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当前共找到 484 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-05-16 |
Mechanistic analysis of an IRF7-dependent pathway in virus-induced fibrosis in chronic lung allograft dysfunction
2026-May-08, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106285
PMID:42105629
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研究论文 | 该论文通过空间转录组学等手段，阐明了一个IRF7依赖的病毒诱导气道纤维化通路，指出IRF7-IL-33-MMP-9轴连接病毒感染与慢性肺同种异体移植物功能障碍中的气道纤维化 | 首次在慢性肺同种异体移植物功能障碍（CLAD）中利用空间转录组学结合体外模型，系统描绘了IRF7-IL-33-MMP-9信号轴在病毒诱导气道纤维化中的因果机制，并验证了IL-33阻断和MMP-9抑制可减弱纤维化标志 | 样本量较小（空间转录组学n=5 CLAD，n=3稳定移植，n=3对照），且研究主要基于流感病毒（IAV）模型，其他病毒类型或长期临床结局未涉及 | 研究I型干扰素主调控因子IRF7在病毒诱导气道纤维化中的作用及机制 | 慢性肺同种异体移植物功能障碍（CLAD，闭塞性细支气管炎综合征BOS）患者、稳定肺移植受者及非移植对照的肺组织，以及原代支气管上皮细胞和人精密切割肺切片 | 数字病理学 | 肺疾病 | 空间转录组学，Western blotting，免疫染色，基因沉默，IL-33阻断，MMP-9抑制 | 线性模型 | 图像，文本 | 空间转录组学：11例组织（5例CLAD，3例稳定LTx，3例对照）；Western blotting：每组3-4例；ALI培养：每组3-6个样本；人PCLS：每组5-6个样本 | NA | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组分析 |
| 22 | 2026-05-16 |
The Cancer Noise Atlas (TCNA): A Webserver of Multiscale Transcriptional Noise in Cancer
2026-May-07, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2026.169842
PMID:42105973
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研究论文 | 报告了癌症噪声图谱（TCNA）1.0版本，一个用于分析癌症中多尺度转录噪声的综合网络平台 | 提供了对GDC数据集多个集成噪声指标（CV、SD、MAD、DEPTH和DEPTH2）的同步全面评估，并支持在基因、通路和肿瘤三个尺度上进行定制化可视化 | 当前主要基于bulk RNA-seq数据；未来需要整合更多scRNA-seq数据集以实现更高分辨率的噪声分析网页门户 | 建立分析平台以系统研究癌症中基因表达转录变异（噪声）并编目肿瘤异质性 | 来自基因组数据共享（GDC）的癌症大规模RNA-seq数据中的基因、通路和肿瘤 | 计算机视觉 | 癌症 | RNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2026-05-16 |
Neutrophil-Driven Trogocytosis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Liver Metastases Restrains Immunosuppressive Macrophage Polarization and Limits Metastatic Progression
2026-May-06, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2026.04.021
PMID:42102979
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研究论文 | 研究中性粒细胞在胰腺导管腺癌肝转移中通过胞啃作用调节巨噬细胞极化并限制转移进展的机制 | 首次利用活体钙成像和单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞通过胞啃作用摄取肿瘤碎片并呈递给肝巨噬细胞，从而抑制免疫抑制性巨噬细胞极化，增强抗肿瘤信号通路 | 未提及 | 探索中性粒细胞在胰腺导管腺癌肝转移微环境中如何影响肝巨噬细胞并调节免疫景观 | 胰腺导管腺癌肝转移模型小鼠中的中性粒细胞和肝巨噬细胞 | 机器学习和数字病理学 | 胰腺癌 | 活体显微镜、活体钙成像、单细胞RNA测序 | NA | 图像和转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于肝脏浸润白细胞 |
| 24 | 2026-05-16 |
Benchmarking computational methods for identifying and quantifying polyadenylation sites from 3' tag-based single-cell RNA-seq data
2026-May-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag490
PMID:42120044
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研究论文 | 系统评估了10种从基于3'标签的单细胞RNA测序数据中识别和定量多聚腺苷酸位点的计算方法 | 首次对多种识别和定量多聚腺苷酸位点的方法进行系统性基准测试，并提供实用指南 | 未提及特定缺点，但可能受限于模拟数据的真实性和真实数据集的多样性 | 评估不同计算方法的性能，为选择合适方法提供指导 | 10种计算方法及9个模拟数据集和25个真实单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | RNA-seq，单细胞RNA测序，3'标签测序 | NA | 序列数据 | 9个模拟数据集和25个真实scRNA-seq数据集，涵盖四种测序协议和三个物种（动物和植物） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2026-05-16 |
Biased multi-view contrastive learning with attentive masking for spatial transcriptomic analysis
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag215
PMID:42114119
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研究论文 | 提出一种基于注意力掩码的偏置多视图对比学习框架stCAMBL，用于空间转录组学分析，以同时捕获空间拓扑和转录异质性 | 创新性地提出偏置多视图对比学习与注意力特征掩码策略，集成空间图结构建模与部分对比正则化，自适应强调信息性分子特征并减轻混杂模式 | 未提及显著局限性 | 提升空间转录组学数据分析中聚类准确性、基因本体富集和信号恢复能力 | 多个10x Visium空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 变分图自编码器 | 空间转录组数据 | 多个10x Visium数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 26 | 2026-05-16 |
Semi-supervised disentangled representation learning for single-cell RNA sequencing data
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag222
PMID:42114116
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研究论文 | 提出SCDRL方法，利用少量标注样本学习单细胞RNA测序数据的解耦表示，分离批次效应和细胞类型等生物学信号 | 引入半监督机制仅需5%标注样本即可实现解耦表示，并能处理超过10种细胞类型的复杂场景 | 未明确说明对大规模数据的计算效率或批次效应校正的极限条件 | 开发一种半监督解耦表示学习方法，提升单细胞RNA测序数据分析的可解释性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达谱 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 解耦表示学习网络（SCDRL） | 基因表达数据 | 模拟和真实数据集，标注样本比例5% | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2026-05-16 |
QCatch: a framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag184
PMID:41987571
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研究论文 | 介绍QCatch，一个用于单细胞测序数据质量控制的Python命令行工具，生成综合交互式QC报告 | 专为alevin-fry和simpleaf输出设计，生成标准化、交互式HTML质量控制报告，支持无缝整合下游分析流程 | 仅针对alevin-fry和simpleaf输出格式，可能不兼容其他单细胞分析管道 | 提升单细胞测序数据质量控制的标准化和可重复性 | 单细胞测序数据质量评估流程 | 机器学习， 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2026-05-16 |
Pathogenic mechanism of extracranial arteriovenous malformations: insights from clinical, pathological, and genetic analyses
2026-May, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-025-04158-7
PMID:40603544
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研究论文 | 通过临床、病理和遗传分析揭示颅外动静脉畸形的致病机制 | 首次在颅外AVM中报道MAP2K1突变与异常小血管表型的显著基因型-表型关联，并利用空间转录组学发现MAP4K4在异常小血管中高表达作为潜在治疗靶点 | 样本量较小（30例），且为回顾性研究，部分基因突变率较低可能影响统计效力 | 阐明颅外AVM与基因突变相关的发病机制 | 30例颅外AVM患者的组织样本 | 数字病理学 | 颅外动静脉畸形 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 30例患者 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 空间转录组学分析使用10x Visium平台 |
| 29 | 2026-05-16 |
Sustainable Cultivation of Rare and Endangered Medicinal Plant Multicellular Spheroids Producing Bioactive Therapeutics for Alcohol-Related Liver Disease Therapy
2026-May, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202504623
PMID:41668397
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研究论文 | 利用稀有濒危药用植物多细胞球体可持续生产生物活性代谢物，用于酒精性肝病治疗 | 首次开发基于多细胞球体的培养策略，可持续高效生产稀有濒危植物雪莲的次生代谢产物，并结合单细胞转录组学揭示其生物合成细胞簇 | 未提及具体局限性 | 建立可持续的生物制造方法，利用药用植物细胞生产生物活性代谢物，并评估其对酒精性肝病的治疗潜力 | 雪莲（Saussurea involucrata）多细胞球体及其次生代谢产物 | 机器学习 | 酒精性肝病 | 单细胞转录组学，超高效液相色谱-串联质谱 | NA | 转录组数据，代谢组数据 | 小鼠模型（数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2026-05-16 |
Semaphorin 3C/Plexin D1 Interaction Regulates Collagen Metabolism in Keloid Fibroblasts via the Transforming Growth Factor-β1 Signaling Pathway
2026-05, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2026.02.007
PMID:41833636
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了SEMA3C/PLXND1相互作用通过TGF-β1信号通路调节瘢痕疙瘩成纤维细胞中胶原代谢的新机制 | 首次发现SEMA3C/PLXND1轴通过激活TGF-β1驱动瘢痕疙瘩纤维化，促进细胞外基质沉积，为瘢痕疙瘩治疗提供了新靶点 | NA | 探究SEMA3C/PLXND1通路在瘢痕疙瘩纤维化过程中的作用及其通过TGF-β1信号转导的机制 | 瘢痕疙瘩成纤维细胞和正常皮肤样本 | 机器学习 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序,转录组测序,实时定量PCR,Western blot,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 8个瘢痕疙瘩和8个正常皮肤样本（来自4个公共数据集） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2026-05-16 |
Integrated Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal Cell-Type-Specific Immune Regulatory Networks in Maize Responding to Southern Corn Rust
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202512295
PMID:41837846
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研究论文 | 整合单细胞和空间转录组学揭示玉米响应南方锈病的细胞类型特异性免疫调控网络 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组测序技术在单细胞水平揭示玉米叶片对南方锈病菌早期感染的细胞类型特异性转录动态，并通过功能验证鉴定出关键易感因子ZmXET1和抗性组分ZmRBG | 未明确说明，但可能包括样本量有限、时间点较少或仅聚焦早期感染阶段 | 阐明玉米叶片在南方锈病菌侵染早期细胞类型特异的防御机制 | 玉米叶片在南方锈病菌侵染24和48小时后的细胞类型特异性转录动态 | 数字病理学 | 植物病害（玉米南方锈病） | 单核RNA测序，空间转录组测序，VIGS | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 在感染后24小时和48小时采集的玉米叶片样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 32 | 2026-05-16 |
Evaluating the Utilities of Foundation Models in Single-Cell Data Analysis
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202514490
PMID:41869863
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研究论文 | 通过综合实验评估基础模型在单细胞数据分析中的性能，并比较其与任务特定方法的优劣 | 首次系统性评估十种单细胞基础模型在八项下游任务中的表现，提出scEval框架用于分析超参数、初始设置和稳定性，并提供预训练与微调指导 | 基础模型并非在所有任务中均优于任务特定方法，挑战了开发单细胞基础模型的必要性 | 评估基础模型在单细胞数据分析中的实用性，提供性能基准和开发指南 | 十种单细胞基础模型（如scGPT、Geneformer、CellFM）及八个下游任务 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 33 | 2026-05-16 |
Translating brain anatomy and disease from mouse to human in latent gene expression space
2026-May, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106259
PMID:42034047
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研究论文 | 通过小鼠和人类基因表达构建潜在空间，实现脑解剖和疾病从小鼠到人类的翻译 | 提出一个定量框架，利用变分自编码器将小鼠和人类基因表达映射到共同潜在空间，实现跨物种脑解剖和疾病的翻译，并预测阿尔茨海默病和帕金森病中人类脑变化模式 | 未明确说明，但可能受限于基因同源性质量、模型泛化能力及训练数据覆盖范围 | 建立跨物种的定量共同空间，以改进从动物模型到人类的神经科学发现翻译 | 小鼠和人类脑基因表达数据 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 34 | 2026-05-16 |
Integrated spatial multi-omics delineates fatty acid degradation fuels malignant evolution at the tumour periphery in cervical squamous cell carcinoma
2026-May, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106256
PMID:42048995
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研究论文 | 整合空间多组学分析揭示宫颈鳞状细胞癌中脂肪酸降解在肿瘤外周驱动恶性进化 | 首次通过整合空间转录组学与代谢组学，在宫颈鳞状细胞癌中描绘了从肿瘤核心到外周的空间代谢重编程，并确定脂肪酸降解的激活是外周肿瘤灶恶性表型的关键进化驱动力 | 未具体说明，但从样本量（6个CSCC样本）推测可能样本量较小，且功能验证主要依赖细胞系和类器官，尚需更大规模临床队列验证 | 探究宫颈鳞状细胞癌肿瘤灶内空间异质性与恶性进化的分子机制 | 宫颈鳞状细胞癌肿瘤样本及正常宫颈样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 空间转录组学，空间代谢组学，单细胞RNA测序，空间增强分辨率组学测序 | NA | 图像，文本 | 6个CSCC样本、2个正常宫颈样本、20个单细胞RNA测序样本、15个独立空间增强分辨率组学测序样本 | NA | 空间转录组学，空间代谢组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2026-05-16 |
Multi-omics integration identifies PFOS-associated immune signatures in Kawasaki disease
2026-May, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2026.110279
PMID:42061194
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研究论文 | 该研究通过多组学整合分析，探索全氟辛烷磺酸（PFOS）暴露与川崎病免疫转录组特征之间的潜在关联 | 首次系统性地将环境暴露与川崎病免疫特征相结合，利用多组学整合、机器学习和单细胞RNA测序等技术，识别出PFOS特异性相关的候选基因和调控网络 | 研究基于计算模拟，缺乏直接的实验验证和流行病学数据支持，且候选基因和调控因子的功能意义需进一步明确 | 探索PFOS暴露与川崎病免疫转录组特征的潜在关联，为后续机制验证和流行病学研究提供候选靶点 | 川崎病患者免疫转录组特征及PFOS毒理学靶标 | 生物信息学，多组学整合，单细胞分析 | 川崎病 | 多组学整合，机器学习，SHAP分析，分子模拟，单细胞RNA测序 | 机器学习模型（用于特征选择与SHAP分析） | 转录组数据，单细胞转录组数据，分子结构数据 | 独立队列（具体数值未在摘要中明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2026-05-16 |
Partial domain adaptation enables cross domain cell type annotation between scRNA-seq and snRNA-seq
2026-May, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014223
PMID:42090457
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研究论文 | ScNucAdapt方法实现了scRNA-seq与snRNA-seq数据集间的跨域细胞类型注释 | 首次应用部分域适应策略解决scRNA-seq与snRNA-seq之间的分布差异和细胞组成差异，实现跨数据集精确注释 | NA | 开发用于scRNA-seq与snRNA-seq数据之间交叉注释的方法 | scRNA-seq和snRNA-seq数据集中的细胞类型注释 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞核RNA测序 | 部分域适应模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、单细胞核RNA测序 | NA | NA |
| 37 | 2026-05-16 |
TCF1+CD4+ T cells and microglia co-orchestrate tertiary lymphoid structures to enhance prognosis and immunotherapy in non-small cell lung cancer with brain metastases
2026-May, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106280
PMID:42085932
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研究论文 | 探讨了在非小细胞肺癌脑转移中TCF1+CD4+ T细胞和小胶质细胞协同调控三级淋巴结构以改善预后和免疫治疗反应的作用 | 首次揭示了TCF1+CD4+ T细胞和小胶质细胞通过LTβ/LTβR信号通路共同促进颅内三级淋巴结构形成，并发现CXCL12作为关键趋化因子与免疫治疗获益相关 | 样本量有限且为回顾性研究，TLS功能验证仅在小鼠模型中进行，尚需更大规模前瞻性研究确认 | 阐明非小细胞肺癌脑转移中三级淋巴结构的特征、功能及其对预后和免疫治疗反应的影响机制 | 人非小细胞肺癌脑转移组织样本（120例）和LC-BrM小鼠模型 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌脑转移 | 多重免疫组化、单细胞RNA测序、H&E染色 | NA | 组织图像、单细胞转录组数据 | 120例人非小细胞肺癌脑转移手术切除样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium用于单细胞文库构建，Illumina NovaSeq用于测序 |
| 38 | 2026-05-16 |
Single-cell transcriptomics reveal PRRC1 as a malignant cell enriched driver of DNA repair and therapy resistance in glioblastoma
2026-May, DNA repair
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.dnarep.2026.103934
PMID:41932066
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研究论文 | 通过单细胞转录组等多组学分析发现PRRC1在胶质母细胞瘤恶性细胞中富集并促进DNA修复和治疗抵抗 | 首次揭示PRRC1在胶质母细胞瘤中的功能角色，通过整合单细胞RNA测序、批量转录组和DNA甲基化数据进行无偏多组学分析，阐明了PRRC1在DNA损伤应答和应激适应中的作用 | 研究主要依赖体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证；PRRC1的具体分子机制和临床转化潜力需进一步探索 | 识别胶质母细胞瘤中调控DNA损伤应答相关细胞状态的新调控因子 | 胶质母细胞瘤细胞（U87和患者来源细胞）及肿瘤样本 | 计算生物学， 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序， 批量转录组分析， DNA甲基化分析 | NA | 转录组数据， 甲基化数据 | 多组公共数据集（TCGA、GDSC等）及U87和患者来源细胞系 | Illumina | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2026-05-16 |
Interpretable, flexible and spatially aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2026-May, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-026-02579-x
PMID:42045691
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研究论文 | 提出INSPIRE深度学习方法，用于空间转录组数据集的整合分析，实现可解释、灵活且空间感知的多源数据整合 | 采用对抗学习策略结合图神经网络实现空间自适应整合，通过非负矩阵分解识别可解释的空间因子及基因程序 | 未提及具体局限性 | 开发可解释、灵活且空间感知的多空间转录组数据集整合方法 | 多种空间转录组数据集，包括Xenium处理的人乳腺癌和Stereo-seq小鼠器官发生数据集 | 机器学习 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 图神经网络与对抗学习 | 空间转录组数据 | 多个数据集，包括大型的Xenium人乳腺癌和Stereo-seq小鼠器官发生数据集 | 10x Genomics, MGI | 空间转录组学 | Xenium, Stereo-seq | Xenium用于人乳腺癌，Stereo-seq用于小鼠器官发生 |
| 40 | 2026-05-16 |
scHilda: Hierarchical Integration of LLM with KG database for single cell type annotation
2026-May, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014291
PMID:42113882
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研究论文 | 提出scHilda框架，通过分层整合大语言模型与知识图谱数据库实现单细胞类型注释 | 创新性地将外部知识图谱深度集成到大语言模型的推理过程中，采用分层仲裁注释策略，先识别主要细胞谱系再动态检索子图信息以精确解析细胞亚型，有效减少幻觉并提升可解释性 | 未明确说明局限性，但可能依赖外部知识库的质量，且对轻量级LLM的性能提升仍有提升空间 | 设计一个利用大语言模型和知识图谱进行准确、可解释且鲁棒的单细胞类型注释框架 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型 | 基因表达数据 | 多个基准数据集（未具体说明数量） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |