单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 987 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-09-24
Identification and validation of a prognostic risk-scoring model in drug-resistant ALL and evaluation of immune micro-environment
2026-May-29, Annals of hematology IF:3.0Q2
研究论文 该研究通过分析GEO和TARGET转录组数据,构建并验证了一个13基因耐药相关预后指数(RAPI-13),并探讨了耐药性ALL的免疫微环境及CD40激动剂联合化疗和PD-L1阻断的治疗潜力。 开发并验证了13基因耐药相关预后指数(RAPI-13),揭示了CD40激动剂通过极化M1型巨噬细胞恢复抗白血病免疫并逆转化疗耐药,提出了CD40为中心的免疫治疗联合方案。 摘要中未明确提及研究局限性,可能包括回顾性数据、样本量有限、需要进一步前瞻性临床验证等。 识别和验证耐药性急性淋巴细胞白血病(ALL)的预后风险评分模型,并评估免疫微环境在耐药中的作用。 儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)患者,包括化疗敏感和耐药患者。 机器学习 白血病 转录组测序,单细胞RNA-seq LASSO回归 转录组数据,单细胞RNA-seq数据 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
2 2026-09-24
Single-cell analysis of Plasmodium falciparum transcripts after drug perturbation identifies feedback regulation as well as increased transmission potential
2026-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究对数十万个单独感染的恶性疟原虫红细胞进行单细胞RNA测序,评估寄生虫对三种药物(青蒿素、阿托伐醌、ganaplacide)治疗的反应,揭示不同药物导致不同的转录谱和细胞群体 首次将单细胞RNA测序应用于数十万个单独感染的异步红细胞,评估疟原虫对三种不同化疗药物的反应,发现青蒿素治疗后富集表达配子体相关基因的细胞,表明可能增加传播潜力,而传统bulk分析无法揭示这种细胞异质性 研究使用异步感染的红细胞,可能无法完全捕捉特定生命周期阶段的药物反应;未进行体内验证实验;单细胞转录组数据的稀疏性可能影响低表达基因的检测 利用单细胞RNA测序技术表征疟原虫对药物治疗的响应,比较不同药物处理后的转录谱差异,并评估单细胞方法在药物分类和生命周期扰动分析中的应用潜力 恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)感染的异步红细胞 单细胞转录组学 疟疾 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 数十万个单独感染的异步红细胞 NA single-cell RNA-seq NA NA
3 2026-09-24
Distinct senescent β-cell senotypes differentially drive islet aging and dysfunction
2026-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过单细胞空间蛋白质组学和转录组学,揭示了人类胰岛中两种不同的衰老β细胞亚型及其对胰岛衰老和功能障碍的差异化驱动作用 首次在单细胞水平上识别出人类内分泌胰腺中两种离散的衰老细胞亚群(CDKN1A高表达和CDKN2A高表达),区分了适应性衰老程序与适应不良性衰老程序,为T2D的衰老靶向治疗提供了机制指导框架 摘要中未明确提及研究局限性 在单细胞水平上阐明人类内分泌胰腺中细胞衰老的异质性及其在正常衰老中的作用,区分适应性衰老与适应不良性衰老程序 人类胰腺组织及分散的胰岛 空间蛋白质组学、单细胞转录组学 2型糖尿病 单细胞空间蛋白质组学、单细胞RNA测序、多重单细胞RNA测序、功能实验 NA 图像、文本(基因表达数据) 26名供体的完整胰腺组织(年龄20-80岁)及14名供体的分散胰岛(年龄34-69岁) NA 单细胞空间蛋白质组学、单细胞RNA测序 NA NA
4 2026-09-24
CCL19+ fibroblasts define a proliferative niche in chronic lymphocytic leukemia
2026-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞RNA测序等技术,揭示了慢性淋巴细胞白血病(CLL)在淋巴结增殖中心(PC)中的微环境特征,发现CCL19+成纤维细胞、CCR7+ CLL细胞、BAFF+巨噬细胞等关键细胞群及CD74-MIF等配体-受体相互作用,并验证CD74阻断可抑制CLL细胞生长 首次发现CCL19+成纤维细胞定义CLL增殖中心,阐明CCL19-CCR7轴介导CLL细胞向PC的招募机制,并通过信息学、空间和原位分析鉴定出PC中富集的BAFF+巨噬细胞、整合素αXβ2和Galectin9以及CD74-MIF等关键相互作用 摘要中未明确提及研究局限性,可能包括样本量有限、体外实验与体内微环境的差异、CD74阻断疗法的临床转化仍需进一步验证 深入表征反应性淋巴结和CLL淋巴结的微环境,识别CLL增殖中心的关键特征、细胞互作及潜在治疗靶点 慢性淋巴细胞白血病(CLL)患者的淋巴结组织及其中各类细胞(CLL细胞、成纤维细胞、巨噬细胞等) 数字病理学 慢性淋巴细胞白血病 单细胞RNA测序、空间分析、原位分析 NA 单细胞转录组数据、图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
5 2026-09-24
Intermittent parathyroid hormone employs autonomous and non-autonomous mechanisms to drive osteogenesis from Ebf3-expressing skeletal progenitor cells
2026-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究揭示了间歇性甲状旁腺激素通过细胞自主和非自主机制驱动Ebf3表达骨骼祖细胞成骨,并在人类细胞中得到验证 首次阐明iPTH同时通过抑制Ebf3、Ebf1和Foxc1实现细胞内在转录重编程,以及通过刺激破骨细胞骨吸收释放TGFβ招募祖细胞至骨表面的细胞外在微环境重塑,两种机制协同驱动成骨 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅来自绝经后妇女的CAR细胞,样本量有限,且具体分子调控网络仍需进一步验证 探究系统性激素信号如何协调成体组织中干细胞命运决定,特别是iPTH驱动骨骼祖细胞成骨的机制 小鼠骨髓中的Cxcl12丰富网状(CAR)细胞(Ebf3表达的多能间充质祖细胞),以及绝经后妇女接受特立帕肽治疗的人类CAR细胞 单细胞转录组学、发育生物学、骨生物学 骨质疏松症 诱导性谱系追踪、单细胞转录组学、条件性基因敲除 小鼠遗传模型、细胞谱系追踪模型 单细胞转录组数据、基因表达数据、组织学图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
6 2026-09-24
Leveraging Lineage Barcodes as Natural Augmentations for Contrastive Learning of Cell Fate in scRNA-seq Data
2026-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出一种将谱系条形码作为自然数据增强的对比学习框架LCL,用于从scRNA-seq数据中解析细胞命运决定信号并预测未来细胞类型组成 将可遗传的谱系条形码视为自然数据增强,采用半监督架构对齐未标记细胞,把谱系结构迁移到缺乏显式条形码的临床数据集,并能从横断面数据建模纵向命运决定 摘要未明确说明该方法的局限性 解析细胞如何决定未来命运,并预测早期时间点的未来细胞类型组成,以支持精准治疗中的干细胞重编程或免疫功能调控 scRNA-seq数据中的细胞,包括造血系统和成纤维细胞系统 机器学习 NA 单细胞RNA测序、单细胞谱系追踪 对比学习、半监督学习 文本、图像 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
7 2026-09-24
PerturbPlan: An analytical framework for designing Perturb-seq experiments
2026-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章提出了一个用于设计Perturb-seq实验的解析框架PerturbPlan,通过推导新的解析功效公式,大幅降低计算成本,并开发了交互式网页应用帮助用户进行实验设计 推导了检测扰动-表达关联功效的新型解析公式,将运行时间减少高达七个数量级,并开发了首个支持灵活交互式设计单细胞CRISPR筛选实验的工具PerturbPlan 摘要中未明确提及研究的局限性 设计Perturb-seq实验,平衡统计功效和成本,为单细胞CRISPR筛选实验提供灵活交互式的设计工具 Perturb-seq和靶向Perturb-seq(TAP-seq)实验设计 机器学习 NA 单细胞RNA-seq, CRISPR筛选 NA 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
8 2026-09-24
scDIG: An R Shiny Application for Interactive Density-Based Gating of Single-Cell Proteomic and Transcriptomic Data
2026-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一个名为scDIG的R Shiny应用程序,用于对单细胞蛋白质组和转录组数据进行交互式基于密度的门控分析 结合双峰指数驱动的特征选择、特征加权核密度估计和交互式基于轮廓的门控,直接在二维投影中定义细胞群 未明确说明 在单细胞嵌入空间中划定具有生物学意义的细胞群,平衡专家指导与可重复性 来自人类受试者的CITE-seq PBMC数据(心血管评估弗吉尼亚队列) 单细胞分析 心血管疾病 CITE-seq 核密度估计、基于轮廓的门控 单细胞转录组和蛋白质组数据 未明确说明 未明确说明 single-cell RNA-seq, single-cell proteomics 未明确说明 未明确说明
9 2026-09-24
A direct SCN-to-DMH output pathway organizes circadian behavioral timing
2026-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过DMH神经元消融、局部分子钟破坏、逆行和交叉示踪、单细胞RNA测序及交叉光遗传学等技术,定义并验证了一条直接从SCN到DMH的输出通路,该通路负责组织昼夜节律行为时序 首次定义并功能验证了一条直接的SCN-to-DMH输出通路,鉴定出一群稀疏的、分子上独特的DMH投射SCN神经元(富集于表达特定转录因子的转录簇),并证明这些神经元的重复激活足以引导运动节律、产生持久相位移动 摘要中未明确说明研究局限性 阐明SCN节律计时信息如何传递至下游DMH回路以组织日常行为节律,并区分DMH是通过局部分子钟还是通过完整神经元传递SCN计时信号 小鼠的SCN和DMH神经元 神经科学 NA 单细胞RNA测序、交叉光遗传学、逆行示踪、交叉示踪、神经元消融 NA 图像、文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
10 2026-09-24
Transient cell states encode positional information to direct asymmetric growth
2026-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究利用空间单细胞转录组学和多组学技术,揭示了植物顶端弯钩中瞬时细胞状态编码位置信息,进而指导不对称生长的机制 首次发现顶端下胚轴区域中一个此前未被识别的瞬时细胞群体,该群体整合发育和激素信号并分叉为相反的 growth 轨迹;确立了 GATA2 作为通过赤霉素信号促进细胞伸长的核心调控因子 未明确说明研究的局限性 揭示组织如何从时空限制性信号中产生不对称生长,探索瞬时细胞状态在器官形态建成中的调控作用 植物顶端弯钩组织中的瞬时细胞状态 空间转录组学,单细胞多组学,发育生物学 NA 空间单细胞转录组学,单细胞多组学 基因调控网络分析 单细胞转录组数据,空间转录组数据,多组学数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学,单细胞多组学 NA NA
11 2026-09-24
Macrophage-derived fibronectin suppresses antitumor immunity via tissue stiffening and immunosuppressive cell induction in cancer mouse models
2026-May-22, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该研究通过单细胞转录组学分析非小细胞肺癌样本,发现肿瘤相关巨噬细胞是纤连蛋白FN1的主要来源,并通过小鼠模型证明巨噬细胞来源的FN1通过组织硬化和诱导免疫抑制细胞来抑制抗肿瘤免疫 首次揭示巨噬细胞来源的纤连蛋白FN1作为机械信号通过RAC1-mTOR轴抑制巨噬细胞糖酵解,进而削弱抗肿瘤免疫,并证明靶向FN1可增强免疫检查点阻断疗效 研究主要基于小鼠肿瘤模型,尚需进一步验证在人类非小细胞肺癌患者中的临床转化潜力 探究肿瘤相关巨噬细胞来源的纤连蛋白FN1在非小细胞肺癌免疫抑制和肿瘤硬化中的作用机制 非小细胞肺癌样本及皮下肿瘤小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞和细胞外基质 数字病理学 肺癌 单细胞转录组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
12 2026-09-24
Transcriptomic profiling of the embryonic C. elegans intestine with single-cell resolution
2026-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究对秀丽隐杆线虫混合阶段胚胎中FACS富集的肠道细胞进行单细胞RNA测序,以解析胚胎肠道的细胞异质性 首次在单细胞分辨率下对仅有20个细胞的胚胎期秀丽隐杆线虫肠道进行转录组分析,揭示了胚胎肠道细胞的内在异质性及其沿前后轴的区域差异 样本仅来源于混合阶段胚胎,细胞数量较少(974个细胞),可能无法完全反映肠道发育的全部动态过程 探究胚胎期秀丽隐杆线虫肠道如何发育以执行多种功能,以及肠道细胞沿其长度方向如何存在差异 秀丽隐杆线虫混合阶段胚胎中FACS富集的肠道细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序, smiFISH显微成像 NA 单细胞转录组数据, 图像 974个细胞(来自混合阶段胚胎的FACS富集肠道细胞) NA 单细胞RNA-seq NA NA
13 2026-09-24
Functional Heterogeneity of Hepatitis B Virus-Specific CD8+ T Cells Mediates the Clinical Outcomes of Infection
2026-May-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
研究论文 本研究通过体外抗原刺激增殖鉴定HBV核心18-27表位特异性CD8+ T细胞,利用单细胞测序表征扩增克隆的TCR文库,分析T细胞亚群与临床结局的相关性,探讨HBV特异性CD8+ T细胞的功能异质性是否决定感染的临床结局 将HBV核心18-27特异性CD8+ T细胞和CMV pp65特异性CD8+ T细胞成功分为三个功能不同的亚群(IFNγ+、mTGFβ+和IFNγ-/mTGFβ-),发现IFNγ+/mTGFβ+比值与HBV清除相关,并通过四聚体染色和ERGO-Ⅱ模型预测揭示TCR亲和力差异可能是其机制 摘要中未明确提及研究局限性 阐明HBV特异性CD8+ T细胞是被耗竭还是反映了源自初始T细胞文库的不完全应答,并探讨T细胞亚群与临床结局的相关性 HBV核心18-27表位特异性CD8+ T细胞和CMV pp65 495-503表位特异性CD8+ T细胞,以及急性HBV感染恢复期患者、非活动性HBV携带者和病毒免疫耐受患者的临床样本 免疫学 乙型肝炎 单细胞测序、体外抗原刺激增殖、四聚体染色 ERGO-Ⅱ模型 文本、序列数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
14 2026-09-24
Adrenal Gland Macrophage-derived TGF-β Governs Vascular Permeability to Drive Monocyte Recruitment during Stress
2026-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究整合四种应激模型的单细胞RNA测序数据,揭示肾上腺巨噬细胞来源的TGF-β通过调控血管通透性驱动单核细胞募集,从而参与应激适应 首次发现肾上腺中存在巨噬细胞-内皮细胞轴,证明巨噬细胞来源而非内皮细胞来源的TGF-β是促进内皮黏附分子表达、血管开窗、通透性增加及单核细胞募集的关键因素 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类肾上腺中验证该巨噬细胞-内皮细胞轴的保守性,且TGF-β受体阻断的潜在脱靶效应未完全排除 探究肾上腺巨噬细胞在应激诱导的免疫重塑和血管功能调控中的作用及其分子机制 小鼠肾上腺组织中的巨噬细胞、内皮细胞及单核细胞 单细胞组学 应激相关疾病 单细胞RNA测序、转录组比较分析、配体-受体分析、遗传命运图谱、条件性基因敲除 NA 单细胞转录组数据 四种不同应激模型(急性冷暴露、慢性社会挫败、慢性炎症和系统性感染)的肾上腺单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
15 2026-09-24
Once yearly cell-based therapy for sustained and dose tunable delivery of monoclonal antibodies
2026-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究开发了一种免疫调节封装细胞生物工厂,单次给药即可持续一年生产治疗性单克隆抗体,并可通过可回收宏装置实现剂量按需调控 首次利用免疫调节海藻酸盐水凝胶封装同种异体细胞,克服了抗体不稳定性、免疫原性和纤维化异物反应,实现了单次给药后持续一年稳定血清抗体滴度,并开发了可回收宏装置支持按需终止和剂量比例调整 研究主要在免疫健全小鼠和非人灵长类中进行,临床转化仍需进一步验证;长期安全性、免疫抑制风险及规模化生产等问题尚未完全解决 开发一种可临床转化的细胞封装平台,通过单次给药持续递送单克隆抗体,替代频繁注射或输注 免疫健全小鼠和非人灵长类动物 生物医学工程 HIV感染、肿瘤、自身免疫性疾病 单细胞RNA测序 NA 文本、图像 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium NA
16 2026-09-24
Cell-specific dedifferentiation in Arabidopsis thaliana
2026-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究利用单细胞RNA测序技术,追踪了拟南芥幼苗原生质体在去分化过程中的转录动态,并分析了化学扰动对去分化的影响 首次在单细胞水平上时间分辨地描述了拟南芥去分化过程中的转录动态,揭示了去分化的非均一性、异质性干细胞样身份的出现以及染色质重塑的普遍参与,并发现了表皮下干细胞样细胞 研究仅基于拟南芥幼苗原生质体,可能无法完全反映完整植物组织中的去分化过程;未涉及蛋白质水平和表观遗传修饰的功能验证 解析植物体细胞去分化过程中的转录动态及其调控机制 拟南芥幼苗原生质体 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 125,091个拟南芥幼苗原生质体 NA 单细胞RNA测序 NA NA
17 2026-09-24
Tumor Microenvironmental Regulation of CAR T-Cell Therapy in High Risk Medulloblastoma
2026-May-21, Research square
研究论文 本研究探讨了肿瘤微环境对高危髓母细胞瘤中CAR T细胞疗法的调控作用,通过优化CAR结构和结合TLR7/8激动剂来增强抗肿瘤效果 首次探索了CAR结构与TLR7/8介导的髓系细胞激活在G3MB治疗中的协同作用,并开发了脑渗透性纳米颗粒ResiPOx递送系统 研究主要基于临床前模型,尚未在临床试验中验证;纳米颗粒的长期安全性和递送效率仍需进一步评估 研究CAR结构和TLR7/8介导的髓系激活如何协同调控G3MB中的CAR T细胞功能和治疗结果 Group 3髓母细胞瘤(G3MB)及其肿瘤微环境 免疫治疗、肿瘤微环境 髓母细胞瘤、儿童脑肿瘤 流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 NA RNA测序数据、流式细胞数据 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
18 2026-09-24
Accelerated biological aging and underlying epigenetic modification mediated the association between obesity and asthma
2026-May-21, Clinical epigenetics IF:4.8Q1
研究论文 本研究基于UK Biobank前瞻性队列和两样本孟德尔随机化,探讨了加速生物学衰老在肥胖与哮喘关联中的中介作用及其表观遗传机制 首次整合前瞻性队列、两样本MR、表观遗传MR、共定位分析和单细胞RNA测序,系统揭示加速生物学衰老及其DNA甲基化修饰在肥胖-哮喘关联中的中介作用 摘要中未明确提及研究局限性 评估加速生物学衰老是否中介肥胖与哮喘发病的关联,并从表观遗传角度探讨其潜在因果效应和机制 UK Biobank前瞻性队列参与者及哮喘相关遗传和表观遗传数据 机器学习 肺癌 DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序 NA 文本, 基因表达数据, 表观遗传数据 UK Biobank前瞻性队列(具体样本量未在摘要中提供) NA 单细胞RNA测序, DNA甲基化测序 NA NA
19 2026-09-24
A harmonized single-cell RNA-seq atlas of human localized and metastatic prostate cancers and benign tissues
2026-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究整合了17项公开的单细胞RNA测序研究,构建了一个统一的人类前列腺癌单细胞转录组图谱,涵盖良性组织、原发肿瘤和转移性疾病 通过统一重新处理原始FASTQ数据以最小化技术变异,并使用统一的元数据标准和伪批量相关性框架进行细胞类型注释,构建了大规模协调化的前列腺癌单细胞图谱 摘要中未明确提及研究局限性 构建一个协调化的人类局限性及转移性前列腺癌与良性组织的单细胞RNA测序图谱,以支持可重复分析和跨疾病状态的异质性探索 人类前列腺组织,包括良性组织、原发肿瘤和转移性疾病样本 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 伪批量相关性框架 图像 163个样本,来自106个供体,质控后包含754,000个高质量细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
20 2026-09-24
Comparative single-cell transcriptomics of orthotopic and subcutaneous gastric tumors reveal immune and stromal heterogeneity
2026-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序比较了原位和皮下胃肿瘤模型的肿瘤微环境差异 首次对配对的原位和皮下胃肿瘤模型进行单细胞转录组比较,揭示了两种模型在免疫和基质细胞组成上的显著差异 研究仅基于CKP同系胃癌模型,可能无法完全代表其他胃癌亚型或人类胃癌的异质性 解析原位与皮下胃肿瘤模型在肿瘤微环境上的差异,为选择合适的临床前模型提供指导 CKP同系胃癌模型的原位和皮下植入肿瘤 单细胞转录组学 胃癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 配对的皮下和原位胃肿瘤样本(具体数量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
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