wnt/β-catenin信号通路,并发现两种保守的序贯激活模式 | 研究侧重于基因表达层面的分析,未涉及蛋白质或代谢层面的验证;物种特异性基因的功能尚未通过实验验证 | 阐明真水母再生的分子机制和细胞类型动态变化,揭示物种特异性遗传网络的进化 | 亚洲月水母(Aurelia coerulea)和火焰海蜇(Rhopilema esculentum)的钟状体组织 | 单细胞生物学、进化发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两种水母物种的钟状体组织(具体样本量未在摘要中明确提及) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 434 | 2026-05-31 |
JUN Specifies the Local Differentiation and Maintenance of Pro-tumoral Monocyte-Derived Macrophages
2026-May-29, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3974
PMID:42212681
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研究论文 | 本文发现AP-1因子JUN在单核细胞来源巨噬细胞的分化和维持中起关键作用,并指定促肿瘤营养功能,为癌症选择性靶向治疗提供新机会 | 首次明确JUN在单核细胞来源巨噬细胞分化和维持中的特异性作用,并揭示其与免疫调节功能的独立性 | 未提及具体局限性 | 探究JUN在肿瘤相关巨噬细胞分化中的作用及促肿瘤功能的分子机制 | 肿瘤相关巨噬细胞(包括常驻组织巨噬细胞和单核细胞来源巨噬细胞) | 机器学习 | 癌症 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 435 | 2026-05-31 |
Early life nutritional imbalance impairs colonic epithelial regeneration through gut microbiota dysbiosis and metabolic suppression
2026-May-29, The ISME journal
DOI:10.1093/ismejo/wrag135
PMID:42213059
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研究论文 | 早期营养失衡通过肠道菌群失调和代谢抑制损害结肠上皮再生 | 首次揭示营养失衡通过肠道菌群-代谢-上皮干细胞信号轴损害宿主发育的机制,利用多组学整合分析连接菌群结构改变与宿主能量代谢及Wnt/β-catenin通路抑制 | 未明确提及具体局限性 | 探究早期生活营养失衡对结肠上皮再生的影响机制 | 小鼠模型中的结肠上皮细胞和肠道微生物群 | 机器学习 | 营养不良相关疾病 | 单细胞RNA测序、多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据、微生物组数据 | 小鼠模型(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 436 | 2026-05-31 |
HisCMCL: Cross-Modal Contrastive Learning with Hierarchical Multi-Scale Fusion for Spatial Expression Prediction
2026-May-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag342
PMID:42213081
|
研究论文 | 提出一种名为HisCMCL的多模态框架,通过层级多尺度融合与跨模态对比学习,从病理图像预测空间基因表达 | 首次融合层级多尺度特征与交叉注意力机制,结合空间位置信息和对比学习策略,实现微观细胞与宏观组织的跨样本共享特征提取与对齐 | NA | 解决空间转录组学数据成本高、操作复杂的问题,通过病理图像高效推断基因表达 | 四个公开数据集中的病理图像与空间转录组数据 | 计算机视觉 | 癌症 | 空间转录组学 | CNN,交叉注意力,对比学习 | 图像 | 四个公开数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 437 | 2026-05-31 |
Diving into the transcriptional landscape of leukemic stem cells in acute myeloid leukemia at single-cell resolution
2026-May-29, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-026-06500-1
PMID:42213171
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序和批量RNA测序研究急性髓系白血病中白血病干细胞群体的转录组学成果 | 强调单细胞分辨率下白血病干细胞的异质性和动态演化,揭示了其静止状态、细胞可塑性和代谢重编程等复杂特性 | 仍需建立白血病干细胞鉴定的标准化标准,且需要更多纵向研究以全面理解其在疾病进展和治疗耐药中的作用 | 总结转录组学技术在急性髓系白血病中研究白血病干细胞的进展和挑战 | 急性髓系白血病中的白血病干细胞 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 文本 | 27项研究 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 438 | 2026-05-31 |
Convergent immune dysregulation in sepsis and colorectal cancer highlights plasma cells and identifies shared candidate genes
2026-May-29, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05215-6
PMID:42213300
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研究论文 | 整合多队列脓毒症和结直肠癌的转录组数据,发现免疫失调的共同特征,并鉴定共享候选基因 | 首次系统揭示脓毒症与结直肠癌在免疫失调方面的趋同机制,并鉴定共享候选基因 | 研究依赖公共数据,缺乏独立验证队列;共享基因的功能验证尚不充分 | 探索脓毒症与结直肠癌共有的免疫调节机制 | 脓毒症和结直肠癌患者的组织与血液样本 | 机器学习 | 结直肠癌, 脓毒症 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多队列整合分析;独立外周血单细胞RNA测序队列包含结直肠癌3例和结直肠癌合并脓毒症3例 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 439 | 2026-05-31 |
First human decedent model of orthotopic multi-organ xenotransplantation: Whole liver and bilateral kidneys from a six-gene-edited pig
2026-May-29, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2026.101148
PMID:42214339
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研究论文 | 报告了从六基因编辑猪到人类尸体的原位联合全肝和双侧肾脏异种移植的首次模型 | 首次在人类尸体模型中实现了原位多器官(全肝和双侧肾脏)猪-人异种移植,并利用单细胞RNA测序、蛋白质组学和代谢组学系统分析了早期免疫和代谢特征 | 因使用人类尸体模型,无法完全模拟活体移植中的长期免疫排斥和生理反应 | 探索猪到人原位全肝加双侧肾脏异种移植的可行性并鉴定早期免疫和代谢特征 | 一名53岁人类尸体接受者和六基因编辑猪的全肝及双侧肾脏移植物 | 机器学... | 终末期器官衰竭 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | 1具人类尸体和1只猪 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 440 | 2026-05-31 |
Tracing cell lineages in the developing brain: Insights from mosaic analysis and clone-resolved transcriptomics
2026-May-29, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2026.102487
PMID:42214837
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综述 | 综述了结合分子条形码和单细胞RNA测序的克隆解析转录组学在大脑发育中的细胞谱系追踪进展,重点关注大脑皮层 | 揭示了发育大脑中意料之外的谱系关系,阐明了物种特异性发育程序在细胞类型多样性生成中的作用,并将克隆结构变化与皮层进化中的谱系多样化联系起来 | 未明确提及局限性 | 总结克隆解析转录组学在大脑发育细胞谱系追踪中的最新进展,特别是大脑皮层中新的谱系关系及物种特异性差异 | 大脑发育中的放射状胶质祖细胞及其产生的神经元和胶质细胞 | 机器学习 | NA | 分子条形码、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞RNA测序 |