单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 987 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-09-24 |
From time-course expression to gene regulation: direct linear ODE inference without finite-difference approximation
2026-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.18.726023
PMID:42239317
|
研究论文 | 本文提出首个无需有限差分近似、直接学习线性常微分方程模型进行基因调控推断的计算方法，并通过模拟数据和真实scRNA-seq数据验证其优越性 | 首次提出直接学习线性ODE模型而无需依赖有限差分近似的方法，直接利用线性ODE系统的闭式解构建优化问题，通过梯度下降求解并推导解析梯度，采用高阶泰勒近似使计算高效且截断误差达到机器精度级别，并从理论上证明了精确解与有限差分解之间存在固有且不可消除的差距 | 摘要中未明确提及 limitation | 从时间序列基因表达谱中推断基因调控关系，以理解细胞在发育、分化和疾病进展过程中的状态转换 | 时间序列基因表达谱数据，包括模拟数据和真实scRNA-seq数据集 | 机器学习, 计算生物学 | NA | scRNA-seq, 常微分方程建模, 梯度下降优化, 高阶泰勒近似 | 线性ODE模型 | 基因表达谱数据（时间序列）, scRNA-seq数据 | NA | NA | scRNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2026-09-24 |
Workload-induced changes to cell state contribute to β-cell failure in diabetes
2026-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.13.725004
PMID:42239070
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了工作负荷诱导的β细胞转录状态变化，并发现Lsd1在调控β细胞状态转换中的关键作用，表明代偿状态失调导致2型糖尿病β细胞衰竭 | 首次定义了工作负荷诱导的β细胞代偿状态，并证明其与失代偿状态不同；揭示了染色质修饰酶Lsd1在限制β细胞状态转换中的关键作用；提出代偿反应随时间变为适应不良并促进2型糖尿病发病的新机制 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究2型糖尿病自然史中β细胞如何从功能正常状态进展为失代偿状态，以及工作负荷诱导的β细胞过度刺激在β细胞衰竭中的作用 | 2型糖尿病中的胰岛β细胞，以及小鼠糖尿病模型 | 机器学习 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-09-24 |
SpatialArtifacts: a computational framework for tissue artifact detection in spatial transcriptomics data
2026-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.15.725260
PMID:42239246
|
研究论文 | 提出一个结合MAD异常检测与数学形态学操作的计算框架SpatialArtifacts，用于空间转录组数据中的组织伪影检测与分类 | 首次将MAD异常检测与数学形态学操作（3×3填充、5×5轮廓、星形连通性）相结合，实现空间连续伪影的识别与分类，并采用分层分类系统区分边缘与内部伪影、大区域与小区域 | 仅在人海马体、背外侧前额叶皮层和结直肠癌组织中验证，未在其他组织类型或平台上广泛测试 | 解决空间转录组数据中因技术伪影（如干斑、组织翘起、试剂覆盖不均）导致的低UMI计数区域难以被现有质控方法识别的问题 | 空间转录组数据中的组织伪影区域 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 图像 | 人海马体、背外侧前额叶皮层和结直肠癌组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x VisiumHD | 10x Genomics Visium 和 VisiumHD 平台 |
| 24 | 2026-09-24 |
SOX9 and SEMA7A regulate cell plasticity in the postpartum mammary gland with implications for breast cancer
2026-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.14.725155
PMID:42239249
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序探究产后乳腺退化过程中SOX9和SEMA7A对细胞可塑性的调控及其在乳腺癌中的意义 | 首次揭示SOX9与SEMA7A在正常乳腺退化过程中的调控轴，发现SOX9通过抑制SEMA7A维持腔祖细胞分化状态，该轴失调导致间充质样去分化并与乳腺癌进展相关 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类乳腺组织样本，机制验证在体外细胞系中进行，体内功能验证和更大规模临床队列验证尚不充分 | 阐明SOX9在产后乳腺退化中的作用及其与SEMA7A的调控关系，探索该轴在乳腺癌进展中的意义 | 小鼠乳腺组织（哺乳期和退化期）、培养的乳腺上皮细胞、健康人类供体乳腺组织样本以及乳腺癌数据集 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 小鼠乳腺组织样本（数量未明确）、健康人类供体乳腺组织样本（数量未明确）、乳腺癌数据集（公共数据库） | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 25 | 2026-09-24 |
GatorSC: multi-scale cell and gene graphs with mixture-of-experts fusion for single-cell transcriptomics
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag330
PMID:42308421
|
研究论文 | 提出GatorSC，一种通过多尺度细胞和基因图与混合专家融合进行单细胞转录组表示学习的统一框架 | 构建全局细胞-细胞图、全局基因-基因图和局部基因-基因图，采用混合专家架构的自适应融合与门控网络，结合图重建和图对比学习的自监督目标，实现噪声鲁棒和结构保持的嵌入学习 | 摘要未明确提及 | 有效利用单细胞RNA测序数据中细胞和基因的多尺度互补结构，解决技术噪声和稀疏性下的信息融合问题，学习鲁棒的细胞和基因低维表示 | 19个公开的单细胞RNA测序数据集，涵盖多种组织、物种和测序平台，以及一个阿尔茨海默病单核数据集 | 机器学习, 生物信息学, 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | 图神经网络, 混合专家, 自监督学习, 图对比学习 | 基因表达矩阵, 图结构数据 | 19个公开的单细胞RNA测序数据集，涵盖不同组织、物种和平台，以及一个阿尔茨海默病单核数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2026-09-23 |
Alveolar niche disruption and aberrant epithelial reprogramming are early hallmarks of idiopathic pulmonary fibrosis
2026-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.27.727792
PMID:42388797
|
研究论文 | 该研究通过整合单核RNA测序、批量转录组学、免疫染色和空间转录组学，分析了三个独立早期特发性肺纤维化患者队列的肺样本，揭示了肺泡微环境破坏和异常上皮重编程是早期IPF的标志 | 首次通过多模态整合方法系统分析早期IPF（肺功能保留阶段）的细胞事件，发现异常基底样细胞和肺泡上皮中间细胞的出现是早期IPF的特征，且与疾病进展相关，而CTHRC1+纤维化成纤维细胞主要限于晚期疾病 | 研究队列样本量相对有限（Florence n=22，Forli n=24，NIH n=9），且各队列使用不同的采样方法，可能引入技术偏差 | 揭示特发性肺纤维化最早期的细胞事件，特别是驱动纤维化的早期细胞变化 | 三个独立的早期IPF患者队列（Florence、NIH、Forli），均为肺功能保留的早期疾病阶段 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单核RNA测序，批量转录组学，免疫染色，空间转录组学 | NA | 图像，文本 | Florence队列n=22（诊断性支气管镜冷冻活检），Forli队列n=24（空间转录组），NIH队列n=9（电视辅助胸腔镜手术样本，采集于二十年前） | 10x Genomics | 单核RNA测序，空间转录组学，批量RNA测序 | 10x Chromium，10x Visium | 单核RNA测序（10x Chromium），空间转录组学（10x Visium），结合免疫染色和批量转录组学分析 |
| 27 | 2026-09-23 |
Highly Constrained Kinetic Models for Single-Cell Gene Expression Analysis
2026-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.22.727214
PMID:42244749
|
研究论文 | 该研究提出了一种高度约束的动力学模型，整合多种数据（稳态与时间分辨）以模拟和拟合基因转录的随机模型，并应用于单细胞RNA测序数据推断动力学速率。 | 首次将scRNA-seq数据与单分子追踪（SMT）等高分辨率成像数据整合到一个连贯的动力学模型中；发现3状态模型优于2状态模型且具有动力学校对特性；识别出两个在基因间广泛保守的无量纲量；扩展模型到scRNA-seq数据推断扰动下的动力学速率并揭示转录因子作用机制。 | 摘要未明确提及研究限制。 | 构建一个整合多类型数据的动力学模型，用于模拟和拟合基因转录的随机过程，并应用于单细胞基因表达分析以推断动力学参数和转录因子机制。 | 基因转录动力学、单细胞基因表达、转录因子作用机制。 | 计算生物学、系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单分子追踪（SMT）、高分辨率成像 | 动力学模型（3状态模型、2状态模型） | 稳态数据、时间分辨数据、图像、文本（scRNA-seq数据） | NA | NA | scRNA-seq, SMT | NA | NA |
| 28 | 2026-09-23 |
Supporting-like cells constitute an alternative steroidogenic lineage conserved in amniotes
2026-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.25.726204
PMID:42244723
|
研究论文 | 该研究通过比较单细胞转录组学、类固醇组学和器官成像，揭示了支持样细胞（SLCs）在哺乳动物胚胎发育过程中作为替代类固醇生成谱系的作用 | 首次发现支持样细胞（SLCs）可作为哺乳动物胚胎发育过程中的主要类固醇生成谱系，挑战了传统认为性激素产生仅依赖间质谱系（Leydig细胞/膜细胞）的观点；揭示SLCs的类固醇生成程序在两性中初始激活但在卵巢中选择性维持，而在睾丸中逐渐被间质来源的Leydig细胞取代；通过进化比较表明SLCs可能是与非哺乳动物物种类固醇生成细胞同源的祖先谱系 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 重新定义性腺谱系模型，揭示性分化中意想不到的可塑性，并阐明不同细胞类型在进化过程中如何趋同于类似功能 | 兔（及其他羊膜动物）胚胎性腺中的支持样细胞（SLCs），涉及卵巢和睾丸的发育过程 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学、类固醇组学、器官成像 | NA | 转录组数据、类固醇代谢物数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2026-09-23 |
Multimodal atlas of human atherosclerosis links granular vascular cell states to coronary artery disease risk
2026-May-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.05.24.26353986
PMID:42245058
|
研究论文 | 该研究构建了MetaPlaq多模态人类动脉粥样硬化图谱，整合单细胞转录组、表观基因组和高分辨率空间表达数据，揭示血管细胞状态与冠状动脉疾病风险的关联 | 构建了包含超过一百万个细胞的多模态人类动脉粥样硬化图谱，整合单细胞转录组学、表观基因组学和高分辨率空间表达分析，在冠状动脉天然组织环境中映射精细细胞状态和疾病相关转录程序，并构建细胞特异性增强子-基因连接图谱和多模态基因调控网络 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 全面解读遗传风险位点，为心血管疾病提供新的治疗策略 | 人类动脉粥样硬化动脉床，包括冠状动脉中的平滑肌细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学，表观基因组学，高分辨率空间表达分析 | NA | 单细胞转录组数据，表观基因组数据，空间表达数据，GWAS数据 | 超过一百万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞表观基因组学，空间转录组学 | NA | NA |
| 30 | 2026-09-23 |
Mitochondrial DNA release contributes to neuropathic pain via a cGAS-STING-IRF3-CMPK2-associated immunometabolic feedback mechanism
2026-05-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08314-8
PMID:42174715
|
研究论文 | 本文通过小鼠外周神经损伤模型，研究线粒体DNA释放通过cGAS-STING-IRF3-CMPK2免疫代谢反馈机制参与神经病理性疼痛的发生 | 揭示了mtDNA-cGAS-STING-IRF3-CMPK2免疫代谢反馈环路在神经病理性疼痛中的作用，发现IRF3结合CMPK2启动子调控其转录形成正反馈环路，并证实小胶质细胞是CMPK2上调的主要细胞群体 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证该机制；CMPK2在疼痛维持阶段的具体调控细节仍需进一步研究 | 探究线粒体损伤与持续性神经炎症之间的机制联系，阐明mtDNA释放和cGAS-STING通路在神经病理性疼痛中的作用 | 小鼠脊髓组织、BV2细胞系和小鼠原代小胶质细胞 | 神经科学、免疫学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、分子生物学分析、腺相关病毒基因沉默 | 外周神经损伤小鼠模型、BV2细胞模型 | 基因表达数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2026-09-23 |
Single-fiber morphometry and spatial transcriptomics reveal selective oxidative muscle fiber atrophy in non-metastatic breast cancer
2026-May-20, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.05.11.26351978
PMID:42238445
|
研究论文 | 该研究通过单纤维形态测量和空间转录组学分析非转移性乳腺癌患者及非癌症对照者的胸大肌活检样本，揭示癌症相关骨骼肌病理改变。 | 首次将空间转录组学应用于癌症患者的人类骨骼肌研究，并整合单纤维形态测量与空间基因表达谱分析框架 | 样本仅来源于非转移性乳腺癌患者的胸大肌活检，样本量有限，且未涉及其他癌症类型或转移性疾病的验证 | 探究非转移性乳腺癌中骨骼肌的结构和代谢重塑，以理解癌症相关疲劳的肌肉病理机制 | 非转移性乳腺癌患者和非癌症对照者的胸大肌活检样本 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，单纤维形态测量 | NA | 图像，文本（基因表达数据） | 非转移性乳腺癌患者和非癌症对照者的胸大肌活检样本（具体数量未在摘要中说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 32 | 2026-09-23 |
Neuroprotection following FLASH-RT may be mediated by sustained glutamate receptor AMPAR activation in CA3 neurons
2026-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.15.725423
PMID:42239092
|
研究论文 | 该研究通过空间转录组学技术揭示了FLASH放疗对正常脑组织长期神经保护作用的早期分子机制 | 首次发现FLASH-RT在CA3和DG神经元中诱导独特的转录组特征，并证明早期Gria基因上调导致AMPAR蛋白持续激活 | 研究仅基于小鼠模型，样本量有限，且未直接验证AMPAR激活与认知保护的因果关系 | 阐明FLASH-RT对正常脑组织长期神经保护作用的早期机制 | C57BL/6J小鼠全脑照射后的CA3和DG神经元 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确说明样本量 | Nanostring | 空间转录组学 | Nanostring空间转录组平台 | 未提供具体配置细节 |
| 33 | 2026-09-23 |
Eltrombopag restores T-cell homeostasis in aplastic anemia by regulating oxidative metabolism and reactive oxygen species levels
2026-May-18, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-026-07060-7
PMID:42144489
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和Western blot分析，探讨艾曲泊帕通过调控氧化代谢和活性氧水平恢复再生障碍性贫血中T细胞稳态的机制 | 首次揭示艾曲泊帕通过上调ENPP1和ENTPD5调控氧化代谢通路，降低CD4⁺和CD8⁺ T细胞中ROS水平，重塑T细胞亚群组成并减弱细胞毒性，从而恢复T细胞稳态 | 研究主要基于AA小鼠模型，尚未在人类AA患者中验证；机制研究主要依赖Western blot，缺乏更深入的代谢通量分析 | 探究艾曲泊帕是否通过氧化代谢通路调节再生障碍性贫血中T细胞的功能表型 | 再生障碍性贫血小鼠模型中的T细胞 | 免疫学 | 再生障碍性贫血 | 单细胞RNA测序、Western blot | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2026-09-23 |
BARseq3: a modular system for integrating spatial multi-omics and cellular barcoding in single cells
2026-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.13.724900
PMID:42182181
|
研究论文 | 该文章介绍了一种模块化系统BARseq3，将细胞条形码技术与高效空间转录组学和翻译组学相结合，在组织亚细胞分辨率下实现单细胞空间多组学整合 | BARseq3是一个模块化系统，可同时整合细胞条形码、高效空间转录组学和翻译组学，兼容固定样本、免疫染色和多种物种，并可轻松扩展至其他空间检测方法 | 现有整合细胞条形码与空间组学的方法在支持的模态、灵活性和效率方面存在局限 | 实现单细胞中空间多组学与细胞条形码的整合，以多模态方式理解细胞身份 | 组织中的单细胞 | 空间多组学 | NA | 空间转录组学, 空间翻译组学, 细胞条形码技术 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学, 空间翻译组学 | BARseq3 | 模块化系统，结合细胞条形码与高效空间转录组学和翻译组学，亚细胞分辨率，兼容固定样本和免疫染色 |
| 35 | 2026-09-23 |
Biological foundation models illuminate annotation blind spots in evolutionarily divergent genomes
2026-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.15.724572
PMID:42182479
|
研究论文 | 本文提出了一种混合注释框架，将基于Evo2的外显子-内含子结构预测与基于ESM-2蛋白质嵌入的结构相似性映射相结合，用于注释进化分歧较大的基因组（以海七鳃鳗为例）。 | 将基因模型发现与跨物种相似性分配解耦，利用Evo2预测外显子-内含子结构，利用ESM-2蛋白质嵌入进行结构相似性映射，从而在序列同源性极低的情况下仍能检测到保守的结构信号 | 研究结果描述的是目录位点而非经过验证的一对一人源缺失基因；在经典20-30%氨基酸同一性的 twilight zone 中，部分位点仅能获得低置信度匹配 | 解决进化分歧较大的非模式生物基因组中功能注释受限的问题，利用蛋白质结构相似性信号扩展注释范围并提升下游比较基因组学和单细胞分析能力 | 海七鳃鳗（sea lamprey）基因组及其免疫区室的单细胞转录组 | 机器学习, 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质结构预测, 蛋白质嵌入 | Evo2, ESM-2 | 基因组序列, 蛋白质序列, 单细胞转录组数据 | 73,485个Evo2衍生的翻译蛋白质模型，其中35,395个高置信度调用；31,286个去重结构目录位点，包含20,871个Ensembl基线中缺失的新增位点 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2026-09-23 |
Single-cell RNA sequencing reveals that host Glutamine Metabolism Inhibition Enhances Macrophage Phagocytosis of Mycobacterium tuberculosis
2026-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.14.725218
PMID:42182385
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和代谢组学揭示了谷氨酰胺代谢抑制剂JHU083通过代谢重编程增强巨噬细胞对结核分枝杆菌的吞噬功能 | 首次利用单细胞RNA测序结合LS-MS/MS代谢组学揭示JHU083介导的谷氨酰胺代谢抑制可增加结核感染肺中间质巨噬细胞群体，并使其代谢重编程为增强脂质利用和吞噬活性的状态 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类结核病患者中验证；对JHU083重编程巨噬细胞的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究谷氨酰胺代谢抑制对结核分枝杆菌感染肺部巨噬细胞群体、炎症特征、代谢状态及吞噬功能的影响 | 结核分枝杆菌感染小鼠模型中的肺部巨噬细胞 | 单细胞转录组学、免疫代谢 | 结核病 | 单细胞RNA测序、LS-MS/MS代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据、代谢组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序、bulk代谢组学 | NA | NA |
| 37 | 2026-09-23 |
Immune cells during compensatory renal hypertrophy after unilateral nephrectomy
2026-May-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9568023/v1
PMID:42183369
|
研究论文 | 该研究通过对小鼠进行单侧肾切除术后，利用流式细胞术和单细胞RNA测序技术，分析了残余肾脏中免疫细胞在代偿性肾脏肥大过程中的动态变化及其对肾小球滤过率的影响 | 揭示了单侧肾切除后代偿性肾脏肥大过程中免疫细胞的多阶段动态变化特征，包括固有免疫细胞的快速激活、适应性免疫细胞的逐步调节以及免疫检查点水平的转变，并首次探讨了适应性免疫细胞在肾小球滤过率变化中的作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类活体肾捐献者中验证；观察时间限于8周，长期免疫变化未明确；未深入探讨免疫细胞变化与肾功能恢复之间的因果关系 | 探究单侧肾切除后代偿性肾脏肥大过程中免疫细胞的动态变化及其对肾功能（特别是肾小球滤过率）的影响 | 野生型小鼠和Rag1基因敲除小鼠的残余肾脏 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | 野生型小鼠和Rag1基因敲除小鼠，观察时间长达8周 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2026-09-23 |
Spatial transcriptomics implicates the thalamus and cortex in autism and schizophrenia
2026-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.15.724759
PMID:42182261
|
研究论文 | 本文利用空间转录组学技术分析成年小鼠脑矢状面中部区域，发现自闭症和精神分裂症相关基因在丘脑和皮层中富集 | 提出了基因分数富集评分（GFES）这一新的统计方法，能够控制不同脑区神经元比例差异，并进行系统性的多区域空间转录组分析 | 研究基于小鼠模型，结果可能无法完全反映人类大脑的复杂性；摘要中未提及样本量的具体信息 | 探究自闭症谱系障碍和精神分裂症相关基因在大脑中的空间表达模式，特别是涉及哪些脑区 | 成年小鼠脑矢状面中部区域 | 空间转录组学 | 自闭症谱系障碍, 精神分裂症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 39 | 2026-09-23 |
Spatiotemporal analysis of autism gene enrichment implicates cortex, thalamus, and hypothalamus
2026-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.14.724487
PMID:42182223
|
研究论文 | 该文章开发了STARMAPS框架，整合超过一百万个单细胞RNA测序数据，对自闭症相关基因在发育中人脑中的时空富集模式进行了分析 | 提出STARMAPS新框架，能够校正区域和发育相关的基因表达扰动，实现稳健的跨区域比较，并揭示了自闭症相关基因在皮层下结构（丘脑和下丘脑）中的富集 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 揭示自闭症相关基因通过哪些特定脑区影响神经发育，并精细映射发育中人脑的分子脆弱性 | 发育中人脑（受孕后4-23周）的20个脑区 | 单细胞转录组学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | STARMAPS（稀疏任务特异性分析框架） | 单细胞基因表达数据 | 超过一百万个单细胞RNA测序图谱，来自发育中人脑的20个脑区（受孕后4-23周） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2026-09-23 |
Endocrine therapy-specific lineage and partial epithelial-mesenchymal reprogramming defines divergent resistant cell-states in ER+ breast cancer
2026-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.11.724242
PMID:42182314
|
研究论文 | 该研究通过多组学整合分析，系统比较了ER+乳腺癌对他莫昔芬（SERM）、氟维司群（SERD）耐药及ESR1突变驱动的内分泌治疗耐药机制，揭示了SERM耐药特异的谱系重塑和部分上皮-间质转化（pEMT）程序 | 首次系统比较了不同内分泌治疗方式（SERM、SERD、ESR1突变）驱动的耐药轨迹差异，发现SERM耐药伴随高阶基因组重排（A-to-B区室转换）、ERα和FOXA1结合重分布及pEMT程序激活，并揭示了SERM诱导的免疫逃逸新模式——MHC I类抗原提呈协调性丢失而非经典T细胞耗竭 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 系统比较选择性雌激素受体调节剂（SERM，如他莫昔芬）、降解剂（SERD，如氟维司群）及组成性ESR1突变驱动的适应性耐药机制，表征ERα扰动方式如何影响谱系身份和上皮-间质状态 | ER+乳腺癌细胞模型及患者队列 | 机器学习, 数字病理学 | 乳腺癌 | bulk转录组测序, 单细胞转录组测序, Hi-C染色质构象捕获, 染色质免疫沉淀测序 | NA | 转录组数据, 染色质构象数据, 表观遗传数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, Hi-C, ChIP-seq | NA | NA |