单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 945 篇文献，本页显示第 581 - 600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2026-05-05 |
Halo: a pretrained model for whole-cell segmentation from nuclei images in spatial transcriptomics
2026-Apr-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.02.716237
PMID:41993456
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研究论文 | 介绍Halo，一种基于核形态与RNA转录本空间分布整合的全细胞分割预训练模型，用于空间转录组学中从细胞核图像重建全细胞边界 | 提出Halo模型，直接整合原子核形态与RNA转录本的空间分布，无需特定数据集训练即可应用于新数据集，且在多种组织中优于传统核扩张策略 | NA | 开发一种通用且可规模化的全细胞分割模型，提高图像空间转录组学中细胞边界推断的准确性和可重复性 | 空间转录组学中的细胞核图像和RNA转录本坐标 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | Cellpose-SAM | 图像 | 12种组织类型的Xenium多模态数据 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | NA |
| 582 | 2026-05-05 |
Comparative single cell analysis of wound and cancer identifies the metabolic dialogues between tumor initiating stem cells and macrophages
2026-Apr-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.02.716187
PMID:41993506
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研究论文 | 通过比较单细胞分析揭示伤口愈合与癌症中肿瘤起始干细胞与巨噬细胞之间的代谢对话 | 首次通过比较单细胞RNA测序揭示伤口相关巨噬细胞与肿瘤相关巨噬细胞的差异，发现失调的脂质代谢是TAMs的独特特征，并识别SOX2肿瘤起始干细胞为调控TAMs脂质代谢和细胞状态的关键协调者 | NA | 探究伤口相关巨噬细胞与肿瘤相关巨噬细胞的分子和功能差异，以及肿瘤起始干细胞如何调节TAMs的代谢对话 | 皮肤伤口愈合和皮肤鳞状细胞癌进展过程中的巨噬细胞和SOX2肿瘤起始干细胞 | 机器学习 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 583 | 2026-05-05 |
Single-cell, clonal and spatial atlases of cranial placodes illuminate their specification and evolution
2026-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.01.715621
PMID:41959073
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研究论文 | 整合单细胞、克隆和空间图谱揭示颅窝的发育和进化机制 | 首次将单细胞RNA测序、空间转录组学和高分辨率克隆追踪整合，构建颅窝发育的综合性图谱，揭示前体细胞连续转录景观及竞争性谱系分离模型 | 未明确提及研究局限性，可能包括样本量有限或跨物种比较的潜在偏差 | 解析颅窝前体细胞的谱系分化动态和进化起源 | 脊椎动物颅窝及其前体细胞 | 生物信息学, 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 克隆追踪 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 克隆谱系数据 | 涉及多个脊椎动物样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 584 | 2026-05-05 |
How to efficiently establish animal models of cholangiocarcinoma: challenges and inspiration
2026-Apr, Medical review (2021)
DOI:10.1515/mr-2025-0081
PMID:42078198
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综述 | 本文综述了胆管癌动物模型建立的方法、挑战与启示，重点讨论了原发性胆管癌模型在临床前研究中的应用及其局限性 | 强调单细胞测序技术在癌症模型研究中的创新应用和巨大潜力，并系统分析了肝内外胆管发育差异对模型构建的影响 | 原生胆管癌模型存在固有局限性，需要进一步改进和优化 | 为建立更先进、更具临床相关性的胆管癌模型提供建议和推荐 | 胆管癌动物模型（包括原发性胆管癌模型、胆管癌类器官等） | 机器学习 | 胆管癌 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 585 | 2026-05-04 |
Integrative multi-omics analysis identifies stromal-immune crosstalk as a determinant of immunotherapy efficacy and establishes a prognostic signature in gastric cancer
2026-Apr-23, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 通过多组学整合分析揭示胃癌中基质-免疫互作对免疫检查点抑制剂疗效的影响，并建立预后特征 | 首次将基质-免疫细胞间通信（MHC-I和胶原/层粘连蛋白信号）与帕博利珠单抗耐药机制直接关联，并开发了包含VWF/VCAN等基因的预后评分系统（LSR） | 文中未明确提及研究的局限性 | 探究转移性胃癌中帕博利珠单抗疗效的分子驱动因素，并建立预后签名 | 转移性胃癌患者（包括帕博利珠单抗治疗组及多个独立队列） | 数字病理学 | 胃癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化, 多组学分析 | Lasso-Cox回归模型（用于构建预后签名） | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫组化图像 | 包含TIGER数据库中帕博利珠单抗治疗的胃癌队列，以及4个独立验证队列（来自GEO和TCGA数据库） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据来自GEO数据库，空间转录组学用于GC组织分析 |
| 586 | 2026-05-04 |
Endothelial Adgrl2 Expression and Alternative Splicing Controls the Cerebrovasculature
2026-04-22, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0019-26.2026
PMID:41876233
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研究论文 | 研究内皮细胞Adgrl2表达和可变剪接对脑血管系统发育和功能的影响 | 发现Adgrl2基因在神经元和内皮细胞中通过细胞类型特异性可变剪接产生不同异构体，分别调控神经回路组装和脑血管稳态 | 主要基于小鼠模型，人类脑血管中Adgrl2的类似功能尚需验证 | 探究Adgrl2在内皮细胞中的功能及其可变剪接对脑血管完整性及血脑屏障稳态的调控机制 | 小鼠（雌雄兼用）的脑血管内皮细胞和神经元 | 神经生物学 | 脑积水 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 587 | 2026-05-04 |
Single-Cell RNA Sequencing of Lung Tissue in a Rat Model of Acute Respiratory Distress Syndrome
2026-04-07, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/70491
PMID:42044167
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研究论文 | 介绍了一种在脂多糖诱导的大鼠急性呼吸窘迫综合征模型中进行肺组织单细胞RNA测序的标准化方案，揭示了21种细胞群体和6种巨噬细胞/单核细胞亚群的转录特征 | 建立了可重复的单细胞RNA测序工作流程，包括优化的组织解离、严格质量控制、双细胞去除和批次效应校正，首次在ARDS大鼠模型中识别了六种巨噬细胞/单核细胞亚群的独特转录特征 | 该研究基于动物模型，其发现可能不完全适用于人类ARDS；同时技术变异可能影响结果的稳定性和可重复性 | 开发并标准化用于ARDS肺组织单细胞RNA测序的分析流程，以深入解析细胞异质性和炎症机制 | 脂多糖诱导的大鼠急性呼吸窘迫综合征模型中的肺组织细胞 | 数字病理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 大鼠肺组织样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 588 | 2026-05-04 |
The Spatially Resolved Kidney Transcriptome Signatures in Rat Models of Trauma-Induced Acute Kidney Injury
2026-Apr-01, Kidney360
IF:3.2Q1
DOI:10.34067/KID.0000001045
PMID:41396698
|
研究论文 | 利用整体和空间转录组学在大鼠模型中定义了出血性休克、横纹肌溶解及其组合对肾脏的早期反应 | 首次在创伤诱导的急性肾损伤大鼠模型中应用商用小鼠空间转录组探针，实现了成本效益高且区域特异性的基因表达谱分析，并揭示了横纹肌溶解作为转录变化主要驱动因素及协同致死反应的分子机制 | 未提及 | 定义出血性休克和横纹肌溶解单独及组合对大鼠肾脏的早期转录反应机制 | 创伤诱导急性肾损伤的大鼠模型 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 空间转录组学、整体转录组学 | NA | 文本、图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学、整体RNA测序 | 10x Visium, Illumina NovaSeq, MGI DNBSEQ | 商用小鼠空间转录组探针应用于大鼠肾组织、整体RNA测序 |
| 589 | 2026-05-04 |
Artificial soil (ArtSoil): Recreating soil conditions in synthetic plant growth media
2026-Apr, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70833
PMID:41911577
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research paper | 开发了一种名为人工土壤（ArtSoil）的合成植物生长培养基，能够模拟土壤条件，支持植物生长并维持土壤微生物组，避免了传统培养基中蔗糖的副作用 | 首次提出一种无需添加糖分的合成培养基，通过添加水性土壤提取物保持土壤微生物组和土壤因素，使植物在类似土壤的条件下生长，更接近自然状态 | 文章未明确说明ArtSoil在不同土壤类型或长期培养中的稳定性，以及其在实际农业应用中的可行性 | 开发一种更接近土壤条件的合成植物生长培养基，以便在实验室中准确研究植物生理和多组学特征 | 拟南芥（Arabidopsis thaliana） | machine learning | NA | NA | NA | single-cell transcriptomics data | 拟南芥样本在不同生长条件下进行比较，未提供具体数量 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 590 | 2026-05-04 |
Molecular Characterization of the Effect of Glucagon-Like Peptide-1 Receptor Agonist Semaglutide in the Nephrotoxic Serum Nephritis Mouse Model
2026-Apr-01, Kidney360
IF:3.2Q1
DOI:10.34067/KID.0000001067
PMID:41945470
|
研究论文 | 探究胰高血糖素样肽-1受体激动剂Semaglutide在肾毒性血清肾炎小鼠模型中的作用机制 | 首次在非肥胖非糖尿病慢性肾病模型中揭示Semaglutide通过抗炎、抗纤维化及改善肾血流动力学独立于代谢效应的肾脏保护作用 | 仅在小鼠模型中进行研究，尚未在人类中验证；未涉及长期治疗效果评估 | 阐明Semaglutide在非肥胖非糖尿病慢性肾病模型中的肾脏保护机制 | 肾毒性血清肾炎小鼠模型 | 机器学习 | 慢性肾病 | 空间转录组测序、单细胞核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠（具体数量未提及） | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞核RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium空间转录组学平台用于肾脏组织切片分析；10x Chromium单细胞核RNA测序用于肾细胞亚群分析 |
| 591 | 2026-05-04 |
Cell type annotation for scATAC-seq via DNA large language model and graph domain adaptation
2026-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014226
PMID:42060707
|
研究论文 | 提出scLLMDA框架，利用DNA大语言模型和图域自适应实现scATAC-seq细胞类型注释 | 首次结合DNA特异性语言模型和图神经网络进行域自适应，捕获峰值序列上下文嵌入与细胞邻域结构，解决了跨模态注释的模态不匹配和信号失真问题 | 文章未明确提到局限性，但可能依赖参考数据的质量与相似性，且大规模数据集的计算效率有待验证 | 开发更准确和鲁棒的scATAC-seq细胞类型注释方法 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | ATAC-seq | DNA大语言模型、图神经网络 | 序列数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 592 | 2026-05-03 |
Deep-learning-based de novo discovery and design of therapeutics that reverse disease-associated transcriptional phenotypes
2026-Apr-30, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2026.02.016
PMID:41850287
|
研究论文 | 提出基于深度学习的药物发现平台GPS，通过逆转疾病相关的转录表型实现从头药物发现和优化 | 首次将转录组特征直接用于从头药物发现而非仅药物重定位，并开发仅从化学结构预测转录扰动特征的方法 | 未充分讨论模型在复杂疾病中的泛化性及化合物合成可行性 | 开发基于深度学习的药物发现平台，通过逆转疾病相关转录特征实现新药发现 | 肝细胞癌和特发性肺纤维化疾病模型 | 机器学习 | 肝细胞癌, 特发性肺纤维化 | RNA-seq | 深度学习模型（具体架构未明确）、树搜索优化方法 | 转录组数据、化学结构数据 | 多个疾病案例及两项验证（肝细胞癌：两个化合物系列；特发性肺纤维化：一个重定位候选和一种新抗纤维化化合物） | NA | NA | NA | NA |
| 593 | 2026-05-03 |
Comprehensive analysis of ATF3 as a diagnostic and prognostic biomarker from pan-cancer to clear cell renal cell carcinoma
2026-Apr-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05113-x
PMID:42056650
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研究论文 | 全面分析ATF3从泛癌到肾透明细胞癌作为诊断和预后生物标志物的作用 | 首次系统评估ATF3在多种癌症类型中的表达、诊断效能、预后意义及其与肿瘤免疫微环境的关联，并利用单细胞RNA测序阐明其在肾透明细胞癌细胞水平的具体作用 | 主要依赖公共数据库分析，缺乏大规模临床样本验证；ATF3在泛癌中的功能机制尚未深入阐明 | 评估ATF3在泛癌和肾透明细胞癌中的诊断和预后价值，并探索其在肿瘤免疫微环境中的作用 | ATF3基因在多种癌症中的表达及功能 | 机器学习 | 肾透明细胞癌 | 实时荧光定量PCR， Western blot， 免疫荧光， 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据， 单细胞RNA测序数据 | 公共数据库中多种癌症的样本数据及肾透明细胞癌细胞系 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 594 | 2026-05-03 |
GPR124 regulates hyaloid blood vessel regression and is associated with endothelial-mesenchymal transition
2026-Apr-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-50835-1
PMID:42056280
|
研究论文 | 本研究揭示了GPR124在调节玻璃体血管退化中的作用，并发现其与内皮-间质转化相关 | 首次识别GPR124作为玻璃体血管退化的关键调节因子，并发现其通过WNT/β-catenin信号和内皮-间质转化促进血管重塑 | 未明确GPR124下游的具体分子机制，且仅在小鼠模型中验证，缺乏人类数据 | 阐明GPR124在玻璃体血管退化过程中的功能和机制 | 小鼠玻璃体血管内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫染色 | 基因敲除小鼠模型（Gpr124条件性敲除） | 基因表达数据、图像 | 使用他莫昔芬诱导的内皮特异性Gpr124敲除小鼠模型，具体样本量未在摘要中提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序用于分析玻璃体血管内皮细胞 |
| 595 | 2026-05-03 |
scDecorr: feature decorrelation based representation learning enables self-supervised alignment of multiple single-cell experiments
2026-Apr-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-50586-z
PMID:42056283
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研究论文 | 提出scDecorr框架，利用特征去相关自监督学习实现单细胞RNA测序数据的稳健表示学习和跨批次整合 | 首次将特征去相关自监督学习用于单细胞数据整合，通过最大化扭曲嵌入相似性并去相关化组件来捕获生物信号、消除技术噪声，结合无监督域适应实现跨批次域不变表示 | 未提及具体局限性 | 开发高效的单细胞RNA测序数据表示学习和整合方法，以克服数据稀疏性、高变异性和技术批次效应 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自监督学习模型 | 基因表达数据 | 多个单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 596 | 2026-05-03 |
Correction: Kobayashi et al. Pathogenesis of Graves' Disease Determined Using Single-Cell Sequencing with Thyroid Autoantigen Peptide Stimulation in B Cells. Cells 2025, 14, 1102
2026-Apr-23, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15090751
PMID:42059808
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更正 | 对Kobayashi等人2025年发表于Cells期刊的关于Graves病发病机制研究的作者名单进行更正，补充遗漏的两位作者Takahiro Tsujikawa和Shigeru Hirano | NA | NA | 更正已发表论文中的作者信息错误 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 597 | 2026-05-03 |
An integrated single-cell transcriptomics and explainable AI approach for cancer stemness biomarker discovery in non-small cell lung cancer
2026-Apr-22, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 针对非小细胞肺癌中罕见癌细胞干性状态的识别难题，开发了整合单细胞转录组学与可解释人工智能的检测流程，并发现六个关键生物标志物 | 将单细胞RNA测序与可解释人工智能（SHAP特征归因）结合，克服了传统方法在识别罕见癌细胞干性状态时的局限，并鉴定出DLL1、ITGA6等六个关键候选生物标志物 | 研究仅基于2名患者样本，统计功效有限，但通过效应量验证支持了结果的可靠性 | 开发一种可重复的整合单细胞转录组学与可解释人工智能方法，用于非小细胞肺癌癌细胞干性生物标志物发现 | 非小细胞肺癌中的癌细胞干细胞样上皮细胞 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归，LightGBM，XGBoost，CatBoost | 单细胞转录组数据 | 2名非小细胞肺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 利用scVI进行批次校正，CellTypist进行细胞注释 |
| 598 | 2026-05-03 |
CAR-M2 immunotherapy resolves renal fibrosis via revascularization and apoptosis of profibrotic Cxcr2+ endothelial cells
2026-Apr-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102698
PMID:41887221
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研究论文 | 本研究通过可注射水凝胶递送靶向FAP并分泌IL-4的CAR-M2巨噬细胞，通过诱导促纤维化Cxcr2+内皮细胞凋亡和血管再生，有效缓解肾纤维化 | 首次利用CAR-M2免疫疗法靶向纤维化微环境，通过单细胞测序鉴定出与纤维化相关的Cxcr2+内皮细胞亚群并特异性清除，揭示了MMP2激活Rxra触发线粒体自噬的分子机制 | 仅在小鼠模型中验证，缺乏临床数据；CAR-M2的长期安全性和免疫原性未评估；HAMA-CS水凝胶的降解动力学和体内分布需进一步优化 | 开发针对肾纤维化的新型免疫治疗策略，靶向纤维化微环境中的血管稀疏和成纤维细胞活化 | 慢性肾病小鼠模型及肾脏组织中的基质细胞、内皮细胞、巨噬细胞 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肾脏组织样本（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 599 | 2026-05-03 |
Multi-omics reveal vitamin D regulation of immune-gut microbiome interactions and tolerogenic pathways in inflammatory bowel disease
2026-Apr-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102703
PMID:41895287
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示维生素D在炎症性肠病中对免疫-肠道微生物组相互作用和耐受性通路的调节作用 | 首次在多组学层面（包括IgA/IgG结合微生物组测序、单细胞RNA测序和免疫组库测序）研究维生素D对IBD患者宿主-微生物免疫互作的影响，发现维生素D通过增强B细胞激活因子信号、改变B细胞受体和T细胞受体克隆型、增加α4β7+调节性B细胞和T细胞来促进免疫耐受 | 该信息在标题和摘要中未明确说明 | 探讨维生素D如何改变IBD患者宿主免疫-肠道微生物组的相互作用 | 炎症性肠病（IBD）患者 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 多组学分析（IgA-seq、IgG-seq、16S rRNA测序、单细胞RNA测序、免疫组库测序） | NA | 序列数据 | 该信息在标题和摘要中未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 16S rRNA测序, 免疫组库测序 | NA | NA |
| 600 | 2026-05-03 |
Non-neuronal sites of latency for alphaherpesviruses
2026-04-21, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01723-25
PMID:41910332
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综述 | 探讨alphaherpesvirus在非神经元细胞中潜伏存在的证据和机制 | 提出alphaherpesvirus在非神经元细胞如扁桃体和淋巴组织中的潜伏存在，突破传统只关注神经元的观念 | 区分真正的潜伏感染与人类alphaherpesvirus中的流产性或持续性感染仍具挑战性 | 理解非神经元储存在疱疹病毒发病机制中的作用 | alphaherpesvirus亚家族成员，包括HSV-1和BoHV-1 | 机器学习 | 心血管疾病 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |