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当前共找到 991 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2026-06-25 |
A direct SCN-to-DMH output pathway organizes circadian behavioral timing
2026-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.21.726959
PMID:42239300
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研究论文 | 本研究结合多种技术手段，鉴定并验证了从视交叉上核（SCN）到背内侧下丘脑（DMH）的直接输出通路在组织昼夜行为节律中的关键作用 | 首次通过联合神经元消融、局部分子时钟破坏、逆行追踪、单细胞RNA测序和交叉光遗传学技术，明确鉴定出SCN中一群分子特性独特的神经元直接投射至DMH，并证明该通路足以驱动昼夜运动节律的组织 | 未能阐明DMH下游如何进一步将信号传递给控制实际行为输出的运动系统，且SCN-DMH通路在调节非运动行为（如进食、睡眠）中的具体作用尚待探索 | 解析SCN如何将通过时间维持信号传递至下游脑区以组织昼夜行为节律 | 小鼠的视交叉上核（SCN）和背内侧下丘脑（DMH） | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 182 | 2026-06-25 |
Transient cell states encode positional information to direct asymmetric growth
2026-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.21.726925
PMID:42239415
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研究论文 | 利用空间单细胞转录组学和多组学揭示顶部钩中瞬时细胞状态编码位置信息并指导不对称生长 | 发现了顶部钩中先前未被识别的瞬时细胞状态群体，并确定GATA2作为通过赤霉素信号促进细胞伸长的中心调节因子 | NA | 研究组织如何从时空限制信号中生成不对称生长的机制 | 植物顶部钩及其中细胞状态 | 机器学习 | NA | 空间单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 183 | 2026-06-25 |
scMVAF: a multi-view adaptive fusion clustering approach for single-cell RNA-sequencing data
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf169
PMID:42218719
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研究论文 | 提出了一种针对单细胞RNA测序数据的多视图自适应融合聚类方法scMVAF，通过整合多个细胞视图的特征信息以学习更具判别性的嵌入表示，从而提升聚类性能 | 首次在多视图框架中结合基于去噪零膨胀负二项模型的自编码器与多视图融合模块，自动从不同细胞视图中学习统一特征空间，并通过伪标签迭代优化嵌入表示 | 未明确说明数据集规模限制或对高噪声数据的鲁棒性边界，且方法依赖于下采样特征生成视图，可能丢失部分全局信息 | 解决单细胞RNA-seq数据高维稀疏、含零计数误差导致的聚类难题，通过多视图信息融合提升细胞亚群识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器（基于去噪零膨胀负二项模型） | 基因表达数据 | 16个真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 184 | 2026-06-25 |
USADAE: a deep learning approach to disentangle hidden covariates in RNA-seq data
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag261
PMID:42218722
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研究论文 | 提出一种名为USADAE的深度学习框架，用于在RNA-seq数据中分离隐藏协变量与生物信号 | 利用对抗学习与自编码器结合，实现无监督的隐藏协变量解耦，突破传统线性方法的局限 | 未详细说明计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性 | 解决RNA-seq数据整合分析中隐含技术变异和非线性混杂因素的分离问题 | RNA-seq数据中的生物信号与隐藏协变量 | 机器学习 | 癌症 | RNA-seq | 自编码器、对抗学习 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 185 | 2026-06-25 |
MMP3C v2: a network-based framework decoding metabolic plasticity in rheumatoid arthritis, enabling accurate diagnosis and uncovering cell-type-specific metabolic rewiring
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag307
PMID:42289053
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研究论文 | 提出MMP3C v2网络框架，通过代谢可塑性分析实现类风湿关节炎精准诊断并揭示细胞类型特异性代谢重编程 | 首次引入网络框架量化代谢通路间的定向可塑性，结合大规模组学数据和机器学习构建跨平台稳健诊断模型，并解析单细胞水平代谢重塑特征 | 未提及 | 开发可扩展方法量化类风湿关节炎中的代谢通路交叉对话，实现精准诊断和细胞类型特异性代谢重编程解析 | 类风湿关节炎患者、骨关节炎患者、系统性红斑狼疮患者及健康对照组的血液和滑膜组织 | 机器学习 | 类风湿关节炎 | 基因表达分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、单细胞转录组学 | 集成分类器（逐步前向选择+岭回归） | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 约3400例批量转录组样本和约228000个单细胞转录组样本 | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 186 | 2026-06-25 |
Reflections on the use of LLMs for cell annotation
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag312
PMID:42289049
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评论 | 对基于大型语言模型进行细胞注释的AICellType平台的评论，重点关注其依赖专有商业模型的问题 | 提出开源生物医学大语言模型、多模态视觉语言模型、本地部署、可重复性、隐私保护和监管合规的重要性 | 未提供具体实验或数据支持，仅为观点性评论 | 探讨基于LLM的细胞注释方法的透明性、可靠性和可持续性改进方向 | AICellType平台及基于LLM的细胞注释技术 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、大语言模型 | LLM (Claude 3.5 Sonnet、开源生物医学LLM) | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 187 | 2026-06-24 |
Developmental landmarks and cellular transitions during extravillous trophoblast cell differentiation
2026-May-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2529836123
PMID:42090250
|
研究论文 | 本文通过批量RNA测序和单细胞RNA测序，描绘了人类滋养层干细胞向绒毛外滋养层细胞分化过程中的发育标志和细胞转变 | 首次在分化第3天识别出关键转变点，发现了多种独特细胞群体和状态特异性调控子，并阐明了cyclin B1、CEBPB和ADAMTS20在分化中的功能作用 | 研究主要基于体外培养系统，可能无法完全复现体内分化环境的复杂性 | 阐明人类滋养层干细胞向绒毛外滋养层细胞分化的调控机制 | 人类滋养层干细胞及其向绒毛外滋养层细胞分化的不同阶段（分化第0、3、6、8天） | 单细胞转录组学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 人类滋养层干细胞在干细胞状态和分化第3、6、8天的样本 | Illumina | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 188 | 2026-06-24 |
HSPCs and Treg cells cooperate to preserve extramedullary hematopoiesis under chronic inflammation
2026-May-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv9351
PMID:42090507
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研究论文 | 本研究揭示了慢性炎症条件下造血干细胞和祖细胞与调节性T细胞在髓外造血中的协同保护作用 | 首次发现髓外HSPCs可作为抗原呈递细胞促进Treg细胞发育，并与Treg细胞形成相互支持关系，共同维持慢性炎症下的髓外造血 | 仅使用小鼠慢性自身炎症疾病模型，缺乏人类临床样本验证 | 探究慢性炎症对骨髓外造血干细胞和祖细胞的影响及其调控机制 | 慢性自身炎症疾病小鼠模型的血液、脾脏及发炎组织中的髓外HSPCs和Treg细胞 | 数字病理学 | 自身炎症性疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠慢性自身炎症疾病模型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 189 | 2026-06-24 |
From early-onset asthma to chronic obstructive pulmonary disease: potential mediating proteins and therapeutic targets
2026-May-03, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag209
PMID:42089751
|
研究论文 | 利用多组学整合和孟德尔随机化方法，研究从早发性哮喘进展为慢性阻塞性肺疾病的因果机制、潜在中介蛋白及治疗靶点 | 首次通过蛋白质组范围的孟德尔随机化结合单细胞转录组学，系统鉴定从早发性哮喘到慢性阻塞性肺疾病进展中的中介蛋白（如KREMEN1、BLMH、CNTN5、IL1RN、MIA和PILRA），并利用药物可及性评估和多组织eQTL优先筛选COPD治疗候选靶点 | 研究依赖于公开遗传和蛋白质组数据，可能受人群异质性和样本量限制；中介分析基于统计推断，需进一步功能验证 | 阐明早发性哮喘增加慢性阻塞性肺疾病风险的因果机制，并识别潜在中介蛋白及疾病特异性治疗靶点 | 早发性哮喘和慢性阻塞性肺疾病患者及健康对照的遗传和蛋白质组数据 | 自然语言处理 | 呼吸系统疾病 | 孟德尔随机化、蛋白质组范围分析、单细胞转录组学、共定位分析、多组织eQTL分析、药物可及性评估 | NA | 遗传数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据、eQTL数据 | 大规模遗传和蛋白质组数据集，具体样本量未在摘要中说明 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 190 | 2026-06-24 |
Partial domain adaptation enables cross domain cell type annotation between scRNA-seq and snRNA-seq
2026-May, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014223
PMID:42090457
|
研究论文 | 提出ScNucAdapt方法，实现scRNA-seq与snRNA-seq数据集之间的跨域细胞类型注释 | 首次利用部分域自适应（partial domain adaptation）解决scRNA-seq与snRNA-seq数据集间的分布差异和细胞组成差异，实现跨数据集准确注释 | 未提及具体的计算效率或泛化性限制 | 开发一种能够跨越scRNA-seq和snRNA-seq数据集进行细胞类型注释的方法，填补跨数据注释空白 | scRNA-seq和snRNA-seq数据集中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞核RNA测序（snRNA-seq） | 部分域自适应网络 | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞核RNA-seq | NA | NA |
| 191 | 2026-06-23 |
scDIG: An R Shiny Application for Interactive Density-Based Gating of Single-Cell Proteomic and Transcriptomic Data
2026-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.20.726609
PMID:42239256
|
研究论文 | scDIG是一个基于R Shiny的交互式密度门控应用程序，用于单细胞蛋白质组和转录组数据分析 | 结合双模态索引驱动特征选择、特征加权核密度估计和交互式等高线门控，可直接在scRNA-seq和CITE-seq数据的二维投影中定义细胞群 | 未提及 | 开发一种平衡专家指导与可重复性的单细胞嵌入空间细胞群划分方法 | 人类CITE-seq外周血单核细胞数据（来自CAVA队列） | 计算生物学 | 心血管疾病 | CITE-seq, scRNA-seq | 核密度估计 | 单细胞蛋白质组和转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, CITE-seq | NA | NA |
| 192 | 2026-06-23 |
Adrenal Gland Macrophage-derived TGF-β Governs Vascular Permeability to Drive Monocyte Recruitment during Stress
2026-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.18.726080
PMID:42239159
|
研究论文 | 本研究揭示肾上腺巨噬细胞通过分泌TGF-β调控血管通透性，从而驱动压力状态下单核细胞募集 | 首次发现肾上腺巨噬细胞-TGFβ-内皮细胞轴在压力适应中的关键作用，揭示了巨噬细胞通过调控血管特性支持免疫细胞募集的先前未被识别的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类肾上腺中的相关机制有待进一步验证；仅关注了巨噬细胞来源的TGFβ，其他细胞来源的TGFβ可能也有贡献 | 探究肾上腺巨噬细胞在协调压力诱导的免疫重塑和血管功能中的作用 | 肾上腺巨噬细胞、内皮细胞和单核细胞之间的免疫-血管相互作用 | 机器学习和生物信息学 | 压力相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四种不同压力模型（急性冷暴露、慢性社交挫败、慢性炎症和全身感染）的小鼠肾上腺样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台，用于生成四种压力模型的单细胞转录组数据 |
| 193 | 2026-06-23 |
Once yearly cell-based therapy for sustained and dose tunable delivery of monoclonal antibodies
2026-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.19.726224
PMID:42239463
|
研究论文 | 开发了一种基于免疫调节封装的细胞“生物制剂工厂”，能够从单次给药中持续产生治疗性抗体长达一年 | 通过筛选化学修饰的海藻酸盐生物材料，开发出能维持稳定血清抗体滴度一年的免疫调节配方，并结合可回收的宏观装置实现剂量可调的按需治疗终止 | 未提及长期安全性和大规模临床试验数据 | 开发一种单次给药即可持续递送单克隆抗体的细胞疗法，替代传统频繁注射 | HIV中和抗体3BNC117、ipilimumab、pembrolizumab、adalimumab、PGT121等多种单克隆抗体 | 数字病理学 | 艾滋病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 免疫活性小鼠和非人灵长类动物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 194 | 2026-06-23 |
From time-course expression to gene regulation: direct linear ODE inference without finite-difference approximation
2026-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.18.726023
PMID:42239317
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研究论文 | 开发了一种无需有限差分近似的线性常微分方程直接推断方法，用于从时间序列表达数据中推断基因调控关系 | 首个不依赖有限差分近似而直接学习线性常微分方程模型进行基因调控推断的计算方法，利用闭合解优化问题并通过高效的高阶泰勒近似计算梯度 | 方法依赖于线性常微分方程模型假设，可能无法完全捕捉非线性调控关系；高计算需求在极大规模基因网络下可能受限 | 从时间序列基因表达数据中推断基因调控关系，准确理解细胞状态转变机制 | 时间序列基因表达数据，包括模拟数据和真实单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 线性常微分方程 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 195 | 2026-05-21 |
Pan-cancer analysis of spatial transcriptomics reveals heterogeneous tumor spatial microenvironment
2026-May-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102751
PMID:41999752
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研究论文 | 对12种癌症类型373个样本进行泛癌空间转录组分析，揭示肿瘤空间微环境的异质性 | 首次大规模泛癌空间转录组分析，识别出56个局部细胞程序和13个重现性微环境，并发现肿瘤细胞和巨噬细胞的基因表达高度依赖于其空间位置 | 样本量和癌症类型覆盖仍有局限，部分微环境的临床关联需进一步验证 | 系统解析肿瘤空间微环境的异质性及其对临床结局的影响 | 12种癌症类型的373个肿瘤样本 | 数字病理学 | 多种癌症（泛癌） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 373个肿瘤样本（12种癌症类型） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 196 | 2026-06-23 |
Neuroprotection following FLASH-RT may be mediated by sustained glutamate receptor AMPAR activation in CA3 neurons
2026-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.15.725423
PMID:42239092
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了FLASH放疗后CA3神经元的AMPA受体持续激活介导神经保护作用的早期机制 | 首次发现FLASH放疗通过上调Gria基因表达导致AMPAR蛋白水平持续升高，提出钙离子内流和AMPAR持续激活介导长期认知保护的机制 | 未提供具体限制信息 | 阐明FLASH放疗对正常大脑长期神经保护作用的早期机制 | C57BL/6J小鼠脑部CA3和DG区域神经元及神经祖细胞 | 机器学习 | 中枢神经系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | C57BL/6J小鼠，接受全脑照射，包括1或3次10 Gy剂量，每组照射条件分别采用FLASH（5.6×10 Gy/s）或常规剂量率（0.1 Gy/s） | Nanostring | 空间转录组学 | Nanostring平台 | 空间转录组学分析（Nanostring） |
| 197 | 2026-06-23 |
High-quality acinar cell isolation enables single-cell analysis of healthy and injured pancreas
2026-May-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101415
PMID:42013858
|
研究论文 | 开发了一种高效分离高质量腺泡细胞的方法，实现健康和损伤胰腺的单细胞分析 | 提出一种快速消化胰腺组织获得高质量单细胞的方案，克服了腺泡细胞分离困难，实现了对急性胰腺炎模型和胰腺导管腺癌模型中腺泡细胞的全面表征 | 未提及具体局限性 | 开发改善胰腺腺泡细胞分离的方法，以便进行单细胞RNA测序分析 | 小鼠胰腺腺泡细胞 | 数字病理学 | 急性胰腺炎, 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康小鼠胰腺和雨蛙素诱导的急性胰腺炎组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 198 | 2026-06-23 |
SpatialArtifacts: a computational framework for tissue artifact detection in spatial transcriptomics data
2026-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.15.725260
PMID:42239246
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研究论文 | SpatialArtifacts是一个检测空间转录组数据中组织伪影的计算框架，结合MAD离群值检测和数学形态学操作来识别和分类空间连续的伪影区域 | 提出了一种结合MAD离群值检测与数学形态学操作的框架，并利用焦点操作（3×3填充、5×5轮廓和星形连接）保留真实生物域，同时进行边缘与内部伪影、大区域与小区域的层次分类 | NA | 开发用于空间转录组数据中组织伪影检测与分类的计算框架 | 人海马体、背外侧前额叶皮层和结直肠癌组织样本 | 数字病理 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 人海马体、背外侧前额叶皮层和结直肠癌组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x VisiumHD | 10x Visium和VisiumHD平台 |
| 199 | 2026-06-23 |
SOX9 and SEMA7A regulate cell plasticity in the postpartum mammary gland with implications for breast cancer
2026-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.14.725155
PMID:42239249
|
研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序分析产后乳腺退化过程中SOX9和SEMA7A的表达及其对乳腺癌发展的影响 | 首次发现SOX9和SEMA7A在正常乳腺上皮中的调控轴，并揭示其失调导致间质样去分化状态，且在三阴性乳腺癌中表达升高，增加了雌激素受体阴性和阳性乳腺癌的转移风险 | 研究主要基于小鼠模型和少量人类样本，缺乏大规模临床验证；机制研究仅通过体外细胞实验进行，未开展体内功能验证 | 探究SOX9在产后乳腺退化过程中的作用及其与SEMA7A的关系，并评估其对乳腺癌进展的影响 | 小鼠乳腺组织、正常人类供体乳腺组织样本、乳腺癌数据集 | 机器学习和数字病理 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠乳腺组织样本（具体数量未说明）和一组健康人类供体乳腺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 200 | 2026-06-23 |
Integration of Genome-Wide Association Studies With Single-Cell and Bulk Expression Quantitative Trait Locus to Identify Stroke Susceptibility Genes
2026-May-05, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.046208
PMID:42003665
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研究论文 | 整合全基因组关联研究与单细胞和批量表达数量性状位点数据，识别中风易感基因 | 首次将单细胞eQTL数据与中风亚型GWAS整合，发现许多新基因，并揭示细胞类型特异性的因果基因 | 未明确说明，但可能受限于单细胞eQTL数据的规模和同质性 | 识别中风易感基因，探索细胞类型特异性因果变异，确定潜在治疗靶点 | 7种脑细胞类型的eQTL数据、5种中风表型的GWAS数据、小鼠中风样本 | 机器学习 | 心血管疾病 | 全基因组关联研究、表达数量性状位点分析、孟德尔随机化、共定位分析、单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用、药物可及性分析、全表型组关联研究 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |