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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-06-19 |
Single-cell transcriptomic landscape highlights epithelial-fibroblast interactions and CD44-mediated malignant traits in laryngeal squamous cell carcinoma
2026-Apr-18, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01431-z
PMID:42000946
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示喉鳞状细胞癌中上皮-成纤维细胞相互作用及CD44介导的恶性特征 | 首次在喉鳞状细胞癌中绘制单细胞转录组图谱,识别出三种恶性上皮亚型和五种成纤维细胞亚型,并发现CD44在成纤维细胞-上皮细胞互作中驱动转移的关键作用 | 样本量较小(仅3例患者),未提及功能验证的体内模型细节及临床相关性分析 | 探究喉鳞状细胞癌中上皮细胞和成纤维细胞的异质性及其在肿瘤进展和转移中的作用 | 喉鳞状细胞癌患者的原发肿瘤、癌旁正常组织和转移淋巴结样本 | 数字病理学 | 喉鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3例患者的9份匹配样本(原发肿瘤、癌旁组织、转移淋巴结各3份) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 122 | 2026-06-19 |
Antiviral CD4+ T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults
2026-Apr-17, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-026-01586-7
PMID:41998201
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研究论文 | 本研究结合体外和体内免疫检测与人类样本,在血清学和单细胞水平上探究老年人和年轻人对流感疫苗的B细胞、CD4+ T细胞和髓系细胞反应差异 | 首次在单细胞转录组水平揭示老年人在流感疫苗应答中T辅助细胞和髓系细胞干扰素转录程序减弱,且抗体应答虽正常但细胞免疫应答受损 | 未明确说明局限性 | 探究老年人对流感疫苗的细胞免疫反应减弱机制,特别是CD4+ T细胞和髓系细胞的转录变化 | 年轻和老年人外周血样本中的B细胞、CD4+ T细胞和髓系细胞 | NA | 老年疾病 | 单细胞转录组测序(single-cell transcriptomics) | NA | 基因表达数据 | 年轻人和老年人的血液样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 123 | 2026-06-19 |
Integrative single-cell analysis reveals endothelial diversity in the vasa vasorum of human atherosclerosis
2026-Apr-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10095-1
PMID:41998210
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研究论文 | 通过整合单细胞分析揭示人类动脉粥样硬化血管外膜血管内皮细胞的多样性 | 首次构建人类动脉粥样硬化单细胞转录组图谱,识别出SULF1 ArtECs和VenECs作为内皮间质转化和白细胞招募的潜在治疗靶点 | 未提及具体局限性 | 研究动脉粥样硬化斑块中微血管的内皮细胞异质性及其在疾病进展中的作用 | 动脉粥样硬化斑块中的血管内皮细胞 | 计算机视觉 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自5项研究的17,367个血管内皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 124 | 2026-06-19 |
Design of the biosensor-dependent coupling system stabilizes the high-synthesis phenotype of cell factory
2026-Apr-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71801-5
PMID:41974726
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研究论文 | 本研究通过快速转录组挖掘方法开发了响应甘草次酸和美迪紫檀素的酵母生物传感器,并将其与必需基因耦合构建生长依赖的合成回路,以稳定高产表型,同时利用单细胞转录组揭示群体分工机制 | 提出一种快速转录组挖掘工作流,用于开发缺乏特异性生物传感器的天然产物;创建生长依赖的耦合回路,避免传统方法中高产表型随传代丢失的问题;通过单细胞转录组揭示耦合策略通过扩增特定高产亚群而非消除表型异质性来提升产量 | 仅以甘草次酸和美迪紫檀素作为概念验证,其他天然产物的适用性尚需验证;PDR5启动子的微调过程可能需针对不同传感器进行优化;单细胞分析揭示了基因表达特征,但删除或富集特定亚群的操作在工业规模上的可行性未讨论 | 设计一种基于生物传感器的生长耦合系统,以稳定微生物细胞工厂中天然产物的高产表型,并利用单细胞分析优化群体生产性能 | 酿酒酵母细胞工厂中产甘草次酸和美迪紫檀素的菌株群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 初始菌株和进化菌株的酵母细胞群体(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 125 | 2026-06-19 |
Prostaglandin E2-driven dedifferentiation of Schwann cells leads to perineural invasion in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Apr-07, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-026-02648-x
PMID:41946682
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研究论文 | 该研究通过整合RNA测序、空间转录组学和临床样本单细胞分析,发现神经侵犯区域显著富集去分化雪旺细胞并上调关键标志物,证明胰腺癌细胞通过PGE₂驱动雪旺细胞去分化并分泌促侵袭因子(LIF和ADAMTS-1),形成有利于神经侵犯的微环境 | 首次揭示肿瘤来源的PGE₂通过PTGES-SC轴驱动雪旺细胞去分化,并识别LIF和ADAMTS-1作为关键促侵袭因子,为胰腺癌神经侵犯提供了全新治疗靶点 | NA | 阐明胰腺导管腺癌中雪旺细胞去分化促进神经侵犯的分子机制及潜在治疗靶点 | 胰腺癌临床标本及PANC-1和BxPC-3细胞系 | 数字病理学 | 胰腺导管腺癌 | RNA测序, 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 单细胞数据 | 临床样本(具体数量未说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 126 | 2026-06-19 |
A comprehensive benchmarking study on computational tools for cross-omics label transfer from single-cell RNA to ATAC data
2026-04-01, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkag026
PMID:41655240
|
研究论文 | 对27种从单细胞RNA数据向ATAC数据进行跨组学标签转移的计算工具进行了全面基准测试 | 首次系统地评估了27种跨组学标签转移工具,涵盖多种人类和小鼠组织数据,并揭示了数据平衡性、跨组学差异等影响模型性能的关键因素 | 研究主要依赖于公开数据集,可能未覆盖所有可能的生物学场景;方法性能受数据质量和预处理方式影响较大 | 系统评估和比较计算工具在单细胞RNA到ATAC数据标签转移中的表现,为未来方法开发提供建议 | 来自多种人类和小鼠组织的单细胞RNA和ATAC数据 | 机器学习 | NA | 单细胞ATAC测序(scATAC-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | Bridge、GLUE、bindSC等深度学习模型 | 单细胞基因表达数据(scRNA-seq)和染色质可及性数据(scATAC-seq) | 使用多种人类和小鼠组织数据集,具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 127 | 2026-06-18 |
RUNX2 drives adenoma-to-carcinoma transition in colon cancer
2026-Apr-29, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08801-2
PMID:42056097
|
研究论文 | 揭示RUNX2在结肠癌腺瘤-癌转变中的驱动作用及其分子机制 | 通过单细胞RNA测序首次发现CD8耗竭T细胞通过TNF-α/TNFRSF1A通路激活恶性上皮细胞中的RUNX2,驱动腺瘤向癌转变,并鉴定RUNX2抑制剂CADD522可阻断该过程 | 研究主要基于体外细胞实验和AOM/DSS小鼠模型,缺乏大规模临床队列验证及RUNX2抑制剂在体内的长期安全性评估 | 阐明结肠腺瘤向腺癌转变的分子机制,寻找早期干预靶点 | 结肠腺瘤组织和癌组织中的CD8耗竭T细胞、恶性上皮细胞,以及HCT116和HCT15细胞系 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序、qRT-PCR、多重免疫荧光 | NA | 基因表达数据、细胞图像 | 包含结肠腺瘤、癌及癌旁正常组织的患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'试剂盒 |
| 128 | 2026-06-18 |
Therapeutic effects of mesenchymal stem cell-derived extracellular vesicles from different tissue sources on diminished ovarian reserve and the related mechanisms
2026-Apr-29, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04403-4
PMID:42057118
|
研究论文 | 比较脂肪来源和脐带来源间充质干细胞胞外囊泡对卵巢储备功能减退小鼠的治疗效果及机制 | 首次系统比较不同组织来源间充质干细胞胞外囊泡在卵巢储备功能减退模型中的疗效差异,并揭示脐带来源囊泡具有更广泛的调控作用和更持久的生殖益处 | 未提及具体局限性 | 比较脂肪和脐带来源间充质干细胞胞外囊泡对卵巢储备功能减退的治疗效果及机制,为临床选择最优囊泡来源提供实验证据 | 环磷酰胺诱导的卵巢储备功能减退小鼠模型 | 数字病理学 | 卵巢储备功能减退 | 蛋白质组学分析,单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据,单细胞转录组数据 | 环磷酰胺诱导的卵巢储备功能减退小鼠,未明确样本数 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 129 | 2026-06-18 |
Spatial transcriptomic atlas of murine neurotoxocariasis reveals region-specific host responses and dysfunction in the brain
2026-Apr-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72114-3
PMID:41997914
|
研究论文 | 结合空间转录组学、单核RNA测序、脂质组学和行为学分析,在小鼠模型中绘制犬弓首蛔虫幼虫引起神经弓首蛔虫病的宿主-寄生虫界面图谱,揭示区域特异性脑损伤和功能障碍机制 | 首次使用空间转录组学技术系统解析神经弓首蛔虫病中脑区域特异性宿主反应和寄生虫转录程序,结合多组学和行为学分析揭示运动学习和记忆障碍的分子机制 | NA | 阐明神经弓首蛔虫病的病理机制,特别是脑区域特异性神经损伤、免疫反应和功能障碍的分子机制 | 感染犬弓首蛔虫的小鼠模型脑组织 | 数字病理学 | 神经弓首蛔虫病 | 空间转录组学、单核RNA测序、脂质组学 | NA | 转录组数据、脂质组数据、行为学数据 | 小鼠模型(具体样本量未在摘要中提及) | NA | 空间转录组学、单核RNA测序 | NA | NA |
| 130 | 2026-06-18 |
GSDME-IL-18 pyroptotic axis prevents myosteatosis by expanding tissue-resident macrophages to promote muscle regeneration
2026-04-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI198076
PMID:41701674
|
研究论文 | 揭示GSDME依赖性细胞焦亡通过IL-18信号轴扩张组织驻留巨噬细胞,促进肌肉再生并抑制肌脂肪变性 | 首次发现GSDME依赖的细胞焦亡信号在肌肉损伤中发挥保护作用,通过IL-18激活组织驻留巨噬细胞的KLF4/JUN信号通路,维持脂质稳态,而非传统认为的加重无菌性炎症 | 未明确说明具体局限性 | 探究GSDME依赖性细胞焦亡在肌肉损伤修复和肌脂肪变性中的作用机制 | 人类术后肌肉损伤样本和鼠类损伤模型 | 数字病理学 | 肌肉疾病、老年性疾病 | 单细胞RNA测序、多组学流式细胞术、脂质组学 | NA | 基因表达数据、脂质组学数据、单细胞转录组数据 | 人类术后肌肉样本和多种鼠类损伤模型(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 131 | 2026-06-18 |
Genomic characterization of sub-populations in human pluripotent stem cell-derived retinal progenitor cells driving retinal lamination
2026-04-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2026.102831
PMID:41791386
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究人类胚胎干细胞来源的视网膜祖细胞亚群驱动视网膜分层的基因组特征 | 发现WNT2B-FZD7经典信号通路与非经典WNT5A信号通路顺序调控视网膜早期形态发生,并揭示移植后宿主视网膜环境对光感受器排列和功能整合的关键驱动作用 | 仅基于体外视网膜类器官模型和一种视网膜退化大鼠模型,可能无法完全模拟人类发育和疾病状态 | 探究人类多能干细胞来源的视网膜祖细胞亚群驱动视网膜分层的机制 | Rax::GFP阳性视网膜祖细胞及其亚群 | 数字病理学 | 视网膜退化疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量,涉及分化和移植实验的视网膜类器官及大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 132 | 2026-06-18 |
Cytotoxic T cell recognition of α-synuclein drives pathogenic immune responses in multiple system atrophy
2026-Apr-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2537271123
PMID:41911451
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研究论文 | 研究多系统萎缩症中α-突触核蛋白驱动的细胞毒性T细胞免疫应答 | 首次揭示α-突触核蛋白特异性细胞毒性T细胞在多系统萎缩症中驱动致病性免疫应答 | 研究基于相对较小的样本量,且仅聚焦于外周和中枢T细胞反应,未来需进一步验证该免疫轴在疾病进展中的具体作用 | 探索适应性免疫机制在多系统萎缩症神经炎症中的贡献 | 多系统萎缩症患者、帕金森病患者和健康对照组的外周和中枢T细胞反应 | 免疫学 | 多系统萎缩症 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据、抗原特异性功能检测数据 | 多系统萎缩症患者、帕金森病患者和健康对照组的样本,具体未提及数量 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 133 | 2026-06-18 |
Single-cell RNA-seq reveals trans-sialidase-like superfamily gene expression heterogeneity in Trypanosoma cruzi populations
2026-Apr-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.105822
PMID:41945382
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research paper | 使用单细胞RNA测序技术分析克氏锥虫无鞭毛体和锥鞭毛体阶段的细胞特异性转录组,揭示跨唾液酸酶样超家族基因表达的异质性 | 首次在单细胞水平揭示克氏锥虫群体中跨唾液酸酶样超家族基因表达的异质性,并发现核心基因组区域编码的TcS mRNA更频繁检测到,而破坏性基因组区域编码的TcS mRNA检测频率较低 | 未提及 | 研究克氏锥虫在哺乳动物感染过程中细胞表面蛋白表达的阶段性特异性及异质性 | 克氏锥虫的无鞭毛体和锥鞭毛体细胞 | single-cell transcriptomics | Chagas disease | single-cell RNA sequencing | NA | single-cell transcriptome | 无鞭毛体和锥鞭毛体细胞群体 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 134 | 2026-06-18 |
Metabolic surgery mitigates early kidney injury in obese youth with diabetes by suppressing mTORC1/JAK/STAT signaling
2026-04-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI198545
PMID:41665972
|
研究论文 | 探究代谢手术(垂直袖状胃切除术)对肥胖2型糖尿病青少年早期肾损伤的缓解作用及其分子机制 | 首次通过配对肾活检样本结合单细胞RNA测序和循环蛋白质组学,揭示代谢手术通过抑制mTORC1/JAK/STAT信号通路改善肾脏结构和分子变化 | 样本量较小(仅5例配对活检),且缺乏长期随访数据 | 阐明垂直袖状胃切除术减轻青少年肥胖2型糖尿病患者早期糖尿病肾病的分子机制 | 肥胖合并2型糖尿病的青少年患者 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序、循环蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、组织病理图像 | 5例配对肾活检样本(治疗前后),64例独立队列血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 135 | 2026-06-18 |
Score Matching for Differential Abundance Testing of Compositional High-Throughput Sequencing Data
2026-Apr, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.70534
PMID:41944570
|
研究论文 | 提出了一种名为cosmoDA的差异丰度检测方法,用于处理高维稀疏测序数据中的特征相关性和零值问题 | 将a-b幂交互模型扩展至包含协变量信息,结合惩罚广义评分匹配实现稀疏建模,显著降低由相关特征引起的假阳性率 | NA | 开发一种能够处理单细胞RNA测序和微生物扩增子数据中零值和特征相关性问题的差异丰度检测方法 | 高维稀疏成分数据中的差异丰度检测 | 机器学习 | NA | RNA-seq, 扩增子测序 | a-b幂交互模型 | 测序计数数据 | 模拟数据和真实单细胞/扩增子数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 扩增子测序 | NA | NA |
| 136 | 2026-06-18 |
Single-Cell Transcriptomics Reveal Human Skin Aging Pathways
2026-Apr, Journal of cosmetic dermatology
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jocd.70708
PMID:41944719
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 137 | 2026-06-18 |
Identification and Validation of Oxidative Stress-Related Candidate Biomarkers for Preeclampsia via WGCNA and Single-Cell Transcriptomics
2026-04, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989)
DOI:10.1111/aji.70241
PMID:42030320
|
research paper | 通过整合单细胞和批量转录组数据及WGCNA分析,识别并验证了与氧化应激相关的子痫前期候选生物标志物 | 结合单细胞转录组学与多种机器学习算法(LASSO、SVM-RFE、随机森林)筛选关键基因,并构建诊断模型,揭示了SPP1、CTSC和SLC9A9在巨噬细胞中的高表达及其与免疫细胞的关联 | 未提及具体局限性,可能包括样本量有限或需要进一步功能验证 | 探索氧化应激相关基因对子痫前期的诊断价值 | 子痫前期患者与对照样本 | machine learning | 子痫前期 | RNA-seq, qRT-PCR | LASSO, SVM-RFE, 随机森林 | 转录组数据 | 多个数据集中的子痫前期和对照样本,具体数量未在摘要中说明 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 138 | 2026-06-17 |
Single-cell phenotype-associated subpopulation identification via transfer foundation model and statistical ensemble learning
2026-Apr-29, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-026-02613-8
PMID:42050525
|
研究论文 | 提出scPASI方法,整合单细胞与批量信息,识别与表型相关的细胞亚群 | 结合预训练基础模型与残差变分自编码器,以及LASSO和稀疏组LASSO回归,将细胞分为四种不同表型关联程度的亚群 | NA | 建立单细胞转录组与表型之间的关联,识别疾病相关的细胞亚群 | 肿瘤状态、基因突变及临床预后等表型相关的细胞亚群 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 预训练基础模型、残差变分自编码器、LASSO、稀疏组LASSO | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 多个不同数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 139 | 2026-06-17 |
Single-cell transcriptomics reveals ADRB1 as a key immune checkpoint regulating T cell exhaustion in lung cancer and its prognostic value in lung cancer
2026-Apr-29, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05112-y
PMID:42056648
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示了ADRB1作为肺癌中调控T细胞耗竭的关键免疫检查点及其预后价值 | 首次将ADRB1描述为一种参与肺癌T细胞耗竭的新型免疫检查点,并基于ADRB1+ T细胞特征进行预后建模 | 需要进行功能研究和临床试验来验证和讨论这一提出的概念 | 探索ADRB1在肺癌中作为免疫检查点调控T细胞耗竭的作用及其预后价值 | 肺腺癌和肺鳞癌患者的肿瘤及邻近非肿瘤组织中的T细胞 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 140 | 2026-06-17 |
Integrated Genomic and Single-Cell Analysis Identifies Notch1 as a Metastasis Suppressor in Nasopharyngeal Carcinoma Targeted by the AKT/Smad3 Axis
2026-Apr-29, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-026-00341-5
PMID:42056895
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研究论文 | 本研究系统探究Notch1作为鼻咽癌转移抑制因子的功能及其通过AKT/Smad3轴调控的分子机制 | 首次通过整合基因组与单细胞分析发现Notch1在鼻咽癌中通过AKT/Smad3轴抑制EMT和转移,并基于Notch1相关基因实现患者分子分型 | 样本量有限且主要依赖TCGA和GEO数据库,缺乏大规模临床队列验证 | 阐明Notch1在鼻咽癌侵袭和转移中的功能及分子机制 | 鼻咽癌组织样本、细胞系及裸鼠模型 | 机器学习 | 鼻咽癌 | 免疫组化, 单细胞RNA测序, 免疫共沉淀 | 共识聚类 | 图像, 文本, 测序数据 | 鼻咽癌组织微阵列(具体数量未说明)、多个细胞系及裸鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |