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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2026-04-09 |
Unraveling the role of cuproptosis in pulmonary fibrosis pathogenesis and prognosis: an integrative single-cell transcriptomics and microarray analysis
2026-Apr, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-026-05510-4
PMID:41824199
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和微阵列分析,揭示了铜死亡在肺纤维化发病机制和预后中的作用,并建立了一个基于4个铜死亡相关基因的预后模型 | 首次将铜死亡与肺纤维化联系起来,并通过整合单细胞和批量RNA-seq数据构建了一个新的预后基因特征 | 研究主要基于小鼠模型和公共数据集,需要在更大队列的临床样本中进行验证 | 阐明铜死亡在肺纤维化中的生物学功能并建立预后模型 | 博来霉素诱导的小鼠模型、特发性肺纤维化患者样本以及TGF-β1刺激的成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, qRT-PCR, 免疫组织化学分析 | LASSO回归, Cox回归 | 转录组数据 | GSE70866队列中的特发性肺纤维化患者数据以及博来霉素诱导的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 862 | 2026-04-09 |
Enhancing Deep Learning Inference of Gene Regulatory Networks via Construction of Image Representation of Cell-Cell Interactions From scRNA-Seq Data
2026-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3617167
PMID:41052197
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研究论文 | 本文提出了一种基于scRNA-seq数据构建细胞间相互作用图像表示(CelloGraph)并结合CNN进行基因调控网络推断的高精度计算方法 | 首次引入空间语义图像表示CelloGraph来描绘基因在细胞间的表达模式,并通过最大化细胞间相互作用的系统熵来确定细胞在空间网格中的位置,结合定制CNN进行模式识别 | 未明确说明方法在处理大规模数据集时的计算效率具体表现,以及在不同生物体系中的泛化能力验证 | 提高基于单细胞RNA测序数据的基因调控网络推断的准确性和计算效率 | 基因调控网络(GRNs) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 卷积神经网络(CNN) | 图像表示(基于scRNA-seq数据构建) | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 863 | 2026-04-07 |
Intervention of Rutin and Ochnaflavone in the Attenuation of Neuroinflammation and Neuronal Apoptosis in Spinal Cord Injury
2026-Apr, Global spine journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1177/21925682251383489
PMID:41001708
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研究论文 | 本研究探讨了芦丁和欧查黄酮在脊髓损伤中通过调节小胶质细胞和PI3K/AKT及NF-κB信号通路减轻神经炎症和神经元凋亡的神经保护机制 | 首次结合单细胞RNA测序和网络药理学方法,揭示了芦丁和欧查黄酮协同抑制小胶质细胞激活及下游信号通路的分子机制,为脊髓损伤提供了一种新的联合治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,尚未在人类临床中进行验证,且具体剂量和长期安全性需进一步评估 | 阐明芦丁和欧查黄酮在脊髓损伤中的神经保护作用机制,特别是对次级损伤过程的调控 | 脊髓损伤小鼠模型、LPS刺激的BV2小胶质细胞、小胶质细胞-神经元共培养系统 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序、网络药理学、Western blotting、免疫荧光、ELISA | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 864 | 2026-04-07 |
A universal and cost-efficient sample labeling approach for multiplexed single-cell RNA-seq based on recombinant HUH-endonuclease-agglutinin tagging
2026-Apr, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.10.004
PMID:41167558
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研究论文 | 本文提出了一种基于重组HUH-核酸内切酶-凝集素标记(HEATag)的通用且成本效益高的样本标记方法,用于多重单细胞RNA测序 | 结合鸭圆环病毒HUH核酸内切酶(DCV)和小麦胚芽凝集素(WGA),开发了一种新型通用细胞膜标记方法,实现了快速、序列特异性的索引单链DNA标记,且适用于新鲜或固定细胞及多种物种 | NA | 解决单细胞转录组学中多重样本标记方法成本高或操作复杂的问题,以降低单细胞测序的每样本成本 | 细胞膜(适用于新鲜或固定细胞及多种物种) | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 兼容商业平台和定制系统,可适配多种单细胞组学工作流程 |
| 865 | 2026-04-07 |
Endogenous oestrogens as neuroprotective modulators in the human retina: Evidence from transcriptomic profiling and aromatase inhibition
2026-Apr, Journal of neuroendocrinology
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/jne.70171
PMID:41877439
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析和小鼠视网膜外植体实验,探讨了内源性雌激素在人视网膜中的神经保护作用及其细胞类型特异性表达 | 首次在单细胞水平上系统描绘了人视网膜中类固醇激素代谢和雌激素信号通路基因的表达图谱,并利用芳香化酶抑制剂验证了局部雌激素合成对光感受器维持和免疫调节的功能相关性 | 研究主要基于小鼠视网膜外植体模型,可能无法完全模拟人视网膜的生理环境;且实验仅使用单一浓度(20 μM)的来曲唑进行抑制,缺乏剂量依赖性验证 | 探究内源性雌激素在人视网膜中的神经保护作用及其细胞类型特异性功能 | 人视网膜单细胞RNA测序数据和小鼠视网膜外植体 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 基于公开数据集E-MTAB-7316,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 866 | 2026-04-06 |
Retinoic acid regulates fetoplacental vascularization via notch signaling and a SEMA3E/F-PLEXIND1 axis
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115205
PMID:41884003
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研究论文 | 本研究揭示了视黄酸通过Notch信号通路和SEMA3E/F-PLEXIND1轴调控胎儿胎盘血管化的机制 | 首次发现视黄酸通过Notch信号和SEMA3E/F-PLEXIND1轴调控胎盘血管化,并明确了其在胎儿内皮细胞与绒毛滋养层前体细胞间信号传导中的作用 | 研究主要基于小鼠模型(Raldh2胚胎),人类胎盘中的具体机制仍需进一步验证 | 探究视黄酸缺乏导致胎盘血管化异常的分子机制 | 小鼠胚胎胎盘组织(特别是内皮细胞和滋养层细胞) | 发育生物学 | 妊娠并发症(胎儿生长受限、早产等) | 单细胞RNA测序、功能实验 | NA | 单细胞转录组数据 | E9.5阶段Raldh2缺陷型、野生型及ATRA处理组胎盘细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 867 | 2026-04-06 |
scAgeClock: a single-cell transcriptome-based human aging clock model using gated multi-head attention neural networks
2026-Apr-04, npj aging
IF:4.1Q2
DOI:10.1038/s41514-026-00379-5
PMID:41935096
|
研究论文 | 本研究提出了一种名为scAgeClock的新型单细胞转录组人类衰老时钟模型,该模型基于门控多头注意力神经网络,利用大规模单细胞转录组数据进行年龄预测 | 开发了首个基于门控多头注意力神经网络的单细胞分辨率人类衰老时钟模型,能够解析细胞和组织异质性,并提出了新的衰老偏差指数指标 | 不同细胞类型的预测准确性存在显著差异,部分细胞类型的年龄预测误差可能较大 | 构建高精度的单细胞分辨率人类衰老时钟模型,用于评估生物年龄和细胞衰老状态 | 人类单细胞转录组数据 | 机器学习 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 门控多头注意力神经网络 | 单细胞转录组数据 | 超过1600万个单细胞转录组图谱,来自40多种人类组织和400多种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 868 | 2026-04-06 |
Integrated analysis of single-cell RNA sequencing, transcriptomics, and thermal proteome profiling identifies PLCG1 as the therapeutic target of isopimpinellin in treating rheumatoid arthritis
2026-Apr-04, Cellular & molecular biology letters
IF:9.2Q1
DOI:10.1186/s11658-026-00918-8
PMID:41935283
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 869 | 2026-04-06 |
Chromatin remodeling in pericentral hepatocytes modulates MASH through CYP450 activity
2026-Apr-02, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2026.03.035
PMID:41935542
|
研究论文 | 本研究揭示了Lgr5+肝细胞中染色质重塑因子DPF2通过调控CYP450酶活性来调节全肝代谢稳态,从而影响代谢相关脂肪性肝病(MASLD/MASH)进展的机制 | 首次阐明了特定肝细胞亚群(Lgr5+肝细胞)通过染色质重塑调控CYP2酶表达,进而通过代谢物全反式维甲酸(atRA)非细胞自主性地协调全肝AMPK活性和代谢的机制 | 研究主要基于小鼠模型,虽然有人类肝组织验证,但临床转化仍需在更大规模的人类肝队列和精心设计的患者研究中得到证实 | 探究Lgr5+肝细胞中DPF2如何通过调控atRA稳态来协调肝脏范围内的AMPK介导的代谢,以理解代谢性肝病的发病机制 | 转基因C57BL/6J小鼠、人类肝组织、Lgr5+肝细胞 | 数字病理学 | 代谢相关脂肪性肝病 | scRNA-seq, 空间转录组学, ATAC-seq, CUT&Tag, CUT&RUN, 多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 870 | 2026-04-04 |
Mechanism study of phthalate exposure promoting endometriosis: Based on the ferroptosis perspective
2026-Apr-01, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2026.141670
PMID:41791190
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研究论文 | 本研究从铁死亡角度,整合多组学数据与计算方法,系统研究了邻苯二甲酸酯暴露促进子宫内膜异位症的机制 | 首次从铁死亡角度系统揭示邻苯二甲酸酯暴露促进子宫内膜异位症的微观机制,并构建了“PAEs - 铁死亡 - EMT - 子宫内膜异位症”轴 | 机制研究主要基于计算分析和体外模型,需要进一步的体内实验验证 | 探究邻苯二甲酸酯暴露促进子宫内膜异位症的分子机制 | 子宫内膜异位症患者样本及相关细胞模型 | 生物信息学 | 子宫内膜异位症 | RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 网络毒理学, 多组学分析, 分子对接 | 多种机器学习方法, scTenifoldKnk算法 | 转录组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 871 | 2026-04-04 |
Unveiling the Clinical Potential of Prostate Cancer Three-dimensional Models: A Systematic Review
2026-Apr-01, European urology oncology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.euo.2026.03.007
PMID:41927412
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系统综述 | 本文系统评估了前列腺癌三维模型的可行性、分子保真度及转化应用 | 首次系统性地评估了患者来源类器官和器官切片组织作为三维模型在前列腺癌研究中的临床潜力,并总结了其在分子保真度、生物标志物发现和药物筛选方面的应用 | 类器官建立成功率差异大,长期扩增能力有限,缺乏微环境成分,且建立过程耗时 | 评估前列腺癌三维模型作为转化工具在精准肿瘤学中的可行性、分子保真度及应用价值 | 人类来源的前列腺癌三维模型,包括患者来源类器官和器官切片组织 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞测序,基因组学,转录组学,表观遗传学分析 | 3D 模型,患者来源类器官,器官切片组织 | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 872 | 2026-04-02 |
Identification of potential biomarkers and therapeutic targets for cerebral venous thrombosis
2026-Apr, Neurological research
IF:1.7Q4
DOI:10.1080/01616412.2025.2532039
PMID:40684330
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研究论文 | 本研究利用孟德尔随机化方法,整合大规模表达数量性状位点数据和脑静脉血栓形成全基因组关联研究,系统识别并验证了与脑静脉血栓形成易感性相关的可药物化基因 | 首次通过整合外周血和脑组织表达数量性状位点数据,结合孟德尔随机化框架,识别出IL18、BMPR2和COMT等基因作为脑静脉血栓形成的新型潜在生物标志物和治疗靶点 | 研究结果基于遗传推断,需要进一步的机制和临床验证 | 系统识别和验证与脑静脉血栓形成易感性相关的可药物化基因 | 脑静脉血栓形成患者 | 生物信息学 | 脑静脉血栓形成 | 孟德尔随机化、表达数量性状位点分析、全基因组关联研究、单细胞RNA测序、分子对接 | 两样本孟德尔随机化框架 | 遗传数据、表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 873 | 2026-04-02 |
Spatial transcriptomics reveals TGF-β-driven endothelial-mesenchymal transition in vascular remodeling of moyamoya disease
2026-Apr, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism
IF:4.9Q1
DOI:10.1177/0271678X251388370
PMID:41305891
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学揭示了TGF-β信号通路驱动的内皮-间质转化在烟雾病血管重塑中的关键作用 | 首次在烟雾病中应用空间转录组学技术,识别了具有内皮和间质双重表型的细胞簇,并明确了TGF-β/Snail通路在驱动内皮-间质转化中的核心作用 | 需要在临床前模型中进行进一步验证 | 阐明TGF-β信号通路在烟雾病血管重塑中的作用机制 | 烟雾病患者血管标本 | 数字病理学 | 烟雾病 | 空间转录组学,免疫组织化学,免疫荧光,苏木精-伊红染色 | 伪时间轨迹分析,细胞-细胞通讯模型 | 空间转录组数据,图像数据 | 11例烟雾病标本用于空间转录组学,总计51例烟雾病和11例对照血管标本用于组织学分析 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 874 | 2026-04-02 |
KGLAR: Deconvoluting Spatial Transcriptomics Data with Single-cell Transcriptomes through Knowledge-guided NMF and Least Angle Regression
2026-Apr-01, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-026-00815-w
PMID:41920506
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 875 | 2026-03-31 |
Glial Plasticity and Dysfunction: Mechanistic Insights and Therapeutic Opportunities in Neurodegeneration
2026-Apr, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.70414
PMID:41906403
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综述 | 本文综述了神经胶质细胞在神经退行性疾病中的多样生理病理作用及新兴治疗策略 | 整合单细胞转录组学、谱系追踪和活体成像等先进技术,系统揭示胶质细胞的异质性、可塑性及其在神经退行性疾病中的双重角色,并评估基于胶质细胞可塑性的新兴治疗策略 | 面临细胞异质性、递送障碍和缺乏特异性生物标志物等临床转化挑战 | 探讨胶质细胞在神经退行性疾病中的作用机制及治疗潜力 | 星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞和施万细胞等神经胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病、帕金森病、肌萎缩侧索硬化症、多发性硬化症等神经退行性疾病 | 单细胞转录组学、谱系追踪、活体成像 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 876 | 2026-03-30 |
The plastic stomatal development in grasses and its implications in crop improvement
2026-Apr, Journal of plant physiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.jplph.2026.154748
PMID:41849825
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综述 | 本文综述了禾本科植物气孔发育的物种特异性机制及其在作物改良中的应用潜力 | 系统总结了禾本科植物四细胞气孔复合体的独特发育机制、可塑性及其关键调控因子,并强调了整合单细胞RNA-seq、空间转录组学、泛基因组学和人工智能等多组学方法在加速新型调控因子发现和基因型-表型关联研究中的应用 | NA | 阐明禾本科植物气孔发育的物种特异性机制,为通过遗传改良提高作物水分利用效率和抗旱性提供理论框架和可行靶点 | 禾本科植物(特别是谷物作物)的气孔发育 | 植物生物学与作物遗传改良 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学、泛基因组学、全基因组关联研究、人工智能驱动的数据挖掘 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 877 | 2026-03-30 |
A Tumor Microenvironment-Derived CAF-VEGF Model and Its Application in Biomarker Screening for HCC
2026-Apr, Cell biochemistry and function
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/cbf.70204
PMID:41902797
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研究论文 | 本研究构建了一个基于肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞和血管内皮生长因子的预后评分模型,用于评估肝细胞癌患者的预后,并筛选出关键生物标志物 | 首次结合单细胞测序数据构建了CAF-VEGF预后评分模型,并发现ESCO2和WDHD1两个新基因通过调控血管生成促进肝细胞癌进展 | 研究依赖于公共数据库的回顾性数据,需要进一步的前瞻性临床研究验证模型的普适性 | 开发肝细胞癌预后评估模型并筛选关键生物标志物 | 肝细胞癌组织及其邻近正常组织 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | COX回归模型,LASSO回归模型 | 单细胞测序数据 | 未明确具体样本数量(使用GEO数据库数据) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 878 | 2026-03-29 |
Construction of TLS-related gene signature for predicting prognosis and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma
2026-Apr-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000925
PMID:41894176
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研究论文 | 本研究构建了三级淋巴结构相关基因特征(TLSRS),用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次开发了基于三级淋巴结构相关基因的预后和免疫治疗反应预测模型,并利用单细胞、空间转录组学等技术验证了基因与TLS的关联 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性临床验证;基因特征的普适性需在更多独立队列中验证 | 预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应,推动精准医疗发展 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 差异基因表达分析、加权相关网络分析、LASSO回归、GSEA、单细胞RNA-seq、空间转录组学、免疫组化、多重免疫荧光 | LASSO回归模型 | 基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据、免疫组化图像 | 未明确指定样本数量,涉及肝细胞癌患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 879 | 2026-03-28 |
Optimizing Single-Cell Long-Read Sequencing for Enhanced Isoform Detection in Pancreatic Islets
2026-Apr-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db25-0424
PMID:41563441
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研究论文 | 本研究优化了单细胞长读长测序协议,以增强胰腺胰岛中异构体的检测能力 | 通过优化5'文库制备协议并采用胰岛素转录本靶向耗竭策略,提高了长读长测序在单细胞水平上的转录本检测效率和准确性 | 技术挑战包括读长不足和较高错误率,可能影响某些低丰度转录本的识别 | 优化单细胞长读长测序协议,以改善胰腺胰岛中异构体的检测和基因表达分析 | 胰腺胰岛中的各种细胞类型,特别是胰岛内分泌细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞长读长测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 880 | 2026-03-25 |
FOXE1 promotes the progression of pulp inflammation by activating PANoptosis in dental pulp cells
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115204
PMID:41869565
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研究论文 | 本研究揭示了FOXE1通过激活牙髓细胞中的PANoptosis来促进牙髓炎症进展的机制 | 首次在牙髓炎症中鉴定出PANoptotic牙髓细胞簇,并发现FOXE1是调控该过程的关键转录因子 | 未明确FOXE1调控PANoptosis的具体下游信号通路 | 探究PANoptosis在牙髓炎中的作用及调控机制 | 牙髓细胞、临床牙髓炎样本、小鼠实验性牙髓炎模型 | 单细胞组学 | 牙髓炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类临床牙髓炎样本、原代培养牙髓细胞、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |