单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 945 篇文献，本页显示第 601 - 620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2026-05-03 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals tumor microenvironment heterogeneity in primary and lymph node-metastatic small cell lung cancer
2026-Apr-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102713
PMID:41916294
|
研究论文 | 利用单细胞空间转录组学揭示小细胞肺癌原发灶和淋巴结转移灶中肿瘤微环境的异质性 | 首次利用CosMx Spatial Molecular Imager对105例原发和淋巴结转移标本进行单细胞空间转录组分析，构建了超过60万个细胞的高分辨率空间图谱，并发现三种富集于淋巴结转移的恶性亚克隆及其与免疫排斥特征的空间相关性 | 未明确提及局限性，但可能包括样本量有限、缺乏功能验证实验或未探讨其他转移部位 | 阐明小细胞肺癌淋巴结转移中肿瘤微环境的空间细胞生态系统及机制 | 75例小细胞肺癌患者的105个原发肿瘤和淋巴结转移标本 | 数字病理学, 机器学习 | 小细胞肺癌 | 空间转录组学, CosMx Spatial Molecular Imager | NA | 空间转录组数据 | 105个标本，来自75例小细胞肺癌患者，超过60万个细胞 | NanoString Technologies | 空间转录组学 | CosMx Spatial Molecular Imager | CosMx Spatial Molecular Imager单细胞空间转录组学平台 |
| 602 | 2026-05-03 |
mRNA lipid-nanoparticle-mediated mitochondrial apoptosis augments adoptive T cell immunotherapy
2026-Apr-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102706
PMID:41916290
|
研究论文 | 开发基于mRNA脂质纳米颗粒的策略，通过线粒体凋亡增强过继性T细胞免疫治疗效果 | 首次利用编码BH3结构域的mRNA脂质纳米颗粒触发肿瘤细胞线粒体凋亡，重塑免疫抑制微环境，协同增强ACT疗效 | 未提及具体局限性 | 探索mRNA介导的线粒体凋亡启动策略以提升过继性T细胞疗法对实体瘤的疗效 | 肿瘤细胞及过继性T细胞 | 机器学习 | 癌症（实体瘤） | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 603 | 2026-05-03 |
Robust transcriptomic hallmarks targeting intratumor heterogeneity in intrahepatic cholangiocarcinoma
2026-Apr-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102708
PMID:41916296
|
研究论文 | 整合多组学数据系统刻画肝内胆管癌基因表达异质性，构建抗瘤内异质性的分子分型系统并揭示治疗策略 | 首次识别低瘤内异质性/高瘤间变异基因集并建立对瘤内异质性不敏感的五亚型分类系统，发现GPRC5A和VTCN1作为免疫组化标志物及HSP90抑制剂联合免疫治疗的新方案 | 未明确说明样本量及队列独立性验证的局限性，需进一步多中心验证亚型可重复性 | 开发抗瘤内异质性的肝内胆管癌分子分型系统，指导精准治疗 | 肝内胆管癌肿瘤组织及多区域、单区域、单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、免疫组化 | 聚类分析 | 多组学数据（转录组、免疫组化、血清标志物） | 多区域、单区域及单细胞RNA测序队列样本 | Illumina | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 604 | 2026-05-03 |
Patient-derived kidney organoids recapitulate ADPKD and facilitate the identification of Rho pathway inhibitors as candidate therapeutics
2026-Apr-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102720
PMID:41946363
|
研究论文 | 利用患者来源的肾类器官模拟常染色体显性多囊肾病，并发现Rho通路抑制剂作为候选治疗药物 | 建立了直接来源于ADPKD患者手术标本的可扩增、多谱系成人肾类器官（MAROs），忠实再现了囊性特征，并通过高通量药物筛选鉴定了Rho GTP酶抑制剂（如ML141）作为跨基因型的有效囊泡缩小剂 | 未提及 | 建立患者来源的肾类器官平台，模拟ADPKD病理，并识别Rho通路调控作为治疗策略 | ADPKD患者和健康供体的手术标本来源的成人肾类器官 | 数字病理学 | 多囊肾病 | 单细胞转录组测序 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | ADPKD患者和健康供体的手术标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 605 | 2026-05-03 |
Spatial multi-omics unveils the monoclonal origin, neuroendocrine plasticity, and microenvironment niches in combined small-cell lung cancer
2026-Apr-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102741
PMID:41966692
|
研究论文 | 通过空间多组学技术揭示复合型小细胞肺癌的单克隆起源、神经内分泌可塑性及微环境生态位 | 首次结合空间全外显子测序、空间转录组学和单核RNA测序，系统解析复合型小细胞肺癌的肿瘤异质性、谱系可塑性和肿瘤微环境特征，并开发出基于突变检测的cSCLC检测方法 | 研究样本量有限（19例），且均为未接受治疗的原发性肿瘤，可能无法全面反映疾病的完整演化过程 | 探究复合型小细胞肺癌的生物学机制、谱系可塑性和肿瘤微环境特征 | 19例未接受治疗的复合型小细胞肺癌肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间全外显子测序、空间转录组学、单核RNA测序、突变检测分析 | NA | 转录组数据、全外显子测序数据、空间转录组数据 | 19例复合型小细胞肺癌肿瘤样本 | Illumina, 10x Genomics | 空间全外显子测序、空间转录组学、单核RNA测序 | Illumina NovaSeq, 10x Visium, 10x Chromium | 使用Illumina NovaSeq进行全外显子测序，10x Visium进行空间转录组分析，10x Chromium进行单核RNA测序 |
| 606 | 2026-05-03 |
Gut-microbiota-derived 3-indoleacrylic acid alleviates neonatal necrotizing enterocolitis by inhibiting epithelial necroptosis
2026-Apr-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102721
PMID:41923629
|
研究论文 | 本研究发现肠道微生物群衍生的3-吲哚丙烯酸可通过抑制上皮细胞坏死性凋亡缓解新生儿坏死性小肠结肠炎 | 首次揭示3-吲哚丙烯酸作为微生物群衍生的代谢物通过AhR-SOCS5轴抑制STAT1驱动的坏死性凋亡，提供了针对NEC的安全代谢物疗法策略 | 研究中尚未明确IA在人体中的给药安全性及长期疗效，且代谢物治疗在临床转化中的可行性需进一步验证 | 探究肠道微生物群衍生的代谢物在新生儿坏死性小肠结肠炎中的作用及潜在治疗机制 | 新生儿坏死性小肠结肠炎患者和动物模型（小鼠） | 机器学习 | 消化系统疾病 | 代谢组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 尚未在摘要中明确提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 607 | 2026-05-03 |
Peri-Implantitis and Periodontitis: Biological Convergence, Contextual Divergence
2026-Apr-20, Journal of periodontal research
IF:3.4Q1
DOI:10.1111/jre.70109
PMID:42007596
|
综述 | 综述比较了牙周炎和种植体周围炎在临床、微生物、组织学和分子层面的异同，探讨两者是否为同一炎症谱系的不同表现 | 从生物趋同性和背景差异性的角度，系统评估两种疾病是否本质相同，挑战传统分类观点 | 现有研究多为异质性高、统计效能低的小样本研究，缺乏充分的头对头比较，尤其是组学和组织研究有限，结论受限于间接证据 | 评估牙周炎与种植体周围炎是否为真正不同的疾病、同一炎症谱系的背景依赖性变异，或研究设计与命名造成的人为差异 | 牙周炎和种植体周围炎患者的临床、微生物、组织学和分子数据 | 数字病理学 | 牙周炎，种植体周围炎 | NA | NA | 临床数据，微生物数据，组织学数据，分子数据，转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 608 | 2026-05-03 |
Single-Cell Sequencing Plus Spatial Transcriptomics: Dissecting Tumor Heterogeneity, Immunosuppression, and Potential Targets for ASPSCR1::TFE3 Renal Cell Carcinoma
2026-Apr-18, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2026.04.001
PMID:42009247
|
研究论文 | 利用单细胞测序和空间转录组学解析ASPSCR1::TFE3肾细胞癌的肿瘤异质性、免疫抑制及潜在治疗靶点 | 首次结合单细胞测序和高分辨率空间转录组技术系统比较ASPSCR1::TFE3 RCC与透明细胞肾细胞癌在肿瘤和免疫微环境上的差异，并鉴定出C3亚型及MDK-LRP1通路在免疫逃逸中的作用 | 未提及具体限制（可能样本量有限或缺乏功能验证等） | 揭示ASPSCR1::TFE3肾细胞癌的发病机制和免疫微环境，探索临床靶向治疗和免疫治疗的新靶点 | ASPSCR1::TFE3肾细胞癌和透明细胞肾细胞癌的福尔马林固定石蜡包埋样本 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 609 | 2026-05-03 |
Meningioma cell reprogramming and microenvironment interactions underlie brain invasion
2026-Apr-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf292
PMID:41476144
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示脑膜瘤脑侵袭过程中肿瘤细胞重编程与微环境相互作用的分子机制 | 首次综合运用多种RNA测序技术（bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组）从多维度解析脑膜瘤脑侵袭的分子特征，并发现TGM2、S100A11、ZYX和PDGFRA在脑-肿瘤界面的富集 | 未提及具体限制，但研究主要依赖生物信息学分析与体外共培养实验，缺乏体内验证 | 阐明脑膜瘤脑侵袭的分子和细胞机制 | 199例脑膜瘤样本（含33例脑侵袭肿瘤）、患者匹配的空间映射脑膜瘤单细胞样本、脑侵袭脑膜瘤空间转录组样本 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组测序, 多重免疫荧光, 共聚焦显微镜, 多电极阵列记录, 活细胞钙成像 | NA | RNA测序数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 199例脑膜瘤样本（其中33例为脑侵袭肿瘤） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 610 | 2026-05-02 |
Skin-resident Langerhans cells drive neuropathic pain via chemokine-dependent neuron-immune communication
2026-Apr-30, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI192328
PMID:42060359
|
研究论文 | 研究揭示表皮朗格汉斯细胞通过趋化因子依赖性神经-免疫通信驱动神经病理性疼痛 | 首次发现表皮朗格汉斯细胞通过性别依赖的趋化因子信号通路调节疼痛性糖尿病神经病变中的痛觉，揭示了皮肤-神经界面处神经元-免疫细胞的新型通信机制 | 研究主要基于高脂饮食小鼠模型和人体皮肤样本，性别差异机制尚未完全阐明，且未涉及其他神经病理性疼痛模型 | 探究表皮朗格汉斯细胞是否通过神经免疫信号参与疼痛性糖尿病神经病变的神经病理性疼痛 | 小鼠表皮朗格汉斯细胞、人类皮肤样本中的朗格汉斯细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 高脂饮食小鼠模型、人类皮肤活检样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 611 | 2026-05-02 |
Low-FREquency Deep TRanscranial Magnetic Stimulation in ACute Ischaemic StrokE within 48 Hours (RETRACE-I): rationale and design of a randomised, multicentre, open-label, blinded endpoint trial
2026-Apr-30, Stroke and vascular neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1136/svn-2025-004778
PMID:42061988
|
研究论文 | 本研究设计了一项随机、多中心、开放标签、盲终点试验，评估48小时内急性缺血性卒中患者接受低频深部经颅磁刺激 (LF-dTMS) 的疗效和安全性 | 首次使用H4线圈靶向岛叶和前额叶皮层的低频深部经颅磁刺激（LF-dTMS）治疗急性缺血性卒中，并结合动态血浆蛋白质组学、单细胞RNA测序和静息态功能磁共振成像探索神经免疫和神经可塑性机制 | 开放标签设计可能引入偏倚，且样本量有限，早期结果需更大规模确证性试验验证 | 评估早期低频深部经颅磁刺激在急性缺血性卒中中的可行性和初步疗效 | 发病48小时内前循环急性缺血性卒中成人患者 | 计算机视觉, 自然语言处理 | 急性缺血性卒中 | 低频深部经颅磁刺激, 弥散加权磁共振成像, 动态血浆蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 静息态功能磁共振成像 | NA | 影像数据、血浆蛋白质组学数据、单细胞RNA测序数据、功能磁共振成像数据 | 未明确具体数量（多中心试验，预计纳入发病48小时内的急性缺血性卒中患者） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium平台用于外周血单个核细胞的单细胞RNA测序 |
| 612 | 2026-05-02 |
SCD2 Alleviates Diabetes-Associated Cognitive Dysfunction by Improving Microglial Lipid Metabolism
2026-Apr-30, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70221
PMID:42062093
|
研究论文 | 本研究探讨了硬脂酰辅酶A去饱和酶2（SCD2）通过改善小胶质细胞脂质代谢来缓解糖尿病相关认知功能障碍的机制 | 首次揭示SCD2在糖尿病小胶质细胞中的下调与认知障碍的关系，并通过恢复SCD2功能来改善线粒体功能、减少脂滴积累和炎症，从而拯救认知缺陷 | 未明确指出局限性 | 研究SCD2是否通过调节小胶质细胞脂质代谢和功能来缓解糖尿病相关认知功能障碍 | 糖尿病小鼠模型（db/db）、高糖处理的BV2小胶质细胞样细胞 | 机器学习 | 糖尿病相关认知功能障碍 | 单细胞RNA测序, AAV注射, 生物信息学分析 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 单个数据集GSE201644, 包含糖尿病小鼠小胶质细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 613 | 2026-05-02 |
Artesunate directly targeting MMP9 to reduce angiogenesis and increase CD8 + T cell infiltration inhibits hepatocellular carcinoma
2026-Apr-30, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04323-1
PMID:42063053
|
研究论文 | 研究青蒿琥酯通过靶向MMP9抑制肝细胞癌血管生成并增强CD8+ T细胞浸润的分子机制 | 首次发现青蒿琥酯可直接靶向MMP9并促进其降解，从而抑制血管生成并增强CD8+ T细胞浸润，解释其在免疫健全小鼠模型中抗肿瘤效果更显著的机制 | 未提及具体局限性，可能包括缺乏临床样本验证或长期效果数据 | 阐明青蒿琥酯对肝细胞癌的治疗效果及其分子机制 | 肝细胞癌细胞系（HepG2、H22、Hepa1-6）及H-ras12V转基因小鼠模型 | 机器学习 | 肝癌 | 多组学分析（转录组学、网络药理学、单细胞测序）、分子对接、热转变分析、蛋白质印迹 | NA | 转录组数据、单细胞测序数据 | 体外细胞实验（三种细胞系），体内小鼠模型（HepG2异种移植瘤和H-ras12V转基因小鼠） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 614 | 2026-05-02 |
Integrating single-cell and bulk transcriptomes to reveal prognostic and immunological features of ecDNA-related genes in osteosarcoma
2026-Apr-28, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-026-04383-2
PMID:42047819
|
研究论文 | 整合单细胞和 bulk 转录组揭示骨肉瘤中 ecDNA 相关基因的预后和免疫特征 | 首次系统探索 ecDNA 相关基因在骨肉瘤中的预后和免疫微环境作用，并利用 101 种机器学习算法构建新型预后评分模型（EGPSM） | 未提及，推测可能包括单细胞数据样本量有限或缺乏多中心验证 | 研究 ecDNA 相关基因与骨肉瘤预后及肿瘤微环境（TME）的关联 | 骨肉瘤患者 | 机器学习 | 骨肉瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 集成机器学习框架（含101种算法） | 基因表达数据 | 多组GEO数据集及单细胞RNA-seq数据，具体样本量未明确 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 615 | 2026-05-02 |
Unveiling Novel Macrophage-Specific Biomarkers in MASH through Single-Cell Sequencing for Diagnostic Modeling
2026-Apr-28, Journal of lipid research
IF:5.0Q1
DOI:10.1016/j.jlr.2026.101048
PMID:42061510
|
研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示巨噬细胞特异性生物标志物，构建代谢功能障碍相关脂肪性肝炎的诊断模型 | 首次通过整合单细胞和批量转录组数据，鉴定出五个核心巨噬细胞特异性差异表达基因，并构建高精度诊断模型，同时通过孟德尔随机化分析发现CPM的因果保护作用 | 未提及明显局限性 | 识别代谢功能障碍相关脂肪性肝炎中巨噬细胞特异性生物标志物，并构建诊断模型 | 人类巨噬细胞和MASH肝脏样本 | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、孟德尔随机化分析 | 诊断模型（具体类型未明确） | 基因表达数据 | 独立队列验证（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 616 | 2026-05-02 |
SIRT7-mediated H3K79 desuccinylation modulates functional activities of goat ovarian granulosa cells
2026-Apr-27, Theriogenology
IF:2.4Q1
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学与分子功能实验结合，探索SIRT7介导的H3K79去琥珀酰化对山羊卵巢颗粒细胞功能活性的调控作用 | 首次发现SIRT7通过调控组蛋白H3K79琥珀酰化水平影响颗粒细胞自噬与凋亡，并鉴定TMEM74为潜在关键下游因子 | 具体分子机制仍需进一步深入研究 | 揭示SIRT7相关组蛋白琥珀酰化在山羊卵巢颗粒细胞功能稳态维持中的表观遗传机制 | 山羊卵巢颗粒细胞 | 机器学学习 | 生殖衰老 | 单细胞RNA测序、转录组分析、位点特异性组蛋白突变体 | NA | 单细胞基因表达数据、转录组数据 | 山羊卵巢颗粒细胞（具体样本量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 617 | 2026-05-02 |
A macrophage co-expression signature enables robust prognostic prediction in glioblastoma
2026-Apr-25, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102784
PMID:42035563
|
研究论文 | 通过整合单细胞巨噬细胞异质性与共表达网络模型，构建了针对胶质母细胞瘤的巨噬细胞共表达衍生风险评分，并揭示SPP1作为关键巨噬细胞效应分子的作用 | 首次结合单细胞转录组数据与共表达网络分析，构建了巨噬细胞共表达衍生风险评分，并系统验证了该评分在多个独立队列中的预后分层能力及免疫治疗相关意义 | 未提及具体局限性，但基于方法学可推测可能包括单细胞数据整合的批次效应、虚拟敲除分析的预测性而非验证性、及功能验证仅限于细胞系层面 | 阐明巨噬细胞状态特异性转录程序与共表达网络如何整合影响胶质母细胞瘤患者预后及免疫治疗相关表型 | 胶质母细胞瘤肿瘤微环境中的巨噬细胞亚群及其相关调控程序和共表达网络 | 机器学习和生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA-seq | 多算法机器学习框架（具体模型未明确） | 基因表达数据 | 多个独立队列，包括TCGA、CGGA和GEO数据库（具体样本量未提及） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 618 | 2026-05-02 |
Comprehensive single-cell analysis reveals cellular heterogeneity and immune interactions in colorectal cancer
2026-Apr-22, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102761
PMID:42024995
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序对结直肠癌组织进行综合分析，揭示了细胞异质性和免疫相互作用 | 通过单细胞RNA测序识别了六个主要细胞群，并在T_NK细胞中定义了四个不同亚群，使用CytoTRACE和Monocle伪时间分析揭示了分化潜力差异，结合年龄相关基因构建预后模型，并通过免疫算法和肿瘤突变负荷分析揭示了免疫复杂性 | 未说明 | 研究结直肠癌的细胞异质性和免疫相互作用，以支持靶向和个性化治疗 | 结直肠癌组织中的18,741个单个细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 18,741个单个细胞来自结直肠癌组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 619 | 2026-05-02 |
Characterization of a pancreatic cancer GWAS signal suggests PDX1 buffers stress in the exocrine pancreas
2026-Apr-15, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.04.13.26350790
PMID:42064940
|
研究论文 | 该研究表征了胰腺癌GWAS信号，发现PDX1在胰腺外分泌部分中缓冲压力的作用 | 首次将chr13q12.2 GWAS风险位点中的rs9581943变异与PDX1表达调控联系起来，阐明PDX1在减轻外分泌胰腺细胞压力及维持上皮细胞稳态中的作用 | 基于细胞系和单细胞转录组分析，缺乏体内或动物模型的功能验证 | 功能表征胰腺导管腺癌GWAS风险位点chr13q12.2的因果变异及其生物学机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）相关的遗传风险位点 | 机器学习 | 胰腺癌 | GWAS, CRISPR/Cas9编辑, 荧光素酶报告基因检测, 电泳迁移率变动分析, 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 新生儿、成年及慢性胰腺炎供体的胰腺外分泌细胞；胰腺肿瘤样本 | 10x Genomics | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单核RNA测序及单细胞RNA测序 |
| 620 | 2026-05-02 |
TopClust: Topological-based analysis of scRNA-seq data for data-driven identification of clusters and core cluster cells
2026-Apr-14, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2026.04.010
PMID:41981916
|
研究论文 | 提出基于拓扑数据分析的scRNA-seq聚类方法TopClust，实现无偏且可重复的细胞聚类 | 利用拓扑数据分析自动识别峰细胞和峰顶细胞，无需主观参数选择，通过方向向量投影鉴定簇特异性基因 | 未明确提及局限性，可能需在高维大数据集上验证计算效率 | 开发数据驱动的scRNA-seq聚类方法，减少人工偏差并提高细胞类型注释准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类与细胞类型鉴定 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 拓扑数据分析，共享最近邻模型 | 单细胞基因表达数据 | 基准数据集（肺癌细胞系和流式分选免疫细胞） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |