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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2026-04-21 |
Quantifying stability via count splitting to guide model selection in RNA velocity analyses
2026-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.23.625009
PMID:41959044
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研究论文 | 本文提出了一种通过计数分裂量化RNA速度分析稳定性的新框架,以指导模型选择 | 引入负二项计数分裂生成独立数据副本,并定义副本一致性度量来评估RNA速度预测的稳定性,同时提出信号-随机一致性指标用于模型选择 | 未明确说明该方法在超大规模单细胞数据集上的计算效率或可扩展性限制 | 开发一种通用方法来量化RNA速度预测的不确定性和稳定性,以改进模型选择 | 小鼠红细胞、胰腺及人类大脑发育的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 涉及多个数据集,但未指定具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 522 | 2026-04-21 |
STAPLE: automating spatial transcriptomics analysis and AI interpretation
2026-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.30.715127
PMID:41959373
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研究论文 | STAPLE是一个自动化空间转录组学分析和AI解释的模块化框架 | 将细胞分型、邻域分析和细胞间通讯等分散工具系统化整合,并引入AI驱动的报告层以合成生物学发现摘要 | NA | 自动化空间转录组学分析流程,提高可扩展性、解释性和可重复性 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | AI(未指定具体模型) | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 523 | 2026-04-21 |
The Mechanism of Gut Microbiota in Breast Cancer Based on the Bulk Transcriptome, Mendelian Randomization Analysis and Single Cell RNA Sequencing
2026-Apr, MicrobiologyOpen
IF:3.9Q2
DOI:10.1002/mbo3.70284
PMID:41960682
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研究论文 | 本研究通过整合批量转录组、孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序,揭示了肠道微生物群在乳腺癌发病机制中的作用机制 | 首次将孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序结合,重新定义乳腺癌为微生物群调控的网络,并识别出MCM6/NR3C1生物标志物对用于早期诊断 | 研究依赖于公共数据集,可能受样本异质性和数据质量限制,且机制验证主要在生物信息学层面,缺乏实验验证 | 阐明肠道微生物群在乳腺癌发病中的具体机制,并寻找早期诊断生物标志物 | 乳腺癌患者与对照样本的转录组数据、肠道微生物群全基因组关联研究数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 批量转录组测序、孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、基因集富集分析、免疫浸润分析、药物筛选与分子对接 | 机器学习 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 公共乳腺癌/对照样本数据,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 524 | 2026-04-21 |
Single-Cell Profiling Reveals RAB13+ Endothelial Cells and Profibrotic Mesenchymal Cells in Aged Human Bone Marrow
2026-Apr, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70475
PMID:41954292
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类骨髓中内皮细胞和间充质基质细胞在衰老过程中的转录变化,识别了RAB13+内皮细胞和促纤维化间充质细胞等新型细胞亚群 | 首次在衰老个体中识别出表达RAB13的新型动脉内皮细胞亚群,并揭示了THY1促纤维化间充质细胞在衰老相关基质重塑中的作用 | 研究主要基于转录组数据,功能验证和机制探索有待进一步深入 | 探究人类骨髓微环境在衰老过程中的分子和细胞变化 | 人类骨髓中的内皮细胞和间充质基质细胞 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光成像, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 来自年轻和年老个体的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 525 | 2026-04-21 |
Comparative transcriptomics reveals differences in cortical cell type organization between metatherian and eutherian mammals
2026-Apr, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgag055
PMID:42005962
|
研究论文 | 本研究通过比较转录组学分析,揭示了有袋类与真兽类哺乳动物在皮层细胞类型组织上的差异 | 首次在哺乳动物早期分化物种间比较皮层柱的细胞类型特异性组织,结合单核RNA测序和空间转录组学技术 | 研究仅关注初级视觉皮层(V1),可能无法完全代表整个新皮层的组织差异 | 比较有袋类和真兽类哺乳动物在皮层细胞类型组织和层状结构上的差异 | 有袋类和真兽类哺乳动物的初级视觉皮层(V1) | 转录组学 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 526 | 2026-04-21 |
Spatial and single-cell RNA sequencing reveals the immune microenvironment of human ascending thoracic aortic aneurysms
2026-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70650
PMID:42007493
|
研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组学,首次构建了人升主动脉瘤的高分辨率免疫细胞图谱,揭示了其免疫微环境特征 | 首次将单细胞RNA测序与Visium HD空间转录组学结合,在近单细胞分辨率下解析了人升主动脉瘤的免疫细胞组成、空间定位和功能多样性,并识别了干扰素、AP1和NF-κB通路作为潜在治疗靶点 | 样本量相对有限(8例患者和9例对照),且部分对照数据来自公共数据库,可能影响结果的普适性 | 构建人升主动脉瘤的高分辨率免疫细胞图谱,并探索其免疫介导的血管重塑机制 | 人升主动脉瘤患者的主动脉组织(ATAA组)和对照组的主动脉组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学 | 细胞分割算法,CellChat分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 8例ATAA患者和9例对照(其中6例来自GEO数据库) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | Visium高清晰度空间转录组分析(Visium HD) |
| 527 | 2026-04-20 |
Integrating optogenetic fMRI and spatial transcriptomics to reveal circuit-specific gene signatures in fronto- and hippo-thalamic networks
2026-Apr-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71923-w
PMID:42000729
|
研究论文 | 本研究通过整合光遗传功能磁共振成像和空间转录组学,揭示了前额叶-丘脑和海马-丘脑网络中电路特异性基因签名 | 首次在同一小鼠中同时进行清醒状态下的光遗传功能磁共振成像和空间转录组学,实现了神经活动与基因表达的耦合分析 | 研究仅在小鼠模型中进行,结果可能无法直接推广到人类 | 阐明微观分子结构如何塑造宏观脑网络组织,并揭示区域特异性神经血管耦合的基因基础 | 小鼠的前额叶-丘脑和海马-丘脑网络 | 神经科学 | NA | 光遗传功能磁共振成像,空间转录组学 | GLM,PCA | 图像,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 528 | 2026-04-20 |
Causal inference of glucocorticoid signaling in non-small cell lung cancer: integrating Mendelian randomization, single-cell transcriptomics, and imaging data
2026-Apr-18, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01421-1
PMID:42000855
|
研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化、单细胞转录组学和影像数据,系统阐明了糖皮质激素相关基因与非小细胞肺癌之间的潜在因果关系 | 首次系统性地揭示了糖皮质激素相关基因通过调节M2巨噬细胞功能介导非小细胞肺癌风险的潜在因果机制 | 未明确说明样本量大小及具体数据来源细节 | 探究糖皮质激素相关基因与非小细胞肺癌之间的因果关系及其潜在机制 | 非小细胞肺癌患者组织、细胞系及临床影像数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 孟德尔随机化分析、单细胞转录组学、影像组学特征提取 | nnU-Net、Cox比例风险模型 | 转录组数据、单细胞数据、影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 529 | 2026-04-20 |
Single-cell transcriptomic landscape highlights epithelial-fibroblast interactions and CD44-mediated malignant traits in laryngeal squamous cell carcinoma
2026-Apr-18, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01431-z
PMID:42000946
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了喉鳞状细胞癌中上皮细胞与成纤维细胞的异质性及其相互作用,并识别了CD44在转移中的关键驱动作用 | 首次在喉鳞状细胞癌中利用单细胞转录组学全面描绘了上皮细胞和成纤维细胞的异质性,并揭示了CD44通过成纤维细胞-上皮相互作用促进转移的新机制 | 样本量较小(仅3名患者),且未涉及更广泛的临床队列验证 | 探究喉鳞状细胞癌中上皮细胞与成纤维细胞的异质性及其在肿瘤进展和转移中的作用 | 喉鳞状细胞癌患者的原发肿瘤、邻近非肿瘤组织和转移淋巴结 | 数字病理学 | 喉鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3名患者的9个匹配样本(包括原发肿瘤、邻近非肿瘤组织和转移淋巴结) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 530 | 2026-04-20 |
Single-cell transcriptome profiling reveals the heterogeneity of ossification of the posterior longitudinal ligament (OPLL) and its immune microenvironment
2026-Apr-18, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-026-10193-0
PMID:42000969
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了后纵韧带骨化症(OPLL)的细胞异质性及其免疫微环境 | 首次构建了OPLL的单细胞转录组图谱,揭示了软骨细胞谱系从炎症/反应状态向骨化程序转变的轨迹,并识别了关键的免疫-基质相互作用通路 | 样本量较小(仅来自人类患者的手术切除病变),且为探索性研究,需要进一步验证 | 阐明OPLL的细胞异质性和发病机制 | 人类患者手术切除的颈椎OPLL病变组织 | 数字病理学 | 后纵韧带骨化症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 4,683个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 531 | 2026-04-20 |
The B7 family subgroup reflects tumor cell heterogeneity and patient post-operative prognosis in gallbladder cancer
2026-Apr-18, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-026-00802-7
PMID:42001193
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析B7家族免疫检查点分子在胆囊癌中的表达,揭示了肿瘤细胞异质性,并构建了一个基于机器学习的术后风险分层模型 | 首次在单细胞分辨率下系统研究B7家族分子(CD276、VTCN1、HHLA2)在胆囊癌中的表达异质性及其功能,并开发了一个整合多变量的梯度提升机模型用于术后预后预测 | 样本量相对有限(7个肿瘤用于单细胞测序,188例患者用于生存分析),且为回顾性研究,需要更大规模的前瞻性验证 | 阐明胆囊癌细胞的生物学异质性,并改进术后风险分层 | 胆囊癌患者肿瘤样本及细胞系 | 数字病理学 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序,机器学习生存分析 | 梯度提升机,非负矩阵分解 | 单细胞RNA测序数据,临床病理数据 | 7个原发性肿瘤用于单细胞测序,188例手术治疗的胆囊癌患者用于生存建模 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 532 | 2026-04-20 |
A multifunctional ICAM1-directed MnO₂@ZIF8 nanoplatform with Tanshinone IIA synergistically reverses senescence and restores alveolar regeneration in septic lung injury
2026-Apr-18, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04362-w
PMID:42001182
|
研究论文 | 本研究开发了一种靶向ICAM1的多功能MnO₂@ZIF8纳米平台,用于协同递送丹参酮IIA,以逆转脓毒症肺损伤中的细胞衰老并促进肺泡再生 | 首次构建了一种集选择性靶向、氧化还原调节和衰老重编程于一体的多功能纳米平台,通过单细胞RNA测序揭示了其重塑肺泡II型上皮细胞分化轨迹和抑制衰老相关转录特征的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,其临床转化效果仍需进一步验证;纳米平台的长期生物安全性和体内代谢清除途径尚未完全阐明 | 开发一种能够逆转脓毒症诱导的急性肺损伤中细胞衰老并促进肺泡再生的纳米治疗策略 | 脓毒症诱导的急性肺损伤小鼠模型及其肺泡II型上皮细胞 | 纳米生物技术 | 脓毒症肺损伤 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | CLP诱导的脓毒症小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 533 | 2026-04-20 |
Pan-cancer analysis of spatial transcriptomics reveals heterogeneous tumor spatial microenvironment
2026-Apr-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102751
PMID:41999752
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研究论文 | 本研究通过泛癌空间转录组分析,揭示了肿瘤空间微环境的异质性,识别了局部细胞程序和复发生态位 | 首次在泛癌水平进行大规模空间转录组分析,系统识别了56个局部细胞程序和13个复发生态位,并揭示了空间位置对肿瘤细胞和巨噬细胞基因表达的关键影响 | 样本量相对有限(373个样本),仅涵盖12种癌症类型,可能未完全代表所有肿瘤微环境异质性 | 系统解析肿瘤空间微环境的结构和功能,探索细胞间通讯及空间组织对临床结局的影响 | 12种癌症类型的373个肿瘤样本 | 空间转录组学 | 泛癌分析 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 373个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 534 | 2026-04-20 |
Human hypofunctional NCF1 variant aggravates salivary gland immunopathology in Sjögren's disease by promoting switched memory B-cell recruitment and long-lived plasma cell differentiation
2026-Apr-17, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2026.03.026
PMID:42000201
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研究论文 | 本研究评估了低功能NCF1-p.R90H变异体在干燥综合征中的作用,发现其通过驱动转换记忆B细胞迁移和IgG+浆细胞分化,增加严重SSA+干燥综合征的风险 | 首次系统评估NCF1-p.R90H变异在干燥综合征中的作用,揭示了该变异通过影响B细胞亚群和浆细胞分化导致疾病严重化的新机制,并发现其可作为B细胞靶向治疗疗效的预测生物标志物 | 研究主要基于观察性队列和回顾性分析,需要进一步的前瞻性研究和机制验证 | 评估NCF1-p.R90H变异在干燥综合征发病机制和疾病严重性中的作用 | 干燥综合征患者的外周血单个核细胞和唇腺组织 | 免疫学 | 干燥综合征 | 飞行时间质谱流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,临床数据 | 多个病例对照队列中的干燥综合征患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 535 | 2026-04-20 |
SOX4 is a transcriptional activator for CTHRC1 in lung fibroblast activation
2026-Apr-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2026.150171
PMID:41997467
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研究论文 | 本研究揭示了SOX4作为CTHRC1的转录激活因子在肺成纤维细胞活化中的作用 | 首次发现SOX4直接结合并激活CTHRC1启动子,揭示了SOX4-CTHRC1调控轴在肺纤维化中的新机制 | 研究主要基于体外细胞模型和公共数据集,缺乏体内实验验证 | 探究肺纤维化中成纤维细胞活化的转录调控机制 | 肺成纤维细胞(如MRC5细胞系)及肺纤维化相关基因CTHRC1和SOX4 | 分子生物学 | 肺纤维化 | RNA-seq、单细胞RNA测序、荧光素酶报告基因实验、突变分析、染色质免疫沉淀(ChIP) | NA | 基因表达数据、测序数据 | 公共数据集(GSE124685、GSE169500、GSE135893)及TGFβ1诱导的MRC5成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 536 | 2026-04-20 |
The immunodynamics of pulmonary fibrosis
2026-Apr-15, Cytokine & growth factor reviews
IF:9.3Q1
DOI:10.1016/j.cytogfr.2026.04.001
PMID:41999680
|
综述 | 本文综述了肺纤维化中免疫系统的动态作用,提出了免疫动力学框架,并探讨了免疫靶向治疗的潜力 | 利用单细胞和空间转录组学重新定义了免疫系统在纤维化中的核心作用,提出了统一的免疫动力学框架来解释IPF和继发性纤维化ILD的发病机制 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,且免疫靶向治疗的临床转化仍面临挑战 | 阐明肺纤维化疾病中免疫系统的动态作用及治疗策略 | 间质性肺疾病(ILDs)导致的肺纤维化,特别是特发性肺纤维化(IPF) | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 537 | 2026-04-20 |
A zero-inflated hierarchical generalized transformation model to address non-normality in spatially-informed cell-type deconvolution
2026-Apr-09, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujag055
PMID:41994891
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研究论文 | 本文开发了一种新的零膨胀分层广义变换模型(ZI-HGT),用于解决口腔鳞状细胞癌空间转录组数据中细胞类型反卷积的非正态性和高零膨胀问题 | 提出了一种新的零膨胀分层广义变换模型(ZI-HGT),并将其与条件自回归反卷积(CARD)方法结合,首次解决了空间转录组数据中高零膨胀对细胞类型反卷积准确性的影响 | NA | 提高口腔鳞状细胞癌空间转录组数据中细胞类型反卷积的准确性 | 口腔鳞状细胞癌(OSCC)肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 零膨胀分层广义变换模型(ZI-HGT),条件自回归反卷积(CARD) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 538 | 2026-04-20 |
Altered MDC1 Interactions and Dysfunctional DNA Repair in Lobular Breast Cancer Confers Sensitivity to PARP Inhibition
2026-Apr-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-1217
PMID:41512199
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研究论文 | 本研究揭示了浸润性小叶乳腺癌中MDC1与ER的特定相互作用导致DNA修复功能障碍,从而对PARP抑制剂敏感 | 发现ILC中MDC1与ER的独特相互作用导致HR功能障碍,但不同于经典BRCAness,为PARP抑制剂治疗提供了新靶点 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型,临床样本验证有限,且未详细探讨其他DNA修复途径的影响 | 探究MDC1如何调节ILC中ER活性和DNA修复功能,并评估PARP抑制剂的治疗潜力 | 浸润性小叶乳腺癌细胞及肿瘤数据 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析、DNA修复活性分析、信号传导和功能数据评估 | NA | 转录组数据、功能数据、肿瘤数据 | 多个ILC异种移植模型及细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 539 | 2026-04-20 |
Identification of a Novel Mitochondrial-Related Gene Signature for BMSCs in Osteoporosis Combining Single-Cell and Bulk Transcriptome Data
2026-Apr, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11099-y
PMID:40221950
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据,识别了骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中与线粒体相关的新型基因特征 | 结合单细胞RNA测序和批量转录组数据分析,首次在骨质疏松症BMSCs中鉴定出线粒体相关基因特征,并发现DUT作为关键调控因子 | 研究主要基于公共数据集GSE147287和GSE35956,样本来源和数量可能有限,且功能验证主要在细胞水平进行 | 旨在识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征,探索其在疾病发展中的作用 | 健康个体和骨质疏松症患者的骨髓间充质干细胞 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, RT-qPCR, Western blot, 免疫荧光, 电子显微镜扫描 | LASSO逻辑回归, 随机森林 | 转录组数据 | 基于公共数据集GSE147287(单细胞)和GSE35956(批量),具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 540 | 2026-04-20 |
Engineered ETS1-Nanoconjugate Restores Immune Homeostasis through Dual Immune-Vascular Modulation in Relapsing and Progressive Multiple Sclerosis
2026-Apr, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202504951
PMID:41589763
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研究论文 | 本研究开发了一种多功能纳米递送平台,通过同时调节内皮细胞和T淋巴细胞,在多发性硬化症模型中恢复免疫稳态 | 开发了一种新型仿生纳米平台,该平台整合了ETS1质粒DNA、靶向IL7R的肽和巨噬细胞膜涂层,首次实现了对血管和免疫系统的双重协同调节 | 研究目前处于概念验证阶段,主要在动物模型中进行,尚未进行人体临床试验 | 开发一种新的治疗策略,以解决多发性硬化症中血管-免疫相互强化的病理过程 | 内皮细胞、致病性T细胞、多发性硬化症动物模型 | NA | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |