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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-07-08 |
Fibroblast Activation Protein Promotes Thoracic Aortic Dissection via PLAUR/ITGB1-Mediated Pro-inflammatory Macrophage Polarization
2026-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202514786
PMID:41674342
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研究论文 | 本研究揭示成纤维细胞激活蛋白通过非酶促机制促进胸主动脉夹层,涉及FAP/PLAUR/ITGB1/FAK信号轴介导的成纤维细胞-巨噬细胞互作与促炎性巨噬细胞极化 | 首次发现FAP通过非酶促位点直接结合巨噬细胞PLAUR,激活ITGB1/FAK通路诱导促炎性巨噬细胞极化,而非依靠其酶活性驱动TAD进展 | 未提及研究局限性,但可能包括动物模型与人类TAD的差异、β-氨基丙腈诱导模型的局限性 | 阐明成纤维细胞激活蛋白在胸主动脉夹层发病机制中的生物学功能及分子机制 | 人类TAD标本、β-氨基丙腈诱导的TAD小鼠模型、全身性和成纤维细胞特异性Fap基因敲除小鼠 | 机器学习 | 心血管疾病 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 表面等离子共振, 免疫共沉淀 | NA | 图像, 文本 | 人类TAD标本及小鼠模型,具体样本量未提及 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2026-07-08 |
Single-Cell Analysis of Chemotherapy-induced Remodeling Reveals CD276-driven Basal-like Chemoresistance in Pancreatic Cancer
2026-04, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.09.043
PMID:41701125
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序分析化疗前后配对样本,揭示了胰腺导管腺癌中由CD276驱动的基底样化疗耐药机制 | 首次在单细胞分辨率下描绘化疗重塑肿瘤细胞可塑性和微环境的动态过程,并发现CD276/B7-H3作为双重功能免疫检查点驱动化疗耐药 | 临床样本量相对有限(28例),主要发现需在更大队列中验证 | 探究化疗如何重塑胰腺导管腺癌的肿瘤细胞可塑性和肿瘤微环境以影响临床结局 | 接受白蛋白紫杉醇联合吉西他滨化疗的胰腺导管腺癌患者的配对治疗前后肿瘤活检组织和外周血单核细胞 | digital pathology | pancreatic cancer | single-cell RNA sequencing, multiplex immunofluorescence, spatial transcriptomics, CRISPR-Cas9 knockout | NA | single-cell transcriptomic data, spatial transcriptomic data, immunofluorescence images | 28例胰腺癌患者的配对治疗前后肿瘤活检组织和外周血单核细胞 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | 10x Chromium, 10x Visium HD | 10x Chromium单细胞测序,10x Visium HD空间转录组学(2微米分辨率) |
| 43 | 2026-07-08 |
Overcoming CXCR4-Mediated T-Cell Exclusion Potentiates Antitumor Cytotoxicity in Fibrolamellar Carcinoma
2026-04, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.10.006
PMID:41701126
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序等技术揭示纤维板层癌中CXCR4介导的T细胞排斥机制,并发现联合阻断CXCR4和PD-1可增强抗肿瘤细胞毒性 | 首次在纤维板层癌中阐明CXCL12+肌成纤维细胞与CXCR4+淋巴细胞之间的相互作用是T细胞排斥的关键机制,并利用人类肿瘤切片培养系统验证联合免疫治疗策略 | 研究主要基于体外模型和小样本量,尚需体内实验和更大规模临床验证 | 探索纤维板层癌对免疫治疗响应有限的潜在机制,并开发有效的联合免疫治疗策略 | 纤维板层癌患者的肿瘤组织和相邻非肿瘤肝组织 | 数字病理学 | 纤维板层癌 | 单核RNA测序、多重免疫组织化学、活体成像、单细胞测序、空间蛋白质组学 | NA | 测序数据、图像数据 | 纤维板层癌患者样本(具体数量未在摘要中提及) | 10x Genomics | 单核RNA测序 | 10x Chromium | 高通量单核RNA测序系统 |
| 44 | 2026-07-06 |
An integrative single-nucleus multiomic atlas of the human left ventricle identifies gene regulatory network dynamics across cardiac development, aging, and disease
2026-Apr-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04061-7
PMID:41937210
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研究论文 | 整合人类左心室多组学单核图谱,揭示心脏发育、老化与疾病中的基因调控网络动态 | 首次构建整合单核RNA-seq与ATAC-seq的多组学心脏细胞图谱,发现发育与疾病驱动的分子重塑高度重叠,并识别导致胎儿基因程序重激活的细胞类型特异性转录因子 | 未明确提及研究限制,但可能包括样本来源有限或技术偏差 | 解析人类心脏在发育、老化及疾病过程中的基因调控网络机制 | 人类左心室心脏细胞(来自299名供体的单核RNA-seq和106名供体的单核ATAC-seq数据) | 机器学习 | 心血管疾病 | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据, 空间转录组数据 | 299名供体(单核RNA-seq)和106名供体(单核ATAC-seq) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 45 | 2026-07-06 |
NK Cell Activation by Platinum Boosts Immunotherapy in HR+/HER2- Breast Cancer
2026-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202518978
PMID:41691453
|
研究论文 | 通过多组学和单细胞RNA测序揭示铂类药物通过激活NK细胞增强HR+/HER2-乳腺癌免疫治疗效果的新机制 | 首次发现铂类药物可通过NF-κB通路增强NK细胞活性,与免疫治疗产生协同效应,为HR+/HER2-乳腺癌提供联合治疗策略 | NA | 探索HR+/HER2-乳腺癌免疫治疗疗效受限的机制并寻找增强策略 | HR+/HER2-乳腺癌肿瘤微环境中的NK细胞及铂类药物的免疫调节作用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 临床队列数据 | 包括细胞系、患者来源肿瘤样本及临床队列 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 46 | 2026-07-05 |
Accurate profiling of single-cell alternative transcript start sites by correcting RNA degradation
2026-Apr-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72298-8
PMID:42045202
|
研究论文 | 开发scATS工具,通过校正RNA降解,实现单细胞层面精确的替代转录起始位点分析,并揭示其在造血和肺癌中的作用 | 提出scATS方法,首次在亚型和样本水平估计RNA降解并校正其对TSS定量的影响,同时结合机器学习管道LRS识别与肺癌相关的TSS,实验验证了特定TSS亚型对癌细胞增殖和迁移的促进作用 | 未说明 | 解决RNA降解导致的读段覆盖不均匀问题,提高单细胞RNA-seq数据中转录起始位点定量的准确性,并揭示TSS在基因调控中的功能 | 造血过程中的细胞和肺癌细胞系(包括CCR6、CCR2和RTKN2等基因的TSS亚型) | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、机器学习 | 机器学习管道(LRS) | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量,涉及造血过程和肺癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序(5' scRNA-seq) | NA | NA |
| 47 | 2026-07-05 |
Targeting ANXA1/TRKA axis enhances immunotherapy sensitivity in neural invasion-positive gastric cancer
2026-Apr-09, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-026-00444-1
PMID:41954859
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示神经浸润阳性胃癌中ANXA1/TRKA轴导致CD8⁺T细胞耗竭并降低免疫治疗敏感性 | 首次阐明神经浸润阳性胃癌中ANXA1/TRKA轴通过阻断NEDD4L介导的TRKA泛素化降解,促进糖酵解代谢和CD8⁺T细胞耗竭,并提出A11肽联合TRKA抑制剂逆转T细胞耗竭的新策略 | 未明确提及,可能需进一步在更大样本或临床环境中验证其普遍性和治疗有效性 | 阐明神经浸润阳性胃癌的免疫微环境特征及分子机制,以增强免疫治疗敏感性 | 神经浸润阳性胃癌和阴性胃癌患者的肿瘤标本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、多重免疫组化 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及,基于临床肿瘤标本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 48 | 2026-07-05 |
TMEM184A promotes progression and drug resistance in colorectal cancer: a bioinformatics and clinical study
2026-Apr-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-46674-9
PMID:41932993
|
research paper | 整合单细胞转录组学、空间转录组学、分子对接和多队列公共数据库,系统阐明结直肠癌中上皮细胞驱动的耐药机制,并通过临床病理石蜡样本评估关键蛋白TMEM184A的临床意义和预后价值 | 首次结合单细胞测序与空间转录组学揭示TMEM184A在结直肠癌上皮细胞耐药亚群中的驱动作用,并通过分子对接验证其与拉帕替尼等EGFR酪氨酸激酶抑制剂的强结合能力 | 样本仅限于病理石蜡切片,未在独立大样本队列中验证;功能性实验数据不足,缺乏体内外模型直接证明TMEM184A调控脂质代谢引发耐药的具体机制 | 阐明结直肠癌中耐药相关的分子机制并鉴定关键蛋白TMEM184A作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | 结直肠癌肿瘤及癌旁组织样本 | digital pathology | colorectal cancer | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics, molecular docking, tissue microarray, immunohistochemistry | machine learning (unspecified) | single-cell RNA-seq data, spatial transcriptomics data, bulk gene expression data, drug sensitivity data, tissue microarray images | 多队列公共数据库样本及临床石蜡病理切片(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | 10x Chromium, 10x Visium | NA |
| 49 | 2026-07-05 |
Exploring Parkinson's through the Lens of Genomics and Bioinformatics
2026-04-02, Cold Spring Harbor perspectives in medicine
IF:7.8Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a041621
PMID:39929729
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综述 | 探讨基因组学与生物信息学技术在帕金森病研究中的应用及其对分子机制理解的影响 | 综述了从1997年发现首个帕金森病相关风险基因至今,新技术如何革命性改变对遗传和分子机制的研究,特别是单细胞转录组学在揭示细胞类型特异性失调中的作用 | 未提及具体局限性 | 讨论神经基因组学和生物信息学如何应用于解析帕金森病这一复杂疾病的本质,以识别治疗干预的新靶点 | 帕金森病的遗传和分子机制 | 机器学习 | 帕金森病 | 基因分型、基因组测序、转录组学、单细胞转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2026-07-05 |
Spatial Transcriptomics Reveals Injured Cells, Signature Genes, and Communication Patterns in the Cyst Microenvironment of Polycystic Kidney Disease
2026-Apr-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000894
PMID:41071604
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研究论文 | 利用空间转录组学揭示多囊肾病囊肿微环境中的损伤细胞、特征基因和通信模式 | 首次通过空间转录组学分析多囊肾病囊肿微环境的局部基因表达和细胞通信,鉴定出囊肿相关基因特征和关键配体-受体相互作用 | 未提及 | 研究多囊肾病囊肿微环境中的空间基因表达模式和细胞通信 | 野生型和Pkd1缺陷小鼠肾脏 | 数字病理学 | 多囊肾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 使用野生型和Pkd1缺陷小鼠肾脏 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium Spatial Gene Expression |
| 51 | 2026-07-05 |
Hmx2 and Dmrt2 Coordinate the Differentiation of Intercalated Cell Subtypes in Kidney
2026-Apr-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000885
PMID:41051882
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研究论文 | 本研究揭示了Hmx2和Dmrt2转录因子在肾集合管闰细胞亚型分化中的协同调控作用 | 首次发现Hmx2和Dmrt2以互斥方式分别调控B型和A型闰细胞分化,并揭示Hmx3在双缺失条件下的补偿机制 | 基于小鼠模型和单细胞RNA测序分析,但人类肾脏中的验证仍需进一步研究 | 阐明转录因子Dmrt2和Hmx2在肾闰细胞亚型分化中的作用机制 | 小鼠肾脏闰细胞及人肾脏单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 条件性基因敲除与敲入、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基因敲除与敲入小鼠模型,以及公开的人和小鼠肾脏单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 52 | 2026-07-05 |
Generation of spatially patterned human neural tube-like structures using microfluidic gradient devices
2026-04, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01266-1
PMID:41062703
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研究论文 | 本文利用微流控梯度装置生成了具有空间模式的人类神经管样结构 | 首次利用微流控梯度装置实现人类多能干细胞在精确控制化学梯度下的管状或球状菌落形成,产生具有空间组织模式的神经管样结构和前脑样结构 | 协议耗时较长(约8-41天),且需要聚二甲基硅氧烷软光刻和细胞培养经验 | 模拟人类神经管形成和区域模式化 | 人类多能干细胞 | 数字病理学 | NA | 微流控技术 | NA | 图像 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 53 | 2026-07-04 |
Spatial transcriptomics atlas of inflammatory bowel disease to guide implementation in research consortiums and clinical trials
2026-Apr-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72482-w
PMID:42049732
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研究论文 | 构建包含超过三百万个细胞的空间分辨图谱,系统评估两种成像空间转录组学平台在炎症性肠病中的应用 | 首次在多个炎症性肠病研究联盟中系统比较CosMx和Xenium两种成像空间转录组学平台在结肠组织和回肠组织中的性能,验证CosMx在多中心研究中的操作可行性 | Xenium平台性能受组织类型、组织块质量和检测面板大小影响,且未提及单细胞空间转录组学在临床实践中的直接应用成本 | 为炎症性肠病研究联盟和临床试验建立单细胞分辨率空间转录组学的技术和生物学基准 | 非疾病对照、溃疡性结肠炎和克罗恩病患者的肠道组织切片 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 空间转录组学 | NA | 图像 | 超过一百个肠道组织切片 | CosMx, Xenium | 空间转录组学 | CosMx, Xenium | 成像空间转录组学平台 |
| 54 | 2026-07-04 |
Uncovering Immune Niches in Health and Disease Using Spatial Transcriptomics
2026-04, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.70185
PMID:41943872
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综述 | 利用空间转录组学揭示健康和疾病状态下的免疫微环境 | 系统梳理了空间转录组学技术如何应用于解析免疫微环境的细胞和分子结构,特别是B细胞和T细胞克隆微环境的新兴研究 | 主要基于现有文献综述,缺乏原始实验数据支持 | 探讨空间转录组学在健康和疾病背景下解析免疫微环境中的应用与前景 | 肠道和肿瘤组织中的免疫微环境 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 55 | 2026-07-03 |
Repeated TLR7 activation induces cell type- and brain region-specific transcriptome changes in male mice
2026-Apr-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-50920-5
PMID:42062470
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研究论文 | 重复TLR7激活诱导雄性小鼠细胞类型和脑区特异性转录组变化 | 首次通过单核RNA测序和原位空间转录组学揭示TLR7重复激活引起的细胞类型和脑区特异性转录组变化,特别是血脑屏障调节基因的变化 | 研究仅使用雄性小鼠,未涉及雌性小鼠或人类样本,且未完全阐明TLR7激活导致饮酒增加的具体机制 | 识别TLR7诱导的神经炎症中细胞类型特异性转录组模式,可能指导饮酒增加 | 雄性C57BL/6J小鼠 | 机器学习 | 酒精滥用 | 单核RNA测序,原位空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 两组小鼠,一半用于饮酒行为测试,另一半用于脑组织分析 | 10x Genomics | 单核RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Xenium | 10x Chromium用于单核RNA测序,10x Xenium用于原位空间转录组学 |
| 56 | 2026-07-03 |
CXCL5 is associated with neutrophil-driven intestinal inflammation and IL-17-associated epithelial signaling in inflammatory bowel disease
2026-Apr-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-49523-x
PMID:42056229
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研究论文 | 探究CXCL5在炎症性肠病中驱动中性粒细胞介导的肠道炎症及其与IL-17信号通路相互作用的作用机制 | 首次发现CXCL5在IBD中以阶段性方式参与中性粒细胞驱动的肠道炎症,并揭示CXCL5/IL-17A轴作为潜在治疗靶点 | CXCL5缺失在慢性结肠炎模型中未显著改变疾病严重程度,表明其作用具有阶段依赖性,需要进一步机制研究 | 研究CXCL5在炎症性肠病中的作用及其与IL-17信号通路的关联 | IBD患者结肠组织、急性/慢性鼠结肠炎模型、人肠道上皮细胞体外实验 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | IBD患者结肠组织样本和公开单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 57 | 2026-07-03 |
A machine learning-driven framework integrating cell death and senescence signatures for multi-target drug design and immunotherapy optimization in ovarian cancer
2026-Apr-26, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01448-4
PMID:42034671
|
研究论文 | 提出一种机器学习驱动框架,整合细胞死亡与衰老特征,用于卵巢癌的多靶点药物设计和免疫治疗优化 | 首次将非凋亡性细胞死亡和衰老通路整合到预测模型中,并利用多组学分析、单细胞RNA测序和人工智能工具开发针对RB1基因的靶向小分子化合物 | NA | 开发整合细胞死亡与衰老特征的机器学习预测模型,以优化卵巢癌的多靶点药物设计和免疫治疗策略 | 卵巢癌患者队列(1858例样本)和免疫治疗数据集,以及RB1基因的功能验证实验 | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 人工智能靶向分子设计 | 机器学习模型 | 转录组数据, 单细胞序列数据 | 1858例卵巢癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 58 | 2026-07-03 |
Identification of synovial lymphatic system in the temporomandibular joint and their roles in arthritis and pain
2026-Apr-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72400-0
PMID:42034638
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研究论文 | 本研究通过基因报告小鼠、人体组织、组织透明化、3D体积成像和功能研究,鉴定了颞下颌关节中的滑膜淋巴系统,并揭示了其在关节炎和疼痛中的作用 | 首次发现颞下颌关节中存在滑膜淋巴系统,并通过单细胞RNA测序揭示了淋巴功能障碍通过诱导成纤维细胞-巨噬细胞杂交细胞群体加剧炎症和疼痛的机制 | 未提及具体限制,但可能包括小鼠模型与人类疾病的差异及治疗干预的长期效果未知 | 探索颞下颌关节中淋巴系统的存在及其在关节炎和疼痛中的功能 | 颞下颌关节中的滑膜淋巴系统 | 数字病理学 | 颞下颌关节炎 | 单细胞RNA测序, 基因报告小鼠, 组织透明化, 3D体积成像 | NA | 图像, 文本 | 小鼠模型(具体数量未说明)及人体组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 59 | 2026-07-03 |
Functional characterization of specialized immune cells in a cnidarian reveals an ancestral antiviral program
2026-Apr-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72325-8
PMID:42031744
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研究论文 | 本研究通过海葵Nematostella vectensis模型,表征了刺胞动物中与免疫相关的细胞程序,揭示了抗病毒免疫的古老起源 | 首次在刺胞动物中鉴定出参与抗病毒免疫的特化免疫细胞类型,并跨六放珊瑚亚纲揭示了保守的免疫反应 | NA | 探究刺胞动物免疫细胞的进化起源和抗病毒免疫机制 | 海葵Nematostella vectensis胚胎 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2026-07-03 |
Integrated single-cell and spatial transcriptomics reveal divergent immunological and stromal programs in peritoneal versus ovarian endometriosis
2026-04-20, BMC women's health
DOI:10.1186/s12905-026-04456-5
PMID:42010552
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研究论文 | 整合单细胞和空间转录组学揭示腹膜型与卵巢型子宫内膜异位症中差异的免疫和基质程序 | 首次通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,系统比较了腹膜型和卵巢型子宫内膜异位症的细胞生态系统、空间组织及细胞间通讯差异,提出‘免疫热’与‘免疫冷’两种亚型概念 | 研究基于已发表数据的整合分析,样本主要来自单一时间点,缺乏纵向跟踪数据;空间转录组仅覆盖腹膜型及匹配在位内膜,未包含卵巢型空间数据;发现需进一步实验验证 | 阐明子宫内膜异位症不同亚型(腹膜型 vs 卵巢型)的免疫微环境特征及致病机制差异 | 对照子宫内膜、在位子宫内膜、腹膜型子宫内膜异位症、卵巢型子宫内膜异位症 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 81676个单细胞(来自对照内膜、在位内膜、腹膜型病灶、卵巢型病灶)及60个空间转录组区段(来自腹膜型病灶及匹配在位内膜) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |