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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2026-06-11 |
Integrated Bulk and Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Mitochondrial Transporter Gene Programs in Human Spermatogonial Stem Cells
2026-May, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-026-11092-x
PMID:41770292
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研究论文 | 整合批量芯片和单细胞转录组数据分析揭示人类精原干细胞中线粒体转运蛋白基因程序 | 首次系统性描绘人类精原干细胞中线粒体转运蛋白(TOM/TIM复合体)和转运蛋白基因的转录谱,并识别关键枢纽基因和潜在miRNA调控机制 | 未在功能水平验证预测的miRNA调控关系,且样本量有限可能影响结果的普适性 | 阐明人类精原干细胞中线粒体转运蛋白基因的表达特征和调控网络 | 人类精原干细胞富集群体(每组3个生物学重复) | 机器学习 | NA | 微阵列芯片, scRNA-seq | WGCNA, STRING/cytoHubba, limma | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 3组生物学重复(微阵列芯片)和多个单细胞RNA-seq数据集 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 302 | 2026-06-11 |
SEAL: Semantic-Aware Contrastive Learning for scRNA-Seq Clustering
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3669981
PMID:41774662
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研究论文 | 提出一种语义感知对比学习方法SEAL用于单细胞RNA测序数据聚类 | 首次将语义感知对比学习应用于scRNA-seq数据聚类,通过随机掩码生成增强数据并利用伪标签捕获语义不变表示 | 未明确说明局限性,但文中提到现有方法在高缺失率和噪声数据中无法完全捕获细胞内在特性,该方法可能仍面临类似挑战 | 开发一种稳定的无监督scRNA-seq聚类方法以准确区分不同细胞类型 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 机器学习 | 不适用 | scRNA-seq | 对比学习(语义感知对比学习) | 基因表达数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA-seq | 不适用 | 不适用 |
| 303 | 2026-06-11 |
Human umbilical cord mesenchymal stem cell-derived small extracellular vesicles accelerate diabetic wound healing by reprogramming fibroblast subpopulations and delivering pro-regenerative cargos
2026-May, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2026.107910
PMID:41775031
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研究论文 | 人脐带间充质干细胞来源的小细胞外囊泡通过重编程成纤维细胞亚群和递送促再生因子加速糖尿病伤口愈合 | 首次利用单细胞转录组测序和邻近条形码分析技术揭示了hUC-MSC-sEVs通过重编程成纤维细胞亚群(特别是Trps1+成纤维细胞)和递送功能特异的sEV亚群(如ITGB1富集亚群)的双重机制来加速糖尿病伤口愈合 | 未明确指出具体局限性 | 探究人脐带间充质干细胞来源的小细胞外囊泡在糖尿病伤口愈合中的作用机制 | 糖尿病小鼠伤口模型中的成纤维细胞和小细胞外囊泡亚群 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序、批量RNA测序、邻近条形码分析、免疫荧光 | 未指定 | 基因表达数据 | 糖尿病小鼠(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 304 | 2026-06-11 |
PH2ST: Prompt-guided hypergraph learning for spatial transcriptomics prediction in whole slide images
2026-May, Medical image analysis
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.media.2026.104008
PMID:41775138
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研究论文 | 提出了一种基于提示引导的超图学习框架PH2ST,用于从H&E染色全切片图像预测空间转录组学数据 | 提出提示引导的超图学习框架,利用有限的空间转录组信号指导多尺度组织学表示学习,实现准确稳健的空间基因表达预测 | 未明确说明,但基于摘要推断可能受限于数据集规模和提示采样策略的普适性验证 | 开发从H&E染色图像预测空间转录组学的计算框架,克服现有技术成本高、覆盖有限和异质性挑战 | 两个公共空间转录组学数据集 | 数字病理学 | 未指定 | 空间转录组学 | 超图学习、提示引导学习 | 图像(H&E染色全切片图像)和基因表达数据 | 两个公共空间转录组数据集 | 未指定 | 空间转录组学 | 未指定 | 未指定 |
| 305 | 2026-06-11 |
Inhibiting VTCN1 overcomes immunosuppression in colorectal cancer to activate T cells via galectin-3
2026-May-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00323.2025
PMID:41778365
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研究论文 | 通过多组学框架阐明VTCN1-半乳糖凝集素3轴在结直肠癌中驱动免疫抑制,抑制VTCN1可激活T细胞并抑制肿瘤进展 | 首次揭示VTCN1-半乳糖凝集素3轴作为结直肠癌免疫抑制的关键通路,并验证VTCN1抑制剂SGN-B7H4的治疗潜力 | NA | 探究VTCN1和半乳糖凝集素3在结直肠癌免疫抑制中的作用机制及治疗潜力 | 结直肠癌细胞及T细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序, 转录组学, 蛋白质组学 | NA | 单细胞数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 306 | 2026-06-11 |
Comparison of single-cell sequencing technologies for allele-specific expression analysis in rabbit spermatids
2026-May, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2026.111224
PMID:41780767
|
研究论文 | 比较单细胞测序技术在兔精子细胞等位基因特异性表达分析中的应用 | 首次在兔精子细胞中利用长读长测序技术进行等位基因特异性表达分析,并比较了不同测序平台的性能 | 短读长测序(Illumina)被认为不适用于该分析,且结果需要进一步验证其在基因生物防治中的适用性 | 识别兔精子细胞中候选等位基因特异性表达基因,用于未来基因生物防治研究 | 欧洲兔(Oryctolagus cuniculus)的精子细胞 | 数字病理学 | 遗传性疾病 | 单细胞测序、长读长测序、短读长测序 | NA | 序列数据 | 兔精子细胞样本(具体数量未提及) | Illumina | 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq, 长读长测序平台(具体未指定) | 短读长测序采用Illumina平台,长读长测序采用未明确指定的平台 |
| 307 | 2026-06-11 |
Neutrophil CAPNS1 regulates cardiac inflammation and injury by promoting NETosis in CVB3-induced myocarditis
2026-May, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 研究了中性粒细胞CAPNS1在柯萨奇病毒B3诱导的心肌炎中通过促进NETosis调节心脏炎症和损伤的作用 | 首次揭示中性粒细胞CAPNS1通过calpain介导的Nesprin 1降解促进NETs形成,从而加重病毒性心肌炎的心脏损伤,并提出了靶向CAPNS1的新治疗策略 | 未提及 | 探讨中性粒细胞CAPNS1在CVB3诱导心肌炎中的免疫调节机制及其作为治疗靶点的潜力 | CVB3感染的小鼠模型及分离的骨髓来源中性粒细胞 | machine learning | 心肌炎 | 单细胞测序,免疫共沉淀,条件性基因敲除 | NA | 单细胞测序数据 | CVB3感染小鼠及对照小鼠的心脏组织、骨髓来源中性粒细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 308 | 2026-06-11 |
Targeting ACSS2 disrupts metabolic-epigenetic crosstalk to restore apoptosis and temozolomide chemosensitivity in pancreatic neuroendocrine tumors
2026-May-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218406
PMID:41786280
|
研究论文 | 本研究发现乙酰辅酶A合成酶2通过代谢表观遗传轴驱动胰腺神经内分泌肿瘤对替莫唑胺的耐药性,并揭示了靶向ACSS2/BCL6/P53通路可恢复凋亡和化疗敏感性 | 首次阐明ACSS2通过代谢-表观遗传互作调控BCL6转录进而抑制TP53表达的耐药机制,并验证了ACSS2抑制剂联合免疫治疗的协同增效作用 | 未提及具体研究局限 | 探究胰腺神经内分泌肿瘤对替莫唑胺耐药的分子机制并寻找治疗新靶点 | 胰腺神经内分泌肿瘤细胞、患者源性类器官和免疫活性Rip1-Tag2小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床队列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 309 | 2026-06-11 |
Sensitizer-Induced Basophils Accelerate Skin Re-Epithelialization via IL-4/IL-13-Mediated Macrophage Polarization
2026-May, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70279
PMID:41787818
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research paper | 本研究揭示致敏物诱导的嗜碱性粒细胞通过IL-4/IL-13介导的巨噬细胞极化加速皮肤再上皮化 | 发现嗜碱性粒细胞在致敏皮肤中具有促进组织修复的新功能,超越其传统致痒和促炎作用,并阐明IL-4/IL-13依赖的巨噬细胞重编程机制 | 未在论文标题和摘要中明确说明局限性 | 探究致敏皮肤反应中募集的嗜碱性粒细胞是否促进伤口愈合 | 嗜碱性粒细胞在致敏物诱导的皮肤损伤模型中的功能 | machine learning | atopic dermatitis | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、RT-qPCR、免疫组化 | NA | image | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 310 | 2026-06-10 |
Identification of zinc finger protein-related feature genes in ischemic stroke via explainable machine learning: A comprehensive analysis
2026-May-30, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.154013
PMID:42259201
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研究论文 | 通过可解释机器学习方法识别缺血性卒中中锌指蛋白相关特征基因并进行综合分析 | 首次系统整合多组学数据与多种机器学习算法,结合孟德尔随机化、贝叶斯共定位及单细胞测序分析,鉴定出ZNF438、ZNF566和ZNF608作为缺血性卒中的新型生物标志物,并构建了具有高诊断性能的模型 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,缺乏大规模前瞻性队列验证;单细胞测序分析未提供样本量信息;药物筛选结果需进一步实验验证 | 系统鉴定缺血性卒中相关的锌指蛋白特征基因并评估其作为生物标志物的潜力 | 锌指蛋白相关基因,重点关注ZNF438、ZNF566和ZNF608 | 机器学习 | 脑血管疾病 | RNA-seq, scRNA-seq | LASSO, SVM-RFE, 随机森林, 深度学习 | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 来自GEO数据库的转录组数据集及外部验证集,具体样本量未说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 311 | 2026-06-10 |
Tanreqing injection regulates Sema7a/Plxnc1 signaling pathway mediated neutrophil extracellular trap formation to alleviate lipopolysaccharide-induced acute lung injury
2026-May-23, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2026.121397
PMID:41713818
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研究论文 | 探讨痰热清注射液通过调控Sema7a/Plxnc1信号通路介导的中性粒细胞胞外陷阱形成来缓解脂多糖诱导的急性肺损伤 | 首次揭示了痰热清注射液通过抑制Sema7a/Plxnc1信号通路减少中性粒细胞胞外陷阱形成来缓解急性肺损伤的分子机制,并发现其活性成分黄芩苷可竞争性抑制Sema7a与Plxnc1的结合 | 未提及明显的局限性 | 评估痰热清注射液对急性肺损伤的治疗效果并阐明其分子机制 | 脂多糖诱导的急性肺损伤大鼠模型 | 机器学习 | 急性肺损伤 | 超高效液相色谱-四极杆-电喷雾质谱(UHPLC-QE-MS),代谢组学,RNA测序,单细胞测序,分子对接 | NA | 基因表达数据,代谢组数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 312 | 2026-06-10 |
Single-cell analysis identifies endothelial venous thromboembolism signatures as predictors of immunotherapy resistance and survival across cancers
2026-May-19, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH
IF:5.5Q1
DOI:10.1016/j.jtha.2026.05.009
PMID:42162740
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研究论文 | 通过单细胞分析识别肿瘤相关内皮细胞的静脉血栓栓塞特征,作为癌症免疫治疗耐药和生存预测因子 | 首次系统性地在多种肿瘤中基于单细胞RNA测序数据定义内皮细胞静脉血栓栓塞转录特征,并构建了具有预后和免疫治疗反应预测价值的Endo.VTM模型 | 该研究主要基于公共数据库数据,缺乏独立的前瞻性临床验证队列 | 表征肿瘤微环境中静脉血栓栓塞相关的转录特征,识别内皮特异性风险基因,并建立连接高凝状态、免疫功能障碍和肿瘤进展的预后模型 | 肿瘤相关内皮细胞 | 机器学习 | 肿瘤相关静脉血栓栓塞 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、CRISPR-Cas9依赖筛选 | 预后模型(Endo.VTM) | 基因表达数据 | 38个单细胞RNA测序数据集,涵盖多种肿瘤类型;使用TCGA和GEO的批量RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 313 | 2026-06-10 |
Integrated transcriptomic analysis reveals lymphatic Icam1-mediated immune dynamics after myocardial infarction
2026-May-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 通过整合转录组分析揭示了心肌梗死后淋巴管内皮细胞中Icam1介导的免疫动态变化 | 首次使用LEC特异性Icam1条件敲除小鼠模型,并结合单细胞RNA测序和空间转录组学,系统性研究了Icam1在心肌梗死后免疫微环境重塑中的作用 | 未明确说明限制,但可能包括小鼠模型与人类差异及时间点选择 | 阐明淋巴管内皮细胞中Icam1如何调控心肌梗死后免疫微环境 | 心肌梗死后小鼠心脏中的淋巴管内皮细胞和免疫细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 条件敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 心肌梗死后3、7、21和42天的小鼠心脏样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 314 | 2026-06-10 |
Glomerular Endothelial Rarefaction Associated With Hypoxic Neutrophils Marks Renal Pathology Activity in Lupus Nephritis
2026-May-15, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70220
PMID:42138328
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研究论文 | 本研究探讨狼疮性肾炎患者肾组织中与低氧中性粒细胞相关的肾小球内皮稀疏化及其在肾病理活动中的标志作用 | 首次通过空间转录组学和多重循环免疫荧光技术揭示狼疮性肾炎中肾小球低氧微环境与中性粒细胞胞外陷阱形成的关联,并提出尿液中中性粒细胞货物蛋白可作为疾病活动性的无创生物标志物 | 研究样本量有限,且未进行纵向随访以验证低氧中性粒细胞与肾损伤进展的因果关系 | 探究狼疮性肾炎患者肾组织中低氧和免疫介导损伤的空间转录组特征 | 狼疮性肾炎患者肾活检组织及肾移植健康对照组织 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 空间转录组学、多重循环免疫荧光、酶联免疫吸附测定 | NA | 空间基因表达数据、免疫荧光图像 | 狼疮性肾炎患者和肾移植对照组的肾活检样本(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学分析 |
| 315 | 2026-06-10 |
Lense: Optimizing data preprocessing in single-cell omics using LLMs
2026-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.07.723465
PMID:42182127
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研究论文 | 介绍一种名为Lense的基于语言模型的方法,用于自动优化单细胞组学数据预处理 | 利用大语言模型自动选择最优预处理流程,无需手动调参,并整合到Seurat平台中 | 未在标题和摘要中明确说明局限性 | 优化单细胞组学数据预处理,提高鲁棒性 | 单细胞组学数据,尤其是空间转录组学等新兴平台的数据 | 机器学习 | NA | 单细胞组学 | 大语言模型 | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 316 | 2026-06-10 |
Gut-brain axis-mediated mechanisms and immune regulatory pathways in vascular dementia: Insights into microbiota-derived metabolites and novel therapeutic strategies
2026-May-08, Behavioural brain research
IF:2.6Q3
DOI:10.1016/j.bbr.2026.116113
PMID:41722735
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研究论文 | 本研究通过整合框架分析肠道微生物及其代谢物通过肠脑轴影响血管性痴呆的分子机制,并鉴定PIK3CG为关键致病基因 | 首次结合多机器学习方法(LASSO、神经网络、SVM-RFE)与SHAP分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序及肠道微生物-代谢物-靶点网络和分子对接,系统揭示血管性痴呆中肠脑轴介导的免疫调节通路及潜在治疗策略 | 未在独立队列或动物模型中验证PIK3CG的因果关系及代谢物-蛋白质相互作用的体内效果 | 阐明血管性痴呆中肠脑轴介导的分子机制并探索基于肠道微生物代谢物的新型治疗策略 | 血管性痴呆相关的差异表达基因、肠道微生物代谢物及免疫调节通路 | 自然语言处理 | 血管性痴呆 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO, 神经网络, SVM-RFE | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 317 | 2026-06-10 |
Hepatocyte-targeted Bap1 reduction in the liver primes an inflammatory transcriptional response
2026-May-06, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkag047
PMID:41712409
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研究论文 | 通过CRISPR/Cas9技术在小鼠肝细胞特异性敲除Bap1,结合空间转录组学和分析免疫组化,研究Bap1缺失对肝脏生物学和损伤应答的影响 | 首次在体内小鼠模型中通过AAV8介导的CRISPR/Cas9实现肝细胞特异性Bap1敲除,并结合单细胞分辨率空间转录组学与定量纹理分析,揭示Bap1在肝脏免疫细胞反应中的关键调控作用 | 未提及 | 探究Bap1在肝脏中的正常功能及其缺失对肝脏损伤应答和免疫环境的影响 | 小鼠肝细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | CRISPR/Cas9基因组编辑, 空间转录组学, 免疫组化, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据, 图像 | 小鼠肝脏组织样本 | NA | 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 318 | 2026-06-10 |
Xenium-based spatial transcriptomic analyses uncover prognosis-associated heterogeneity in the tumor microenvironment (TME) of angioimmunoblastic T-cell lymphoma (AITL)
2026-May, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70035
PMID:41711078
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研究论文 | 利用基于Xenium的空间转录组技术分析血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(AITL)肿瘤微环境中的预后相关异质性 | 首次在AITL中鉴定出具有干性特征的NEIL3+滤泡辅助T细胞(Tfh)新亚群,并揭示难治/复发型与治疗响应型肿瘤微环境在免疫细胞组成和组织上的显著差异 | 未明确提及,但样本量较小(10例临床样本),可能限制结果的普适性 | 阐明难治/复发型AITL的肿瘤微环境异质性及潜在的预后和治疗靶点 | 10例血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(AITL)临床样本 | 数字病理学 | 血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(AITL) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 10例临床样本(包括难治/复发型和治疗响应型) | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | 基于Xenium的空间转录组分析 |
| 319 | 2026-06-10 |
Decoding the Cardiac Immune Microenvironment and Fibroblast Crosstalk in Radiotherapy Combined with Immunotherapy-Induced Cardiac Fibrosis Based on Single-Cell Transcriptomic Analysis
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202519216
PMID:41717832
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研究论文 | 基于单细胞转录组分析解码放疗联合免疫治疗诱导心脏纤维化中的心脏免疫微环境和成纤维细胞交互作用 | 首次通过单细胞转录组分析揭示放疗联合免疫治疗(放射免疫治疗)诱导心脏纤维化中成纤维细胞与免疫细胞(特别是IL-6介导的成纤维细胞-巨噬细胞交互作用)的关键机制,并发现托珠单抗(IL-6R抑制剂)具有缓解心脏毒性的治疗潜力 | 未提及具体局限性,但可能包括临床样本量有限、动物模型与人类病理差异、长期心脏毒性评估不足等 | 阐明放射免疫治疗诱导心脏纤维化的潜在机制,特别是心脏微环境中成纤维细胞与免疫细胞的交互作用,并探索靶向干预策略 | 放射免疫治疗诱导心脏纤维化的小鼠模型和接受胸部分次放疗联合免疫治疗的患者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 临床前小鼠模型(多个时间点:第28天、3个月、5个月)和患者血清样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 320 | 2026-06-10 |
Stabilin-1+ lipid-associated macrophages promote lung adenocarcinoma liver metastasis and osimertinib resistance through impairing macrophage phagocytosis via SIRPα-CD47 axis
2026-May, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2026.101379
PMID:41719890
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研究论文 | 研究揭示STAB1+脂质相关巨噬细胞通过SIRPα-CD47轴损害巨噬细胞吞噬功能,促进肺腺癌肝转移和奥希替尼耐药 | 首次鉴定出STAB1+脂质相关巨噬细胞亚群在肺腺癌肝转移中富集,并阐明其通过SIRPα-CD47信号抑制巨噬细胞吞噬作用的机制 | 未明确说明局限性 | 探究脂质相关巨噬细胞在肺腺癌肝转移和奥希替尼耐药中的功能及分子机制 | 肺腺癌患者原发肿瘤和肝转移肿瘤组织、小鼠异种移植模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、RNA-seq、Luminex多因子检测、免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据、细胞共培养数据 | 人类原发性和肝转移性肺腺癌肿瘤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |