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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2026-06-09 |
LongAllele: a joint inference framework for allele-specific analysis on long-read bulk and single-cell RNA sequencing
2026-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.05.722992
PMID:42146353
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研究论文 | 提出一种联合推理框架LongAllele,用于长读长批量与单细胞RNA测序的等位基因特异性分析 | 通过期望最大化算法联合推断杂合变异、单倍型结构和读段-单倍型分配,并引入可定相感知测试避免假阳性 | 未提及具体局限性 | 开发统一的统计框架以全面解析顺式调控效应中的等位基因特异性表达 | 长读长RNA测序数据,包括GTEx多组织批量数据、外周血单核细胞单细胞数据和人海马体单细胞核数据 | 自然语言处理 | NA | 长读长RNA测序 | 期望最大化算法 | RNA测序数据 | 多个组织(GTEx批量数据)、外周血单核细胞(单细胞)、人海马体(单细胞核) | NA | 长读长RNA-seq | NA | NA |
| 342 | 2026-06-09 |
CDCP1 Deletion Protects Against Pressure Overload-Induced Cardiac Dysfunction and Fibrosis in Mice
2026-May-08, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9236741/v1
PMID:42147194
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研究论文 | 本研究证实CDCP1缺失可通过减少成纤维细胞活化和炎症反应来保护小鼠免受压力超负荷诱导的心脏功能障碍和纤维化 | 首次在体内验证CDCP1作为心脏纤维化关键调节因子的作用,并利用空间转录组学揭示其影响成纤维细胞亚群和心肌细胞亚群的分子机制 | 未提及作用机制的完整信号通路以及从动物到人类的转化验证 | 探究CDCP1对压力超负荷诱导的心脏纤维化及功能障碍的体内调控作用 | CDCP1基因敲除小鼠模型及人体心室成纤维细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | CDCP1基因敲除小鼠模型(部分采用血管紧张素Ⅱ/苯肾上腺素诱导),以及人体心室成纤维细胞样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 343 | 2026-06-09 |
Gene-Modulated Network Diffusion for Improved Modeling of Amyloid- β Spread in Alzheimer's Disease
2026-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.04.722725
PMID:42146687
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学术论文 | 通过基因调控的网络扩散模型改善阿尔茨海默病中淀粉样蛋白-β扩散的建模 | 将空间转录组学数据(来自Allen人脑图谱)整合到扩展的网络扩散模型中,以调节蛋白质合成项的速率参数,从而反映区域遗传易感性对淀粉样蛋白-β扩散的影响 | 基线网络扩散模型在机制可解释性方面存在不足 | 改进阿尔茨海默病中淀粉样蛋白-β病理扩散的建模与预测 | 阿尔茨海默病神经影像学队列和阿尔茨海默病测序项目的外部验证队列中的受试者 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | NA | 网络扩散模型、扩展网络扩散模型 | 影像数据、基因表达数据 | 阿尔茨海默病神经影像学队列和阿尔茨海默病测序项目的外部队列 | NA | 空间转录组学 | Allen人脑图谱 | 来自艾伦人脑图谱的空间转录组学数据用于调节区域脆弱性 |
| 344 | 2026-06-09 |
Tumor glycosylation engages CD301b-mediated myeloid regulation in breast cancer
2026-May-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9347231/v1
PMID:42147159
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤糖基化通过CD301b介导的髓系调控影响乳腺癌进展的机制 | 首次鉴定了C型凝集素受体CD301b及其人类同源物CLEC10A在乳腺癌微环境中作为免疫调控因子的作用,并建立了跨物种的髓系调控程序连接 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚需扩大;具体髓系-肿瘤相互作用的分子机制仍需进一步阐明 | 探究异常肿瘤糖基化通过凝集素-糖相互作用对乳腺癌免疫微环境的影响及调控机制 | 小鼠三阴性乳腺癌模型及人类乳腺癌组织中的髓系免疫细胞 | 机器学习和转录组学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型和人类乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 345 | 2026-06-09 |
Exploring adenoid basal carcinoma to squamous cell carcinoma of the uterine cervix transformation using spatial transcriptomics
2026-May, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70036
PMID:41670056
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research paper | 使用空间转录组学探索子宫颈腺样基底细胞癌向鳞状细胞癌的转化 | 首次通过数字空间分析技术揭示了腺样基底细胞癌向鳞状细胞癌转化过程中过渡性巢的分子特征,证实了疾病谱系的存在 | 样本量有限(仅20例,其中4例用于数字空间分析),仍需更大规模研究指导临床决策 | 阐明腺样基底细胞癌与鳞状细胞癌之间的组织形态学和分子生物学关系,以指导治疗策略 | 20例腺样基底细胞癌病例,多数伴有鳞状细胞癌、过渡性巢或高级别鳞状上皮内病变亚型 | digital pathology | 子宫颈癌 | DSP, H&E, IHC | NA | image | 20例(其中4例用于数字空间分析) | NA | spatial transcriptomics | NA | 数字空间分析(Digital Spatial Profiling) |
| 346 | 2026-06-08 |
Supplementation with Lycium barbarum glycopeptide (LbGP) rescues the quality of aged oocytes
2026-May-10, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2026.121318
PMID:41651042
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研究论文 | 研究了枸杞糖肽(LbGP)补充对老龄小鼠卵母细胞质量的恢复作用及其机制 | 首次发现LbGP通过同时恢复老龄卵母细胞线粒体功能和重塑卵巢微环境来延缓生殖衰老 | 具体机制尚未完全阐明 | 探究LbGP对老龄小鼠卵巢功能和卵母细胞质量的恢复作用及潜在机制 | 老龄小鼠卵母细胞和卵巢组织 | 机器学习 | 生殖衰老 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据 | 老龄小鼠(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 347 | 2026-06-08 |
Happening in the Prostate Tumor Microenvironment: Ion Channels and Extrachromosomal DNA Driving Phenotypic Plasticity
2026-May, The Prostate
DOI:10.1002/pros.70139
PMID:41632930
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综述 | 本文评估了离子通道和染色体外DNA在前列腺癌肿瘤微环境中驱动表型可塑性的证据,并分析了单细胞RNA测序数据 | 首次系统整合离子通道与染色体外DNA在前列腺癌表型可塑性中的协同作用,并通过公共单细胞数据集揭示细胞类型特异性表达模式 | 没有提供新的实验数据,依赖现有文献和两个公开数据集的分析 | 研究离子通道和染色体外DNA在前列腺癌肿瘤微环境中驱动表型可塑性和耐药性的机制 | 前列腺癌肿瘤微环境中的离子通道和染色体外DNA | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个公开可用的单细胞RNA测序数据集(原发性前列腺癌和去势抵抗性前列腺癌) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 348 | 2026-06-08 |
Adenosine A2B Receptor Promotes Tumor Progression and Metastases in Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma
2026-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3934
PMID:41642698
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研究论文 | 本研究利用多组学方法分析未分化多形性肉瘤(UPS)配对原发和转移肿瘤样本,发现ADORA2B促进肿瘤进展和转移的机制 | 首次发现ADORA2B作为UPS转移的关键驱动因子,并通过空间转录组学、CRISPR敲除及体内模型验证其促转移功能 | 未明确说明局限性 | 探究UPS转移的分子机制及潜在治疗靶点 | 未分化多形性肉瘤(UPS)患者的原发和转移肿瘤样本 | 机器学习 | 肉瘤 | 空间转录组学、批量RNA测序、CRISPR-Cas9敲除 | NA | 转录组数据 | 13例UPS患者的配对原发和转移肿瘤样本 | NA | 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 349 | 2026-06-08 |
Heterogeneous responses of IM19 anti-CD19 CAR T-cell therapy in refractory systemic lupus erythematosus: an open-label pilot study and a mini-review
2026-May, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.12.014
PMID:41644365
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研究论文 | 评估IM19抗CD19 CAR T细胞疗法治疗难治性系统性红斑狼疮的疗效和安全性,特别关注狼疮性肾炎 | 首次在难治性系统性红斑狼疮患者中评估IM19 CAR T细胞疗法的异质性反应,并通过重复肾活检和单细胞RNA测序深入分析 | 样本量小(仅6例),单臂开放标签设计,缺乏对照组,迷你综述纳入文献有限 | 评估IM19 CAR T细胞疗法在难治性系统性红斑狼疮患者中的疗效和安全性,特别是狼疮性肾炎的反应 | 难治性系统性红斑狼疮伴肾脏受累患者 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | CAR T细胞疗法、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6例难治性系统性红斑狼疮伴肾脏受累患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 350 | 2026-06-07 |
The GATA1 N terminus coordinates metabolic reprogramming in erythropoiesis
2026-May-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025030464
PMID:41587073
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示GATA1 N末端缺失通过代谢重编程导致红细胞生成缺陷的分子机制 | 首次证明GATA1 N末端缺失通过诱导PKM启动子组蛋白乳酸化增强糖酵解通量,而不影响线粒体呼吸,并将GATA1s驱动的红细胞生成缺陷与糖酵解失调联系起来 | 未提供 | 阐明GATA1 N末端区域在红细胞生成中的分子功能 | Gata1突变胚胎的胎肝细胞和急性GATA1删除的红系细胞 | 机器学习和单细胞组学 | 唐氏综合征相关髓系白血病和戴-布二氏贫血(DBA) | 单细胞RNA测序、精准核糖体转录测序、CUT&RUN | NA | 单细胞转录组数据 | Gata1突变胚胎和DBA患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 351 | 2026-06-07 |
Urinary single-cell transcriptomics in kidney transplantation: Elucidation of donor-recipient cellular dynamics and fibrogenic stress
2026-May-14, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2026.05.007
PMID:42134416
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研究论文 | 通过尿液单细胞转录组学揭示肾移植中供体-受体细胞动态与纤维化应激机制 | 首次建立高质量尿液单细胞RNA测序工作流程,并通过基因型反卷积准确区分供体与受体细胞来源,为非侵入性监测肾移植排斥和纤维化提供新方法 | 样本量较小(仅12名受者),且未指定 | 探索尿液单细胞RNA测序在肾移植中捕获细胞动态和纤维化应激的可行性 | 12名不同临床状态的肾移植受者尿液样本 | 数字病理学 | 肾移植相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名肾移植受者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 352 | 2026-06-07 |
Single-cell transcriptomics and metabolomics demonstrate that Taohe Chengqi decoction alleviates sepsis-associated acute lung injury by modulating immunometabolism
2026-May-10, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2026.121283
PMID:41619860
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和代谢组学分析,揭示桃核承气汤通过调节免疫代谢缓解脓毒症相关急性肺损伤的机制 | 首次整合单细胞转录组学和代谢组学方法,系统阐明桃核承气汤通过调节糖酵解通路改善肺泡-毛细血管屏障、重塑免疫微环境治疗脓毒症相关急性肺损伤的免疫代谢机制 | 研究仅基于单批次桃核承气汤,需要多批次验证以确保结果的可重复性和临床相关性 | 探索桃核承气汤治疗脓毒症相关急性肺损伤的免疫代谢机制 | 桃核承气汤及脂多糖诱导的脓毒症相关急性肺损伤小鼠模型 | 数字病理学 | 脓毒症相关急性肺损伤 | 非靶向代谢组学, 单细胞转录组学 | NA | 代谢组学数据, 单细胞转录组数据 | 脂多糖诱导的脓毒症相关急性肺损伤小鼠模型(具体样本量未提供) | NA | 单细胞RNA测序, 非靶向代谢组学 | NA | NA |
| 353 | 2026-06-07 |
Circulating Tumor Cells Predict Response to the DLL3-Targeting Bispecific Antibody Tarlatamab
2026-May-01, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-1483
PMID:41532856
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研究论文 | 循环肿瘤细胞预测靶向DLL3的双特异性抗体Tarlatamab的疗效反应 | 首次利用单细胞RNA测序分析小细胞肺癌活检组织中DLL3表达的异质性,并通过循环肿瘤细胞区分患者为DLL3阳性或DLL3低表达,前瞻性队列中CTC的DLL3表达预测Tarlatamab临床获益具有高灵敏度和特异性 | 样本量较小(20例患者),未提及长期随访数据,耐药机制分析仅限于部分病例 | 评估循环肿瘤细胞上DLL3表达作为小细胞肺癌患者Tarlatamab治疗疗效预测生物标志物的可行性 | 小细胞肺癌患者 | 医学图像分析 | 小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本、图像 | 20例患者的前瞻性队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 354 | 2026-06-07 |
An integrative multi-cohort transcriptomic study reveals cell cycle- and adhesion-related hub genes as diagnostic biomarkers for pulmonary arterial hypertension
2026-May, Advances in biological regulation
DOI:10.1016/j.jbior.2026.101145
PMID:41576688
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研究论文 | 通过整合多个GEO数据集和实验验证,发现细胞周期和黏附相关关键基因CDK1、TPX2、IGF1和VCAM1可作为肺动脉高压的诊断生物标志物 | 首次综合多队列转录组分析并结合单细胞测序数据及动物模型验证,鉴定出CDK1、TPX2、IGF1和VCAM1四个关键基因作为PAH的多基因诊断标志物 | NA | 筛选并验证肺动脉高压相关关键基因作为无创诊断生物标志物 | 肺动脉高压患者血液或组织样本及尼古丁诱导的肺动脉高压小鼠模型 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 基因表达芯片、单细胞测序、RT-qPCR | NA | 基因表达数据 | 5个GEO数据集(GSE117261, GSE24988, GSE53408, GSE113439, GSE33463, GSE228644)及小鼠模型样本 | NA | 批量RNA-seq | NA | NA |
| 355 | 2026-06-07 |
Monocyte-derived macrophages promote retinal damage after ischemic stroke via IL-1β-dependent mechanism
2026-May, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2026.115676
PMID:41621472
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研究论文 | 本研究利用小鼠模型证明单核细胞来源的巨噬细胞通过IL-1β依赖机制促进缺血性卒中后的视网膜损伤 | 首次阐明单核细胞来源的巨噬细胞在缺血性卒中后视网膜损伤中的关键作用及其IL-1β依赖机制 | 主要基于小鼠模型,未在人类样本中验证;可能未涵盖所有潜在的免疫细胞亚型 | 探究缺血性卒中后视网膜损伤的炎症机制 | 利用中脑动脉闭塞模型模拟缺血性卒中的小鼠视网膜 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, Luminex检测 | NA | RNA测序数据, 图像数据 | 涉及小鼠样本,具体数量未在摘要中说明 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 视网膜bulk RNA测序和单细胞RNA测序使用Illumina平台 |
| 356 | 2026-06-07 |
Mosaic variants in KRAS and STAT5B associated with a mixed phenotype of 2 acquired errors of immunity
2026-May, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2026.01.018
PMID:41628732
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研究论文 | 该文章报告了一例18岁女性患者携带KRAS和STAT5B体细胞嵌合变异,导致混合性获得性免疫缺陷的病例 | 首次报道两种不同的获得性免疫缺陷(Ras相关自身免疫性白细胞增殖性疾病和非克隆性STAT5B功能获得性疾病)共同导致混合临床表型 | NA | 研究一例携带KRAS和STAT5B功能获得性嵌合变异的独特病例,探讨其与免疫缺陷疾病的关联 | 一名18岁女性患者,患有炎症性肠病、脾肿大、血小板减少、支气管扩张、单核细胞增多和嗜酸性粒细胞增多 | 数字病理学 | 免疫缺陷疾病 | 全基因组测序、靶向扩增子测序、短读长单细胞RNA测序、长读长单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因序列数据、单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 1例患者的纵向血液和组织样本 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 短读长和长读长单细胞RNA测序 |
| 357 | 2026-06-07 |
Multi-omics identifies an epithelial-B cell cross-talk that drives functional B cell diversion in breast cancer lymph node metastasis
2026-May, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112394
PMID:41610965
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研究论文 | 通过多组学分析揭示乳腺癌淋巴结转移中上皮细胞与B细胞间的相互作用,导致B细胞功能分化 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和体内功能模型,系统描绘乳腺癌转移过程中B细胞状态和相互作用 | NA | 阐明乳腺癌淋巴结转移中B细胞的功能异质性和作用机制 | 乳腺癌原发肿瘤和转移淋巴结中的B细胞 | 机器学习和数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 测序数据, 图像数据 | 配对的原发肿瘤和转移淋巴结样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 358 | 2026-06-07 |
Depression-related chronic stress promotes ovarian cancer progression via metabolic dysfunction and IRF1-mediated immune suppression
2026-May, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2026.106471
PMID:41605304
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研究论文 | 探讨抑郁相关慢性应激如何通过代谢功能障碍和IRF1介导的免疫抑制促进卵巢癌进展 | 首次揭示抑郁相关慢性应激通过下调IRF1表达、重塑免疫-代谢微环境促进卵巢癌进展的机制,并提出抗抑郁药联合化疗作为潜在治疗策略 | 未明确说明 | 研究抑郁与卵巢癌进展的关系及抗抑郁药物的潜在治疗价值 | 卵巢癌患者及小鼠模型 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 代谢组学 | NA | 基因表达数据, 代谢组数据 | 卵巢癌患者样本及小鼠慢性应激模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 359 | 2026-06-07 |
TNBC Spatial Transcriptomic Analysis across Clinical States Reveals Subtype-Specific Networks and Immunosuppressive Niches
2026-May-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0808
PMID:42100798
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研究论文 | 通过GeoMx空间转录组学分析不同临床状态的三阴性乳腺癌,揭示亚型特异性网络和免疫抑制微环境 | 首次整合分子亚型、免疫浸润和空间结构,提出免疫-空间分子亚型(ISMS)框架,揭示三阴性乳腺癌在疾病进展中的异质性和免疫-空间可塑性 | NA | 通过空间转录组学分析三阴性乳腺癌在非转移性原发肿瘤、转移性原发肿瘤和淋巴结转移中的转录组和免疫空间变化,以阐明疾病进展机制 | 三阴性乳腺癌患者的非转移性原发肿瘤、转移性原发肿瘤和淋巴结转移样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 多个临床状态的肿瘤样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组平台 |
| 360 | 2026-06-07 |
scGHSOM: A Hierarchical Framework for Single-Cell Data Clustering and Visualization
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3593632
PMID:40811172
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研究论文 | 开发了一个基于层次生长自组织映射的框架scGHSOM,用于单细胞数据的分层聚类和可视化 | 提出了显著属性识别算法以最小化簇内变异并最大化簇间变异,并引入簇特征图和簇分布图两种新可视化工具 | 仅在三个CyTOF数据集上验证性能,未在更多样化的单细胞RNA测序数据上测试 | 解决高维单细胞数据分析中的层次聚类和可视化挑战 | 单细胞数据集,包括CyTOF和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | CyTOF, 单细胞RNA测序 | 层次生长自组织映射 (GHSOM) | 高维单细胞数据 | 三个CyTOF数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |