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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-07-10 |
scRAPID-web: a web server for predicting protein-RNA interactions from single-cell transcriptomics
2026-May-14, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-12870-0
PMID:42129640
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研究论文 | scRAPID-web是一个基于单细胞转录组学预测蛋白质-RNA相互作用的网络服务器 | 将单细胞RNA测序数据与catRAPID预测整合,提供用户友好的网络界面,支持八种模式生物的RBP-RNA和RBP-RBP相互作用预测 | 依赖预先编译的文库和选择的基因调控网络推理算法,可能限制分析的灵活性和适用范围 | 开发可访问的网络工具,基于单细胞转录组数据预测蛋白质-RNA相互作用和调控网络 | 八种模式生物中与RNA结合蛋白和RNA相互作用相关的单细胞转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达矩阵数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 282 | 2026-07-10 |
Multi-omics mapping identifies a C/EBPβ-S100a4⁺ macrophage axis as a therapeutic target in acute spinal cord injury
2026-May-14, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08239-2
PMID:42135765
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研究论文 | 利用多组学整合方法鉴定急性脊髓损伤中的C/EBPβ-S100a4+巨噬细胞轴作为治疗靶点 | 首次通过高时间分辨率的单细胞RNA测序与系统网络建模,解析出C/EBPβ-S100a4+巨噬细胞轴作为急性神经炎症的主要驱动因子,并发现黄芩素能有效调控该轴 | 未提及明显局限性,但初步研究可能需进一步验证在人体中的适用性 | 阐明急性脊髓损伤后早期免疫细胞状态及其上游调控回路,以识别基于机理的治疗靶点 | 小鼠脊髓损伤模型及激活的巨噬细胞 | 机器学习 | 急性脊髓损伤 | RNA-seq | CNN | 图像 | 小鼠脊髓样本,具体数量未在摘要中提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 283 | 2026-07-10 |
Cellular state heterogeneity underlying sex differences in Alzheimer's disease based on single-cell transcriptome
2026-May-14, Alzheimer's research & therapy
DOI:10.1186/s13195-026-02081-w
PMID:42135783
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研究论文 | 基于单细胞转录组分析阿尔茨海默病中性别差异的细胞状态异质性 | 通过非负矩阵分解识别细胞类型特异性元程序,揭示性别偏向的细胞状态及其在代谢、细胞间通讯和疾病关联中的差异 | 未提及,但潜在包括样本来源的异质性和分析方法的计算偏差 | 探究阿尔茨海默病中性别差异的分子机制,聚焦于细胞状态异质性 | 阿尔茨海默病患者和正常对照的脑组织细胞,包括六种主要细胞类型 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 单细胞或单核转录组数据 | 603个样本(296个女性,307个男性;339个AD,264个正常)来自10个队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 284 | 2026-07-10 |
Modulation of tumor-derived exosomes and reprogramming of cancer-associated fibroblasts for colorectal cancer therapy
2026-May-06, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-026-02661-2
PMID:42092888
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧条件下结直肠癌细胞来源外泌体通过HIF1A-AS2/miR-33/HIF-1α轴激活成纤维细胞为癌症相关成纤维细胞的机制,并探索了潜在治疗策略 | 首次发现缺氧诱导的外泌体lncRNA HIF1A-AS2通过海绵吸附miR-33解除对HIF-1α抑制,激活Notch1/ERK信号通路,驱动正常成纤维细胞向癌相关成纤维细胞转化,并利用机器学习和单细胞转录组分析验证其作为预后标志物的潜力 | 研究主要基于体外细胞实验和异种移植模型,尚需临床样本验证及深入机制解析 | 阐明缺氧肿瘤外泌体介导的成纤维细胞重编程在结直肠癌进展中的作用及其分子机制 | 结直肠癌细胞来源外泌体、正常组织相关成纤维细胞、癌症相关成纤维细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | 外泌体分离与表征、单细胞RNA测序、机器学习分析 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 多种结直肠癌细胞系及异种移植模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 285 | 2026-07-10 |
Seesaw signatures capture trajectory-like transcriptomic shifts and enable compact tumour cell classification across cancers
2026-May-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10172-5
PMID:42086757
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research paper | 研究发现Seesaw配对能捕捉轨迹样转录组变化,实现跨癌种的紧凑肿瘤细胞分类 | 提出Seesaw配对概念,基于基因表达排名反转来识别恶性转化,仅需三个基因对即可在44个数据集上实现高精度分类 | 未明确说明实验验证或外部独立数据集中的泛化能力,可能受限于单细胞RNA-seq技术本身的数据异质性 | 开发一种简单、可解释的肿瘤细胞识别方法,提高跨癌种分类的准确性和普适性 | 44个单细胞RNA测序数据集,涵盖22种癌症类型 | 单细胞基因组学 | 多种癌症(如肺癌、前列腺癌等) | 单细胞RNA测序 | 基于Seesaw配对的分类器 | 单细胞基因表达数据 | 44个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 286 | 2026-07-10 |
Cross-species comparison of amniote single-cell transcriptomes reveals evolutionary conservation and divergence in the chicken immune system
2026-May-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72642-y
PMID:42086564
|
研究论文 | 通过跨物种单细胞转录组比较,揭示鸡免疫系统的进化保守性和差异性 | 首次构建包含157万细胞、157种细胞类型的鸡单细胞转录组图谱,并整合龟类和鸭类数据与人类scRNA-seq数据进行比较,发现鸡滤泡树突状细胞起源于髓系而非基质系 | 仅涉及3种龟类、2种鸭类,人类数据为公开数据,可能存在批次效应和物种间比较的偏差 | 通过跨物种单细胞转录组比较,研究鸡免疫系统的进化保守性和差异性 | 鸡、龟、鸭和人类免疫细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 16只鸡(157万细胞,36组织)、3只龟(23万细胞,14组织)、2只鸭(2.2万细胞,3组织)、人类公共数据(96万细胞,32组织) | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学 | NA | NA |
| 287 | 2026-07-10 |
Single-cell transcriptome sequencing (ScRNA-seq) uncovers the regulatory role of lodicule cells in rice floret opening (FO)
2026-May-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10191-2
PMID:42082742
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示水稻浆片细胞在颖花开放中的调控机制 | 首次利用单细胞转录组测序解析了浆片细胞在颖花开放中的异质性调控网络,特别是韧皮部与浆片细胞的通讯在渗透调节和细胞壁重塑中的作用 | 研究仅关注了两个时间点(开花前和开花期),未涵盖更早或更晚的发育阶段;功能验证实验不足 | 阐明水稻颖花开放中浆片细胞介导的分子调控机制 | 水稻小穗样本中的浆片细胞及相关细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 水稻小穗样本,具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 288 | 2026-07-10 |
SCMBench: benchmarking domain-specific and foundation models for single-cell multi-omics data integration
2026-May-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72570-x
PMID:42069651
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研究论文 | 对域特定模型和基础模型在单细胞多组学数据整合中的表现进行基准测试 | 首次全面评估基础模型与域特定模型在多组学整合任务中的性能,并提出轻量级自适应策略来弥补基础模型的不足 | 未提及与其他数据类型或更大规模数据集的整合评估,可能限制泛化性 | 系统评估域特定模型和基础模型在单细胞多组学数据整合中的准确性、生物标志物检测、轨迹推断和批次校正能力 | 23种单细胞多组学数据整合方法 | 机器学习 | NA | 单细胞多组学测序 | 域特定模型和基础模型 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 289 | 2026-07-10 |
Genetic profile of Lepr+ skeletal stem/progenitor cells in the periodontal ligament and functional compensation during aging and bone repair
2026-05, Bone
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.bone.2026.117833
PMID:41692367
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研究论文 | 通过谱系追踪和单细胞RNA测序,研究了牙周膜中Lepr+骨骼干/祖细胞的遗传特征,揭示了其层级组织、功能特性和在衰老及骨修复中的补偿机制 | 首次揭示Lepr牙周膜细胞中Thy1阳性而Runx2阴性的亚群处于层级顶端,并发现Kitl表达特异性,以及衰老过程中Lepr细胞贡献下降且存在其他细胞群的补偿作用 | Lepr PDLCs对骨修复的贡献有限,且遗传消除后再生骨量未减少,提示需要进一步研究其他SSPC群体的具体作用 | 阐明牙周膜中Lepr阳性骨骼干/祖细胞的层级组织、干性维持及其在衰老和骨修复中的功能 | 小鼠牙周膜中的Lepr阳性骨骼干/祖细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本(具体数量未在摘要中提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序 |
| 290 | 2026-07-10 |
Spatial transcriptomics and single-nucleus RNA sequencing reveal rAAV2- and rAAV9-specific transduction signatures in the mouse liver
2026-05, Gene therapy
IF:4.6Q2
DOI:10.1038/s41434-026-00600-w
PMID:41813829
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学和单核RNA测序,揭示rAAV2和rAAV9载体在小鼠肝脏中的转导特征及性别差异 | 首次将空间转录组学与单核RNA测序相结合,系统绘制rAAV血清型、性别和肝小叶区域分布对转导及转录组变化的影响图谱 | 未明确提及研究局限性 | 探索rAAV血清型、性别和肝脏分区对转导及转录组变化的影响 | 雄性及雌性小鼠肝脏 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单核RNA测序数据 | 小鼠肝脏样本(具体数量未提) | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 291 | 2026-07-09 |
In Silico Reconstruction of Primary and Metastatic Tumor Architecture Using Geographic Information System-Augmented Spatial Transcriptomics
2026-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3161
PMID:41734374
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研究论文 | 建立了一个整合地理信息系统(GIS)的空间转录组学分析框架,用于重建原发性和转移性肿瘤的异质性结构 | 首次将GIS增强的空间自相关测量与通路/细胞类型富集分析相结合,在识别空间域之前先考虑生物学功能,减少了传统聚类方法的主观性 | 未提及明显局限性,可能依赖特定数据集(仅应用于雌激素受体阳性乳腺癌样本) | 开发一种新的空间转录组学分析框架,以揭示肿瘤微环境中的功能空间域 | 原发性和转移性雌激素受体阳性乳腺肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 原发性和转移性雌激素受体阳性乳腺肿瘤样本(具体数量未提供) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 292 | 2026-07-09 |
Serglycin Drives LAG3+ Treg Differentiation and Immunosuppression in Gastric Cancer
2026-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3071
PMID:41734377
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研究论文 | 本文研究了胃癌中肿瘤细胞来源的Serglycin通过CD44信号通路促进LAG3+调节性T细胞分化及免疫抑制的机制 | 首次揭示SRGN-CD44介导的糖酵解-氧化-泛素化级联反应驱动胃癌中LAG3+ Treg分化的新机制,并发现靶向该轴可改善免疫治疗效果 | 未提及具体局限性 | 探讨胃癌中肿瘤细胞来源的Serglycin的免疫调节功能及其在Treg分化中的作用机制 | 胃癌患者组织样本及CD4+调节性T细胞 | 机器学习 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 23对胃癌及癌旁正常胃黏膜组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3‘测序系统 |
| 293 | 2026-07-09 |
Intra-Tissue Bacteriome and Cellular Profiles in Periodontal Granulation Tissue From Osseous Defects and Extraction Sockets
2026-May, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.70108
PMID:41732956
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研究论文 | 探究牙周肉芽组织内部细菌组和细胞特征,揭示其生物学本质和转化潜力 | 首次同时分析牙周肉芽组织的组织内细菌组和单细胞特征,发现骨缺损来源肉芽组织具有与牙周健康相关的微生物组和干细胞富集特性 | 样本量较小,且未来需要进一步转化研究验证肉芽组织作为间充质干细胞替代来源的应用潜力 | 研究牙周肉芽组织的组织内细菌和细胞图谱,探索其生物学本质和转化应用价值 | 来自49名重度牙周炎患者的牙周肉芽组织样本,包括骨缺损肉芽组织、拔牙窝肉芽组织和拔除牙根面组织 | 微生物组学、单细胞组学、牙周病学 | 牙周炎 | 16S rRNA测序、单细胞测序、组织学评估 | NA | 基因序列数据、图像数据 | 49名重度牙周炎患者的若干组织样本 | NA | 16S rRNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 294 | 2026-07-09 |
ATP-binding cassette subfamily A member 5 suppresses pancreatic ductal adenocarcinoma progression and chemoresistance by promoting β-catenin ubiquitin-dependent degradation
2026-May, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2026.101381
PMID:41734476
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research paper | 本研究首次证明ATP结合盒亚家族A成员5(ABCA5)在胰腺导管腺癌中作为肿瘤抑制因子,通过促进β-连环蛋白泛素依赖性降解抑制肿瘤进展和化疗耐药 | 首次确定ABCA5在胰腺导管腺癌中的抑癌作用,并阐明其通过结合β-TrCP的WD40重复结构域诱导β-连环蛋白泛素依赖性降解,从而抑制WNT通路的新型分子机制 | 未提及具体局限性 | 探讨ABCA5在胰腺导管腺癌中的作用及分子机制,以及其作为治疗靶点的潜力 | 80例临床胰腺导管腺癌样本及患者来源类器官 | machine learning | 胰腺导管腺癌 | NA | NA | 转录组数据 | 80例临床胰腺导管腺癌样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 295 | 2026-07-08 |
Why are iron chelators not as effective as artemisinin in killing malaria parasites?
2026-May-13, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-026-07373-6
PMID:42129917
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研究论文 | 比较青蒿素与铁螯合剂抗疟效果的差异及其机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示青蒿素衍生物DHA上调铁利用相关基因,而铁螯合剂DFO无此作用,并发现青蒿素在消化泡内聚集并破坏血红素聚集 | 未明确说明铁螯合剂体内抗疟效果差的具体分子机制,且仅涉及部分疟原虫株和药物组合 | 阐明铁螯合剂抗疟效果弱于青蒿素的原因,以揭示青蒿素作用机制并优化青蒿素联合疗法 | 恶性疟原虫3D7株和约氏疟原虫 | 数字病理学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序, 透射电子显微镜 | NA | 基因表达数据, 图像 | 恶性疟原虫3D7株体外培养样本,约氏疟原虫体内感染小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 296 | 2026-07-08 |
Loss of DLGAP5 impairs human and mouse oocyte maturation via disrupting the PI3K-AKT signaling axis
2026-May-13, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-026-02134-6
PMID:42121242
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研究论文 | 本研究验证了DLGAP5在卵母细胞成熟中的功能,并探讨其通过PI3K-AKT信号轴调控减数分裂的机制 | 首次揭示DLGAP5通过PI3K-AKT通路调控人及小鼠卵母细胞成熟的分子机制,并发现其功能缺失可通过激活该通路部分挽救 | 未提供具体局限性信息 | 验证DLGAP5在卵母细胞成熟中的功能并探索其调控减数分裂的机制 | 人和小鼠卵母细胞 | 数字病理学 | 女性不孕症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类卵母细胞和小鼠卵母细胞(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 297 | 2026-07-08 |
Copper transporters promote the malignant progression of glioblastoma by regulating the immunosuppressive tumour microenvironment via the SLC31A1-WNT5A axis
2026-May-12, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08260-5
PMID:42121271
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研究论文 | 通过整合多组学数据,系统研究了铜转运体在胶质母细胞瘤恶性进展中的作用,发现SLC31A1-WNT5A轴通过调节免疫抑制性肿瘤微环境促进肿瘤恶化 | 首次从多维度解析铜转运体基因在胶质母细胞瘤中的空间异质性和功能意义,并构建了基于六种关键基因的预后风险模型,揭示了缺氧微环境通过SLC31A1-WNT5A轴驱动肿瘤恶性进展的新机制 | 研究主要基于公共数据库和计算分析,缺乏体外或体内实验验证;铜转运体在肿瘤免疫微环境中的动态调控机制仍需进一步深入研究 | 系统探究铜转运体基因在胶质瘤恶性演变中的作用及其对肿瘤微环境的影响,为优化胶质母细胞瘤治疗策略提供理论基础 | 胶质瘤患者样本中的铜转运体基因表达模式、肿瘤微环境特征、免疫细胞亚群及预后相关分子机制 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习 | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 298 | 2026-07-08 |
Inhibition of the p38/JNK MAPK pathway mediated by circadian rhythm genes: Study of the mechanism of Linggan Wuwei Jiangxin decoction in the treatment of COPD
2026-May-10, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2026.121349
PMID:41672117
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研究论文 | 探讨苓甘五味姜辛汤通过调控昼夜节律基因抑制p38/JNK MAPK通路治疗慢性阻塞性肺疾病的机制 | 首次结合代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序、WGCNA、机器学习算法及分子动力学模拟,系统揭示了苓甘五味姜辛汤通过调节昼夜节律基因Bmal1和Per2抑制p38/JNK MAPK通路从而缓解COPD炎症的分子机制 | 主要基于大鼠模型和细胞实验验证,缺乏临床患者样本验证;未深入探讨其他潜在活性成分的协同作用 | 阐明苓甘五味姜辛汤防治慢性阻塞性肺疾病的分子作用机制 | 慢性阻塞性肺疾病大鼠模型及CS和LPS刺激的BEAS-2B细胞模型 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | UPLC-MS/MS, 代谢组学, 转录组学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟, Western blotting, RT-PCR, ELISA | WGCNA, 机器学习算法 | 代谢组学数据、转录组学数据、单细胞RNA测序数据、分子对接数据 | 大鼠模型和BEAS-2B细胞系,具体样本量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 299 | 2026-07-08 |
Single-cell and bulk omics uncover fibroblast heterogeneity and HSPH1 as a key driver in Barrett's esophagus to esophageal adenocarcinoma progression
2026-May-10, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04319-x
PMID:42108450
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研究论文 | 该研究整合了单细胞RNA测序与批量转录组数据,揭示了食管腺癌从巴雷特食管进展过程中成纤维细胞的异质性,并确定HSPH1为关键驱动因子 | 首次通过单细胞与批量组学整合分析揭示了成纤维细胞异质性在BE向EAC进展中的作用,并鉴定出HSPH1作为关键预后标志物和治疗靶点 | 未明确说明研究局限性 | 探究食管腺癌从巴雷特食管进展的分子机制,识别诊断生物标志物和治疗靶点 | 食管腺癌和巴雷特食管患者的组织样本及细胞系 | 机器学习 | 食管腺癌, 巴雷特食管 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 免疫组织化学, 体外功能实验 | 多重机器学习算法, 共识聚类, 配体-受体分析 | 基因表达数据, 免疫组化图像 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 300 | 2026-07-08 |
Histone deacetylases and cell-cycle regulators orchestrate cell-identity transitions during Arabidopsis root regeneration
2026-05-04, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2026.03.013
PMID:41889170
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序、ATAC测序、成像和突变体分析,描述了拟南芥根再生过程中细胞重编程的轨迹 | 揭示了组蛋白去乙酰化酶HDA9和HDA19在早期再生中关闭旧细胞身份和抑制应激反应的作用,以及DOF转录因子OBP1和SMR蛋白调控细胞分裂速率以促进新身份获取的机制 | 未明确说明 | 探究拟南芥根再生过程中细胞身份转变的机制 | 拟南芥根再生过程中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据,染色质可及性数据,图像 | 未明确说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 和单细胞ATAC测序 |