单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 945 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2026-05-16 |
Dual-targeted lipid nanoparticles for TET3 siRNA delivery: nanobiotechnology strategy to remodel tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma
2026-Apr-01, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04312-6
PMID:41923247
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现TET3在肝细胞癌M2型肿瘤相关巨噬细胞中高表达，并开发了双靶向脂质纳米颗粒递送TET3 siRNA，重塑肿瘤免疫微环境 | 首次揭示TET3通过羟甲基化增强IRF4转录活性驱动M2极化，并构建巨噬细胞特异性双靶向脂质纳米颗粒实现精准递送 | 未在更多临床样本中验证该策略的有效性和安全性，且纳米颗粒的长期毒性有待评估 | 鉴定肝细胞癌免疫抑制微环境的关键表观遗传调控因子并开发靶向纳米治疗平台 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的M2型肿瘤相关巨噬细胞和CD8+ T细胞 | 机器学习和纳米生物技术 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、siRNA递送 | NA | 单细胞转录组数据 | 肝细胞癌组织样本（未明确数量）和动物模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 502 | 2026-05-15 |
Construction of a Prognostic Model for Hepatocellular Carcinoma Based on Cell Death-related Genes and Characterization of Immune Microenvironment
2026-Apr-22, Iranian journal of allergy, asthma, and immunology
DOI:10.18502/ijaai.v25i3.21259
PMID:42130143
|
研究论文 | 基于细胞死亡相关基因构建肝细胞癌预后模型并表征免疫微环境 | 整合25种细胞死亡模式相关基因，通过多步骤分析筛选出6个预后基因并构建风险评分模型和列线图，结合单细胞RNA测序解析关键细胞类型和细胞间通讯 | 研究基于公开转录组数据集，样本规模有限，且单细胞分析结果需进一步实验验证 | 阐明与25种细胞死亡模式相关的基因在肝细胞癌发生发展中的作用，并构建预后模型 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, qRT-PCR | Cox比例风险模型，多变量回归模型 | 基因表达数据 | 多项公开数据集及临床样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 503 | 2026-05-15 |
Loss of MITF activity leads to emergent cell states from the melanocyte stem cell lineage
2026-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.23.695681
PMID:41993564
|
研究论文 | 利用斑马鱼模型研究MITF活性缺失对黑素细胞干细胞谱系中细胞状态涌现的影响 | 首次通过活体成像结合单细胞转录组学和谱系追踪，揭示MITF活性缺失导致黑素细胞干细胞在胚胎发育过程中出现异常早期扩张及新的转录细胞状态 | 未明确说明研究的局限性 | 探究MITF在胚胎发育中保护黑素细胞干细胞及其成体色素生成潜能的作用机制 | 斑马鱼黑素细胞干细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组学、谱系追踪、活体成像 | NA | 单细胞转录组数据、活体成像数据 | 斑马鱼胚胎及幼体样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 504 | 2026-05-15 |
Self-regulating hydrogel for diabetic wound healing: From animal models to a pilot clinical study
2026-Apr-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aed4981
PMID:41920988
|
研究论文 | 开发了一种自调节水凝胶GPP@ZnBG，用于糖尿病伤口愈合，并在动物模型和初步临床研究中验证其效果 | 提出了一种自pH调控的离子顺序释放策略，水凝胶能响应糖尿病伤口的高糖和氧化应激环境，先释放锌离子抗菌，后释放锌、钙、硅酸盐离子促进血管生成和组织修复 | 初步临床研究规模较小，且未报告长期随访数据，水凝胶的长期安全性和有效性需进一步验证 | 开发一种能自我调节的伤口敷料，通过响应糖尿病伤口微环境来释放治疗性离子，以促进感染控制和组织再生 | 糖尿病小鼠伤口模型和糖尿病患者的慢性伤口 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 糖尿病小鼠（未指定数量）和初步临床研究中的患者（未指定数量） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 505 | 2026-05-15 |
Senescence-associated gene pathways are differentially expressed in equine aging-related osteoarthritis
2026-Apr-01, American journal of veterinary research
IF:1.3Q2
DOI:10.2460/ajvr.25.09.0343
PMID:41468690
|
研究论文 | 本研究分析了马骨关节炎中关节和白细胞衰老相关基因的差异表达 | 首次利用单细胞RNA测序和mRNA测序数据，系统地比较了马骨关节炎局部（关节）和全身（外周血单核细胞）的衰老基因表达谱 | 未提及具体限制，但样本量较小，且缺乏功能验证实验 | 探究衰老相关基因在马骨关节炎中的表达模式，为开发针对衰老细胞的治疗策略提供依据 | 马关节滑液细胞和外周血单核细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、mRNA测序 | NA | 基因表达数据 | 65个样本 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 506 | 2026-05-15 |
Goblet of fire: how Chlamydia ignites region-specific colitis by hijacking goblet cells
2026-Apr-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI204928
PMID:41919496
|
评论 | 本文通过TNF驱动的小鼠模型和单细胞RNA测序数据，揭示了沙眼衣原体通过劫持杯状细胞并激活IDO1/犬尿氨酸通路，促进结肠近端区域特异性炎症的机制 | 首次证明沙眼衣原体作为必要且充分的驱动因子，通过上调杯状细胞中IDO1表达，促进区域限制性肠道炎症，并发现该机制仅发生于近端结肠而非末端回肠 | 研究仅基于小鼠模型和有限的人类数据，需要进一步验证IDO1/犬尿氨酸通路在其他克罗恩病患者群体中的普适性 | 阐明细菌共生体驱动肠道区域特异性炎症的分子机制 | 克罗恩病患者的升结肠区域和TNF驱动的小鼠小肠克罗恩病模型 | 生物信息学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及克罗恩病患者升结肠的单细胞RNA测序数据集（具体样本量未在摘要中明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 507 | 2026-05-12 |
Multi omics and mechanistic investigation reveals CBFB as a prognostic biomarker in gastric cancer
2026-Apr-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05131-9
PMID:42056631
|
研究论文 | 该研究通过多组学分析发现CBFB是胃癌预后生物标志物，并探究其作用机制 | 首次系统性地利用多组学分析揭示CBFB在胃癌中的预后价值及功能机制，包括单细胞RNA测序和分子对接验证 | 未提及明显的局限性 | 探究CBFB在胃癌中的预后意义和潜在作用机制 | 胃癌患者的转录组数据及细胞样本 | 机器学习 | 胃癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接 | CNN（机器学习） | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 未明确提及样本数量 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 508 | 2026-05-12 |
CSsingle: a unified tool for robust decomposition of bulk and spatial transcriptomic data across diverse single-cell references
2026-Apr-23, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag410
PMID:42080261
|
研究论文 | 提出了统一框架CSsingle，鲁棒地从多种单细胞参考中解卷积bulk和空间转录组数据 | 引入细胞大小校正和跨平台数据整合，通过External RNA Controls Consortium (ERCC) spike-ins或计算估计器明确校正细胞类型特异性RNA含量差异 | 未明确讨论 | 准确解卷积bulk和空间转录组数据，以研究组织架构和疾病 | bulk转录组和空间转录组数据 | 自然语言处理 | 肺癌 | NA | 重复加权最小二乘模型 | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 509 | 2026-05-12 |
Systems genetics reveals ITIH5 as a key mediator of adipocyte-Endothelial crosstalk
2026-Apr-21, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2026.102373
PMID:42025695
|
研究论文 | 使用系统遗传学方法揭示ITIH5作为脂肪细胞与内皮细胞交互的关键调节因子，影响脂肪组织稳态和全身代谢 | 通过无偏倚系统遗传学分析发现ITIH5在脂肪组织稳态和全身代谢中的中心调控作用，并结合急性重组蛋白处理、时空调控的脂肪细胞特异性过表达模型和空间转录组学揭示其通过调节内皮-免疫相互作用的机制 | 未明确提及具体限制，但可能包括动物模型向人类转化、不同饮食条件下的效应差异及潜在的混杂遗传因素 | 探索脂肪组织稳态的遗传调控机制，特别是ITIH5在脂肪细胞-内皮细胞交互和全身代谢中的作用 | 小鼠和人类脂肪组织、内皮细胞 | 系统遗传学 | 心血管疾病 | RNA-seq | NA | 空间转录组学数据 | 未明确提供具体样本量，涉及小鼠模型和人类细胞实验 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 510 | 2026-05-12 |
MitoChontrol: Adaptive mitochondrial filtering for robust single-cell RNA sequencing quality control
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.04.716517
PMID:41993278
|
研究论文 | 提出MitoChontrol，一种基于细胞类型感知的概率框架，用于单细胞RNA测序质量控制中的线粒体过滤 | 采用高斯混合分布建模转录相干簇内的线粒体转录本比例，动态确定过滤阈值，避免固定百分比阈值的局限性 | 未提及具体限制 | 开发更稳健的自适应线粒体过滤方法，以改进单细胞RNA测序质量控制 | 受控扰动实验和胰腺导管腺癌单细胞数据集中的细胞群体 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 511 | 2026-05-10 |
Fibroblast pentose phosphate pathway activation upon decreased circPLCE1 exacerbates intestinal fibrosis in Crohn's disease
2026-Apr-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-336415
PMID:41390174
|
研究论文 | 该研究揭示了克罗恩病肠道纤维化中成纤维细胞戊糖磷酸途径的激活机制，并发现circPLCE1下调通过XYLB/Xu5P轴加剧纤维化 | 首次多层整合代谢组、单细胞RNA测序和空间转录组分析，发现circPLCE1/XYLB/Xu5P轴调控成纤维细胞戊糖磷酸途径在肠道纤维化中的作用 | 未提及明显局限性，但可能包括动物模型与人类疾病的差异及机制验证的局限性 | 探索克罗恩病肠道纤维化过程中成纤维细胞的代谢重编程及其上游调控因子 | 克罗恩病患者的狭窄与非狭窄肠段组织、原代人肠道肌成纤维细胞、葡聚糖硫酸钠诱导的肠道纤维化小鼠模型 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 代谢组学, 单细胞RNA测序, 空间转录组, circRNA转录组, 代谢流分析, 海马分析, RNA下拉实验 | NA | 转录组数据, 代谢组数据, 空间转录组数据 | 来自克罗恩病患者狭窄和非狭窄肠段的配对黏膜和黏膜下组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序，10x Visium用于空间转录组分析 |
| 512 | 2026-05-10 |
Decoding the tumor immune landscape: emerging TIL subsets as prognostic biomarkers and therapeutic targets
2026-Apr, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04913-2
PMID:41579172
|
综述 | 综述了肿瘤浸润淋巴细胞中新兴亚群作为预后生物标志物和治疗靶点的作用 | 系统总结了超越传统CD3和CD8标记的TIL亚群在不同癌症中的功能，并聚焦于它们在免疫治疗中的预测价值 | 未提及具体的数据分析或实验验证，可能缺乏对某些新兴亚群的深入机制探讨 | 研究TIL亚群的异质性及其在癌症免疫中的预后和治疗意义 | 肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的多种亚群，包括CD4+T细胞、Tregs、TRM细胞、γδT细胞等 | 自然语言处理 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序， 空间转录组学 | NA | NA |
| 513 | 2026-05-09 |
LILRB2+ monocytes reshape the immune activation landscape in immunotherapy with non-small cell lung cancer: Evidence from real-world cohorts and single-cell analyses
2026-Apr-30, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.152331
PMID:42069195
|
研究论文 | 本研究利用真实世界队列和单细胞分析，揭示LILRB2+单核细胞在非小细胞肺癌免疫治疗中重塑免疫激活景观的作用 | 首次在单细胞水平解析LILRB2+单核细胞亚群对PD-1/PD-L1免疫治疗的影响，并建立LILRB2/S100A8单核细胞比值作为新的疗效预测指标 | 未充分探索LILRB2+单核细胞与其他免疫细胞的相互作用机制，且样本量有限，需进一步验证 | 探究LILRB2+单核细胞在非小细胞肺癌免疫治疗中的作用及其预测价值 | 非小细胞肺癌患者的转录组数据和临床数据 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自OAK、POPLAR和ORIENT-11临床试验的NSCLC患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 514 | 2026-05-09 |
Exogenous pyruvate restores mitochondrial bioenergetics by synergizing with the AMPK-mTOR-SIRT3 pathway to alleviate sepsis-associated acute kidney injury
2026-Apr-22, Chemico-biological interactions
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.cbi.2026.112089
PMID:42031090
|
研究论文 | 本研究揭示外源性丙酮酸乙酯通过AMPK-mTOR-SIRT3信号通路协同恢复线粒体生物能量学，从而减轻脓毒症相关急性肾损伤 | 首次阐明外源性代谢底物丙酮酸乙酯与AMPK激活剂协同作用，通过AMPK-mTOR-SIRT3通路恢复线粒体功能，为脓毒症相关急性肾损伤的代谢靶向治疗提供新机制 | 实验仅基于小鼠模型和细胞系，缺乏临床验证；SIRT3下游机制有待进一步探索 | 研究外源性丙酮酸乙酯通过调节线粒体生物能量学减轻脓毒症相关急性肾损伤的分子机制 | 盲肠结扎穿刺诱导的SA-AKI小鼠模型和LPS刺激的HK-2细胞 | 数字病理学 | 脓毒症相关急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和HK-2细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 515 | 2026-05-09 |
A Mouthful of Genomic Data: Single-Cell Insights into Salivary Gland Biology and Disease
2026-Apr-18, Biology
DOI:10.3390/biology15080641
PMID:42041920
|
综述 | 综述单细胞RNA测序在唾液腺生物学与疾病研究中的应用，总结主要发现、局限性及方法学考虑 | 系统整合了唾液腺scRNA-seq研究的最新进展，聚焦于细胞类型发现、分子机制及数据质量问题 | 数据处理不一致和实验方法报告不完整影响可重复性，限制高质量数据集的识别 | 总结scRNA-seq在唾液腺研究中的发现，指导未来研究 | 唾液腺（大唾液腺和小唾液腺） | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 516 | 2026-05-09 |
Histotripsy-Initiated Immune Response Synergizes with Chemotherapy in a Neuroblastoma Murine Model
2026-Apr-15, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers18081249
PMID:42073574
|
研究论文 | 本研究探讨了组织切除术在神经母细胞瘤小鼠模型中诱导的免疫反应如何与化疗协同作用 | 首次展示了无创聚焦超声组织切除术通过机械性气泡云作用诱导系统性抗肿瘤免疫反应，增强化疗对转移性神经母细胞瘤的疗效 | 未提供具体局限性信息 | 验证组织切除术诱导的肿瘤微环境变化能否改善转移性神经母细胞瘤对化疗的应答 | 雌性A/J小鼠双侧胁部接种Neuro-2a细胞建立神经母细胞瘤模型 | 机器学习 | 神经母细胞瘤 | 组织切除术，单细胞RNA测序，流式细胞术，免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 30只小鼠双侧肿瘤（单侧治疗），每组5-7天后评估 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 未提供具体平台配置信息 |
| 517 | 2026-04-18 |
Sphingosine-1-Phosphate-derived 2-Hexadecenal is a central mediator of ocular neovascularization by inhibiting Sphingosine-1-Phosphate receptor 5
2026-04-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71792-3
PMID:41980976
|
研究论文 | 本文揭示了S1P代谢产物2-HD通过抑制S1PR5破坏铁稳态并诱导铁死亡，从而在视网膜血管异常中发挥关键作用 | 首次发现S1P衍生的2-HD在血管功能中的作用，并揭示其通过直接与S1PR5相互作用诱导铁死亡的新机制 | 研究主要基于斑马鱼模型和体外分析，人类样本验证有限，且未深入探讨其他S1PRs在过程中的潜在作用 | 探究S1P代谢产物2-HD在血管生成和视网膜血管疾病中的功能及机制 | 斑马鱼视网膜血管、人类新生血管视网膜样本 | 分子生物学 | 糖尿病视网膜病变 | 多组学分析、单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |
| 518 | 2026-05-09 |
Semi-parametric empirical bayes method for multiplet detection in snATAC-seq with probabilistic multi-omic integration
2026-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013653
PMID:42054434
|
研究论文 | 提出一种半参数经验贝叶斯方法SEBULA，用于snATAC-seq数据中的多细胞检测，并支持多模态证据整合 | 无需合成双细胞，直接从染色质可及性信号建模单细胞背景，实现假发现率控制；并扩展至多模态数据整合 | 标题与摘要未提及具体限制 | 开发高效的snATAC-seq多细胞检测方法 | snATAC-seq数据中的多细胞（双细胞） | 机器学习 | NA | snATAC-seq | 半参数经验贝叶斯模型 | 序列数据 | 多个多模态数据集与模拟数据 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 519 | 2026-05-09 |
Spatial multi-omics identifies a NOTCH3-mediated capillary-mCAF crosstalk driving immune exclusion in hepatocellular carcinoma
2026-Apr, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70117
PMID:42099451
|
研究论文 | 通过空间多组学数据分析，发现NOTCH3介导的毛细血管-mCAF相互作用导致肝细胞癌免疫排斥 | 首次利用空间多组学结合泛癌单细胞测序数据，揭示NOTCH3信号通路在肝细胞癌中通过毛细血管与基质产生型癌相关成纤维细胞（mCAF）的相互作用，驱动免疫排斥微环境形成 | NA | 阐明肝细胞癌中纤维化介导的免疫排斥机制，探索NOTCH信号通路在癌相关成纤维细胞极化中的作用 | 肝细胞癌组织样本及小鼠模型 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 空间多组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 520 | 2026-05-09 |
Single-cell transcriptomics reveals cellular heterogeneity and phenotypic transitions of smooth muscle cells in aortic dissection
2026-Apr, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70124
PMID:42099453
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |