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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-09-10 |
Hypoxia inducible factor network reflects kidney disease progression in diabetes and sodium-glucose co-transporters inhibition
2026-Apr-21, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-026-02653-0
PMID:42009641
|
研究论文 | 该研究通过单细胞转录组分析揭示了缺氧诱导因子网络在糖尿病肾病进展中的作用,并验证了SGLT2抑制剂对该网络的保护效应 | 首次构建了基于启动子的HIF调控网络,涵盖237个基因和7个互连通路,并利用多组学数据验证其在糖尿病肾病进展中的变化及SGLT2i的治疗反应 | 研究对象仅限于青年2型糖尿病患者,且临床证据轻微,可能限制结论的普遍性 | 探究缺氧诱导因子网络在糖尿病肾病进展中的作用,并评估SGLT2抑制剂对肾脏缺氧响应的影响 | 患有2型糖尿病的青年肾脏组织及糖尿病肾病晚期患者样本 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞转录组学, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据, 空间转录组图像 | 青年T2D患者肾脏组织样本(具体数量未提供),以及KPMP项目中的晚期DKD样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'转录组, 10x Visium空间转录组 |
| 62 | 2026-09-10 |
Immune modulation promotes heart regeneration through macrophage and Granulin functions in medaka
2026-Apr-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2524705123
PMID:41980096
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研究论文 | 该研究利用青鳉鱼模型,结合转录组学和功能实验,揭示免疫调节通过巨噬细胞和颗粒蛋白前体功能促进心脏再生 | 首次在非再生青鳉鱼模型中证明Toll样受体3激动剂poly I:C可通过加速免疫激活和巨噬细胞介导的碎片清除来促进心脏修复,并鉴定出与再生相关的巨噬细胞亚群及其高表达颗粒蛋白前体 | 未明确说明,但可能涉及研究模型与应用场景的差异 | 探究免疫调节如何加速心脏修复并揭示其机制 | 非再生青鳉鱼的心脏组织及免疫细胞 | 转录组学 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、杂交链式反应空间分析 | NA | 转录组数据、空间表达数据 | 青鳉鱼心脏样本,具体数量未在摘要中说明 | NA | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2026-09-10 |
A high-resolution spatial map of cilia-associated proteins in the human fallopian tube
2026-Apr-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71692-6
PMID:42010243
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研究论文 | 利用整合转录组学和蛋白质组学方法,在单细胞分辨率下绘制了人类输卵管中纤毛相关蛋白的高分辨率空间图谱 | 首次以单细胞分辨率整合转录组和蛋白质组数据,系统描绘输卵管纤毛相关蛋白的空间分布,并识别出多个以往仅在转录水平研究的新蛋白 | 研究基于特定组织样本,部分蛋白在输卵管中的功能验证尚需进一步实验 | 揭示输卵管纤毛相关蛋白的分子景观,以助于理解不孕及相关纤毛功能疾病机制 | 人类输卵管及其他具有运动纤毛的组织 | 蛋白质组学 | 不孕症 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、质谱 | NA | 转录组数据、蛋白质数据、空间分布数据 | 涉及人类输卵管及其他组织样本,具体数量未提供,包括一位输卵管积水患者样本 | 纳 | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-09-10 |
ASCL2 drives colorectal cancer metastasis through transcriptional activation of TDGF1
2026-Apr-20, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-026-01213-6
PMID:42009994
|
研究论文 | 通过多组学整合与实验验证,揭示ASCL2通过转录激活TDGF1驱动结直肠癌转移的机制 | 首次在结直肠癌中发现ASCL2作为转移转变的关键调控因子,并阐明其直接结合TDGF1启动子激活转录,形成ASCL2-TDGF1级联驱动转移的机制 | 未提供具体局限性信息 | 阐明结直肠癌转移的分子机制,特别是ASCL2和TDGF1在其中的作用 | 结直肠癌的恶性上皮细胞亚群、ASCL2和TDGF1转录因子及临床样本 | 基因组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据、临床样本数据 | 未提供具体数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2026-09-10 |
SA2E: spatial-aware auto-encoder for cell type deconvolution of spatial transcriptomics data
2026-04-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag133
PMID:41863296
|
研究论文 | 提出了一种空间感知自编码器框架SA2E,用于空间转录组数据的细胞类型反卷积,无需预定义标记基因 | SA2E无需预先定义细胞类型标记基因,通过空间正则化自编码器学习潜在点表示,并利用重建目标学习细胞类型特征,优于现有方法 | 摘要未明确提及局限性,可能需要依赖模拟数据进行预训练,真实数据性能可能受数据质量影响 | 开发一种无需预定义标记基因的细胞类型反卷积方法,提高空间转录组数据中细胞类型比例推断的准确性 | 空间转录组数据中的细胞类型比例推断 | 机器学习 | NA | NA | 自编码器 | 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 模拟和真实空间转录组数据集(具体样本数量未提及) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 66 | 2026-09-10 |
Structure-preserving multivariate hypothesis testing for mass spectrometry imaging and single-cell data
2026-04-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag137
PMID:41863333
|
研究论文 | 提出一种保留结构的多元假设检验方法block-SAM,用于质谱成像和单细胞数据,以减少假阳性发现 | 引入块结构来处理嵌套样本,避免传统方法中因忽略样本来源而导致的假阳性膨胀,同时保留空间或细胞分辨率 | 未明确提及局限性,但可能依赖数据集的嵌套结构假设,且验证范围限于特定类型的数据 | 开发一种能够处理嵌套样本并减少假阳性发现的统计方法,适用于高维生物数据 | 质谱成像数据中的像素和单细胞RNA测序数据中的细胞,以及它们所属的个体样本 | 生物信息学 | 癌症(肾癌、肺癌、卵巢肿瘤) | 质谱成像、单细胞RNA测序 | SAM(显著性分析微阵列) | 图像、文本(基因表达数据) | 来自肾脏、肺和卵巢肿瘤的DESI-MSI数据,以及转移性肾细胞癌scRNA-seq数据集(比较ICB治疗与未治疗患者) | NA | 质谱成像、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2026-09-10 |
AutoGERN: single-cell RNA-seq gene regulatory network inference via explicit link modeling and adaptive architectures
2026-04-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag143
PMID:41871930
|
研究论文 | 提出AutoGERN,一种用于单细胞RNA测序基因调控网络推断的图神经网络框架,通过显式链接建模和自适应架构提高性能与鲁棒性 | 显式建模调控信息在消息传递空间中的边缘嵌入,采用双消息传递空间(层内与跨层)及基于AutoGNN的架构搜索以适应不同数据集分布 | 未提及 | 开发一种针对scRNA-seq数据的基因调控网络推断方法,以捕获复杂调控依赖并适应数据分布差异 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络、多层感知机 | 基因表达数据 | 多个真实单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2026-09-10 |
Hypergraph representations of single-cell RNA sequencing data for improved cell clustering
2026-04-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag148
PMID:41896196
|
研究论文 | 提出将单细胞RNA测序数据表示为超图以捕捉高阶信息,并引入两种新的聚类算法以改进细胞类型区分 | 首次将超图表示用于scRNA-seq数据分析,并创新性地提出两种基于超图的聚类算法(DIPHW和CoMem-DIPHW),结合局部与全局信息 | 未提供明确的局限性信息,但从内容推断可能依赖数据质量和网络结构假设 | 通过超图表示和新型聚类算法提高单细胞测序数据的细胞聚类性能 | 人类胰腺、小鼠胰腺、人类大脑、小鼠大脑组织细胞,以及人肺腺癌细胞系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 超图随机游走算法(DIPHW、CoMem-DIPHW) | 单细胞基因表达数据 | 多个真实数据集(人类胰腺、小鼠胰腺、人类大脑、小鼠大脑)和一个模拟数据集及一个细胞系注释数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2026-09-10 |
A novel deep learning-driven framework for improving lncRNA comprehensive annotation with LncADeep 2.0
2026-04-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag162
PMID:41923359
|
研究论文 | 介绍LncADeep 2.0,一个集成深度学习框架,用于改进长链非编码RNA的鉴定和功能注释 | 融合新型肽特征与序列和结构信息,并采用迁移学习策略利用lncRNA中心相互作用网络和基因本体术语,实现有限功能数据下的稳健注释性能 | 未提及具体局限性 | 提高长链非编码RNA鉴定的准确性和功能注释的性能 | 长链非编码RNA(lncRNA) | 机器学习 | NA | RNA-seq | 深度学习 | 序列数据、RNA-seq数据 | 未提及具体样本数量,涉及GENCODE注释转录本和RNA-seq数据 | NA | RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-09-10 |
Simultaneous spatial transcriptomics and morphology profiling as tools to explore how microglia change with age
2026-Apr, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-026-01089-z
PMID:41807806
|
研究论文 | 结合多重错误鲁棒荧光原位杂交与免疫组化,研究小胶质细胞形态与亚细胞mRNA定位如何随年龄变化及其与功能的关系 | 首次将空间转录组学与形态学分析相结合,揭示小胶质细胞mRNA空间组织在不同状态下的异质性,并发现形态与转录状态的常规假设存在例外 | 主要基于小鼠模型,可能不完全适用于人类小胶质细胞;未深入探讨功能变化的直接因果关系 | 探索小胶质细胞形态、亚细胞mRNA定位与功能相互作用,并研究年龄相关变化 | 小鼠脑内的小胶质细胞(年轻与年老) | 空间转录组学 | 神经退行性疾病(以年龄相关变化为背景) | 多重错误鲁棒荧光原位杂交 | NA | 图像 | 年轻和老年小鼠脑样本(具体数量未提供) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 71 | 2026-09-09 |
TNF-α blockade mitigates immune checkpoint-related nephritis in a humanized mouse model
2026-04-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.199694
PMID:41785046
|
研究论文 | 使用人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠模型研究免疫检查点抑制剂相关肾炎的机制,并评估TNF-α阻断的预防效果 | 首次使用人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠模型复制免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎的关键特征,并验证选择性TNF-α阻断的保护作用 | 摘要未提及限制,因此标记为NA | 评估免疫检查点抑制剂单独或联合促炎细胞因子对肾脏的影响,并测试选择性TNF-α阻断是否能预防免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎 | 人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠模型中的肾脏组织及免疫细胞 | 数字病理学 | 免疫检查点抑制剂相关肾炎 | 单细胞RNA测序 | 人源化小鼠模型 | 单细胞转录组数据及组织学图像 | 4组小鼠(对照组、ICI组、ICI-细胞因子组、ICI-TNF-α阻断组),每组具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2026-09-09 |
Single-cell profiling reveals epithelial and immune responses in BK polyomavirus-infected human kidney biopsies
2026-04-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.198227
PMID:41818285
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析肾移植活检组织,揭示BK多瘤病毒感染期间上皮细胞和免疫反应的变化 | 首次在单细胞分辨率下描述体内肾小管细胞对BK病毒感染的反应,并发现与体外培养模型的差异,包括代谢适应和促炎反应 | 未提及具体局限性 | 阐明BK多瘤病毒感染导致肾损伤及移植失败的分子机制 | 肾移植活检组织中的上皮细胞和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | BK多瘤病毒肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2026-09-09 |
Spatial proteomic mapping of the human and mouse retina using IBEX
2026-04-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.204535
PMID:42018650
|
研究论文 | 利用IBEX技术构建了人类和小鼠视网膜的空间蛋白质组图谱,并揭示了外限制膜的结构组成 | 将抗体解离选项与化学漂白相结合,实现同源物种抗体在迭代循环中的灵活使用,并耦合超分辨成像阐明了CD44与F-actin带在外限制膜中的共定位 | 未明确说明 | 生成人类和小鼠视网膜的空间蛋白质组图谱,并比较跨物种蛋白质表达以揭示视网膜细胞群和外限制膜结构 | 健康人类和野生型小鼠的视网膜组织,以及Crb1rd8小鼠模型 | 空间蛋白质组学 | 视网膜疾病(未具体提及) | IBEX免疫组化、超分辨成像、scRNA-seq | NA | 图像数据、转录组数据 | 未明确说明样本数量;包括人类和小鼠视网膜组织切片以及Crb1rd8小鼠模型 | NA | 空间蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | IBEX工作流程,集成抗体解离与化学漂白;超分辨成像通过去卷积实现 |
| 74 | 2026-09-09 |
Targeting TPO/MPL Signaling to Mitigate JAK2V617F-driven Cardiac Microvascular Disease
2026-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.01.715884
PMID:41959476
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研究论文 | 本研究探讨JAK2V617F突变造血对心脏微血管疾病的影响,并验证靶向TPO/MPL信号通路的治疗效果 | 首次揭示MPL在JAK2V617F相关心血管并发症中的作用,并证明抗MPL中和抗体可改善心脏病理 | 未提及 | 阐明JAK2V617F突变血细胞驱动血管和心脏功能障碍的机制,并评估靶向TPO/MPL信号的治疗潜力 | 携带JAK2V617F突变血细胞和野生型内皮的嵌合小鼠 | 病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2026-09-09 |
Integrating histology and spatial transcriptomics via multimodal transformers and contrastive representation learning for accurate gene expression prediction
2026-04, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2026.105003
PMID:41763376
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研究论文 | 提出了一种多模态学习框架,整合组织学图像和空间转录组数据,通过对比学习对齐图像和基因表达特征,实现从组织学图像预测空间基因表达。 | 创新性地结合ResNet50卷积干和MobileViT Transformer骨干提取图像特征,并利用对比学习在共享潜在空间中实现跨模态对齐 | 论文中未明确提及局限性 | 开发一种准确且可解释的计算方法,用于从组织学图像预测空间基因表达,以增强对组织结构和分子表型的理解 | 人类肝脏组织的空间转录组和H&E染色组织学图像 | 计算机视觉,多模态学习 | NA | 空间转录组测序 | ResNet50、MobileViT Transformer、对比学习 | 图像(H&E染色组织学图像)和基因表达数据(空间转录组) | 人类肝脏组织样本(样本数量未具体说明) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium用于空间转录组数据获取 |
| 76 | 2026-09-07 |
Plectin promotes an aggressive phenotype and represses cytotoxic T cell activity in pancreatic cancer
2026-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.16.718901
PMID:42079239
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和功能实验揭示了连接蛋白plectin在胰腺癌中促进肿瘤侵袭表型并抑制细胞毒性T细胞活性,抗CSP单克隆抗体治疗可恢复抗肿瘤免疫并减小肿瘤体积 | 首次将plectin确定为胰腺癌中调节T细胞抑制性肿瘤微环境的新型关键因子,并通过抗CSP单克隆抗体靶向治疗验证其治疗潜力 | 未明确提及,但推测可能包括体内模型的局限性及缺乏患者来源的验证数据 | 揭示胰腺癌中T细胞抑制性肿瘤微环境的分子机制,并评估靶向plectin的治疗潜力 | 胰腺癌患者组织样本及两种小鼠胰腺癌模型 | 数字病理学、生物信息学 | 胰腺癌 | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | TCGA-PAAD数据集、229例胰腺癌患者单细胞数据、两种小鼠模型 | NA | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2026-09-07 |
SIRT7 facilitates ferroptosis resistance of melanocytes via activating the SMAD3-ATF3-GPX4 signaling pathway in vitiligo
2026-04, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.07.020
PMID:40659088
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研究论文 | 本研究揭示了SIRT7通过激活SMAD3-ATF3-GPX4信号通路抵抗氧化应激诱导的黑素细胞铁死亡,从而在白癜风发病中发挥保护作用 | 首次阐明SIRT7在白癜风黑素细胞铁死亡中的调控机制,并利用黑素细胞特异性Sirt7敲除小鼠模型验证其作用 | 未提及 | 探究SIRT7在白癜风黑素细胞铁死亡中的潜在调控机制 | 白癜风患者皮损周围皮肤、正常供体皮肤、黑素细胞、黑素细胞特异性Sirt7敲除小鼠 | 皮肤病学 | 白癜风 | scRNA-seq、蛋白质印迹、生化分析、基因干预 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据 | 白癜风患者和健康供体的皮损周围皮肤样本数量未提及 | NA | scRNA-seq | NA | 公开可用的scRNA-seq数据 |
| 78 | 2026-09-07 |
Overcoming CXCR4-Mediated T-Cell Exclusion Potentiates Antitumor Cytotoxicity in Fibrolamellar Carcinoma
2026-Apr, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.10.006
PMID:41701126
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序等技术探究纤维板层样肝细胞癌(FLC)的肿瘤免疫微环境,发现CXCR4介导的T细胞排斥和耗竭导致免疫治疗耐药,联合阻断CXCR4与PD-1可协同增强抗肿瘤细胞毒性。 | 首次在FLC中揭示CXCL12+肌成纤维细胞与CXCR4+淋巴细胞间的相互作用,证实CXCR4抑制可动员基质T细胞进入癌灶,并提出联合CXCR4和PD-1阻断的免疫治疗策略。 | 研究基于体外人类肿瘤切片培养模型,可能无法完全反映体内复杂的微环境,且样本量有限,缺乏体内验证。 | 明确FLC免疫逃逸机制,评估联合CXCR4与PD-1阻断的疗效,为缺乏有效全身治疗的FLC提供免疫治疗依据。 | 纤维板层样肝细胞癌(FLC)患者的肿瘤组织及其免疫微环境。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单核RNA测序, 多重免疫组化, 活体成像, 单细胞测序, 空间蛋白质组学 | NA | 图像, 基因表达数据, 蛋白质数据 | 人类FLC肿瘤组织样本(具体数量未说明) | NA | 单核RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 79 | 2026-09-07 |
Uncovering Immune Niches in Health and Disease Using Spatial Transcriptomics
2026-04, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.70185
PMID:41943872
|
综述 | 本文综述了空间转录组学在健康和疾病状态下揭示免疫微环境中的应用,重点讨论了肠道和肿瘤组织中的免疫生态位研究。 | 强调了空间转录组学在解析免疫细胞克隆生态位及空间组织方面的新应用,并提出了未来发展方向。 | 未明确指出具体局限性,可能包括技术分辨率和样本处理方面的挑战。 | 探讨空间转录组学如何揭示免疫微环境的细胞和分子结构,并推动免疫学问题研究。 | 肠道和肿瘤组织中的免疫生态位,特别是B细胞和T细胞克隆生态位。 | 空间转录组学 | 炎症和恶性肿瘤相关疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2026-09-05 |
KRAS inhibition is an effective therapy for appendiceal adenocarcinoma
2026-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.07.717107
PMID:41993359
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研究论文 | 本研究评估了KRAS抑制剂(MRTX1133和RMC-6236)在阑尾腺癌类器官和原位PDX模型中的疗效,并分析了六例患者的临床结局,发现KRAS抑制可有效减少肿瘤生长并重塑肿瘤微环境 | 首次在阑尾腺癌中系统评估KRAS抑制剂(包括G12D特异性和泛KRAS抑制剂)的临床前和转化相关性,并利用多组学分析揭示耐药机制和微环境重塑 | 临床队列规模小(仅6例),且缺乏长期随访数据;类器官和PDX模型不能完全反映患者异质性 | 明确KRAS抑制剂在阑尾腺癌中的治疗潜力及其作用机制,为临床开发提供依据 | 阑尾腺癌类器官、原位PDX模型以及6例重度预处理的阑尾腺癌患者 | 数字病理学 | 阑尾腺癌 | 类器官培养,原位PDX模型,多组学分析(包括RNA-seq和单细胞RNA-seq) | 类器官模型,原位PDX模型 | 类器官和PDX模型的基因表达数据,单细胞RNA-seq数据,患者临床和生物标志物数据 | 多例KRAS突变类器官(包括G12D和G12V),两个PDX模型(TM00351和AAPDX-16),以及6例患者 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |