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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 761 | 2026-04-09 |
Separable Decomposition for Ragged Tensors
2026-Apr-07, IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence
IF:20.8Q1
DOI:10.1109/TPAMI.2026.3679727
PMID:41945837
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研究论文 | 本文提出了一种基于CP分解的几何感知可分离分解框架,用于直接分解多维不规则张量数据(即“不规则张量”) | 引入了一种针对不规则张量数据的CP分解框架,通过二元加权张量建模有效域,并将全局目标解耦为独立的、良态子问题,实现了高效可扩展的求解 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种能够直接处理多维不规则张量数据的分解方法 | 不规则张量数据 | 机器学习 | NA | 张量分解 | CANDECOMP/PARAFAC (CP) 分解 | 多维数据、图像、空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 762 | 2026-04-09 |
Img2Gene: Debiased Spatially Resolved Transcriptomics with Biological Context from Pathology Images
2026-Apr-07, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2026.3681769
PMID:41945845
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研究论文 | 提出一个名为Img2Gene的去偏框架,用于从病理全切片图像中预测基因表达水平,通过整合生物学上下文信息来解决数据稀疏性和模态异质性问题 | 首次将因果分析整合到基因表达预测任务中,以缓解数据稀疏性并实现无偏预测;利用基因集富集分析识别高度相关的通路信息作为生物学上下文;引入跨模态一致性损失来对齐不同模态的数据 | 未明确说明模型在临床样本或更大规模数据集上的泛化能力,也未讨论计算资源需求 | 开发一个能够从病理图像中准确、无偏地预测空间分辨转录组基因表达水平的计算框架 | 空间转录组数据与病理全切片图像的整合分析 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习框架(具体架构未明确说明,但涉及因果分析和跨模态对齐) | 图像(病理全切片图像)与基因表达数据 | 四个公共数据集(具体样本数量未说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 763 | 2026-04-09 |
Androgen Receptor-Induced Lactoferrin Accelerates Prostate Tumorigenesis Through Modulating Ferroptosis
2026-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202520109
PMID:41945871
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研究论文 | 本文揭示了乳铁蛋白在雄激素受体调控下,通过抑制铁死亡促进前列腺癌发生发展的新机制 | 首次发现乳铁蛋白在前列腺癌中具有促癌功能,并阐明了其通过AR-LF-铁死亡轴调控铁代谢和细胞死亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系,临床转化仍需进一步验证 | 探究乳铁蛋白在前列腺癌发生发展中的作用机制 | 前列腺癌细胞、TRAMP小鼠模型、临床样本数据 | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA-seq、蛋白质组学、基因敲除模型 | TRAMP小鼠遗传模型、异种移植模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、单细胞转录组数据 | TRAMP小鼠模型、TCGA-PARD临床数据、单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 764 | 2026-04-09 |
SIRT1 mediates KU70 to maintain genomic stability in spermatogonial stem cells via the NHEJ repair pathway
2026-Apr-07, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08710-4
PMID:41946691
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研究论文 | 本研究揭示了SIRT1通过调控KU70在精原干细胞中维持基因组稳定性的机制,涉及非同源末端连接修复通路 | 首次在精原干细胞中阐明SIRT1通过去乙酰化KU70调控NHEJ修复通路,从而维持基因组稳定性和干细胞稳态 | 研究主要基于体外模型和临床样本分析,体内功能验证和长期效应仍需进一步探索 | 探究SIRT1在精原干细胞DNA损伤应答和基因组稳定性维持中的作用机制 | 人类睾丸组织、精原干细胞、非梗阻性无精子症患者 | 生殖医学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、Western blotting、免疫共沉淀、流式细胞术、NHEJ报告基因检测 | NA | 单细胞转录组数据、临床组织样本、体外细胞模型数据 | 非梗阻性无精子症患者和梗阻性无精子症对照的睾丸组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 765 | 2026-04-09 |
Renal involvement in systemic sclerosis
2026-Apr-06, Best practice & research. Clinical rheumatology
DOI:10.1016/j.berh.2026.102138
PMID:41946628
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综述 | 本章综述深入分析了系统性硬化症中肾脏受累的各个方面,包括流行病学、病理生理学、临床表现、诊断方法、管理策略以及新兴研究方向 | 讨论了精准医学、单细胞测序、分子谱分析和补体导向疗法等新兴研究方向,并强调了现有研究空白和未来优化方向 | 作为综述章节,可能未涵盖所有最新原始研究,且主要基于现有证据的综合分析,缺乏新的实验数据 | 全面回顾系统性硬化症中肾脏受累的证据,以优化临床管理和改善患者预后 | 系统性硬化症患者的肾脏并发症,特别是硬皮病肾危象及其他肾脏异常 | 数字病理学 | 系统性硬化症 | 单细胞测序,分子谱分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 766 | 2026-04-09 |
The roles of NF-κB-activated theca cell subtypes in subclinical premature ovarian insufficiency
2026-Apr-05, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1093/reprod/xaag032
PMID:41818683
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序,探索了早发性卵巢功能不全患者卵泡微环境中细胞和分子的改变,特别是炎症通路的作用 | 首次在早发性卵巢功能不全患者中,通过单细胞测序鉴定出NF-κB激活的卵泡膜/基质细胞亚型,并揭示了其可能通过影响颗粒细胞分化参与疾病早期发病机制 | 样本量有限(单细胞测序每组仅n=1),初步发现需要更大样本量的研究进一步验证 | 探究早发性卵巢功能不全的早期发病机制,特别是卵泡微环境中炎症通路的角色 | 早发性卵巢功能不全患者的卵泡微环境细胞(颗粒细胞、卵泡膜/基质细胞等) | 单细胞组学 | 卵巢功能不全 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 单细胞测序:每组1例(共2例);批量RNA测序:每组4例(共8例) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 767 | 2026-04-09 |
Single-cell transcriptomics reveals cytotrophoblast subtypes and senescence in recurrent spontaneous abortion
2026-Apr-05, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1093/reprod/xaag030
PMID:41849438
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了复发性自然流产中细胞滋养层细胞的亚型特征及细胞衰老现象 | 首次在复发性自然流产中鉴定出三种细胞滋养层细胞亚型,并发现CTB2和CTB3亚型存在显著的细胞衰老特征 | 研究样本量有限,且未深入探讨细胞衰老的具体分子机制 | 探究复发性自然流产的发病机制,特别是滋养层细胞的功能异常 | 对照和复发性自然流产患者的绒毛组织 | 数字病理学 | 复发性自然流产 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确具体样本数量,但包括对照和RSA两组绒毛组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 768 | 2026-04-09 |
New perspectives on the mechanisms and treatment of valvular heart disease: Mendelian randomization and systematic analysis based on plasma proteins
2026-Apr-03, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000048210
PMID:41931316
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研究论文 | 本研究利用孟德尔随机化和系统分析,基于血浆蛋白质数据,识别了瓣膜性心脏病的关键分子靶点和潜在治疗候选物 | 采用孟德尔随机化结合功能富集、药物重定位、蛋白质-蛋白质相互作用网络及单细胞RNA测序分析,系统性地探索了瓣膜性心脏病的分子机制和治疗靶点 | 研究依赖于公开的基因组关联研究汇总统计数据,可能受限于样本异质性和潜在混杂因素,且预测的候选药物需进一步实验验证 | 识别瓣膜性心脏病的关键分子靶点和潜在治疗候选物 | 瓣膜性心脏病相关的血浆蛋白质和基因 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 孟德尔随机化、功能富集分析、药物重定位、分子对接、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、单细胞RNA测序 | NA | 基因组关联研究汇总统计数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 769 | 2026-04-09 |
Transcriptome data combined with two-sample Mendelian randomization reveal IRF1 and PRKD1 as UPR-related key regulators in intervertebral disc degeneration
2026-Apr-03, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000048213
PMID:41931350
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组数据与双样本孟德尔随机化,揭示了IRF1和PRKD1作为UPR相关关键调控因子在椎间盘退变中的作用 | 首次结合多组学数据与孟德尔随机化方法,系统识别并验证了UPR相关基因IRF1和PRKD1在IDD中的因果关联和细胞类型特异性表达 | 研究主要基于公共数据集和生物信息学分析,缺乏实验验证;样本量相对有限,且孟德尔随机化结果可能受混杂因素影响 | 探究内质网应激和未折叠蛋白反应在椎间盘退变中的分子机制,并识别关键调控基因 | 人类髓核组织 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 基于公共数据集GSE70362和GSE56081,具体样本数量未明确说明 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 770 | 2026-04-09 |
NRF2/SLC7A11 axis-mediated metabolic reprogramming drives Benzo[a]pyrene-induced malignant transformation: Evidence from lung organoid and 16HBE cell models
2026-Apr-03, Free radical biology & medicine
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研究论文 | 本研究利用肺类器官和BaP诱导的恶性转化细胞模型,揭示了NRF2/SLC7A11轴介导的氨基酸代谢重编程在苯并[a]芘诱导的细胞恶性转化中的关键作用 | 首次在肺类器官和细胞模型中系统阐明了NRF2通过直接结合SLC7A11启动子调控氨基酸代谢,从而驱动BaP诱导的恶性转化的分子机制 | 研究主要基于体外模型(类器官和细胞系),缺乏体内动物模型的验证,且临床相关性有待进一步探索 | 阐明苯并[a]芘诱导肺癌发生的分子机制 | 肺类器官和BaP诱导的恶性转化人支气管上皮细胞(16HBE-T) | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 771 | 2026-04-09 |
scGraphDap: Integrating Functional State Pseudo-Labels and Graph Structure Learning for Robust Cell Type Annotation in Tumor Microenvironments
2026-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3607687
PMID:40928910
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研究论文 | 本文提出了一种名为scGraphDap的图神经网络框架,通过整合功能状态伪标签和图结构学习,以改善肿瘤微环境中的细胞类型注释和细胞间通讯推断 | 利用通路活性评分作为伪标签优化细胞-细胞图,以捕捉超越几何相似性的功能邻近性,并引入图域适应模块对齐不同患者间的细胞嵌入,增强跨个体泛化能力 | NA | 改善肿瘤微环境中基于非空间单细胞RNA测序数据的细胞类型注释和细胞间通讯推断 | 肿瘤微环境中的细胞 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 来自15名患者的38,667个细胞,涵盖三种癌症 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 772 | 2026-04-09 |
AutoGRN: An Automated Graph Neural Network Framework for Gene Regulatory Network Inference
2026-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3609408
PMID:40956752
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研究论文 | 本文提出了AutoGRN,一个用于基因调控网络推断的自动化图神经网络框架,通过遗传搜索算法优化GNN架构以适应单细胞RNA测序数据的特性 | AutoGRN通过将影响GRN推断性能的多种组件纳入搜索空间,并利用信息熵约束的遗传搜索算法,自动适应不同单细胞RNA测序数据集的特征,从而优化GNN架构,解决了固定架构难以泛化的问题 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个自动化框架以提高基因调控网络推断的准确性和泛化能力 | 基因调控网络(GRN) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 图神经网络(GNN) | 基因表达数据 | 多个公共数据集(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 773 | 2026-04-09 |
scProca: A Cross-Attention-Enhanced Deep Generative Model for Single-Cell Transcriptomics and Proteomics Integration and Imputation
2026-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3615771
PMID:41021958
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scProca的深度生成模型,用于整合和插补单细胞转录组学和蛋白质组学数据 | scProca通过交叉注意力机制整合细胞间关系,以处理异质性输入数据,并在高蛋白质稀疏性下保持鲁棒性,实现了最先进的整合和插补性能 | NA | 旨在通过整合单细胞转录组学和蛋白质组学数据,更深入地理解复杂疾病的分子机制和细胞状态 | 单细胞转录组学和蛋白质组学数据 | 机器学习 | 复杂疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学和蛋白质组学共分析 | 深度生成模型(基于交叉注意力机制) | 单细胞转录组学和蛋白质组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学和蛋白质组学共分析 | NA | NA |
| 774 | 2026-04-09 |
TMEM158-mediated TGF-β signaling pathway modulates the sensitivity of TP53-deficient osteosarcoma to USP14 inhibitors
2026-Apr, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-026-05487-0
PMID:41642468
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研究论文 | 本研究探讨了TMEM158介导的TGF-β信号通路在调节TP53缺陷型骨肉瘤对USP14抑制剂敏感性中的作用 | 首次揭示了TMEM158作为关键调节因子,通过TGF-β信号通路介导TP53缺陷型骨肉瘤对USP14抑制剂的敏感性,并发现其与USP14/UCHL5表达正相关且可作为独立预后标志物 | 研究主要基于细胞系和动物模型,临床转化需进一步验证;单细胞RNA测序数据的分析可能受样本量限制 | 阐明TP53缺陷型骨肉瘤对USP14抑制剂敏感性的分子机制,探索TMEM158-TGF-β通路作为治疗靶点的潜力 | TP53缺陷型骨肉瘤细胞(原代肿瘤细胞、SAOS-2和U-2OS细胞系)、TP53缺陷型骨肉瘤小鼠模型、临床骨肉瘤数据库 | 癌症生物学 | 骨肉瘤 | 生物信息学分析(聚类分析、差异表达分析、功能富集分析)、qPCR、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、临床数据 | 多个细胞系、动物模型及临床数据库数据(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 775 | 2026-04-09 |
Unraveling the role of cuproptosis in pulmonary fibrosis pathogenesis and prognosis: an integrative single-cell transcriptomics and microarray analysis
2026-Apr, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-026-05510-4
PMID:41824199
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和微阵列分析,揭示了铜死亡在肺纤维化发病机制和预后中的作用,并建立了一个基于4个铜死亡相关基因的预后模型 | 首次将铜死亡与肺纤维化联系起来,并通过整合单细胞和批量RNA-seq数据构建了一个新的预后基因特征 | 研究主要基于小鼠模型和公共数据集,需要在更大队列的临床样本中进行验证 | 阐明铜死亡在肺纤维化中的生物学功能并建立预后模型 | 博来霉素诱导的小鼠模型、特发性肺纤维化患者样本以及TGF-β1刺激的成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, qRT-PCR, 免疫组织化学分析 | LASSO回归, Cox回归 | 转录组数据 | GSE70866队列中的特发性肺纤维化患者数据以及博来霉素诱导的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 776 | 2026-04-09 |
Enhancing Deep Learning Inference of Gene Regulatory Networks via Construction of Image Representation of Cell-Cell Interactions From scRNA-Seq Data
2026-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3617167
PMID:41052197
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研究论文 | 本文提出了一种基于scRNA-seq数据构建细胞间相互作用图像表示(CelloGraph)并结合CNN进行基因调控网络推断的高精度计算方法 | 首次引入空间语义图像表示CelloGraph来描绘基因在细胞间的表达模式,并通过最大化细胞间相互作用的系统熵来确定细胞在空间网格中的位置,结合定制CNN进行模式识别 | 未明确说明方法在处理大规模数据集时的计算效率具体表现,以及在不同生物体系中的泛化能力验证 | 提高基于单细胞RNA测序数据的基因调控网络推断的准确性和计算效率 | 基因调控网络(GRNs) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 卷积神经网络(CNN) | 图像表示(基于scRNA-seq数据构建) | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 777 | 2026-04-09 |
Linking Targeted Pancreatic Cancer Genes With Metabolic Disorders: A Cross-Species Translational Pathway
2026-Apr, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71775
PMID:41937118
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研究论文 | 本研究通过分析人类和小鼠的RNA-Seq数据,探索了胰腺导管腺癌相关基因与代谢紊乱通路之间的分子相互作用 | 首次将PDAC相关基因与肥胖、糖尿病等代谢紊乱通路在跨物种水平上联系起来,并利用单细胞RNA-Seq数据识别了与代谢失调相关的转录群体 | 研究主要基于公开数据集和qPCR验证,缺乏体内功能实验验证这些基因在PDAC发展中的直接作用 | 探究胰腺导管腺癌相关基因与代谢紊乱通路之间的分子关联 | 人类和小鼠的脂肪组织样本,以及晚期PDAC的单细胞RNA-Seq数据 | 生物信息学 | 胰腺癌 | RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, qPCR | 无监督聚类 | RNA-Seq数据, 单细胞RNA-Seq数据 | 未明确指定具体样本数量,但包括人类和小鼠的脂肪组织样本及晚期PDAC单细胞数据 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 778 | 2026-04-07 |
Intervention of Rutin and Ochnaflavone in the Attenuation of Neuroinflammation and Neuronal Apoptosis in Spinal Cord Injury
2026-Apr, Global spine journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1177/21925682251383489
PMID:41001708
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研究论文 | 本研究探讨了芦丁和欧查黄酮在脊髓损伤中通过调节小胶质细胞和PI3K/AKT及NF-κB信号通路减轻神经炎症和神经元凋亡的神经保护机制 | 首次结合单细胞RNA测序和网络药理学方法,揭示了芦丁和欧查黄酮协同抑制小胶质细胞激活及下游信号通路的分子机制,为脊髓损伤提供了一种新的联合治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,尚未在人类临床中进行验证,且具体剂量和长期安全性需进一步评估 | 阐明芦丁和欧查黄酮在脊髓损伤中的神经保护作用机制,特别是对次级损伤过程的调控 | 脊髓损伤小鼠模型、LPS刺激的BV2小胶质细胞、小胶质细胞-神经元共培养系统 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序、网络药理学、Western blotting、免疫荧光、ELISA | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 779 | 2026-04-07 |
A universal and cost-efficient sample labeling approach for multiplexed single-cell RNA-seq based on recombinant HUH-endonuclease-agglutinin tagging
2026-Apr, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.10.004
PMID:41167558
|
研究论文 | 本文提出了一种基于重组HUH-核酸内切酶-凝集素标记(HEATag)的通用且成本效益高的样本标记方法,用于多重单细胞RNA测序 | 结合鸭圆环病毒HUH核酸内切酶(DCV)和小麦胚芽凝集素(WGA),开发了一种新型通用细胞膜标记方法,实现了快速、序列特异性的索引单链DNA标记,且适用于新鲜或固定细胞及多种物种 | NA | 解决单细胞转录组学中多重样本标记方法成本高或操作复杂的问题,以降低单细胞测序的每样本成本 | 细胞膜(适用于新鲜或固定细胞及多种物种) | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 兼容商业平台和定制系统,可适配多种单细胞组学工作流程 |
| 780 | 2026-04-07 |
Multi-modal molecular and spatial profiling reveals NNT as a prognostic biomarker in obesity-associated colorectal cancer
2026-Apr, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-025-02339-4
PMID:41457181
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学数据、临床验证和空间分析,揭示了NNT作为肥胖相关结直肠癌预后生物标志物的潜力 | 结合多模态分子和空间分析,首次将NNT鉴定为肥胖相关结直肠癌的预后生物标志物,并揭示了其与肿瘤微环境的关联 | 研究依赖于现有数据集和独立队列验证,可能存在样本选择偏差,且空间分析仅限于GeoMx DSP平台 | 识别反映肥胖相关肿瘤特征的分子生物标志物并分层患者预后 | 结直肠癌患者样本,包括正常、健康体重和肥胖个体 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 转录组学分析、免疫组织化学、空间转录组学 | NA | 转录组数据、临床数据、空间转录组数据 | TCGA-COADREAD数据集和独立验证队列 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx DSP | GeoMx数字空间分析仪 |