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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2026-06-05 |
Single-fiber morphometry and spatial transcriptomics reveal selective oxidative muscle fiber atrophy in non-metastatic breast cancer
2026-May-20, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.05.11.26351978
PMID:42238445
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研究论文 | 通过单纤维形态测量和空间转录组学揭示非转移性乳腺癌中选择性氧化肌纤维萎缩 | 首次将空间转录组学应用于癌症患者骨骼肌研究,并建立了结合单纤维形态测量和空间转录组学的综合框架 | 信息未提供 | 探究非转移性乳腺癌相关骨骼肌病理变化及其在癌症相关疲劳中的作用 | 非转移性乳腺癌患者和健康对照者的胸大肌活检样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单纤维形态测量, 空间转录组学 | NA | 图像, 空间转录组数据 | 非转移性乳腺癌患者和健康对照者的胸大肌活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 382 | 2026-06-05 |
A harmonized single-cell RNA-seq atlas of human localized and metastatic prostate cancers and benign tissues
2026-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.18.725966
PMID:42239107
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 383 | 2026-06-05 |
Accelerated amyloid neurodegeneration in HIV-1-infected APP-KI Alzheimer's disease mice
2026-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.16.725620
PMID:42239074
|
研究论文 | 创建了一种新型APP敲入AD小鼠模型,研究HIV-1复制对阿尔茨海默病理的影响 | 首次构建了NOG/APP KM670,671NL /IL-34 (hNAIL)小鼠模型,允许同时研究HIV-1复制和AD病理 | 未明确提及 | 探究HIV-1感染与阿尔茨海默病病理之间的机制联系 | HIV-1感染的APP敲入阿尔茨海默病小鼠 | 机器学习 | 老年疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 4月龄CD34+人类细胞重建小鼠感染HIV-1 ADA毒株 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 384 | 2026-06-05 |
AKT3-Driven Epithelial-Mesenchymal Plasticity Governs Ovarian Metastasis in Colorectal Cancer via Tumor Microenvironment Remodeling
2026-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-1718
PMID:41662163
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和批量转录组分析,揭示AKT3驱动的上皮-间充质可塑性通过肿瘤微环境重塑调控结直肠癌卵巢转移的机制 | 首次鉴定AKT3+上皮间充质转化样细胞作为结直肠癌卵巢转移起始细胞,并揭示其与癌相关成纤维细胞的互作形成前馈环路驱动转移 | 未提及 | 阐明结直肠癌卵巢转移的生物学机制及潜在治疗靶点 | 结直肠癌卵巢转移患者的肿瘤样本、异种移植模型、患者来源类器官 | 机器学习 | 结直肠癌,卵巢转移 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,多重免疫荧光染色,异种移植模型,患者来源类器官 | NA | 单细胞RNA测序数据,批量转录组数据,多重免疫荧光图像 | 35名患者的155,163个单细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 385 | 2026-06-05 |
The modified Zuojin formula (SQQT) associates ILC2-linked JAK-2/STAT5/c-Myc cascade and gastric metaplasia regression
2026-May-10, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2026.121345
PMID:41663001
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研究论文 | 改良左金方通过ILC2介导的JAK-2/STAT5/c-Myc通路促进胃化生消退的机制研究 | 首次揭示了改良左金方通过调控ILC2激活及JAK-2/STAT5/c-Myc通路这一新机制来治疗胃化生 | 未明确说明研究局限性,可能包括样本量有限或动物模型与临床转化的差异 | 研究改良左金方在免疫微环境中对胃化生治疗的机制 | 胃化生患者及他莫昔芬诱导的胃化生小鼠模型 | 数字病理学 | 胃化生 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胃化生患者样本和小鼠模型,具体样本数未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 386 | 2026-06-05 |
Accurate classification of ependymomas and medulloblastomas using Raman spectroscopy and pilot transcriptomic profiling
2026-May-05, Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy
DOI:10.1016/j.saa.2026.127532
PMID:41653757
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研究论文 | 利用拉曼光谱和后颅窝室管膜瘤与髓母细胞瘤的转录组谱分析实现准确分类 | 首次将拉曼光谱与空间转录组学结合,用于区分后颅窝室管膜瘤和髓母细胞瘤,并在冷冻和FFPE标本中验证了分类模型的准确性 | 样本量较小(34份标本),患者级别的性能需在更大队列中验证,且为回顾性研究 | 评估拉曼光谱在区分后颅窝室管膜瘤和髓母细胞瘤中的准确性,并探索相关生化差异的生物学背景 | 后颅窝室管膜瘤和髓母细胞瘤的冷冻及FFPE组织标本 | 数字病理学 | 脑肿瘤(室管膜瘤和髓母细胞瘤) | 拉曼光谱,空间转录组学 | 主成分分析-支持向量机分类器 | 光谱数据,转录组数据 | 34份标本(21份冷冻,13份FFPE) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium In Situ v2 FFPE workflow | 10x Genomics Xenium In Situ v2 FFPE工作流程 |
| 387 | 2026-06-05 |
Deciphering the glioblastoma microenvironmental landscape with multi-modal radiogenomics to guide prognosis and personalized therapy
2026-May-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08226-7
PMID:42087207
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研究论文 | 通过多模态影像基因组学解析胶质母细胞瘤微环境特征,以指导预后和个性化治疗 | 首次结合MRI影像组学特征与单细胞转录组数据建立非侵入性框架,揭示胶质母细胞瘤的异质性和微环境结构,并利用计算药物筛选识别与特定影像组学特征相关的高风险表达模式的可逆靶向药物 | 未明确提及,但可能包括样本量有限、影像组学特征的临床验证不足以及单细胞数据的整合方法依赖性 | 建立非侵入性框架以表征胶质母细胞瘤的异质性,桥接影像组学特征与肿瘤微环境结构,并识别个性化治疗的新型可药物靶点 | 胶质母细胞瘤患者的MRI影像数据、单细胞转录组数据以及药物敏感性数据 | 医学影像与计算生物学 | 胶质母细胞瘤 | MRI影像组学、单细胞RNA测序 | 排名计算方法用于评估单细胞水平的基因集活性 | 图像(MRI)和基因表达数据(scRNA-seq) | 未明确数量,但包括了来自公共数据集的影像组学数据和单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 388 | 2026-06-05 |
spatiAlytica: Viewer-Grounded Multimodal Agentic System for Interactive Spatial Omics Analysis
2026-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.29.721735
PMID:42146494
|
研究论文 | 提出一个嵌入Napari查看器的多模态交互式智能系统spatiAlytica,使无编程背景的生物学家可通过自然语言进行迭代、假设驱动的空间组学分析 | 首个将查看器状态序列化、智能体记忆、生物概念至数据字段映射、代码生成与调试、空间视觉问答及有依据解释相结合的查看器中心化多模态交互系统 | 未提及具体局限性 | 为无编程背景的生物学家提供可通过自然语言进行空间组学分析的交互式工具 | 空间转录组学和蛋白质组学数据 | 数字病理学 | 卡波西肉瘤, 结直肠癌, 卵巢癌 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | 多模态智能体系统 | 空间组学数据, 图像 | 222个单轮空间分析编码问题, 178个多轮序列工作流问题, 7350个图像基础推理问题 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 389 | 2026-06-05 |
Integrating Spatial Proteogenomics in Cancer Research
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202520744
PMID:41655216
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综述 | 系统回顾空间蛋白质基因组学在肿瘤研究中的发展,从单模态分析到多模态整合,以及从传统机器学习到人工智能驱动分析框架的演进 | 系统性梳理了空间蛋白质基因组学从单模态到多模态整合的演进脉络,涵盖RNA-蛋白共定位、空间蛋白质组+代谢组联合分析、深度视觉蛋白质组学及多模态基础AI模型等前沿技术 | 面临分辨率、标准化和数据复杂性等挑战,同时需要量子计算、活体成像和类器官整合等前沿技术的进一步突破 | 总结空间蛋白质基因组学在肿瘤研究中的应用进展和未来方向 | 肿瘤微环境中的蛋白质、RNA、代谢物等多模态分子信息 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间蛋白质基因组学, 空间转录组学, 空间代谢组学, MALDI成像, 质谱成像 | KRONOS, HEIST,多模态基础AI模型 | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据, 空间代谢组数据 | 不适用 | 不适用 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 空间代谢组学, 单细胞多组学 | 不适用 | 空间CITE-seq、NanoPOTS、PiMS等技术平台的具体配置信息未提供 |
| 390 | 2026-06-05 |
PFKFB3 nuclear translocation improves diabetic retinopathy by attenuating endothelial cell senescence through inhibition of USP7-p53 axis
2026-May, Metabolism: clinical and experimental
DOI:10.1016/j.metabol.2026.156553
PMID:41655956
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研究论文 | 本文发现PFKFB3核转位通过抑制USP7-p53轴减少内皮细胞衰老,从而改善糖尿病视网膜病变 | 首次揭示PFKFB3核定位在抑制糖尿病内皮细胞衰老中的关键作用,并阐明其通过调控USP7-p53轴的分子机制 | 研究未涉及体内长期治疗效果评估及潜在副作用分析 | 探究PFKFB3核转位在糖尿病视网膜病变中调控内皮细胞衰老的分子机制 | 糖尿病视网膜病变小鼠模型及体外培养的人视网膜内皮细胞 | 机器学习 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序,免疫共沉淀,质谱分析,Western blotting,衰老相关β-半乳糖苷酶染色,免疫荧光,细胞周期流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠视网膜样本(未具体说明数量)及体外培养的内皮细胞系 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'端测序平台 |
| 391 | 2026-06-05 |
Sustainable Cultivation of Rare and Endangered Medicinal Plant Multicellular Spheroids Producing Bioactive Therapeutics for Alcohol-Related Liver Disease Therapy
2026-May, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202504623
PMID:41668397
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研究论文 | 利用稀有濒危药用植物多细胞球体可持续生产生物活性代谢物,用于酒精性肝病治疗 | 开发了基于多细胞球体的药用植物细胞培养策略,可持续高效生产生物活性代谢物,并结合单细胞转录组学、代谢组学和网络药理学揭示其治疗酒精性肝病的机制 | 未提及具体的局限性 | 建立稀有濒危药用植物生物活性代谢物的可持续生产方式,并评估其对酒精性肝病的治疗潜力 | 雪莲(Saussurea involucrata)多细胞球体及其衍生的次级代谢产物 | 机器学习 | 酒精性肝病 | 单细胞转录组学、超高效液相色谱-串联质谱、网络药理学 | NA | 转录组数据、代谢组数据 | 体外细胞实验和小鼠模型实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 392 | 2026-06-05 |
Developmental neurotoxicity of thyroid hormone system-disrupting chemicals: a systems-level exploration using multi-omics approach
2026-May, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-026-04303-4
PMID:41654649
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研究论文 | 基于多组学方法系统探索甲状腺激素系统干扰化学物质对大脑发育的神经毒性机制 | 首次结合蛋白质组学、代谢组学和空间转录组学多组学整合分析,揭示不同作用模式的甲状腺激素干扰物在大脑中引起趋同的分子扰动,并展示多组学在预测性风险评估中的高灵敏度和潜力 | 主要关注大鼠模型,未在人体中验证;PCN暴露组的毒性效应不明显,可能限制对实际健康风险的推断 | 阐明甲状腺激素系统干扰化学物质如何通过干扰特定分子靶标影响母体甲状腺激素稳态和后代大脑发育 | 妊娠大鼠及其子代,涉及甲状腺、肝脏和脑等靶器官 | 机器学习和多组学整合分析 | 神经发育毒性 | 蛋白质组学、代谢组学、空间转录组学 | NA | 蛋白质组、代谢组、空间转录组数据 | 暴露于PTU和PCN的妊娠大鼠及其子代,具体样本数量未提及 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 393 | 2026-06-05 |
Multi-omic characterization of nasopharyngeal carcinoma delineates the subtype-specific landscape of response to induction chemotherapy
2026-May, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-026-01149-8
PMID:41986499
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研究论文 | 通过多组学分析,描绘鼻咽癌对诱导化疗反应亚型特异性景观 | 首次整合蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、基因组学和转录组学,在240名患者中鉴定出三个对诱导化疗具有不同治疗反应的蛋白质组亚型,并验证了IgA浆细胞浸润作为GP-IC耐药和抗PD-1治疗获益的预测标志 | 具体局限性未在摘要中提及 | 探究鼻咽癌对吉西他滨和顺铂诱导化疗的预测标志物及亚型特异性反应景观 | 240名接受GP-IC或CCRT治疗的鼻咽癌患者 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 蛋白质组学, 磷酸化蛋白质组学, 基因组学, 转录组学, 单细胞RNA测序, 空间分析 | NA | 蛋白质组数据, 磷酸化蛋白质组数据, 基因组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 空间数据 | 240名患者(三个阶段临床试验和空间分析验证) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 394 | 2026-06-05 |
Tetrameric STAT5 regulates the formation of immune niche cells to protect stem cell regenerative repair against mucosal inflammation
2026-May, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01716-0
PMID:42062572
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research paper | 研究四聚体STAT5如何通过调控免疫微环境细胞保护肠道干细胞在黏膜炎症中的再生修复 | 首次揭示了四聚体STAT5抑制隐窝T细胞生态位形成的作用机制,并发现干扰STAT5四聚体可促进TCRγδ细胞扩增,从而增强肠道干细胞再生修复 | 研究主要基于小鼠模型和类器官,尚需在人体中进一步验证;STAT5四聚体对T细胞迁移的具体分子机制仍需深入探索 | 探究四聚体STAT5在肠道炎症中调控干细胞再生修复的机制 | 肠道干细胞、隐窝T细胞、TCRγδ细胞 | machine learning | inflammatory bowel disease | scRNA-seq, ChIP-seq | NA | single-cell RNA-seq data | 人类IBD样本、STAT5超活性和四聚体缺陷小鼠、类器官 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | NA |
| 395 | 2026-06-05 |
Interpretable MRI-based Multiparametric Radiomics for Preoperative Prediction of CMS4 Colorectal Cancer
2026-May, Radiology
IF:12.1Q1
DOI:10.1148/radiol.251719
PMID:42153825
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研究论文 | 基于MRI的放射组学机器学习模型用于术前预测结直肠癌CMS4亚型,并探索其生物学可解释性 | 首次将放射组学特征与转录组分析结合,开发了可解释的MRI多参数放射组学模型(MRC4s)用于预测结直肠癌CMS4亚型,性能优于深度学习方法,并揭示了与TGF-β和上皮-间质转化通路的关联 | 样本量有限(253例),为回顾性研究,模型在不同数据集上的泛化性需进一步验证 | 评估基于放射组学的机器学习方法能否预测结直肠癌CMS4状态,并探索放射组学特征的生物学相关性和可解释性 | 结直肠癌患者,共253例(中位年龄63岁,163名男性) | 机器学习 | 结直肠癌 | MRI成像 | 机器学习放射组学模型(MRC4s)及深度学习模型(ResNet50、VGG16、DenseNet201) | 图像数据(MRI)和转录组数据(批量RNA-seq和单细胞RNA-seq) | 253例结直肠癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 396 | 2026-06-04 |
Mechanisms, precision therapies, and technological frontiers in coronary atherosclerosis: a comprehensive review
2026-May, Acta pharmacologica Sinica
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41401-025-01729-x
PMID:41593207
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综述 | 全面综述冠状动脉粥样硬化的分子机制、精准治疗策略及前沿技术进展 | 系统整合了单细胞转录组学、多基因风险评分和人工智能斑块分析等前沿技术,并探讨了CRISPR-Cas9基因编辑、纳米药物递送和肠道菌群调节等新型治疗手段 | 技术可及性、健康公平性和临床实施方面仍存在挑战 | 综述冠状动脉粥样硬化的疾病机制及新兴治疗策略 | 冠状动脉粥样硬化患者及疾病模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 397 | 2026-06-03 |
CA9 targets ITGB1 to accelerate the progression of colorectal cancer by promoting the neutrophil extracellular traps formation
2026-May-31, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08366-w
PMID:42226243
|
研究论文 | 本文揭示了碳酸酐酶IX(CA9)通过促进中性粒细胞胞外陷阱形成来加速结直肠癌进展的机制 | 首次揭示CA9通过结合ITGB1激活NF-κB通路,上调CXCL8分泌,进而促进中性粒细胞胞外陷阱形成的新机制 | 该研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚需更多临床样本验证 | 阐明CA9在结直肠癌免疫微环境中的作用机制,探索新的治疗靶点 | 结直肠癌细胞及肿瘤组织中的中性粒细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光, 分子对接, 免疫共沉淀, 细胞因子阵列 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 结直肠癌患者血清样本(对照非癌症样本),结直肠癌小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序系统用于公共单细胞RNA-seq数据分析 |
| 398 | 2026-06-03 |
Multi-ancestry transcriptome-wide association studies uncover insights into breast cancer genetics and biology
2026-May-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73801-x
PMID:42218145
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研究论文 | 通过多祖先转录组全关联研究揭示乳腺癌遗传与生物学新见解 | 首次利用多祖先数据构建基因表达、可变剪接和3'UTR可变多聚腺苷酸化的遗传预测模型,识别出103个此前未报道的乳腺癌易感基因 | 仅使用正常女性组织样本构建模型,可能无法完全代表肿瘤微环境中的基因调控模式 | 识别乳腺癌易感基因并阐明其遗传与生物学机制 | 正常女性乳腺组织样本及乳腺癌病例-对照样本 | 自然语言处理 | 乳腺癌 | 转录组全关联研究 | NA | 基因组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 652个正常女性组织样本(模型构建);178,534例病例和248,300例对照(关联分析) | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium 单细胞3'测序, Illumina NovaSeq 批量RNA测序 |
| 399 | 2026-06-03 |
Decoding the role of H19 in cholestatic liver injury using snRNA-seq, spatial transcriptomics, and machine learning-based disease prediction
2026-May-29, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-026-01590-3
PMID:42216109
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研究论文 | 利用snRNA-seq、空间转录组学和机器学习解码H19在胆汁淤积性肝损伤中的作用 | 首次结合单核RNA测序、空间转录组学和机器学习预测模型,揭示H19缺失通过抑制致病性胆管细胞状态和SPP1信号通路减轻胆汁淤积性肝损伤的机制,并鉴定出跨物种保守的胆管细胞标志物 | 未提及具体局限性,但可能包括小鼠模型与人类的差异、样本量有限、机器学习模型的泛化性需进一步验证 | 阐明长链非编码RNA H19在原发性硬化性胆管炎进展中的细胞和分子机制,并开发基于机器学习的疾病预测模型 | 年龄和性别匹配的野生型、H19敲除、Mdr2敲除和双敲除小鼠的肝脏组织 | 机器学习, 数字病理学 | 胆汁淤积性肝病, 原发性硬化性胆管炎 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习预测模型 | 单核RNA测序数据, 空间转录组数据 | 未明确提供具体样本数量,涉及四种基因型小鼠的肝脏组织 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | GeoMx空间转录组学平台 | 单核RNA测序和GeoMx空间转录组学分析 |
| 400 | 2026-06-03 |
Microenvironment T-Type calcium channels regulate neuronal and glial processes in tumor cells to promote glioblastoma growth
2026-May-29, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag131
PMID:42218829
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研究论文 | 该研究揭示了微环境T型钙通道(Cav3)通过调节神经元和胶质细胞过程促进胶质母细胞瘤(GBM)生长的机制 | 首次证明微环境Cav3.2在GBM进展中的关键作用,并通过单细胞RNA-seq揭示其调控神经元和胶质细胞生物过程的机制 | 未明确说明具体局限性,但可能涉及动物模型与人类疾病的差异、钙通道阻滞剂mibefradil的临床适用性等 | 阐明微环境T型钙通道在调节GBM生长中的作用 | 小鼠GBM肿瘤模型、Cav3.2基因敲除小鼠、GBM干细胞、神经元细胞 | 神经肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据(单细胞转录组) | 具体样本数量未说明,包括WT和Cav3.2 KO小鼠的肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |