单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 991 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-06-21 |
Osteoblast-derived CAR3 synergizing with collagen and bone sialoprotein enhances bone formation
2026-05-19, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-026-00443-6
PMID:42156740
|
研究论文 | 本研究发现成骨细胞来源的CAR3通过与胶原和骨涎蛋白协同作用增强骨形成 | 首次揭示碳酸酐酶III（CAR3）在成骨细胞中的关键作用及其调控骨骼发育与稳态的机制，特别是CAR3与COL1A1和骨涎蛋白形成三元复合物促进胶原纤维内矿化 | 未提及 | 研究成骨细胞中碳酸酐酶III（CAR3）在骨骼发育和稳态中的功能及机制 | 小鼠颅骨和长骨中的成骨细胞 | 机器学习 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠颅骨和长骨样本 | 未提及 | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 222 | 2026-06-20 |
Alterations in NK Cell Function and Glucose Metabolism Characteristics in Patients With Progressive Hepatocellular Carcinoma
2026-05, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.70095
PMID:41500969
|
研究论文 | 本研究探讨进展性肝细胞癌患者NK细胞的功能与代谢改变及其与疾病进展的关系 | 首次在单细胞水平揭示进展性肝癌中NK细胞存在TIM3高表达亚群、其功能受损且糖酵解关键酶下调，并确定TIM3为潜在治疗靶点 | NA | 阐明进展性肝细胞癌中NK细胞在单细胞层面的免疫抑制和代谢重编程特征 | 6例初治肝细胞癌患者的外周血、肿瘤及癌旁组织样本 | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 6例初治肝细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 223 | 2026-06-19 |
Comparative single-cell transcriptomics of orthotopic and subcutaneous gastric tumors reveal immune and stromal heterogeneity
2026-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.03.680400
PMID:42239432
|
研究论文 | 通过比较原位和皮下胃癌肿瘤的单细胞转录组，揭示免疫和基质异质性 | 首次在单细胞分辨率下系统比较原位和皮下植入模型的肿瘤微环境差异，发现原位肿瘤具有更强的基质激活、协调的成纤维细胞和内皮细胞信号传导以及IgA偏向的B细胞浆细胞程序，而皮下肿瘤表现出更高的CD8+ T细胞耗竭 | 研究仅限于单一同系胃癌模型CKP，可能无法推广到其他肿瘤类型或人类肿瘤 | 解析原位与皮下肿瘤微环境的细胞组成和分子差异，为临床前模型选择提供指导 | CKP同系胃癌模型的原位和皮下植入肿瘤 | 机器学习和生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 配对的原位和皮下CKP肿瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 224 | 2026-06-19 |
Integrated spatial transcriptomic and metabolic profiling identifies molecular networks associated with cognitive performance in the porcine prefrontal cortex
2026-May-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学和代谢组学，生成了猪前额叶皮层的高分辨率多维分子图谱，揭示了与认知表现相关的分子网络 | 首次在有沟回的大型动物大脑中建立空间解析的多组学框架，用于研究认知功能 | NA | 阐明认知功能背后的分子结构 | 猪前额叶皮层组织 | NA | 认知障碍 | 空间转录组学、代谢组学、免疫组化分析 | NA | 空间转录组数据、代谢组数据 | 猪和分层小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 225 | 2026-06-19 |
Workload-induced changes to cell state contribute to β-cell failure in diabetes
2026-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.13.725004
PMID:42239070
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示工作负荷诱导的β细胞状态变化在糖尿病发病中的作用 | 首次发现工作负荷诱导的β细胞过度刺激会导致失代偿，并鉴定出一种与应激状态不同的新型补偿状态 | 未提及具体局限性 | 研究β细胞从功能正常到失代偿状态转变的机制，特别是工作负荷诱导的过度刺激的作用 | 胰岛素分泌β细胞 | 机器学习 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠糖尿病模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 226 | 2026-06-19 |
Immune cells during compensatory renal hypertrophy after unilateral nephrectomy
2026-May-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9568023/v1
PMID:42183369
|
研究论文 | 探讨单侧肾切除后代偿性肾肥大的免疫细胞动态变化及其对肾功能的影响 | 首次系统揭示单侧肾切除后残余肾脏中免疫细胞的多阶段动态变化，包括先天性免疫快速激活、适应性免疫逐步调控以及免疫检查点水平变化，并发现Rag1小鼠中GFR恢复更显著 | 研究基于小鼠模型，结果需在人体中验证；未深入探讨具体免疫细胞亚群的分子机制 | 阐明单侧肾切除后代偿性肾肥大中免疫细胞的作用及机制 | 小鼠（野生型C57BL/6和Rag1小鼠） | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、肾小球滤过率测量 | 无特定模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 小鼠模型，具体数量未说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 227 | 2026-06-19 |
GatorSC: multi-scale cell and gene graphs with mixture-of-experts fusion for single-cell transcriptomics
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag330
PMID:42308421
|
研究论文 | 提出GatorSC框架，通过多尺度细胞和基因图与混合专家融合进行单细胞转录组学表示学习 | 首次将多尺度细胞图和基因图与混合专家架构结合，通过图重建和图对比学习的自监督目标实现噪声鲁棒和结构保持的表示学习 | 未明确讨论计算效率或大规模数据集的扩展性 | 开发统一的表示学习框架，有效利用单细胞转录组数据中跨细胞和基因的多尺度结构信息进行综合分析 | 单细胞转录组数据中的细胞和基因 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | 图神经网络、混合专家模型 | 单细胞基因表达数据 | 19个公开scRNA-seq数据集，涵盖不同组织、物种和测序平台；一个阿尔茨海默病单细胞核数据集 | NA | scRNA-seq | NA | NA |
| 228 | 2026-06-19 |
Current trends and challenges in deciphering single molecule resolution maps of single cell transcriptomes
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag323
PMID:42308418
|
综述 | 回顾单细胞RNA测序技术从手动分离到高通量短读和长读测序的演变，并讨论其在单分子分辨率下解析单细胞转录组的当前趋势与挑战 | 整合技术、计算和生物学视角，系统阐述长读长测序与高通量条形码结合后对细胞异质性和转录动态研究的变革潜力 | 文中未提及自身局限性，但长读长测序仍面临碱基识别准确性较低和通量相对短读技术不足等问题 | 总结单细胞RNA测序技术发展历程并探讨长读长测序在单细胞转录组学中的应用前景 | 单细胞RNA测序技术及其在细胞异质性、转录动态及相关计算工具中的应用 | 自然语言处理 | NA | RNA-seq, scRNA-seq, 长读长测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium, 组合条形码平台 | 高通量短读液滴与组合条形码平台，结合长读长测序协议 |
| 229 | 2026-06-19 |
Machine learning-guided multimodal profiling defines perturbed immune states at the time of cancer diagnosis
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag320
PMID:42308424
|
研究论文 | 利用机器学习引导的多模态分析，在癌症诊断时描绘外周血单个核细胞的免疫状态变化 | 首次整合流式细胞术、多重细胞因子分析和单细胞RNA测序的多组学数据，并结合机器学习模型对初治癌症患者的免疫状态进行系统性刻画，且模型可解释性强 | 未在独立外部队列中验证模型的泛化能力，样本量可能有限，且仅聚焦于外周血而未能涵盖肿瘤微环境 | 阐明癌症诊断时全身免疫状态的扰动特征，并建立基于免疫的多组学分析方法 | 初治癌症患者的血液样本，包括外周血单个核细胞和血浆 | 机器学习 | 癌症 | 流式细胞术、多重细胞因子分析、单细胞RNA测序 | 机器学习模型（具体类型未明确） | 单细胞多组学数据（流式细胞术和单细胞RNA测序）、血浆细胞因子数据 | 初治癌症患者与健康供者，具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | NA |
| 230 | 2026-06-19 |
Activation of the Cerebrospinal Fluid-Contacting Nucleus Mitigates Systemic Inflammation Induced by Sepsis
2026-May-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002665
PMID:41457044
|
研究论文 | 本研究揭示脑脊液接触核在脓毒症中通过调控免疫反应发挥保护性作用 | 首次阐明脑脊液接触核通过神经-免疫交互机制调控脓毒症全身性炎症反应 | 未明确脑脊液接触核调控免疫的具体下游分子通路 | 探究脑脊液接触核在脓毒症中的免疫调节作用及机制 | 脓毒症小鼠模型中的脑脊液接触核 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 脓毒症小鼠脑脊液接触核组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 231 | 2026-06-19 |
Integrated Bulk and Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Transcriptional Activation of PTGS2 by FOS in Progression From T2DM to T2DM-Associated NAFLD
2026-05, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71182
PMID:42108421
|
研究论文 | 通过整合批量与单细胞RNA测序数据，揭示FOS介导的PTGS2转录激活在2型糖尿病相关非酒精性脂肪肝病进展中的调控作用 | 首次证明FOS直接结合PTGS2启动子驱动其转录，并阐明该通路在T2DM向NAFLD转化中介导肝脏炎症和凋亡的机制 | 未提及具体局限性 | 探究从2型糖尿病进展为T2DM相关非酒精性脂肪肝病的分子机制 | 2型糖尿病及T2DM相关NAFLD患者样本中的基因表达和调控网络 | 机器学习和转录组学 | 2型糖尿病, 非酒精性脂肪肝病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 双荧光素酶报告实验 | LASSO回归, 随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 232 | 2026-06-18 |
Research progress on immune microenvironment and biomarkers of small cell lung cancer
2026-May-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-2026-1-0320
PMID:42306740
|
综述 | 系统总结了小细胞肺癌不同阶段和亚型的免疫微环境特征及关键生物标志物 | 整合基因组测序、单细胞测序和空间转录组学等多方法数据，首次系统回顾不同分期和亚型小细胞肺癌的免疫微环境特征 | 缺乏该领域的系统性综述，且免疫联合治疗在SCLC患者中的疗效仍有限 | 为改善免疫治疗疗效和发现新治疗靶点提供新视角 | 小细胞肺癌的免疫微环境和生物标志物 | 医学研究 | 小细胞肺癌 | 基因组测序, 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 233 | 2026-06-18 |
Identifying and validating of prognostic genes associated with myeloid cell differentiation in cervical cancer: development of a risk model based on single-cell RNA sequencing combined with bulk RNA sequencing data
2026-May-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2026-1-0174
PMID:42305465
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序与批量RNA测序数据，开发了与骨髓细胞分化相关的宫颈癌预后基因风险模型 | 首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了基于骨髓细胞分化的宫颈癌预后风险模型，并揭示了相关免疫微环境特征和药物敏感性差异 | 未提供具体的样本量信息和外部验证队列，潜在的地域或人群偏倚未被讨论 | 识别与骨髓细胞分化相关的宫颈癌预后基因，并建立风险模型以改善预后预测 | 宫颈癌患者样本中的骨髓细胞（包括MDSCs和TAMs）及相关基因表达数据 | machine learning | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, RT-qPCR | LASSO回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 234 | 2026-06-18 |
Single-cell analysis identifies a tumor-specific T-cell metabolic signature: prognostic model and association with immunosuppressive microenvironment in ovarian cancer
2026-May-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2026-1-0211
PMID:42305453
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析卵巢癌中肿瘤特异性T细胞的代谢特征，构建预后模型并评估其与免疫抑制微环境的关联 | 首次从单细胞分辨率识别出肿瘤特异性T细胞亚群（CA-T细胞）的线粒体代谢重编程特征，并建立了一个包含8个基因的预后风险评分模型，揭示代谢异质性与免疫抑制微环境及免疫检查点抑制剂疗效之间的关联 | 模型主要基于公共数据库（GSE184880和TCGA-OV），验证队列较为有限，且未在独立前瞻性队列或临床试验中进行外部验证 | 构建基于肿瘤特异性T细胞代谢特征的预后模型，分析其与免疫抑制微环境及免疫治疗疗效的关系 | 卵巢癌组织中的肿瘤特异性T细胞亚群（CA-T细胞） | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO回归、随机生存森林 | 单细胞转录组数据、多组学数据 | GSE184880单细胞数据集和TCGA-OV队列的多组学数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 235 | 2026-06-18 |
Integrating innovative multiomics and machine learning strategies for prognostic biomarker discovery in hepatocellular carcinoma: guiding personalized treatment strategies with single-cell analysis
2026-May-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1-2870
PMID:42305483
|
研究论文 | 整合多组学数据和机器学习策略，结合单细胞分析，为肝细胞癌发现预后生物标志物并指导个性化治疗 | 创新性地开发了包含13种机器学习组合的框架来构建共识CS1相关特征，并整合单细胞RNA测序与多组学分析，提供了肝细胞癌风险分层和个性化治疗的全面视角 | 研究未提及具体限制，但可能包括数据来源的偏差、机器模型的外部验证范围有限以及临床应用的潜在挑战 | 利用多组学数据、机器学习和单细胞分析发现肝细胞癌预后生物标志物，指导个性化治疗策略 | 肝细胞癌患者的多组学数据（包括mRNA、长链非编码RNA、microRNA表达谱、基因组突变和DNA甲基化数据） | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 甲基化测序, 单细胞RNA测序 | CNN, LSTM, GAN（根据机器学习的13种组合，可能包含多种模型） | 表达数据, 突变数据, 甲基化数据, 单细胞转录组数据 | 来自癌症基因组图谱数据集的多组学样本，具体数量未明确，但包含训练集和验证集 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 甲基化测序 | Illumina NovaSeq（可能用于测序平台，但原文未明确） | NA（由于抽象中未提供具体平台配置细节） |
| 236 | 2026-06-18 |
Comprehensive analysis to develop a stromal senescence-associated gene signature for predicting hepatocellular carcinoma
2026-May-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1-2894
PMID:42305498
|
研究论文 | 基于基质衰老相关基因特征构建肝细胞癌预后预测模型并进行多组学验证 | 首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法构建基质衰老相关的六基因预后特征，并整合空间转录组学和虚拟筛选进行多维度验证 | 未提及 | 开发并验证一个稳健的预后预测模型，以准确评估肝细胞癌患者的预后风险并促进个性化精准治疗 | 肝细胞癌患者肿瘤组织和相关基质细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学、虚拟筛选、分子对接和分子动力学模拟 | Cox回归和LASSO分析 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据、空间转录组数据 | 未明确样本量，涉及GEO、TCGA和CPTAC数据库数据 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 237 | 2026-06-18 |
WT1-AS acts as a tumor suppressor in cervical cancer via OSR2-mediated transcriptional activation
2026-May-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1-2842
PMID:42305506
|
研究论文 | 探究WT1-AS在宫颈癌中通过OSR2介导的转录激活发挥抑癌作用 | 首次发现WT1-AS在宫颈癌中作为抑癌因子，并揭示OSR2作为其直接上游转录调控因子，阐明了WT1-AS/OSR2轴促进凋亡的机制 | 临床适用性仍需进一步验证 | 研究WT1-AS在宫颈癌中的表达模式、预后意义、生物学功能及其上游转录调控机制 | WT1-AS在宫颈癌中的作用及OSR2对其的转录调控 | 数字病理 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序、转录因子预测、共表达分析、荧光素酶报告实验、Western blotting、流式细胞术、异种移植小鼠模型 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | TCGA泛癌和宫颈癌数据集，以及异种移植小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 238 | 2026-06-18 |
Circadian-immune-related gene signature for lung squamous cell carcinoma: machine learning and multi-omics analysis
2026-May-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2026-1-0302
PMID:42305521
|
研究论文 | 开发基于昼夜节律-免疫相关基因的预后标志物，用于肺鳞癌风险分层和治疗指导 | 通过整合多组学数据和十种机器学习算法，首次构建了昼夜节律-免疫相关基因预后标志物（CIGPS），揭示了肺鳞癌中免疫微环境异质性与昼夜节律紊乱的关联 | 样本量有限（n=494+69），外部验证数据集规模较小；单细胞RNA-seq数据未进行独立队列验证；CIGPS的临床实用性需进一步前瞻性研究验证 | 构建预后标志物以改善肺鳞癌风险分层和治疗指导，并探索昼夜节律紊乱对肿瘤免疫微环境的影响 | 肺鳞癌（LUSC）患者，公共数据库数据（TCGA和GEO） | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA）, StepCox + GBM等十种机器学习算法 | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 临床数据 | 494例（TCGA）+ 69例（GSE73403）+ 单细胞RNA-seq数据（GSE148071） | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 239 | 2026-06-18 |
Leveraging Lineage Barcodes as Natural Augmentations for Contrastive Learning of Cell Fate in scRNA-seq Data
2026-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.28.620670
PMID:42239199
|
研究论文 | 介绍一种名为谱系感知对比学习（LCL）的框架，利用可遗传谱系条形码作为数据增强方法，从单细胞RNA测序数据中分离细胞命运决定信号 | 将谱系条形码视为自然数据增强手段，通过半监督架构将谱系结构转移到无条形码的临床数据集，实现了从横截面数据预测纵向命运承诺 | 未提及具体的局限性 | 开发可扩展的对比学习范式，以理解并潜在操纵细胞分化过程 | 造血系统和成纤维细胞系统中的细胞分化与命运决定 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、谱系追踪 | 对比学习模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 240 | 2026-06-18 |
Transcriptomic Meta-Analysis as a Framework for Robust Cross-Study Biological Inference
2026-May-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27114674
PMID:42278205
|
综述 | 该综述概述了转录组荟萃分析的关键方法学步骤及其在跨研究生物学推断中的应用 | 强调异质性不仅被视为噪声来源，而是定义了跨研究分析的可重复性和解释边界 | 文中未明确说明具体局限性，但可能包括数据整合中异质性的挑战尚未完全解决 | 提供转录组荟萃分析的方法论框架，支持更稳健的生物学推断 | 转录组数据集及其跨研究整合 | 机器学习 | NA | RNA-seq, 单细胞转录组, 空间转录组 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |