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当前共找到 987 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2026-06-26 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling Uncovers a Metastasis-Associated MUCL3+ Signet-Ring Cell Subpopulation in Gastric Cancer
2026-May-08, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15100857
PMID:42193868
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析，揭示胃癌中与转移相关的MUCL3+印戒细胞亚群 | 首次在胃癌印戒细胞癌中鉴定出MUCL3标记的印戒细胞亚群，并揭示其与转移相关的分子特征 | 研究样本数量有限，功能验证仅涉及TFF1对胃癌细胞迁移的影响，缺乏更大规模的临床验证 | 比较胃癌印戒细胞癌与胃腺癌，鉴定特异性生物标志物并阐明印戒细胞癌侵袭行为的分子基础 | 胃癌印戒细胞癌和胃腺癌患者的原发肿瘤组织 | 单细胞转录组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 手术切除的原发性胃癌组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 362 | 2026-06-26 |
Integrated Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Identifies Macrophage Heterogeneity and Mitophagy-Related Biomarkers in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2026-May-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27104201
PMID:42196184
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研究论文 | 整合单细胞和批量RNA测序，识别特发性肺纤维化中巨噬细胞异质性和线粒体自噬相关生物标志物 | 首次整合单细胞与批量RNA测序分析，揭示巨噬细胞-线粒体自噬轴在特发性肺纤维化发病机制中的新框架 | 基于公共数据库和计算分析，缺乏独立外部验证队列 | 阐明特发性肺纤维化中巨噬细胞与线粒体自噬之间的关联，并筛选潜在生物标志物用于早期诊断和临床管理 | 巨噬细胞亚群（M2型巨噬细胞）和特发性肺纤维化患者样本 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、机器学 | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | NA |
| 363 | 2026-06-26 |
Regenerative potential of Schneiderian membrane-derived mesenchymal stem cells in sinus floor elevation model and calvarial defect model
2026-May-08, Journal of Zhejiang University. Science. B
DOI:10.1631/jzus.B2400611
PMID:42343636
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研究论文 | 本研究评估了上颌窦黏膜间充质干细胞在窦底提升和颅骨缺损模型中的骨再生潜力 | 首次在体内验证了SMMSCs的成骨能力，并通过单细胞RNA测序揭示了其分子特征 | 未在文中明确提及 | 评估施耐德膜对窦底提升的贡献并验证SMMSCs在颅骨缺损中的功能 | 上颌窦黏膜间充质干细胞（SMMSCs）和骨髓间充质干细胞（BMSCs） | 数字病理学 | 骨缺损 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 兔子（双侧窦底提升）和人类施耐德膜样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 364 | 2026-06-26 |
Multi-omics reveals CXCR4 drives immune escape in colorectal cancer via metabolic reprogramming and immune microenvironment remodeling
2026-May-04, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08795-x
PMID:42082463
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research paper | 采用整合单细胞转录组学和代谢组学分析，揭示CXCR4通过代谢重编程和免疫微环境重塑驱动结直肠癌免疫逃逸的机制 | 发现CXCR4通过调节PI3K-Akt-SMAD4通路介导代谢重编程，并通过谷氨酰胺代谢-免疫微环境双轴调控促进免疫逃逸，靶向CXCR4可增强PD-1抑制剂疗效 | NA | 揭示CXCR4在结直肠癌免疫抑制微环境和谷氨酰胺代谢重编程中的关键作用 | 结直肠癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、CD8 T细胞 | machine learning | 结直肠癌 | 单细胞转录组学、代谢组学、基因敲除、共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据、代谢组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 365 | 2026-06-26 |
Identifying batch-integrated domains from spatial transcriptomics via graph autoencoder with contrastive learning based on cross-modality and data augmentation
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag248
PMID:42184117
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research paper | 提出GCAST框架，一种基于图对比自编码器的空间转录组学方法，通过跨模态对比学习和数据增强识别批次整合的组织域 | 首次将跨模态对比学习与图自编码器结合，利用组织学和基因权重特征增强生物学可解释性，并自动对齐多数据集实现批次效应校正 | NA | 开发一种统一的、生物学信息引导的框架，以整合多模态空间转录组数据，识别组织域并实现批次效应校正 | 空间转录组学数据及其对应的组织学图像 | computer vision, machine learning | NA | 空间转录组学 | 图对比自编码器 | 基因表达数据, 组织学图像 | NA | NA | spatial transcriptomics | NA | NA |
| 366 | 2026-06-26 |
AnnQ: reference-based quantification of cellular abnormality at single-cell resolution
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag278
PMID:42218718
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研究论文 | AnnQ是一种基于参考的量化方法，能够在单细胞分辨率下评估细胞异常性 | 将细胞注释中的不确定性转化为量化指标，用于检测异常细胞状态，这是传统聚类和差异丰度分析无法实现的 | 未提及 | 提出一种利用参考数据集量化单细胞RNA测序中细胞异常性的方法 | 遗传扰动和耐药性数据集中的单细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 367 | 2026-06-26 |
scTumorDrug: predicting cell-type-specific drug responses for heterogeneous tumors
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag337
PMID:42341215
|
研究论文 | 开发了scTumorDrug工具，整合单细胞RNA测序、批量RNA和药物响应数据，预测异质性肿瘤中细胞类型特异性药物反应 | 首次在来自小鼠模型和临床人类样本的真实肿瘤上直接验证细胞类型特异性药物反应预测，结合空间转录组学进行交叉验证 | 缺乏来自肿瘤亚群药物响应的直接实验验证，仅通过小鼠模型和空间转录组学间接验证 | 预测异质性肿瘤中细胞类型特异性药物反应，以实现精准医疗 | 细胞系、小鼠模型和临床人类样本中的肿瘤细胞 | 机器学习 | 膀胱肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、药物响应数据 | 公开数据集（细胞系、小鼠模型、临床人类样本）及小鼠膀胱肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 368 | 2026-06-26 |
scDeepAPA: a deep learning framework for single-cell alternative polyadenylation identification
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag339
PMID:42341216
|
研究论文 | 提出了scDeepAPA，一个针对单细胞RNA测序数据优化的深度学习框架，用于准确识别多聚腺苷酸化位点、定量异构体并解析APA事件的功能影响 | 首次将Mamba状态空间模型与双向LSTM和卷积特征提取相结合，专门针对单细胞RNA测序数据设计，无需依赖基因注释即可实现高精度APA识别 | NA | 开发适用于单细胞转录组学的多聚腺苷酸化位点检测与功能解读计算方法 | 人类和小鼠单细胞RNA测序数据，阿尔茨海默病小鼠脑组织数据，KRAS突变小细胞肺癌数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病, 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络, 双向LSTM, Mamba状态空间模型 | 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 369 | 2026-06-26 |
Tumor Electric Field Therapy Inhibits Epithelial-Mesenchymal Transition, Invasion, and Migration of Glioblastoma by Targeting the c-FOS/CXCL14 Axis
2026-May, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1002/cns.70926
PMID:42153722
|
research paper | 本研究揭示了肿瘤电场疗法通过c-FOS/CXCL14轴抑制胶质母细胞瘤上皮-间充质转化、侵袭和迁移的机制 | 首次阐明肿瘤电场疗法通过c-FOS/CXCL14轴抑制胶质母细胞瘤上皮-间充质转化的新机制 | NA | 探究肿瘤电场疗法抑制胶质母细胞瘤上皮-间充质转化、侵袭和迁移的分子机制 | 胶质母细胞瘤细胞系（U87、U251、T98G）及原位裸鼠模型 | machine learning | lung cancer | RNA-seq, 单细胞测序, 染色质免疫沉淀 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 三个胶质母细胞瘤细胞系及原位裸鼠模型 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 370 | 2026-06-25 |
CCR5+ CD8+ T Cells Are Associated with Poor Response to PD-1 Blockade Therapy
2026-May-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27114963
PMID:42278489
|
研究论文 | 分析了非小细胞肺癌和黑色素瘤患者的单细胞RNA测序数据，发现CCR5+ CD8+ T细胞与PD-1阻断疗法的不良反应相关 | 首次系统揭示了CCR5+ CD8+ T细胞的转录组特征与PD-1/PD-L1阻断疗法低应答率之间的关联，并识别了CCL3/4-CCR5轴作为候选通路 | 基于公开数据集的分析，需要进一步的空间、功能和实验验证来确认CCL3/4-CCR5轴的作用机制 | 探究趋化因子受体表达与PD-1阻断疗法反应性之间的关联 | 非小细胞肺癌和黑色素瘤患者队列中的CD8+ T细胞，以及肝细胞癌和结直肠癌数据集的探索性分析 | 机器学习 | 非小细胞肺癌, 黑色素瘤, 肝细胞癌, 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 公开数据集中非小细胞肺癌和黑色素瘤患者样本，具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 371 | 2026-06-25 |
The role of the sex determination cascade in the development of caste polyphenisms
2026-May-29, Current opinion in insect science
IF:5.8Q1
DOI:10.1016/j.cois.2026.101551
PMID:42217621
|
综述 | 综述性决定级联在蜜蜂和蚂蚁等社会性昆虫的等级多态性发展中的作用 | 强调性决定通路与胰岛素和保幼激素信号等保守发育通路的整合，以及选择性剪接和时空基因表达在调控塑性表型中的关键作用 | 研究偏向蜜蜂和雌性，缺乏对无刺蜂、社会寄生蜂和雄性等代表性不足群体的比较进化发育框架，知识空白显著 | 理解性决定级联如何调控等级分化，以及发育可塑性如何驱动与社会复杂性相关的等级特异性特征的进化 | 蚂蚁和蜜蜂，特别是corbiculate蜜蜂 | 机器学习 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 长读长转录组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 372 | 2026-06-25 |
scMVAF: a multi-view adaptive fusion clustering approach for single-cell RNA-sequencing data
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf169
PMID:42218719
|
研究论文 | 提出了一种针对单细胞RNA测序数据的多视图自适应融合聚类方法scMVAF，通过整合多个细胞视图的特征信息以学习更具判别性的嵌入表示，从而提升聚类性能 | 首次在多视图框架中结合基于去噪零膨胀负二项模型的自编码器与多视图融合模块，自动从不同细胞视图中学习统一特征空间，并通过伪标签迭代优化嵌入表示 | 未明确说明数据集规模限制或对高噪声数据的鲁棒性边界，且方法依赖于下采样特征生成视图，可能丢失部分全局信息 | 解决单细胞RNA-seq数据高维稀疏、含零计数误差导致的聚类难题，通过多视图信息融合提升细胞亚群识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器（基于去噪零膨胀负二项模型） | 基因表达数据 | 16个真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 373 | 2026-06-25 |
USADAE: a deep learning approach to disentangle hidden covariates in RNA-seq data
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag261
PMID:42218722
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研究论文 | 提出一种名为USADAE的深度学习框架，用于在RNA-seq数据中分离隐藏协变量与生物信号 | 利用对抗学习与自编码器结合，实现无监督的隐藏协变量解耦，突破传统线性方法的局限 | 未详细说明计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性 | 解决RNA-seq数据整合分析中隐含技术变异和非线性混杂因素的分离问题 | RNA-seq数据中的生物信号与隐藏协变量 | 机器学习 | 癌症 | RNA-seq | 自编码器、对抗学习 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 374 | 2026-06-25 |
MMP3C v2: a network-based framework decoding metabolic plasticity in rheumatoid arthritis, enabling accurate diagnosis and uncovering cell-type-specific metabolic rewiring
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag307
PMID:42289053
|
研究论文 | 提出MMP3C v2网络框架，通过代谢可塑性分析实现类风湿关节炎精准诊断并揭示细胞类型特异性代谢重编程 | 首次引入网络框架量化代谢通路间的定向可塑性，结合大规模组学数据和机器学习构建跨平台稳健诊断模型，并解析单细胞水平代谢重塑特征 | 未提及 | 开发可扩展方法量化类风湿关节炎中的代谢通路交叉对话，实现精准诊断和细胞类型特异性代谢重编程解析 | 类风湿关节炎患者、骨关节炎患者、系统性红斑狼疮患者及健康对照组的血液和滑膜组织 | 机器学习 | 类风湿关节炎 | 基因表达分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、单细胞转录组学 | 集成分类器（逐步前向选择+岭回归） | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 约3400例批量转录组样本和约228000个单细胞转录组样本 | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 375 | 2026-06-24 |
Developmental landmarks and cellular transitions during extravillous trophoblast cell differentiation
2026-May-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2529836123
PMID:42090250
|
研究论文 | 本文通过批量RNA测序和单细胞RNA测序，描绘了人类滋养层干细胞向绒毛外滋养层细胞分化过程中的发育标志和细胞转变 | 首次在分化第3天识别出关键转变点，发现了多种独特细胞群体和状态特异性调控子，并阐明了cyclin B1、CEBPB和ADAMTS20在分化中的功能作用 | 研究主要基于体外培养系统，可能无法完全复现体内分化环境的复杂性 | 阐明人类滋养层干细胞向绒毛外滋养层细胞分化的调控机制 | 人类滋养层干细胞及其向绒毛外滋养层细胞分化的不同阶段（分化第0、3、6、8天） | 单细胞转录组学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 人类滋养层干细胞在干细胞状态和分化第3、6、8天的样本 | Illumina | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 376 | 2026-06-24 |
HSPCs and Treg cells cooperate to preserve extramedullary hematopoiesis under chronic inflammation
2026-May-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv9351
PMID:42090507
|
研究论文 | 本研究揭示了慢性炎症条件下造血干细胞和祖细胞与调节性T细胞在髓外造血中的协同保护作用 | 首次发现髓外HSPCs可作为抗原呈递细胞促进Treg细胞发育，并与Treg细胞形成相互支持关系，共同维持慢性炎症下的髓外造血 | 仅使用小鼠慢性自身炎症疾病模型，缺乏人类临床样本验证 | 探究慢性炎症对骨髓外造血干细胞和祖细胞的影响及其调控机制 | 慢性自身炎症疾病小鼠模型的血液、脾脏及发炎组织中的髓外HSPCs和Treg细胞 | 数字病理学 | 自身炎症性疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠慢性自身炎症疾病模型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 377 | 2026-06-24 |
From early-onset asthma to chronic obstructive pulmonary disease: potential mediating proteins and therapeutic targets
2026-May-03, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag209
PMID:42089751
|
研究论文 | 利用多组学整合和孟德尔随机化方法，研究从早发性哮喘进展为慢性阻塞性肺疾病的因果机制、潜在中介蛋白及治疗靶点 | 首次通过蛋白质组范围的孟德尔随机化结合单细胞转录组学，系统鉴定从早发性哮喘到慢性阻塞性肺疾病进展中的中介蛋白（如KREMEN1、BLMH、CNTN5、IL1RN、MIA和PILRA），并利用药物可及性评估和多组织eQTL优先筛选COPD治疗候选靶点 | 研究依赖于公开遗传和蛋白质组数据，可能受人群异质性和样本量限制；中介分析基于统计推断，需进一步功能验证 | 阐明早发性哮喘增加慢性阻塞性肺疾病风险的因果机制，并识别潜在中介蛋白及疾病特异性治疗靶点 | 早发性哮喘和慢性阻塞性肺疾病患者及健康对照的遗传和蛋白质组数据 | 自然语言处理 | 呼吸系统疾病 | 孟德尔随机化、蛋白质组范围分析、单细胞转录组学、共定位分析、多组织eQTL分析、药物可及性评估 | NA | 遗传数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据、eQTL数据 | 大规模遗传和蛋白质组数据集，具体样本量未在摘要中说明 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 378 | 2026-06-24 |
Partial domain adaptation enables cross domain cell type annotation between scRNA-seq and snRNA-seq
2026-May, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014223
PMID:42090457
|
研究论文 | 提出ScNucAdapt方法，实现scRNA-seq与snRNA-seq数据集之间的跨域细胞类型注释 | 首次利用部分域自适应（partial domain adaptation）解决scRNA-seq与snRNA-seq数据集间的分布差异和细胞组成差异，实现跨数据集准确注释 | 未提及具体的计算效率或泛化性限制 | 开发一种能够跨越scRNA-seq和snRNA-seq数据集进行细胞类型注释的方法，填补跨数据注释空白 | scRNA-seq和snRNA-seq数据集中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞核RNA测序（snRNA-seq） | 部分域自适应网络 | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞核RNA-seq | NA | NA |
| 379 | 2026-05-21 |
Pan-cancer analysis of spatial transcriptomics reveals heterogeneous tumor spatial microenvironment
2026-May-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102751
PMID:41999752
|
研究论文 | 对12种癌症类型373个样本进行泛癌空间转录组分析，揭示肿瘤空间微环境的异质性 | 首次大规模泛癌空间转录组分析，识别出56个局部细胞程序和13个重现性微环境，并发现肿瘤细胞和巨噬细胞的基因表达高度依赖于其空间位置 | 样本量和癌症类型覆盖仍有局限，部分微环境的临床关联需进一步验证 | 系统解析肿瘤空间微环境的异质性及其对临床结局的影响 | 12种癌症类型的373个肿瘤样本 | 数字病理学 | 多种癌症（泛癌） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 373个肿瘤样本（12种癌症类型） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 380 | 2026-06-23 |
High-quality acinar cell isolation enables single-cell analysis of healthy and injured pancreas
2026-May-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101415
PMID:42013858
|
研究论文 | 开发了一种高效分离高质量腺泡细胞的方法，实现健康和损伤胰腺的单细胞分析 | 提出一种快速消化胰腺组织获得高质量单细胞的方案，克服了腺泡细胞分离困难，实现了对急性胰腺炎模型和胰腺导管腺癌模型中腺泡细胞的全面表征 | 未提及具体局限性 | 开发改善胰腺腺泡细胞分离的方法，以便进行单细胞RNA测序分析 | 小鼠胰腺腺泡细胞 | 数字病理学 | 急性胰腺炎, 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康小鼠胰腺和雨蛙素诱导的急性胰腺炎组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |